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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2026-05-18 |
The crosstalk between SPP1+ macrophages and follicular helper T cells promotes the immune disorder of Graves' disease
2026-May-12, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2026.110712
PMID:42128213
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研究论文 | 利用单细胞和空间转录组学揭示SPP1+巨噬细胞与滤泡辅助T细胞的相互作用在Graves病免疫紊乱中的作用 | 首次在Graves病甲状腺组织中鉴定出SPP1+巨噬细胞亚群比例增加,并揭示其通过SPP1-CD44互作与CXCL13+ Tfh细胞相互作用,促进免疫微环境失调 | 未明确说明,但可能包括样本量有限、机制验证不足或临床转化尚需进一步研究 | 探讨Graves病中免疫细胞表型变化和空间基因表达模式,揭示疾病免疫紊乱机制 | 正常对照、Graves病患者和缓解期患者的甲状腺组织 | 数字病理学 | Graves病(自身免疫性甲状腺疾病) | 单细胞转录组学,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 包括对照个体、Graves病患者和缓解期患者的甲状腺组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Chromium,10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序,10x Visium空间转录组学 |
| 162 | 2026-05-18 |
Logistic regression for estimating functional effects with spatial transcriptomics
2026-May-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkag466
PMID:42137981
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研究论文 | 提出一种名为WSP(扭曲S型泊松过程混合效应)模型,用于在空间转录组学数据中进行假设检验,评估因素对基因空间分布功能参数的影响 | 首个无需复杂预处理即可直接检验空间转录组学中基因空间分布功能参数影响因素的统计工具,采用基于似然的回归方法,减少人工预处理误差 | 该方法仅适用于已对齐到感兴趣轴的数据,对空间坐标的插值依赖可能引入偏差 | 开发一种实用且统计严谨的框架,用于量化和检验转录组数据中空间变异的影响因素 | 小鼠体感皮层的MERFISH数据和小鼠肝小叶的批量测序数据(含外推空间坐标) | 机器学习 | 不适用 | 空间转录组学 | 扭曲S型泊松过程混合效应模型 | 基因表达数据(空间坐标) | 未明确样本数量,涉及小鼠体感皮层MERFISH数据和小鼠肝小叶数据 | NA | 空间转录组学, MERFISH | NA | MERFISH技术用于小鼠体感皮层数据 |
| 163 | 2026-05-18 |
scMarkerGene: an interpretable neural network framework for cell-type-specific marker gene discovery
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag223
PMID:42139163
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研究论文 | 提出scMarkerGene,一个可解释的神经网络框架,用于从单细胞转录组数据中发现细胞类型特异性标记基因 | 构建贡献分数矩阵将神经网络预测转化为基因级别的重要性信号,并通过下游特异性过滤稳健捕获细胞类型区分特征 | 依赖高质量的单细胞转录组数据,可能对极低表达基因的识别存在局限 | 开发一种高效、准确且可解释的方法来识别细胞类型特异性标记基因 | 单细胞转录组数据中的基因表达模式和细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 可解释神经网络 | 基因表达数据 | 跨多个物种的scRNA-seq数据集、空间转录组数据和离散伪时间数据 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 164 | 2026-05-18 |
Pathogenic mechanism of extracranial arteriovenous malformations: insights from clinical, pathological, and genetic analyses
2026-May, Virchows Archiv : an international journal of pathology
IF:3.4Q1
DOI:10.1007/s00428-025-04158-7
PMID:40603544
|
研究论文 | 通过对30例颅外动静脉畸形患者的临床、病理和遗传学分析,揭示了RAS/RAF/MAPK通路基因突变与疾病表型的关联,并利用空间转录组学阐明了异常小血管网络中基因表达的变化 | 首次系统描述了颅外AVMs中MAP2K1、KRAS和BRAF基因突变与临床病理特征的基因型-表型相关性,并利用空间转录组学技术揭示了MAP2K1突变AVMs中异常小血管的基因表达谱,发现MAP4K4作为潜在治疗靶点 | 样本量较小(仅30例患者),且为回顾性研究,缺乏功能验证实验来确认MAP4K4在AVM发病中的直接作用 | 阐明颅外动静脉畸形在基因突变背景下的发病机制,特别是异常小血管网络的作用 | 30例颅外动静脉畸形患者的临床、病理和遗传学数据,以及来自MAP2K1突变AVMs的空间转录组学数据 | 数字病理学 | 血管畸形疾病 | 空间转录组学、免疫组化、基因测序 | NA | 基因表达数据、病理图像、临床数据 | 30例颅外AVMs患者(14例MAP2K1突变,1例KRAS突变,1例BRAF突变) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台用于分析异常小血管的基因表达 |
| 165 | 2026-05-18 |
Loop of N2-polarized neutrophils and exhausted CD8 + T cells induces immunotherapy resistance in NSCLC
2026-May, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-025-05457-y
PMID:41824204
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研究论文 | 揭示N2极化中性粒细胞与耗竭CD8+ T细胞之间的正反馈环路导致非小细胞肺癌免疫治疗耐药 | 首次发现ICAM1-整合素和CCL5-CCR1轴驱动的N2中性粒细胞与耗竭CD8+ T细胞之间的正反馈环路,并基于此构建深度神经网络模型预测免疫治疗反应 | 未提及明显局限性 | 阐明N2极化中性粒细胞在非小细胞肺癌中的免疫抑制功能及其与CD8+ T细胞的相互作用机制,并开发基于这些相互作用的临床预后和免疫治疗反应预测模型 | 非小细胞肺癌患者肿瘤样本及黑色素瘤样本 | machine learning | lung cancer | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | 多个独立队列,具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 166 | 2026-05-18 |
Study on the pro-inflammatory mechanism mediated by the RANK-SPP1 axis in macrophage immunomodulation during atherosclerosis
2026-May, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-026-05554-6
PMID:42048040
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研究论文 | 本研究揭示了动脉粥样硬化中巨噬细胞免疫调节中RANK-SPP1轴介导的促炎机制 | 首次识别出RANK-SPP1信号轴作为动脉粥样硬化中巨噬细胞自主的炎症放大器,并发现RANK通过NF-κB通路上调SPP1促进疾病进展 | 未提供具体限制信息 | 探究RANK是否定义促炎巨噬细胞亚群以及SPP1是否作为RANK信号通路的关键下游效应分子促进动脉粥样硬化进展 | 动脉粥样硬化患者斑块组织、实验性动脉粥样硬化动物模型、体外细胞实验中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、组织学分析、ox-LDL与巨噬细胞共培养、基因敲除动物实验 | NA | 单细胞转录组数据、组织学图像 | 来自动脉粥样硬化患者数据库、实验动物模型和体外细胞实验的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 167 | 2026-05-18 |
Interpretable, flexible and spatially aware integration of multiple spatial transcriptomics datasets from diverse sources
2026-May, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-026-02579-x
PMID:42045691
|
研究论文 | 提出INSPIRE,一种用于多源空间转录组数据集可解释、灵活且空间感知集成的深度学习方法 | 采用对抗学习策略与图神经网络实现空间感知的自适应数据整合,并通过非负矩阵分解识别解释性空间因子及相关基因程序 | NA | 开发一种能有效整合来自不同来源和条件的空间转录组数据的方法 | 多个空间转录组数据集,包括Xenium人类乳腺癌和Stereo-seq小鼠器官发生数据集 | 机器学习 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 图神经网络 | 空间基因表达数据 | 人类乳腺癌和鼠器官发生数据集(具体数量未指定) | 10x Genomics, BGI | 空间转录组学 | Xenium, Stereo-seq | Xenium平台用于人类乳腺癌样本,Stereo-seq用于小鼠器官发生样本 |
| 168 | 2026-05-18 |
Spatial transcriptomic-metabolic features of tumor foci and tumor capsule in microvascular invasion with hepatocellular carcinoma: A spatial multi-omics study
2026-May, PLoS medicine
IF:10.5Q1
DOI:10.1371/journal.pmed.1004703
PMID:42139279
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学和空间代谢组学,揭示肝细胞癌中微血管侵犯阳性与阴性肿瘤病灶和肿瘤包膜的细胞异质性及代谢特征 | 首次整合空间转录组学和空间代谢组学分析肝细胞癌微血管侵犯的细胞异质性,发现一个高增殖的STMN1+HMGN2+GPC3+恶性细胞亚群并鉴定牛磺酸在肿瘤包膜中调节iCAF活性影响肿瘤进展的新机制 | 空间组学数据样本量较小,限制了更完整的STMN1+HMGN2+GPC3+细胞亚群和iCAFs分子功能分析 | 阐明微血管侵犯阳性与阴性肝细胞癌之间的区域性细胞差异及其机制 | 4名患者的6份组织样本(包括2份MVI+、2份MVI-、2份癌旁组织)以及79份公共单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间转录组学,空间代谢组学,多重免疫荧光染色,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,空间代谢组数据,基因表达数据 | 6份组织样本(来自4名患者)用于空间组学分析;79名患者用于临床验证队列;TCGA-LIHC队列299例;独立微阵列数据集62例 | 10x Genomics, Illumina | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Visium空间转录组学平台,Illumina NovaSeq测序平台 |
| 169 | 2026-05-18 |
Targeted Delivery of GLUT1 Inhibitor via Macrophage Nanovesicles for Pulmonary Arterial Hypertension Therapy
2026-May, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70294
PMID:42139313
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研究论文 | 本研究介绍了一种巨噬细胞膜伪装纳米囊泡Mac@WZB117,通过靶向递送GLUT1抑制剂WZB117至M1巨噬细胞,用于肺动脉高压治疗 | 首次利用巨噬细胞膜伪装纳米囊泡精准靶向M1巨噬细胞的糖酵解代谢重编程,并通过空间转录组学验证病变区域的空间重塑 | 未提及 | 开发针对肺动脉高压中M1巨噬细胞炎症驱动的血管重塑的精准干预策略 | 肺动脉高压小鼠模型(MCT和SU5416联合低氧诱导) | 机器学习 | 肺动脉高压 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型(具体样本量未提及) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学分析 |
| 170 | 2026-05-18 |
MCT1 governs a metabolic checkpoint at pachytene during spermatogenesis
2026-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.21.720010
PMID:42079271
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研究论文 | 发现单羧酸转运蛋白1(MCT1)在哺乳动物精子发生过程中控制粗线期代谢检查点,通过调节组蛋白乳酰化修饰影响减数分裂进程 | 首次揭示MCT1依赖的代谢检查点通过H4K12乳酰化表观遗传调控减数分裂,连接了代谢状态与基因表达 | NA | 阐明代谢通量如何直接控制减数分裂进程,特别是MCT1在精子发生中的作用机制 | 哺乳动物精子发生过程中的生精细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学,代谢组学,计算扰动建模,多组学分析 | NA | 转录组数据,代谢组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 171 | 2026-05-18 |
Single-cell transcriptomics of acetaminophen-induced responses in human 2D and 3D liver microtissues
2026-04, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-025-04296-6
PMID:41535591
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析对乙酰氨基酚在人类2D和3D肝脏微组织中的细胞反应 | 首次在单细胞水平比较2D单层培养和3D肝脏球体中对乙酰氨基酚暴露的转录响应差异,揭示氧气张力与药物代谢的相互作用 | 未探究高剂量对2D培养的影响,且缺氧信号可能受球体尺寸和结构影响 | 评估肝脏毒性机制及3D模型的生理相关性 | 人类原代肝细胞、库普弗细胞和肝内皮细胞组成的2D单层和3D球体培养物 | 数字病理学 | 药物诱导肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两种培养格式(2D和3D),各暴露于低(350 µM)和高(2687 µM)对乙酰氨基酚浓度,2D仅接受低剂量,每个条件多个细胞样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 172 | 2026-05-18 |
Coronary artery disease risk gene PRDM16 regulates smooth muscle homeostasis
2026-Apr, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2026.02.002
PMID:41667033
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研究论文 | 本文通过分析动脉组织的超级增强子,发现冠心病风险基因PRDM16在血管平滑肌细胞中高度表达,并调控其稳态及新生内膜形成 | 首次发现PRDM16在血管平滑肌细胞中的功能,并通过调控Tgfb2表达影响TGF-β信号通路,揭示其在冠心病发病中的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;具体分子机制仍需进一步阐明 | 筛选动脉组织中超级增强子调控的转录因子,识别血管平滑肌细胞稳态的新型调控因子 | 血管平滑肌细胞、动脉组织、小鼠模型 | 机器学习 | 冠状动脉疾病 | ChIP-seq, RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR, Western blotting | NA | 测序数据、表达数据 | 多个动脉组织样本、PRDM16基因敲除小鼠(可诱导型和组成型) | Illumina | ChIP-seq, 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 173 | 2026-05-18 |
Maternal obesity induces activator protein 1-mediated inflammatory response to impair embryonic neurogenesis
2026-04, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP289326
PMID:41823327
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序和ATAC测序揭示母体肥胖通过激活蛋白1介导的炎症反应损害胚胎神经发生的机制 | 首次通过单细胞多组学技术揭示母体肥胖通过AP-1转录因子促进炎症基因染色质可及性进而抑制神经发生的分子机制 | 仅在小鼠模型中验证,缺乏人类胚胎数据验证;未涉及长期神经发育表型分析 | 探究母体肥胖影响胚胎神经发生的分子机制 | 高脂饮食诱导肥胖母鼠的E11.5和E13.5胚胎 | NA | 母体肥胖相关神经发育障碍 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据 | 对照组和肥胖组母鼠各10只,每窝取E11.5和E13.5胚胎各3-5只 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒用于scRNA-seq,10x Chromium Single Cell ATAC 试剂盒用于scATAC-seq |
| 174 | 2026-05-18 |
Single Cell Analysis Reveals Dynamic Changes of Distinct Cell Populations in Human Nickel Allergy
2026-Apr, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70108
PMID:41090989
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类镍过敏中不同细胞群体的动态变化 | 首次在单细胞水平揭示镍过敏反应中内皮细胞、基底上角质形成细胞、成纤维细胞和CCR7+树突状细胞的特异性激活,并发现KLF2+中枢记忆T细胞的浸润是镍过敏和布地奈德过敏的共同特征 | 未提供具体局限性信息 | 阐明人类镍过敏反应中不同细胞类型的作用及其动力学变化 | 镍过敏捐赠者的皮肤样本 | 单细胞转录组学 | 镍过敏 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 镍过敏捐赠者经表皮暴露于稀释液和镍8或72小时的皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 175 | 2026-05-18 |
Gene regulatory network determinants of rapid recall in human memory CD4+ T cells
2026-Mar-20, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117103
PMID:41865369
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研究论文 | 利用单核多组学测序揭示记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控网络决定因素 | 首次通过单核多组学测序(基因表达和染色质可及性)解析记忆CD4 T细胞快速回忆的基因调控网络,并鉴定了五个关键转录因子(MAF、PRDM1、RUNX2、SMAD3和KLF6) | 仅基于单细胞RNA测序数据和染色质免疫沉淀测序验证,未在功能上进一步验证这些转录因子在体内快速回忆中的作用 | 探究记忆CD4 T细胞快速回忆的基因调控网络及其转录因子决定因素 | 人CD4+ T细胞(幼稚细胞和记忆细胞) | 机器学习 | 免疫介导性疾病 | 单核多组学测序、染色质免疫沉淀测序、单细胞RNA测序、全基因组关联研究 | 基因调控网络模型 | 基因表达数据、染色质可及性数据 | NA | NA | 单核多组学测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 176 | 2026-05-18 |
Dynamics of phage-host interactions in Bacteroides fragilis resolved by single-cell transcriptomics
2026-Mar-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70381-8
PMID:41839859
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研究论文 | 利用细菌单细胞RNA测序技术解析了脆弱拟杆菌与烈性噬菌体相互作用的动态过程 | 首次将细菌单细胞转录组学应用于噬菌体-宿主互作研究,从单细胞分辨率揭示了感染的非同步性进程及未感染表型亚群的分子机制 | 未提供具体方法的可扩展性讨论及其他宿主-噬菌体系统的验证 | 探究噬菌体感染过程中细菌群体的异质性及防御机制 | 人源共生菌脆弱拟杆菌及其烈性噬菌体 | 微生物组学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | 约50,000个细菌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 177 | 2026-05-16 |
