单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-09-09	Enhancing Single-Cell RNA-Seq Data Completeness With a Graph Learning Framework 2025 Jan-Feb, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384 PMID:39504287	研究论文	提出基于变分图自编码器的单细胞RNA测序数据插补方法VAImpute，通过图学习框架提升数据完整性	利用细胞/基因间的copula相关性构建网络，通过变分图自编码器学习数据分布并预测dropout事件	NA	解决单细胞RNA测序中的dropout问题，提高数据完整性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 图学习, 变分自编码器	变分图自编码器 (VGAE)	基因表达矩阵	模拟和真实scRNA-seq数据集
162	2025-09-09	RORα-activated mitophagy attenuating hypoxic-ischemic encephalopathy via suppression of microglial cGAS-STING axis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1592737 PMID:40799648	研究论文	本研究揭示RORα通过激活线粒体自噬抑制小胶质细胞cGAS-STING轴，从而减轻缺氧缺血性脑病的神经炎症	首次发现RORα作为关键调控因子，通过增强线粒体自噬抑制mtDNA-cGAS-STING-NLRP3信号通路，为HIE治疗提供新靶点	研究主要基于大鼠模型，临床转化需进一步验证；使用抑制剂3-MA验证通路但可能存在脱靶效应	探究RORα如何通过调控线粒体自噬抑制小胶质细胞炎症反应，寻找HIE治疗新策略	老年小胶质细胞和HIE大鼠模型	神经免疫学	缺氧缺血性脑病	scRNA-seq, WGCNA, LASSO回归, RT-qPCR, Western Blot, ELISA	NA	基因组数据、行为学数据、分子表达数据	HIE大鼠模型（具体数量未明确说明）和体外细胞模型
163	2025-09-09	A drug response prediction method for single-cell tumors combining attention networks and transfer learning 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1631898 PMID:40917838	研究论文	提出一种结合注意力网络和迁移学习的单细胞肿瘤药物反应预测方法	首次将迁移学习与多头注意力机制结合，利用批量细胞数据预训练后预测单细胞药物反应，并可视化细胞状态转变过程	NA	提高单细胞水平肿瘤药物反应预测准确性以支持个性化癌症治疗	肿瘤细胞系（小鼠急性髓系白血病细胞和人类口腔鳞状细胞癌细胞）	机器学习	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	注意力网络（Attention Network）与迁移学习	基因表达数据	四个单细胞RNA测序数据集
164	2025-09-09	Integrative scRNA-seq and transcriptomic analysis initially reveals monocyte/macrophage activation drives EV-A71-induced immune dysregulation and neural injury in severe HFMD 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1620633 PMID:40918094	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和转录组分析，揭示单核/巨噬细胞激活在EV-A71所致重症手足口病免疫失调和神经损伤中的作用	首次结合scRNA-seq和动态转录组分析揭示巨噬细胞早期激活是EV-A71引发重症HFMD的关键驱动因素，并识别出相关差异表达基因和信号通路	研究样本量较小（一名重症患者和一名健康对照），且体外实验可能无法完全模拟体内复杂环境	探究EV-A71感染导致重症手足口病的免疫机制，特别是巨噬细胞介导的免疫失调作用	外周血单核细胞（PBMCs）、巨噬细胞、神经细胞（SH-SY5Y）	生物信息学	手足口病	scRNA-seq, 转录组测序, GO注释, KEGG通路分析	NA	单细胞RNA测序数据, 转录组数据	一名EV-A71感染重症HFMD患者和一名健康对照的PBMCs样本
165	2025-09-09	Exploring research trends in cancer immunotherapy via single-cell technologies: a scientometric perspective 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1640224 PMID:40918118	综述	通过科学计量学方法分析单细胞技术在癌症免疫治疗领域的研究趋势	首次采用多工具联合对单细胞测序在癌症免疫治疗中的应用进行量化分析与可视化研究	数据仅来源于Web of Science核心合集，可能存在文献覆盖不全的局限性	探索单细胞技术在癌症免疫治疗中的研究热点与发展趋势	4856篇相关科学文献	生物信息学	癌症	单细胞测序、空间转录组学	NA	文献元数据	4856篇文献
