单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-06-03	Meningeal-derived retinoic acid regulates neurogenesis via suppression of Notch and Sox2 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115637 PMID:40310723	研究论文	研究脑膜来源的视黄酸（RA）如何通过抑制Notch和Sox2通路调控神经发生	揭示了脑膜来源的RA通过抑制Notch信号通路促进神经发生的新机制	研究主要基于Foxc1突变胚胎模型，可能不完全反映正常生理条件下的机制	探究脑膜来源的RA在端脑神经前体细胞中调控神经发生的分子机制	Foxc1突变胚胎的端脑神经前体细胞	神经科学	神经发育障碍	空间转录组学、RARα DNA结合分析、子宫内电穿孔	Foxc1突变胚胎模型	基因表达数据	NA
162	2025-06-03	Universal fibroblasts across tissues can differentiate into niche cells for hematopoietic stem cells 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115620 PMID:40315055	研究论文	本文证明了存在于所有组织中的通用成纤维细胞可以分化为造血干细胞（HSC）的特定微环境细胞	首次提供了直接证据，证明通用成纤维细胞可以在远距离位置分化为特定微环境细胞	NA	探索通用成纤维细胞是否具有分化为特定组织成纤维细胞的潜力	造血干细胞及其微环境细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自肺、结肠和肌肉的CD248通用成纤维细胞
163	2025-06-03	A retinoic acid:YAP1 signaling axis controls atrial lineage commitment 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115687 PMID:40343798	research paper	该研究揭示了视黄酸（RA）信号通过YAP1调控心房谱系基因表达和心房细胞命运决定的机制	首次发现Hippo效应因子YAP1与TEAD4整合于心房转录因子增强子网络，并揭示YAP1在RA诱导的心房谱系决定中的关键作用	研究主要基于hESC来源的心脏祖细胞和小鼠胚胎模型，在人类原代细胞中的验证仍需进一步研究	阐明视黄酸信号调控心房谱系决定的分子机制	人类胚胎干细胞来源的心脏祖细胞（hESC-CPCs）和小鼠胚胎第二心区CPCs	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq, snATAC-seq	hESC-derived patterned heart organoids	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	未明确样本量（使用hESC-CPCs和小鼠胚胎模型）
164	2025-06-03	Multitissue single-cell analysis reveals differential cellular and molecular sensitivity between fructose and high-fat high-sucrose diets 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115690 PMID:40349341	研究论文	通过多组织单细胞分析揭示了果糖和高脂高蔗糖饮食在细胞和分子敏感性上的差异	首次在多个组织中比较了高脂高蔗糖饮食和果糖饮食对细胞类型和分子网络的差异影响，并发现mt-Rnr2作为共同调节因子	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	阐明不同饮食诱导代谢综合征的细胞和分子机制	小鼠的下丘脑、肝脏、脂肪组织和小肠	单细胞测序	代谢综合征	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个小鼠组织的单细胞数据
165	2025-06-03	Fitness and transcriptional plasticity of human breast cancer single-cell-derived clones 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115699 PMID:40359107	研究论文	本研究通过结合表达型慢病毒细胞条形码和单细胞RNA测序技术，探究了人类乳腺癌单细胞衍生克隆的适应性和转录可塑性	首次将克隆生长与单细胞转录组直接关联，揭示了罕见传播克隆的高度保守模型特异性分化程序及其在原始异种移植中转录组景观的可重复再生能力	研究仅基于5个模型的167,375个单细胞RNA谱，样本量相对有限	探究乳腺癌克隆适应性和可塑性的分子机制	人类乳腺癌单细胞衍生克隆	癌症生物学	乳腺癌	表达型慢病毒细胞条形码技术、单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	26个患者来源的乳腺癌异种移植模型中的110个异种移植体，超过20,000个单细胞衍生克隆
166	2025-06-03	Time-resolved single-cell atlas identifies the spatiotemporal transcription dynamics in vernalization response in Brassica rapa 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115725 PMID:40378040	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了Brassica rapa植物在春化过程中的单细胞水平基因表达动态	首次在单细胞水平揭示了春化反应的时空转录动态，发现了叶片细胞和维管组织在低温下的不同基因表达模式	仅研究了Brassica rapa一个物种，结果可能不具有普遍性	探究植物春化过程中单细胞水平的基因表达动态	Brassica rapa植物	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，但涉及多个单细胞测序样本
167	2025-06-03	The impact of breast radiotherapy on the tumor genome and immune ecosystem 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115703 PMID:40378044	research paper	研究乳腺癌放疗对肿瘤基因组和免疫微环境的影响	首次使用单细胞DNA测序(scDNA-seq)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术，在放疗前后对乳腺癌患者的肿瘤样本进行分析，揭示了放疗对免疫细胞和肿瘤细胞亚克隆的选择性影响	样本量较小(20例患者)，且仅针对雌激素受体阳性(ER+)乳腺癌患者	探索放疗如何调节乳腺癌肿瘤微环境	20例雌激素受体阳性(ER+)乳腺癌患者	digital pathology	breast cancer	scDNA-seq, scRNA-seq	NA	single-cell sequencing data	20例ER+乳腺癌患者(8例进行scDNA-seq，11例进行scRNA-seq)
168	2025-06-03	Mechanism of Dihydroartemisinin in activating macrophages to enhance host resistance to malaria 2025-May-26, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156913 PMID:40450979	research paper	该研究探讨了双氢青蒿素（DHA）通过激活巨噬细胞M1极化增强宿主对疟疾抵抗力的分子机制	首次揭示了DHA通过上调NLRP12表达促进巨噬细胞M1极化的分子机制，并发现NLRP12缺失会抑制炎症因子分泌和M1极化	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	阐明DHA在治疗疟疾过程中促进巨噬细胞M1极化的分子机制	巨噬细胞（RAW 264.7细胞系和小鼠原代巨噬细胞）	免疫学	疟疾	流式细胞术、单细胞RNA测序、无标记定量蛋白质组学分析	小鼠疟疾模型	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠巨噬细胞系和原代巨噬细胞
169	2025-06-03	Evaluation of PANoptosis activation in irreversible pulpitis: An in vitro study based on human tissue samples 2025-May-26, Archives of oral biology IF:2.2Q2 DOI:10.1016/j.archoralbio.2025.106305 PMID:40451096	research paper	研究通过分析RNA-seq数据集和实验验证，探讨了PANoptosome在牙髓炎中的激活情况	首次在牙髓炎中研究了PANoptosis的激活，并分析了不同细胞类型中相关基因的表达	未检测到caspase-8和PYCARD在牙髓炎中的相互作用，且仅检测到凋亡和焦亡的激活	研究牙髓炎中PANoptosis的激活机制	健康和发炎的牙髓组织	生物医学研究	牙髓炎	RNA-seq, qRT-PCR, 免疫印迹, 共免疫沉淀, scRNA-seq	NA	RNA-seq数据, scRNA-seq数据	未明确提及样本数量，但使用了公共数据库GEO中的数据集
170	2025-06-03	Regulation of Collecting Lymphatic Vessel Contractile Function by TRPV4 Channels 2025-May-15, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322100 PMID:40371469	research paper	本研究探讨了TRPV4通道在收集淋巴管收缩功能调控中的作用及其在淋巴系统疾病中的病理生理学意义	揭示了TRPV4表达髓系细胞与淋巴肌肉细胞或淋巴内皮细胞之间相互作用的新机制，以及TRPV4通道在炎症相关淋巴功能障碍中的潜在重要角色	研究主要基于小鼠模型，临床样本仅限于乳腺癌相关淋巴水肿患者，可能限制了结果的普遍性	探究TRPV4通道在淋巴管收缩功能调控中的作用及其与淋巴系统疾病的关联	小鼠收集淋巴管及周围组织，乳腺癌相关淋巴水肿患者的活检样本	分子生物学	淋巴水肿	单细胞RNA测序，Cre-loxP系统，共聚焦显微镜，功能性实验	Trpv4fx/fx小鼠模型	基因表达数据，图像数据，功能实验数据	小鼠收集淋巴管及周围组织的单细胞RNA测序数据集，乳腺癌相关淋巴水肿患者的活检样本
171	2025-06-03	AI-Assisted Hypothesis Generation to Address Challenges in Cardiotoxicity Research: Simulation Study Using ChatGPT With GPT-4o 2025-May-15, Journal of medical Internet research IF:5.8Q1 DOI:10.2196/66161 PMID:40373295	research paper	本研究探讨了ChatGPT与GPT-4o在生成创新性研究假设以解决心脏毒性研究中五大挑战的能力	利用ChatGPT与GPT-4o生成创新性研究假设，并通过专家评估其新颖性和可行性	实验设计常被认为过于雄心勃勃，需要更多实际考虑	探索人工智能在心脏毒性研究中生成创新假设的潜力	心脏毒性研究的五大挑战：机制复杂性、患者变异性、检测灵敏度不足、可靠生物标志物缺乏和动物模型局限性	machine learning	cardiovascular disease	single-cell RNA sequencing, multi-omics approaches, machine learning	GPT-4o	text	96个生成的假设，其中13个被评为高度新颖，62个为中等新颖
172	2025-06-03	Development of a machine learning-based predictive risk model combining fatty acid metabolism and ferroptosis for immunotherapy response and prognosis in prostate cancer 2025-May-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02484-5 PMID:40355680	research paper	本研究整合了批量RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学数据，构建了一个基于铁死亡和脂肪酸代谢基因的前列腺癌预后模型	结合铁死亡和脂肪酸代谢基因构建机器学习预测模型，用于前列腺癌免疫治疗反应和预后评估	模型验证仅使用了TCGA-PRAD和DFKZ两个队列，需要更多独立队列验证	开发前列腺癌预后预测模型和个性化治疗策略	前列腺癌患者	digital pathology	prostate cancer	bulk RNA sequencing, scRNA-seq, spatial transcriptomics	Lasso + Random Survival Forest (RSF)	RNA sequencing data	TCGA-PRAD数据集和DFKZ队列
173	2025-06-03	Clofarabine Enhances the Transduction Efficiency of Recombinant AAV2 in the Retina 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.42 PMID:40434346	研究论文	研究探讨了核糖核苷酸还原酶抑制剂氯法拉滨如何提高重组腺相关病毒血清型2（rAAV2）在小鼠视网膜中的转导效率及其机制	发现氯法拉滨能通过同步细胞周期和重编程转录景观，显著提高rAAV2在视网膜中的转导效率，且无毒性	研究主要基于小鼠模型和ARPE-19细胞，尚未在人类中进行验证	探索核糖核苷酸还原酶抑制剂在提高rAAV2视网膜转导效率中的应用	小鼠视网膜和ARPE-19细胞	基因治疗	眼科疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	小鼠视网膜和ARPE-19细胞
174	2025-06-03	Recent Advances in Stem Cells of Corneal Epithelia 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.45 PMID:40440164	综述	本文回顾了角膜上皮干细胞（CESCs）的最新研究进展，包括其位置、群体维持机制和异质性	通过角膜上皮谱系追踪、活体成像和单细胞RNA测序等新技术，揭示了CESCs的新特性	讨论了当前研究的局限性，并指出CESCs领域亟待解决的关键问题	阐明CESCs的基本特性及其在角膜疾病治疗中的潜在应用	角膜上皮干细胞（CESCs）	再生医学	角膜疾病	谱系追踪、活体成像、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
175	2025-06-03	Candidate Biomarkers for Hard-to-Heal Wounds Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Wound Fluid in Murine Wound Models 2025 May-Jun, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70038 PMID:40444294	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析小鼠伤口模型中的伤口液细胞，揭示了难愈性伤口的潜在生物标志物	首次利用伤口液单细胞RNA测序技术探索多种病理延迟愈合伤口模型的共同生物标志物	研究仅限于小鼠模型，尚未在临床样本中验证	寻找适用于复杂难愈性伤口的通用生物标志物	小鼠伤口模型（老年、糖尿病和LPS诱导炎症模型）的伤口液细胞	生物医学研究	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	三种小鼠伤口模型（老年、糖尿病和炎症模型）与正常年轻小鼠的对比
176	2025-06-03	Follicular cytotoxic T cells is dysfunctional in chronic hepatitis B patients with non-alcoholic fatty liver disease 2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167646 PMID:39743024	研究论文	探讨慢性乙型肝炎(CHB)合并非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)患者中滤泡毒性T细胞(Tfc)的异质性及其功能失调	首次揭示了CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的记忆特性和功能受损，并提出通过维持氧化还原平衡增强Tfc效应记忆细胞特性的创新治疗策略	样本量相对较小(32名健康对照、36名CHB患者和19名CHB+NAFLD患者)，且为横断面研究	探索CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的异质性及其功能状态	慢性乙型肝炎患者、非酒精性脂肪性肝病患者及其Tfc细胞	免疫学	慢性乙型肝炎、非酒精性脂肪性肝病	多色流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	流式细胞数据、单细胞RNA测序数据	87人(32名健康对照、36名CHB患者和19名CHB+NAFLD患者)
177	2025-06-03	Bulk integrated single-cell-spatial transcriptomics reveals the impact of preoperative chemotherapy on cancer-associated fibroblasts and tumor cells in colorectal cancer, and construction of related predictive models using machine learning 2025-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167535 PMID:39374811	research paper	本研究通过整合批量、单细胞和空间转录组数据，探究了术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞的影响，并利用机器学习构建了预测模型	识别了与术前化疗和结直肠癌预后相关的三个细胞亚群（NOTCH3+Fib、TNNT1+Epi和HSPA1A+Epi），并构建了独立的预后预测模型PCRSM	研究样本量相对较小（22个独立队列），且未进行大规模临床验证	探究术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞的影响，并构建预测模型	结直肠癌患者中的成纤维细胞和上皮细胞	digital pathology	colorectal cancer	bulk, single-cell, and spatial transcriptomic sequencing	machine learning	transcriptomics data	22个独立队列的结直肠癌样本
178	2025-06-03	Binding profiles for 961 Drosophila and C. elegans transcription factors reveal tissue-specific regulatory relationships 2024-Dec-23, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279037.124 PMID:39438113	研究论文	该研究通过modENCODE和modERN联盟的努力，系统地测定了果蝇和线虫中转录因子（TF）的结合事件，揭示了组织特异性的调控关系	发现了转录因子与染色质结合的'metapeaks'集群，并展示了这些集群的特性及其在基因表达调控中的作用	研究主要局限于两种模式生物（果蝇和线虫），可能无法完全代表其他生物的调控机制	解析转录因子在基因组中的结合位点及其调控关系	果蝇和线虫中的转录因子	基因组学	NA	ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	机器学习模型	基因组数据, 转录组数据	605个果蝇TF和356个线虫TF，分别识别了3.6M和0.9M的结合位点
179	2025-06-03	Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages (LAMs) 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614807 PMID:39386558	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在小鼠和人类中分析了多种组织和无菌炎症条件下的脂质相关巨噬细胞（LAMs）的转录组特征	首次系统地描绘了LAMs在不同组织和炎症条件下的保守性和组织特异性转录特征，并发现这些特征在人类慢性炎症环境中高度保守	研究主要基于小鼠模型，人类数据相对有限	探究LAMs在代谢性和慢性炎症性疾病中的作用及其治疗潜力	小鼠和人类的脂质相关巨噬细胞（LAMs）	生物信息学	代谢性疾病（包括动脉粥样硬化、肥胖和非酒精性脂肪肝病）	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	多种小鼠组织和人类样本（具体数量未提及）
180	2025-06-03	Epigenetic Alteration of Smooth Muscle Cells Regulates Endothelin-Dependent Blood Pressure and Hypertensive Arterial Remodeling 2024-Jul-10, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.07.09.24310178 PMID:39040193	研究论文	该研究探讨了平滑肌细胞（SMC）表观遗传学改变如何调节内皮素依赖性血压和高血压动脉重塑	通过筛选人类GWAS和孟德尔随机化研究，鉴定了影响SMC功能的SNPs，并利用新型SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型揭示了JMJD3在高血压动脉重塑中的作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证相对有限	探索高血压相关基因变异对平滑肌细胞功能和动脉重塑的影响	平滑肌细胞（SMC）和高血压相关动脉重塑	表观遗传学	心血管疾病	GWAS、孟德尔随机化研究、scRNA-seq	SMC特异性Jmjd3缺陷小鼠模型	基因组数据、RNA测序数据	三个独立的人类GWAS研究数据和小鼠模型