单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-09-21	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Sep, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	评估临床来源人类组织空间转录组学的严谨性和可重复性，并比较不同平台性能	首次系统评估数字空间分析技术在真实临床样本中的技术性能，并比较多细胞与单细胞分辨率方法的优缺点	主要关注肾脏组织，可能不直接适用于其他器官或疾病类型	验证空间转录组学技术在临床研究和诊断中的应用可行性	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学，数字空间分析，单分子成像	NA	基因表达空间数据	临床人类肾脏组织和活检样本
162	2025-09-21	Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model: Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptome Analysis With Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer 2025-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805 PMID:40473111	研究论文	本研究开发了一种结合单细胞转录组、空间转录组和病理图像的多组学深度学习模型，用于预测结直肠癌肝转移风险	首次发现并鉴定肝转移触发恶性细胞(LMTMCs)，建立了基于多组学细胞通讯分析和弱监督深度学习的肝转移预测模型	模型在外部验证集中的表现存在差异(AUC 0.72-0.89)，需要进一步验证和优化	提高结直肠癌肝转移风险的早期识别和预测能力	结直肠癌患者及其肝转移样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组分析、批量RNA测序	ResNet18、弱监督学习	全切片图像、转录组数据	TCGA-CRC内部测试集及两个外部独立验证队列（西南医科大学附属医院和附属中医医院队列）
163	2025-09-21	High-Dimensional Analysis of Type 2 Lymphocyte Dynamics During Mepolizumab or Dupilumab Treatment in Severe Asthma 2025-Sep, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16633 PMID:40566935	研究论文	本研究通过高维流式细胞术和单细胞RNA测序分析美泊利单抗和杜匹鲁单抗治疗对重症哮喘患者2型淋巴细胞动态的影响	首次揭示美泊利单抗治疗通过改变2型淋巴细胞的组织归巢受体表达和细胞因子产生能力，可能重新定向炎症细胞远离气道的新机制	样本量较小（特别是杜匹鲁单抗组仅7例患者），单细胞测序样本量有限（n=3）	探究2型生物制剂对重症哮喘患者循环淋巴细胞的影响机制	40例重症哮喘患者（美泊利单抗33例，杜匹鲁单抗7例）	免疫学	哮喘	高参数流式细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq），细胞刺激实验	NA	流式细胞数据，单细胞转录组数据	40例患者（33例美泊利单抗治疗，7例杜匹鲁单抗治疗），其中3例进行单细胞测序，3例进行细胞刺激实验
164	2025-09-21	Epithelial Lining Fluid Cystatin SN is a Noninvasive Biomarker for Predicting Type 2 Chronic Rhinosinusitis 2025-Sep, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16652 PMID:40689541	研究论文	本研究识别并验证了上皮衬液中的半胱氨酸蛋白酶抑制剂SN作为预测2型慢性鼻窦炎的非侵入性生物标志物	首次发现CST1基因在2型慢性鼻窦炎上皮细胞中特异性表达，并证实ELF中半胱氨酸蛋白酶抑制剂SN水平与T2炎症高度相关且预测准确性优于现有标志物	NA	识别用于2型慢性鼻窦炎内型分型的非侵入性生物标志物以促进个性化治疗	慢性鼻窦炎患者和对照个体的鼻组织和上皮衬液样本	生物标志物研究	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Luminex多重检测、酶联免疫吸附测定（ELISA）、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、蛋白质浓度数据、临床评分数据	慢性鼻窦炎患者和对照个体（具体数量未在摘要中说明）
165	2025-09-21	Plant metabolism: Zoom in to the single-cell level 2025-Sep-01, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiaf375 PMID:40889291	综述	本文综述了单细胞水平技术在植物代谢研究中的应用，重点讨论代谢物积累的细胞类型特异性及多组学方法的重要性	强调从单组学向多组学方法的转变，并展示单细胞技术如何揭示稀有细胞类型在代谢物生物合成中的关键作用	NA	揭示植物代谢物在细胞水平上的积累位置、功能及调控机制	模型植物和药用植物物种	植物代谢组学	NA	质谱成像、单细胞转录组学、多组学	NA	代谢物数据、基因表达数据	NA
166	2025-09-21	Dopaminergic short axon cells integrate sensory and top-down inputs to enhance discriminative learning in the mouse olfactory bulb 2025-Sep, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003375 PMID:40956809	研究论文	研究揭示了小鼠嗅球中多巴胺能短轴突细胞通过整合感觉和自上而下输入来增强嗅觉辨别学习的神经环路机制	首次发现多巴胺能短轴突细胞作为中枢枢纽整合感觉输入和自上而下信号，通过基于奖励价态的突触可塑性增强感觉辨别能力	研究局限于小鼠模型，尚未在其它物种或更复杂行为情境中验证	探索嗅觉辨别学习中神经机制，特别是感觉输入选择性增强的细胞基础	小鼠嗅球多巴胺能短轴突细胞及其神经环路	神经科学	NA	光学成像、空间转录组学、电子显微镜	NA	神经成像数据、基因表达数据、超微结构数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
167	2025-09-21	Single-cell sequencing analysis reveals the promotion of ELR CXCL genes on angiogenesis and the influence on malignant progression in glioblastoma 2025-Sep-01, Journal of clinical biochemistry and nutrition IF:2.0Q3 DOI:10.3164/jcbn.25-26 PMID:40963732	研究论文	通过单细胞测序分析揭示ELR CXCL基因在胶质母细胞瘤中促进血管生成并影响恶性进展的作用	首次在胶质母细胞瘤的骨髓来源巨噬细胞亚群中发现ELR CXCL基因的特异性过表达，并验证CXCL3通过促进血管生成驱动肿瘤恶性进展	研究主要基于公共数据库数据和体外实验，缺乏体内模型验证和临床样本的直接证据	探究胶质母细胞瘤微环境中髓系细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用机制	胶质母细胞瘤细胞、骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)和内皮细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、qRT-PCR、血管生成实验、CCK-8、集落形成实验、Transwell实验、流式细胞术	NA	单细胞基因表达数据、实验数据	来自GEO数据库的单细胞测序数据集（具体样本量未明确说明）
168	2025-09-21	Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020 PMID:40798884	研究论文	研究发现肺细胞通过外泌体通讯显著增强造血干细胞自我更新和移植能力	首次揭示肺细胞通过外泌体调控造血干细胞稳态，突破传统骨髓微环境独占调控的认知	研究主要基于实验模型，临床转化效果仍需进一步验证	探究肺细胞外泌体对造血干细胞功能的调控机制	人造血干细胞和肺小气道上皮细胞	细胞生物学	血液系统疾病（镰状细胞病和骨髓衰竭）	单细胞外泌体追踪、单细胞RNA测序、外泌体miRNA分析、蛋白质组学	NA	单细胞测序数据、miRNA数据、蛋白质数据	NA（未明确样本数量，但涉及原代细胞和移植实验）
169	2025-09-21	Overexpression of high affinity Type I adenosine receptors promotes the growth of uterine leiomyomas 2025-Jul-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf025 PMID:40489662	研究论文	本研究探讨了子宫肌瘤中高亲和力A1型腺苷受体（ADORA1）的过表达及其通过调控AKT1信号通路促进肿瘤生长的机制	首次在组织标本和单细胞转录组数据中系统证实ADORA1在子宫肌瘤中的过表达，并揭示其通过cAMP和AKT1信号通路影响细胞增殖的新机制	NA	阐明细胞外腺苷水平改变促进子宫肌瘤生长的分子机制	子宫肌瘤和平滑肌组织的匹配标本及原代培养细胞	分子病理学	子宫肌瘤	RT-qPCR, western blot, 免疫组化, 单细胞转录组学, siRNA干扰	NA	基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞转录组数据	来自匹配子宫肌层和肌瘤组织的系列标本及原代培养细胞
170	2025-09-21	The glycolytic reaction PGAM restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2025-Jun-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115799 PMID:40482033	研究论文	本研究揭示糖酵解反应PGAM抑制Th17细胞的致病性及其相关自身免疫反应	发现PGAM酶（与其他糖酵解酶相反）作为Th17细胞致病性分化的负调控因子	NA	探究糖酵解反应如何决定Th17细胞的致病性	T辅助17细胞（Th17细胞）	免疫代谢	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序，Compass算法	NA	基因表达数据	NA
