单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 40234 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2026-06-07 |
Monocyte-derived macrophages promote retinal damage after ischemic stroke via IL-1β-dependent mechanism
2026-May, Experimental neurology
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.expneurol.2026.115676
PMID:41621472
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研究论文 | 本研究利用小鼠模型证明单核细胞来源的巨噬细胞通过IL-1β依赖机制促进缺血性卒中后的视网膜损伤 | 首次阐明单核细胞来源的巨噬细胞在缺血性卒中后视网膜损伤中的关键作用及其IL-1β依赖机制 | 主要基于小鼠模型，未在人类样本中验证；可能未涵盖所有潜在的免疫细胞亚型 | 探究缺血性卒中后视网膜损伤的炎症机制 | 利用中脑动脉闭塞模型模拟缺血性卒中的小鼠视网膜 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, Luminex检测 | NA | RNA测序数据, 图像数据 | 涉及小鼠样本，具体数量未在摘要中说明 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | 视网膜bulk RNA测序和单细胞RNA测序使用Illumina平台 |
| 162 | 2026-06-07 |
Mosaic variants in KRAS and STAT5B associated with a mixed phenotype of 2 acquired errors of immunity
2026-May, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2026.01.018
PMID:41628732
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研究论文 | 该文章报告了一例18岁女性患者携带KRAS和STAT5B体细胞嵌合变异，导致混合性获得性免疫缺陷的病例 | 首次报道两种不同的获得性免疫缺陷（Ras相关自身免疫性白细胞增殖性疾病和非克隆性STAT5B功能获得性疾病）共同导致混合临床表型 | NA | 研究一例携带KRAS和STAT5B功能获得性嵌合变异的独特病例，探讨其与免疫缺陷疾病的关联 | 一名18岁女性患者，患有炎症性肠病、脾肿大、血小板减少、支气管扩张、单核细胞增多和嗜酸性粒细胞增多 | 数字病理学 | 免疫缺陷疾病 | 全基因组测序、靶向扩增子测序、短读长单细胞RNA测序、长读长单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 基因序列数据、单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据 | 1例患者的纵向血液和组织样本 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 短读长和长读长单细胞RNA测序 |
| 163 | 2026-06-07 |
Multi-omics identifies an epithelial-B cell cross-talk that drives functional B cell diversion in breast cancer lymph node metastasis
2026-May, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112394
PMID:41610965
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示乳腺癌淋巴结转移中上皮细胞与B细胞间的相互作用，导致B细胞功能分化 | 首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和体内功能模型，系统描绘乳腺癌转移过程中B细胞状态和相互作用 | NA | 阐明乳腺癌淋巴结转移中B细胞的功能异质性和作用机制 | 乳腺癌原发肿瘤和转移淋巴结中的B细胞 | 机器学习和数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 测序数据, 图像数据 | 配对的原发肿瘤和转移淋巴结样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞RNA测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 164 | 2026-06-07 |
SEAL: Semantic-Aware Contrastive Learning for scRNA-Seq Clustering
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3669981
PMID:41774662
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研究论文 | 提出一种语义感知对比学习方法SEAL用于单细胞RNA测序聚类 | 通过随机掩蔽基因表达生成细胞数据的两个增强视图，并利用生成伪标签的语义信息进行语义感知对比学习，以捕获跨增强视图的语义不变表示，从而提升聚类性能 | 未明确说明局限性（基于摘要） | 解决scRNA-seq数据中因高缺失率和噪声导致的聚类性能不稳定问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 165 | 2026-06-07 |
SAD: Sparse-Aware Diffusion Model for Single-Cell Gene Expression Completion
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3674362
PMID:41838515
|
研究论文 | 提出一种基于扩散模型的框架SAD，用于单细胞RNA测序中稀疏数据的基因表达补全，解决高缺失率下的稀疏偏差问题 | 首次引入稀疏感知扩散模型用于scRNA-seq基因补全，能生成原本缺失的基因条目并校正稀疏分布偏差，支持超过30k基因的输入为基础模型提供一致可靠数据 | 未提及具体局限性 | 开发适用于极端稀疏数据的单细胞基因表达补全方法，为基础模型提供完整基因图谱以提升下游任务泛化能力 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵 | 机器学习 | 不适用 | scRNA-seq | 扩散模型 | 基因表达数据 | 未明确提及样本数量 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 166 | 2026-06-07 |
A Novel Low-Dimensional Sparse and Low-Rank Representation Method for Single-Cell RNA Sequencing Data Clustering
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3674992
PMID:41843533
|
研究论文 | 提出一种名为LDSLRR的低维稀疏低秩表示新方法，用于单细胞RNA测序数据聚类 | 将降维、自表示矩阵构建和聚类过程整合到一个端到端模型LDSLRR中，同时优化三个模块，提高了聚类精度 | 未提及明确局限性 | 解决单细胞RNA测序数据高维性和稀疏性导致的聚类准确性问题 | 单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | LDSLRR（低维稀疏低秩表示） | 基因表达矩阵 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 167 | 2026-06-07 |
DyGFormer:Transformer With Resistance-Distance Bias for Semi-Supervised Cell-Type Identification
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3676606
PMID:41870934
|
研究论文 | 提出了一个半监督模型DyGFormer，用于单细胞空间转录组学中的细胞类型识别 | 引入基于电阻距离的相对位置偏置和邻域交互历史编码器，以及三元组引导的度量监督，以提升细胞类型分类性能 | NA | 开发半监督模型解决单细胞空间转录组学中细胞类型识别面临的噪声、跨平台异质性和标注不足等问题 | 单细胞分辨率的空间转录数据集（如NanoString/CosMx和MERFISH） | 计算机视觉 | 癌症 | 空间转录组测序 | Transformer | 空间转录组图像和基因表达数据 | 多个跨组织、跨平台的单细胞分辨率空间数据集 | NanoString | 空间转录组学 | NanoString CosMx、MERFISH | NA |
| 168 | 2026-06-07 |
Multi-Omics Graph Attention Network for Key Gene Prediction in Triple-Negative Breast Cancer
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3682485
PMID:41955157
|
研究论文 | 提出基于图注意力网络的多模态框架，整合单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和放射组学数据，预测三阴性乳腺癌的关键基因 | 首次将图注意力网络与多组学数据（scRNA-seq、scATAC-seq、放射组学）相结合，通过典型相关分析对齐跨模态特征，并利用细胞间通讯和转录因子结合信息构建多模态图，实现自适应权重分配和预后分层 | 仅在外部队列TCGA-TNBC中验证，样本量有限；未提及模型在独立外部大规模队列中的泛化能力验证 | 为三阴性乳腺癌开发可解释的多模态生物标志物发现方法，以指导个性化治疗 | 三阴性乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、放射组学 | 图注意力网络、集成多层感知器、变分丢弃法 | 基因表达数据、染色质可及性数据、影像数据 | 外部TCGA-TNBC队列 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 169 | 2026-06-07 |
Depression-related chronic stress promotes ovarian cancer progression via metabolic dysfunction and IRF1-mediated immune suppression
2026-May, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2026.106471
PMID:41605304
|
研究论文 | 探讨抑郁相关慢性应激如何通过代谢功能障碍和IRF1介导的免疫抑制促进卵巢癌进展 | 首次揭示抑郁相关慢性应激通过下调IRF1表达、重塑免疫-代谢微环境促进卵巢癌进展的机制，并提出抗抑郁药联合化疗作为潜在治疗策略 | 未明确说明 | 研究抑郁与卵巢癌进展的关系及抗抑郁药物的潜在治疗价值 | 卵巢癌患者及小鼠模型 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 代谢组学 | NA | 基因表达数据, 代谢组数据 | 卵巢癌患者样本及小鼠慢性应激模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 170 | 2026-06-07 |
Spatial Multiomics Reveal Insights Into ADC Efficacy
2026-05, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.70190
PMID:42083302
|
综述 | 本文综述了空间多组学技术在抗体-药物偶联物疗效解析中的应用，提出了整合空间读数与机器学习驱动的分析框架 | 创新性在于提出将空间转录组学和蛋白质组学与机器学习/深度学习相结合的综合分析框架，用于预测ADC疗效、毒性和指导下一代ADC设计 | 未明确说明局限性，推测包括空间多组学技术的成本、通量和数据分析复杂性等挑战 | 探讨空间多组学技术在解析ADC作用机制和耐药性中的应用，提出整合分析框架以改善患者分层和治疗设计 | 转移性尿路上皮癌患者中的ADC治疗反应和耐药机制 | 数字病理学 | 尿路上皮癌 | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 多重蛋白成像, RNA测序 | 机器学习, 深度学习 | 空间转录组数据, 蛋白成像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 171 | 2026-06-07 |
Mapping of Neutrophils in Cancers: Insights From Spatial Omics Technologies
2026-05, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.70194
PMID:42095467
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综述 | 本文综述了空间组学技术在癌症中性粒细胞研究中的应用 | 首次系统总结了空间转录组学在肿瘤中性粒细胞研究中的技术进展和应用，并提出了优化测序策略和样本处理的建议 | 未详细讨论不同空间组学技术平台之间的具体性能比较 | 探讨空间组学技术如何深化对肿瘤中性粒细胞在肿瘤微环境中调控机制的理解 | 肿瘤中性粒细胞 | 数字病理学 | 多种癌症类型 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 172 | 2026-06-07 |
TNBC Spatial Transcriptomic Analysis across Clinical States Reveals Subtype-Specific Networks and Immunosuppressive Niches
2026-May-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0808
PMID:42100798
|
研究论文 | 通过GeoMx空间转录组学分析不同临床状态的三阴性乳腺癌，揭示亚型特异性网络和免疫抑制微环境 | 首次整合分子亚型、免疫浸润和空间结构，提出免疫-空间分子亚型（ISMS）框架，揭示三阴性乳腺癌在疾病进展中的异质性和免疫-空间可塑性 | NA | 通过空间转录组学分析三阴性乳腺癌在非转移性原发肿瘤、转移性原发肿瘤和淋巴结转移中的转录组和免疫空间变化，以阐明疾病进展机制 | 三阴性乳腺癌患者的非转移性原发肿瘤、转移性原发肿瘤和淋巴结转移样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 多个临床状态的肿瘤样本 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间转录组平台 |
| 173 | 2026-06-07 |
scGHSOM: A Hierarchical Framework for Single-Cell Data Clustering and Visualization
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2025.3593632
PMID:40811172
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研究论文 | 开发了一个基于层次生长自组织映射的框架scGHSOM，用于单细胞数据的分层聚类和可视化 | 提出了显著属性识别算法以最小化簇内变异并最大化簇间变异，并引入簇特征图和簇分布图两种新可视化工具 | 仅在三个CyTOF数据集上验证性能，未在更多样化的单细胞RNA测序数据上测试 | 解决高维单细胞数据分析中的层次聚类和可视化挑战 | 单细胞数据集，包括CyTOF和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | CyTOF, 单细胞RNA测序 | 层次生长自组织映射 (GHSOM) | 高维单细胞数据 | 三个CyTOF数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 174 | 2026-06-07 |
LoHi-SSL: A Multi-Level Synergistic Learning Model for Integrating Single-Cell Multi-Omics Data via Low- and High-Order Information Fusion
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3672503
PMID:41805524
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研究论文 | 提出一种名为LoHi-SSL的多层协同学习模型，通过低阶与高阶信息融合实现单细胞多组学数据整合 | 首次将低阶与高阶信息学习结合用于单细胞多组学整合，采用超图学习建模跨组学细胞关系，并结合对比学习增强特征判别性 | 未明确讨论模型在大规模数据集上的计算效率或可扩展性挑战 | 开发高效且鲁棒的单细胞多组学数据整合方法，以揭示细胞异质性和生物进化路径 | 单细胞多组学数据（如转录组、染色质可及性等分子层面的数据集） | 机器学习 | NA | 单细胞多组学测序 | 图自编码器，超图学习，对比学习 | 单细胞多组学数据（如基因表达、染色质开放性等） | 六个公开数据集（未具体说明细胞数量或类型） | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 175 | 2026-06-07 |
DGAE: Dynamic Graph Convolutional Network for Multi-Slice Spatial Transcriptomics Alignment and Enhancement
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3682296
PMID:41950130
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研究论文 | 提出基于动态图卷积网络的多切片空间转录组学对齐与增强框架DGAE | 首次将动态图卷积神经网络用于多切片空间转录组学数据对齐与增强，构建混合图结构自适应更新空间关系 | 未在文中明确提及局限性 | 开发多切片空间转录组学数据对齐与增强方法以提升空间域识别和疾病研究能力 | 多切片空间转录组学数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 动态图卷积神经网络（DGCNN） | 基因表达数据与空间坐标信息 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | NA |
| 176 | 2026-06-07 |
Robust Algorithm With Contrastive Learning for Identifying Spatial Domains From Noised Spatial Transcriptomics Data
2026 May-Jun, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBBIO.2026.3683521
PMID:42247557
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研究论文 | 提出一种名为jNFACL的鲁棒联合框架，用于从噪声空间转录组数据中识别空间域，该框架集成了去噪和域识别过程 | 通过联合网络特征-亲和性对比学习，将数据去噪与空间域识别同时进行，并利用非负矩阵分解从特征层面分离噪声，再采用对比学习增强斑点特征质量 | 文章未明确说明局限性 | 开发一种鲁棒算法，从含噪声的空间转录组数据中准确识别空间域 | 从多个平台和物种获取的、具有不同噪声水平的空间转录组数据集 | 数字病理学 | 没有提及 | 空间转录组学 | jNFACL（联合网络特征-亲和性对比学习框架） | 空间转录组数据 | 多个平台和物种的数据集，具体数量未提及 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 177 | 2026-06-07 |
Bufei formula attenuates airway mucus hypersecretion in COPD through inhibition of TRIM56-mediated ITGB4 ubiquitination
2026-Apr-24, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2026.121215
PMID:41580166
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研究论文 | 研究补肺方通过抑制TRIM56介导的ITGB4泛素化减轻COPD气道黏液高分泌的机制 | 首次发现补肺方活性组分BFF-4通过靶向TRIM56并抑制其介导的ITGB4泛素化来减轻COPD气道黏液高分泌，并利用DARTS技术、单细胞测序和分子对接等先进方法阐明其作用机制 | 未提及具体局限性，可能包括实验动物模型与人体差异、BFF-4的临床转化可行性待验证 | 探究补肺方通过TRIM56介导的泛素化缓解COPD气道黏液高分泌的机制 | 香烟烟雾诱导的COPD小鼠及香烟烟雾提取物诱导的气道上皮细胞 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | DARTS技术、免疫共沉淀、质谱、单细胞测序、分子对接 | NA | 基因表达数据、蛋白质互作数据 | COPD小鼠和体外气道上皮细胞（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 178 | 2026-06-07 |
SPP1+ macrophage-driven interactions shape the tumor microenvironment in lymph node metastatic acral melanoma
2026-Apr-22, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08755-5
PMID:42020397
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示SPP1+巨噬细胞驱动淋巴结节转移性肢端黑色素瘤的肿瘤微环境相互作用 | 首次识别出SPP1+巨噬细胞通过SPP1-CD44轴与S100A8黑色素瘤细胞相互作用，并发现S100A8细胞在转移性肿瘤中为优势恶性亚群，以及抗SPP1疗法在体内可诱导巨噬细胞表型转换并减少肿瘤负荷 | 未明确说明研究局限性 | 研究肿瘤微环境在肢端黑色素瘤淋巴结转移进展中的作用 | 肢端黑色素瘤患者的肿瘤组织和匹配的相邻正常样本，分为淋巴结转移阳性与阴性组 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 治疗初治的肢端黑色素瘤患者的肿瘤组织和匹配正常样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 179 | 2026-06-07 |
SpaNiche: spatial niche analysis to explore colocalization patterns and cellular interactions in spatial transcriptomics data
2026-Apr-21, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04069-z
PMID:42015285
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研究论文 | 提出SpaNiche空间生态位分析框架，用于探索空间转录组数据中的共定位模式和细胞间相互作用 | 利用图正则化联合非负矩阵分解整合细胞丰度和配体-受体表达信息，并通过共识聚类定义“生态型”，增强多样本空间转录组数据分析的实用性 | 未明确说明 | 开发计算框架以揭示空间转录组中的细胞共定位模式和推断潜在配体-受体相互作用 | 结直肠癌、前列腺癌和早期阿尔茨海默病的脑皮层组织 | 数字病理学 | 结直肠癌， 前列腺癌， 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 多样本（具体数量未说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 180 | 2026-06-07 |
Deciphering the role of circulating inflammatory proteins in myocarditis: Novel strategies for targeted therapy
2026-Apr-15, International journal of cardiology
IF:3.2Q2
DOI:10.1016/j.ijcard.2026.134198
PMID:41605333
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research paper | 使用孟德尔随机化和单细胞RNA测序解析循环炎症蛋白在心肌炎中的作用，为靶向治疗提供新策略 | 首次整合孟德尔随机化与单细胞转录组分析，鉴定了LIF作为心肌炎的因果性炎症蛋白和潜在治疗靶点 | 研究依赖公开数据集，可能受样本异质性和统计效力限制；LIF在心肌炎中的具体机制仍需实验验证 | 探究循环炎症蛋白与心肌炎的因果关系，并评估其作为治疗靶点的转化潜力 | 91种循环炎症蛋白与心肌炎之间的因果关系 | machine learning | cardiovascular disease | GWAS, 孟德尔随机化, 单细胞RNA测序, 差异表达分析, 蛋白质-蛋白质相互作用分析 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA（基于公开GWAS汇总统计数据和GEO数据集，具体样本量未在摘要中说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |