单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-08-09	Spatial transcriptomics exploration of the primary neuroblastoma microenvironment in archived FFPE samples unveils novel paracrine interactions 2025-Aug-08, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6457 PMID:40778592	研究论文	利用空间转录组学探索存档FFPE样本中原发性神经母细胞瘤微环境，揭示了新的旁分泌相互作用	首次在存档的FFPE样本中应用空间转录组学技术，识别了神经母细胞瘤微环境中的新空间信号轴	研究仅基于两名患者的样本，样本量较小	探索高风险神经母细胞瘤微环境的空间异质性和局部信号动态	高风险神经母细胞瘤患者的存档FFPE组织样本	数字病理学	神经母细胞瘤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	两名患者的FFPE组织样本
162	2025-08-09	Inflammatory, transcriptomic, and cell fate responses underlying the mammalian transmission of avian influenza viruses 2025-Aug-08, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00647-25 PMID:40778772	研究论文	该研究通过分析雪貂鼻上皮对H1N1禽流感病毒的反应，揭示了与病毒空气传播表型相关的宿主反应	首次识别出与禽流感病毒空气传播相关的宿主反应特征，包括干扰素反应、细胞命运通路等	研究仅在雪貂模型中进行，尚未在人类中验证	探究禽流感病毒在哺乳动物中传播的宿主决定因素	H1N1禽流感病毒和雪貂鼻上皮组织	病毒学	禽流感	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用一组H1N1禽流感病毒感染的雪貂鼻上皮样本
163	2025-08-09	Targeting SPATS2 in lung adenocarcinoma: implications for prognosis and immune-based therapy 2025-Aug-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03179-7 PMID:40779087	研究论文	本研究探讨了SPATS2在肺腺癌中的表达模式及其与临床特征、预后的关联，并评估了其在肿瘤微环境中的作用	首次系统评估SPATS2在肺腺癌中的表达及其与免疫浸润和线粒体功能的关系，提出其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证和更大规模的临床样本验证	探究SPATS2在肺腺癌中的功能角色及其临床意义	肺腺癌组织和细胞系	肿瘤生物学	肺腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序、siRNA敲除实验	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据、体外实验数据	来自TCGA、GTEx和GEO数据库的转录组数据，TISCH数据库的单细胞RNA测序数据(GSE131907)，以及A549细胞系
164	2025-08-09	Emodin Alleviates Sepsis-Induced Multiorgan Damage by Inhibiting NETosis through Targeting Neutrophils BCL-10 2025-Aug-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417129 PMID:40779122	研究论文	本研究探讨了大黄素通过靶向中性粒细胞BCL-10抑制NETosis，从而减轻脓毒症引起的多器官损伤	发现大黄素通过靶向BCL-10抑制NETosis，调节BCL-10/MALT1复合物功能，进而抑制NF-κB信号通路激活	研究未涉及大黄素在其他疾病模型中的应用效果	探索大黄素在脓毒症治疗中的作用机制	脓毒症模型中的中性粒细胞及其NETs形成	医学研究	脓毒症	蛋白质微阵列、表面等离子共振(SPR)、pull-down实验、分子对接分析、单细胞测序	NA	实验数据	NA
165	2025-08-09	Integrating single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics reveals the therapeutic effect of nitazoxanide in head and neck squamous cell carcinoma 2025-Aug-08, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03372-8 PMID:40779144	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了硝唑尼特在头颈鳞状细胞癌中的治疗作用	首次探索硝唑尼特通过调节自噬在头颈鳞状细胞癌中的作用，并利用多种生物信息学方法验证其机制	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探索硝唑尼特在头颈鳞状细胞癌治疗中的潜力及其作用机制	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、差异表达分析、功能富集分析、风险预后模型、L1000FWD分析	风险预后模型、nomogram模型	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
166	2025-08-09	CREBBP Mutation as a Culprit for Negative SSTR2 PET in Neuroendocrine Tumors 2025-Aug-08, Molecular imaging and biology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s11307-025-02040-1 PMID:40779286	研究论文	本研究旨在探讨导致神经内分泌肿瘤（NETs）中68Ga-DOTATATE PET成像阴性的分子和遗传因素	通过整合全外显子测序（WES）和单细胞RNA测序（scRNA-seq），揭示了68Ga-DOTATATE PET阴性结果与NETs中基因突变之间的关联，特别是CREBBP突变的作用	样本量较小（18例患者），且为回顾性研究	阐明NETs中68Ga-DOTATATE PET成像阴性的分子机制	18例肺部、回肠或胰腺NETs患者	肿瘤学	神经内分泌肿瘤	全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞体细胞变异分析	NA	基因测序数据、PET/CT影像数据	18例患者
167	2025-08-09	Endothelial-like cancer-associated fibroblasts facilitate pancreatic cancer metastasis via vasculogenic mimicry and paracrine signalling 2025-Aug-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333638 PMID:40122596	research paper	该研究识别了一种新型的前肿瘤性癌症相关成纤维细胞亚型，通过血管生成拟态和旁分泌信号促进胰腺癌转移	发现了FAPα+CD144+内皮样CAFs（endoCAFs）亚型，揭示了其通过CD144-β-catenin-STAT3信号轴的双重作用机制，并开发了靶向siRNA递送纳米系统	研究主要基于PDAC模型，对其他癌症类型的适用性尚不明确	识别并研究一种新型的前肿瘤性CAF亚型在胰腺癌转移中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、mIHC、细胞因子阵列分析、RNA测序、IP质谱、ChIP和荧光素酶分析	KPC小鼠模型（LSL-KrasG12D/+, LSL-Trp53R172H/+和Pdx1-Cre）	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，但涉及细胞系、类器官、原位肿瘤模型和KPC小鼠模型
168	2025-08-09	Longitudinal single-cell analysis of glucagon-like peptide-2 treatment in the patients with short bowel syndrome 2025-Aug-07, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.194497 PMID:40773292	研究论文	本研究通过纵向单细胞RNA测序分析，探讨了GLP-2类似物治疗短肠综合征患者时肠道上皮细胞和免疫细胞的动态变化	首次使用纵向单细胞RNA测序技术结合微生物组分析，揭示了GLP-2类似物如何重塑肠道免疫和微生物环境	样本量较小（仅5名男性患者），且缺乏对照组	阐明GLP-2类似物治疗短肠综合征的分子机制	短肠综合征患者	单细胞组学	短肠综合征	scRNA-seq, 微生物组分析	NA	单细胞RNA测序数据, 微生物组数据	5名男性短肠综合征患者
169	2025-08-09	Molecular Mechanisms of Human Pancreatic Islet Dysfunction Under Overnutrition Metabolic Stress 2025-Aug-07, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-1038 PMID:40773375	研究论文	本研究探讨了过度营养代谢压力下人类胰腺胰岛功能障碍的分子机制	首次在单细胞水平上全面描述了过度营养压力下胰岛细胞的基因表达变化，并揭示了α细胞和β细胞对葡萄糖脂毒性的不同敏感性	研究仅关注了葡萄糖和棕榈酸的特定浓度组合，可能无法完全反映体内复杂的代谢环境	阐明过度营养代谢压力导致胰岛功能障碍的分子机制	人类胰腺胰岛细胞	分子生物学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类胰岛细胞样本（具体数量未提及）
170	2025-08-09	Mouse cortical cellular diversification through lineage progression of radial glia 2025-Aug-07, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.352826.125 PMID:40774817	research paper	研究通过时间序列单细胞RNA测序和核染色质可及性测序，揭示了小鼠皮层放射状胶质细胞在胚胎和出生后阶段分化为锥体神经元和胶质细胞的细胞内在程序	构建了反映细胞谱系进展的全面分子图谱，发现染色质可及性通过限制广泛表达的转录因子到特定阶段和细胞类型来驱动皮层细胞多样化	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的皮层发育	探究皮层细胞多样化的细胞内在程序	小鼠皮层放射状胶质细胞及其分化的中间神经元祖细胞和中间胶质祖细胞	发育生物学	NA	scRNA-seq, snATAC-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 核染色质可及性数据	小鼠皮层祖细胞在胚胎和出生后多个阶段的样本
171	2025-08-09	Analysis of individual patient pathway coordination in a cross-species single-cell kidney atlas 2025-Aug-07, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02285-0 PMID:40775269	研究论文	通过创建跨物种单细胞肾脏图谱并开发计算工具CellSpectra，分析个体患者和跨物种间的细胞类型特异性分子变化	开发了CellSpectra计算工具，用于量化跨细胞功能的基因表达协调变化，并创建了包含超过100万个细胞的跨物种单细胞肾脏图谱	研究主要聚焦于肾脏和肺癌数据，可能不适用于其他疾病类型	推动单细胞方法在临床精准医学中的应用，帮助选择最接近患者样本特征的啮齿动物模型	人类和啮齿动物模型的肾脏细胞	数字病理学	肾脏疾病, 肺癌	单细胞RNA测序	CellSpectra	单细胞RNA测序数据	140个样本中的超过100万个细胞
172	2025-08-09	Single-cell transcriptome sequencing reveals the sphingolipid metabolism pathway plays an important role in leaf senescence in tobacco 2025-Aug-06, BMC plant biology IF:4.3Q1 DOI:10.1186/s12870-025-07051-2 PMID:40764913	研究论文	通过单细胞转录组测序揭示了烟草叶片衰老过程中鞘脂代谢途径的重要作用	首次在衰老烟草叶片中分析单细胞转录组，发现鞘脂代谢途径基因在衰老样本中显著上调	烟草叶片衰老的细胞过程及其调控机制仍不完全清楚	阐明烟草叶片衰老过程的分子机制	烟草叶片组织在成熟和衰老阶段的细胞	植物分子生物学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	17,100个高质量细胞，分为15个簇和10种细胞类型
173	2025-08-09	Cancer-associated fibroblasts regulating nanomedicine to overcome sorafenib resistance in hepatocellular carcinoma with portal vein tumor thrombus 2025-Aug-06, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123599 PMID:40774033	研究论文	本研究开发了一种针对门静脉癌栓(PVTT)的纳米载体，用于共同递送小干扰RNA(siRNA)和多激酶抑制剂，以增强PVTT的治疗效果	利用新型脂质包被的聚乳酸-羟基乙酸共聚物纳米颗粒系统下调CAFs中的CXCL12表达，重塑肿瘤微环境，显著抑制肿瘤细胞迁移、侵袭和对索拉非尼的耐药性	研究仅在PVTT的异种移植小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	克服肝细胞癌(HCC)伴门静脉癌栓(PVTT)患者对索拉非尼的耐药性	肝细胞癌伴门静脉癌栓	纳米医学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, RNA测序	NA	基因表达数据	PVTT异种移植小鼠模型
174	2025-08-09	Evolution of comparative transcriptomics: biological scales, phylogenetic spans, and modeling frameworks 2025-Aug-06, Current opinion in genetics & development IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.gde.2025.102387 PMID:40774064	review	本文讨论了比较转录组学领域的三个主要发展方向，包括测序技术的进步、更广泛的系统发育覆盖以及新的建模框架的开发	探讨了单细胞和空间转录组学如何推动研究范式向细胞类型中心转变，以及机器学习方法在进化生物学和生物医学应用中的新进展	未具体提及研究的局限性	理解分子进化如何驱动生命树中的表型分化	比较转录组学研究	进化生物学	NA	RNA测序、单细胞转录组学、空间转录组学	机器学习	转录组数据	NA
175	2025-08-09	β-Sitosterol improves murine ulcerative colitis by inhibiting the expression of ribosomal proteins and the attempted polarization of type 1 macrophages 2025-Aug-05, International journal of colorectal disease IF:2.5Q1 DOI:10.1007/s00384-025-04974-y PMID:40762728	研究论文	本研究探讨了β-谷甾醇通过抑制核糖体蛋白表达和MΦ1巨噬细胞极化来改善小鼠溃疡性结肠炎的机制	首次揭示β-谷甾醇通过调控核糖体信号通路关键基因的转录活性和表达来抑制MΦ1巨噬细胞极化和炎症活性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探究β-谷甾醇对溃疡性结肠炎的治疗作用及其分子机制	溃疡性结肠炎小鼠模型和RAW264.7来源的MΦ1巨噬细胞	免疫学	溃疡性结肠炎	scRNA-seq, KEGG分析, FCM, ELISA, Western blotting, qRT-PCR	小鼠溃疡性结肠炎模型	基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞表型数据	未明确说明具体样本数量
176	2025-08-09	Clock pathway inhibitor overcomes tumor immune-exclusion via regulation of fibrocyte differentiation 2025-Aug-05, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01066-6 PMID:40764393	研究论文	该研究探讨了时钟通路抑制剂通过调节纤维细胞分化来克服肿瘤免疫排斥的机制	首次揭示了时钟基因在纤维细胞分化中的作用，并证明时钟通路抑制剂KL001能够抑制纤维细胞向αSMA CAFs的分化，从而增强免疫细胞浸润和免疫检查点抑制剂的疗效	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化仍需进一步验证	克服肿瘤免疫排斥，提高免疫检查点抑制剂的治疗效果	肺腺癌组织中的纤维细胞和αSMA CAFs	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
177	2025-08-09	The extracellular-matrix-remodeling capability exposes therapeutic vulnerability in a subset of renal cell carcinomas with tumor thrombi 2025-Aug-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.010 PMID:40774251	研究论文	该研究通过多中心、多组学数据分析，识别了肾细胞癌伴瘤栓（RCC-TT）的两种临床相关亚型，并揭示了细胞外基质重塑在预后不良亚型中的作用	发现了由上皮LOX表达驱动的细胞外基质重塑在预后不良亚型中的关键作用，并验证了LOX抑制在破坏肿瘤免疫屏障和增强免疫治疗敏感性中的潜力	研究样本量相对有限（164例患者），且需要进一步验证LOX抑制在临床治疗中的实际效果	探索肾细胞癌伴瘤栓的分子亚型及其治疗靶点	164例肾细胞癌伴瘤栓患者的多中心、多组学数据	数字病理学	肾细胞癌	多组学测序、空间转录组学（ST）、多重免疫荧光染色	NA	多组学数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	164例RCC-TT患者
178	2025-08-09	RNA m6A Methylation Regulates CDH6 to Promote Epithelial-to-Mesenchymal Transition in Cholangiocytes of Biliary Atresia 2025-Aug-05, Journal of pediatric surgery IF:2.4Q2 DOI:10.1016/j.jpedsurg.2025.162492 PMID:40774478	research paper	本研究探讨了m6A甲基化通过调控CDH6表达促进胆道闭锁胆管细胞上皮-间质转化的机制	首次揭示了m6A甲基化通过YTHDF2介导的CDH6转录本稳定性调控在胆道闭锁胆管细胞EMT进程中的作用	研究主要基于体外细胞实验，需要进一步动物模型验证	探索m6A修饰在胆道闭锁胆管细胞上皮-间质转化中的作用机制	胆道闭锁患者的胆管细胞	分子生物学	胆道闭锁	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA免疫沉淀, RNA-seq	NA	RNA测序数据, 免疫荧光图像	公开单细胞数据集HRA003163及体外培养胆管细胞
179	2025-08-09	Single-cell transcriptome sequencing (scRNA-seq) reveals dynamic gene expression trajectories regulating vascular cell senescence in Hylocereus undatus 2025-Aug-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149718 PMID:40774524	研究论文	利用单细胞转录组测序技术研究火龙果果皮血管细胞衰老过程中的基因表达动态变化	首次在火龙果果皮中构建了血管细胞的单细胞图谱，并鉴定了两个衰老调控关键基因HuCEP和HuSCPL48	研究仅针对火龙果(Hylocereus undatus)这一特定物种，结果可能不具普适性	探究采后果实血管细胞衰老的分子机制	火龙果(Hylocereus undatus)果皮组织	植物分子生物学	NA	scRNA-seq(单细胞转录组测序)	SCODE(基因调控网络构建算法)	单细胞基因表达数据	13个果皮细胞簇(其中血管细胞主要位于簇10)
180	2025-08-09	Spatial Analysis of Hereditary Diffuse Gastric Cancer Reveals Indolent Phenotype of Signet Ring Cell Precursors 2025-Aug-04, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-1039 PMID:40192595	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了遗传性弥漫性胃癌（DGC）中早期印戒细胞（SRC）病变与晚期DGC的分子表型差异	揭示了SRC病变中CDH1基因表达降低及细胞外基质重塑增加的特征，并发现SRC病变缺乏胃癌已知驱动基因的突变	样本量较小（20例），可能影响结果的普遍性	阐明早期SRC病变与晚期DGC的分子差异	人类全胃切除标本中的SRC病变与晚期DGC组织	癌症基因组学	胃癌	空间转录组分析、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	20例人类全胃切除标本