单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30729 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2025-09-06 |
Identification of Schwann Cells in Human Intracranial Arteries: Potential Regulatory Role in Atherosclerotic Plaque Progression
2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202503033
PMID:40574459
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研究论文 | 通过多模态分析揭示人颅内动脉中雪旺细胞的存在及其在动脉粥样硬化斑块进展中的潜在调控作用 | 首次在人类颅内动脉中鉴定雪旺细胞，并发现其通过髓鞘形成和细胞间通讯参与斑块病理生物学 | 样本量较小（n=16），且依赖死后组织，可能限制临床推广性 | 探究雪旺细胞在颅内动脉粥样硬化中的角色及神经血管相互作用的机制 | 人类颅内动脉样本（含斑块与非斑块区域） | 神经血管生物学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、超微结构定量分析、细胞间通讯分析 | NA | 组织样本、基因表达数据 | 16名捐赠者的颅内动脉样本 |
| 162 | 2025-09-06 |
Tracking clonal dynamics of CD8 T cells and immune dysregulation in progression of systemic lupus erythematosus with nephritis
2025-Aug, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01504-2
PMID:40744996
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研究论文 | 通过单细胞测序技术研究系统性红斑狼疮肾炎进展中CD8 T细胞的克隆动态和免疫失调机制 | 首次整合单细胞RNA和TCR测序揭示CD8效应T细胞克隆扩增是疾病恶化的关键驱动因素，并发现干扰素信号通路与细胞毒性T细胞功能障碍的关联 | 样本量较小（6名SLE患者），需要更大规模研究验证发现 | 探究系统性红斑狼疮疾病进展中的免疫机制和生物标志物 | 系统性红斑狼疮患者和健康对照者的外周血单核细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 批量RNA测序 | NA | 单细胞测序数据, 批量测序数据 | 6名SLE患者（19个样本）和32名健康供体，外加两个外部验证数据集（141名SLE患者和178名对照） |
| 163 | 2025-09-06 |
Computational methods for alternative polyadenylation and splicing in post-transcriptional gene regulation
2025-Aug, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01496-z
PMID:40804481
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综述 | 本文全面回顾了用于选择性多聚腺苷酸化和选择性剪接检测与差异分析的计算方法 | 系统总结了单细胞RNA测序专用技术，并提供了群体和单细胞水平基因调控的新见解 | NA | 探讨转录后基因调控中APA和AS的计算分析方法 | 选择性多聚腺苷酸化(APA)和选择性剪接(AS)事件 | 生物信息学 | NA | RNA测序（包括bulk和single-cell RNA sequencing） | NA | RNA测序数据 | NA |
| 164 | 2025-09-06 |
Progress in the Application of Single-Cell Sequencing in Neoadjuvant Therapy for Esophageal Cancer
2025-Jul, Cureus
DOI:10.7759/cureus.89163
PMID:40895953
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综述 | 本文探讨单细胞测序技术在食管癌新辅助治疗中的应用进展及其对肿瘤微环境和治疗策略的启示 | 提供了评估新辅助治疗有效性的新视角，并通过单细胞水平分析揭示个体细胞差异 | 未明确提及具体研究限制，但属于技术应用综述而非实证研究 | 推动食管癌新辅助治疗策略的优化和个性化治疗发展 | 食管癌肿瘤微环境及接受新辅助治疗的患者群体 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞测序（sc-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 165 | 2025-09-06 |
Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline
2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf063
PMID:40391086
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研究论文 | 介绍了一个用于整合分析scRNA-seq和scTCR-seq数据的全面且灵活的分析流程immunopipe | 提供命令行工具和用户友好的Web界面，支持无编程经验的研究人员进行配置和执行监控 | NA | 增强对T细胞介导免疫的理解并促进免疫治疗发展 | 单细胞RNA测序和T细胞受体测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scTCR-seq | NA | 基因组测序数据 | NA |
| 166 | 2025-09-06 |
A Multimodal Spatial and Epigenomic Atlas of Human Adult Lung Topography
2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655666
PMID:40475598
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研究论文 | 构建了一个整合多模态单核人类肺图谱，涵盖健康成人肺部的空间和表观基因组特征 | 首次通过整合snRNA-seq和SNARE-seq2技术，在单核水平同时分析染色质可及性和基因表达，并利用空间转录组学技术MERFISH精确定位细胞亚型 | 研究仅基于11名健康成年人样本，样本多样性可能有限 | 开发高分辨率的人类肺部空间参考图谱，以研究肺部疾病的发病机制 | 人类成人肺部组织，特别是远端气道、肺泡和间质区域 | 数字病理学 | 肺部疾病 | snRNA-seq, SNARE-seq2, MERFISH, 多重免疫荧光 | NA | 基因组数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据 | 49个肺组织块，746,047个细胞核，来自11名健康成年人 |
| 167 | 2025-09-06 |
Antiviral CD4 + T and myeloid cell responses to influenza vaccines are attenuated in older adults
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651528
PMID:40654992
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研究论文 | 研究揭示老年人对流感疫苗的CD4+ T细胞和髓系细胞抗病毒反应减弱 | 通过单细胞转录组学发现老年人T辅助细胞和髓系细胞中干扰素转录特征减弱，并首次提出针对髓系细胞反应定制疫苗的必要性 | 研究主要基于体外和离体实验，需要进一步体内验证；样本规模和多样性未明确说明 | 探究不同年龄群体对流感疫苗的B细胞、CD4+ T细胞和髓系细胞免疫反应差异 | 老年人和年轻成年人的免疫细胞对流感疫苗抗原的反应 | 免疫学 | 老年性疾病 | 单细胞转录组学、体外和离体实验 | NA | 人类样本数据、转录组数据 | NA |
| 168 | 2025-09-06 |
Adhesion-Related Pathways and Functional Polarization of Astrocytes in Traumatic Brain Injury: Insights from Single-cell RNA Sequencing
2025-04-27, Neuromolecular medicine
IF:3.3Q2
DOI:10.1007/s12017-025-08858-w
PMID:40287916
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析创伤性脑损伤后星形胶质细胞的功能异质性和粘附相关通路的调控作用 | 首次在TBI模型中系统识别星形胶质细胞A1/A2亚型的功能分化轨迹，并揭示细胞粘附通路在功能极化中的关键调控作用 | 研究基于小鼠模型，人类TBI中的适用性需要进一步验证 | 解析创伤性脑损伤后星形胶质细胞的功能异质性及其调控机制 | 小鼠皮层和海马区的星形胶质细胞 | 生物信息学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 伪时间轨迹分析 | 基因表达数据 | 创伤性脑损伤小鼠模型的皮层和海马组织样本 |
| 169 | 2025-09-06 |
Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment
2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.29.542774
PMID:37398280
|
研究论文 | 开发并验证了一种使用人血浆样培养基和稳定同位素示踪技术，在体外研究胶质母细胞瘤微环境中代谢与免疫相互作用的新方法 | 首次将人血浆样培养基（HPLM）与稳定同位素示踪技术结合，在保留肿瘤微环境完整性的条件下研究胶质瘤代谢 | 体外模型仍可能无法完全模拟体内复杂的微环境条件 | 研究胶质母细胞瘤微环境中的代谢特征和免疫代谢串扰 | 人胶质瘤外植体和胶质瘤干细胞样细胞系 | 癌症代谢研究 | 胶质母细胞瘤 | 稳定同位素示踪技术（15N2-谷氨酰胺示踪）、空间转录组学 | 体外细胞培养模型 | 代谢组学数据、转录组学数据 | 人IDH野生型胶质母细胞瘤外植体和胶质瘤干细胞系 |
| 170 | 2025-09-06 |
scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution
2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.19.613754
PMID:39345504
|
研究论文 | 提出首个从DNA序列建模单细胞分辨率多模态基因组谱的框架scooby | 首次实现单细胞分辨率下从序列直接预测scRNA-seq和scATAC-seq谱，引入细胞特异性解码器并利用预训练基础模型Borzoi | NA | 构建能够捕捉细胞异质性的基因调控统一模型 | 单细胞多模态基因组数据（scRNA-seq和scATAC-seq） | 基因组学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 多模态基因组分析 | 基于Borzoi的深度学习框架 | 基因组序列数据，单细胞多组学数据 | 造血系统数据集（具体样本量未明确说明） |
| 171 | 2025-09-06 |
A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies
2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770
PMID:39745391
|
临床试验 | 本研究评估了在低级别B细胞淋巴瘤患者中，将OX40激动剂加入原位癌症疫苗疗法的安全性和初步疗效 | 首次在人体试验中测试OX40激动剂与TLR9激动剂SD101及低剂量放疗的联合疗法，并揭示了临床前模型与人类研究间的转化挑战 | 样本量较小（14例患者），临床效果不如单独使用TLR9激动剂和放疗，且存在T细胞亚群异质性和可溶性OX40的复杂生物学效应 | 测试OX40激动剂联合TLR9激动剂和低剂量放疗在低级别B细胞淋巴瘤患者中的安全性和疗效 | 低级别B细胞淋巴瘤患者 | 肿瘤免疫治疗 | 淋巴瘤 | 流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、分子生物学数据 | 14例患者 |
| 172 | 2025-09-06 |
Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers
2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.05.592608
PMID:38766132
|
研究论文 | 提出基于Transformer的自监督工作流CellTransformer，用于小鼠大脑空间转录组数据的细粒度区域发现 | 开发新型编码器-解码器架构CellTransformer，能够分层学习组织特征并发现数百个未标注脑区 | NA | 解决器官级空间转录组数据分析中的关键瓶颈，实现可扩展的自我监督空间域检测 | 小鼠大脑组织 | 空间转录组学 | NA | MERFISH, Slide-seqV2, 空间转录组学 | Transformer, 编码器-解码器架构 | 空间转录组数据 | 四个个体小鼠的900万个细胞，跨越200多个组织切片 |
| 173 | 2025-09-06 |
Annexin A's Life in Pan-Cancer: Especially in Glioma Immune Cells
2025-02-26, Neuromolecular medicine
IF:3.3Q2
DOI:10.1007/s12017-024-08827-9
PMID:40011350
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据，全面评估ANXA2和ANXA4在泛癌及胶质瘤中的表达模式、功能影响及与免疫细胞的关联 | 首次通过单细胞测序分析揭示ANXA2和ANXA4在GBM中主要由M2巨噬细胞表达，并发现其表达水平与巨噬细胞和CD4+静止记忆T细胞存在强相关性 | 分析工具之间存在不一致性，凸显了需要采用多种方法准确识别差异表达基因的必要性 | 探究Annexin A家族在癌症特别是胶质瘤免疫细胞中的预后意义和功能作用 | 多种癌症类型，特别关注胶质母细胞瘤(GBM)和低级别胶质瘤 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 多组学数据分析、单细胞测序分析、差异表达基因鉴定、生存分析、共表达研究 | NA | 基因组数据、转录组数据、单细胞测序数据 | 基于TCGA数据库的泛癌样本和胶质瘤样本 |
| 174 | 2025-09-06 |
A framework to mine laser microdissection-based omics data and uncover regulators of pancreatic cancer heterogeneity
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf101
PMID:40910795
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研究论文 | 提出并验证了一个优化框架，用于挖掘基于激光显微切割的组学数据，以揭示胰腺癌异质性的调控因子 | 开发了增强低表达基因检测灵敏度的LMD-seq方法，优于单细胞RNA-seq，并能识别罕见肿瘤细胞群体和低表达转录程序 | NA | 阐明胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤内异质性的分子机制和调控网络 | 胰腺导管腺癌(PDAC)的空间分辨肿瘤区域 | 生物信息学 | 胰腺癌 | RNA-seq, 激光显微切割(LMD) | NA | 转录组数据 | NA |
| 175 | 2025-09-06 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1609616
PMID:40547038
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研究论文 | 结合单细胞和空间转录组学揭示二氧化硅损伤肺中应激诱导的EMT样上皮亚群驱动免疫激活 | 发现了一个新型的应激诱导上皮亚群C0，具有混合表型，通过特定信号通路驱动免疫细胞招募和激活 | 研究基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证 | 探究慢性损伤过程中肺上皮细胞调控免疫应答的机制 | 二氧化硅暴露的小鼠肺部上皮细胞 | 数字病理学 | 肺病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 二氧化硅暴露56天的小鼠肺部样本 |
| 176 | 2025-09-06 |
Supervised Gromov-Wasserstein Optimal Transport with Metric-Preserving Constraints
2025, SIAM journal on mathematics of data science
IF:1.9Q1
DOI:10.1137/24m1630499
PMID:40893388
|
研究论文 | 提出一种带度量保持约束的监督Gromov-Wasserstein最优传输方法，扩展了传统GW框架并应用于单细胞RNA测序数据对齐 | 在Gromov-Wasserstein最优传输中引入无穷大成本张量条目，通过求解最小顶点覆盖问题实现高阶约束到耦合矩阵约束的转换 | NA | 开发一种能够控制距离保持程度的监督最优传输方法，用于部分重叠数据集的对齐 | 合成数据集和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督Gromov-Wasserstein最优传输，mirror-C下降迭代 | 数值数据，基因表达数据 | NA |
| 177 | 2025-09-06 |
Machine Learning-Derived Neddylation Gene Signature for Predicting Prognosis and Immunotherapy Benefits in Colorectal Cancer
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S532644
PMID:40894303
|
研究论文 | 通过机器学习开发neddylation相关基因标签，用于预测结直肠癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次结合单细胞RNA测序和十种机器学习算法构建neddylation相关基因标签，并系统分析其与免疫微环境和治疗反应的关系 | 需要进一步验证 | 探索neddylation在结直肠癌中的作用并开发预后预测模型 | 结直肠癌患者 | 机器学习 | 结直肠癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习算法 | 多种机器学习算法组合 | 基因表达数据 | 来自TISCH、TCGA和GEO数据库的结直肠癌样本 |
| 178 | 2025-09-06 |
Cellular interactions and Ion channel signatures in atrial fibrillation remodeling: insights from single-cell analysis and machine learning
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1615574
PMID:40894480
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研究论文 | 通过单细胞分析和机器学习探究心房颤动中心肌细胞相互作用和离子通道特征 | 首次结合单细胞RNA测序与机器学习算法（LASSO和SVM）系统揭示AF结构重塑中的细胞亚型分化轨迹及离子通道标志物ANO1/GRIK2 | 研究样本量有限，未进行实验验证预测的药物靶向效果 | 阐明心房颤动结构重塑和电重塑的细胞分子机制 | 心房颤动患者和窦性心律对照者的心房成纤维细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | scRNA-seq, 机器学习(LASSO/SVM), GO/KEGG/GSEA富集分析 | LASSO, SVM | 单细胞转录组数据，微阵列数据 | 未明确样本数量（AF患者与SR对照组心房成纤维细胞） |
| 179 | 2025-09-06 |
eQTL and multi-omics integration reveal PPIH as a prognostic and immunotherapeutic biomarker
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1647722
PMID:40895540
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研究论文 | 通过整合多组学数据识别PPIH作为跨癌种的预后和免疫治疗生物标志物 | 首次通过孟德尔随机化整合eQTL与GWAS数据，结合单细胞转录组分析揭示PPIH在肿瘤微环境中的新功能 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅局限于肝癌细胞系 | 系统识别跨癌种生物标志物并评估其临床应用潜力 | 多癌种患者数据（食管腺癌、胃癌、肾透明细胞癌等）及肝癌细胞系 | 生物信息学 | 多癌种（泛癌） | 孟德尔随机化、多组学整合分析、单细胞转录组测序、体外实验 | NA | 基因组、转录组、单细胞数据 | 多种癌症类型的GWAS和eQTL汇总统计数据，具体样本量未明确说明 |
| 180 | 2025-09-06 |
A fusion ORF3a-E subgenomic RNA involved in SARS-CoV-2 infection efficacy by influencing cellular protein synthesis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1619538
PMID:40895568
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研究论文 | 本文发现SARS-CoV-2的一种新型亚基因组RNA（ORF3a-E-sgRNA）通过调控细胞蛋白合成影响病毒感染效率 | 首次鉴定出同时编码ORF3a和E蛋白的融合型亚基因组RNA，并揭示其通过促进核糖体蛋白RPS3表达增强病毒翻译能力的机制 | NA | 探究SARS-CoV-2亚基因组RNA在病毒感染过程中的功能机制 | SARS-CoV-2病毒及其感染的16HBE人支气管上皮细胞系 | 病毒学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | RNA测序数据 | SARS-CoV-2感染的细胞系（未注明具体样本数量） |