单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27707 篇文献，本页显示第 17781 - 17800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 17781 | 2024-08-05 |
Single-cell landscape of primary central nervous system diffuse large B-cell lymphoma
2023-Jun-12, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-023-00559-7
PMID:37308475
|
研究论文 | 我们分析了原发性中枢神经系统弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的肿瘤异质性和肿瘤免疫微环境。 | 本研究展示了与肿瘤促进通路和B细胞免疫反应相关的多样化恶性程序，并揭示了一种独特的生存程序。 | 本研究的局限性在于未提及样本的大小和来源多样性。 | 探讨中枢神经系统弥漫性大B细胞淋巴瘤中的肿瘤异质性和免疫浸润。 | 原发性中枢神经系统弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的恶性细胞和免疫性质。 | 数字病理学 | 中枢神经系统弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组学和染色质可及性测序 | NA | NA | NA |
| 17782 | 2024-08-07 |
A demonstration based on multi-omics transcriptome sequencing data revealed disulfidptosis heterogeneity within the tumor microenvironment of esophageal squamous cell carcinoma
2023-Jun-12, Discover. Oncology
DOI:10.1007/s12672-023-00711-5
PMID:37306828
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研究论文 | 本研究基于多组学转录组测序数据，揭示了食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中硫化物应激异质性 | 首次识别出与食管鳞状细胞癌预后相关的硫化物应激相关差异表达基因，并构建了基于这些基因的风险评分模型 | 研究主要基于公共数据库中的RNA测序数据，未涵盖所有可能的样本和条件 | 旨在识别食管鳞状细胞癌的预后标志物，并探索其与免疫微环境的关系 | 食管鳞状细胞癌的预后标志物及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 食管癌 | RNA测序 | Cox回归分析 | 转录组数据 | 数据来自GSE53624, GSE53622, 和GSE188900数据库，具体样本数量未详细说明 |
| 17783 | 2024-08-07 |
ScInfoVAE: interpretable dimensional reduction of single cell transcription data with variational autoencoders and extended mutual information regularization
2023-Jun-10, BioData mining
IF:4.0Q1
DOI:10.1186/s13040-023-00333-1
PMID:37301826
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研究论文 | 本文介绍了一种基于互信息变分自编码器（InfoVAE）的单细胞转录组数据降维方法ScInfoVAE，该方法能有效识别复杂组织中的各种细胞类型 | 引入ScInfoVAE方法，通过联合InfoVAE深度模型和零膨胀负二项分布模型设计，重建目标函数以处理噪声单细胞RNA测序数据，并学习其有效的低维表示 | NA | 开发一种新的单细胞转录组数据降维方法，以提高细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE） | 转录组数据 | 15个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 17784 | 2024-08-07 |
Navoximod modulates local HSV-1 replication to reshape tumor immune microenvironment for enhanced immunotherapy via an injectable hydrogel
2023-06-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04983-z
PMID:37296221
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研究论文 | 研究通过使用可注射的水凝胶（V-Navo@gel）同时装载HSV-1和Navoximod，以改善肝细胞癌（HCC）的溶瘤病毒治疗效果 | 首次将Navoximod与HSV-1结合用于溶瘤病毒治疗，并通过水凝胶局部递送系统增强病毒复制和肿瘤微环境重塑 | NA | 探索Navoximod与HSV-1结合使用在溶瘤病毒治疗中的效果及机制 | 肝细胞癌（HCC）及其微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | 溶瘤病毒治疗 | NA | RNA测序数据 | 涉及小鼠和兔子的原位肝癌模型 |
| 17785 | 2024-08-05 |
Why is Babesia not killed by artemisinin like Plasmodium?
2023-Jun-08, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-023-05783-4
PMID:37291657
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研究论文 | 本文探讨Babesia spp.对青蒿素的抗性机制。 | 揭示了Babesia和Plasmodium基因组的差异及其对青蒿素敏感性差异的关键基因。 | 研究主要集中在Babesia microti上，可能不适用于其他Babesia物种。 | 分析Babesia spp.对青蒿素的抗性原因。 | Babesia microti与Plasmodium yoelii 17XNL的比较研究。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序分析 | NA | 基因组数据 | NA |
| 17786 | 2024-08-05 |
A single-cell RNA-seq analysis unravels the heterogeneity of primary cultured human corneal endothelial cells
2023-06-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-36567-6
PMID:37291161
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研究论文 | 这篇文章分析了初级培养的人类角膜内皮细胞的异质性. | 通过单细胞RNA测序揭示了初级培养角膜内皮细胞的可变转录组指纹，并提供了伪时间重构模型。 | 目前的培养协议限制了CEC的扩增，并缺乏明确的参数来识别治疗级CEC。 | 更好地理解初级培养角膜内皮细胞的分子变化. | 初级培养的人类角膜内皮细胞. | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 初级培养的CEC样本 |
| 17787 | 2024-08-05 |
Exploring the molecular mechanism of comorbidity of autism spectrum disorder and inflammatory bowel disease by combining multiple data sets
2023-06-08, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04218-z
PMID:37291580
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研究论文 | 本研究探讨自闭症谱系障碍（ASD）与炎症性肠病（IBD）之间的共病分子机制 | 揭示了ASD与IBD之间的共享发病机制，并确定了4个潜在治疗靶点基因 | 尚未深入探讨这些基因的具体生物学功能和机制 | 了解ASD和IBD的不同表达基因下的生物机制 | 自闭症谱系障碍（ASD）和炎症性肠病（IBD）相关的差异表达基因 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍，炎症性肠病 | 生物信息学工具 | 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | 共分析了505个与ASD相关的差异表达基因和616个与IBD相关的差异表达基因 |
| 17788 | 2024-08-07 |
A Novel Gene List Identifies Tumors with a Stromal-Mesenchymal Phenotype and Worse Prognosis in Gastric Cancer
2023-Jun-02, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15113035
PMID:37296997
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研究论文 | 本研究旨在基于胃癌原发肿瘤的转录组数据，识别出预测疾病进展的分子生物标志物 | 识别出20个新的预后基因，用于将胃癌肿瘤分为具有不同基质基因表达的两个主要肿瘤亚组 | NA | 识别胃癌中的预后生物标志物 | 胃癌肿瘤的转录组数据 | 数字病理学 | 胃癌 | 微阵列，RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 42例新鲜冷冻胃癌肿瘤和40例匹配的福尔马林固定石蜡包埋组织 |
| 17789 | 2024-08-07 |
GRACE: a comprehensive web-based platform for integrative single-cell transcriptome analysis
2023-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad050
PMID:37305171
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研究论文 | 开发了一个名为GRACE的基于网络的综合性单细胞转录组分析平台，支持在线大规模单细胞转录组分析，提高了交互性和可重复性 | GRACE平台集成了预处理、聚类、发育轨迹推断、细胞间通信、细胞类型注释、子聚类分析和通路富集等多种功能，并提供了易于部署的Docker版本和开源代码 | NA | 满足非编程专家对单细胞RNA测序数据分析的高计算需求 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 大规模单细胞 |
| 17790 | 2024-08-07 |
Simulating scRNA-seq for benchmarks
2023-06, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01431-w
PMID:37308673
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17791 | 2024-08-07 |
PD1hi CD200hi CD4+ exhausted T cell increase immunotherapy resistance and tumour progression by promoting epithelial-mesenchymal transition in bladder cancer
2023-06, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1303
PMID:37313656
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，发现PD1hi CD200hi CD4+耗竭T细胞在膀胱癌中通过促进上皮-间质转化增加免疫治疗抵抗和肿瘤进展。 | 本研究首次鉴定出PD1hi CD200hi和PD1hi CD200low两种新的耗竭CD4+ T细胞亚群，并揭示其在膀胱癌中的功能和机制。 | 研究主要基于体外细胞实验和回顾性数据分析，未来需要进一步的临床前和临床研究验证。 | 旨在识别膀胱癌中预测免疫治疗反应的新型生物标志物。 | 膀胱癌中的CD4+ T细胞及其在肿瘤微环境中的作用。 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两个独立的免疫治疗膀胱癌队列的生存数据 |
| 17792 | 2024-08-07 |
The Novel-Natural-Killer-Cell-Related Gene Signature Predicts the Prognosis and Immune Status of Patients with Hepatocellular Carcinoma
2023-May-31, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24119587
PMID:37298537
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析筛选与自然杀伤细胞（NK细胞）相关的基因，并开发了一种NK细胞相关基因签名（NKRGS），用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫状态 | 本研究首次开发了一种新的NK细胞相关基因签名（NKRGS），用于分层HCC患者的预后，并揭示了免疫抑制的肿瘤微环境（TME）与高NKRGS风险之间的关系 | NA | 研究旨在通过开发NK细胞相关基因签名（NKRGS）来预测肝细胞癌患者的预后和免疫状态 | 肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫状态 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组数据分析 | 多重回归分析 | 转录组数据 | 使用了癌症基因组图谱队列中的患者数据 |
| 17793 | 2024-08-07 |
Identification of immune-related genes and patient selection for hepatocellular carcinoma immunotherapy
2023-May-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-22-2304
PMID:37304539
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研究论文 | 本研究通过构建肝细胞癌（HCC）细胞基因的异常表达图谱，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多尺度嵌入基因共表达网络分析（MEGENA）等技术，筛选出与HCC免疫治疗相关的潜在生物标志物，并基于这些标志物的共表达网络，通过非负矩阵分解（NMF）选择适合进行免疫治疗的HCC患者。 | 本研究首次通过大规模数据分析，结合单细胞RNA测序和多尺度嵌入基因共表达网络分析，系统地筛选出HCC免疫治疗的潜在生物标志物，并开发了一种基于这些标志物的分子分类系统，用于选择适合免疫治疗的HCC患者。 | 研究主要依赖于公共数据库中的高吞吐量数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制。此外，筛选出的生物标志物和分类系统需要在更大规模和多样化的临床样本中进行验证。 | 旨在识别肝细胞癌（HCC）免疫治疗的新型免疫相关生物标志物，并选择适合进行免疫治疗的HCC患者。 | 肝细胞癌（HCC）及其免疫治疗相关的生物标志物和患者选择。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），多尺度嵌入基因共表达网络分析（MEGENA） | 非负矩阵分解（NMF） | 基因表达数据 | 7,384个样本（3,941个HCC组织 vs. 3,443个非HCC组织） |
| 17794 | 2024-08-07 |
Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptome identifies a signature based on NK cell marker genes to predict prognosis and therapeutic response in clear cell renal cell carcinoma
2023-May-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-22-2782
PMID:37304554
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组数据，构建了一个基于NK细胞标记基因的特征（NKMS），用于预测透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的预后和治疗反应 | 本研究首次构建了一个基于NK细胞标记基因的特征（NKMS），并验证了其在预测ccRCC患者预后和治疗反应中的有效性 | NA | 构建一个NK细胞标记基因特征（NKMS），用于预测透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的预后和治疗反应 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO和Cox回归 | 转录组数据 | 来自多个数据库的ccRCC患者的单细胞和批量RNA数据 |
| 17795 | 2024-08-05 |
PfAP2-MRP DNA-binding protein is a master regulator of parasite pathogenesis during malaria parasite blood stages
2023-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.23.541898
PMID:37293082
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研究论文 | 本研究揭示了PfAP2-MRP在疟原虫血液阶段发病机制中的关键调控作用 | 首次表明PfAP2-MRP在疟原虫发病过程中扮演主调节因子的角色 | 未详细阐明PfAP2-MRP在其他发展阶段的作用 | 探讨PfAP2-MRP如何调控疟原虫在红细胞内的发育及其致病机制 | 研究对象为疟原虫及其在红细胞中的不同发育阶段 | 数字病理学 | 疟疾 | ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, Hi-C | NA | 基因组数据, RNA数据 | NA |
| 17796 | 2024-08-07 |
[FARSB stratifies prognosis and cold tumor microenvironment across different cancer types: an integrated single cell and bulk RNA sequencing analysis]
2023-May-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University
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研究论文 | 本研究通过综合单细胞和批量RNA测序分析，探讨了FARSB基因在泛癌中的表达水平及其对肿瘤微环境和患者免疫治疗反应的影响 | 首次研究FARSB作为冷肿瘤微环境标记物的潜力，并揭示其在促进DNA损伤修复和构建免疫荒漠肿瘤微环境中的生物学功能 | NA | 研究FARSB基因在泛癌中的表达及其对肿瘤微环境和患者免疫治疗反应的影响 | FARSB基因在不同癌症类型中的表达及其对肿瘤微环境和患者免疫治疗反应的影响 | 数字病理学 | 泛癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 25个肿瘤组织样本及正常组织样本，3个免疫检查点抑制剂治疗队列 |
| 17797 | 2024-08-05 |
Dkk2 interacts with Pax9 in palate mesenchyme to pattern and tune osteogenesis
2023-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.16.541037
PMID:37292772
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研究论文 | 这项研究探讨了Dkk2在腭间质中与Pax9相互作用的作用，如何影响骨生成的模式和调节。 | 该研究提供了Dkk2在腭骨发育中的新调节作用，揭示了Wnt信号通路在腭骨模式形成中的重要性。 | 该研究主要依赖于小鼠模型，可能无法完全反映人类腭裂的复杂遗传和环境机制。 | 本研究旨在探讨腭发育过程中骨生成的分子机制。 | 本研究使用了缺乏特定基因的小鼠模型来研究骨生成的能力。 | 数字病理学 | NA | 单细胞核转录组学和染色质可及性实验 | NA | NA | 缺特定基因的小鼠模型 |
| 17798 | 2024-08-05 |
Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Combined with Multiple Machine Learning Identified a Novel Immune Signature in Diabetic Nephropathy
2023, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy
DOI:10.2147/DMSO.S413569
PMID:37312900
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研究论文 | 本研究整合了单细胞RNA测序和大规模RNA测序，通过多种机器学习方法识别了糖尿病肾病中的新免疫标志。 | 本研究提供了糖尿病肾病进程的新免疫学视角，识别了关键免疫相关基因和潜在药物靶点。 | 研究中未详细探讨免疫调节在糖尿病肾病中的具体机制。 | 探讨糖尿病肾病中的免疫调节作用及其潜在治疗靶点。 | 研究重点是1793个免疫相关基因和糖尿病肾病的关键基因。 | 机器学习 | 糖尿病肾病 | RNA测序 | 随机森林，支持向量机，适应性提升，k近邻 | 基因表达数据 | 分析了多个数据集，最终确定了77个免疫相关基因 |
| 17799 | 2024-08-05 |
MAGEB2-Mediated Degradation of EGR1 Regulates the Proliferation and Apoptosis of Human Spermatogonial Stem Cell Lines
2023, Stem cells international
IF:3.8Q2
DOI:10.1155/2023/3610466
PMID:37304127
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研究论文 | 该文章探讨了MAGEB2在调节人类生精干细胞增殖和凋亡中的作用 | 发现MAGEB2主要在男性生精干细胞中表达，并揭示其通过与EGR1相互作用来影响细胞增殖和凋亡 | 尚未明确人类生精干细胞发育调控中的所有关键分子和机制 | 理解影响人类生精干细胞命运决策的机制 | 人类生精干细胞系及其增殖凋亡调控机制 | 数字病理 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 来自GEO数据集的正常人类睾丸单细胞数据 |
| 17800 | 2024-08-05 |
Decoding the molecular landscape of keloids: new insights from single-cell transcriptomics
2023, Burns & trauma
IF:6.3Q1
DOI:10.1093/burnst/tkad017
PMID:37293384
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评论 | 本文讨论了单细胞RNA测序技术在瘢痕疙瘩研究中的应用与发现 | 利用单细胞RNA测序技术，解决了传统测序技术的局限性，提供了对细胞组成和功能亚型的前所未有的分辨率 | 由于摘要中未明确提到限制因素，因此无法提供具体的局限性 | 深入了解瘢痕疙瘩形成的病理生物学 | 瘢痕疙瘩的肺细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |