单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2025-07-01	Role of stem-like cells in chemotherapy resistance and relapse in pediatric T-cell acute lymphoblastic leukemia 2025-Jun-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61222-1 PMID:40579412	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了儿童T细胞急性淋巴细胞白血病中干细胞样细胞在化疗抵抗和复发中的作用	首次在T-ALL中通过单细胞RNA测序发现具有干细胞特征的耐药细胞亚群，并证实其在诊断时比例虽小但在复发时显著扩增	样本量相对较小（13对匹配样本和5个非复发样本），且仅针对儿科患者	探究T-ALL复发和化疗抵抗的分子机制	儿童T细胞急性淋巴细胞白血病患者样本	肿瘤生物学	T细胞急性淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	18个样本（13对匹配诊断/复发样本+5个非复发诊断样本）
162	2025-07-01	Single-cell and spatial analyses of the GDF family in tumors, with a focus on the prognostic and biological role of GDF15 in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-27, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01431-9 PMID:40579699	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学分析GDF家族在肿瘤中的作用，特别关注GDF15在肝细胞癌中的预后和生物学作用	首次基于单细胞和空间转录组学对GDF亚家族进行系统性泛癌分析，并重点揭示了GDF15在肝细胞癌肿瘤微环境中的功能和免疫治疗适用性	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证，且功能实验仅限于肝细胞癌细胞系	探究GDF亚家族在多种癌症中的表达模式及其与预后的关系，特别关注GDF15在肝细胞癌中的作用机制	33种癌症类型（重点研究肝细胞癌）的转录组数据和肝细胞癌细胞系	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、功能获得和功能缺失实验	NA	转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	33种癌症类型（具体样本量未明确说明）
163	2025-07-01	ETMR stem-like state and chemo-resistance are supported by perivascular cells at single-cell resolution 2025-Jun-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60442-9 PMID:40562749	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了胚胎性多层玫瑰花结肿瘤（ETMR）的肿瘤微环境异质性和细胞间通讯	揭示了PDGFRβ周细胞作为肿瘤微环境中的关键通讯伙伴，通过细胞外基质介导的相互作用支持肿瘤干细胞信号传导	研究主要基于体外模型和小鼠模型，人类样本的临床转化需要进一步验证	探究ETMR肿瘤的异质性及其与微环境的相互作用机制	人类和小鼠的原代ETMR肿瘤细胞、体外培养细胞及3D前脑类器官模型	肿瘤生物学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学	3D类器官模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据	约25万个原代人类和小鼠ETMR细胞
164	2025-07-01	Integrating single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq, and Mendelian randomization to elucidate the role of HLA-DPA1 expression levels and non-classical monocytes in the pathogenesis of idiopathic pulmonary arterial hypertension 2025-Jun-20, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145284 PMID:40545078	研究论文	通过整合单细胞RNA测序、全基因组关联研究、表达数量性状位点和单细胞eQTL数据，研究HLA-DPA1表达水平及非经典单核细胞在特发性肺动脉高压发病机制中的作用	首次整合多种组学数据揭示HLA-DPA1在非经典单核细胞中的表达与特发性肺动脉高压的因果关系	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步实验验证	阐明HLA-DPA1表达水平及非经典单核细胞在特发性肺动脉高压发病中的作用机制	特发性肺动脉高压患者的单核细胞亚群	数字病理学	肺动脉高压	scRNA-seq, GWAS, eQTL, sc-eQTL, bulk RNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明（包含IPAH患者和健康对照的PBMC及肺组织样本）
