单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1761	2025-03-30	Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100766 PMID:39914388	研究论文	本文提出了一种名为CLEANSER的混合模型，用于过滤单细胞CRISPR筛选中的环境gRNAs，以提高gRNA细胞分配的准确性	开发了CLEANSER模型，结合gRNA和细胞特异性归一化参数，有效过滤环境gRNAs并提高单细胞RNA测序CRISPR筛选的准确性	NA	提高单细胞CRISPR筛选实验中gRNA细胞分配的准确性，减少环境gRNAs带来的噪声	单细胞RNA测序CRISPR筛选中的环境gRNAs	基因组学	NA	单细胞RNA测序CRISPR筛选（perturb-seq）	混合模型（CLEANSER）	单细胞RNA测序数据	NA
1762	2025-03-30	Regulation of lung progenitor plasticity and repair by fatty acid oxidation 2025-Feb-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.165837 PMID:39927460	研究论文	本文探讨了脂肪酸氧化（FAO）在调节肺祖细胞可塑性和修复中的作用，特别是在特发性肺纤维化（IPF）中的影响	揭示了FAO基因在IPF肺肺泡上皮细胞中表达显著减少，以及CPT1a抑制导致线粒体功能障碍和异常中间状态细胞的产生	研究主要基于小鼠模型，人类IPF患者中的直接证据仍需进一步验证	研究FAO代谢途径在肺祖细胞修复反应和肺纤维化发展中的作用	肺泡上皮细胞、肺祖细胞、特发性肺纤维化（IPF）	分子生物学	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序、组织染色	小鼠模型	基因表达数据、组织染色图像	未明确提及具体样本数量
1763	2025-03-30	Targeting fibroblast-endothelial cell interactions in LAM pathogenesis using 3D spheroid models and spatial transcriptomics 2025-Feb-04, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187899 PMID:39903528	research paper	本研究探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）发病机制中成纤维细胞与内皮细胞的相互作用，并提出了潜在的治疗策略	使用3D球体模型和空间转录组学技术揭示了LAM中成纤维细胞与内皮细胞相互作用的新机制，并验证了多激酶抑制剂索拉非尼的治疗潜力	研究主要基于体外模型，需要进一步在体内验证这些发现	探索LAM发病机制并寻找新的治疗靶点	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）相关成纤维细胞（LAMFs）和淋巴内皮细胞（LECs）	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, 3D coculture spheroid model, kinase arrays	3D spheroid model	transcriptomic data, protein expression data	原发性LAMFs和LECs，TSC2缺失型肾血管平滑肌脂肪瘤（TSC2-null AML）细胞
1764	2025-03-30	A single-cell atlas of normal and KRASG12D-malformed lymphatic vessels 2025-Jan-28, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185181 PMID:39874106	research paper	该研究通过单细胞RNA测序构建了正常和KRASG12D畸变的淋巴管图谱，揭示了KRAS突变对淋巴管成熟的损害机制	首次构建了正常和KRASG12D畸变淋巴管的单细胞图谱，并发现KRAS突变会损害淋巴管成熟	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明KRAS介导的复杂淋巴管异常(CLAs)的具体机制	野生型小鼠和KrasG12D小鼠的肺淋巴管内皮细胞(LECs)	单细胞测序	复杂淋巴管异常	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	成年野生型小鼠和KrasG12D小鼠的肺淋巴管内皮细胞，整合了4个发育阶段的数据
1765	2025-03-30	Orchestrated response from heterogenous fibroblast subsets contributes to repair from surgery-induced stress after airway reconstruction 2025-Jan-21, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186263 PMID:39836476	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了气道重建手术后的成纤维细胞亚群及其在手术诱导应激反应中的作用	首次鉴定了5种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在气道重建中的不同功能和空间分布	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究气道重建手术后成纤维细胞在伤口愈合和纤维化过程中的作用机制	小鼠气道组织中的成纤维细胞亚群	单细胞转录组学	气道疾病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	基因表达数据	NA
1766	2025-03-30	RBM47 is a novel immunotherapeutic target and prognostic biomarker in gliomas 2025-01-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84719-z PMID:39757245	研究论文	本研究探讨了RNA结合蛋白RBM47在胶质瘤免疫景观和肿瘤免疫反应中的作用	首次全面研究了RBM47在胶质瘤中的免疫调节作用，并证实其作为独立预后预测因子的价值	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证RBM47的具体作用机制	探究RBM47在胶质瘤免疫微环境中的作用及其作为免疫治疗靶点的潜力	胶质瘤患者和正常组织	肿瘤免疫学	胶质瘤	生物信息学分析、免疫组化、免疫荧光、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA训练组和CGGA验证组的数据
1767	2025-03-30	High resolution tissue and cell type identification via single cell transcriptomic profiling 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0318151 PMID:40138334	研究论文	本研究开发了一种高灵敏度的单细胞注释流程scTissueID，用于基于单细胞RNA测序数据准确鉴定细胞和组织类型	引入了独特的参考细胞质量区分阶段，仅针对高置信度细胞作为参考，显著提高了细胞和组织类型鉴定的准确性和一致性	未明确说明方法在低质量样本或极端条件下的表现	开发高精度的单细胞水平组织鉴定方法	法医相关样本和人类细胞图谱(HCA)数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	机器学习算法(6种)	单细胞转录组数据	大规模比较研究(涉及8种先进单细胞注释流程和6种机器学习算法)
1768	2025-03-30	Pig jejunal single-cell RNA landscapes revealing breed-specific immunology differentiation at various domestication stages 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1530214 PMID:40151618	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了野猪、金华猪和杜洛克猪空肠组织的免疫细胞差异，揭示了不同驯化阶段猪品种间免疫功能的特异性分化	首次在单细胞分辨率下构建了猪空肠组织的单细胞图谱，揭示了免疫细胞在驯化过程中的保守性和异质性，并发现了金华猪群体中具有独特抗体生产的浆细胞群体	研究仅聚焦于空肠组织，未涵盖整个肠道或其他器官的免疫细胞变化	探究猪在不同驯化阶段空肠免疫功能的演化及其分子机制	野猪、金华猪（中国地方品种）和杜洛克猪（集约化品种）的空肠组织	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、标记基因分析、免疫评分、基因鉴定和细胞通讯分析	NA	单细胞RNA测序数据	26,246个细胞，来自野猪、金华猪和杜洛克猪的空肠组织
1769	2025-03-30	Unraveling the PANoptosis Landscape in Osteosarcoma: A Single-Cell Sequencing and Machine Learning Approach to Prognostic Modeling and Tumor Microenvironment Analysis 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6915258 PMID:40151638	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探索了骨肉瘤中的PANoptosis（包括细胞焦亡、凋亡和坏死性凋亡）景观，并开发了一个稳健的预后模型	首次在骨肉瘤中整合单细胞测序和101种机器学习算法构建预后模型，揭示了PANoptosis在肿瘤微环境中的关键作用	需要进一步临床验证模型在指导个性化治疗中的实用性	探索骨肉瘤中PANoptosis的分子特征并开发预后预测模型	骨肉瘤患者样本	数字病理	骨肉瘤	scRNA-seq, 机器学习	CoxBoost等101种算法	基因表达数据	来自GEO数据库(GSE162454)的单细胞数据及TARGET和GEO数据库的批量转录组数据
1770	2025-03-30	Endothelial response to blood-brain barrier disruption in the human brain 2024-Dec-26, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187328 PMID:39724015	研究论文	研究人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的急性反应	首次在人类脑内皮细胞中研究了超声介导的血脑屏障破坏后的急性反应，揭示了特定的转录和超微结构变化	样本量较小，仅针对复发性胶质母细胞瘤患者进行研究	探索人类脑内皮细胞对血脑屏障破坏的反应机制	复发性胶质母细胞瘤患者的脑内皮细胞	神经科学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、透射电子显微镜	NA	基因表达数据、超微结构图像	复发性胶质母细胞瘤患者（具体数量未提及）
1771	2025-03-30	Single-cell RNA sequencing-derived signatures define response patterns to atezolizumab + bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma 2024-Dec-19, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.12.016 PMID:39709141	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示晚期肝细胞癌对阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗的响应模式	利用单细胞RNA测序技术定义了21种细胞表型的基因表达特征，揭示了两种不同的响应模式，并确定了与临床结果相关的分子亚组	研究样本量相对有限，且仅针对晚期肝细胞癌患者	揭示阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的临床获益与耐药性的细胞过程	晚期肝细胞癌患者	数字病理	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	422例RNA测序样本（317例接受阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗，47例接受阿特珠单抗治疗，58例接受索拉非尼治疗）
