单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-09-15	Plasma proteomic signature for preoperative prediction of microvascular invasion in HCC 2025-Sep, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101481 PMID:40823177	研究论文	本研究开发了一种基于血浆蛋白质组学的机器学习模型（PRIM），用于术前预测肝细胞癌微血管侵犯风险	首次通过血浆蛋白质组学分析鉴定出TALDO1、PDIA3和PGK1三个生物标志物，并构建了跨中心验证的高精度预测模型	样本量相对有限（160例患者），且需要进一步多中心验证	开发非侵入性生物标志物用于肝细胞癌微血管侵犯的术前预测	肝细胞癌患者血浆样本	生物信息学	肝细胞癌	数据非依赖采集质谱（DIA-MS）、ELISA、单细胞RNA测序	机器学习模型	蛋白质组学数据	160例HCC患者（80例MVI阳性，80例MVI阴性），来自4个医疗中心
162	2025-09-15	Deciphering tryptophan metabolism in colorectal cancer through multi-omics analysis 2025-Sep, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.102157 PMID:40836965	研究论文	通过多组学分析揭示色氨酸代谢在结直肠癌中的关键作用及其与肿瘤免疫微环境的关联	结合非靶向代谢组学、靶向代谢组学、单细胞RNA测序和机器学习算法，首次系统阐明色氨酸代谢促进结直肠癌免疫逃逸的机制并构建预后模型	NA	探究色氨酸代谢在结直肠癌进展和免疫微环境调控中的作用	结直肠癌组织、配对癌旁组织、单细胞转录组数据、体外共培养体系	多组学分析	结直肠癌	非靶向代谢组学、靶向代谢组学、单细胞RNA测序、机器学习、体外共培养实验	机器学习预后风险模型	代谢组数据、转录组数据、单细胞数据	多个独立队列的结直肠癌样本及配对癌旁组织
163	2025-09-15	Ginsenoside Rb1 attenuates coronary microvascular inflammatory injury via NDUFS4-SIRT5-DUSP1-mediated mitochondrial quality control in a murine ischemia-reperfusion model 2025-Sep, Journal of ginseng research IF:6.8Q1 DOI:10.1016/j.jgr.2025.04.006 PMID:40843019	研究论文	研究人参皂苷Rb1通过NDUFS4-SIRT5-DUSP1轴调控线粒体质量控制网络，减轻小鼠缺血再灌注模型中的冠状动脉微血管炎症损伤	首次揭示人参皂苷Rb1通过NDUFS4-SIRT5-DUSP1轴调控线粒体质量控制网络，并证实其在减轻冠状动脉微血管炎症损伤中的作用机制	研究基于小鼠模型和细胞实验，临床转化价值仍需进一步验证	探究人参皂苷Rb1在缺血再灌注损伤中对内皮细胞的保护作用分子机制	小鼠模型（SIRT5CKO/TG和NDUFS4CKO/TG）及构建的细胞模型（Si-DUSP-1/ad-DUSP-1和si-SIRT5/ad-SIRT5）	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组测序、基因修饰技术、荧光检测、线粒体膜电位测定、RT-PCR、Western blotting	NA	基因表达数据、蛋白质数据	基因修饰小鼠模型及构建的细胞模型（具体数量未明确说明）
164	2025-09-15	Spatiotemporal Dynamics of Central Nervous System Diseases: Advancing Translational Neuropathology via Single-Cell and Spatial Multiomics 2025-Sep, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70328 PMID:40843131	综述	本文探讨了整合单细胞和空间多组学技术在解析中枢神经系统疾病时空动态及推动转化神经病理学发展中的潜力	提出整合scRNA-seq和空间转录组学与多组学分析，以揭示空间协调的分子网络和疾病进展中的细胞间通讯机制	面临数据整合、亚细胞空间分辨率及计算可扩展性等挑战	推动中枢神经系统疾病的分子机制解析和精准医疗发展	中枢神经系统疾病，如中风、阿尔茨海默病、帕金森病等	数字病理学	神经系统疾病	scRNA-seq, 空间转录组学, 多组学分析	NA	转录组数据, 空间数据, 多组学数据	NA
165	2025-09-15	Bioinformatics and experimental approach identify DNMT3A as a diagnostic marker associated with regulated cell death patterns in psoriasis 2025-Sep, Journal, genetic engineering & biotechnology DOI:10.1016/j.jgeb.2025.100526 PMID:40854645	研究论文	本研究通过生物信息学和实验方法鉴定DNMT3A作为与银屑病调控性细胞死亡模式相关的诊断标志物	首次对银屑病中调控性细胞死亡（RCD）模式进行系统评估，并建立RCD评分系统用于诊断和免疫微环境表征	研究基于10个转录组数据集，样本来源和规模可能存在限制	探索调控性细胞死亡在银屑病中的作用机制并寻找诊断标志物	银屑病患者样本和转录组数据	生物信息学	银屑病	转录组分析，scRNA-seq，孟德尔随机化分析，机器学习	机器学习模型（具体类型未明确说明）	转录组数据，单细胞RNA测序数据	10个银屑病患者转录组数据集
166	2025-09-15	CD2-CD58 axis orchestrates cytotoxic T lymphocyte function and metabolic crosstalk in breast cancer brain metastasis 2025-Sep, Journal of cell communication and signaling IF:3.6Q3 DOI:10.1002/ccs3.70040 PMID:40859981	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨CD2-CD58信号轴在乳腺癌脑转移中对效应T细胞功能及肿瘤代谢互作的影响	首次揭示CD2-CD58轴通过调控代谢重编程（嘧啶合成和精氨酸代谢途径）影响细胞毒性T淋巴细胞功能及乳腺癌脑转移微环境重塑	NA	探究CD2-CD58信号轴在乳腺癌脑转移中免疫细胞功能与代谢调控的作用机制	乳腺癌脑转移模型中的CD8 T细胞与肿瘤细胞	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），功能实验，体内研究	NA	转录组数据	NA
167	2025-09-15	Activity and Heterogeneity of Astrocytes in Neurological Diseases: Molecular Mechanisms and Therapeutic Targets 2025-Sep, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70329 PMID:40859959	综述	本文综述了星形胶质细胞在神经系统疾病中的活性、异质性及其分子机制与治疗靶点	利用单细胞测序技术揭示星形胶质细胞亚群在疾病进展中的特异性作用，并探讨其作为精准医疗靶点的潜力	NA	阐明星形胶质细胞在神经系统疾病中的双重角色及其治疗策略开发	中枢神经系统中的星形胶质细胞及其在多种神经疾病中的亚群	神经科学	阿尔茨海默病、帕金森病、亨廷顿病、肌萎缩侧索硬化、缺血性卒中、脑出血、多发性硬化等神经疾病	单细胞测序	NA	分子表达数据	NA
168	2025-09-15	Joint single-cell profiling of Cas9 edits and transcriptomes reveals widespread off-target events and effects on gene expression 2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.07.636966 PMID:40909645	研究论文	开发Superb-seq技术，实现单细胞水平同时测量Cas9编辑结果及其对基因表达的影响	首次结合T7转录和单细胞RNA测序，在单细胞分辨率下联合检测Cas9靶向和脱靶编辑及其功能效应	研究仅针对K562细胞系和四个染色质重塑基因，尚未在其他细胞类型或全基因组范围验证	评估CRISPR-Cas9基因组编辑的脱靶效应及其对基因表达的影响	K562细胞系中的10,000个单细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序, T7转录, CRISPR-Cas9编辑	NA	单细胞转录组数据	10,000个K562细胞，使用7个guide RNAs靶向4个基因
169	2025-09-15	PCK1 and ALDH1A1 are identified as biomarkers for inherent drug resistance in hepatocellular carcinoma 2025-Aug-26, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03481-4 PMID:40856889	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学识别肝细胞癌中与固有耐药性相关的生物标志物PCK1和ALDH1A1	首次结合单细胞测序与空间转录组学技术揭示HCC肿瘤异质性，并发现PCK1和ALDH1A1作为固有耐药性的新型生物标志物	研究样本来源于接受乐伐替尼治疗的患者，可能存在特定药物偏倚，且样本量未明确说明	探究肝细胞癌的肿瘤异质性并识别与固有耐药性相关的生物标志物	肝细胞癌患者肿瘤样本中的恶性细胞亚群	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序, 空间转录组学, 伪时序分析	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量的肝细胞癌患者肿瘤样本
170	2025-09-15	Single-cell RNA sequencing reveals different cellular states in malignant cells and the tumor microenvironment in primary and metastatic ER-positive breast cancer 2025-Aug-26, NPJ breast cancer IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s41523-025-00808-w PMID:40858590	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示ER阳性乳腺癌原发灶和转移灶中恶性细胞及肿瘤微环境的细胞状态差异	首次在未配对患者样本中系统比较原发与转移性ER阳性乳腺癌的单细胞转录组特征，识别转移灶中促肿瘤微环境的关键细胞亚型	样本量有限（23例患者），且为未配对样本设计	阐明ER阳性乳腺癌从原发向转移转变的遗传和分子机制	23例女性ER阳性乳腺癌患者（原发或转移灶）的单细胞转录组数据	单细胞组学	乳腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	23例女性患者样本
