单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1761	2025-07-18	A scRNA-seq reference contrasting living and early post-mortem human retina across diverse donor states 2025-Jul-14, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-025-00796-9 PMID:40660409	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，对比分析了活体和早期死后人类视网膜的细胞状态，为视网膜研究提供了新的参考资源	首次生成了活体人类视网膜的单细胞转录组参考图谱，并对比了活体与死后组织的转录动态差异	样本量相对有限（9个未冷冻样本），且死后样本采集时间窗口较窄（6小时内）	建立人类视网膜细胞类型和状态的单细胞参考图谱	人类视网膜组织（活体和早期死后）	单细胞基因组学	视网膜疾病	scRNA-seq, 10x Genomics 3' RNA-seq, scVI, RNA velocity, CellChat	scVI（单细胞变分推断模型）	单细胞转录组数据	106,829个单细胞（来自9个未冷冻样本，包括5个活体和4个死后样本）
1762	2025-07-18	Molecular pathology of acute spinal cord injury in middle-aged mice 2025-Jul-13, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03494-4 PMID:40653490	研究论文	本研究比较了年轻和中老年小鼠在脊髓损伤后的行为、组织病理学和转录组学结果	首次全面研究中老年小鼠脊髓损伤后的转录组学变化，揭示了细胞亚群的差异	研究仅比较了年轻和中老年两个年龄组，未涵盖更广泛的年龄范围	探究年龄对脊髓损伤病理生物学的影响	年轻(2-4个月)和中老年(10-12个月)小鼠	分子病理学	脊髓损伤	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、行为数据、组织病理数据	年轻和中老年小鼠各一组(具体数量未说明)
1763	2025-07-18	Unveiling the mechanisms of CEBPD-orchestrated TAM polarization through RGS2/PAR2 pathway and its impact on ICB efficacy in clear cell renal cell carcinoma 2025-Jul-13, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010898 PMID:40659446	研究论文	本研究揭示了CEBPD通过RGS2/PAR2通路调控肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）极化状态及其对免疫检查点阻断（ICB）疗效的影响	首次发现CEBPD通过RGS2/PAR2轴调控TAMs极化状态，并影响ICB治疗效果	研究主要基于体外实验和临床样本分析，缺乏更深入的体内机制验证	探索CEBPs在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）免疫微环境中调控TAMs极化的机制及其对ICB治疗的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肾细胞癌	单细胞转录组测序、Western blot、免疫荧光、体外极化实验、染色质免疫共沉淀测序、双荧光素酶报告基因检测、电泳迁移率变动分析	NA	转录组数据、蛋白质数据、临床样本数据	未明确提及具体样本数量，但包括ccRCC患者样本和体外实验数据
1764	2025-07-18	The immunological and prognostic landscape of TFAP4 in cancer: A single-cell RNA sequencing perspective 2025-Jul-11, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2025.110551 PMID:40653182	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，探讨了TFAP4在多种癌症类型中的免疫学和预后意义	揭示了TFAP4在肿瘤微环境中的免疫抑制功能及其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探究TFAP4在癌症中的免疫学和预后作用	多种癌症类型中的恶性上皮细胞	癌症研究	癌症	单细胞RNA测序, 多组学分析	NA	RNA测序数据	多种癌症类型的样本
1765	2025-07-18	Spatiotemporal transcriptomic profiling reveals metabolic dysfunction prior to overt tauopathy in the PS19 mouse model 2025-Jul-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6941464/v1 PMID:40671812	研究论文	该研究利用PS19小鼠模型，通过时空转录组分析揭示了在明显tau病变之前出现的代谢功能障碍	揭示了在tau病变可检测之前，易感脑区（如CA3区）已出现代谢基因（如Pgk1）上调及代谢失调，并发现了区域特异性和时间动态的转录模式	研究仅使用了PS19转基因小鼠模型，可能无法完全反映人类神经退行性疾病的复杂性	探究区域易感性与tau病变前转录组变化之间的关系，以及代谢功能障碍在神经退行性疾病中的作用	PS19转基因小鼠模型（P301S tau突变）	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组分析	PS19转基因小鼠模型	转录组数据	PS19小鼠在不同疾病阶段的海马和皮质区域
1766	2025-07-18	From scRNA-seq to therapeutic targets: Unveiling the impact of activated mast cells on intestinal dysfunction in acute pancreatitis 2025-Jul-07, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i25.107865 PMID:40656612	评论	本文评论了一项关于急性胰腺炎中小肠单细胞转录组分析的研究，强调了激活的肥大细胞及其分泌的CCL5在肠道屏障功能障碍中的关键作用	研究通过整合scRNA-seq和功能分析，揭示了急性胰腺炎相关肠道损伤的细胞和分子机制	评论文章本身未进行实验研究，主要基于对已有研究的解读和未来方向的建议	探讨急性胰腺炎中肠道功能障碍的细胞和分子机制	急性胰腺炎患者的小肠组织	数字病理学	急性胰腺炎	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
1767	2025-07-18	Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization analyses uncover cell-specific mechanisms in atherosclerotic cardiovascular disease 2025-Jul-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.06.001 PMID:40555237	研究论文	本研究开发了一个单细胞转录组范围内的孟德尔随机化和共定位分析流程，用于揭示动脉粥样硬化性心血管疾病(ASCVD)中细胞特异性的机制	结合单细胞水平的顺式孟德尔随机化(MR)与共定位分析，克服了传统批量RNA测序在细胞特异性分辨率上的限制	单细胞表达数量性状位点(sc-eQTLs)数据集的样本量相对较小	发现驱动人类疾病遗传易感性的细胞特异性表达模式，以影响细胞定制疗法的靶点选择	14种免疫细胞类型	基因组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组织化学	孟德尔随机化(MR), 共定位分析	单细胞转录组数据, GWAS数据	14种免疫细胞类型的sc-eQTL数据集(样本量较小)
1768	2025-07-18	Developmental Origins and Oncogenesis in Medulloblastoma 2025-Jul, Annual review of neuroscience IF:12.1Q1 DOI:10.1146/annurev-neuro-112723-061540 PMID:39952636	review	本文综述了髓母细胞瘤的发育起源和致癌机制，探讨了其分子亚群的细胞起源、可塑性和异质性	总结了单细胞转录组学研究在识别髓母细胞瘤潜在细胞谱系脆弱性和恶性转化机制方面的新发现	NA	理解髓母细胞瘤的细胞起源以预防肿瘤形成和复发	髓母细胞瘤及其分子亚群	肿瘤学	髓母细胞瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
1769	2025-07-18	CD36 promotes iron accumulation and dysfunction in CD8+ T cells via the p38-CEBPB-TfR1 axis in earlystage hepatocellular carcinoma 2025-Jul, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2024.0948 PMID:40037690	研究论文	本文揭示了CD36通过p38-CEBPB-TfR1轴在早期肝细胞癌中促进CD8+ T细胞铁积累和功能失调的机制	首次发现CD36通过调节铁积累和脂质过氧化影响CD8+ T细胞功能的新机制，并提出了NRF2激活作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类HCC中的验证仍需进一步研究	探究早期肝细胞癌肿瘤微环境中CD8+ T细胞功能失调的机制	小鼠HCC模型中的CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	NA
1770	2025-07-18	USP14-IMP2-CXCL2 axis in tumor-associated macrophages facilitates resistance to anti-PD-1 therapy in gastric cancer by recruiting myeloid-derived suppressor cells 2025-07, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03425-w PMID:40269263	研究论文	该研究揭示了USP14-IMP2-CXCL2轴在肿瘤相关巨噬细胞中通过招募髓系来源的抑制细胞促进胃癌抗PD-1治疗耐药性的机制	首次阐明了USP14通过去泛素化稳定m6A阅读器IMP2，从而增强CXCL2表达和分泌的分子机制，并提出了通过抑制USP14/IMP2/CXCL2信号轴增强抗PD-1治疗敏感性的新策略	研究主要基于临床样本和动物实验，尚未在更大规模的临床试验中验证	探究胃癌抗PD-1治疗耐药性的机制并寻找潜在治疗靶点	胃癌患者的肿瘤相关巨噬细胞和髓系来源的抑制细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	来自无法手术胃癌患者的内镜活检样本
1771	2025-07-18	Angiopoietin-TIE2 feedforward circuit promotes PIK3CA-driven venous malformations 2025-Jul, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00655-9 PMID:40410415	research paper	该研究揭示了PIK3CA驱动的静脉畸形中血管生成素-TIE2正反馈回路的作用机制	发现了静脉特异性信号回路通过自分泌和旁分泌机制放大上游TIE2受体信号，促进疾病进展	mTOR阻断对晚期静脉畸形小鼠模型效果有限	探究PIK3CA相关静脉畸形的核心驱动机制并寻找潜在治疗靶点	PIK3CA突变导致的静脉畸形小鼠模型和人类静脉畸形样本	血管生物学	静脉畸形	单细胞转录组学、谱系追踪	小鼠疾病模型	基因表达数据	小鼠模型和人类静脉畸形样本（具体数量未说明）
1772	2025-07-18	Mechanisms and therapeutic potential of epithelial-immune crosstalk in airway inflammation 2025-Jul, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2025.2514604 PMID:40452271	综述	本文探讨了上皮细胞与免疫细胞在气道炎症中的相互作用机制及其治疗潜力	详细讨论了单细胞测序技术在这一新兴领域的发现，并总结了单克隆抗体靶向治疗的最新进展	气道炎症的复杂病理生理学尚未完全阐明	探讨上皮细胞与免疫细胞在气道炎症中的相互作用机制及其治疗潜力	慢性鼻窦炎(CRS)、过敏性鼻炎(AR)、哮喘、囊性纤维化(CF)和慢性阻塞性肺病(COPD)等慢性气道炎症疾病	医学研究	气道炎症疾病	单细胞测序	NA	NA	NA
1773	2025-07-18	Unveiling the Immune Landscape: Single-Cell Sequencing of Infectious Mononucleosis Patients 2025-Jul, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.70491 PMID:40673701	研究论文	本研究利用单细胞测序技术分析了儿童传染性单核细胞增多症（IM）中的免疫动态，重点关注EB病毒与宿主的相互作用	揭示了EB病毒在B细胞亚群中的特异性感染模式，以及NK细胞亚群的不同反应，为EBV相关疾病的靶向治疗提供了新思路	研究主要针对儿科IM患者，结果可能不适用于其他年龄段或其他EBV相关疾病	阐明传染性单核细胞增多症的免疫病理学机制，探索EBV持久性与免疫逃逸的关系	儿童传染性单核细胞增多症患者	免疫学	传染性单核细胞增多症	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为儿科IM患者
1774	2025-07-18	Decoding Cellular Communication Networks and Signaling Pathways in Bone, Skeletal Muscle, and Bone-Muscle Crosstalk Through Spatial Transcriptomics 2025-Jun-12, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6701121/v1 PMID:40585205	研究论文	通过空间转录组学解码骨骼、骨骼肌及骨肌互作中的细胞通讯网络和信号通路	首次提供了骨骼和骨骼肌之间细胞通讯的空间解析图谱，揭示了新的分子互作机制	研究仅限于小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	研究骨骼和骨骼肌之间的分子互作机制及其在疾病中的作用	小鼠的股骨和邻近骨骼肌	空间转录组学	骨质疏松症、肌肉减少症、代谢综合征	10X Genomics Visium 空间转录组分析	NA	空间转录组数据	小鼠的股骨和邻近骨骼肌样本
1775	2025-07-18	Comprehensive profiling of migratory primordial germ cells reveals niche-specific differences in non-canonical Wnt and Nodal-Lefty signaling in anterior vs posterior migrants 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610420 PMID:39257761	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠原始生殖细胞（PGCs）在迁移过程中的转录异质性及其与不同体细胞微环境的相互作用	揭示了前后迁移PGCs在非经典Wnt和Nodal-Lefty信号通路上的差异，并发现这些差异与迁移速度、细胞状态转变及表观遗传重编程相关	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仅通过重新分析已发表数据集进行，缺乏直接实验验证	探究迁移过程中PGCs的转录异质性及其与微环境的相互作用机制	小鼠原始生殖细胞（PGCs）及其周围体细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、全胚胎免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据、免疫荧光图像数据	13,262个小鼠PGCs和7,868个周围体细胞，采集时间点为E9.5、E10.5和E11.5
1776	2025-07-18	Interpretable Trajectory Inference with Single Cell Linear Adaptive Negative-binomial Expression (scLANE) Testing 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.19.572477 PMID:38187622	研究论文	本文提出了一种名为scLANE的可解释轨迹推断方法，用于单细胞RNA-seq数据分析	提出基于可解释广义线性模型的scLANE测试方法，通过经验选择的基础样条处理基因表达的非线性变化	未明确提及具体局限性	开发更可靠且可解释的单细胞轨迹差异表达分析方法	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义线性模型	基因表达数据	多个生物数据集（未明确样本量）
1777	2025-07-18	Variational inference of single cell time series 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.29.610389 PMID:39257806	研究论文	提出了一种名为SNOW的深度学习算法，用于解析单细胞时间序列数据	SNOW算法能够将单细胞时间序列数据分解为时间依赖和时间独立的贡献，构建具有生物学意义的潜在空间，并去除批次效应	未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性	解决单细胞RNA测序数据中基因表达受时间和细胞身份共同影响的问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	深度学习算法	基因表达数据	合成和真实的scRNA-seq数据（未提及具体数量）
1778	2025-07-18	Inferring gene regulatory networks by hypergraph generative model 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101026 PMID:40220759	research paper	提出了一种基于超图变分自编码器（HyperG-VAE）的贝叶斯深度生成模型，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的基因调控网络（GRN）推断	利用超图表示和结构方程模型处理细胞异质性，结合超图自注意力机制识别基因模块，协同优化编码器以提高GRN推断、单细胞聚类和数据可视化	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序数据分析及基因调控网络构建	单细胞RNA测序数据和基因调控网络	machine learning	NA	scRNA-seq	HyperG-VAE (超图变分自编码器)	单细胞RNA测序数据	骨髓B细胞发育数据（未明确样本数量）
1779	2025-07-18	A cost- and time-efficient method for high-throughput cryoprocessing and tissue analysis using multiplexed tissue molds 2025-Apr-21, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101023 PMID:40262526	研究论文	本文介绍了一种高效、低成本的高通量冷冻处理和组织分析方法，使用多路复用组织模具（MTMs）	引入了多路复用组织模具（MTMs），显著降低了冷冻处理的成本和工作量，同时允许处理不同大小和来源的组织	未提及该方法在临床应用中的具体效果或潜在问题	开发一种高效、低成本的冷冻处理和组织分析方法，以促进常规和诊断使用	不同大小和来源的组织，包括19种不同的成年小鼠组织和约110个不同年龄和大小的神经类器官	组织病理学	NA	冷冻切片技术	NA	组织样本	19种成年小鼠组织和约110个神经类器官
1780	2025-07-18	CellCover Defines Marker Gene Panels Capturing Developmental Progression in Neocortical Neural Stem Cell Identity 2025-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.06.535943 PMID:37383947	研究论文	提出了一种名为CellCover的新方法，用于通过组合优化选择标记基因面板，以更准确地定义细胞类型	将标记基因面板选择视为组合优化中的'最小集合覆盖问题'，克服了传统差异表达方法的局限性，减少了基因冗余并捕获了细胞类型特异性信号	方法依赖于单细胞RNA测序数据的质量和覆盖度，可能受到数据零膨胀问题的影响	开发一种更有效的方法来定义细胞类型的标记基因面板，以分析单细胞RNA测序数据	血液和脑组织中的细胞，特别是新皮质神经干细胞	生物医学信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	组合优化模型	基因表达数据	多个公共数据集，包括小鼠、灵长类和人类数据