单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-06-26	Identification of MACF1 as a causative gene of generalised epilepsy 2025-Jun-24, Journal of medical genetics IF:3.5Q2 DOI:10.1136/jmg-2025-110699 PMID:40350249	研究论文	本文通过全外显子测序等方法，发现MACF1基因是全面性癫痫的潜在致病基因	首次揭示了MACF1基因与全面性癫痫的关联，并阐明了不同变异类型的基因型-表型关联	样本量较小(仅10例患者)，需要更大规模研究验证	探索MACF1基因在癫痫和神经发育中的作用	全面性癫痫患者队列	遗传学	癫痫	全外显子测序(WES)、单细胞测序	NA	基因组数据	10例无关患者
162	2025-06-26	Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jun-24, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.5c02111 PMID:40489257	研究论文	本文介绍了一种名为nanocoding的新技术，利用脂质纳米颗粒（LNPs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中实现高密度条形码标记	使用脂质纳米颗粒（LNPs）进行条形码标记，提高了标记密度和稳定性，解决了现有DNA标记方法在异质细胞群体中的局限性	未明确提及技术的具体局限性，但可能包括对特定细胞类型的适用性或实验条件的优化需求	开发一种高效、稳定的样本多重标记技术，以降低scRNA-seq的成本并减少批次效应	培养细胞系、组织消化物中的异质细胞，特别是肥胖啮齿动物脂肪组织中的细胞	单细胞测序技术	肥胖相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），脂质纳米颗粒（LNPs）标记	NA	RNA测序数据	培养细胞系、脾脏消化物（6-plex条形码样本）、肥胖啮齿动物脂肪组织样本
163	2025-06-26	Ectopic expression of GDF15 in cancer-associated fibroblasts enhances melanoma immunosuppression via the GFRAL/RET cascade 2025-Jun-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011036 PMID:40555562	研究论文	本研究揭示了癌症相关成纤维细胞(CAFs)通过GDF15/GFRAL/RET级联反应促进黑色素瘤免疫抑制微环境的机制	首次发现CAFs中GDF15的异位表达通过GFRAL/RET信号轴诱导巨噬细胞M2极化和肿瘤干细胞性增加	研究主要聚焦于黑色素瘤，其他癌症类型中的类似机制尚未验证	阐明CAFs在黑色素瘤免疫微环境中的关键作用机制	黑色素瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和肿瘤细胞	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、分子动力学模拟、流式细胞术、基因敲除小鼠模型	Cre-loxP系统小鼠模型	RNA-seq数据、蛋白质相互作用数据	未明确说明样本数量，但使用了多种实验模型包括细胞系和小鼠模型
164	2025-06-26	Deciphering the role of IGF2BP2 and PRMT5 in gallbladder cancer progression: insights from multi-omics analysis 2025-Jun-24, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03062-w PMID:40555776	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了IGF2BP2和PRMT5在胆囊癌进展中的作用	首次揭示了IGF2BP2通过m6A修饰稳定PRMT5表达，进而调控AKT/mTOR通路和脂质代谢重编程的分子机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未进行临床验证	阐明驱动胆囊癌进展的分子机制并寻找新的治疗靶点	胆囊癌细胞和人类化小鼠模型	癌症生物学	胆囊癌	单细胞转录组学、高通量测序、蛋白质组学	人类化小鼠模型	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明样本数量
165	2025-06-26	A novel mesothelioma molecular classification based on malignant cell differentiation 2025-Jun-24, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03816-9 PMID:40555979	研究论文	该研究基于恶性细胞分化状态，提出了一种新的间皮瘤分子分类系统	首次基于肿瘤细胞分化状态对间皮瘤进行分子分类，并构建了预后预测模型	研究样本可能不足以代表所有间皮瘤亚型	开发间皮瘤的分子分类系统以改善患者管理	间皮瘤肿瘤细胞	数字病理学	间皮瘤	单细胞RNA测序、多组学分析	预测模型	基因表达数据	GEO数据库中的单细胞RNA测序数据
166	2025-06-26	Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188543 PMID:40359016	研究论文	研究探讨了EBV感染与多发性硬化症（MS）早期活动之间的关联，特别是通过分析B细胞的单细胞表达谱	发现早期MS患者中非典型B细胞（ABCs）的扩增及其与EBV相关表达特征的关联，揭示了ABCs在MS早期活动中的潜在作用	未检测到ABCs直接感染EBV的证据，且样本量可能限制了对ABCs亚群的全面分析	探究EBV在多发性硬化症发病机制中的作用，特别是通过B细胞的异常扩增和炎症反应	早期多发性硬化症患者的B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），流式细胞术	NA	单细胞表达数据	来自免疫耐受网络STAyCIS试验的纵向收集的早期MS患者外周血单个核细胞（PBMCs）
167	2025-06-26	scGANSL: Graph Attention Network with Subspace Learning for scRNA-seq Data Clustering 2025-Jun-23, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.5c00731 PMID:40468846	研究论文	本文提出了一种名为scGANSL的新聚类方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类分析	结合了多视图共享图自编码器、ZINB模型和图注意力机制，以更有效地学习潜在表示并提高聚类性能	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解决scRNA-seq数据聚类中的高维度和噪声问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, PCA, ZINB模型	图注意力网络（GAT）, 自编码器	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（未明确数量）
168	2025-06-26	Regulatory mechanisms of the Hippo/YAP axis by G-protein coupled estrogen receptor in gastric signet-ring cell carcinoma 2025-Jun-23, Neoplasia (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.neo.2025.101199 PMID:40554953	研究论文	本研究探讨了G蛋白偶联雌激素受体(GPER)在胃印戒细胞癌(GSRC)中通过Hippo/YAP轴调控肿瘤增殖的机制	首次揭示了GPER通过竞争性结合ARRB2抑制LATS1介导的YAP磷酸化，从而激活YAP的分子机制，并发现YAP与GPER启动子结合形成正反馈循环	研究主要基于细胞系和小鼠模型，尚未在临床样本中验证	阐明GPER在GSRC中通过Hippo/YAP轴调控肿瘤增殖的分子机制	胃印戒细胞癌(GSRC)细胞系和裸鼠移植瘤模型	肿瘤生物学	胃癌	单细胞测序、体外细胞功能实验、裸鼠移植瘤模型	NA	分子生物学数据、细胞实验数据、动物实验数据	细胞系和裸鼠模型(具体数量未明确说明)
169	2025-06-26	Bone marrow tumor microenvironment profiling predicts distinct immunosuppressive phenotypes and immunotherapy potential in AML patients 2025-Jun-23, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2025.118287 PMID:40555045	研究论文	该研究通过分析急性髓系白血病(AML)的骨髓微环境，预测了不同的免疫抑制表型及其免疫治疗潜力	开发了13基因的巨核细胞/红系(MK/Ery)和16基因的髓单核细胞/单核细胞(ML/Mo)多基因标记，并通过单细胞RNA测序数据验证了这些标记	研究主要依赖于算法预测和体外共培养实验，需要在更多临床样本中进一步验证	解析AML的免疫微环境特征，为个性化免疫治疗提供依据	成人和儿童AML患者	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序, xCell算法, TIDE分析	NA	RNA-seq数据	成人和儿童AML患者队列
170	2025-06-26	Breaking ground: Resolving root growth on soil at the cellular level 2025-Jun-23, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.002 PMID:40555175	research paper	研究土壤环境如何通过单细胞转录组学影响水稻根细胞形态	揭示了脱落酸信号传导如何诱导细胞壁修饰以响应土壤压实	NA	探究土壤环境对水稻根细胞形态的影响机制	水稻根细胞	植物生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
171	2025-06-26	CD51 Promotes Gastric Cancer Stemness via Blocking Numb-Mediated Notch1 Degradation 2025-Jun-22, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217886 PMID:40555320	研究论文	本研究揭示了CD51通过阻止Numb介导的Notch1降解促进胃癌干性，为胃癌治疗提供了新的生物标志物和治疗靶点	首次发现CD51作为胃癌干性和恶性进展的关键调控因子，并揭示了其通过干扰Numb介导的Notch1降解来激活Notch信号通路的分子机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索胃癌干细胞(CSC)驱动转移、复发和化疗耐药的分子机制，并寻找新的治疗靶点	胃癌组织和癌细胞	肿瘤生物学	胃癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序、功能实验、患者来源的类器官和异种移植模型	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA数据库中的胃癌组织样本、患者来源的类器官和异种移植模型
172	2025-06-26	Protocol to identify proteins as regulators of gene expression noise 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103763 PMID:40220303	研究论文	本文提出了一种识别基因表达噪声调控蛋白的协议	该协议结合单细胞RNA测序和LC-MS/MS技术，整合已知调控因子-靶标相互作用数据，用于识别新的噪声调控蛋白候选物	协议的应用范围限于可培养的细胞系	识别调控基因表达噪声的蛋白质	细胞系中的蛋白质	分子生物学	NA	单细胞RNA测序, LC-MS/MS	NA	RNA测序数据, 质谱数据	适用于任何细胞系
173	2025-06-26	Protocol for deep-learning-driven cell type label transfer in single-cell RNA sequencing data 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103768 PMID:40232935	研究论文	提出了一种基于深度学习的单细胞RNA测序数据中细胞类型标签转移的协议	使用SIMS（可扩展、可解释的机器学习方法）进行细胞类型标签转移，提供了数据准备、模型训练和预测可视化的详细步骤	未提及具体性能比较或实际应用案例	开发一种用于单细胞RNA测序数据中细胞类型标签转移的协议	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	SIMS	RNA测序数据	NA
174	2025-06-26	Protocol for characterizing craniopharyngioma subtypes and their microenvironments using single-cell RNA sequencing and immunohistochemistry 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103760 PMID:40238632	研究论文	本文提出了一种全面的单细胞RNA测序和免疫组化方案，用于分析颅咽管瘤亚型及其肿瘤微环境	使用单细胞分辨率技术详细描述颅咽管瘤亚型的细胞组成、免疫细胞网络和分子特征	未提及样本量或实验结果的统计显著性	开发一种分析颅咽管瘤亚型及其微环境的综合方案	颅咽管瘤组织及其微环境	数字病理学	颅咽管瘤	单细胞RNA测序, 免疫组化	NA	RNA测序数据, 免疫组化图像	NA
175	2025-06-26	Protocol for preparing fresh frozen soybean tissues for spatial transcriptomics 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103790 PMID:40272979	研究论文	本文提出了一种制备新鲜冷冻大豆组织用于空间转录组学的方案	针对植物组织在空间转录组学应用中的组织制备难题，提出了专门针对大豆组织的解决方案	方案仅针对大豆组织，未验证在其他植物组织上的适用性	开发适用于植物组织的空间转录组学样本制备方法	大豆组织	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
176	2025-06-26	Protocol for the imputation of stimulus-induced single-cell gene expression trajectories from time-series scRNA-seq data 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103811 PMID:40343799	研究论文	提出一种从时间序列单细胞RNA测序数据中推断单细胞基因表达轨迹的方法	通过计算步骤（降维、转移概率矩阵计算、样条插值和反卷积）推断单细胞基因表达轨迹，用于研究异质性刺激响应	方法依赖于时间序列scRNA-seq数据，可能受数据质量和时间点密度的影响	开发一种计算协议以推断单细胞基因表达轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
177	2025-06-26	Protocol for isolating and characterizing human vitreous immune cell infiltrates by flow cytometry and single-cell transcriptomic studies 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103830 PMID:40382772	研究论文	本文提出了一种定制化的流程，用于通过流式细胞术和单细胞转录组学分离和表征人类玻璃体中的免疫细胞浸润	开发了一种新的手术修改和样本收集方法，以最大化从人类玻璃体样本中获取免疫细胞的产量	未提及样本量大小或具体实验结果	优化人类玻璃体免疫细胞浸润的分离和表征方法	人类玻璃体中的免疫细胞浸润	生物医学研究	NA	流式细胞术, 单细胞转录组学	NA	细胞样本, 转录组数据	NA
178	2025-06-26	Protocol for high-quality RNA sequencing, cell surface protein analysis, and genotyping in single cells using TARGET-seq 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103832 PMID:40408252	研究论文	本文介绍了一种优化的TARGET-seq+协议，用于在单细胞水平结合RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和基因分型	开发了TARGET-seq+，提高了单细胞RNA测序、细胞表面蛋白表达分析和基因分型的灵敏度	未提及具体的局限性	优化单细胞水平的RNA测序、蛋白表达分析和基因分型技术，以研究体细胞突变在癌前和癌组织中的影响	单细胞	基因组学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq, 基因分型	NA	RNA序列数据、蛋白表达数据、基因型数据	未提及具体样本数量
179	2025-06-26	Protocol to decipher complex spatial transcriptomics data using STMiner 2025-Jun-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103838 PMID:40411788	研究论文	本文提出了一种使用STMiner解析复杂空间转录组数据的协议	开发了一个无需额外参考数据即可应用于不同分辨率和平台的协议	未提及具体性能指标或与其他方法的比较	解决复杂空间转录组数据分析中的挑战	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	STMiner	空间转录组数据	NA
180	2025-06-26	Molecular mechanism of potently neutralizing human monoclonal antibodies against severe fever with thrombocytopenia virus infection 2025-Jun-20, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00533-25 PMID:40539781	研究论文	本文研究了针对严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)的强效中和人源单克隆抗体的分子机制	从SFTS幸存者中通过单细胞RNA-seq获得多种单克隆抗体，并发现其中SD4、SD12和SD22具有高中和活性，特别是SD4和SD22对不同病毒基因型表现出32-83 pM的中和活性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	开发针对SFTSV的有效治疗方法和疫苗设计基础	严重发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)及其单克隆抗体	病毒学与免疫学	严重发热伴血小板减少综合征	单细胞RNA-seq、X射线晶体学	NA	分子结构数据、动物实验数据	多种人源单克隆抗体(包括SD4、SD12、SD22)和小鼠模型