单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
161	2026-06-23	Spatial multi-omics integration by cross-modal graph contrastive learning 2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbag192 PMID:42001472	研究论文	提出一个基于图的跨模态对比学习框架CoMo，用于整合空间转录组、蛋白质组和表观基因组等多组学数据，实现空间域识别和跨组学特征融合	通过交叉注意力机制实现多模态特征协同学习，并结合邻居感知对比损失和聚类感知对比损失进行双优化，有效克服了模态特异性技术偏差和生物复杂性	未提及具体局限性	开发一种稳健的计算工具，用于整合空间多组学数据并支持组织综合表征	空间多组学数据集	机器学习	NA	空间转录组学、空间蛋白质组学、空间表观基因组学	图神经网络、交叉注意力机制、对比学习	空间转录组数据、空间蛋白质组数据、空间表观基因组数据	五个空间组学数据集	NA	空间转录组学、空间蛋白质组学、空间表观基因组学	NA	NA
162	2026-06-23	Causal modeling reveals cell-cell communication dynamics in the tumor microenvironment during anti-PD-1 therapy in breast cancer patients 2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbag139 PMID:42001468	研究论文	提出因果推断框架scIVCCC，利用单细胞数据分析抗PD-1治疗前后乳腺癌肿瘤微环境中细胞间通讯的动态变化	首次将治疗作为工具变量进行因果推断，识别出真正的细胞间通讯网络，区分混杂关联，揭示T细胞与肿瘤相关巨噬细胞的双重角色	未提及具体局限性	揭示免疫检查点阻断治疗如何通过细胞间通讯重塑肿瘤微环境，并确定潜在联合治疗靶点	31名乳腺癌患者治疗前后的单细胞RNA测序数据	机器学习，数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	因果模型	基因表达数据	31名乳腺癌患者	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
163	2026-06-23	GALA: a unified landmark-free framework for coarse-to-fine spatial alignment across resolutions and modalities in spatial transcriptomics 2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbag181 PMID:42007518	研究论文	提出GALA框架，一种无需标记点的统一方法，用于空间转录组学中不同分辨率和模态的粗到细空间对齐	引入遗传算法引导的大变形对齐框架，通过单一优化耦合全局仿射变换和局部微分同胚变形，实现无需标记点的多模态对齐	未提及具体局限性	解决空间转录组学对齐中因技术变异、几何畸变和平台差异导致的挑战，提供高效准确的对齐方法	空间转录组学数据	计算生物学	NA	空间转录组学	遗传算法、全局仿射变换、局部微分同胚变形	空间转录组学数据、组织学图像	多种人类和小鼠数据集	NA	空间转录组学	NA	NA
164	2026-06-23	Evaluating reference-mixture matching in cell-type deconvolution with single-cell RNA-seq references 2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbag184 PMID:42007519	研究论文	系统评估基于单细胞RNA-seq参考的细胞类型反卷积方法在不同参考匹配条件下的性能	首次系统性评估不同临床匹配条件下scRNA-seq参考对反卷积方法性能的影响，并发现方法选择比参考匹配程度更重要	研究仅基于PBMC数据集和系统性红斑狼疮疾病，未涵盖其他组织类型或疾病状态	评估不同参考匹配条件对细胞类型反卷积方法准确性的影响	外周血单个核细胞（PBMCs）及来自系统性红斑狼疮患者和健康对照的scRNA-seq数据	机器学习	自身免疫性疾病	scRNA-seq, 批量RNA-seq	CIBERSORTx, MuSiC2, InstaPrism, BLADE, DISSECT, Scaden	基因表达数据	40例系统性红斑狼疮患者和40例健康对照的PBMC样本	NA	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	NA
165	2026-06-23	[Shared mechanisms of obesity and male infertility and prediction of natural therapeutics based on machine learning and single-cell sequencing] 2026-Mar, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20251114.901 PMID:42011624	研究论文	利用生物信息学和机器学习方法，结合单细胞测序数据，揭示肥胖与男性不育的共病机制，并预测具有治疗潜力的天然化合物及中药	首次整合多组学数据、三种机器学习算法（随机森林、LASSO回归、支持向量机）及单细胞测序，系统揭示肥胖与男性不育在免疫炎症调控和细胞分化功能障碍方面的共病机制，并基于CMap数据库和TCMSP平台构建“靶点-天然化合物-草药”网络，为精准中医药干预提供新思路	研究基于公共数据库分析，缺乏独立外部验证和体内外实验验证；预测的天然化合物和中药需进一步临床验证	探索肥胖与男性不育的共病分子机制，并预测天然化合物和中药的潜在治疗价值	肥胖患者脂肪组织和男性不育患者睾丸组织的单细胞测序数据，以及GEO数据库中的相关批量转录组数据	机器学习	男性不育	单细胞测序	随机森林, LASSO回归, 支持向量机	基因表达数据, 单细胞转录组数据	GEO数据库的批量转录组数据集及单细胞测序数据集，具体样本量未明确说明	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
166	2026-06-23	TIM-4+ skeletal muscle Resident Tissue Macrophages Ferroptosis mediated Rhabdomyolysis in Exertional Heatstroke 2026, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.114815 PMID:42003910	研究论文	揭示了TIM-4+骨骼肌驻留巨噬细胞铁死亡介导劳力性中暑相关横纹肌溶解的免疫代谢机制	首次发现TIM-4+骨骼肌驻留巨噬细胞通过HMOX1依赖的铁死亡途径驱动劳力性中暑时的横纹肌溶解，并阐明JunD-Olfr2-NLRP3-IL-1β信号轴的核心作用	未充分验证结果在人类中的可重复性，且对铁死亡与NLRP3炎症小体交互作用的机制细节尚未完全阐明	阐明骨骼肌驻留巨噬细胞在劳力性中暑相关横纹肌溶解中的功能机制	小鼠模型中的TIM-4+骨骼肌驻留巨噬细胞	数字病理学	骨骼肌疾病	单细胞RNA测序、基因敲除、药理学调控、染色质分析	NA	基因表达数据	小鼠模型（具体数量未在摘要中提及）	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞3'测序平台
167	2026-06-23	Macrophage NEDD4L restrains liver fibrosis by preventing scar-associated macrophage expansion via ubiquitination of phospho-SMAD3 2026, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.126649 PMID:42003922	research paper	本研究揭示了巨噬细胞中的E3泛素连接酶NEDD4L通过泛素化磷酸化SMAD3抑制疤痕相关巨噬细胞扩增，从而缓解肝纤维化的机制	首次发现NEDD4L在巨噬细胞中通过泛素化降解p-SMAD3限制TGF-β1/SMAD3信号通路，进而抑制促纤维化SAM的扩增，为肝纤维化治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本相关性分析尚不够深入，需要更多临床验证	探究巨噬细胞中NEDD4L在肝纤维化发展中的作用及其分子机制	肝纤维化小鼠模型及人类肝纤维化患者肝脏样本	machine learning	liver fibrosis	单细胞RNA测序、转录组分析、泛素化实验	NA	基因表达数据	人类和小鼠纤维化肝脏样本，具体数量未在摘要中说明	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台
168	2026-06-23	DHCR24 Deficiency Drives Age-Related Meibomian Gland Dysfunction by Regulating Lipid Metabolic Imbalance and Cytosolic mtDNA-Induced cGAS-STING Activation 2026, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.129636 PMID:42003925	研究论文	通过多组学筛选发现DHCR24缺失通过脂质代谢失衡和胞质mtDNA激活cGAS-STING通路驱动年龄相关性睑板腺功能障碍	首次揭示DHCR24作为双重靶点调控因子，同时维持胆固醇代谢稳态并抑制mtDNA驱动的cGAS-STING炎症通路，为年龄相关性睑板腺功能障碍提供潜在治疗靶点	主要基于小鼠模型和体外细胞实验，缺乏人体组织验证；AAV介导的DHCR24恢复治疗的安全性和长期效果尚未评估	阐明年龄相关性睑板腺功能障碍的关键分子驱动机制	老年小鼠睑板腺及睑板腺细胞（meibocytes）	数字病理学	老年性疾病	单细胞测序、多组学分析	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据	老年小鼠睑板腺组织样本，具体样本量未提及	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
169	2026-06-23	Oligodendrocyte-secreted ERBB3 Mediates the Competitive Uptake of Copper Ions by Tumor Cells to Promote Brain Metastasis in Lung Cancer 2026, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.127108 PMID:42003929	研究论文	揭示少突胶质细胞分泌的ERBB3通过竞争性结合肿瘤细胞上的SLC31A1促进铜离子摄取，从而驱动肺癌脑转移的机制	首次发现少突胶质细胞通过分泌ERBB3作为铜伴侣蛋白，竞争性结合SLC31A1促进铜离子向肿瘤细胞转移，揭示了脑转移微环境中胶质细胞与肿瘤细胞的铜信号交互新机制	目前尚未明确ERBB3介导的铜转运是否在其他肿瘤脑转移中具有普遍性，以及该机制在临床转化中的潜在副作用	阐明少突胶质细胞在肺癌脑转移中的功能作用及分子机制	肺癌脑转移临床标本和动物模型中的少突胶质细胞及肿瘤细胞	分子生物学	肺癌	单细胞RNA测序、功能基因组学、机制研究	NA	基因表达数据	临床标本和动物模型样本	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序系统
170	2026-06-23	RUNX2 enhances vascular remodeling to promote endothelial proliferation in acute liver injury 2026, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.123366 PMID:42003928	研究论文	本研究探究了RUNX2在急性肝损伤后通过血管重塑促进内皮细胞增殖的作用机制，揭示了其在肝内皮细胞再生中的关键角色	首次发现RUNX2在内皮祖细胞中显著富集，并通过调控Lrp1、Gadd45b等靶基因促进肝内皮细胞再生，揭示了急性肝损伤后血管重塑的新分子机制	未明确说明限制因素	明确急性肝损伤后内皮祖细胞的再生能力及RUNX2在其中的作用机制	小鼠肝内皮细胞和慢性肝病患者的内皮细胞	机器学习	肝病	RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用TAA诱导急性肝损伤的小鼠模型及Runx2杂合子小鼠，以及慢性肝病患者的内皮细胞样本	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
171	2026-06-23	A SUMOylation/immune-related gene signature predicts the prognosis and immunotherapy efficacy of patients with triple-negative breast cancer 2026, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.21139 PMID:42004699	研究论文	构建一个结合SUMOylation和免疫相关基因的预后模型，用于预测三阴性乳腺癌患者的预后和免疫治疗效果	首次将SUMOylation修饰与免疫相关基因结合，通过多种机器学习方法构建风险预后模型，并利用单细胞测序进行分析	研究主要依赖公共数据库数据，缺乏大规模独立外部验证队列；模型基因的功能机制有待进一步实验验证	开发一个基于SUMOylation和免疫相关基因表达的生存预测模型，以指导三阴性乳腺癌患者的个性化治疗策略	三阴性乳腺癌患者	机器学习	三阴性乳腺癌	RNA-seq, 单细胞测序, qRT-PCR, 免疫组化	LASSO, SVM-RFE, 随机森林	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的三阴性乳腺癌患者样本	NA	RNA-seq	NA	NA
172	2026-06-23	SPP1 as a Critical Regulator of Cardiac Cell Reprogramming Following Myocardial Infarction Through Single-Cell Transcriptomic Analysis 2026, Human mutation IF:3.3Q2 DOI:10.1155/humu/3656018 PMID:42006146	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示SPP1在心肌梗死后心脏细胞重编程中的关键调控作用	结合26种机器学习算法与单细胞转录组数据，首次识别SPP1作为心肌梗死后心脏修复的关键调控因子，并发现两种具有不同修复轨迹的心肌细胞重编程亚型	发现需要在独立临床队列和更生理相关的实验系统中验证	阐明急性心肌梗死后心肌细胞重编程的分子机制及潜在治疗靶点	急性心肌梗死患者的心肌细胞及H9c2心肌母细胞模型	机器学习	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	276个基因，来自急性心肌梗死患者的批量及单细胞RNA测序样本	NA	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	NA
173	2026-06-23	Multiomics Biomarkers for Differential Diagnosis of Pleural Effusion: Integration of Proteomic Markers and Single-Cell Transcriptomics 2026, Human mutation IF:3.3Q2 DOI:10.1155/humu/5946608 PMID:42006152	研究论文	整合蛋白质组标志物与单细胞转录组学分析，建立胸腔积液鉴别诊断的多组学生物标志物模型，并揭示疾病特异性免疫机制及突变驱动的治疗机会	首次将蛋白质组生物标志物、单细胞转录组学与基因组突变谱整合，构建顺序多标志物算法，实现胸腔积液高准确度鉴别诊断，并发现EGFR突变与免疫抑制微环境的关联	单中心研究设计、样本量相对有限（564例），且未对诊断模型进行外部验证	评估整合蛋白质组标志物、单细胞转录组学与基因组突变谱对胸腔积液鉴别诊断的准确性及机制解析能力	胸腔积液患者（包括炎性、结核性及恶性胸腔积液）	计算生物学	胸腔积液	单细胞RNA测序、靶向下一代测序（NGS）、蛋白质标志物检测	顺序多标志物算法	基因表达数据、突变数据、蛋白质标志物浓度数据	564例胸腔积液患者（炎性95例，结核性299例，恶性170例）	Illumina	单细胞RNA测序、靶向测序	Illumina NovaSeq	单细胞RNA测序和靶向下一代测序（涵盖15个癌症相关基因）
174	2026-06-23	Integrated RNA-seq and scRNA-seq to explore the biological mechanisms of mitophagy-related genes in ulcerative colitis 2026, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0346974 PMID:42008502	研究论文	整合RNA-seq和scRNA-seq数据探究线粒体自噬相关基因在溃疡性结肠炎中的生物学机制并构建诊断模型	首次通过多组学整合分析（RNA-seq和scRNA-seq）联合免疫浸润评估，系统揭示线粒体自噬相关基因在溃疡性结肠炎中的作用机制，并建立基于logistic回归的高精度诊断模型	研究仅基于公共数据库数据进行生物信息学分析，小鼠模型验证结果需进一步在临床样本中验证；构建的诊断模型有待大规模前瞻性队列验证其临床实用性	探索线粒体自噬对溃疡性结肠炎的影响并建立诊断模型	溃疡性结肠炎患者、健康对照者以及小鼠结肠炎模型	生物信息学	溃疡性结肠炎	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR, Western blot	logistic回归模型, 加权基因共表达网络分析	转录组数据	公共数据库中UC患者和健康对照的转录组数据集	NA	常规RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
175	2026-06-23	Single-cell RNA sequencing identifies microglial state changes associated with iTBS after ischemia-reperfusion injury 2026, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0346888 PMID:42008609	研究论文	通过单细胞RNA测序鉴定间歇性θ爆发刺激（iTBS）在大鼠脑缺血再灌注损伤后与小胶质细胞状态变化相关的机制	首次在单细胞水平上揭示iTBS通过改变小胶质细胞转录状态（如Vav3和Cblb基因变化）来减轻神经功能障碍，并协调其他细胞群的反应	研究仅限于大鼠模型，且iTBS的具体生物学机制尚未完全阐明，未来需进一步探索神经炎症过程	阐明iTBS在脑卒中后神经保护中的细胞水平作用机制	大脑中动脉闭塞（MCAO）大鼠模型中的神经细胞（特别是小胶质细胞）	单细胞转录组学	脑缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	大鼠模型，但具体数量未提及	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Genomics单细胞RNA测序技术（具体型号未明确）
176	2026-06-23	Single-cell extracellular vesicle-program scoring maps immunometabolic rewiring and immune crosstalk of mesenchymal stromal cells in intervertebral disc degeneration, prioritizing AP2S1 and CSTB 2026, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2026.1820174 PMID:42253998	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究间充质干细胞来源的细胞外囊泡相关转录程序在椎间盘退变中的免疫代谢重编程和免疫串扰作用，并优先考虑AP2S1和CSTB	首次在单细胞分辨率下描绘间充质干细胞胞外囊泡相关程序，并将其置于免疫通信和免疫代谢框架中，通过共识LASSO/SVM-RFE工作流程优先考虑候选调控因子	未提及	了解间充质干细胞胞外囊泡相关转录程序在椎间盘退变中的免疫代谢重编程和免疫串扰作用	椎间盘退变患者的髓核样本中的间充质干细胞	机器学习	椎间盘退变	单细胞RNA测序，RT-qPCR	LASSO，SVM-RFE	基因表达数据	8个椎间盘退变样本和3个对照髓核样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
177	2026-06-23	Machine learning integration of bulk and single-cell RNA-Seq data reveals COPS2 as a central immune regulator in deep vein thrombosis 2026, American journal of translational research IF:1.7Q4 DOI:10.62347/UDNX5174 PMID:42325795	研究论文	通过机器学习和多组学整合分析，揭示COPS2是深静脉血栓中的关键免疫调节因子	首次利用蛋白质组全孟德尔随机化、免疫细胞介导分析、批量与单细胞转录组学及机器学习相结合的多组学策略，系统性鉴定COPS2在深静脉血栓中的免疫-内皮交互调控作用，并验证其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力	未提及具体局限性，但可能包括样本量有限、功能验证仅在内皮细胞中进行、动物模型与人类的差异等	识别深静脉血栓中失调的免疫-内皮交互的上游分子调控因子	深静脉血栓（DVT）患者及动物模型中的血浆蛋白、免疫细胞（效应记忆CD8 T细胞）和内皮细胞	机器学习	深静脉血栓	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学	机器学习模型	转录组数据, 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据	多个独立队列	NA	批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
178	2026-06-23	Metabolic Subtypes Predict Treatment Response in Acute Myeloid Leukemia: A Pilot Study 2026, Blood and lymphatic cancer : targets and therapy DOI:10.2147/BLCTT.S612305 PMID:42325828	研究论文	基于纵向代谢组学与多组学整合建立急性髓系白血病的动态代谢亚型系统，并评估其预测治疗反应的能力	首次提出基于代谢通路的动态亚型（G1/G2和TG1/TG2）分类系统，并结合单细胞和空间转录组学揭示代谢重编程与化疗耐药之间的细胞机制关联	样本量较小（29例患者），且缺乏前瞻性验证队列	建立并验证基于动态代谢亚型的急性髓系白血病治疗反应预测系统	急性髓系白血病患者	机器学习	急性髓系白血病	代谢组学、转录组测序、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	代谢组学数据、转录组数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	内部队列29例患者；外部验证队列共994例（Beat2、GSE6891、GSE37642）	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA
179	2026-06-23	Evidence of Sertoli cell lineage contribution to the rete testis population during embryonic development 2026, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2026.1849381 PMID:42326002	研究论文	通过嵌合器官培养和单细胞RNA测序分析，证明胚胎发育过程中支持细胞谱系可贡献于睾丸网细胞群	首次提出支持细胞谱系可分化为近端睾丸网细胞，并揭示远端睾丸网通过局部信号调控这一过程，更新了睾丸网形态发生的传统模型	研究主要基于小鼠模型，人类睾丸发育的普适性需进一步验证；器官培养实验存在潜在的人为干扰因素	探究胚胎发育过程中支持细胞谱系是否贡献于睾丸网细胞群的起源	E12.5-E16.5小鼠胚胎泌尿生殖复合体中的支持细胞和睾丸网细胞	发育生物学	NA	嵌合器官培养、单细胞RNA测序、RNA速度分析、配体-受体介导的细胞通讯推断	RNA速度模型和配体-受体网络分析	基因表达数据	E12.5-E16.5小鼠胚胎的多个时间点样本，具体数量未明确说明	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	10x Chromium单细胞RNA测序平台用于已发表数据集的重新分析
180	2026-06-23	Integrated Single-Cell and Bulk Transcriptomic Analysis Reveals an Endothelial Gene Signature Shaping EndMT and Prognosis in Hepatocellular Carcinoma 2026, Human mutation IF:3.3Q2 DOI:10.1155/humu/4041113 PMID:42327340	研究论文	通过整合单细胞与批量转录组分析，揭示了一个内皮基因特征在肝细胞癌中塑造内皮-间质转化及预后	首次整合单细胞RNA测序与多组学分析，构建基于19个内皮相关基因的预后模型，并利用肝癌-血管类器官共培养系统模拟内皮-间质转化过程，验证特定基因的空间共定位	NA	探索内皮细胞在肝细胞癌进展中的作用，特别是内皮-间质转化过程及其分子机制，并评估内皮相关基因在预后中的应用	肝细胞癌中的内皮细胞及其相关基因	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序, 多组学分析, LASSO回归, 类器官培养	NA	单细胞转录组数据, 批量转录组数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA