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当前共找到 39702 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2026-05-27 |
PalmaClust: A graph-fusion framework leveraging the Palma ratio for robust ultra-rare cell type detection in scRNA-seq data
2026-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.16.712161
PMID:41890078
|
research paper | 提出PalmaClust，一个基于帕尔马比率的图融合框架，用于在单细胞RNA测序数据中稳健检测超稀有细胞类型 | 首次将社会学中用于衡量尾部不平等的帕尔马比率引入单细胞RNA测序稀有细胞类型检测，通过融合基于不同基因选择统计量（帕尔马比率、基尼指数、法诺因子）的多个K近邻图，实现了对超稀有细胞群体的灵敏识别和校准置信度 | 文本未提及明确局限性，但可能依赖公共数据集的基准测试，缺乏对真实复杂组织样本的广泛验证 | 开发一种可扩展且统计稳健的方法，用于在单细胞RNA测序数据中灵敏检测稀有细胞群，同时提供校准置信度和可解释的分子特征 | 单细胞RNA测序数据中的稀有细胞群，包括短暂祖细胞、治疗耐药肿瘤亚克隆和抗原特异性淋巴细胞 | machine learning | NA | scRNA-seq, graph-fusion clustering | KNN, graph-fusion | gene expression data | 多个公共单细胞RNA测序数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 162 | 2026-05-27 |
Preferential formation of NUP98-KDM5A condensates at specific H3K4me3-rich loci drives leukemogenic gene expression
2026-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.16.712262
PMID:41889846
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研究论文 | 以NUP98-KDM5A为模型，研究染色体易位产生的融合蛋白如何通过染色质互作形成凝聚体并驱动致白血病基因表达 | 揭示了NUP98-KDM5A通过结合H3K4me3形成胶状凝聚体，并利用局部H3K4me3密度实现基因靶向选择性的机制，为理解染色质相关凝聚体解读表观遗传景观提供了通用框架 | 未提及 | 阐明NUP98融合蛋白的基因靶向和凝聚体行为的基本原理 | NUP98-KDM5A融合蛋白及其在白血病中的基因表达调控 | 机器学习 | 白血病 | 细胞成像、体外重建、基因组分析、单细胞测序 | NA | 图像、基因表达数据、单细胞测序数据 | 来自患者的单细胞测序数据 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 163 | 2026-05-27 |
FineST: contrastive learning integrates histology and spatial transcriptomics for nuclei-resolved ligand-receptor analysis
2026-Mar-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70528-7
PMID:41839892
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研究论文 | FineST是一种深度融合组织学图像与空间转录组数据的对比学习模型，用于细胞核分辨率的配体-受体分析 | 首次利用组织学基础模型的对比学习框架实现空间转录组数据与组织学图像的深度融合，突破分辨率限制并解决数据稀疏性问题 | 仅针对Visium平台进行重点应用验证，对Xenium等高分辨率平台的分析有待进一步拓展 | 实现高分辨率RNA表达插补、细胞类型预测和细胞间通讯模式识别的空间转录组分析方法 | 结直肠癌VisiumHD和乳腺癌Xenium数据集，以及多种癌症类型的肿瘤-免疫相互作用 | 数字病理学 | 结直肠癌, 乳腺癌, 鼻咽癌, 肝细胞癌 | 对比学习, 组织学基础模型 | 对比学习模型 | 组织学图像, 空间转录组数据 | 未提及具体样本数量 | 10x Genomics, NA | 空间转录组学 | 10x VisiumHD, 10x Xenium | 10x VisiumHD和10x Xenium平台，其中Visium为重点应用平台 |
| 164 | 2026-05-27 |
Melanocyte loss dominates the vitiligo transcriptome: a rank-based meta-analysis
2026-Mar-12, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.64898/2026.02.07.26345817
PMID:41728299
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研究论文 | 通过对六项独立转录组研究的秩次元分析，确定了白癜风中黑素细胞丢失的一致特征 | 首次通过秩次元分析方法整合多项转录组研究，识别出白癜风皮损中黑素细胞丢失的一致特征，并发现新的候选黑素细胞标记物 | 免疫激活的异质性可能受采样方法和疾病特征影响，需要进一步研究 | 识别白癜风的共识转录组特征 | 白癜风皮损样本 | 机器学习 | 白癜风 | RNA-seq 和 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 115个样本，包括微阵列、bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 165 | 2026-05-27 |
Gsx2 regulates oligodendrocyte precursor formation in the zebrafish spinal cord
2026-03, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2026.01.001
PMID:41491310
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研究论文 | 利用斑马鱼模型研究Gsx2基因通过单细胞多组学数据调控脊髓少突胶质前体细胞形成的作用机制 | 首次在斑马鱼脊髓中发现Gsx2在少突胶质前体细胞前体（pre-OPCs）中特异性表达，并通过基因敲除实验证明其调控OPC形成的时间窗口 | 仅基于斑马鱼模型验证，未在哺乳动物系统中进行功能验证；结论准确性和物种间保守性有待进一步确认 | 阐明神经前体细胞向少突胶质细胞谱系特化的分子调控机制，尤其关注Gsx2基因的功能 | 斑马鱼脊髓中的神经前体细胞（NPCs）及少突胶质前体细胞（OPCs） | 生物信息学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, 单细胞多组学 | NA | 基因组编辑数据, 单细胞转录组数据, 单核表观组数据 | 斑马鱼gsx2纯合突变体胚胎及对照胚胎（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 166 | 2026-05-27 |
Phf6 truncating mutation drives leukemogenesis via disrupted epigenetic regulation in mice
2026-03, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02828-8
PMID:41588055
|
研究论文 | 通过转基因小鼠模型揭示了Phf6截断突变通过破坏表观遗传调控驱动白血病发生的作用机制，并发现KAT6B是潜在治疗靶点 | 首次构建表达患者来源Phf6截断突变的转基因小鼠模型，证明该突变具有功能获得效应，不同于Phf6敲除小鼠不发病的特点 | 未提及具体局限性 | 阐明PHF6截断突变在白血病发生中的具体作用机制 | Phf6截断突变转基因小鼠（Phf6Tg）的造血系统 | 机器学习 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | scRNA-seq数据 | 转基因小鼠模型（Phf6Tg）的造血干细胞/祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 167 | 2026-05-27 |
Uncovering causal relationships in single-cell omic studies with causarray
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag175
PMID:41985059
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研究论文 | 提出causarray框架，用于在单细胞组学研究中通过伪批量与单细胞水平分析揭示因果关系 | 首次在单细胞组学数据中整合未测量混杂因素的广义调整方法与半参数推断，结合灵活机器学习技术以稳健估计处理效应 | 未在更多不同类型单细胞数据集或更大规模队列中验证方法的泛化能力 | 开发能有效消除选择偏倚和未测量混杂效应，从而在单细胞观察性数据中准确推断因果关系的计算框架 | 自闭症风险基因的小鼠胚胎脑内Perturb-seq数据集，以及阿尔茨海默病的人类脑转录组病例对照数据集 | 机器学习 | 阿尔茨海默病，自闭症 | 单细胞测序，CRISPR，Perturb-seq | 半参数模型，机器学习 | 单细胞转录组数据 | 两个单细胞基因组研究：小鼠胚胎脑Perturb-seq数据集和三个阿尔茨海默病人类脑转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 168 | 2026-05-27 |
The differentiation and function of heterogeneous thymic dendritic cell subsets require signals provided by distinct thymocyte cell types
2026-Feb, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02371-9
PMID:41507389
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和功能分析，鉴定七种胸腺常规树突状细胞亚群及其与胸腺细胞亚群的相互作用机制 | 首次全面鉴定七种胸腺常规树突状细胞亚群，并阐明CD4SP和CD8SP胸腺细胞亚群对cDC1和cDC2/pDC的差异化支持机制 | 未提及具体限制，可能包括样本量有限或未能完全模拟人类胸腺环境 | 探究胸腺树突状细胞亚群的异质性和功能分化机制 | 小鼠胸腺树突状细胞和胸腺细胞 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞转录组学 | 不适用 | 单细胞转录组数据 | 小鼠胸腺样品，具体数量未提及 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 169 | 2026-05-27 |
Immunometabolic reprogramming of macrophages: Emerging roles in skeletal muscle regeneration and therapeutic perspectives
2026-02, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2026.108109
PMID:41577156
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综述 | 本文综述了巨噬细胞免疫代谢重编程在骨骼肌再生中的作用，以及在急性和慢性疾病中的治疗潜力 | 首次系统总结了单细胞和空间转录组学揭示的骨骼肌巨噬细胞异质性，并强调免疫代谢重编程作为巨噬细胞可塑性的关键驱动力 | 讨论了将免疫代谢重编程转化为肌肉萎缩疾病有效干预措施的主要挑战和未来方向 | 总结巨噬细胞免疫代谢在骨骼肌再生中的调控作用，并探讨通过重编程巨噬细胞代谢促进再生的新兴治疗策略 | 骨骼肌中的巨噬细胞及其免疫代谢过程 | 机器学习 | 肌肉萎缩疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞转录组, 空间转录组 | 10x Chromium, 10x Visium | 单细胞RNA测序, 空间转录组技术 |
| 170 | 2026-05-27 |
Trim45 promotes the occurrence and development of cervical cancer by inhibiting the cGAS/STING signaling pathway
2026-Jan-16, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro
IF:1.5Q4
DOI:10.1093/intbio/zyag009
PMID:42186236
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研究论文 | 本研究揭示了Trim45通过抑制cGAS/STING信号通路促进宫颈癌发生发展的分子机制 | 首次发现Trim45通过介导ANXA2抑制cGAS/STING通路，进而上调糖酵解酶HK2和ENO2表达，增强肿瘤细胞有氧糖酵解，促进宫颈癌增殖和转移，揭示了Trim45-ANXA2-cGAS/STING-糖酵解新轴 | 未提及具体研究局限性 | 阐明Trim45在HPV-18阳性宫颈癌中促进疾病进展的分子机制 | 宫颈癌组织样本及HPV-18感染患者 | 机器学习 | 宫颈癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 宫颈癌组织样本，具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 171 | 2026-05-27 |
Artificial Intelligence in single-cell and spatial transcriptomics data analyses
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2026.01.011
PMID:41986013
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综述文章 | 本文探讨了人工智能（尤其是机器学习和深度学习）在单细胞和空间转录组学数据分析中的应用 | 系统总结了CNN、GNN、VAE等AI方法在单细胞和空间转录组学数据预处理、降维、细胞分类聚类、多组学整合、空间模式识别和细胞轨迹推断中的进展，并展望了未来方向 | 可扩展性、可解释性和数据标准一致性仍是当前挑战 | 概述AI如何推进单细胞和空间转录组学数据分析，为研究人员提供应用指南 | 单细胞和空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 卷积神经网络, 图神经网络, 变分自编码器 | 卷积神经网络, 图神经网络, 变分自编码器 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 172 | 2026-05-27 |
AI-driven gene-sets, networks, pathways, and interactions analyses of multi-omics data
2026, Progress in molecular biology and translational science
DOI:10.1016/bs.pmbts.2026.01.023
PMID:41986006
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综述 | 介绍PAGER 3.0知识生态系统，用于多组学数据的基因集、网络、通路和相互作用分析 | PAGER 3.0通过扩展和精选通路、注释基因列表和基因签名集合，提供本体感知的知识导航、加权富集分析和结构化网络优先化工具，是多组学数据分析的重大进展 | 未明确讨论局限性 | 为多组学数据提供基于基因集和通路的分析方法，促进机制性洞察 | 通路、基因列表、基因签名及白血病单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 173 | 2026-05-27 |
SpaGene: A Deep Adversarial Framework for Spatial Gene Imputation
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0102
PMID:42146899
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research paper | 提出一种名为 SpaGene 的深度学习框架，用于整合单细胞RNA测序数据和空间转录组数据，以预测空间转录组中缺失的基因表达 | 采用两个编码器-解码器对、两个转换器和两个判别器的对抗框架，有效填补空间转录组数据中的基因表达缺失 | 在受控基因保留评估协议下测试，可能未充分反映真实场景中的噪声和批次效应 | 开发一种方法整合单细胞和空间转录组数据，提高空间基因表达预测的准确性 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | machine learning | 肺癌 | scRNA-seq， 空间转录组学 | GAN | 基因表达数据 | 多个数据集对，包括肺癌组织样本 | NA | scRNA-seq， spatial transcriptomics | NA | NA |
| 174 | 2026-05-27 |
Trophoblast Fusion Deficiency in Placenta-Related Pregnancy Disorders
2026, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-032-22637-2_6
PMID:42168741
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综述 | 本文综述了滋养层细胞融合在胎盘相关妊娠疾病中的缺陷及其分子机制 | 整合了多组学技术（如单细胞和空间转录组学）对滋养层融合的时空动态和分子复杂性进行了深入分析，并系统总结了从转录因子到代谢调控的多个层面的最新发现 | 缺乏能完全再现人类母胎界面结构和功能特征的模型，对翻译后修饰和时空调控机制的理解有限 | 阐明滋养层细胞融合缺陷在胎盘相关妊娠疾病（如子痫前期和胎儿生长受限）中的作用，并探索潜在的诊断和治疗创新 | 滋养层细胞融合过程及其相关分子机制，包括转录因子、融合蛋白、细胞骨架重塑、代谢重编程和免疫调节 | NA | 子痫前期, 胎儿生长受限 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 蛋白质组学, 代谢组学, 表观基因组学 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 175 | 2026-05-27 |
Autoencoder Denoising for Network-Based Spatial Transcriptomics Data with Applications for Cell Signaling Estimation
2026, Complex networks & their applications. International Conference on Complex Networks and Their Applications
DOI:10.1007/978-3-032-16719-4_16
PMID:42181748
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研究论文 | 提出一种基于自编码器的去噪框架，用于从空间转录组学数据中估计细胞信号，并通过网络邻接矩阵去噪和细胞信号估计两个组件进行验证 | 首次将神经网络应用于空间转录组学数据中基于网络的细胞信号估计，并系统比较了自编码器与奇异值分解在不同图模型下的去噪性能 | 未提及 | 开发一种去噪框架以改善从空间转录组学数据中估计细胞信号的准确性 | 空间转录组学数据中的网络邻接矩阵和细胞信号相互作用 | 机器学习 | 不适用 | 空间转录组学 | 自编码器 | 网络数据 | 不适用 | 不适用 | 空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 176 | 2026-05-27 |
Identification and validation of a seven-gene metastasis-associated prognostic model in breast cancer
2026, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2026.1770418
PMID:42186460
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研究论文 | 基于转移相关差异表达基因构建并验证了乳腺癌七基因预后模型，并发现了新的潜在治疗靶点 | 识别了两个此前未被充分研究的基因（RTN1和TLR10）作为肿瘤进展的潜在新驱动因子，并利用单细胞转录组学揭示了其细胞类型特异性表达模式 | 未在摘要中明确说明局限性 | 构建基于转移和癌症相关差异表达基因的预后特征，并识别潜在的新型治疗基因 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | Cox比例风险模型, LASSO回归 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 来自TCGA-BRCA、AURORA US Network、SCAN-B和GEO数据库的多组数据集 | 未在摘要中明确提及 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 未在摘要中明确提及 | 未在摘要中明确提及 |
| 177 | 2026-05-27 |
Single Cell and Spatial Transcriptomics Identify Novel Immune-Stromal Interactions in Cardiac Allograft Vasculopathy
2025-Nov-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7812112/v1
PMID:41333445
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，鉴定心脏同种异体移植物血管病中新的免疫-基质细胞相互作用 | 首次利用单细胞RNA测序和空间转录组学联合分析，揭示了心脏同种异体移植物血管病中独特的细胞和转录特征，并发现干扰素信号通路作为潜在治疗靶点 | 研究基于人类冠状动脉样本和小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病长期进展的复杂性 | 阐明心脏同种异体移植物血管病的细胞和分子致病机制，寻找新的治疗靶点 | 人类冠状动脉样本（包括CAV、动脉粥样硬化及非疾病对照）和小鼠CAV模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录数据 | 人类冠状动脉样本（包括CAV、动脉粥样硬化及非疾病对照组）和小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序和10x Visium空间转录组学 |
| 178 | 2026-05-27 |
Extracellular vesicle-induced lipid dysregulation drives liver premetastatic niche formation in colorectal cancer
2025-11-10, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-334851
PMID:40562522
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research paper | 揭示了结直肠癌细胞来源的细胞外囊泡通过诱导肝脏脂质代谢紊乱促进肝转移前微环境形成的机制 | 首次发现高转移能力的结直肠癌细胞分泌的细胞外囊泡中富含促脂肪生成脂质，通过库普弗细胞介导的TNF-α分泌驱动肝脏脂质积累，从而形成转移前微环境 | NA | 阐明高肝转移能力的结直肠癌细胞来源的细胞外囊泡促进肝脏转移前微环境形成的分子机制 | 结直肠癌细胞及肝转移小鼠模型 | machine learning | 结直肠癌 | 脂质组学、单细胞测序 | NA | 脂质组学数据、单细胞测序数据 | 小鼠模型及结直肠癌患者肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 179 | 2026-05-27 |
Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication
2025-Nov-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020
PMID:40798884
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研究论文 | 发现人类肺细胞通过外泌体通讯增强造血干细胞自我更新和植入能力 | 首次揭示肺细胞通过外泌体调控造血干细胞自我更新和植入，打破了传统认为仅由骨髓龛调控的观点 | 未提及具体局限性 | 探究肺细胞通过外泌体通讯对造血干细胞自我更新和植入的调控机制 | 小鼠造血干细胞及人原代小气道上皮细胞来源的外泌体 | 自然语言处理 | 镰状细胞病, 骨髓衰竭 | 单细胞外泌体追踪, 单细胞RNA测序, 外泌体miRNA分析, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, miRNA数据, 蛋白质表达数据 | 小鼠模型及人原代细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序用于外泌体靶细胞分析 |
| 180 | 2026-05-27 |
Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity
2025-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07221-6
PMID:38658747
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研究论文 | 利用BARseq高通量原位测序技术对小鼠全皮层进行细胞分辨率下的基因表达分析，揭示了皮层区域的身份由转录组类型组成决定，并发现视觉剥夺导致转录组身份向邻近区域偏移 | 首次结合高通量原位测序BARseq与大规模单细胞基因表达分析，揭示了皮层区域身份与转录组类型组成的强预测关系，并将皮层模块与连接性相关联 | 仅使用了104个细胞类型标记基因，可能未覆盖所有神经元亚型；研究限于小鼠模型，人类皮层是否具有类似组织尚待验证 | 探究大脑皮层区域身份的转录组学基础及其发育过程中如何建立 | 小鼠前脑半球中4,194,658个皮层神经元及共10.3百万个细胞 | 数字病理学 | NA | 原位测序（BARseq） | NA | 基因表达数据 | 9个小鼠前脑半球中10.3百万个细胞，包含4,194,658个皮层神经元 | NA | 空间转录组学 | BARseq | BARseq高通量原位测序技术，针对104个细胞类型标记基因进行检测 |