171	2025-09-15	MYD88 mutations in clonal hematopoiesis promote inflammation and hematopoietic stem cell expansion 2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.19.660202 PMID:40667002	研究论文	本研究探讨MYD88突变在克隆性造血中的作用及其通过激活先天免疫通路促进炎症和造血干细胞扩张的机制	首次系统揭示MYD88突变（包括淋巴瘤相关和新变异）在普通人群和实体癌患者中促进克隆性造血的功能获得性机制	未明确说明样本规模及统计显著性，对罕见突变的全面性分析可能有限	阐明MYD88基因突变在克隆性造血（CHIP）中的致病机制及炎症促进作用	人类普通人群和初诊实体癌患者的血细胞，以及小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	血液肿瘤学	血液系统疾病	单细胞RNA测序，基因突变分析，IRAK1/4抑制剂干预	小鼠基因工程模型	基因组数据，转录组数据	NA
172	2025-09-15	An emergent disease-associated motor neuron state precedes cell death in a mouse model of ALS 2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.21.671404 PMID:40909710	研究论文	通过单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示ALS小鼠模型中运动神经元退化的分子机制和选择性易感性	首次发现并命名了'疾病相关运动神经元'(DAMNs)这一新型细胞状态，并鉴定了调控健康细胞向DAMNs转变的转录因子网络	研究基于SOD1-G93A ALS小鼠模型，结果向人类ALS的普适性需要进一步验证	探究肌萎缩侧索硬化(ALS)中运动神经元退化和选择性易感性的分子决定因素	SOD1-G93A ALS小鼠模型的脊髓运动神经元	神经科学	肌萎缩侧索硬化(ALS)	单核转录组测序、染色质可及性分析、空间转录组学	NA	转录组数据、表观遗传数据	ALS小鼠模型的脊髓运动神经元（具体数量未在摘要中说明）
173	2025-09-15	Mendelian randomization and single-cell analysis reveal causal relationships between renal clear cell carcinoma, kidney fibrosis, and inflammatory factors 2025-Aug-25, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03343-z PMID:40853443	研究论文	本研究利用孟德尔随机化和单细胞分析探讨肾透明细胞癌与肾脏纤维化及炎症因子之间的因果关系	首次结合双向孟德尔随机化与单细胞RNA测序分析，揭示肾癌与特定炎症因子的遗传因果关系并解析肿瘤微环境异质性	基于GWAS数据的孟德尔随机化分析可能受遗传工具变量限制，单细胞数据来源单一（仅GEO数据库一个数据集）	评估肾癌与肾脏纤维化及炎症因子之间的因果关系，并探索肿瘤微环境特征	肾透明细胞癌患者遗传数据和肿瘤微环境细胞	生物信息学	肾癌	孟德尔随机化分析，单细胞RNA测序	MR Egger, IVW, weighted mode方法	遗传数据，单细胞RNA测序数据	基于大规模GWAS数据，单细胞数据来自GEO数据库（GSM4819725）
174	2025-09-15	CD38+ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.29.667333 PMID:40766487	研究论文	本研究通过微生物分析、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学揭示了快速进展性口腔炎症中CD38+内皮细胞重塑的空间多样性血管病变程序	首次发现CD34-VEC丢失和CD38-VEC扩张是快速进展性口腔炎症的空间特异性标志，并开发了三重空间分析方法	样本量相对有限（总计59个样本），且主要聚焦于特定口腔炎症类型	探究快速进展性口腔炎症的细胞机制和空间结构特征	种植体周围炎和重度牙周炎患者的口腔黏膜组织	数字病理学	口腔炎症疾病	scRNA-seq, 空间蛋白质组学, 激光捕获显微切割, 微生物组分析	NA	单细胞转录组数据, 空间蛋白质组数据, 微生物组数据	总计59个样本（36个scRNA-seq样本，15个空间蛋白质组样本，8个匹配活检样本），共683,792个细胞
175	2025-09-15	Identification of endothelial INSR as an osteosarcoma-related biomarker and therapeutic target based on weighted gene co-expression network analysis 2025-Aug-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03414-1 PMID:40846806	研究论文	通过加权基因共表达网络分析和单细胞分析，鉴定内皮细胞INSR作为骨肉瘤的潜在生物标志物和治疗靶点	首次结合WGCNA和单细胞RNA测序技术，发现内皮细胞INSR在骨肉瘤中的关键作用并验证其作为独立风险因子	研究基于公共数据库的回顾性分析，需要进一步实验验证INSR的功能机制	识别骨肉瘤的新型治疗靶点	骨肉瘤患者基因表达数据和肿瘤微环境细胞	生物信息学	骨肉瘤	WGCNA, scRNA-seq, 差异表达分析, Cox回归分析	NA	基因表达数据, 临床数据	多个公共数据库（TCGA、GTEx、GEO）的骨肉瘤样本数据
176	2025-09-15	Healing of lytic lesions and restoration of bone health in multiple myeloma through sclerostin inhibition 2025-Aug-22, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00699-4 PMID:40847323	研究论文	本研究探讨了通过抑制硬化素（Scl-ab）促进多发性骨髓瘤患者溶骨性病变愈合和骨健康恢复的效果	首次证明Scl-ab不仅能促进骨骼修复，还能增强抗癌药物的肿瘤抑制效果，并通过单细胞RNA测序揭示了其作用机制	研究主要基于临床前小鼠模型和回顾性患者分析，需要前瞻性临床试验进一步验证	评估硬化素抑制剂在多发性骨髓瘤骨病治疗中的疗效和机制	多发性骨髓瘤小鼠模型和缓解期患者样本	肿瘤学研究	多发性骨髓瘤	bulk和单细胞RNA测序，回顾性分析	NA	RNA测序数据，临床数据	临床前小鼠模型和患者样本（具体数量未明确说明）
177	2025-09-15	Elucidating the dynamic tumor microenvironment through deep transcriptomic analysis and therapeutic implication of MRE11 expression patterns in hepatocellular carcinoma 2025-Aug-21, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03931-7 PMID:40841647	研究论文	通过深度转录组分析探索肝细胞癌肿瘤微环境动态变化，并验证MRE11基因的免疫调节与预后意义	首次整合孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示MRE11通过cGAS-STING通路和HGF-MET轴调控免疫逃逸的新机制	样本量有限（92例患者），且主要依赖回顾性数据分析	探究肝细胞癌肿瘤微环境动态特征及MRE11的免疫调控功能	肝细胞癌患者组织样本及公共单细胞测序数据	生物信息学	肝细胞癌	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, qPCR, 免疫组化, Western blotting	机器学习算法（101种）	转录组数据、单细胞数据、空间转录数据	92例HCC患者样本+公共数据集验证
178	2025-09-15	Revelation of prognosis and tumor microenvironment of colorectal cancer based on genes related to antibody-dependent cellular phagocytosis and single-cell landscape 2025-Aug-21, Clinical proteomics IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s12014-025-09553-5 PMID:40841999	研究论文	基于抗体依赖性细胞吞噬作用相关基因构建结直肠癌预后模型并探索肿瘤微环境特征	首次利用ADCP相关基因建立结直肠癌预后预测模型，并结合单细胞数据分析揭示基因在肿瘤微环境中的细胞分布特征	研究基于公共数据库的回顾性数据，需要前瞻性临床验证	开发结直肠癌预后预测工具并指导治疗决策	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	RNA-seq, scRNA-seq, LASSO Cox回归, 分子对接	Cox比例风险模型	基因表达数据, 临床数据	TCGA-CRC队列（训练集）和GSE29621（验证集）
179	2025-09-15	APOE-high myeloid cells are uniquely associated with metastatic intrathoracic lymph nodes obtained by EBUS-TBNA in primary lung cancer 2025-Aug-20, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01091-5 PMID:40835684	研究论文	通过单细胞技术分析EBUS-TBNA样本，揭示转移性淋巴结中APOE高表达髓系细胞的独特免疫特征	首次在EBUS-TBNA样本中发现转移性淋巴结中APOE高表达髓系细胞的显著富集及其转录紊乱特征	样本量较小（18例转移患者+4例对照），仅针对胸腔内淋巴结	探索肺癌转移淋巴结的免疫微环境特征并评估其诊断价值	胸腔内淋巴结样本（来自原发性肺癌患者）	癌症免疫学	肺癌	单细胞RNA测序，质谱流式细胞分析	NA	单细胞转录组数据，蛋白质表达数据	22例样本（18例转移性淋巴结，4例非转移对照）
180	2025-09-15	Single-cell transcriptome analysis identifies MIF as a novel tumor-associated neutrophil marker for pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Aug-20, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01085-3 PMID:40835726	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析识别MIF作为胰腺导管腺癌中肿瘤相关中性粒细胞的新标志物	首次鉴定出MIF+中性粒细胞作为PDAC的新型TAN亚型，并阐明其通过ERK/AKT通路和EMT促进肿瘤进展的机制	NA	探索胰腺导管腺癌中肿瘤相关中性粒细胞的亚型分类及其功能机制	胰腺导管腺癌（PDAC）患者组织、原位胰腺肿瘤模型和患者来源异种移植（PDX）模型	单细胞组学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、bulk RNA测序	NA	RNA测序数据	NA