单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-05-15	[Nafamostat Mesylate Alleviates Renal Ischemia-Reperfusion Injury in a Rat Model Through HMGB1 Modulation: An Omics Analysis -Based Study of the Protective Effect and the Mechanisms Involved] 2025-Jan-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition DOI:10.12182/20250160506 PMID:40109453	研究论文	研究甲磺酸萘莫司他（NM）在肾缺血再灌注损伤（RIRI）模型中的器官保护作用及其潜在机制	通过单细胞RNA测序和组学分析，揭示了NM通过调节HMGB1介导的巨噬细胞功能异常发挥保护作用的机制	研究仅基于大鼠模型，未涉及人类样本，且样本量较小（每组7只）	探究NM在RIRI中的保护作用及其分子机制	健康雄性Sprague-Dawley大鼠	肾脏病学	肾缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序、免疫荧光、Western blotting、HE染色、TUNEL染色	大鼠RIRI模型	血清生化指标、组织病理学数据、单细胞转录组数据	21只SD大鼠（分为3组，每组7只）
162	2025-05-15	T cell receptor usage and epitope specificity amongst CD8+ and CD4+ SARS-CoV-2-specific T cells 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1510436 PMID:40092978	研究论文	研究SARS-CoV-2特异性CD8+和CD4+ T细胞的表位特异性、T细胞受体（TCR）使用情况及表型变化	揭示了SARS-CoV-2特异性T细胞的长期动态变化，包括TCR克隆扩展和共享的公共TCR表位特异性库，为疫苗策略优化提供了新见解	样本量较小（28人），且仅针对未接种疫苗的个体进行研究	理解SARS-CoV-2感染后长期免疫保护机制	SARS-CoV-2康复患者的CD8+和CD4+ T细胞	免疫学	COVID-19	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	细胞数据、基因序列数据	28名未接种疫苗的SARS-CoV-2原发感染患者
163	2025-05-15	Metabolic pathway activation and immune microenvironment features in non-small cell lung cancer: insights from single-cell transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1546764 PMID:40092988	research paper	通过单细胞转录组学数据研究非小细胞肺癌中代谢途径的激活和免疫微环境特征	利用单细胞RNA测序技术揭示了非小细胞肺癌中四种高度激活的代谢途径及其与免疫微环境的关系，并构建了具有强预测能力的风险特征	未来研究需要进一步探索这些代谢途径的具体机制及其在临床应用中的潜力	深入了解非小细胞肺癌中肿瘤微环境及其代谢特征，为开发新的治疗策略提供依据	非小细胞肺癌	digital pathology	lung cancer	scRNAseq, WGCNA	machine learning algorithms	single-cell RNA sequencing data	29,053 cells
164	2025-05-15	Unveiling the immunological landscape of disseminated tuberculosis: a single-cell transcriptome perspective 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1527592 PMID:40092995	研究论文	通过单细胞转录组和T细胞受体测序，揭示了播散性结核病的免疫学特征及其潜在发病机制	首次在单细胞水平上揭示了播散性结核病患者的免疫细胞组成变化、T细胞功能耗竭特征以及独特的TCR特征	样本量较小（仅7例DTB患者），且为横断面研究，无法确定观察到的免疫特征与疾病发展的因果关系	阐明播散性结核病的免疫学特征及其发病机制	播散性结核病患者的免疫细胞和T细胞受体特征	免疫学	结核病	单细胞RNA转录组测序、T细胞受体(TCR)测序	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	7例播散性结核病患者、2例潜伏性结核感染、3例活动性结核病例和2例健康对照
165	2025-05-15	Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq to reveal the association and potential molecular mechanisms of metabolic reprogramming regulated by lactylation and chemotherapy resistance in ovarian cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1513806 PMID:40093000	研究论文	通过整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据，揭示了乳酸化调控的代谢重编程与卵巢癌化疗耐药性的关联及其潜在分子机制	首次发现ALDH1A1和S100A4两个候选基因与乳酸化化疗耐药性相关，并揭示了乳酸积累与化疗耐药性的关联	研究样本量有限，未进行大规模临床验证	阐明卵巢癌化疗耐药性中乳酸化相关机制，为克服耐药性提供新的理论基础和治疗策略	卵巢癌组织和细胞	数字病理	卵巢癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 差异表达分析, 生存分析, 富集分析	NA	RNA-seq数据	铂耐药队列和敏感队列的卵巢癌组织及细胞