171	2025-09-21	Simultaneous inference for generalized linear models with unmeasured confounders 2025-Jun-06, Journal of the American Statistical Association IF:3.0Q1 DOI:10.1080/01621459.2025.2485379 PMID:40964623	研究论文	提出一种针对存在未测量混杂因子的广义线性模型的大规模假设检验统一框架	利用正交结构和线性投影，通过三阶段方法在任意混杂机制下分离边际效应与混杂效应，并进行偏差校正	理论结果依赖于样本量和响应维度趋近于无穷的渐近条件	解决基因组学中大规模假设检验因未测量混杂因子导致的偏差问题	广义线性模型中的系数估计与假设检验	统计学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义线性模型，Lasso型优化	基因表达数据	两组样本的单细胞RNA测序计数数据
172	2025-09-21	HemaScope: A Tool for Analyzing Single-cell and Spatial Transcriptomics Data of Hematopoietic Cells 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf002 PMID:39862439	研究论文	介绍HemaScope，一个专为造血细胞单细胞和空间转录组数据设计的生物信息学分析工具包	首个针对造血细胞特性（如谱系归属评估、细胞周期预测）设计的集成化分析工具，提供多平台部署方式	NA	开发能够整合分析单细胞RNA测序和空间转录组数据的专用工具	造血细胞	生物信息学	血液疾病（如急性髓系白血病、淋巴瘤）	scRNA-seq, spatial transcriptomics	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	人类骨髓和小鼠模型样本（具体数量未明确说明）
173	2025-09-21	Resolving Leukemia Heterogeneity and Lineage Aberrations with HematoMap 2025-May-30, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf005 PMID:39945785	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了正常造血系统的参考层级，并开发了HematoMap工具用于解析白血病异质性和谱系异常	开发了基于余弦距离算法的似然评分系统，能够将白血病细胞映射到正常造血层级，并创建了用户友好的R包工具	NA	精确绘制白血病细胞到已知造血层级的映射，以理解疾病起源和发展机制	急性髓系白血病(AML)和B细胞前体急性淋巴细胞白血病(BCP-ALL)患者样本	生物信息学	白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	LASSO回归模型	RNA测序数据	来自25名健康捐赠者的100,000多个骨髓单核细胞
174	2025-09-21	The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00633-1 PMID:40217124	研究论文	本研究揭示CD40激动剂通过激活CCR2巨噬细胞和招募CD8 T细胞促进心肌炎症的机制	首次发现CD40激动剂通过CCR2巨噬细胞与CD8 T细胞的正反馈环路驱动心肌炎症，并证明其会加速心室重构	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究CD40激动剂对心肌炎症的潜在影响及机制	遗传修饰小鼠模型的心脏免疫微环境	免疫学	心血管疾病	单细胞测序、细胞清除实验、遗传小鼠模型	NA	基因组数据、细胞表型数据	NA（未明确样本数量，但使用多组遗传小鼠模型）
175	2025-09-21	Dnmt3a-mediated hypermethylation of FoxO3 promotes redox imbalance during osteoclastogenesis 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2418023122 PMID:40106360	研究论文	本研究揭示了Dnmt3a介导的FoxO3启动子高甲基化通过促进氧化还原失衡加剧破骨细胞生成和骨质疏松的机制	首次发现Dnmt3a通过调控FoxO3启动子甲基化影响氧化还原平衡，而非通过RANK-TRAF6解离途径调控破骨细胞生成	NA	探究FoxO3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用及表观遗传调控机制	人股骨头样本、Lysm-Cre;FoxO3 OVX小鼠模型	表观遗传学	骨质疏松症	scRNA-seq、基因敲低	NA	单细胞RNA测序数据、体内实验数据	NA
176	2025-09-21	Machine learning predictions from unpredictable chaos 2025-Mar-19, ArXiv PMID:40166748	研究论文	提出了一种名为混沌学习的新型多尺度拓扑范式，能够从混沌系统中实现准确预测	首次引入混沌学习范式，通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入混沌系统并实现定量预测	NA	探索混沌系统的可预测性并开发新的预测方法	混沌动力系统（洛伦兹和罗斯勒吸引子）及多类别现实世界数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序	混沌学习范式	脑电波、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	28个数据集（10个脑电波、4个蛋白质数据集、13个单细胞RNA测序数据集、1个图像数据集）
177	2025-09-21	scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data 2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.02.636138 PMID:39974940	研究论文	介绍了一个名为scBSP的开源工具，用于高效识别高分辨率空间组学数据中的空间可变特征	利用稀疏矩阵运算显著提升计算效率，支持处理数百万细胞规模的二维和三维数据，是目前处理此类数据最快的工具	NA	开发快速准确识别空间组学数据中空间可变特征的计算方法	高分辨率空间组学数据	生物信息学	肾脏疾病	空间转录组学，10x Xenium	NA	空间组学数据	181,367个位点和19,950个基因的高清空间转录组数据
178	2025-09-21	Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations 2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.20.633917 PMID:39896662	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肺免疫细胞，揭示了结节病相关的细胞组成、基因表达模式和细胞间互作变化	首次在结节病中鉴定出五种巨噬细胞亚群并揭示其特异性基因表达谱，以及疾病进展相关的细胞互作差异	样本量相对有限（16例患者和14例对照），且仅基于BAL细胞分析	识别与结节病风险和进展相关的细胞特异性分子变化	结节病患者（进行性和非进行性）和健康对照的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞	单细胞转录组学	结节病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	Seurat聚类分析，CellChat细胞通讯分析	单细胞基因表达数据	16例结节病患者（8例进行性，8例非进行性）和14例健康对照
179	2025-09-21	HMG Box-containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536 PMID:40404099	研究论文	本研究探讨HBP1在急性胰腺炎和胰腺肿瘤进展中的双重作用	首次揭示HBP1在胰腺炎中具有保护作用但在致癌KRAS存在时促进肿瘤进展的双重功能	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，人类样本验证相对有限	阐明HBP1在胰腺炎发生发展和胰腺肿瘤早期进展中的功能作用	人类胰腺炎样本、小鼠急性胰腺炎模型、胰腺特异性HBP1敲除小鼠、人胰腺导管上皮细胞	分子病理学	胰腺癌	空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色	NA	基因表达数据、蛋白质数据、组织图像数据	人类胰腺炎样本、基因工程小鼠模型、细胞系
180	2025-09-21	Malignant epithelia cells-derived spermine induces APOE+ macrophages to suppress tumor immunity in adenocarcinoma of the esophagogastric junction 2025, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2025.1636699 PMID:40963562	研究论文	本研究揭示了食管胃结合部腺癌（AEG）中恶性上皮细胞通过精胺代谢重编程诱导APOE+巨噬细胞极化并抑制肿瘤免疫的机制	首次发现AEG特异性恶性亚型通过谷氨酰胺-精氨酸-精胺轴代谢重编程驱动免疫抑制微环境，并阐明精胺-STAT3-APOE轴的作用机制	样本量有限（单细胞RNA测序N=11，空间转录组N=4，代谢组学N=26），需进一步扩大验证	探究AEG肿瘤微环境中代谢重编程与免疫调节的相互作用机制	食管胃结合部腺癌（AEG）患者的肿瘤组织及配对癌旁正常组织	肿瘤免疫学	食管胃结合部腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学分析	动物模型	转录组数据、空间转录数据、代谢物数据	单细胞RNA测序11例、空间转录组4例、代谢组学26例患者样本