165	2025-07-01	Reduction of NFX1-123 and HPV 16 E6 and E7 Decreased Telomerase and CENP-F in Cervical Cancer Cell Lines 2025-Jun-19, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17122044 PMID:40563693	研究论文	研究NFX1-123与HPV 16 E6和E7在宫颈癌细胞系中对端粒酶和CENP-F的调控作用	首次探讨NFX1-123在HPV相关癌症中对端粒酶活性的调控作用	研究仅基于细胞系和TCGA数据库，未涉及体内实验	揭示NFX1-123与HPV 16致癌基因在RNA调控、细胞周期和致癌途径中的共同作用	宫颈癌细胞系CaSki和SiHa	癌症研究	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	CaSki和SiHa细胞系及TCGA数据库中的原发性肿瘤样本
166	2025-07-01	Spatial Transcriptomics Reveals Regional and Temporal Dynamics of Gene Expression in the Mouse Brain Across Development and Aging 2025-Jun-18, Biology DOI:10.3390/biology14060717 PMID:40563967	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了小鼠大脑在三个关键时间点的基因表达动态，揭示了大脑发育和衰老过程中区域特异性的基因表达变化	首次直接比较了大脑发育和衰老过程中的分子变化，并提供了空间转录组学的参考数据	研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	探究健康发育和衰老过程中大脑的转录组变化及其分子机制	小鼠大脑	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	三个时间点的小鼠大脑样本（P21、3个月、28个月）
167	2025-07-01	Multi-omics analyses of the heterogenous immune microenvironment in triple-negative breast cancer implicate UQCRFS1 potentiates tumor progression 2025-Jun-16, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-025-00672-1 PMID:40524231	研究论文	通过多组学分析三阴性乳腺癌（TNBC）异质性免疫微环境，发现UQCRFS1促进肿瘤进展	揭示了TNBC中免疫微环境的异质性，鉴定了IL32high Treg在肿瘤逃逸中的作用，并建立了基于五个关键基因的恶性细胞指数（MCI）模型	样本量较小（仅9名TNBC初治患者），需要更大规模的验证	探究TNBC肿瘤免疫微环境的异质性及其与肿瘤进展的关系	三阴性乳腺癌（TNBC）患者的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组、蛋白质组学、qRT-PCR、Western blotting	LASSO-Cox回归模型	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、蛋白质组数据	9名TNBC初治患者的单细胞RNA测序数据
168	2025-07-01	A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases 2025-Jun-14, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.05.22.25328104 PMID:40475139	研究论文	本研究通过多组学方法分析了B细胞激活状态，揭示了免疫介导疾病的遗传机制	首次系统性地研究了B细胞在不同激活条件下的基因调控动态，并发现了与免疫介导疾病相关的遗传风险变异	样本量相对较小（26名健康女性捐赠者），且仅针对特定人群	阐明B细胞激活状态在免疫介导疾病中的作用机制	B细胞及其在不同激活条件下的基因表达和染色质可及性	免疫学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (CITE-seq), ATAC-seq	NA	基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据	26名健康女性捐赠者的B细胞
169	2025-07-01	Single-cell RNA sequencing uncovers cellular geterogeneity of granulosa cells and provides a signature for follicular development in chicken 2025-Jun-11, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105430 PMID:40516295	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示鸡颗粒细胞的异质性，并为卵泡发育提供特征标记	首次在鸡中应用单细胞RNA测序技术鉴定颗粒细胞类型，揭示其异质性，并构建了颗粒细胞在卵泡发育过程中的发育轨迹	研究仅针对鸡的颗粒细胞，未涉及其他禽类物种	探究鸡卵泡发育过程中颗粒细胞的功能分化和异质性	鸡的颗粒细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	两个发育阶段的颗粒细胞样本（HF-GC和PHF-GC阶段）
170	2025-07-01	Regulatory TCRαβ+ Double Negative T Cells Suppress γδ T Cells and Alleviate Colitis 2025-Jun-10, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101553 PMID:40505772	research paper	研究调节性TCRαβ+双阴性T细胞（DNT细胞）在结肠炎中的抑制作用及其机制	揭示了DNT细胞通过抑制CD103+ γδ T细胞反应缓解结肠炎的新机制，并提出了DNT细胞过继转移作为炎症性肠病治疗新策略的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类DNT细胞的作用机制尚需进一步验证	探究调节性DNT细胞在结肠炎中的免疫调节作用及其治疗潜力	小鼠DNT细胞和γδ T细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、过继转移	NA	RNA测序数据、细胞表型数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
171	2025-07-01	Next generation genetic screens in kinetoplastids 2025-Jun-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf515 PMID:40530689	综述	本文综述了动质体寄生虫中进行的遗传筛选技术及其在编码和非编码基因组区域的应用	整合基于图像和单细胞测序技术与遗传筛选，为细胞功能和调控机制提供前所未有的见解	NA	理解基因组功能元素的作用及其破坏对细胞功能的影响	动质体寄生虫的基因组元素	遗传学	寄生虫病	CRISPR-Cas技术、单细胞测序、图像分析	NA	基因组数据、图像数据	NA
172	2025-07-01	Macrophage polarization, inflammatory monocytes, and impaired MDSCs are associated with murine and human immune aplastic anemia 2025-Jun-04, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf073 PMID:40411822	研究论文	本研究探讨了骨髓衰竭（BMF）中髓系细胞的作用，特别是巨噬细胞极化、炎症性单核细胞和功能受损的髓系来源抑制细胞（MDSCs）在免疫性再生障碍性贫血（AA）中的关联	揭示了CSF-1R抑制在小鼠模型中加剧BMF的机制，以及JAK抑制剂baricitinib对BMF的缓解作用，同时在人类AA样本中发现了M1样单核细胞表型的转变	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，结果在人类中的普遍性需要进一步验证	探索髓系细胞在免疫性骨髓衰竭中的作用及其潜在治疗策略	小鼠模型和人类免疫性再生障碍性贫血患者	免疫学	再生障碍性贫血	流式细胞术、细胞因子分析、单细胞RNA测序	小鼠BMF模型	基因表达数据、细胞群体数据	小鼠模型和人类AA患者样本
173	2025-07-01	DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327 PMID:40444783	research paper	介绍了一种名为DiSC的统计工具，用于快速分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	DiSC通过提取多个分布特征、联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架来控制错误发现率（FDR），在统计功效和计算效率上优于现有方法	虽然DiSC是为scRNA-seq数据开发的，但其在其他类型单细胞数据上的应用仍需进一步验证	开发一种高效且统计功效强大的方法，用于分析个体水平的单细胞RNA测序数据的差异表达	单细胞RNA测序数据	生物信息学	COVID-19, 阿尔茨海默病	scRNA-seq, 细胞飞行时间技术	统计模型	单细胞RNA测序数据	来自多个个体的外周血单个核细胞和神经细胞
174	2025-07-01	Plin2 Coordinates Immune and Metabolic Reprogramming in Lacrimal Gland Aging 2025-Jun-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.6.79 PMID:40569117	研究论文	本研究通过转录组分析和单细胞RNA测序技术，识别了泪腺衰老的核心分子调控因子Plin2，并阐明了其在免疫失衡和代谢功能障碍中的作用	首次将Plin2确定为泪腺免疫代谢衰老的主要调控因子，揭示了其在炎症衰老和代谢重编程中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	识别泪腺衰老的核心分子调控因子并阐明其作用机制	年轻和老年C57BL/6小鼠的泪腺组织	生物医学	干眼症	批量转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CIBERSORT算法	最小绝对收缩和选择算子回归、支持向量机-递归特征消除	RNA测序数据	未明确说明样本数量，仅提及年轻和老年C57BL/6小鼠
175	2025-07-01	Cellular hierarchies of embryonal tumors with multilayered rosettes are shaped by oncogenic microRNAs and receptor-ligand interactions 2025-Jun, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00964-9 PMID:40419763	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多重空间成像技术分析了11例ETMR样本，揭示了由致癌microRNA和受体-配体相互作用塑造的细胞层次结构	揭示了C19MC在干细胞样细胞中的主要表达及其对干性和谱系承诺转录网络的控制，同时发现了成纤维细胞生长因子受体和Notch信号作为可靶向的致癌通路	样本量较小（11例ETMR样本），且仅在一名患者中验证了靶向治疗的效果	探索ETMR的病理生物学机制并寻找更有效的靶向治疗策略	胚胎性肿瘤伴多层玫瑰花结（ETMR）的细胞层次结构和致癌通路	数字病理学	儿科脑肿瘤	单细胞转录组学、多重空间成像	NA	转录组数据、图像数据	11例ETMR患者样本
176	2025-07-01	Transcription factors that define the epigenome structures and transcriptomes in microglia 2025-May-25, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104814 PMID:40425139	研究论文	本文探讨了转录因子如何通过调控表观基因组结构和转录组来定义小胶质细胞的特性	识别了PU.1、Irf8、Sall1和Smad4这四个关键转录因子作为小胶质细胞特性的决定因素，并揭示了它们与其他转录因子的协同作用机制	未提及实验样本的具体数量或研究范围限制	阐明小胶质细胞转录组程序的调控机制及其在神经炎症和神经退行性疾病中的作用	小胶质细胞及其转录因子	表观遗传学	神经退行性疾病	ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	NA
177	2025-07-01	ScInfeR: an efficient method for annotating cell types and sub-types in single-cell RNA-seq, ATAC-seq, and spatial omics 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf253 PMID:40471991	研究论文	提出了一种基于图的高效细胞类型注释方法ScInfeR，适用于单细胞RNA测序、ATAC测序和空间组学数据	结合scRNA-seq参考和标记集信息，采用分层框架和图神经网络的消息传递层，支持跨多种数据类型的细胞注释，并引入加权正负标记	未明确提及方法在低质量数据或极端批次效应下的性能表现	解决单细胞和空间组学分析中细胞类型注释的挑战	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-seq)和空间转录组学数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学	图神经网络(GNN)	单细胞测序数据、空间组学数据	涵盖28种组织类型的329种细胞类型、2497个基因标记的人类和植物数据
178	2025-07-01	The Dyson equalizer: adaptive noise stabilization for low-rank signal detection and recovery 2025-Mar, Information and inference : a journal of the IMA DOI:10.1093/imaiai/iaae036 PMID:39830802	研究论文	本文提出了一种自适应噪声稳定化方法，用于低秩信号检测和恢复	开发了一种数据驱动的自适应归一化程序，能够均衡数据矩阵行和列的平均噪声方差，支持广泛的噪声分布、方差模式和信号结构	未明确说明方法在极端异方差情况下的性能表现	解决异方差噪声环境下低秩信号检测和恢复的问题	数据矩阵中的低秩信号	机器学习	NA	随机矩阵理论	NA	矩阵数据	应用于单细胞RNA测序和空间转录组数据（具体样本量未说明）
179	2025-07-01	Fucosylated haptoglobin promotes inflammation via Mincle in sepsis: an observational study 2025-Feb-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56524-3 PMID:39904983	研究论文	本研究揭示了脓毒症患者血浆中Hp的末端岩藻糖基化水平升高及其通过Mincle受体促进炎症反应的机制	首次发现脓毒症患者Hp的特定岩藻糖基化修饰（Asn207和Asn211）与炎症反应增强相关，并阐明Fu-Hp通过Mincle受体激活炎症信号通路的分子机制	观察性研究设计无法确定因果关系，样本量未明确说明	探究岩藻糖基化Hp在脓毒症炎症反应中的作用机制	脓毒症患者血浆样本和小鼠模型	分子病理学	脓毒症	单细胞RNA测序、蛋白质纯化	NA	血浆蛋白质组数据、单细胞转录组数据	脓毒症患者与健康对照（具体数量未说明）
180	2025-07-01	Identification of a distinctive gene signature in granulomatous myositis 2025-Jan-02, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.12.27.24319708 PMID:40568658	研究论文	本研究通过转录组学分析揭示了肉芽肿性肌炎的特异性基因特征	首次定义了肉芽肿性肌炎的独特转录组特征，并发现CHIT1基因表达与疾病活动性高度相关	样本量相对有限（38例GM患者），且仅使用了肌肉活检样本	阐明肉芽肿性肌炎的病理生理学机制	肉芽肿性肌炎患者的肌肉活检样本	数字病理学	肉芽肿性肌炎	RNA测序、空间转录组学、免疫组织化学	支持向量机(SVM)	RNA测序数据	722例肌肉活检样本（包含38例GM患者）