单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-07-23	Integrating GEO Database, Mendelian Randomization, and Molecular Docking to Identify HLA-C as a Potential Therapeutic Target for Periodontitis 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/9163431 PMID:40692979	研究论文	本研究通过整合GEO数据库、孟德尔随机化和分子对接技术，识别HLA-C作为牙周炎的潜在治疗靶点	首次结合GEO数据库分析、孟德尔随机化和分子动力学模拟，验证HLA-C作为牙周炎治疗靶点，并发现甲硝唑的潜在治疗作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索牙周炎的分子机制并识别关键治疗靶点	牙周炎患者基因表达数据和HLA-C分子	生物信息学	牙周炎	GEO数据库分析、WGCNA、CIBERSORT、scRNA-seq、分子对接、分子动力学模拟	孟德尔随机化模型	基因表达数据	GSE10334微阵列数据集（具体样本数未明确说明）
162	2025-07-23	Tumor-associated bacteria activate PRDX1-driven glycolysis to promote immune evasion and PD-1 antibody resistance in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1599691 PMID:40693141	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关细菌通过激活PRDX1驱动的糖酵解促进肝细胞癌免疫逃逸和PD-1抗体抵抗的机制	首次将肿瘤内细菌与PD-1抵抗通过氧化还原调节代谢联系起来，提出PRDX1和肠道菌群双重靶向作为新型组合免疫治疗策略	样本量相对较小（29例HCC临床样本和8只小鼠每组），需要更大规模的临床验证	探究细菌感染如何重塑肿瘤代谢从而削弱抗PD-1治疗的疗效	肝细胞癌（HCC）	肿瘤免疫学	肝细胞癌	16S rRNA基因测序、单细胞RNA测序、流式细胞术	原位HCC小鼠模型	基因测序数据、单细胞RNA测序数据、流式细胞数据	29例HCC临床样本、12,487个细胞的单细胞RNA测序数据、每组8只小鼠的动物模型
163	2025-07-23	Unsupervised multi-scale clustering of single-cell transcriptomes to identify hierarchical structures of cell subtypes 2024-Dec-23, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5671748/v1 PMID:39764102	研究论文	本文提出了一种无监督多尺度聚类方法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞亚型的层次结构	开发了一种多尺度聚类（MSC）方法，通过构建稀疏细胞-细胞相关性网络，在无监督的方式下识别多尺度分辨率的细胞类型和亚型	NA	揭示单细胞RNA测序数据中更精细分辨率的细胞结构	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多尺度聚类（MSC）	基因表达数据	模拟数据、银标准数据、金标准数据以及真实疾病scRNA-seq数据
164	2025-07-23	Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.16.628827 PMID:39763829	研究论文	本文介绍了一种名为Nanocoding的新方法，利用脂质纳米颗粒（LNPs）进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的多重样本标记	使用脂质纳米颗粒（LNPs）进行高密度标记，解决了现有DNA标记方法在稳定性和标记范围上的限制，并实现了40分钟内的高效标记	尽管在多种细胞类型中表现出高标记效率，但在脂质丰富的样本中可能存在标记效率的进一步验证需求	开发一种高效、稳定的单细胞RNA测序样本多重标记方法，以降低成本并减少批次效应	培养细胞系和组织消化液中的异质性细胞，特别是肥胖啮齿动物脂肪组织中的细胞	单细胞测序技术	肥胖相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），脂质纳米颗粒（LNPs）标记	NA	RNA测序数据	培养细胞系、脾脏消化液和肥胖啮齿动物脂肪组织中的异质性细胞
165	2025-07-23	Impaired myofibroblast proliferation is a central feature of pathologic post-natal alveolar simplification 2024-Dec-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.94425 PMID:39660606	研究论文	本文探讨了肌成纤维细胞增殖受损在支气管肺发育不良（BPD）病理肺泡简化中的核心作用	通过单细胞RNA测序和多种小鼠模型，揭示了肌成纤维细胞增殖受损是BPD病理肺泡简化的核心特征，并挑战了TGFβ信号增强在BPD发病机制中的传统观点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类BPD中的适用性需要进一步验证	探究BPD发病机制中肌成纤维细胞增殖受损的作用	支气管肺发育不良（BPD）的病理机制	病理生理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	多种小鼠模型（具体数量未提及）
166	2025-07-23	PIEZO1 overexpression in hereditary hemorrhagic telangiectasia arteriovenous malformations 2024-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625696 PMID:39651206	研究论文	本研究探讨了PIEZO1在遗传性出血性毛细血管扩张症（HHT）动静脉畸形（AVMs）中的过度表达及其作用机制	首次发现PIEZO1在HHT2中的过度表达及其通过VEGFR2/AKT、ERK5-p62-KLF4等信号通路促进AVM形成的机制，并验证了PIEZO1抑制对AVM形成的缓解作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且PIEZO1抑制治疗的长期效果和安全性尚未评估	揭示HHT2中AVM形成的分子机制并探索潜在治疗靶点	ALK1敲除小鼠模型及人类HHT病变组织	血管生物学	遗传性出血性毛细血管扩张症	单细胞RNA测序、遗传学与药理学抑制实验	Alk1敲除小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据	未明确提及具体样本数量，涉及小鼠模型和人类病变组织
167	2025-07-23	A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624552 PMID:39605470	研究论文	本文介绍了一种名为ZiPo的深度人工神经网络，用于去噪单细胞RNA测序数据，通过估计率和预测文库大小来改善数据质量	ZiPo引入了尺度不变损失项，使权重稀疏化，从而提高了模型的生物可解释性，并采用文库大小预测和残差连接等新策略提升性能	处理时间与细胞数量成正比，可能在大规模数据集上效率有限	解决单细胞RNA测序数据中的测量丢失问题，提高数据质量	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	深度人工神经网络（deep artificial neural network）	基因表达数据	三个数据集（具体数量未提及）
168	2025-07-23	Transcriptome Assembly at Single-Cell Resolution with Beaver 2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.04.621958 PMID:39574665	研究论文	本文介绍了一种名为Beaver的单细胞RNA测序数据转录组组装工具，旨在解决单细胞分辨率下全长转录本准确重建的挑战	Beaver通过实施转录片段图和高效的动态规划算法，结合两个随机森林模型，显著提高了转录本组装的精确度	研究主要针对短读长scRNA-seq数据，可能不适用于长读长数据	开发一种能够准确重建单细胞分辨率下全长转录本的组装工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	随机森林	RNA测序数据	使用真实和模拟的Smart-seq3 scRNA-seq数据进行实验
169	2025-07-23	Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher 2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.11.566719 PMID:38014231	research paper	介绍了一种名为Decipher的深度生成模型，用于表征异常细胞状态轨迹并整合单细胞基因组学数据	Decipher能够联合建模和可视化正常和扰动单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态，揭示共享和破坏的动态变化	未明确提及具体局限性	开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征从正常到异常细胞状态的转变	单细胞RNA-seq数据中的基因表达和细胞状态	生物信息学	胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌	单细胞RNA-seq	深度生成模型	基因表达数据	NA
170	2025-07-23	Widespread transposable element dysregulation in human aging brains with Alzheimer's disease 2024-Nov, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.14164 PMID:39356058	研究论文	研究人类阿尔茨海默病(AD)衰老大脑中转座元件(TE)的广泛失调及其与神经炎症的关联	首次在人类AD衰老大脑中系统鉴定TE表达数量性状位点(teQTL)，并通过CRISPRi实验验证特定TE对C1QTNF4基因表达的神经元特异性调控作用	研究主要基于死后脑组织样本，可能无法完全反映活体状态下的TE动态变化	阐明TE失调在AD发病机制中的作用	人类AD患者衰老大脑组织及iPSC来源的神经元	基因组学	阿尔茨海默病	RNA测序(RNA-seq)、全基因组测序(WGS)、CRISPR干扰(CRISPRi)	iPSC来源的神经元模型	基因组数据、转录组数据	来自三个人类AD脑组织库的大规模样本(具体数量未明确说明)
171	2025-07-23	Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages 2024-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00773-6 PMID:39478117	研究论文	通过多组学技术分析乳腺癌亚型及其起源细胞的染色质可及性和转录动态特征	首次在单细胞水平上结合转录组和染色质可及性分析，揭示了乳腺癌亚型及其起源细胞的特征性基因表达和染色质可及性联系	样本量相对较小（61个样本来自37名患者），可能影响结果的普遍性	探究乳腺癌不同分子亚型及其起源细胞的转录网络特征	乳腺癌患者组织样本（61个样本来自37名患者）	癌症基因组学	乳腺癌	单细胞多组学技术、空间转录组学、多重成像技术	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	61个样本来自37名乳腺癌患者
172	2025-07-23	Single-cell transcriptomics reveal individual and synergistic effects of Trisomy 21 and GATA1s on hematopoiesis 2024-Oct-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.24.595827 PMID:38826323	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，探讨了21三体综合征（T21）和GATA1s对造血过程的个体及协同影响	首次在等基因人类诱导多能干细胞中，通过单细胞RNA测序解析了T21和GATA1s对造血祖细胞的独立及协同作用机制	研究依赖于体外诱导的造血祖细胞模型，可能无法完全反映体内造血微环境的复杂性	阐明T21和GATA1s在造血发育过程中的分子机制及其对白血病前表型的贡献	人类诱导多能干细胞来源的造血祖细胞（HPCs）	单细胞组学	唐氏综合征/白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	人类诱导多能干细胞（iPSC）模型	单细胞转录组数据	等基因人类iPSC系（差异仅在于21号染色体和GATA1状态）
173	2025-07-23	Endothelial KLF11 is a novel protector against diabetic atherosclerosis 2024-10-26, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-024-02473-y PMID:39462409	研究论文	本研究探讨了内皮细胞中的KLF11在糖尿病动脉粥样硬化中的保护作用	首次揭示了KLF11在糖尿病动脉粥样硬化中的保护机制，包括抑制内皮细胞炎症激活和氧化应激	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究KLF11在糖尿病动脉粥样硬化中的作用及其机制	内皮细胞特异性KLF11转基因和敲除小鼠	心血管疾病研究	糖尿病动脉粥样硬化	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，功能获得和功能缺失实验	小鼠模型	基因表达数据	内皮细胞特异性KLF11转基因和敲除小鼠
174	2025-07-23	Biologically informed machine learning modeling of immune cells to reveal physiological and pathological aging process 2024-Oct-24, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00479-4 PMID:39449067	研究论文	本研究构建了涵盖人类寿命的免疫细胞转录组图谱，通过机器学习模型揭示了免疫细胞在生理和病理衰老过程中的变化	首次构建了涵盖人类寿命的免疫细胞转录组图谱，并开发了新的生物年龄预测模型PHARE	NA	研究免疫细胞在衰老过程中的功能变化及其在疾病中的作用	人类免疫细胞，涵盖从新生儿到超百岁老人的不同年龄段	机器学习	COVID-19、川崎病、冠状动脉疾病	scRNA-seq、bulk RNA-seq	PHARE	转录组数据	涵盖从新生儿到超百岁老人的不同年龄段人群
175	2025-07-23	Atp13a5 Marker Reveals Pericyte Specification in the Mouse Central Nervous System 2024-Oct-23, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0727-24.2024 PMID:39261008	研究论文	该研究通过单细胞转录组学鉴定出小鼠中枢神经系统周细胞的新标记Atp13a5，并构建了带有tdTomato报告基因和Cre重组酶的敲入模型	发现了中枢神经系统周细胞的特异性标记Atp13a5，并开发了可靠的遗传工具模型	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他物种中验证	探索中枢神经系统周细胞的功能特性和异质性	小鼠中枢神经系统周细胞	神经科学	NA	单细胞转录组学、基因敲入	敲入小鼠模型	基因表达数据	小鼠胚胎及成年组织
176	2025-07-23	CXCL9, CXCL10, and CCL19 synergistically recruit T lymphocytes to skin in lichen planus 2024-Oct-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.179899 PMID:39190494	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了扁平苔藓（LP）患者皮肤和血液样本中CXCL9、CXCL10和CCL19细胞因子的协同作用，及其在T淋巴细胞招募中的关键角色	首次发现CXCL9、CXCL10和CCL19在LP中的协同作用，并鉴定CCL19为新的治疗靶点	样本量较小（7名患者），且未进行体内实验验证	探究扁平苔藓的分子发病机制并寻找潜在治疗靶点	扁平苔藓患者的皮肤和血液样本	分子病理学	扁平苔藓	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	7名患者的配对血液和皮肤样本（病变和非病变组织）
177	2025-07-23	LMD: Cluster-Independent Multiscale Marker Identification in Single-cell RNA-seq Data 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.12.566780 PMID:38014159	研究论文	本文介绍了一种名为LMD的新工具，用于在单细胞RNA-seq数据中识别局部基因，以多分辨率和细粒度方式表征细胞多样性	LMD通过构建细胞-细胞亲和图并在细胞图上扩散基因表达值，基于扩散动力学为每个基因分配分数，从而识别局部基因，无需批次效应校正或整合方法	NA	开发一种新工具来准确识别单细胞RNA-seq数据中的细胞标记物，以更好地理解细胞多样性和功能	小鼠骨髓和毛囊真皮凝聚物数据集中的单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	九个单细胞RNA测序数据集，包括小鼠骨髓和毛囊真皮凝聚物数据集
178	2025-07-23	Exploring Cellular Heterogeneity: Single-Cell and Spatial Transcriptomics of Alzheimer Disease Brains and iPSC-Derived Microglia 2024-Oct-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5045715/v1 PMID:39483903	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学数据，揭示了阿尔茨海默病大脑和小胶质细胞的细胞异质性	整合单细胞和空间转录组学数据，揭示了小胶质细胞状态的区域和病理特异性	未明确提及样本量是否足够大或是否覆盖所有相关脑区	阐明阿尔茨海默病的潜在机制，特别是小胶质细胞的作用	阿尔茨海默病患者和对照组的大脑样本，以及实验性小胶质细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学, 空间转录组学, 免疫组化	NA	转录组数据, 图像数据	多个队列和脑区的样本，具体数量未明确
179	2025-07-23	Distinct tumor architectures and microenvironments for the initiation of breast cancer metastasis in the brain 2024-Oct-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.015 PMID:39270646	research paper	该研究探讨了乳腺癌脑转移的早期阶段，重点关注三阴性乳腺癌(TNBC)和HER2阳性乳腺癌(HER2BC)在脑部定植时的不同肿瘤结构和微环境	揭示了TNBC和HER2BC在脑转移过程中形成不同的肿瘤结构（血管周围鞘 vs 致密球体）并激活不同的微环境反应	研究主要基于小鼠模型和有限的人类组织样本，可能需要更大规模的临床验证	理解乳腺癌脑转移的早期定植机制	三阴性乳腺癌(TNBC)和HER2阳性乳腺癌(HER2BC)	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞转录组学	小鼠模型	组织样本数据	小鼠模型和人类组织样本（具体数量未明确说明）
180	2025-07-23	The spatial impact of a Western diet in enriching Galectin-1-regulated Rho, ECM, and SASP signaling in a novel MASH-HCC mouse model 2024-Oct-14, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00660-3 PMID:39402682	research paper	该研究探讨了西方饮食通过Galectin-1调控的Rho信号、ECM重塑和SASP信号在新型MASH-HCC小鼠模型中的空间影响	开发了一种新型MASH-HCC小鼠模型，并利用空间转录组学和多重免疫组化技术研究了西方饮食对肝脏和肿瘤微环境中Gal-1信号通路的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床研究中验证	探究西方饮食对Gal-1信号通路在MASH向HCC进展过程中的影响	MASH-HCC小鼠模型和人类MASH-HCC样本	digital pathology	liver cancer	spatial transcriptomics, multiplex immunohistochemistry (IHC)	mouse model	spatial transcriptomics data, immunohistochemistry data	新型MASH-HCC小鼠模型和人类MASH-HCC样本