166	2025-05-15	Integration of single-nuclei and spatial transcriptomics to decipher tumor phenotype predictive of relapse-free survival in Wilms tumor 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1539897 PMID:40098972	研究论文	通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据，研究团队识别出与Wilms肿瘤复发相关的肿瘤亚型，并开发了一个预后模型来预测患者的无复发生存期	首次整合单核RNA测序和空间转录组学数据识别Wilms肿瘤中与复发相关的Scissor+肿瘤细胞亚型，并开发了一个预后集合机器学习模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能受限于样本量和数据质量	识别驱动Wilms肿瘤复发的分子特征并发现新的治疗靶点	Wilms肿瘤患者及其肿瘤组织	数字病理学	Wilms肿瘤	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(ST), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), 突变/拷贝数分析	集合机器学习模型	RNA测序数据, 空间转录组数据, 突变数据, 拷贝数变异数据	公共数据库中的Wilms肿瘤样本
167	2025-05-15	Integrative analysis of semaphorins family genes in colorectal cancer: implications for prognosis and immunotherapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1536545 PMID:40103807	研究论文	该研究通过整合多种机器学习算法和多组学分析，构建了一个与semaphorins家族基因相关的评分系统（SRS），用于预测结直肠癌患者的预后和免疫治疗反应	开发了一个基于101种机器学习算法组合的新型计算框架来构建SRS评分系统，并首次在结直肠癌中系统评估semaphorins家族基因的预后价值	研究主要基于计算分析和体外实验，需要更多临床样本验证SRS评分的临床应用价值	评估semaphorins家族基因在结直肠癌中的预后价值并探索其与免疫治疗的关系	结直肠癌患者和癌细胞系	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组（ST）	多种机器学习算法组合	基因组数据、转录组数据	未明确说明患者样本数量，包含体外实验的癌细胞系
168	2025-05-15	Single-cell RNA-seq reveals disease-specific CD8+ T cell clonal expansion and a high frequency of transcriptionally distinct double-negative T cells in diabetic NOD mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317987 PMID:40106422	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病NOD小鼠中CD8+ T细胞的克隆扩增和转录特征	首次在单细胞水平上揭示了T1D进展过程中T细胞的克隆扩增和转录特征，并发现了一种高频的转录独特的双阴性T细胞	研究仅针对NOD小鼠，未在人类样本中验证	识别与1型糖尿病进展相关的T细胞克隆扩增和转录特征	非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的外周血和胰岛中的T细胞	单细胞转录组学	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	纵向收集的NOD小鼠外周血和胰岛样本
169	2025-05-15	Spatial proteomics and transcriptomics characterization of tissue and multiple cancer types including decalcified marrow 2025-Jan, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.1177/18758592241308757 PMID:40109220	研究论文	本研究通过优化空间生物学技术方法，包括开发多癌症组织微阵列和骨髓脱钙协议，以支持空间蛋白质组学和转录组学研究	开发了一种分子和蛋白质友好的脱钙协议，用于处理FFPE骨髓核心样本，以保留核酸用于空间蛋白质组学和转录组学分析	研究中未提及样本量的具体数字，且可能受限于特定技术平台的应用范围	优化空间生物学技术方法，解决各种组织和肿瘤类型的预分析挑战	多癌症组织微阵列和骨髓核心样本	空间生物学	多癌症类型	PhenoCycler高多重免疫组化(IHC)，Xenium空间转录组学	NA	空间蛋白质组学和转录组学数据	NA
170	2025-05-15	Aspartate beta-hydroxylase is a prognostic factor in gallbladder cancer with the function of promoting tumorigenesis and chemoresistance 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1452345 PMID:40110547	research paper	该研究探讨了天冬氨酸β-羟化酶（ASPH）在胆囊癌中的预后价值及其促进肿瘤发生和化疗耐药的功能	首次发现ASPH在胆囊癌中的高表达与不良预后相关，并揭示了其在肿瘤免疫逃逸、转移和化疗耐药中的多重作用	研究样本量有限（215例），且需要进一步实验验证传统中药活性成分对ASPH的靶向作用	探索胆囊癌的新型生物标志物和治疗靶点	胆囊癌组织和患者	肿瘤学	胆囊癌	RNA-seq、孟德尔随机化、免疫组化、单细胞测序、网络药理学	NA	基因表达数据、临床数据	215例胆囊癌患者
171	2025-05-15	A single-cell RNA sequencing atlas of the healthy canine lung: a foundation for comparative studies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1501603 PMID:40114924	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术构建了健康犬肺的单细胞图谱，揭示了犬肺组织的细胞和分子异质性	首次对健康犬肺组织进行单细胞RNA测序分析，发现了46个转录不同的细胞亚群，包括罕见的非传统T细胞和雪旺细胞	研究仅使用了4只犬的肺组织样本，样本量较小	建立健康犬肺的单细胞图谱，为犬和人类肺部疾病的比较研究提供基础	健康犬的肺组织	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	4只犬的26,278个细胞
172	2025-05-15	Cloning and validating systems for high throughput molecular recording 2025, Methods in enzymology DOI:10.1016/bs.mie.2025.01.015 PMID:40121084	研究论文	本文描述了构建分子记录谱系追踪系统的优化克隆和验证程序	利用CRISPR-Cas9条形码编辑技术生成基因组整合的工程DNA盒突变，通过单细胞RNA测序读取并生成高分辨率谱系树	NA	开发并验证高通量分子记录技术	分子记录谱系追踪系统的克隆和验证	分子生物学	NA	CRISPR-Cas9条形码编辑, 单细胞RNA测序	NA	DNA序列, RNA序列	NA
173	2025-05-15	Harnessing single-cell and multi-omics insights: STING pathway-based predictive signature for immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1575084 PMID:40308576	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模转录组数据，开发了一个基于STING通路的预测标志物（STINGsig），用于预测肺腺癌免疫治疗的响应	首次整合单细胞和转录组数据开发STING通路相关标志物，并通过小鼠模型验证了关键基因ERRFI1在增强抗肿瘤免疫和α-PD1治疗中的协同作用	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步临床验证	探究STING通路与肺腺癌免疫治疗响应的关系	肺腺癌患者样本和小鼠模型	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多色流式细胞术	机器学习框架（101种）	转录组数据、单细胞数据	公共数据库（GEO、TCGA）数据和小鼠模型
174	2025-05-15	MS4A7 based metabolic gene signature as a prognostic predictor in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1591446 PMID:40356720	研究论文	本研究探讨了MS4A7基因在肺腺癌预后和免疫微环境动态中的作用，并开发了一个基于代谢基因的预后预测模型	首次将MS4A7基因与肺腺癌的预后和免疫微环境动态联系起来，并开发了一个高预测准确性的预后模型	研究依赖于TCGA数据库的RNA-seq数据，可能无法完全代表所有肺腺癌患者的异质性	探索MS4A7基因在肺腺癌预后和免疫微环境中的作用	肺腺癌患者和MS4A7基因	数字病理	肺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	LASSO-Cox回归	RNA-seq数据	500名肺腺癌患者
175	2025-05-15	Single-cell transcriptomics and functional validation revealed PLEKHA5-L as a promoter of growth and migration in brain metastatic melanoma cells 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1560954 PMID:40356756	研究论文	通过单细胞转录组学和功能验证揭示了PLEKHA5-L作为促进脑转移黑色素瘤细胞生长和迁移的分子	首次在单细胞水平上发现PLEKHA5在脑转移黑色素瘤中的表达增加，并验证了PLEKHA5-L通过上调HRAS、AKT3等癌基因促进黑色素瘤的迁移和增殖	样本量较小（7个黑色素瘤样本），且仅在动物模型中验证了PLEKHA5的表达	研究促进黑色素瘤脑转移的分子机制，寻找潜在的治疗靶点	黑色素瘤细胞，特别是脑转移的黑色素瘤细胞	癌症研究	黑色素瘤	单细胞RNA测序，RNA干扰，慢病毒载体过表达，CCK8测试，集落形成测试，transwell小室实验，RNA测序	NA	RNA测序数据	7个黑色素瘤样本（4个原发，3个脑转移）
176	2025-05-15	An immune cell activation signature reflected hepatocellular carcinoma heterogeneity and predicted clinical outcomes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534611 PMID:40356904	研究论文	本研究开发了一个六基因特征，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后，并探讨了候选基因RORC在HCC进展中的作用	开发了一个新的六基因特征，能够有效预测HCC患者的预后，并揭示了候选基因RORC在HCC进展中的调控机制及其与多药耐药性的关联	研究依赖于公共数据集进行验证，可能受到数据质量和样本量的限制	识别可靠的免疫激活相关预后标志物，以预测HCC患者的临床结果	肝细胞癌（HCC）患者	生物信息学	肝细胞癌	基因表达分析、单细胞测序、免疫组化（IHC）	NA	基因表达数据、单细胞测序数据、免疫组化数据	三个独立的GEO数据集中的样本
177	2025-05-15	Identification of B cell antigens in solid cancer: initial insights and functional implications 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571570 PMID:40356924	review	本文综述了B细胞在实体癌中的抗原识别及其功能意义	强调了B细胞抗原在癌症免疫反应中的重要性，并利用单细胞测序技术进行抗原特异性研究	NA	探索B细胞在癌症中的抗原识别及其功能	B细胞抗原	免疫学	实体癌	单细胞测序、重组单克隆抗体生产、癌症结合筛选	NA	NA	NA
178	2025-05-15	Exploring WNT pathway dysregulation in serrated colorectal cancer for improved diagnostic and therapeutic strategies 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1586867 PMID:40357363	研究论文	本研究探讨了WNT通路在锯齿状结直肠癌(SCC)中的异常调控，旨在通过多组学数据开发一种WNT驱动的分型模型以识别SCC患者	整合了批量数据和单细胞数据到多组学框架中，开发了WNT驱动的分型模型，并探索了针对SCC的潜在药物靶点	研究中使用的样本量虽然较大，但SCC作为一种罕见亚型，样本代表性可能有限	探索WNT通路在结直肠癌中的改变，开发识别SCC患者的分型模型	1751例结直肠癌患者的多组学数据和33例正常及癌组织的单细胞转录组数据	数字病理学	结直肠癌	多组学分析，单细胞转录组测序	无监督聚类模型	基因组数据，转录组数据	1751例结直肠癌患者(来自TCGA和GEO数据库)，33例正常和癌组织(来自SMC研究队列)
179	2025-05-15	Single-cell transcriptomic construction of fibroblast score for analysis of immune infiltration in primary and metastatic ovarian cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1549541 PMID:40357367	研究论文	通过单细胞转录组数据构建成纤维细胞评分，分析原发性和转移性卵巢癌中的免疫浸润	构建了一种新的成纤维细胞评分（Fib score），并发现TIMP3通过调控CXCL12/CXCR4信号轴影响卵巢癌的预后、免疫抑制和耐药性	研究仅基于单细胞转录组数据，未进行实验验证	探索原发性和转移性卵巢癌中的免疫浸润及成纤维细胞差异标志物在卵巢癌免疫调节中的作用	原发性和转移性卵巢癌的单细胞转录组数据	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组测序	COX单因素分析	转录组数据	NA
180	2025-05-15	Natural history, immunological and genetic characteristics of preclinical inflammatory bowel disease (EARLY): study protocol for a prospective cohort study 2025, Therapeutic advances in gastroenterology IF:3.9Q1 DOI:10.1177/17562848251338647 PMID:40365077	研究论文	该研究旨在探索炎症性肠病（IBD）临床前期的自然史、免疫学和遗传学特征，通过前瞻性队列研究设计，收集多组学数据以预测疾病进展	首次系统研究IBD临床前期的多组学特征，并整合临床与组学数据构建长期疾病预测工具	研究依赖结直肠癌筛查项目发现的偶发病例，可能存在选择偏倚；10年随访周期较长，存在失访风险	描述IBD临床前期的特征并开发疾病预测模型	无症状IBD患者、新发症状患者及健康对照人群	数字病理学	炎症性肠病	多组学分析（基因组学、蛋白质组学、转录组学、单细胞RNA测序、代谢组学、微生物组学）	NA	生物样本数据（血液、尿液、粪便、活检组织）与临床数据	三组队列：无症状IBD患者、新诊断症状性IBD患者（<3个月）、健康对照（具体人数未明确）