166	2025-09-09	Gzmk+ CD8 T cells in inflammatory diseases 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1661755 PMID:40918115	综述	本文综述了Gzmk+ CD8 T细胞在炎症性疾病中的调控、功能作用及潜在机制	聚焦于新发现的Gzmk+ CD8 T细胞亚群，强调其独立于细胞毒性的促炎功能，这是与传统CD8 T细胞认知的重要区别	作为综述文章，主要基于现有文献分析，未提供原始实验数据验证	阐明Gzmk+ CD8 T细胞在炎症性疾病中的作用机制，探索潜在治疗靶点	Gzmk+ CD8 T细胞亚群及其在炎症条件下的生物学行为	免疫学	炎症性疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	文本（文献数据）	NA
167	2025-09-09	Prognostic model construction and immune microenvironment analysis of pyroptosis-related genes in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1595539 PMID:40918134	研究论文	基于单细胞RNA测序构建肝细胞癌焦亡相关基因的预后模型并分析免疫微环境	首次在单细胞分辨率下系统研究焦亡相关基因在肝细胞癌中的预后价值，并开发结合肿瘤分期和焦亡特征的临床预测工具	样本量相对有限（TCGA n=365, ICGC n=231），需要进一步多中心验证	构建肝细胞癌的预后预测模型并探索免疫微环境特征	肝细胞癌患者组织样本和细胞系	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), LASSO-Cox回归, RT-PCR, 免疫组化	LASSO-Cox预后模型	单细胞RNA测序数据, 临床数据	10个HCC肿瘤及配对癌旁组织(60,496个细胞), TCGA-LIHC队列365例, ICGC队列231例
168	2025-09-09	Spatial transcriptomics uncovers immune-cell plasticity and dedifferentiation signatures in aggressive lung adenocarcinoma subtypes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1620886 PMID:40918135	研究论文	本研究利用空间转录组学技术解析了肺腺癌亚型中的免疫细胞可塑性和去分化特征	首次通过空间转录组学揭示肺腺癌亚型转换过程中的分子特征和去分化状态，发现微乳头亚型特有的巨噬细胞分布和信号通路	样本来源于单一医疗中心，样本量有限，需要更大规模验证	解析肺腺癌进展过程中亚型转换的分子特征，为治疗策略提供新见解	肺腺癌患者手术切除的肿瘤样本	空间转录组学	肺腺癌	空间转录组学测序，Illumina NovaSeq 6000测序系统	差异基因表达分析、空间配体-受体互作分析、轨迹推断	空间转录组数据	2022年河北医科大学第四医院肺腺癌手术患者样本（具体数量未明确说明）
169	2025-09-09	Exploring the biological functions and immune regulatory roles of IRAK3, TNFRSF1A, CX3CR1, and JUNB in T2DM combined with MAFLD: integrated bioinformatics and single-cell analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1587225 PMID:40918148	研究论文	本研究通过整合生物信息学和单细胞分析，探索IRAK3、TNFRSF1A、CX3CR1和JUNB在2型糖尿病合并代谢相关脂肪性肝病中的生物学功能及免疫调节作用	首次结合多数据集分析、机器学习、单细胞测序和动物实验验证，识别出四个自噬相关诊断生物标志物并阐明其免疫调控机制	NA	识别和验证与T2DM相关MAFLD相关的自噬诊断生物标志物，研究疾病进展中的调控机制	2型糖尿病合并代谢相关脂肪性肝病	生物信息学	2型糖尿病，代谢相关脂肪性肝病	基因表达分析，WGCNA，PPI网络，机器学习，单细胞测序，实时荧光定量PCR，免疫组化	NA	基因表达数据，单细胞转录组数据	四个GEO数据集（GSE15653, GSE89632, GSE24807, GSE23343）及动物实验
170	2025-09-09	Multiomics Integration and Machine Learning Reveal Colony Stimulating Factor 3 Receptor as a Key Gene and Therapeutic Target in Crohn's Disease 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/1619237 PMID:40918404	研究论文	通过多组学整合与机器学习识别CSF3R作为克罗恩病的关键基因和治疗靶点	首次整合多队列转录组数据并应用三种机器学习算法（随机森林、SVM-RFE、LASSO）联合孟德尔随机化分析，系统性验证CSF3R在克罗恩病中的因果作用和治疗潜力	NA	识别克罗恩病的关键分子驱动因子并探索治疗靶点	克罗恩病患者和健康对照者的肠道活检样本	生物信息学	克罗恩病	转录组测序、单细胞RNA测序、qPCR、Western blot、免疫组化、免疫荧光、分子对接	Random forest, SVM-RFE, LASSO	基因表达数据、蛋白质数据	多队列数据集（具体样本数未明确说明）
