单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-09-13	Rethinking large scale phylogenomics with EukPhylo v1.0, a flexible toolkit to enable phylogeny-informed data curation and analyses of diverse eukaryotic lineages 2025-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.19.607962 PMID:39416055	研究论文	介绍EukPhylo v1.0工具包，用于系统发育信息指导的真核生物数据整理与分析	提供模块化、用户友好的流程，通过系统发育信息去除污染并改进真核生命树估计	NA	解决微生物真核生物系统基因组学中的数据污染和可重复性挑战	多样真核生物谱系，包括细菌和古菌	生物信息学	NA	单细胞测序，同源基因家族分析	NA	基因组序列数据	来自1,000种不同物种的500个保守基因家族
162	2025-09-13	TrimNN: Characterizing cellular community motifs for studying multicellular topological organization in complex tissues 2025-Jan-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5584635/v1 PMID:39877090	研究论文	提出一种名为TrimNN的图神经网络方法，用于识别空间转录组和蛋白质组数据中的细胞群落基序，以研究复杂组织中的多细胞拓扑结构	采用自下而上的图深度学习框架，将细胞生态位表示为可计数的拓扑块，具有可解释性和泛化性	NA	研究不同细胞类型在组织空间模式中的拓扑协调规则	空间转录组和蛋白质组数据中的细胞空间排列	生物信息学	NA	空间转录组学、空间蛋白质组学	图神经网络	空间组学数据	NA
163	2025-09-13	GraphVelo allows for accurate inference of multimodal omics velocities and molecular mechanisms for single cells 2025-Jan-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5613372/v1 PMID:39877092	研究论文	提出GraphVelo，一种基于图的机器学习方法，用于从单细胞多组学数据中准确推断速度向量和分子机制	通过图学习方法在低维流形切空间中推断速度向量，保留向量大小和方向信息，并扩展RNA速度到多模态数据	NA	解决现有RNA速度方法在复杂转录动态、低表达或非转录组数据中的局限性	单细胞多组学数据，包括病毒-宿主互作组和多组学数据集	机器学习	NA	scRNA-seq, 多组学分析	图神经网络	单细胞多组学数据	多个合成和实验scRNA-seq数据集
164	2025-09-13	Prognostic model construction and immune microenvironment analysis of pyroptosis-related genes in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1595539 PMID:40918134	研究论文	基于单细胞RNA测序构建肝细胞癌焦亡相关基因的预后模型并分析免疫微环境	首次在单细胞分辨率下系统研究焦亡相关基因在肝细胞癌中的预后意义，并开发基于八基因特征的LASSO-Cox预后模型	样本量相对有限（TCGA n=365, ICGC n=231），需进一步扩大验证队列	探索焦亡相关基因在肝细胞癌预后和免疫微环境中的作用	肝细胞癌患者肿瘤组织及配对癌旁组织（10例样本的60,496个细胞）	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, LASSO-Cox回归, RT-PCR, 免疫组化分析	LASSO-Cox prognostic model	单细胞RNA测序数据，临床生存数据	TCGA队列365例，ICGC验证队列231例，10例肿瘤组织的60,496个细胞
165	2025-09-13	STmiR: A Novel XGBoost-based framework for spatially resolved miRNA activity prediction in cancer transcriptomics 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322082 PMID:40924781	研究论文	提出了一种基于XGBoost的空间miRNA活性预测框架STmiR，用于解析肿瘤微环境中miRNA的空间调控机制	首次将XGBoost模型应用于空间转录组数据，实现miRNA活性的高精度空间预测（Spearman相关系数>0.8）并发现泛癌保守miRNA	依赖批量RNA-seq数据作为先验知识，且空间转录组技术本身存在分辨率限制	开发空间分辨的miRNA活性预测工具以揭示癌症中的miRNA调控网络	四种主要癌症类型（乳腺癌、肺癌、卵巢癌、前列腺癌）及九种癌症的10X Visium空间转录组数据	生物信息学	癌症	空间转录组技术（10X Visium）、批量RNA-seq（TCGA/CCLE）	XGBoost	空间转录组数据、批量RNA-seq数据	覆盖四种主要癌症类型及九种癌症的独立空间转录组数据集
