单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-07-12	Phenotypic heterogeneity and plasticity in colorectal cancer metastasis 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100881 PMID:40393458	研究论文	研究结直肠癌转移中的表型异质性和可塑性及其调控机制	揭示了再生和炎症表型的癌细胞状态及其关键调控因子AP-1和NF-κB，并预测了激活这些表型的配体-受体相互作用	调控因素和外在信号驱动表型异质性的具体机制仍不完全清楚	探索结直肠癌转移中的表型异质性和可塑性的调控机制	结直肠癌患者的原发性和转移性肿瘤样本	癌症生物学	结直肠癌	单细胞多组学和空间转录组学	NA	单细胞多组学数据和空间转录组学数据	原发性和转移性结直肠癌患者的样本
162	2025-07-12	Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888 PMID:40412393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型的骨转移生态系统，揭示了骨转移的趋同和趋异机制	首次在多种癌症类型的骨转移中识别出三种不同的生态系统原型，每种原型由特定的免疫细胞富集特征定义	样本量相对有限（42例骨转移样本），且未涵盖所有可能的癌症类型	探究不同癌症类型骨转移的分子特征和免疫微环境异质性	42例来自8种癌症类型的骨转移样本	单细胞组学	多癌种骨转移	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化、生物信息学分析	NA	单细胞转录组数据、批量RNA测序/微阵列数据	42例骨转移样本（8种癌症类型）用于scRNA-seq，158例骨转移样本（10+种癌症类型）用于验证
163	2025-07-12	SpaLinker identifies phenotype-associated spatial tumor microenvironment features by integrating bulk and spatial sequencing data 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100893 PMID:40480216	研究论文	SpaLinker通过整合大量和空间测序数据，识别与表型相关的空间肿瘤微环境特征	开发了一个创新的集成框架SpaLinker，利用空间转录组学数据在分子、细胞和组织结构水平上解析空间分辨的肿瘤微环境，并通过整合大量RNA测序数据评估空间定义特征的预后意义	空间测序样本的临床注释稀缺性可能限制研究的广泛适用性	提高空间测序技术的临床效用，识别与表型相关的空间肿瘤微环境特征	肿瘤微环境	数字病理学	泛癌	空间转录组学(ST), RNA-seq	NA	空间转录组学数据, 大量RNA测序数据	多样化的肿瘤ST数据集
164	2025-07-12	Advancements in single-cell techniques for examining the HIV reservoir: pathways to a cure 2025-Jul-09, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00655-25 PMID:40488537	综述	本文综述了单细胞技术在研究HIV病毒库中的应用及其对治愈HIV的潜在贡献	强调了单细胞测序、染色质可及性检测和多组学技术在揭示HIV病毒库异质性和持久性方面的创新应用	未提及具体实验样本量或技术实施的具体限制	深入理解HIV病毒库的特性，以设计针对性干预措施	HIV病毒库中的静息CD4 T细胞和其他长寿细胞如巨噬细胞	生物医学研究	HIV感染	单细胞测序、染色质可及性检测、多组学技术	NA	单细胞基因表达数据、染色质可及性数据	NA
165	2025-07-12	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2025-Jul-09, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkaf079 PMID:40509864	研究论文	通过靶向单细胞表达谱分析，识别了睡眠与代谢状态整合的关键神经元	首次在果蝇中利用单细胞测序技术鉴定出响应饥饿状态的LHLK神经元转录变化，并发现多个调控睡眠-代谢互作的新基因	研究仅聚焦于果蝇的LHLK神经元，在哺乳动物中的普适性有待验证	探究神经元如何整合睡眠与代谢状态	果蝇(Drosophila melanogaster)的Lateral Horn Leucokinin (LHLK)神经元	神经科学	NA	单细胞CEL-Seq测序	NA	单细胞转录组数据	24小时饥饿处理与正常喂养的果蝇LHLK神经元对比
166	2025-07-12	Sjögren's syndrome is associated with a reduction in the surface area of the right caudal anterior cingulate gyrus 2025-Jul-09, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04205-9 PMID:40629343	研究论文	该研究通过孟德尔随机化和脑部MRI扫描，探讨了干燥综合征（SS）与脑皮质结构变化之间的遗传因果关系	首次使用孟德尔随机化方法揭示SS与脑结构变化的遗传因果关系，并识别出相关基因和细胞类型	样本量有限，且仅针对治疗初治的SS患者	探究干燥综合征对脑皮质结构的影响及其潜在机制	干燥综合征患者及其脑皮质结构变化	神经科学	干燥综合征	孟德尔随机化(MR), GWAS, RNA-seq, scRNA-seq, MRI	逆方差加权(IVW), MR-Egger, 加权中位数(WM)	基因组数据, 影像数据, 转录组数据	一组治疗初治的SS患者
167	2025-07-12	Identification of a novel ferroptosis-induced immunogenic cell death related signature based on a machine learning framework in colorectal cancer 2025-Jul-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03147-1 PMID:40632358	研究论文	该研究基于机器学习框架，在结直肠癌中鉴定了一种新型铁死亡诱导的免疫原性细胞死亡相关特征	首次整合铁死亡和免疫原性细胞死亡（F-ICD）的特征，开发了预测结直肠癌预后和肿瘤免疫环境的有价值模型	研究依赖于机器学习算法的预测性能，且外部验证数据集的AUC值较低（0.61和0.58）	探索铁死亡和免疫原性细胞死在结直肠癌中的联合调控效应及其预后价值	结直肠癌患者样本中的免疫细胞（NK细胞、T细胞和部分B细胞）	机器学习	结直肠癌	单细胞转录组学分析、WGCNA分析、DESeq2差异分析	RSF算法	转录组数据	三个数据集（具体样本数量未明确说明）
168	2025-07-12	Leveraging machine learning models to evaluate immune infiltration in the ovarian cancer microenvironment: a single-cell analysis approach 2025-Jul-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03018-9 PMID:40632369	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞RNA测序数据，建立了一个评估卵巢癌肿瘤微环境中免疫浸润的客观模型	首次在单细胞水平上结合机器学习模型评估卵巢癌的免疫浸润状态，并识别出与免疫浸润相关的关键基因特征	研究未进行临床试验验证，且依赖于公共数据库的数据	为卵巢癌的个体化免疫治疗提供客观评估工具	卵巢癌肿瘤微环境中的免疫细胞	机器学习	卵巢癌	单细胞RNA测序	RandomForest, SVM	基因表达数据	来自多个公共数据库的卵巢癌样本，包含不同组织学亚型和免疫浸润水平
169	2025-07-12	Therapeutic targeting of FOSL1 and RELA-dependent transcriptional mechanisms to suppress pancreatic cancer metastasis 2025-Jul-09, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07810-x PMID:40634284	研究论文	该研究揭示了炎症和致癌信号通路如何协同作用驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的新机制，并探讨了糖皮质激素受体激动剂在抑制肿瘤细胞迁移中的治疗潜力	发现了TNFα和EGF信号通过激活NF-κB和AP-1转录因子共同调控PDAC细胞迁移的新机制，并首次证明GR混合激动剂可通过抑制NF-κB转录活性显著减少PDAC细胞迁移	研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床患者中进行验证	探索炎症和致癌信号通路对PDAC转移的表观遗传调控机制，并寻找潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序，体外和体内模型	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
170	2025-07-12	Triggering AHR resolves TGF-β1 induced fibroblast activation and promotes AT1 cell regeneration in alveolar organoids 2025-Jul-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08446-5 PMID:40634525	研究论文	本研究通过3D器官培养和高通量筛选，发现激活AHR可以促进AT1细胞再生并减少TGF-β1诱导的成纤维细胞活化	首次使用高通量筛选系统鉴定出能促进AT1细胞分化的化合物，并揭示AHR激活在对抗TGF-β1信号通路中的作用	研究仅在体外3D器官培养模型中进行，尚未在体内模型或临床环境中验证	探索在病理条件下促进肺泡上皮再生的方法	肺泡上皮细胞（AT2和AT1细胞）和成纤维细胞	细胞生物学	肺纤维化间质性肺病	3D器官培养, 高通量筛选(HTS), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	3D器官模型	基因表达数据	约16,800种化合物进行筛选
171	2025-07-12	Liver-specific expression of ANGPTL8 promotes Alzheimer's disease progression through activating microglial pyroptosis 2025-Jul-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03487-3 PMID:40634935	研究论文	研究揭示了肝脏特异性表达的ANGPTL8通过激活小胶质细胞焦亡促进阿尔茨海默病进展的机制	首次发现ANGPTL8通过PirB/NLRP3通路加剧小胶质细胞焦亡，从而加速AD发病	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究肝脏分泌因子ANGPTL8在阿尔茨海默病进展中的作用机制	ANGPTL8基因敲除小鼠和5×FAD转基因小鼠	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、批量RNA测序、透射电子显微镜	小鼠疾病模型	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	ANGPTL8-/-小鼠和5×FAD小鼠杂交群体
172	2025-07-12	Distinct roles of HMOX1 on tumor epithelium and macrophage for regulation of immune microenvironment in ovarian cancer 2025-Jul-09, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002829 PMID:40638251	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关因子HMOX1在卵巢癌免疫微环境调控中的双重作用	揭示了HMOX1在肿瘤上皮细胞和巨噬细胞中的不同作用及其通过不同信号通路调控免疫微环境的机制	仅针对卵巢癌进行研究，未涉及其他癌症类型	阐明铁死亡相关因子在免疫微环境调控中的作用	卵巢癌样本中的肿瘤上皮细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	scRNA-seq, 免疫组化, western blot, mIHC	小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据	来自TCGA、GTEx、GEO数据库的卵巢癌样本及小鼠模型
173	2025-07-12	Integrated single-cell sequencing for the development of a GJA4-based precision immuno-prognostic model in melanoma 2025-Jul-09, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102450 PMID:40639089	研究论文	通过整合单细胞测序技术，开发了一个基于GJA4的精准免疫预后模型，用于黑色素瘤的研究	首次将GJA4识别为肿瘤相关内皮细胞中的关键标记基因，并建立了一个基于GJA4的风险模型，用于预测黑色素瘤的预后和治疗靶点	研究主要依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制，且实验验证部分仍需进一步扩展	探索肿瘤相关内皮细胞与肿瘤之间的相互作用及其分子机制，开发精准免疫预后模型	黑色素瘤患者和胶质瘤患者的RNA-seq、微阵列数据及单细胞RNA测序数据	数字病理	黑色素瘤	RNA-seq、微阵列、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	基于GJA4的风险模型	RNA-seq数据、微阵列数据、scRNA-seq数据	来自TCGA和GEO数据库的黑色素瘤和胶质瘤患者数据
174	2025-07-12	Novel multi-omics analysis revealing metabolic heterogeneity of breast cancer cell and subsequent development of associated prognostic signature 2025-Jul-09, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102444 PMID:40639090	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和临床数据，揭示了乳腺癌细胞的代谢异质性，并开发了相关的预后特征	揭示了乳腺癌中与糖酵解重编程和免疫调节相关的代谢异质性，并构建了一个具有强大预后能力的代谢风险特征	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于PDCD1基因的功能研究	提高乳腺癌的预后预测和治疗策略	乳腺癌细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, WGCNA	机器学习算法	RNA测序数据, 临床数据	多个队列的乳腺癌患者样本
175	2025-07-12	Enhancer-driven gene regulatory networks reveal transcription factors governing T cell adaptation and differentiation in the tumor microenvironment 2025-Jul-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.04.030 PMID:40425012	研究论文	通过增强子驱动的基因调控网络揭示转录因子在肿瘤微环境中调控T细胞适应和分化的机制	利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的多组学数据，揭示了KLF2和BATF转录因子在调控Trm样TIL形成中的相反作用，以及TGF-β信号通路的重要性	研究主要基于模型系统，未涉及人类患者样本的验证	探究肿瘤微环境中CD8 T细胞异质性及组织驻留记忆T细胞（Trm）样TIL的形成机制	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）中的CD8 T细胞	免疫学	实体瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	感染和癌症模型中的T细胞受体（TCR）匹配的CD8 T细胞
176	2025-07-12	Cholinergic neuron-to-glioblastoma synapses in a human iPSC-derived co-culture model 2025-Jul-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102534 PMID:40541171	研究论文	该研究通过人类诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的胆碱能神经元与患者来源的胶质母细胞瘤（GBM）类器官共培养系统，揭示了胆碱能神经元与GBM细胞之间的突触连接及其对肿瘤进展的影响	首次在人类细胞系统中研究了胆碱能神经元与GBM的突触连接，并揭示了这些连接通过CHRM3受体促进肿瘤增殖的机制	研究仅基于体外共培养系统，未在体内模型中验证结果	探究胆碱能神经元与胶质母细胞瘤之间的相互作用及其对肿瘤生物学的影响	人类诱导多能干细胞衍生的胆碱能神经元和患者来源的胶质母细胞瘤类器官	癌症神经科学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、钙成像、电子显微镜	hiPSC衍生的共培养模型	基因表达数据、图像数据	患者来源的GBM类器官和hiPSC衍生的胆碱能神经元共培养系统
177	2025-07-12	Integrin β1 activity controls colony morphology during human pluripotent stem cell state transitions 2025-Jul-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102538 PMID:40541174	research paper	该研究探讨了整合素β1在调节人类诱导多能干细胞（hiPSCs）原始和初始状态中的作用	揭示了整合素β1在调节多能干细胞状态中的新作用，并展示了整合素抑制剂如何帮助在体外微调hiPSC的功能和特性	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	研究整合素β1在人类诱导多能干细胞状态转换中的调控作用	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
178	2025-07-12	Chronic cerebral hypoperfusion induces venous dysfunction via EPAS1 regulation in mice 2025-Jul-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61614-3 PMID:40628749	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示了慢性脑低灌注通过EPAS1调控诱导静脉功能障碍的机制	首次发现EPAS1在静脉细胞中的特异性激活及其与脑血管异常的关联	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探究脑血管损伤导致血管性痴呆的分子机制	小鼠皮层血管细胞和人类血管内皮细胞	神经科学	血管性痴呆	单细胞转录组测序、活体成像	小鼠双侧颈总动脉狭窄模型	基因表达数据、影像数据	小鼠模型及人类血管内皮细胞样本
179	2025-07-12	Identifying propionate metabolism-related genes as biomarkers of sepsis development and therapeutic targets 2025-Jul-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06463-2 PMID:40628770	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析脓毒症患者和健康对照者外周血单个核细胞中丙酸代谢的差异，并构建脓毒症诊断模型	首次将丙酸代谢相关基因作为脓毒症发展的生物标志物和治疗靶点进行研究，并使用机器学习构建诊断模型	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	探索丙酸代谢在脓毒症中的作用机制，并开发诊断模型	脓毒症患者和健康对照者的外周血单个核细胞	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习	LASSO, XGBoost, CatBoost, NGBoost	RNA-seq数据	NA
180	2025-07-12	Thioredoxin regulates T cell proliferation and aggravates the severity of influenza a virus infection 2025-Jul-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10676-w PMID:40629048	研究论文	该研究通过多组学方法鉴定了TXN作为T细胞增殖的关键靶基因，并阐明了其与甲型流感病毒(IAV)感染的密切关联	首次将TXN鉴定为IAV感染期间T细胞增殖的靶基因，并提出了T细胞死亡新机制的非凋亡形式假说	未明确解释IAV感染后T细胞发育是否受到负调控	探究IAV感染期间T细胞的免疫变化及相关靶基因	甲型流感病毒(IAV)感染过程中的T淋巴细胞	免疫学	流感	转录组分析、单细胞转录组分析、差异分析、WGCNA、Friends分析	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量