171	2025-09-09	Role of Meox1 in promoting lung tumor vascularization and impairing CD8+ T cell mediated immunity 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1645671 PMID:40919158	研究论文	本研究探讨转录因子Meox1在促进肺癌血管生成和抑制CD8+ T细胞免疫中的功能作用	首次通过scRNA-seq和SCENIC框架系统绘制癌症与免疫细胞中转录因子动态，并揭示Meox1在肿瘤血管形成和免疫调节中的双重功能	NA	阐明Meox1在非小细胞肺癌进展中的分子机制及其治疗潜力	非小细胞肺癌组织、内皮细胞、CD8+ T细胞	肿瘤生物学	肺癌	scRNA-seq, SCENIC, siRNA敲低	NA	单细胞RNA测序数据	NA
172	2025-09-09	Organelle stresses and energetic metabolisms promote endothelial-to-mesenchymal transition and fibrosis via upregulating FOSB and MEOX1 in Alzheimer's disease 2025, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2025.1605012 PMID:40919531	研究论文	本研究通过转录组分析揭示阿尔茨海默病中细胞器应激和能量代谢重编程通过上调FOSB和MEOX1驱动内皮-间质转化及纤维化的分子机制	首次发现细胞器应激（线粒体、内质网、细胞核）和能量代谢重编程通过转录因子FOSB/MEOX1上调促进EndoMT的机制，并验证PERK/FOSB/MEOX1作为潜在治疗靶点	主要基于3xTg-AD小鼠模型，人类数据仅通过单细胞测序进行验证，缺乏直接的功能实验证据	阐明阿尔茨海默病中内皮-间质转化、细胞死亡和纤维化的转录组机制	3xTg-AD阿尔茨海默病小鼠模型脑组织及人类AD患者脑细胞	神经退行性疾病机制研究	阿尔茨海默病	RNA-seq, 单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 通路分析	NA	转录组数据	3xTg-AD小鼠模型脑组织及人类AD患者脑单细胞数据
173	2025-09-09	Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models 2024-Dec-31, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxaf024 PMID:40795862	研究论文	提出一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM	开发了快速估计算法处理大规模数据集，并能量化低维表示中的不确定性	NA	解决单细胞RNA测序数据降维中的虚假异质性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	Poisson bilinear model	基因表达计数数据	可扩展至数百万个细胞的数据集
174	2025-09-09	Antigen specificity of clonally-enriched CD8+ T cells in multiple sclerosis 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.07.611010 PMID:39282370	研究论文	通过单细胞测序分析揭示多发性硬化症中CD8+ T细胞的抗原特异性及其与EB病毒的关联	首次结合无偏和靶向抗原发现方法，鉴定出识别EB病毒抗原和新型模拟表位的MS来源CD8+ T细胞克隆型	研究样本限于未接受治疗的MS患者，且样本规模未明确说明	探究多发性硬化症中CD8+ T细胞的克隆特性、功能及抗原特异性	多发性硬化症患者和对照组的脑脊液及血液样本	生物医学研究	多发性硬化症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), T细胞受体测序(TCR-seq)	NA	基因组测序数据	未明确样本数量，但提及一组未治疗MS患者和对照组
175	2025-09-09	Impaired innate and adaptive immune responses to BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccination in systemic lupus erythematosus 2024-03-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176556 PMID:38456511	研究论文	本研究全面分析了系统性红斑狼疮患者接种BNT162b2疫苗后的先天和适应性免疫应答，并与健康对照组进行比较	首次在SLE患者中同时评估疫苗诱导的先天免疫和适应性免疫应答，并发现免疫抑制治疗仅影响抗体应答而非T细胞应答	样本量较小（19例SLE患者），且未评估疫苗对临床保护效果的影响	评估SLE患者对BNT162b2疫苗的免疫应答特性	19例系统性红斑狼疮患者和56例健康对照志愿者	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），中和抗体检测，T细胞应答分析	NA	基因表达数据，免疫测定数据	19例SLE患者和56例健康对照
176	2025-09-09	A mouse model of Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2024-03-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.175053 PMID:38290089	研究论文	本研究开发了ZTTK综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血中的关键作用	首次创建了Son单倍体不足小鼠模型，成功模拟人类ZTTK综合征表型，并通过单细胞转录组分析揭示了造血谱系发育异常的分子机制	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类细胞或临床样本中进行直接验证	探究SON基因功能缺失在器官发育和造血过程中的作用机制	Son+/-基因敲除小鼠	生物医学研究	ZTTK综合征	基因敲除、表面标志物分析、单细胞转录组测序	动物模型	基因表达数据、表型数据	未明确说明具体样本数量，使用Son+/-小鼠模型
177	2025-09-09	Comparative Methods for Demystifying Spatial Transcriptomics 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3838-5_17 PMID:38819570	研究论文	比较分析空间转录组学（ST）数据处理方法，重点关注Visium平台的分析流程	首次系统比较Visium平台分析流程中不同spot选择和基因组/转录组参考对结果的影响	仅针对制造商提供的软件套件进行分析，未涵盖其他ST平台或自定义分析方法	解析空间转录组学数据分析的关键挑战和方法比较	10x Visium技术产生的空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学（ST）、RNA-Seq、显微成像	NA	基因表达数据、显微镜图像	数千个micrometer scale spots（具体数量未明确说明）
178	2025-09-09	A mouse model of ZTTK syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.19.567732 PMID:38014320	研究论文	本研究开发了一种模拟ZTTK综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血过程中的关键作用	首次创建了ZTTK综合征的小鼠模型，并通过单细胞转录组分析揭示了SON单倍剂量不足对造血谱系分化的特异性影响	模型生物与人类疾病存在物种差异，需要进一步验证在人类中的适用性	研究SON基因在器官发育和造血过程中的功能机制	ZTTK综合征小鼠模型和造血干细胞祖细胞	疾病模型研究	ZTTK综合征	单细胞转录组分析、表面标志物分析	小鼠疾病模型	基因表达数据、表型数据	未明确说明具体样本数量，使用转基因小鼠模型进行研究
179	2025-09-09	An analysis of classical multidimensional scaling with applications to clustering 2023-Mar, Information and inference : a journal of the IMA DOI:10.1093/imaiai/iaac004 PMID:36761434	研究论文	本文提出了分析经典多维缩放嵌入样本质量的理论框架，并应用于噪声数据聚类	建立了经典多维缩放统计性能的理论分析框架，提供了信噪比缩放条件以保证聚类标签的完全恢复	NA	分析经典多维缩放技术的统计性能并应用于聚类任务	噪声数据、癌症基因表达数据、单细胞RNA测序数据和自然语言数据	机器学习	癌症	经典多维缩放、基于距离的聚类算法	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、自然语言数据	NA
180	2025-09-09	Examining heterogeneity of stromal cells in tumor microenvironment based on pan-cancer single-cell RNA sequencing data 2021-Aug-17, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2020.0762 PMID:34398535	综述	基于泛癌单细胞RNA测序数据，分析肿瘤微环境中基质细胞的异质性	发现不同癌症类型中的内皮细胞和成纤维细胞/肌成纤维细胞可被分为共同亚型，且亚型组成与癌症特征和疗法响应相关	NA	研究肿瘤微环境中基质细胞的异质性	多种癌症类型的单细胞RNA测序数据集	生物信息学	泛癌研究	scRNAseq	NA	单细胞RNA测序数据	NA