Spatially defined danger zone shapes gastric cancer progression through CCDC80+ fibroblast-induced CD8+ T cell dysfunction
2026-03-07, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-026-02287-1
PMID:41793512
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研究论文 | 通过空间转录组学鉴定胃癌进展中的“危险区域”,揭示CCDC80+成纤维细胞驱动的CD8+ T细胞功能障碍机制 | 首次定义并表征胃癌中的“危险区域”空间结构,结合非负矩阵分解和XGBoost模型进行亚型分类和预后预测,并利用LightGBM模型直接从H&E切片预测危险区域评分 | 未明确提及,但可能包括样本量有限、机制验证依赖体外共培养体系、模型泛化性需进一步验证 | 探究胃癌肿瘤微环境的空间异质性及其对免疫治疗反应和预后的影响机制 | 侵袭性小鼠肿瘤和人类胃癌样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 空间转录组学 | XGBoost, LightGBM, 非负矩阵分解 | 空间转录组数据、H&E染色图像 | 小鼠肿瘤样本和人类胃癌样本(具体数量未在摘要中明确) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 178 | 2026-05-18 |
Chromatin accessibility landscapes define stromal cell identities across tissues
2026-Feb-25, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09720-w
PMID:41735542
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研究论文 | 利用单细胞ATAC-seq技术绘制小鼠多组织染色质可及性图谱,揭示基质细胞的组织特异性身份 | 首次通过整合9种小鼠组织的51,248个单细胞染色质可及性数据,鉴定出28种主要细胞类型,并发现染色质可及性特征可用于追溯基质细胞(如内皮细胞、成纤维细胞和巨噬细胞)的组织来源 | NA | 探索不同组织间染色质可及性景观,理解其如何定义细胞身份和组织特异性调控 | 小鼠九种组织的51,248个细胞 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq | NA | 单细胞染色质可及性数据 | 9种小鼠组织,51,248个细胞 | NA | 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 179 | 2026-05-18 |
Male obesity causes adipose mitochondrial dysfunction in F1 mouse progeny via a let-7-DICER axis
2026-Feb-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69686-5
PMID:41735303
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研究论文 | 本文发现雄性小鼠肥胖通过let-7-DICER轴导致F1子代脂肪线粒体功能障碍,并揭示了let-7 microRNA在精子中传播代谢健康的作用机制 | 首次证明肥胖雄鼠精子中的let-7d/e microRNA通过表观遗传机制传递给子代,抑制DICER1并损害脂肪线粒体功能,且通过显微注射实验验证了因果关系 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据仅来自精液中let-7的表达变化,缺乏对人类子代代谢表型的直接证据 | 探究雄性肥胖通过精子microRNA对后代代谢和线粒体功能的影响机制 | 雄性肥胖小鼠及其F1子代、人类肥胖男性精液样本 | 表观遗传学 | 肥胖及相关代谢疾病 | 单细胞RNA测序、显微注射、基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型(具体数量未说明)及人类精液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics平台 | 单细胞RNA测序分析早期胚胎卵裂球 |
| 180 | 2026-05-18 |
A spatial transcriptomics comparison of the adult versus metamorphosed axolotl brain
2026-Feb-24, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-026-06917-w
PMID:41735337
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研究论文 | 通过空间转录组学比较成年与变态后蝾螈脑的细胞类型和分子特征,揭示变态相关的脑区变化 | 首次系统比较成年与变态后蝾螈全脑多个脑区的空间转录组,揭示变态过程中细胞类型和分子图谱的区域性变化 | 未涉及变态过程中不同时间点的动态变化分析,样本量相对有限 | 探究变态对蝾螈脑的细胞类型和分子特征的影响 | 成年和变态后的墨西哥蝾螈(Ambystoma mexicanum)脑部 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 5个脑区(嗅球、端脑、间脑/中脑、菱脑和垂体)来自成年和变态后个体 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |