单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-09-15	Estimating the effect of tissue- and blood-derived cell reference matrices on deconvolving bulk transcriptomic datasets 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.07.058 PMID:40821716	研究论文	本研究系统评估组织和血液来源的细胞参考矩阵（CRMs）对解卷积批量转录组数据准确性的影响	首次系统比较组织和血液来源CRMs在解卷积性能上的差异，并开发了可用于构建用户自定义CRMs的R包DeconvRef	研究主要基于炎症性肠病和肺腺癌数据，其他疾病类型的普适性有待验证	评估不同来源细胞参考矩阵对批量转录组数据细胞解卷积准确性的影响	炎症性肠病（IBD）和肺腺癌（LUAD）的转录组数据	生物信息学	炎症性肠病和肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量转录组分析	细胞解卷积算法	转录组数据	使用公共批量转录组数据集和模拟伪批量样本，包含多个公开CRMs（IRIS、LM22、ImmunoStates）
162	2025-09-15	Identification of key ferroptosis-related genes and therapeutic target in nasopharyngeal carcinoma 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1595456 PMID:40822284	研究论文	本研究通过生物信息学方法识别鼻咽癌中铁死亡相关关键基因及其治疗靶点	首次结合WGCNA和多种机器学习算法筛选鼻咽癌中铁死亡相关枢纽基因，并利用单细胞RNA测序进行验证	研究主要基于公共数据库数据，缺乏实验验证	识别鼻咽癌中铁死亡相关治疗靶点并探索其机制	鼻咽癌患者基因表达数据	生物信息学	鼻咽癌	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, 机器学习算法	多种机器学习算法	基因表达数据	基于GEO数据库的鼻咽癌数据集
163	2025-09-15	Effect of time-weighted average 25(OH)D on the occurrence of major adverse kidney events in IgA nephropathy-from a 10-year population-based cohort study 2025, Frontiers in nutrition IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fnut.2025.1576488 PMID:40823027	研究论文	本研究探讨时间加权平均25(OH)D水平对IgA肾病患者主要不良肾脏事件的影响	首次使用时间加权平均25(OH)D水平评估IgA肾病进展风险，并整合基因组学、单细胞RNA测序和分子对接分析揭示潜在机制	观察性研究设计无法完全排除混杂因素影响，样本量相对有限	评估维生素D水平与IgA肾病进展的关联及补充治疗的潜在效益	866例IgA肾病患者	肾脏病学	IgA肾病	Kaplan-Meier生存分析、ROC曲线、多变量逻辑回归、单细胞RNA测序、分子对接分析	多变量Cox回归模型	临床数据、基因组数据、分子数据	866例患者，中位随访4.3年
164	2025-09-15	Host Circulating Immunometabolism-Associated Biomarkers for Early Diagnosis of Active Tuberculosis: Multi-Omics Screening with Experimental Validation 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S533116 PMID:40823357	研究论文	本研究通过多组学筛选和实验验证，识别了宿主循环免疫代谢相关生物标志物用于活动性结核病的早期诊断	首次结合机器学习、免疫细胞浸润分析和单细胞RNA测序，鉴定出四个代谢相关枢纽基因（GCH1、GK、MTHFD2、SLC7A6）作为活动性结核的高精度诊断标志物，并探索了其在巨噬细胞抗结核免疫反应中的作用	研究依赖于公共数据库数据，外部验证数据集可能有限；动物模型结果向人类应用的转化需进一步验证	开发活动性结核病的早期诊断生物标志物	活动性结核病患者与健康对照者的基因表达数据，以及结核分枝杆菌感染的小鼠模型	生物信息学	结核病	转录组分析、机器学习、CIBERSORT算法、单细胞RNA-seq	机器学习算法	基因表达数据	从GEO数据库获取的健康供体和活动性结核患者数据集，具体样本量未明确说明
165	2025-09-15	Mechanistic Perspectives on Radiation-Induced Skin Injury and the Protective Effects of Berberine 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S523616 PMID:40823361	研究论文	本研究探讨辐射性皮肤损伤的机制，并评估小檗碱在减轻损伤和促进愈合中的保护作用	首次通过单细胞RNA测序和蛋白质组学揭示RISI的核心衰老标志物，并验证小檗碱通过调控衰老和炎症通路促进愈合的新策略	研究主要基于动物和细胞模型，人类临床验证尚不充分	阐明辐射性皮肤损伤的分子机制并探索小檗碱的治疗潜力	患者样本、大鼠、小鼠模型及皮肤细胞	NA	皮肤损伤	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析、分子对接、体外实验	NA	转录组数据、蛋白质组数据	涉及患者、大鼠、小鼠模型及体外细胞实验，具体样本量未明确说明
166	2025-09-15	TYK2 rs34536443 (P1104A) Variant Suppresses ICAM1-Mediated Inflammation: Insights From Mendelian Randomization and Functional Analyses 2025, Psoriasis (Auckland, N.Z.) DOI:10.2147/PTT.S535434 PMID:40823507	研究论文	通过孟德尔随机化和功能分析揭示TYK2 rs34536443变异通过抑制ICAM1介导的炎症在银屑病中的作用机制	首次结合SMR分析和功能实验证实TYK2 SNP rs34536443通过调控ICAM1影响银屑病发病，并验证TYK2抑制剂的治疗潜力	研究主要基于细胞模型和小鼠实验，人类临床验证尚不充分	探究银屑病的遗传易感机制和TYK2-ICAM1轴的调控作用	THP-1细胞、IMQ诱导的银屑病小鼠模型	遗传学与免疫学	银屑病	SMR分析、pQTL数据整合、单细胞RNA-seq、LPS刺激实验	NA	遗传数据、蛋白质表达数据、RNA-seq数据	细胞系实验和小鼠模型（具体数量未明确说明）
167	2025-09-15	Topology-aware pathway analysis of spatial transcriptomics 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19729 PMID:40827204	研究论文	本研究开发了一种基于通路信号流（PSF）算法的空间转录组学通路分析方法，用于捕捉生物通路在组织空间中的拓扑活动	首次将基因表达转化为通路水平活动，整合表达数据与相互作用网络计算通路分支特异性活动值，突破传统方法忽略通路连通性的局限	方法依赖于预定义的KEGG信号通路数据库，可能未覆盖所有潜在通路交互	提升空间转录组学数据分析中对生物通路拓扑结构和信号传播的解析能力	人类黑色素瘤和小鼠脑组织的10x Genomics Visium空间转录组数据	空间转录组学	黑色素瘤	PSF算法，KEGG信号通路分析	无监督聚类（Seurat Louvain, Vesalius, spatialGE）	空间转录组数据	两个公共数据集（人类黑色素瘤和小鼠脑组织）
168	2025-09-15	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Pericytes Acquire a Fibrotic Phenotype and Promote Mesenteric Adipose Tissue Fibrosis in Crohn's Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S528171 PMID:40831515	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示克罗恩病中周细胞获得纤维化表型并促进肠系膜脂肪组织纤维化的机制	首次发现周细胞是驱动克罗恩病肠系膜脂肪组织纤维化的关键基质细胞群体，并鉴定STEAP4作为周细胞特异性标志物	研究主要基于体外实验和相关性分析，需要进一步体内功能验证	阐明克罗恩病爬行脂肪纤维化的细胞起源及周细胞的参与机制	克罗恩病患者的肠系膜脂肪组织样本及原代周细胞	单细胞组学	克罗恩病	scRNA-seq, 免疫荧光, 细胞比例分析, CytoTRACE, 伪时间分析	NA	单细胞转录组数据, 组织学数据	克罗恩病患者肠系膜脂肪组织样本及原代细胞培养
169	2025-09-15	Spatial transcriptomics reveals Inhba/Smad2/E2f4 axis in Lrp2high thecal cell proliferation in androgen-induced PCOS mice 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1633254 PMID:40831751	研究论文	本研究通过空间转录组学技术揭示了PCOS小鼠模型中Lrp2高表达卵泡膜细胞异常增殖的Inhba/Smad2/E2f4信号轴机制	首次发现并验证了Inhba/Smad2/E2f4信号轴在PCOS卵泡膜细胞异常增殖中的关键调控作用	研究基于DHEA诱导的小鼠模型，人类PCOS的完全适用性需进一步验证	探究多囊卵巢综合征（PCOS）中卵泡膜细胞异常增殖的分子机制	DHEA诱导的PCOS小鼠模型及体外培养的卵泡膜细胞	空间转录组学	多囊卵巢综合征	空间转录组学、siRNA敲降、EdU标记、流式细胞术	NA	空间基因表达数据	PCOS小鼠卵巢组织及体外培养细胞模型
170	2025-09-15	Revealing key regulatory factors in lung adenocarcinoma: the role of epigenetic regulation of autophagy-related genes from transcriptomics, scRNA-seq, and machine learning 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1542338 PMID:40832611	研究论文	本研究通过转录组学、单细胞RNA测序和机器学习揭示肺腺癌中自噬相关基因的表观遗传调控关键因子及其在肿瘤微环境中的作用	首次整合bulk转录组与scRNA-seq数据，结合机器学习筛选出KDM6B和KANSL1作为肺腺癌诊断标志物，并实验验证其促进T细胞耗竭的作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅针对部分基因功能，缺乏临床样本验证	探究表观遗传-自噬相关基因在肺腺癌肿瘤微环境中的调控机制并寻找诊断标志物	肺腺癌组织样本、免疫细胞（特别是耗竭T细胞）、KDM6B和KANSL1基因	生物信息学	肺腺癌	RNA-seq, scRNA-seq, 实时PCR, Western blot, 机器学习算法	limma包差异分析，机器学习分类模型	转录组数据，单细胞数据，实验数据	未明确样本数量，包含肺癌组织和正常组织对比
171	2025-09-15	Integrative analysis of lactylation related genes in prostate cancer: unveiling heterogeneity through single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq and machine learning 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1634985 PMID:40832598	研究论文	通过单细胞RNA测序、批量RNA测序和机器学习整合分析前列腺癌中乳酰化相关基因，揭示其异质性及预后意义	首次系统整合单细胞和批量RNA测序数据，结合机器学习构建前列腺癌乳酰化相关基因的预后模型，并关联免疫微环境和靶向治疗反应	基于公共数据库和有限临床样本验证，需进一步实验验证乳酰化功能机制	系统研究乳酰化相关基因对前列腺癌预后和免疫调控的影响	前列腺癌患者RNA测序数据及临床样本	生物信息学	前列腺癌	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 机器学习	无监督聚类, 预后模型（未指定具体算法）	RNA测序数据	来自TCGA-PRAD、GSE116918和GSE54460数据库的多中心前列腺癌样本
172	2025-09-15	SPOCK1 promotes the progression of breast cancer by modulating cancer-associated fibroblasts and exerts a synergistic effect with ANXA2 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1619171 PMID:40837013	研究论文	本研究通过多组学分析揭示SPOCK1通过调控癌症相关成纤维细胞促进乳腺癌进展，并与ANXA2存在协同效应	首次系统阐明SPOCK1在乳腺癌中通过CAFs调节肿瘤微环境的机制，并发现其与ANXA2的协同作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内功能验证和临床前模型数据	探索SPOCK1在乳腺癌中的表达模式、预后意义及免疫微环境调控机制	乳腺癌组织样本和癌细胞系	癌症生物学	乳腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多重免疫组化(mIHC)	统计模型（R和GraphPad Prism分析）	基因组数据、转录组数据、临床数据	TCGA和GEO数据库的乳腺癌样本（具体数量未明确说明）
173	2025-09-15	Is postoperative cognitive dysfunction a disease of microglial inflammatory memory? A state-transition model from metabolic stress to epigenetic lock-in 2025, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2025.1648161 PMID:40843245	综述	提出术后认知功能障碍（POCD）是由小胶质细胞身份稳定转变驱动的炎症记忆回路模型，而非短暂神经炎症	将POCD重新定义为小胶质细胞命运转变，提出线粒体功能障碍-染色质重塑-持续极化共同演化的闭环炎症记忆回路机制	NA	解释术后认知功能障碍的持久性机制并提出治疗策略	小胶质细胞炎症记忆机制	神经科学	老年疾病	单细胞转录组学、染色质可及性分析	状态转换模型	NA	NA
174	2025-09-15	Integrated multi-omics profiling of immune microenvironment and drug resistance signatures for precision prognosis in prostate cancer 2025, Cancer drug resistance (Alhambra, Calif.) DOI:10.20517/cdr.2025.47 PMID:40843359	研究论文	本研究通过整合多组学数据开发了一个以前列腺癌免疫微环境为中心的预后模型，用于精准预测治疗抵抗和患者生存	首次结合多组学数据、单细胞RNA测序和实验验证，构建了连接免疫异质性、基因组不稳定性和治疗抵抗的预后框架，并识别出亚型特异性耐药模式	研究主要依赖公共数据库（TCGA和GEO）的回顾性数据，外部验证样本量相对有限（329例），且实验验证仅在细胞系中进行	开发前列腺癌的精准预后模型，解析肿瘤微环境与治疗抵抗的关系	前列腺癌患者（来自TCGA-PRAD的554个样本和329个外部验证样本）及835个前列腺癌细胞	数字病理	前列腺癌	多组学整合分析、CIBERSORT、ESTIMATE、WGCNA、ScRNA-seq、LASSO回归	LASSO回归模型	转录组数据、基因组数据、单细胞RNA测序数据	883个样本（554 TCGA + 329外部验证）和835个细胞
175	2025-09-15	Pathophysiological Insights Into the Role of Osteoclasts in Osteoarthritis: Mechanisms, Therapeutic Targets, and Future Directions 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S525245 PMID:40851840	综述	本文探讨了破骨细胞在骨关节炎发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	整合单细胞RNA测序技术与传统方法，从时空维度研究破骨细胞基因表达模式，可能发现新的治疗靶点	NA	填补骨关节炎治疗领域的知识空白并推动创新治疗方法的发展	破骨细胞在骨关节炎中的功能与调控机制	骨生物学	骨关节炎	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
176	2025-09-15	Comprehensive Insights Into the Role of TRPM4 in Pan-Cancer Progression and Immune Regulation 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S542176 PMID:40860345	研究论文	本研究探讨TRPM4在泛癌进展和免疫调控中的作用，通过多组学分析和实验验证揭示其与肿瘤预后及免疫治疗反应的关联	首次全面分析TRPM4在33种癌症类型中的表达模式、免疫浸润特征及与免疫治疗疗效的关系，并结合实验验证其功能	样本量有限（特别是临床验证部分仅19例肺腺癌患者），主要依赖生物信息学分析，实验验证需进一步扩展	探究TRPM4在泛癌中的表达特征、预后价值、免疫调控作用及对免疫治疗反应的影响	33种癌症类型的肿瘤样本（来自TCGA、GTEx等数据库）及乳腺癌、肺腺癌、食管癌细胞系	生物信息学与肿瘤免疫学	泛癌（包括肺癌、乳腺癌、食管癌等）	RNA-seq（bulk和scRNA-seq）、免疫组化（IHC）、多重免疫荧光（mIHC）、基因敲低实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、单细胞数据、临床病理数据	TCGA+GTEx泛癌数据集（33种癌症）、19例肺腺癌患者组织样本、多种癌细胞系
177	2025-09-15	smartSim: simulation of splice aware single cell smart-seq3 data 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf183 PMID:40861396	研究论文	本文介绍了smartSim，一种用于模拟Smart-seq3单细胞RNA测序数据的仿真工具	首次开发能够模拟Smart-seq3协议特异性偏差（包括UMI和内部读段）的剪接感知单细胞数据仿真器	NA	为单细胞RNA测序中的异构体重建和选择性剪接检测计算方法提供基准测试资源	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	Smart-seq3, RNA-seq	NA	测序数据	NA
178	2025-09-15	Construction of thyroid cancer classification and iodine metabolism related diagnostic model using thyroid differentiation score and bioinformation 2024-Sep-06, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000039464 PMID:39252309	研究论文	构建基于甲状腺分化评分和生物信息学的甲状腺癌分类及碘代谢相关诊断模型	整合甲状腺分化评分、多组学数据和机器学习方法，首次开发出与碘代谢相关的THCA亚型诊断模型，并鉴定出5个独立预测基因	NA	提高甲状腺癌不同亚型的诊断准确性和治疗针对性	甲状腺癌（THCA）患者	生物信息学	甲状腺癌	RNA-seq, qRT-PCR, GSVA, 机器学习	逻辑回归诊断模型	基因表达数据，临床病理信息，单细胞RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的甲状腺癌样本
179	2025-09-15	Human Pancreatic α-Cell Heterogeneity and Trajectory Inference Analysis Using Integrated Single Cell- and Single Nucleus-RNA Sequencing Platforms 2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.19.567715 PMID:38014078	研究论文	通过整合单细胞和单核RNA测序技术揭示人类胰腺α细胞的异质性及其在2型糖尿病中的转分化轨迹	首次发现人类α细胞存在五个转录组不同的亚群，并利用轨迹推断分析揭示α与β细胞双向转分化的基因特征	研究主要基于体外胰岛和移植胰岛数据，未完全模拟体内自然环境	探究人类胰腺α细胞异质性及在2型糖尿病中细胞命运转换的机制	人类胰岛细胞（来自非糖尿病供体和2型糖尿病供体）及胰岛移植物	单细胞组学	2型糖尿病	scRNA-seq, snRNA-seq, 轨迹推断分析, RNA velocity/PAGA分析	NA	单细胞转录组数据	人类非糖尿病供体和2型糖尿病供体的胰岛样本
180	2025-09-14	Neuroimmune integration in chronic stress: mechanisms of TRPV1-CB2 crosstalk, inflammation, and neural resilience 2025-Oct-15, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149826 PMID:40645538	综述	本文综述了慢性压力下神经免疫整合机制，重点关注TRPV1-CB2受体串扰、炎症和神经韧性	整合神经化学范式与TRPV1/CB2受体动态、神经炎症级联和氧化应激的前沿见解，并提出神经免疫整合模型	分子网络间复杂串扰及先进疗法可及性不平等	探索慢性压力下的神经免疫整合机制并开发神经保护治疗策略	神经免疫系统、分子信号通路（MAPK、CREB）和应激反应机制	神经科学	精神与神经疾病	CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞RNA测序	神经免疫整合模型	NA	NA