单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28749 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-06-13 |
Novel mouse model reveals neurodevelopmental origin of PMM2-CDG brain pathology
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.01.657261
PMID:40501776
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research paper | 该研究通过新型小鼠模型揭示了PMM2-CDG脑病理的神经发育起源 | 通过配对flox等位基因和催化失活的knock-in等位基因，模拟患者相关的复合杂合致病变异，克服了全身敲除导致的胚胎致死性 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床数据的验证有限 | 探究PMM2-CDG脑病理的神经发育机制 | PMM2-CDG患者和小鼠模型 | 神经遗传学 | 先天性糖基化障碍 | 多组学分析（代谢组学、糖组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、糖蛋白组学） | 小鼠模型 | 多组学数据 | 小鼠模型和PMM2-CDG患者死后小脑组织 |
| 162 | 2025-06-13 |
Spatial Heterogeneity of Macrophages in the Human Lung
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657106
PMID:40501812
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了人类肺部不同解剖结构中巨噬细胞的分布及其在吸烟状态下的变化 | 首次报告了人类肺部巨噬细胞亚群在不同解剖结构中的积累比例，并提出了一个新的三级层次命名法来区分转录定义的肺部巨噬细胞亚群 | 样本量较小，仅包括8名无肺部疾病的捐赠者（4名吸烟者和4名非吸烟者） | 确定转录定义的人类巨噬细胞在主要肺部解剖结构中的分布，并识别吸烟引起的分布和编程变化 | 人类肺部巨噬细胞亚群 | 生物医学研究 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫荧光显微镜 | NA | 基因表达数据 | 8名人类捐赠者的肺部组织（4名吸烟者和4名非吸烟者） |
| 163 | 2025-06-13 |
Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657197
PMID:40501904
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research paper | 该论文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的途径间串扰 | 提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，专注于量化信号保真度和特异性，以分析CCC途径间的串扰，并利用超图学习方法编码调控途径中的高阶关系 | 未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性 | 研究细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别是途径间的串扰 | 单细胞RNA测序数据中的受体、转录因子和靶基因 | machine learning | NA | scRNA-seq | hypergraph learning | RNA-seq data | NA |
| 164 | 2025-06-13 |
Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657193
PMID:40502011
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research paper | 该研究通过分析果蝇嗅觉回路中Beats和Sides基因家族的组合表达模式及其遗传调控机制，揭示了这些基因在嗅觉神经元及其突触目标神经元中的特异性表达 | 首次全面描述了Beats和Sides基因家族在果蝇嗅觉回路中的组合表达模式，并探索了这些基因在神经元识别和突触发育中的潜在作用 | 虽然发现了基因组合表达模式，但破坏Beat-IIa-Side-IV相互作用并未导致显著的突触错配，表明可能存在其他补偿机制 | 探究Beats和Sides基因家族在果蝇嗅觉回路组装中的作用 | 果蝇的嗅觉受体神经元(ORNs)及其突触目标投射神经元(PNs) | 神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因陷阱转基因驱动系 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 165 | 2025-06-13 |
Highly sensitive and scalable time-resolved RNA sequencing in single cells with scNT-seq2
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657745
PMID:40502146
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research paper | 介绍了一种高灵敏度和可扩展的单细胞时间分辨RNA测序方法scNT-seq2 | 通过系统优化第二链cDNA合成步骤，显著提高了读取对齐率、减少了背景突变并增强了文库复杂性 | 未提及具体的技术应用限制或样本类型的局限性 | 开发一种更高效的工具以在单细胞分辨率下解析基因表达动态 | 4sU标记的K562细胞 | 基因组学 | NA | scNT-seq2, 时间分辨单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，仅提到4sU标记的K562细胞 |
| 166 | 2025-06-13 |
Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity
2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657034
PMID:40502161
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新生儿期吗啡暴露对青少年小鼠中脑基因表达的影响以及益生菌干预的潜在逆转作用 | 首次提供了新生儿吗啡暴露及益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集，揭示了益生菌对吗啡诱导的转录组改变的缓解作用 | 研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探究早期阿片类药物暴露对神经发育的影响及益生菌干预的治疗潜力 | 青少年小鼠的中脑细胞 | 神经科学 | 疼痛敏感 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 107,427个中脑单细胞 |
| 167 | 2025-06-13 |
Synthbar: A Lightweight Tool for Adding Synthetic Barcodes to Sequencing Reads
2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.30.657070
PMID:40502055
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research paper | 介绍了一个名为Synthbar的轻量级工具，用于在测序读取中添加合成条形码 | 填补了现有工具无法轻松添加合成细胞条形码（CB）的空白，支持用户自定义CB并修改读取结构 | 未提及具体性能指标或与其他工具的对比结果 | 开发一个工具，使得基于微孔板的单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法能够兼容需要细胞条形码的计算工具 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 测序数据 | NA |
| 168 | 2025-06-13 |
Photo-Biomodulation of the Hippocampus Using Near-Infrared Laser to Enhance Cognitive Function in Mice
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417380
PMID:40190133
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研究论文 | 研究使用近红外激光对小鼠海马进行光生物调节以增强认知功能的效果 | 首次展示了近红外激光光生物调节对小鼠认知功能的显著提升，并揭示了其与海马齿状回神经元活动和能量代谢的关联 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探索光生物调节作为一种非侵入性认知功能增强疗法的潜力 | 小鼠海马 | 神经科学 | 认知功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 行为学数据、电生理数据、分子生物学数据 | 多组小鼠（具体数量未明确说明） |
| 169 | 2025-06-13 |
Single-Cell Atlas Reveals Tumorigenic Profiles and Immune Dynamics of Adrenal Incidentalomas
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413493
PMID:40190189
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特征和免疫动态 | 首次在单细胞水平上分析了肾上腺偶发瘤的异质性，发现了与肿瘤发生相关的基因表达模式，并提出了潜在的生物标志物 | 研究样本量相对有限，且主要依赖公共数据集 | 探究肾上腺偶发瘤的肿瘤发生机制和免疫微环境特征 | 肾上腺偶发瘤，包括无功能肾上腺皮质腺瘤、Conn综合征和嗜铬细胞瘤 | 数字病理学 | 肾上腺肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 302,696个细胞 |
| 170 | 2025-06-13 |
Single-Cell Sequencing-Guided Annotation of Rare Tumor Cells for Deep Learning-Based Cytopathologic Diagnosis of Early Lung Cancer
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202416921
PMID:40231585
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研究论文 | 利用单细胞DNA测序指导罕见肿瘤细胞标注，开发基于深度学习的细胞病理学诊断模型用于早期肺癌诊断 | 首次使用单细胞DNA测序作为客观标准标注罕见脱落肿瘤细胞，构建无偏倚标注数据集，并开发高性能深度学习模型 | 模型在外部验证队列中的灵敏度仍有提升空间 | 提高支气管肺泡灌洗液细胞学检查对肺癌诊断的灵敏度 | 支气管肺泡灌洗液中的脱落肿瘤细胞和良性细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞DNA测序(scDNA-Seq) | DL(深度学习模型) | 细胞病理学图像 | 训练集: 580个ETCs和1106个良性细胞；发现队列: 156例；验证队列: 158例；外部验证队列: 141例 |
| 171 | 2025-06-13 |
Microglial MS4A4A Protects against Epileptic Seizures in Alzheimer's Disease
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417733
PMID:40349168
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研究论文 | 本文研究了阿尔茨海默病(AD)中与癫痫发作相关的基因MS4A4A的作用机制及其潜在治疗价值 | 首次发现MS4A4A基因缺失会加剧AD小鼠模型的癫痫发作，并阐明其通过调控小胶质细胞吞噬功能发挥保护作用的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证 | 探究AD中癫痫发作的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | AD相关基因MS4A4A及其在癫痫发作中的作用 | 神经科学 | 阿尔茨海默病/癫痫 | 单细胞测序/LNP递送技术 | Aβ驱动的AD小鼠模型 | 基因表达数据/行为学数据 | AD小鼠模型和癫痫患者脑组织样本 |
| 172 | 2025-06-13 |
Integrating Spatial and Single-Nucleus Transcriptomic Data to Assess the Effects of Intrauterine Hyperglycemia on Fetal Pancreatic Development
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411126
PMID:40387171
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research paper | 该研究整合空间和单核转录组数据，评估子宫内高血糖对胎儿胰腺发育的影响 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示母体PGDM对胎儿胰腺细胞功能和细胞间通讯的具体影响 | 研究仅针对E16.5和E18.5两个时间点的胎儿胰腺，未覆盖更广泛的发育阶段 | 探究母体PGDM对胎儿胰腺发育的分子机制 | 胎儿胰腺（E16.5和E18.5阶段） | 生物医学 | 糖尿病 | 单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据、空间数据 | E16.5和E18.5阶段的胎儿胰腺样本 |
| 173 | 2025-06-13 |
Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration
2025-Jun, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-01955-w
PMID:40404995
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研究论文 | 该研究探讨了衰老过程中小胶质细胞激活如何通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进白质退化 | 揭示了小胶质细胞功能失调通过CXCL10-CXCR3轴招募有害CD8 T细胞的机制，及其在衰老相关白质退化中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证 | 探究衰老过程中白质退化的免疫机制 | 小鼠白质中的小胶质细胞和CD8 T细胞 | 神经退行性疾病研究 | 神经退行性疾病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本量（小鼠模型） |
| 174 | 2025-06-13 |
Intrathecal nivolumab and IL-2 for treatment of leptomeningeal metastases in EGFR-mutated lung adenocarcinoma
2025-Jun, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108586
PMID:40412102
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研究论文 | 本文报告了一例使用鞘内注射nivolumab和IL-2治疗EGFR突变肺腺癌软脑膜转移的病例 | 首次报道了鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗对标准系统性和鞘内治疗耐药的NSCLC软脑膜转移病例 | 仅为单病例报告，需要前瞻性临床研究进一步验证 | 评估鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗NSCLC软脑膜转移的可行性、安全性和潜在疗效 | EGFR突变非小细胞肺癌(NSCLC)伴软脑膜转移患者 | 肿瘤免疫治疗 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 临床数据和单细胞测序数据 | 1例患者 |
| 175 | 2025-06-13 |
scExploreR: a flexible platform for democratized analysis of multimodal single-cell data by non-programmers
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656649
PMID:40501593
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research paper | 介绍了一个名为scExploreR的灵活平台，旨在为非程序员提供多模式单细胞数据的民主化分析 | scExploreR作为一个打包的R Shiny应用，能够本地运行或轻松部署在服务器上，提供广泛的绘图定制选项，支持多模式数据处理，无需编程经验即可进行全面的数据分析 | 虽然scExploreR为非程序员提供了强大的分析工具，但对于高度复杂的分析任务，可能仍需要一定的编程知识 | 开发一个平台，使非程序员能够直接探索和分析单细胞数据，弥合生物学家与计算科学家之间的沟通鸿沟 | 多模式单细胞数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | R Shiny | 单细胞数据 | NA |
| 176 | 2025-06-13 |
Chevreul: An R Bioconductor Package for Exploratory Analysis of Full-Length Single Cell Sequencing
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656486
PMID:40501968
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研究论文 | 介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | Chevreul区别于其他scRNA-seq分析工具的特点在于其易用性、能够分析全长RNA测序数据以推断外显子覆盖和转录本异构体，并支持批次校正 | NA | 开发一个工具，使没有编程经验的研究人员能够分析全长scRNA-seq数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA |
| 177 | 2025-06-13 |
SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine
2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656357
PMID:40502153
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研究论文 | 介绍了一种名为SMURF的计算工具，用于分析高分辨率空间转录组数据，能够准确地将mRNA分配给单个细胞并分析复杂组织亚结构中的细胞 | SMURF引入了新颖的“软分割”方法，能够准确地将捕获点的mRNA分配给附近的细胞，并能将复杂组织结构中的细胞“展开”并放置在标准笛卡尔坐标上 | NA | 开发一种计算工具，用于高分辨率空间转录组数据的分析，以揭示组织组织和区域变异的原理 | 小鼠小肠 | 空间转录组学 | NA | Visium HD | SMURF | 空间转录组数据 | NA |
| 178 | 2025-06-13 |
Proliferation of Early and Mature Osteoblasts Is Required for Bone Fracture Healing in Mice
2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656371
PMID:40501538
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research paper | 该研究探讨了成骨细胞增殖在小鼠骨折愈合中的作用 | 研究发现成熟成骨细胞在骨折后仍能增殖，并参与矿化骨痂的形成 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 了解细胞增殖在骨折愈合中的具体作用机制 | 小鼠骨折模型中的成骨细胞 | 骨生物学 | 骨折 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 多组转基因小鼠 |
| 179 | 2025-06-13 |
Altered Hepatic Metabolism in Down Syndrome
2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.27.656393
PMID:40502193
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research paper | 该研究通过多组学分析揭示了唐氏综合症患者肝脏代谢的广泛变化，特别是胆汁酸水平升高和肝功能异常的蛋白质特征 | 首次在人群和小鼠模型中系统揭示了唐氏综合症与肝脏代谢紊乱的关联，并发现饮食脂肪调节可显著影响相关基因表达和肝脏病理 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的病理机制验证仍需进一步研究 | 探究唐氏综合症对肝脏代谢的影响及其潜在调控机制 | 唐氏综合症患者(400+人血浆样本)和Dp16小鼠模型 | 代谢组学 | 唐氏综合症 | 多组学分析、bulk RNA测序、单细胞转录组学 | Dp16小鼠模型 | 血浆代谢组数据、RNA测序数据 | 400+人血浆样本和Dp16小鼠模型 |
| 180 | 2025-06-13 |
White and Brown Adipose Tissue Share a Common Fibro-Adipogenic Progenitor Population
2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.28.656577
PMID:40501707
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研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了白色和棕色脂肪组织中存在共同的纤维脂肪祖细胞群 | 首次在棕色脂肪组织中鉴定出纤维脂肪祖细胞样细胞（FAPLs），扩展了对脂肪祖细胞群体的认识 | 研究仅基于体外培养的脂肪前体细胞，未完全反映体内微环境的影响 | 探究白色和棕色脂肪组织中祖细胞群体的异同及其功能特性 | 培养的白色和棕色脂肪前体细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量（培养的脂肪前体细胞） |