166	2025-09-13	Updates on Parkinson's Disease 2025, Neuropsychiatric disease and treatment IF:2.5Q2 DOI:10.2147/NDT.S540718 PMID:40926796	综述	本文总结了帕金森病的最新研究进展，包括发病机制、诊断技术、治疗策略及当前挑战	整合α-突触核蛋白种子扩增检测与多模态神经影像技术实现92%的前驱期诊断准确率，并报道了新型免疫疗法和LRRK2激酶抑制剂的疾病修饰潜力	生物标志物在不同种族队列中存在30%的变异性，非运动症状管理仍是挑战	推动帕金森病从对症治疗向精准靶向干预的转型	帕金森病患者及其相关病理机制	神经病学	帕金森病	α-synuclein种子扩增检测、多模态神经影像、单细胞空间转录组学、可穿戴设备数字表型分析	NA	生物标志物数据、神经影像数据、临床表型数据	涉及多种族队列（具体样本规模未明确说明）
167	2025-09-13	Identification of Potential Targets for EGFR-Regulated Nucleus Pulposus Degeneration Using Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S530776 PMID:40927356	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和机器学习方法识别EGFR调控椎间盘髓核退变的关键下游分子JAK1	首次结合scRNA-seq、伪时间分析和多种机器学习算法鉴定EGFR在NPC退变中的下游靶点JAK1	样本量较小（仅6例严重IVDD样本），且主要基于小鼠模型验证	探究EGFR信号通路在髓核细胞退变中的关键下游调控分子	人类严重椎间盘退变样本和小鼠模型中的髓核细胞	生物信息学	椎间盘退行性疾病	scRNA-seq, 伪时间分析, GSEA, WGCNA, IHC	Lasso, XGBoost, Random Forest	单细胞RNA测序数据	6例人类严重IVDD样本和小鼠模型
168	2025-09-13	Integrated Single-Cell and Transcriptome Analysis with Experimental Validation Reveals PANoptosis-Related Gene Signatures in the Immune Microenvironment of Autoimmune Thyroiditis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525270 PMID:40927355	研究论文	本研究通过整合单细胞和转录组分析结合实验验证，揭示了自身免疫性甲状腺炎免疫微环境中PANoptosis相关基因的特征	首次在自身免疫性甲状腺炎中研究PANoptosis的作用，并鉴定出5个关键基因及其在免疫微环境中的功能	NA	阐明PANoptosis基因与自身免疫性甲状腺炎免疫浸润和发病机制的关系	自身免疫性甲状腺炎患者和健康个体的RNA-seq数据、动物模型和临床样本	生物信息学	自身免疫性甲状腺炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ssGSEA, WGCNA, RT-qPCR, 免疫组化染色, ELISA	NA	基因表达数据	公共数据库中的AIT数据及收集的临床样本
169	2025-09-13	PRMT1-Mediated PARP1 Methylation Drives Lung Metastasis and Chemoresistance via P65 Activation in Triple-Negative Breast Cancer 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0854 PMID:40927753	研究论文	本文揭示了PRMT1通过甲基化PARP1并激活P65，驱动三阴性乳腺癌肺转移和化疗耐药的作用机制	首次发现PRMT1介导的PARP1甲基化通过双重机制（增强DNA损伤修复能力和调控NF-κB通路）促进肿瘤干细胞特性及免疫抑制	NA	阐明PRMT1在三阴性乳腺癌肺转移和化疗耐药中的具体作用机制	三阴性乳腺癌细胞及转移样本	肿瘤生物学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、质谱分析、免疫共沉淀、ELISA	NA	基因组数据、蛋白质相互作用数据	NA
170	2025-09-13	Multi-Omics and Clinical Validation Identify Key Glycolysis- and Immune-Related Genes in Sepsis 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S539158 PMID:40927774	研究论文	本研究通过多组学分析和临床验证，识别了与脓毒症中糖酵解和免疫相关的关键基因	整合WGCNA、孟德尔随机化和机器学习算法，首次鉴定出DDX18等五个与脓毒症免疫重塑相关的糖酵解关键基因，并利用scRNA-seq解析细胞类型特异性转录谱	研究主要基于公共数据库和单一临床队列，需要更多独立样本验证基因的普适性	阐明糖酵解重编程与脓毒症免疫功能障碍的分子机制，寻找治疗靶点	脓毒症患者基因表达数据和临床样本	生物信息学	脓毒症	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, ssGSEA, WGCNA, CIBERSORT	LASSO, SVM-RFE, Boruta	基因表达数据	来自GEO数据库的转录组数据和一个临床脓毒症队列
171	2025-09-13	Analysis and validation of characteristic genes in RNA sequencing datasets from heart failure patients based on multiple algorithms 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1559429 PMID:40933310	研究论文	基于多算法分析心力衰竭患者RNA测序数据集中的特征基因并进行实验验证	整合RRA和WGCNA算法识别心力衰竭关键基因，首次发现SMCO4和CSDC2在心肌细胞中特异性表达并调控脂肪酸代谢	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅在肥大心肌细胞模型中进行，未涉及更多体内模型	识别心力衰竭心肌组织中的核心致病机制	心力衰竭患者心肌活检组织和肥大心肌细胞模型	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, RT-qPCR, 单细胞RNA测序	RRA, WGCNA, PCA, UMAP	转录组测序数据	五个研究中的心力衰竭患者心肌样本
172	2025-09-13	Integrative Analysis Reveals a Key Role for CDKN1A in Impaired Wound Healing in Diabetic Patients 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S534876 PMID:40933395	研究论文	本研究通过整合分析揭示了CDKN1A在糖尿病足溃疡愈合障碍中的关键作用	首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，发现CDKN1A通过抑制细胞增殖和促进过早分化阻碍伤口愈合，并鉴定FOS为其上游调控因子	NA	探究CDKN1A在糖尿病伤口愈合中的作用机制	糖尿病足溃疡组织	生物医学	糖尿病	scRNA-seq, 孟德尔随机化, 转录因子分析	NA	基因表达数据	NA
173	2025-09-13	Artemisinin derivatives modulate KEAP1-NRF2-xCT pathway to alleviate Sjögren's disease: insights from scRNA-seq and systems biology 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1626230 PMID:40934008	研究论文	本研究探讨青蒿素衍生物通过调节KEAP1-NRF2-xCT通路缓解干燥综合征的机制	首次揭示青蒿素通过抑制唾液腺上皮细胞铁死亡途径治疗干燥综合征，结合单细胞测序和系统生物学方法验证作用机制	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果需进一步验证	探究青蒿素衍生物对干燥综合征的治疗作用及分子机制	NOD/Ltj小鼠模型和干燥综合征患者样本	系统生物学	干燥综合征	scRNA-seq, RNA-seq, 分子对接, 免疫荧光, 蛋白质印迹	NA	单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 组织病理学图像	8周龄雌性NOD/Ltj小鼠分组实验，包含患者scRNA-seq数据
174	2025-09-13	Decoding the hypoxic tumor microenvironment in colorectal cancer for prognostic modeling and therapeutic target discovery 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1651749 PMID:40933995	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据，解码结直肠癌缺氧肿瘤微环境，开发预后模型并发现治疗靶点	首次基于单细胞数据识别8个缺氧细胞簇并构建八基因预后特征，发现GIPC2作为新型生物标志物和治疗靶点	研究样本量有限（单细胞数据仅15个样本），需进一步实验验证临床转化潜力	解析结直肠癌缺氧微环境的细胞异质性及其对预后的影响，开发预后预测模型并探索治疗靶点	结直肠癌患者样本（TCGA n=606，验证队列n=579）和CRC细胞系（LS180、HT-29）	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA、CellChat、SCENIC、GRNBoost2、体外功能实验	Cox回归、Lasso回归、八基因预后模型	RNA测序数据、单细胞数据、药物敏感性数据	单细胞数据15个CRC样本，预后模型训练集606例，验证集579例
175	2025-09-13	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing to identify unique tumor stem cells and construct novel prognostic markers for assessing ESCA prognosis and drug sensitivity 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1649877 PMID:40936684	研究论文	本研究整合单细胞和bulk RNA测序数据，识别食管癌中的肿瘤干细胞特征并构建预后标志物模型	结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据开发新型肿瘤干细胞标志物特征(TSCMS)模型，并首次揭示TSPO基因在ESCA中的抑癌作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限，需要进一步功能机制研究	识别食管癌肿瘤干细胞特征，构建预后评估模型并探索治疗靶点	食管癌(ESCA)肿瘤样本和细胞系	生物信息学	食管癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, qRT-PCR, Western blotting, 免疫组化	Lasso-Cox回归模型	RNA测序数据	食管癌临床组织样本和细胞系数据
176	2025-09-13	Integrative analyses of single-cell and bulk RNA sequencing to construct the tumor-associated macrophage-related prognostic signature in lung adenocarcinoma 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19920 PMID:40936758	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了与肿瘤相关巨噬细胞相关的肺腺癌预后特征模型	首次结合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据识别TAM相关基因并构建预后特征，建立了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络	研究基于公共数据库回顾性数据，需进一步实验验证临床适用性	开发肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞相关的预后预测特征	肺腺癌患者及其肿瘤微环境中的免疫细胞	生物信息学	肺腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, qPCR	预后风险评分模型	RNA测序数据，临床数据	来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者样本
177	2025-09-13	Analysis of head and neck cancer scRNA-seq data identified PRDM6 promotes tumor progression by modulating immune gene expression 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1596916 PMID:40936897	研究论文	通过分析头颈癌单细胞RNA测序数据，发现PRDM6通过调控免疫基因表达促进肿瘤进展	首次揭示PRDM6在诱导免疫应答基因表达和促进肿瘤细胞增殖中的未知作用，并发现HPV病毒癌蛋白E6/E7可上调PRDM6表达	NA	探究头颈鳞状细胞癌的免疫机制及肿瘤进展驱动因素	头颈癌患者样本	生物信息学	头颈癌	scRNA-seq, IRIS3调控子推断工具	NA	单细胞RNA测序数据	NA
178	2025-09-13	Tubular epithelial cell-derived extracellular vesicles carrying serum amyloid A1 exacerbate sepsis-associated acute kidney injury by promoting NETs formation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1654295 PMID:40936924	研究论文	本研究揭示肾小管上皮细胞来源的细胞外囊泡通过携带血清淀粉样蛋白A1促进中性粒细胞胞外诱捕网形成，从而加剧脓毒症相关急性肾损伤	首次发现肾小管上皮细胞通过细胞外囊泡递送SAA1激活TLR4/p38 MAPK通路促进NETs形成的新机制，并提出靶向该通路治疗SA-AKI的新策略	机制研究主要基于小鼠模型和细胞实验，临床相关性仍需更大样本验证	探究肾小管上皮细胞来源细胞外囊泡在脓毒症相关急性肾损伤中的作用机制	C57BL/6J野生型小鼠、肾小管上皮细胞、中性粒细胞、脓毒症患者血浆样本	病理机制研究	脓毒症相关急性肾损伤	蛋白质组学、单细胞RNA测序、腺相关病毒敲减、TLR4/p38 MAPK信号通路分析	NA	测序数据、蛋白质组数据、临床指标数据	小鼠模型及脓毒症患者血浆样本（具体数量未明确说明）
179	2025-09-13	Targeted and personalized immunotherapy in lung adenocarcinoma: single-cell RNA sequencing of MAFF+ tumor cells and the therapeutic potential of FOS 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1649147 PMID:40936936	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肺腺癌肿瘤微环境，揭示FOS在MAFF+肿瘤细胞中的调控作用及免疫治疗潜力	首次发现MAFF+肿瘤细胞亚型通过MIF信号介导免疫抑制，并证实FOS作为关键调控因子可重塑肿瘤微环境	研究主要基于细胞系实验和生物信息学分析，缺乏体内模型验证和临床前瞻性数据	探究肺腺癌肿瘤异质性及FOS转录因子在治疗抵抗中的作用机制	肺腺癌患者样本（GSE164789数据集）及A549、NCI-H1975细胞系	肿瘤免疫学	肺腺癌	scRNA-seq, CCK-8, Edu, Transwell, 伤口愈合实验	MTRS预后模型	单细胞转录组数据	公共数据集GSE164789的肺腺癌样本（具体样本数未明确说明）
180	2025-09-13	Cellular communication network factor 2 regulates smooth muscle cell transdifferentiation and lipid accumulation in atherosclerosis 2024-12-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae215 PMID:39365752	研究论文	本研究揭示了细胞通讯网络因子2（CCN2）在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞转分化和脂质积累的保护性作用	首次发现SMC特异性CCN2缺失通过内质网应激、内吞作用和脂质积累机制加剧动脉粥样硬化	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证尚有限	阐明CCN2在动脉粥样硬化中调控平滑肌细胞可塑性的功能及机制	人和小鼠的血管平滑肌细胞（SMC）	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq），诱导性基因敲除模型	NA	基因表达数据	人和小鼠的动脉粥样硬化样本