本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1761 | 2025-11-27 |
HyperDiffuseNet: A Deep Hyperbolic Manifold Learning Method for Dimensionality Reduction in Spatial Transcriptomics
2025-Dec, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1177/15578666251377097
PMID:40982255
|
研究论文 | 提出一种基于双曲流形学习的深度几何学习框架HyperDiffuseNet,用于空间转录组数据的降维表示 | 首次将双曲潜在空间与变分自编码器结合用于空间转录组数据,通过图卷积网络学习多尺度空间依赖关系并整合扩散矩阵到双曲嵌入中 | 仅在多个ST数据集上进行了实证评估,未涉及更广泛的生物学验证或临床应用 | 解决空间转录组数据高维度和复杂空间层次结构分析挑战 | 空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 变分自编码器, 图卷积网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1762 | 2025-11-27 |
stPipe: a flexible and streamlined R/Bioconductor pipeline for preprocessing sequencing-based spatial transcriptomics data
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf167
PMID:41278534
|
研究论文 | 介绍了一个用于预处理测序空间转录组数据的灵活简化R/Bioconductor流程stPipe | 开发了首个全面模块化的预处理流程,支持所有主流测序空间转录组平台,提供统一的数据处理标准 | 仅支持测序空间转录组数据,不包含基于成像的空间转录组技术 | 解决不同空间转录组平台数据预处理标准化和简化的问题 | 测序空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | NA | 空间转录组测序数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, Slide-seq, Stereo-seq | 支持所有主流测序空间转录组平台 |
| 1763 | 2025-11-27 |
An engineered human hepatitis A virus capable of rapid proliferation in vitro and causing hepatitis in mice
2025-Dec, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101582
PMID:41281447
|
研究论文 | 通过理性诱变开发了一种能在体外快速增殖并能在小鼠体内引发甲型肝炎的工程化人类甲型肝炎病毒 | 开发了具有遗传可操作性的重组HAV-2m病毒,在体外复制效率高,并建立了能诱导急性甲型肝炎的小鼠模型,揭示了病毒2C蛋白中的新型毒力决定因子 | 研究使用Ifnar1基因敲除小鼠模型,可能不能完全模拟人类免疫系统对HAV的反应 | 开发遗传可操作的甲型肝炎病毒模型以促进发病机制研究和抗病毒策略评估 | 工程化人类甲型肝炎病毒(HAV-2m)和Ifnar1-/-小鼠 | 病毒学 | 甲型肝炎 | 单细胞RNA测序, 理性诱变, 反向遗传学 | 动物模型 | 基因序列数据, 病理学数据, 血清生化数据 | Ifnar1-/-小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1764 | 2025-11-27 |
Unraveling the Role of PTGIR in Atrial Fibrillation: Insights From Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization
2025-Nov-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202501843RR
PMID:41292196
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法揭示了PTGIR基因在心房颤动发病机制中的关键作用 | 首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析,系统识别心房颤动相关的关键基因和信号通路 | 样本量相对有限,仅包含47,565个细胞,需要在更大规模研究中验证 | 探究心房颤动的分子机制,特别是与心房纤维化的关联 | 心房颤动患者和对照样本中的细胞,以及大鼠模型 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 蛋白验证分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据 | 47,565个细胞(来自AF和对照样本) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1765 | 2025-11-27 |
Investigating the impact of MCTP2 on immune suppression and drug resistance in glioblastoma
2025-Nov-26, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01738-3
PMID:41291342
|
研究论文 | 本研究探讨MCTP2在胶质母细胞瘤复发中的关键作用及其对免疫抑制和耐药性的影响机制 | 首次揭示MCTP2作为胶质母细胞瘤免疫逃逸和耐药性的新型促进因子,并发现其与免疫检查点标志物PD-L1和CTLA-4的关联 | 研究主要基于数据库分析和体外实验,缺乏大规模临床验证 | 探索MCTP2在胶质母细胞瘤复发和耐药性中的作用机制 | 胶质母细胞瘤样本和患者来源的类器官模型 | 癌症生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,Western blotting,集落形成实验 | 患者来源类器官模型 | 转录组数据,蛋白质表达数据 | 来自TCGA和CGGA数据库的原发性和复发性胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1766 | 2025-11-27 |
Circadian Control of Neutrophils Drives Collateral Perfusion and Stroke Outcome
2025-Nov-26, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326438
PMID:41293815
|
研究论文 | 本研究揭示了昼夜节律通过调控中性粒细胞功能和NETs形成影响侧支灌注和卒中结局的机制 | 首次阐明昼夜节律通过调控中性粒细胞功能和NETs形成影响卒中侧支灌注的具体机制 | 动物模型与人类研究存在物种差异,临床样本量有限 | 探究昼夜节律调控中性粒细胞功能对卒中侧支灌注和预后的影响 | 小鼠模型和540例缺血性卒中患者 | 神经科学 | 缺血性卒中 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,共聚焦显微镜,激光散斑成像 | NA | 基因表达数据,影像数据,临床数据 | 小鼠模型和540例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1767 | 2025-11-27 |
Mesenchymal Stem Cell-Derived Extracellular Vesicles Modulate the Course of Peritoneal Inflammation Through Metabolic and Epigenetic Regulation
2025-Nov-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508645
PMID:41293953
|
研究论文 | 本研究揭示了间充质干细胞来源的细胞外囊泡通过代谢和表观遗传调控调节腹膜炎症过程的新机制 | 首次发现乳酸积累通过促进组蛋白H3K18乳酸化修饰激活CCL2转录,是腹膜纤维化的关键驱动因素,并证明MSC-EVs可通过重编程糖代谢抑制这一过程 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索腹膜纤维化的发病机制及开发新型治疗策略 | 腹膜间皮细胞、巨噬细胞、间充质干细胞来源的细胞外囊泡 | 细胞生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、组蛋白修饰分析、代谢重编程 | 动物模型 | 基因表达数据、组织学数据 | 小鼠腹膜纤维化模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1768 | 2025-11-27 |
TMEM131-Mediated Soluble TRAIL Triggered Type II Alveolar Epithelial Cell Senescence in Radiation-Induced Lung Injury
2025-Nov-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509973
PMID:41293955
|
研究论文 | 本研究揭示了TMEM131介导的可溶性TRAIL通过抑制线粒体自噬引发II型肺泡上皮细胞衰老在放射性肺损伤中的机制 | 首次发现TMEM131介导TRAIL从内质网向高尔基体运输的分泌过程,并阐明其在放射性肺损伤中促进细胞衰老的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床样本验证相对有限 | 阐明放射性肺损伤的发病机制并寻找治疗策略 | II型肺泡上皮细胞、TRAIL蛋白、TMEM131蛋白 | 分子生物学 | 肺损伤 | 单细胞RNA测序, 定量蛋白质组学, 免疫沉淀质谱, 多色免疫荧光 | 基因敲除小鼠模型 | 转录组数据, 蛋白质组数据, 图像数据 | 小鼠肺组织样本和RILI患者血浆样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1769 | 2025-11-27 |
Relevance of Clonal Hematopoiesis in Immune Cells for Degenerative Aortic Valve Stenosis
2025-Nov-26, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.125.044406
PMID:41294132
|
综述 | 本文综述了意义未明克隆性造血在退行性主动脉瓣狭窄中的临床相关性及其对心功能的影响 | 首次系统阐述CHIP与AVS的关联机制,包括炎症通路分析和实验模型验证 | 主要基于现有研究综述,缺乏原始数据验证 | 探讨CHIP在退行性主动脉瓣狭窄发病机制中的作用 | 退行性主动脉瓣狭窄患者和实验动物模型 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 荧光激活细胞分选, 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据, 实验数据 | 约三分之一严重AVS患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1770 | 2025-11-27 |
C-C Chemokine Receptor 4 Deficiency Protects Against Abdominal Aortic Aneurysm Formation
2025-Nov-26, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.125.043202
PMID:41294146
|
研究论文 | 本研究通过基因缺陷小鼠模型揭示CCR4缺失对腹主动脉瘤形成的保护作用及免疫调节机制 | 首次发现CCR4缺失通过调节Th1/T细胞平衡和IFN-γ产生抑制腹主动脉瘤发展 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究CCR4在腹主动脉瘤发病机制中的具体作用 | 高胆固醇血症CCR4缺陷小鼠(Ccr4-/-Apoe-/-) | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,组织学分析,生化检测 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据,组织形态数据 | 基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1771 | 2025-11-27 |
Single-cell transcriptome analysis reveals macrophage-specific apolipoprotein C1 as a key regulator of polarization and progression in triple-negative breast cancer
2025-Nov-26, Immunology and cell biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1111/imcb.70066
PMID:41294154
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示载脂蛋白C1在调控三阴性乳腺癌中巨噬细胞极化和肿瘤进展的关键作用 | 首次发现APOC1通过激活糖酵解通路促进巨噬细胞向促肿瘤M2表型极化,并证实其在三阴性乳腺癌恶性进展中的关键作用 | 研究主要基于体外细胞实验,需要进一步的体内实验验证 | 探究三阴性乳腺癌中肿瘤相关巨噬细胞分化的分子机制 | 三阴性乳腺癌组织中的巨噬细胞和肿瘤细胞 | 单细胞转录组学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1772 | 2025-11-27 |
Elevated tumor-associated androgen receptor activity correlates with poor immune infiltration and immunotherapy response across cancer types
2025-Nov-26, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0409
PMID:41295980
|
研究论文 | 本研究通过泛癌分析揭示了雄激素受体活性与肿瘤免疫浸润及免疫治疗反应的负相关性 | 首次在泛癌水平系统揭示雄激素受体活性与免疫浸润的负相关性,并证明其作为免疫治疗预测生物标志物的潜力 | 研究主要基于回顾性数据分析,需要前瞻性临床试验验证 | 探究雄激素受体活性在不同癌种和性别中对肿瘤免疫浸润及免疫治疗反应的影响 | 33种TCGA癌症类型、前列腺癌单细胞数据集、免疫治疗队列患者 | 生物信息学 | 多癌种 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、通路分析、Cox回归、数字空间分析、免疫组织化学 | 网络推断方法、生存分析模型 | 转录组数据、单细胞数据、蛋白质组数据、临床数据 | 33种TCGA癌症类型的批量RNA-seq数据、前列腺癌单细胞meta-atlas、免疫治疗队列 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 1773 | 2025-11-27 |
Molecular pathology of intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas: current understanding and perspectives on malignant progression
2025-Nov-26, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-025-02328-7
PMID:41296011
|
综述 | 本文总结胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤的分子病理学研究进展,特别关注其恶性进展机制 | 整合新一代测序技术、单细胞测序和空间转录组学等最新技术揭示IPMN的分子特征 | 目前尚未建立有效的非手术治疗策略,分子发病机制仍不完全清楚 | 阐明胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤的分子病理学特征和恶性进展机制 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤及其向胰腺导管腺癌的进展过程 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 新一代测序、单细胞测序、空间转录组学、质谱分析 | 基因工程小鼠模型 | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | NA | NA | 单细胞测序、空间转录组学、新一代测序 | NA | NA |
| 1774 | 2025-11-27 |
Rewiring the transcriptome: diagnostic and therapeutic implications of alternative splicing in solid cancers
2025-Nov-26, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-025-11302-8
PMID:41296088
|
综述 | 本文综述了实体瘤中可变剪接的分子机制、临床意义及治疗策略 | 系统整合了可变剪接在癌症诊断和治疗中的最新进展,强调剪接衍生新抗原和靶向治疗策略的创新性 | 存在剪接异质性、脱靶效应和蛋白质水平验证不完整等临床转化挑战 | 探讨可变剪接在实体瘤中的诊断和治疗意义 | 实体瘤(包括乳腺癌、前列腺癌、肺癌、结直肠癌和中枢神经系统肿瘤) | 生物医学 | 实体瘤 | 长读长测序、单细胞转录组学、蛋白质基因组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 1775 | 2025-11-27 |
Tumor microenvironment-mediated immune evasion and resistance in prostate cancer: mechanisms, cross-talk, and therapeutic opportunities
2025-Nov-26, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01944-0
PMID:41296089
|
综述 | 本文系统分析前列腺癌免疫抑制性肿瘤微环境的组成机制及其介导的免疫逃逸与治疗抵抗,并探讨相关精准治疗策略 | 整合单细胞RNA测序、空间多组学等高维技术重新定义肿瘤-免疫-基质相互作用机制 | NA | 阐明前列腺癌免疫抑制微环境机制并探索精准治疗机会 | 前列腺癌肿瘤微环境中的细胞、基质和分子成分 | 肿瘤免疫学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间多组学, 高维成像技术 | NA | 多组学数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间多组学 | NA | NA |
| 1776 | 2025-11-27 |
Prognostic and therapeutic response prediction in glioblastoma multiforme using a lactylation-associated gene signature
2025-Nov-26, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04017-6
PMID:41296151
|
研究论文 | 本研究通过分析乳酸化相关基因构建了胶质母细胞瘤预后预测模型 | 首次建立了基于乳酸化相关基因的胶质母细胞瘤预后特征模型,并揭示了乳酸化在不同免疫细胞亚型中的差异分布 | 研究基于回顾性队列数据,需要进一步的前瞻性研究验证 | 探索乳酸化修饰在胶质母细胞瘤进展中的功能作用并建立预后预测模型 | 胶质母细胞瘤患者肿瘤组织和正常组织 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 基因表达分析,LASSO回归分析,单细胞测序 | LASSO回归模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | CGGA队列中的胶质母细胞瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1777 | 2025-11-27 |
Integrated analysis identifies conserved transcription factors TCF12, E2F1, and TEAD4 with diagnostic and therapeutic value in osteoarthritis subchondral bone
2025-Nov-26, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01704-0
PMID:41296172
|
研究论文 | 通过整合分析鉴定出在骨关节炎软骨下骨中具有诊断和治疗价值的保守转录因子TCF12、E2F1和TEAD4 | 首次通过跨物种整合分析鉴定出三个保守转录因子在骨关节炎软骨下骨重塑中的关键作用 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 识别驱动骨关节炎进展的关键分子靶点和转录因子 | 人类骨关节炎患者、大鼠骨关节炎模型和小鼠DMM模型 | 生物信息学 | 骨关节炎 | RNA-seq, sc-RNA seq, 免疫荧光, qPCR | NA | 基因表达数据 | 人类OA患者和大鼠OA模型的RNA-seq数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1778 | 2025-11-27 |
Development and validation of a cuproptosis-related gene signature for predicting prognosis and drug sensitivity in gastric cancer
2025-Nov-26, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12094-025-04132-4
PMID:41296174
|
研究论文 | 开发并验证了一个基于铜死亡相关基因的胃癌预后预测模型 | 首次构建了基于铜死亡相关基因的胃癌预后模型,并评估了其对化疗和免疫治疗反应的预测价值 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 构建胃癌预后预测模型并评估其临床实用性 | 胃癌患者 | 生物信息学 | 胃癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,qRT-PCR | LASSO回归模型 | 基因表达数据,临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的胃癌患者样本 | NA | RNA-seq,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1779 | 2025-11-27 |
Tumor microenvironment-driven drug resistance in urologic cancers: mechanisms and therapeutic targets
2025-Nov-26, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01710-2
PMID:41296173
|
综述 | 探讨泌尿系统肿瘤微环境驱动耐药性的机制及治疗靶点 | 系统阐述肿瘤微环境中不同组分(如CAFs、ECM、免疫抑制细胞和缺氧条件)通过多重机制介导泌尿系统癌症耐药性,并提出整合单细胞/空间转录组学等新技术的研究方向 | NA | 解析泌尿系统肿瘤微环境介导治疗耐药性的机制并探索针对性治疗策略 | 肾细胞癌、膀胱癌和前列腺癌等泌尿系统肿瘤及其微环境组分 | 肿瘤生物学 | 泌尿系统肿瘤 | 单细胞转录组学、空间转录组学、类器官共培养系统 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1780 | 2025-11-27 |
Pyroptosis modulates multiple immune cell populations in targeted therapy-treated melanoma
2025-Nov-26, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-25-0444
PMID:41296494
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了GSDME介导的细胞焦亡在BRAF抑制剂联合MEK抑制剂治疗黑色素瘤时调节肿瘤内免疫细胞群的关键作用 | 首次系统阐明GSDME介导的细胞焦亡在靶向治疗中调节多种免疫细胞亚群(包括T细胞、NK细胞和调节性T细胞)浸润和功能的机制 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,在人类患者中的验证尚需进一步研究 | 探究GSDME介导的细胞焦亡在靶向治疗调节黑色素瘤免疫微环境中的作用机制 | 黑色素瘤肿瘤模型中的免疫细胞群 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | 基因敲除模型, 突变体表达模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |