单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-05-04	Integrative proteogenomic analysis identifies COL6A3-derived endotrophin as a mediator of the effect of obesity on coronary artery disease 2025-Feb, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02052-7 PMID:39856218	研究论文	通过整合蛋白质组学和基因组学分析，研究肥胖如何通过循环蛋白质影响冠状动脉疾病，并确定COL6A3衍生的内啡肽作为关键介质	首次将两步蛋白质组范围的孟德尔随机化、共定位、表观基因组学和单细胞RNA测序整合，识别出COL6A3衍生的内啡肽作为肥胖影响冠状动脉疾病的关键介质	研究未涉及其他可能影响冠状动脉疾病的肥胖相关因素	探究肥胖如何通过循环蛋白质影响冠状动脉疾病、中风和2型糖尿病	循环蛋白质，特别是COL6A3及其衍生的内啡肽	蛋白质组学与基因组学	冠状动脉疾病	两步蛋白质组范围的孟德尔随机化、共定位、表观基因组学、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、基因组数据、表观基因组数据、单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
162	2025-05-04	Single cell approaches define neural stem cell niches and identify microglial ligands that can enhance precursor-mediated oligodendrogenesis 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115194 PMID:39823226	研究论文	利用单细胞RNA测序和单细胞空间转录组学技术，研究稳态和损伤条件下前脑神经干细胞（NSC）微环境，并鉴定出促进少突胶质细胞生成的微胶质细胞配体	首次定义了背侧和外侧脑室-室下区（V-SVZ）为两个不同的微环境区域，并发现损伤后微胶质细胞释放的特定配体可促进少突胶质细胞生成	研究主要基于小鼠模型，人类相关性的验证尚不明确	探索神经干细胞微环境在稳态和损伤条件下的动态变化及其对少突胶质细胞生成的影响	前脑神经干细胞（NSC）及其微环境	神经科学	神经系统损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及稳态和损伤条件下的神经干细胞及其微环境分析
163	2025-05-04	Adenosine diphosphate stimulates VEGF-independent choroidal endothelial cell proliferation: A potential escape from anti-VEGF therapy 2025-Jan-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2418752122 PMID:39835893	研究论文	研究腺苷二磷酸（ADP）对脉络膜内皮细胞（EC）增殖的刺激作用及其在抗VEGF治疗中的潜在逃逸机制	首次发现ADP能够通过P2Y1受体而非VEGF途径刺激脉络膜内皮细胞增殖，揭示了抗VEGF治疗可能的逃逸机制	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探究组织特异性内皮细胞对普遍代谢物的血管功能反应	牛脉络膜内皮细胞（BCEC）及其他牛或人眼来源的内皮细胞	细胞生物学	脉络膜新生血管疾病	生化纯化、单细胞转录组学	小鼠脉络膜新生血管模型	实验数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠EL4淋巴瘤提取物、牛和人眼来源的内皮细胞
164	2025-05-04	WWC proteins-mediated compensatory mechanism restricts schwannomatosis driven by NF2 loss of function 2025-Jan-24, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp4765 PMID:39841844	research paper	该研究揭示了WWC蛋白介导的补偿机制如何限制由NF2功能缺失引发的神经鞘瘤病，并开发了一种高渗透性和短潜伏期的小鼠模型	发现了NF2通过招募E3泛素连接酶β-TrCP1/2促进WWC1-3泛素化和降解的机制，并创建了一种模拟患者病症的小鼠模型	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	研究NF2相关神经鞘瘤病的发病机制并开发有效的临床前模型	NF2相关神经鞘瘤病的发病机制和小鼠模型	分子生物学	神经鞘瘤病	单细胞转录组分析	小鼠模型	基因表达数据	NA
165	2025-05-04	Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria 2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adr0932 PMID:39847624	research paper	该研究开发了一种名为bacterial-MERFISH的高通量、空间分辨的转录组分析方法，用于研究细菌在复杂环境中的单细胞决策	结合1000倍体积扩展与多重误差稳健荧光原位杂交（MERFISH）技术，创建了bacterial-MERFISH方法，实现了对单个细菌内数千个操纵子的空间分辨分析	NA	研究细菌在复杂环境中的单细胞异质性	细菌的转录组	digital pathology	NA	multiplexed error-robust fluorescence in situ hybridization (MERFISH)	NA	image	NA
166	2025-05-04	Single-cell sequencing of human Langerhans cells identifies altered gene expression profiles in patients with atopic dermatitis 2025-Jan-24, ImmunoHorizons DOI:10.1093/immhor/vlae009 PMID:39849992	research paper	通过单细胞RNA测序分析特应性皮炎患者和健康对照者的Langerhans细胞和皮肤T细胞，揭示AD皮肤中LCs的基因表达变化及其在炎症循环中的作用	首次在单细胞水平上识别出AD患者皮肤中LCs的四个亚群，并发现其中两个促炎/成熟亚群在AD皮肤中富集	研究样本量有限，且未深入探讨LCs与S. aureus互作的具体分子机制	探究Langerhans细胞在特应性皮炎发病机制中的作用	特应性皮炎患者和健康对照者的皮肤Langerhans细胞和T细胞	digital pathology	atopic dermatitis	single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	来自AD患者和健康对照者的皮肤活检样本
167	2025-05-04	Tremor in the Age of Omics: An Overview of the Transcriptomic Landscape of Essential Tremor 2025-Jan-24, Cerebellum (London, England) DOI:10.1007/s12311-025-01793-3 PMID:39853640	综述	本文综述了原发性震颤（ET）的转录组学研究现状，旨在揭示其生物学通路并探索进一步研究的可能方向	强调了单细胞和单核RNA测序技术（scRNA-seq和snRNA-seq）在揭示ET分子和细胞事件中的潜力，并指出多个研究中共享的生物学通路，特别是轴突导向和钙信号传导	样本量不足可能限制了揭示ET临床和病理异质性的细微差别	探讨ET的病理机制和潜在治疗方法	原发性震颤（ET）	转录组学	运动障碍	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本量，但指出增加样本量对研究的重要性
168	2025-05-04	Specific types of male infertility are correlated with T cell exhaustion or senescence signatures 2025-Jan-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56193-2 PMID:39856063	research paper	该研究通过结合多参数表型分析和单细胞RNA测序，揭示了不育男性在精液和全身水平的免疫状态	首次发现年轻不育男性具有类似健康老年男性的促炎环境，并鉴定了两种不育状况下T细胞衰竭和衰老的特定特征	研究样本量未明确说明，且机制研究尚不深入	探究男性不育与免疫状态之间的关联	不育男性的精液和血液样本	生殖医学	男性不育症	scRNA-seq, 多参数表型分析	NA	单细胞转录组数据, 表型数据	未明确说明
169	2025-05-04	Single-cell chromatin accessibility landscape profiling reveals the diversity of epigenetic regulation in the rat nervous system 2025-Jan-24, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04432-y PMID:39856121	研究论文	通过单细胞ATAC-seq技术，对大鼠神经系统中的染色质可及性进行景观分析，揭示了表观遗传调控的多样性	首次在大鼠16个脑区生成了174,593个高质量核的单细胞染色质可及性数据集，并鉴定了神经元和非神经元细胞的亚型及其特异性分布的基因调控元件	研究仅针对大鼠神经系统，结果可能不完全适用于其他物种	解析哺乳动物神经系统的分子结构及其表观遗传调控机制	成年大鼠的16个脑区细胞	表观遗传学	NA	单细胞ATAC-seq, 单核RNA-seq	NA	单细胞测序数据	174,593个高质量核来自16个成年大鼠脑区
170	2025-05-04	Identification of cold tumor induction-related markers in pancreatic cancer and the clinical implication of PCDH7 2025-Jan-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06095-z PMID:39856454	研究论文	本研究旨在识别与胰腺导管腺癌（PDAC）中冷肿瘤免疫微环境（TIME）诱导相关的标记基因，并探讨PCDH7的临床意义	首次鉴定了与PDAC冷TIME诱导相关的六个基因，并验证了PCDH7作为预后标记物与CD8+ T细胞浸润的负相关性	研究样本量较小（10个原代培养物），且主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	识别与PDAC冷TIME诱导相关的标记基因并评估其临床意义	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞及肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	胰腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学（IHC）	KrasG12D/+; Trp53R172H/+; Pdx-1-Cre (KPC)小鼠模型	基因表达数据、免疫组织化学数据	10个小鼠PDAC原代培养物及人类PDAC样本
171	2025-05-04	Insights from the single-cell level: lineage trajectory and somatic-germline interactions during spermatogenesis in dwarf surfclam Mulinia lateralis 2025-Jan-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11266-w PMID:39856558	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了矮蛤精子发生过程中的细胞异质性、发育轨迹及体细胞-生殖细胞间的相互作用	首次在矮蛤中构建了精子发生的单细胞转录组图谱，鉴定了生殖细胞发育轨迹和关键调控因子，揭示了体细胞-生殖细胞间的双向通讯机制	研究仅聚焦于矮蛤这一特定物种，结论在其他软体动物中的普适性有待验证	解析无脊椎动物精子发生的分子机制和关键驱动基因	矮蛤（Mulinia lateralis）睾丸细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、伪时间分析	NA	单细胞转录组数据	4,600个睾丸细胞
172	2025-05-04	Inhibition of vascular smooth muscle cell PERK/ATF4 ER stress signaling protects against abdominal aortic aneurysms 2025-Jan-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183959 PMID:39846252	研究论文	该研究探讨了通过抑制血管平滑肌细胞中的PERK/ATF4 ER应激信号来预防腹主动脉瘤（AAA）的机制	首次揭示了PERK/eIF2α/ATF4通路在血管平滑肌细胞凋亡中的作用，并提出了针对该通路的细胞特异性药物治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索预防腹主动脉瘤扩张的有效治疗方法	血管平滑肌细胞（VSMCs）和腹主动脉瘤	心血管疾病研究	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	弹性酶和血管紧张素II诱导的AAA小鼠模型	基因表达数据	人类AAA组织样本和小鼠模型
173	2025-05-04	CD34hi subset of synovial fibroblasts contributes to fibrotic phenotype of human knee osteoarthritis 2025-Jan-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183690 PMID:39846253	研究论文	通过单细胞分辨率分析人类滑膜样本，识别与骨关节炎病理生理学相关的滑膜细胞亚群	首次在单细胞水平上鉴定出与骨关节炎炎症和纤维化表型相关的滑膜细胞亚群，特别是CD34hi成纤维细胞亚群	研究样本量未明确说明，且仅限于膝关节骨关节炎	探究骨关节炎病理生理学中滑膜细胞亚群的作用	人类滑膜样本	单细胞组学	骨关节炎	RNA-Seq, 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	NA
174	2025-05-04	SUMOylation of TRIM28 is positively modulated by the BTB/POZ domain of Kaiso 2025-Jan-23, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10257-0 PMID:39847191	研究论文	研究Kaiso蛋白的BTB/POZ结构域如何促进TRIM28的SUMO化修饰	发现Kaiso的BTB/POZ结构域而非SIMs或ZBTB4同源物能有效促进TRIM28的超SUMO化	未在单个TRIM28结构域中观察到SUMO化现象，暗示TRIM28结构完整性的重要性	探究Kaiso蛋白中哪些结构元件对TRIM28的超SUMO化是必需的	TRIM28蛋白和Kaiso蛋白的相互作用	分子生物学	NA	单细胞测序	NA	测序数据	小鼠胚胎单细胞测序数据
175	2025-05-04	Identification of molecular characteristics in polycystic ovary syndrome using single-cell and transcriptome analysis 2025-Jan-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81110-w PMID:39848950	研究论文	通过单细胞和转录组分析揭示多囊卵巢综合征的分子特征	整合多个数据集进行生物信息学分析，揭示了PCOS的复杂分子网络，包括差异表达基因、信号通路和细胞亚群的潜在发育轨迹	未提及样本量的具体数量或实验设计的局限性	揭示多囊卵巢综合征的潜在分子机制	多囊卵巢综合征患者的基因表达数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	多囊卵巢综合征	scRNA-seq, RT-qPCR, 生物信息学分析	加权基因共表达网络分析, 伪时间轨迹分析	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	NA
176	2025-05-04	Heterogeneity analysis and prognostic model construction of HPV negative oral squamous cell carcinoma T cells using ScRNA-seq and bulk-RNA analysis 2025-Jan-23, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01525-6 PMID:39849233	研究论文	本研究通过ScRNA-seq和bulk-RNA分析，评估HPV阴性口腔鳞状细胞癌中T细胞的异质性并构建预后风险模型	首次整合ScRNA-seq和bulk-RNA数据构建HPV阴性口腔鳞状细胞癌的T细胞相关基因预后模型，并揭示其与免疫治疗反应的相关性	样本量相对较小（14例癌症样本和6例正常样本），且仅针对HPV阴性患者	评估T细胞标记基因表达谱，构建HPV阴性口腔鳞状细胞癌的预后风险模型，并分析风险评分与免疫治疗反应的关系	HPV阴性口腔鳞状细胞癌患者的T细胞	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	ScRNA-seq, bulk-RNA分析, qRT-PCR	预后风险模型	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	28,000个细胞（来自14例HPV阴性OSCC样本和6例正常样本）
177	2025-05-04	Consensus representation of multiple cell-cell graphs from gene signaling pathways for cell type annotation 2025-Jan-23, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02128-8 PMID:39849579	research paper	提出了一种名为scMCGraph的计算框架，通过整合基因表达和通路活性来准确注释单细胞RNA测序数据集中的细胞类型	利用多种通路数据库构建通路特异性视图，并将其整合为共识图，显著提高了细胞类型预测的准确性和鲁棒性	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据集中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	scMCGraph	基因表达数据	未提及具体样本数量
178	2025-05-04	Single-cell RNA sequencing highlights the role of distinct natural killer subsets in sporadic amyotrophic lateral sclerosis 2025-Jan-23, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03347-0 PMID:39849490	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了散发性肌萎缩侧索硬化症（ALS）患者外周血免疫细胞的变化，特别是自然杀伤（NK）细胞亚群的作用	首次使用单细胞RNA测序技术研究ALS患者外周血免疫细胞的病理生理作用，发现CD56dim NK细胞亚群（NK_2）的扩增及其基因表达变化	样本量较小（14名ALS患者和14名健康对照），且未探讨这些免疫细胞变化与ALS发病机制的直接因果关系	探究ALS患者外周血免疫细胞的改变及其与神经退行性变的关系	14名ALS患者和14名健康对照的外周血单个核细胞（PBMC）	digital pathology	amyotrophic lateral sclerosis	scRNAseq, flow cytometry	NA	RNA sequencing data	14名ALS患者和14名健康对照
179	2025-05-04	Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients 2025-Jan-22, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04381-6 PMID:39843468	research paper	该研究整合了来自九种癌症类型的八个单细胞RNA测序数据集，旨在研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了一个独特的资源库，并设计了用户友好的界面以便于探索	样本量虽然较大，但仍可能不足以覆盖所有癌症类型和患者反应	研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	223名患者、90,270个癌细胞和265,671个其他细胞类型	digital pathology	various cancers	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	223名患者、90,270个癌细胞和265,671个其他细胞类型
180	2025-05-04	Identification of prognostic biomarkers of sepsis and construction of ceRNA regulatory networks 2025-Jan-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78502-3 PMID:39843498	研究论文	该研究通过RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别了与脓毒症预后相关的生物标志物，并构建了ceRNA调控网络	发现了GSPT1和NPRL3作为脓毒症预后的新型生物标志物，并构建了由4个circRNA、26个miRNA和2个mRNA组成的ceRNA调控网络	样本量较小，非存活组仅6例，可能影响结果的统计效力	探索脓毒症的发病机制，寻找早期识别和治疗的新靶点	脓毒症患者的血液样本	生物信息学	脓毒症	RNA测序（mRNA/circRNA），10×单细胞RNA测序	ceRNA调控网络	RNA测序数据，单细胞RNA测序数据	存活组26例，非存活组6例