单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-06-17	Single-cell chromatin accessibility landscape profiling reveals the diversity of epigenetic regulation in the rat nervous system 2025-Jan-24, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04432-y PMID:39856121	研究论文	通过单细胞ATAC-seq技术分析大鼠神经系统中的染色质可及性，揭示细胞类型特异性调控元件及其在脑功能中的作用	首次在大鼠神经系统多个脑区生成单细胞染色质可及性图谱，并整合RNA-seq数据构建少突胶质前体细胞中以Jun转录因子为中心的基因调控网络	研究仅针对成年大鼠，未涵盖发育阶段或其他物种	解析哺乳动物神经系统的表观遗传调控多样性	16个大鼠脑区的174,593个高质量细胞核	表观遗传学	神经系统疾病	scATAC-seq, 单核RNA-seq	基因调控网络(GRN)	表观基因组数据	174,593个细胞核(来自16个脑区)
162	2025-06-17	High expression of CCL3/CCL4/CCL5/CCR5 promotes exhausted CD8+ T cells terminal differentiation and is associated with poor prognosis in pediatric B-ALL patients 2025 Jan-Dec, International journal of immunopathology and pharmacology IF:3.0Q2 DOI:10.1177/03946320251346823 PMID:40522146	研究论文	本研究旨在识别B-ALL细胞与耗竭CD8 T细胞之间差异上调的配体-受体相互作用，并基于CCL3/CCL4/CCL5表达水平开发多变量Cox回归模型以预测儿童B-ALL患者的总生存期	首次报道了CCL3/CCL4/CCL5-CCR5轴在B-ALL中终末耗竭CD8 T细胞分化中的关键作用，并开发了创新的分层模型	NA	探索B-ALL细胞对耗竭T细胞亚群的影响及其对患者预后的影响	儿童B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）患者	生物医学研究	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR）	多变量Cox回归模型	转录组数据	221例儿童B-ALL样本及来自研究中心的成人B-ALL患者数据
163	2025-06-17	Candida albicans: a historical overview of investigations into an important human pathogen 2025-Jan-01, Canadian journal of microbiology IF:1.8Q4 DOI:10.1139/cjm-2025-0036 PMID:40522159	review	本文回顾了白色念珠菌研究的历史发展，从早期临床观察到现代高通量基因组技术	整合了多组学方法，以增强对白色念珠菌感染的理解和控制能力	NA	追踪白色念珠菌研究的历史发展，并探讨新技术在抗真菌耐药性中的应用	白色念珠菌	微生物学	念珠菌病	基因组学、转录组学、CRISPR-Cas9、全基因组测序、功能基因组学、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
164	2025-06-17	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2024-09-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52440-0 PMID:39333113	研究论文	开发了一种计算方法来整合scHi-C和scRNA-seq数据，以精确定义3D调控和生物背景依赖的细胞亚群	首次在单细胞分辨率上整合了3D染色质结构和基因表达数据，定义了新的拓扑整合亚群（TISPs）和拓扑保守关联域（CAD）	研究主要基于乳腺癌细胞模型系统，可能在其他癌症类型中的适用性有待验证	探索3D染色质结构在单细胞分辨率上对细胞异质性的调控机制	乳腺癌细胞	计算生物学	乳腺癌	scHi-C, scRNA-seq	MUDI算法	单细胞测序数据	公开可用的和新生成的scHi-C和scRNA-seq数据
165	2025-06-17	Single Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma in Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition 2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.10.561724 PMID:39386437	研究论文	通过单细胞RNA测序分析导管原位癌（DCIS）和匹配的正常乳腺组织，揭示了基因型与表型之间的复杂关系及其对上皮组成的影响	利用单细胞RNA测序和推断的拷贝数变异（CNV）分析DCIS病变，揭示了肿瘤内克隆异质性与基因表达差异的关联，并发现特定细胞状态比例的改变与癌症进展相关	研究主要基于临床标本和档案样本，可能受到样本数量和质量的限制	探究导管原位癌（DCIS）生长及进展为浸润性癌症的机制	导管原位癌（DCIS）病变和匹配的正常乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、拷贝数变异（CNV）分析、系统发育分析	NA	RNA-seq数据	临床标本和档案样本中的DCIS病变及正常乳腺组织
166	2025-06-17	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals a myeloid cell-related regulon predicting neoadjuvant immunotherapy response across cancers 2024-05-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05123-9 PMID:38773508	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了与髓系细胞相关的调节子在预测跨癌症新辅助免疫治疗反应中的作用	发现了一个与免疫检查点抑制剂(ICI)反应相关的PPARG调节子，并构建了髓系细胞图谱	研究样本量有限，主要集中在肺癌、结直肠癌和乳腺癌	探索免疫治疗反应的潜在机制并预测ICI反应	肺癌、结直肠癌和乳腺癌患者	生物信息学	肺癌、结直肠癌、乳腺癌	scRNA-seq、pySCENIC、Symphony参考映射	NA	RNA测序数据	1例治疗前和1例治疗后达到病理完全缓解的肺腺癌患者，以及多个公共数据集（包括TCGA泛癌队列和5个ICI转录组队列）
167	2025-06-17	Human surface ectoderm and amniotic ectoderm are sequentially specified according to cellular density 2024-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh7748 PMID:38427729	research paper	该研究开发了一种人类多能干细胞模型，用于研究羊膜外胚层和表面外胚层的分化机制	提出了基于细胞密度的人类羊膜外胚层和表面外胚层分化机制的新模型	研究结果基于体外培养系统，可能无法完全反映体内发育情况	探究人类非神经外胚层发育机制	人类多能干细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	干细胞分化模型	基因表达数据	NA
168	2025-06-17	Exercise mitigates flow recirculation and activates metabolic transducer SCD1 to catalyze vascular protective metabolites 2024-02-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj7481 PMID:38354249	研究论文	研究探讨了运动如何通过激活代谢转换酶SCD1产生保护性代谢物来改善血管健康	揭示了运动通过增加SCD1表达催化抗炎脂质代谢物，从而减轻血管炎症的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	探究运动对血管保护的代谢机制	野生型小鼠和内皮特异性SCD1敲除小鼠	心血管生物学	心血管疾病	非靶向代谢组学分析、计算机模拟分析、单细胞转录组学	小鼠模型	代谢组数据、转录组数据	未明确说明小鼠数量
169	2025-06-17	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.29.560193 PMID:37873257	研究论文	开发了一种名为MUDI的计算方法，整合scHi-C和scRNA-seq数据，以精确定义3D调控和生物背景依赖的细胞亚群	首次在单细胞分辨率上整合3D染色质结构和基因表达数据，定义了拓扑整合亚群（TISPs）和拓扑保守关联域（CAD）	NA	研究3D染色质结构在单细胞分辨率上对基因表达的调控及其在癌症细胞异质性中的作用	乳腺癌细胞模型	计算生物学	乳腺癌	scHi-C, scRNA-seq	MUDI算法	单细胞多组学数据	公开可用的和新生成的scHi-C和scRNA-seq数据
170	2025-06-16	Mechanism of Dihydroartemisinin in activating macrophages to enhance host resistance to malaria 2025-Jul-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156913 PMID:40450979	research paper	本研究探讨了双氢青蒿素（DHA）在治疗疟疾过程中促进巨噬细胞向M1表型极化的分子机制	首次揭示了DHA通过上调NLRP12表达促进巨噬细胞M1极化的分子机制，并发现NLRP12缺失会抑制炎症相关细胞因子的分泌	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	阐明DHA激活巨噬细胞增强宿主抗疟疾抵抗力的分子机制	巨噬细胞（小鼠RAW 264.7细胞系和小鼠原代巨噬细胞）	免疫学	疟疾	流式细胞术、单细胞RNA测序、无标记定量蛋白质组学分析	小鼠疟疾模型	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠巨噬细胞系和原代巨噬细胞
171	2025-06-16	Pro-Inflammatory Immune Microenvironment and THBS1-Positive Monocytes as Drivers of Osteoclastogenesis in Postmenopausal Osteoporosis 2025-Jun-14, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf083 PMID:40515615	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了绝经后骨质疏松症(PMOP)患者骨髓微环境的细胞景观，并确定了关键的破骨细胞生成通路	首次提供了PMOP患者骨髓微环境的单细胞转录组数据，并鉴定了具有破骨细胞生成潜力的单细胞亚群(THBS1+)	样本量相对较小(10例PMOP患者和10例对照)	阐明绝经后骨质疏松症的发病机制并寻找潜在治疗靶点	绝经后骨质疏松症患者的骨髓细胞	单细胞转录组学	骨质疏松症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	20例样本(10例PMOP患者和10例对照)，共93,867个细胞
172	2025-06-16	CXCL6 Is a Novel Biliary Marker and a Downstream Target of MMP7 in Biliary Atresia 2025-Jun-14, Hepatology research : the official journal of the Japan Society of Hepatology IF:3.9Q1 DOI:10.1111/hepr.14217 PMID:40515742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了CXCL6作为MMP7的下游靶标在胆道闭锁中的新型胆道标志物作用	首次发现CXCL6是MMP7的下游靶标，并确认其作为胆道闭锁的新型胆道标志物	未明确MMP7-CXCL6通路在胆道闭锁发病机制中的具体分子机制	探究MMP7在胆道闭锁发病中的下游信号通路	胆道闭锁患者的肝脏组织和血清样本	分子病理学	胆道闭锁	scRNA-seq, QRT-PCR, 免疫组化, western blot, ELISA, 免疫荧光	NA	RNA测序数据, 蛋白质表达数据	胆道闭锁患者与非胆道闭锁胆汁淤积患者及正常对照的肝脏和血清样本
173	2025-06-16	CDKN1A as a potential target for Eltrombopag treatment in ITP and its regulation of the communication between macrophages and transitional B cells in ITP 2025-Jun-14, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06436-5 PMID:40515824	研究论文	本研究旨在识别与免疫性血小板减少症（ITP）患者对Eltrombopag反应相关的新生物标志物，并探讨巨噬细胞和过渡B细胞在ITP发病机制中的作用	首次将CDKN1A识别为影响ITP患者对Eltrombopag治疗反应的关键基因，并揭示了CDKN1A通过TGFβ信号通路与过渡B细胞相互作用促进疾病进展的新机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏在体实验验证	探索ITP的发病机制及Eltrombopag治疗反应的分子基础	免疫性血小板减少症（ITP）患者及RAW264.7巨噬细胞系	免疫学	免疫性血小板减少症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、分子对接	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	使用GSE112278和GSE196676两个公共数据集的数据，具体样本数量未明确说明
174	2025-06-16	Integrated Metabolomics and Spatial Transcriptomics of Cystic Pancreatic Cancer Precursors Reveals Dysregulated Polyamine Metabolism as a Biomarker of Progression 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2931 PMID:40184234	研究论文	通过代谢组学和空间细胞转录组学分析囊性胰腺癌前体，揭示多胺代谢失调作为进展的生物标志物	首次整合代谢组学和空间转录组学技术，识别出多胺代谢途径的紊乱与胰腺癌前体恶性风险相关	样本量相对有限（125例患者），且未涉及长期随访数据验证生物标志物的临床效用	鉴定可用于评估胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）恶性风险的代谢标志物	125例低级别（LG）或高级别（HG）异型增生IPMN患者的囊液及组织样本	癌症代谢组学	胰腺癌	非靶向代谢组学、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	代谢组数据、转录组数据	125例患者囊液样本（含LG/HG异型增生及IPMN/PDAC病例）
175	2025-06-16	Single-Cell Transcriptomic Landscape Deciphers Intratumoral Heterogeneity and Subtypes of Acral and Mucosal Melanomas 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3164 PMID:40192737	研究论文	通过单细胞转录组和基因组分析，揭示了肢端黑色素瘤和黏膜黑色素瘤的瘤内异质性、微环境特征及亚型特异性治疗策略	首次全面比较了肢端黑色素瘤和黏膜黑色素瘤的单细胞转录组特征，发现了亚型特异性的基质-免疫互作模式和分子程序，并提出了精准治疗靶点	样本量相对有限（42例），且未涵盖所有黑色素瘤亚型	解析肢端黑色素瘤和黏膜黑色素瘤的瘤内异质性及微环境特征，探索亚型特异性治疗策略	42例黑色素瘤样本（28例肢端型，11例黏膜型，3例非肢端皮肤型）	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、全外显子组测序、体外功能实验（迁移实验、共培养系统）和体内异种移植模型	NA	单细胞转录组数据、基因组数据	42例黑色素瘤样本（28 AM, 11 MM, 3非肢端皮肤型）
176	2025-06-16	Azacitidine, Venetoclax, and Magrolimab in Newly Diagnosed and Relapsed Refractory Acute Myeloid Leukemia: Phase Ib/II Study and Correlative Analysis 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0229 PMID:40198272	研究论文	评估阿扎胞苷、维奈托克和magrolimab三联疗法在新诊断和复发难治性急性髓系白血病中的安全性和有效性	首次在临床中评估了magrolimab与阿扎胞苷-维奈托克联合使用的效果，并进行了相关分析	研究样本量有限，且生存结果未达预期	评估三联疗法在急性髓系白血病患者中的疗效和安全性	新诊断和复发难治性急性髓系白血病成年患者	临床医学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	临床数据	一线队列54名患者，复发难治队列52名患者
177	2025-06-16	Artificial intelligence approaches for tumor phenotype stratification from single-cell transcriptomic data 2025-Jun-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98469 PMID:40511682	研究论文	介绍了一种名为SCellBOW的单细胞RNA测序分析框架，用于识别和可视化肿瘤中的细胞亚群，并进行风险分层	SCellBOW是一种受自然语言处理文档嵌入技术启发的创新计算方法，能够有效识别和高质量可视化单细胞亚群，并估计与每个细胞簇相关的相对风险	由于癌症表型空间的复杂性和缺乏与肿瘤scRNA-seq研究相关的临床注释，评估单个细胞亚群的风险具有挑战性	开发一种计算框架，用于从单细胞转录组数据中识别和分层肿瘤表型	肿瘤中的恶性与非恶性细胞亚群	自然语言处理	前列腺癌	scRNA-seq	SCellBOW	单细胞转录组数据	包括内部生成的人类脾细胞和匹配的外周血单个核细胞(PBMC)数据集在内的多个scRNA-seq数据集
178	2025-06-16	Using proteomics and single-cell sequencing to analyze the pathogenesis of recurrent implantation failure associated with uterine natural killer cells 2025-Jun-13, Archives of gynecology and obstetrics IF:2.1Q2 DOI:10.1007/s00404-025-08074-8 PMID:40514455	研究论文	通过蛋白质组学和单细胞测序技术分析复发性植入失败（RIF）与子宫自然杀伤细胞（NK细胞）相关的发病机制	首次整合蛋白质组学和单细胞测序数据，鉴定出与RIF相关的三个关键基因（AMPD3、H6PD和PAK2）以及HR转录因子对PAK2的调控作用	样本量较小（6例RIF患者和6例对照），需要更大规模的研究验证结果	探究复发性植入失败的分子机制，特别是NK细胞在其中的作用	复发性植入失败患者的子宫内膜组织和NK细胞	生殖医学	不孕症	蛋白质组学、单细胞测序	NA	蛋白质组数据、单细胞测序数据	6例RIF患者和6例对照的子宫内膜组织
179	2025-06-16	Macrophage heterogeneity in autoimmune diseases 2025-Jun-13, Cellular immunology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cellimm.2025.104993 PMID:40516246	review	本文综述了自身免疫性疾病中巨噬细胞的异质性及其潜在治疗靶点	利用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞的显著异质性，为理解其发育、表型多样性和功能可塑性提供了新视角	NA	探讨自身免疫性疾病中巨噬细胞的异质性及其在精准治疗中的潜在应用	巨噬细胞	生命科学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
180	2025-06-16	Characterizing chromosome instability reveals its association with lipid-associated macrophages and clonal evolution of lymph node metastasis in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jun-13, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217874 PMID:40516322	研究论文	本研究探讨了染色体不稳定性（CIN）在食管鳞状细胞癌（ESCC）淋巴结转移中的作用及其机制	揭示了CIN与脂质相关巨噬细胞（LA-TAMs）之间的新联系，以及CIN在淋巴结转移克隆进化中的关键作用	未明确说明样本量的具体数量或研究的时间跨度	研究CIN在ESCC淋巴结转移中的功能影响和潜在机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者及其淋巴结转移样本	肿瘤学	食管癌	单细胞RNA测序、全外显子测序、基因组测序、空间蛋白质分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质数据	NA