单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-09-11	A drug response prediction method for single-cell tumors combining attention networks and transfer learning 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1631898 PMID:40917838	研究论文	提出一种结合注意力网络和迁移学习的单细胞肿瘤药物反应预测方法ATSDP-NET	首次整合批量细胞和单细胞数据，利用迁移学习和多头注意力机制增强单细胞水平药物反应预测的准确性和可解释性	NA	提高肿瘤细胞系对治疗药物反应的预测精度，支持个性化癌症治疗	小鼠急性髓系白血病细胞和人口腔鳞状细胞癌细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	注意力网络结合迁移学习	基因表达数据	四个单细胞RNA测序数据集
162	2025-09-11	Integrative scRNA-seq and transcriptomic analysis initially reveals monocyte/macrophage activation drives EV-A71-induced immune dysregulation and neural injury in severe HFMD 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1620633 PMID:40918094	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和转录组分析，揭示单核/巨噬细胞激活在EV-A71引起的严重手足口病免疫失调和神经损伤中的作用	首次结合scRNA-seq和转录组动态分析，阐明巨噬细胞早期激活驱动EV-A71感染后免疫应答时序及神经损伤通路	样本量较小（一名重症患者与一名健康对照），机制验证主要基于体外实验	探究EV-A71导致重症手足口病的免疫机制，重点关注巨噬细胞的作用	外周血单核细胞（PBMCs）、巨噬细胞、神经细胞系SH-SY5Y	生物信息学	手足口病	scRNA-seq, 转录组测序, GO/KEGG富集分析, 细胞共培养	NA	单细胞转录组数据, 批量转录组数据	1例EV-A71重症HFMD患者与1例健康对照的PBMCs样本，体外感染实验包含不同病毒滴度组
163	2025-09-11	Exploring research trends in cancer immunotherapy via single-cell technologies: a scientometric perspective 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1640224 PMID:40918118	综述	本文通过科学计量学方法分析单细胞技术在癌症免疫治疗领域的研究趋势	首次采用多工具联合（Bibliometrix、CiteSpace等）对Web of Science中4856篇文献进行量化分析与可视化，揭示研究热点与趋势	仅基于文献计量分析，未涉及原始实验数据验证	探索单细胞技术在癌症免疫治疗中的研究动态与发展趋势	Web of Science核心合集中关于单细胞测序在癌症免疫治疗应用的学术文献	生物信息学	癌症	单细胞测序、空间转录组学	NA	文献元数据	4856篇文献
164	2025-09-11	Gzmk+ CD8 T cells in inflammatory diseases 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1661755 PMID:40918115	综述	本文综述了Gzmk+ CD8 T细胞在炎症性疾病中的调控、功能作用及机制	聚焦于新发现的Gzmk+ CD8 T细胞亚群，强调其独立于细胞毒功能的促炎作用	NA	阐明Gzmk+ CD8 T细胞在炎症性疾病中的作用机制，探索潜在治疗靶点	Gzmk+ CD8 T细胞	免疫学	炎症性疾病	scRNA-seq	NA	NA	NA
165	2025-09-11	Prognostic model construction and immune microenvironment analysis of pyroptosis-related genes in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1595539 PMID:40918134	研究论文	基于单细胞RNA测序构建肝细胞癌焦亡相关基因的预后模型并分析免疫微环境	首次在单细胞分辨率下系统研究焦亡相关基因在肝细胞癌中的预后意义，并开发结合肿瘤分期和焦亡特征的临床预测工具	样本量相对有限（10个肿瘤样本），外部验证仅使用ICGC数据库	构建肝细胞癌的预后预测模型并探索免疫微环境特征	肝细胞癌患者组织样本（TCGA和ICGC数据库）及HCC细胞系	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, LASSO-Cox回归, RT-PCR, 免疫组化分析	LASSO-Cox预后模型	单细胞RNA测序数据，临床数据	10个HCC肿瘤及配对癌旁组织（60,496个细胞），TCGA队列365例，ICGC验证队列231例
166	2025-09-11	Spatial transcriptomics uncovers immune-cell plasticity and dedifferentiation signatures in aggressive lung adenocarcinoma subtypes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1620886 PMID:40918135	研究论文	本研究利用空间转录组学技术解析了肺腺癌亚型中的免疫细胞可塑性和去分化特征	首次在肺腺癌中通过空间转录组学揭示亚型转换的分子特征及去分化状态与肿瘤侵袭性的关联	样本仅来源于单一医疗中心，需更大规模验证	解析肺腺癌进展过程中亚型转换的分子特征并为治疗策略提供新见解	肺腺癌患者手术切除的肿瘤样本	空间转录组学	肺腺癌	空间转录组学测序（Illumina NovaSeq 6000）	NA	空间转录组数据	2022年河北医科大学第四医院肺腺癌手术样本（具体数量未明确）
167	2025-09-11	Exploring the biological functions and immune regulatory roles of IRAK3, TNFRSF1A, CX3CR1, and JUNB in T2DM combined with MAFLD: integrated bioinformatics and single-cell analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1587225 PMID:40918148	研究论文	本研究通过整合生物信息学和单细胞分析，探索IRAK3、TNFRSF1A、CX3CR1和JUNB在2型糖尿病合并代谢相关脂肪性肝病中的生物学功能及免疫调节作用	首次结合多组学数据识别并验证了四个自噬相关诊断生物标志物，并利用单细胞测序揭示肝组织细胞多样性及细胞通讯机制	研究主要基于公共数据库和动物模型，尚未进行大规模临床样本验证	识别和验证与T2DM相关MAFLD的自噬相关诊断生物标志物，探究疾病进展中的调控机制	2型糖尿病合并代谢相关脂肪性肝病大鼠模型及人类基因表达数据	生物信息学	2型糖尿病合并代谢相关脂肪性肝病	基因表达分析、WGCNA、PPI网络、机器学习、单细胞测序、实时荧光定量PCR、免疫组化	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据、单细胞转录组数据	四个GEO数据集（GSE15653、GSE89632、GSE24807、GSE23343）及动物实验样本
168	2025-09-11	Multiomics Integration and Machine Learning Reveal Colony Stimulating Factor 3 Receptor as a Key Gene and Therapeutic Target in Crohn's Disease 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/1619237 PMID:40918404	研究论文	通过多组学整合与机器学习识别CSF3R作为克罗恩病的关键基因和治疗靶点	首次整合多队列转录组数据并应用三种机器学习算法（随机森林、SVM-RFE、LASSO）联合孟德尔随机化分析，系统性验证CSF3R在克罗恩病中的因果作用和治疗潜力	NA	识别克罗恩病的关键分子驱动因素以推动诊断和治疗方法发展	克罗恩病患者和健康对照者的肠道组织样本	生物医学信息学	克罗恩病	转录组测序、单细胞RNA测序、qPCR、蛋白质印迹、免疫组化、免疫荧光、分子对接	随机森林, SVM-RFE, LASSO	基因表达数据、蛋白质数据	多队列人类肠道组织样本（具体数量未明确说明）
169	2025-09-11	Marker Gene-Guided Graph Neural Networks for Enhanced Spatial Transcriptomics Clustering 2025, AI medicine DOI:10.53941/aim.2025.100001 PMID:40918416	研究论文	提出一种基于标记基因引导图神经网络的空间转录组学聚类增强方法	首次将标记基因的领域知识融入图神经网络框架，通过对比学习和微调策略提升聚类效果	NA	提升空间转录组学数据的聚类分析性能	组织中的细胞空间分布与基因表达数据	生物信息学	NA	空间转录组学(ST)	图神经网络(GNN)	基因表达数据与空间位置信息	两个真实数据集（具体样本量未说明）
170	2025-09-11	Role of Meox1 in promoting lung tumor vascularization and impairing CD8+ T cell mediated immunity 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1645671 PMID:40919158	研究论文	本研究探讨转录因子Meox1在促进肺癌血管生成和抑制CD8+ T细胞免疫中的功能作用	首次系统性地通过scRNA-seq和SCENIC框架揭示Meox1在非小细胞肺癌中的细胞类型特异性调控网络，并证明其双重功能（促血管生成和免疫抑制）	初步研究结果，需进一步验证机制；动物模型数据尚未完全展开	阐明Meox1在肺癌血管生成和免疫调节中的分子机制，为靶向治疗提供新策略	非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤组织中的内皮细胞和免疫细胞	肿瘤生物学	肺癌	scRNA-seq, SCENIC, siRNA敲低	NA	单细胞RNA测序数据	NA
171	2025-09-11	Organelle stresses and energetic metabolisms promote endothelial-to-mesenchymal transition and fibrosis via upregulating FOSB and MEOX1 in Alzheimer's disease 2025, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2025.1605012 PMID:40919531	研究论文	本研究通过转录组分析揭示了阿尔茨海默病中细胞器应激和能量代谢重编程通过上调FOSB和MEOX1驱动内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化的分子机制	首次发现细胞器应激（线粒体、内质网、核应激）和能量代谢重编程通过FOSB和MEOX1上调促进AD病理过程，并验证PERK/FOSB/MEOX1作为潜在治疗靶点	主要基于3xTg-AD小鼠模型，人类数据验证相对有限；机制研究仍需进一步实验验证	阐明阿尔茨海默病中内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化的转录组机制	3xTg-AD小鼠模型脑组织及人类AD患者脑细胞	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-Seq, 知识驱动的转录组分析	NA	基因表达数据	3xTg-AD小鼠模型脑组织及人类AD患者scRNA-Seq数据集
172	2025-09-11	Updates on Parkinson's Disease 2025, Neuropsychiatric disease and treatment IF:2.5Q2 DOI:10.2147/NDT.S540718 PMID:40926796	综述	本文总结了帕金森病的最新研究进展，包括发病机制、诊断技术、治疗方法和当前挑战	结合α-突触核蛋白种子扩增检测与多模态神经影像技术，在疾病前驱期达到92%的诊断准确率；开发闭环深部脑刺激系统实现63%的优于传统方法的症状控制；利用单细胞空间转录组学识别多巴胺能神经元脆弱性特征	生物标志物在不同种族队列中存在30%的α-突触核蛋白阈值变异性；非运动症状管理仍是当前挑战	推动帕金森病从对症治疗向精准靶向干预的转变	帕金森病患者及疾病机制	神经科学	帕金森病	α-突触核蛋白种子扩增检测、多模态神经影像、单细胞空间转录组学、可穿戴设备数字表型分析	NA	生物标志物数据、神经影像数据、基因表达数据、运动数据	涉及II期临床试验数据，但具体样本量未明确说明
173	2025-09-11	Identification of Potential Targets for EGFR-Regulated Nucleus Pulposus Degeneration Using Single-Cell RNA Sequencing and Machine Learning 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S530776 PMID:40927356	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和机器学习方法识别EGFR调控的椎间盘髓核细胞退变潜在靶点	首次结合scRNA-seq、多种机器学习算法及体内外实验验证，发现JAK1作为EGFR下游调控靶点在髓核退变中的关键作用	样本量有限（6例严重IVDD样本），需进一步扩大验证	识别EGFR在髓核细胞退变过程中的关键下游调控分子	人类髓核细胞和小鼠模型	生物信息学	椎间盘退行性疾病	scRNA-seq, 伪时间分析, GSEA, WGCNA, 机器学习算法(Lasso/XGBoost/Random Forest)	集成机器学习模型	单细胞RNA测序数据	6例严重IVDD患者样本
174	2025-09-11	Integrated Single-Cell and Transcriptome Analysis with Experimental Validation Reveals PANoptosis-Related Gene Signatures in the Immune Microenvironment of Autoimmune Thyroiditis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525270 PMID:40927355	研究论文	本研究通过整合单细胞和转录组分析结合实验验证，揭示了自身免疫性甲状腺炎免疫微环境中PANoptosis相关基因的特征	首次在AIT中研究PANoptosis的作用，并鉴定出5个差异表达的PANoptosis相关基因及其在免疫微环境中的功能	NA	阐明PANoptosis基因与AIT免疫微环境的关系	自身免疫性甲状腺炎患者和健康个体的样本数据及动物模型	生物信息学	自身免疫性甲状腺炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ssGSEA, WGCNA, RT-qPCR, 免疫组化染色, ELISA	NA	基因表达数据	公共数据库中的AIT数据及收集的临床样本
175	2025-09-11	PRMT1-Mediated PARP1 Methylation Drives Lung Metastasis and Chemoresistance via P65 Activation in Triple-Negative Breast Cancer 2025, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0854 PMID:40927753	研究论文	本研究揭示PRMT1通过甲基化PARP1并激活P65，驱动三阴性乳腺癌的肺转移和化疗耐药	首次阐明PRMT1通过PARP1甲基化双向调控DNA损伤修复和NF-κB通路，进而促进肿瘤干细胞特性及免疫抑制微环境	机制研究主要基于体外实验，需进一步体内验证；临床样本量未明确说明	探究PRMT1在三阴性乳腺癌肺转移和化疗耐药中的具体作用机制	三阴性乳腺癌细胞及转移样本	癌症生物学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、质谱分析、免疫共沉淀、ELISA、CCK-8检测	NA	基因组数据、蛋白质互作数据、细胞功能实验数据	未明确说明样本数量（使用转移性TNBC样本进行单细胞测序）
176	2025-09-11	Multi-Omics and Clinical Validation Identify Key Glycolysis- and Immune-Related Genes in Sepsis 2025, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S539158 PMID:40927774	研究论文	通过多组学分析和临床验证识别脓毒症中关键的糖酵解和免疫相关基因	整合WGCNA、孟德尔随机化和机器学习算法识别出五个与糖酵解和免疫重塑相关的关键基因，并利用单细胞RNA测序揭示细胞类型特异性转录谱	研究主要基于公共数据库和单一临床队列，需要更大样本和功能实验进一步验证	探索糖酵解重编程与免疫功能障碍在脓毒症中的分子机制	脓毒症患者和公共基因表达数据	生物信息学	脓毒症	转录组分析、ssGSEA、WGCNA、孟德尔随机化、机器学习算法（LASSO、SVM-RFE、Boruta）、RT-qPCR、CIBERSORT、scRNA-seq	LASSO、SVM-RFE、Boruta	基因表达数据、临床血液学数据	来自GEO数据库的转录组数据和独立临床脓毒症队列
177	2025-09-11	Inflammation and mechanical force-induced bone remodeling 2024-Dec-30, Periodontology 2000 IF:17.5Q1 DOI:10.1111/prd.12619 PMID:39740162	综述	本文综述了炎症和机械力诱导的骨重塑机制，重点关注牙周炎和正畸牙齿移动中的细胞作用	整合单细胞RNA测序新发现，系统分析不同细胞类型在炎症与机械力协同作用下的骨重塑功能	NA	深入理解炎症和机械力驱动的骨重塑过程及其细胞机制	角质形成细胞、白细胞、基质细胞、骨细胞、成骨细胞和破骨细胞等关键细胞类型	骨生物学	牙周病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
178	2025-09-11	Cellular cartography reveals mouse prostate organization and determinants of castration resistance 2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.27.630532 PMID:39763898	研究论文	通过整合单细胞多组学和空间转录组学技术，构建小鼠前列腺细胞图谱，揭示去势抵抗的细胞机制	首次系统绘制小鼠前列腺各叶的细胞图谱，鉴定出叶特异性管腔上皮细胞类型及其与人类前列腺癌亚型的对应关系	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	解析前列腺癌去势治疗抵抗的细胞和分子机制	小鼠前列腺组织及人类前列腺癌样本	单细胞生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据	小鼠前列腺组织及人类前列腺癌meta分析数据
179	2025-09-11	Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Dec-19, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006 PMID:39743215	综述	本文综述了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型，并基于单细胞和空间转录组学研究总结了主要发现	整合了最新的单细胞转录组学、多组学和空间转录组学技术对神经退行性疾病模型的新见解	承认没有完美的动物模型存在	研究神经退行性疾病的病因和测试潜在治疗方法	阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型	生物医学研究	阿尔茨海默病和额颞叶痴呆	单细胞转录组学、多组学、空间转录组学	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
180	2025-09-11	Modeling Lewy body disease with SNCA triplication iPSC-derived cortical organoids and identifying therapeutic drugs 2024-09-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk3700 PMID:39259788	研究论文	利用SNCA基因三倍体iPSC来源的皮质类器官模拟路易体病并筛选潜在治疗药物	首次建立人源皮质类器官模型模拟路易体病α-突触核蛋白病理，并通过高通量药物筛选发现四种FDA批准药物可抑制α-突触核蛋白聚集	研究基于特定基因突变（SNCA三倍体）模型，可能无法完全代表所有路易体病亚型的病理机制	探究路易体病皮质神经元中α-突触核蛋白病理机制并筛选治疗药物	人诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的皮质类器官和兴奋性神经元	神经退行性疾病研究	路易体病	单细胞RNA测序、实时震动诱导转化检测（RT-QuIC）、高通量药物筛选	类器官模型	基因表达数据、分子功能验证数据	1280种FDA批准药物筛选，使用患者来源iPSC类器官和人脑组织样本