1772	2025-03-30	Scaling deep identifiable models enables zero-shot characterization of single-cell biological states 2024-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.11.566161 PMID:38014345	research paper	本文介绍了一种名为scShift的深度可识别模型，用于解决单细胞RNA-seq数据分析中的批次效应问题，并展示了其在零样本表征单细胞生物状态方面的能力	开发了scShift，一个深度变分推理框架，能够有效解耦批次依赖和独立的变异，并在大规模单细胞图谱训练中展现出零样本能力	未明确提及具体限制，但可能依赖于大规模数据集的有效性和多样性	解决单细胞RNA-seq数据分析中的批次效应问题，实现跨数据集的生物差异识别	单细胞RNA-seq数据，特别是肺纤维化状态和COVID-19后纤维化	machine learning	lung fibrosis, COVID-19	scRNA-seq	deep variational inference framework	single-cell RNA-seq data	超过200个训练的scShift模型，涉及大规模单细胞图谱
1773	2025-03-30	STMGraph: spatial-context-aware of transcriptomes via a dual-remasked dynamic graph attention model 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae685 PMID:39764614	research paper	提出了一种名为STMGraph的双视图动态深度学习框架，用于空间转录组数据分析，以提高空间域聚类和批次效应校正的准确性和鲁棒性	结合了双掩码机制（MASK-REMASK）和动态图注意力模型（DGAT），通过自监督更新图链接关系，生成更全面的节点表示	未明确提及具体局限性	开发一种通用的空间转录组数据分析工具，以提高空间域聚类和批次效应校正的准确性和鲁棒性	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics (ST)	DGAT (dynamic graph attention model)	spatial transcriptomics data	NA
1774	2025-03-30	Comprehensive Characterization of a Subfamily of Ca2+-Binding Proteins in Mouse and Human Retinal Neurons at Single-Cell Resolution 2024-Sep, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0145-24.2024 PMID:39260891	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据集全面分析了小鼠和人类视网膜神经元中Ca2+结合蛋白亚家族（CaBPs）的基因表达谱	揭示了CaBP1、CaBP2和CaBP5在视网膜内神经元中的表达模式，特别是发现双极细胞类型表达CaBP1、CaBP2和CaBP5的不同组合，而非单一CaBP	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	探究CaBPs在小鼠和人类视网膜神经元中的表达模式及其在视觉功能中的作用	小鼠和人类视网膜神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序、单细胞逆转录聚合酶链反应	NA	转录组数据	小鼠和人类视网膜神经元样本
1775	2025-03-30	iIMPACT: integrating image and molecular profiles for spatial transcriptomics analysis 2024-06-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03289-5 PMID:38844966	研究论文	本文开发了一种名为iIMPACT的多阶段统计方法，用于整合空间转录组学数据中的分子信息和组织学图像的形态特征	iIMPACT方法通过AI重建的组织学图像和基因表达测量的空间背景，识别和定义基于组织学的空间域，并检测特定域的差异表达基因，提高了准确性和可解释性	NA	提高空间转录组学数据的聚类分析准确性和可解释性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学分析	AI重建	图像和分子数据	NA
1776	2025-03-30	Clearance of VWF by hepatic macrophages is critical for the protective effect of ADAMTS13 in sickle cell anemia mice 2024-03-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021583 PMID:38142410	研究论文	本研究探讨了肝巨噬细胞在镰状细胞贫血（SCA）中的作用，特别是Clec4f+Marcohigh巨噬细胞亚群在清除ADAMTS13切割的VWF和镰状红细胞中的关键作用	首次揭示了Clec4f+Marcohigh巨噬细胞亚群通过去唾液酸化依赖的方式清除VWF，并证实了巨噬细胞介导的VWF清除对ADAMTS13保护效应的必要性	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类SCA患者中验证	阐明肝巨噬细胞在SCA病理机制中的作用及其与ADAMTS13保护效应的关系	镰状细胞贫血小鼠模型中的肝巨噬细胞	血液病学	镰状细胞贫血	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重误差稳健荧光原位杂交	小鼠疾病模型	基因表达数据、空间分布数据	未明确说明样本数量，使用SCA小鼠模型
1777	2025-03-30	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae216 PMID:38725155	research paper	该论文介绍了一个名为Escort的新框架，用于评估单细胞RNA测序数据在轨迹推断中的适用性，并量化分析决策对轨迹属性的影响	开发了Escort框架，通过数据驱动的方法评估单细胞RNA测序数据的轨迹推断适用性，减少了分析过程中的不确定性和决策负担	未提及具体的局限性	解决单细胞RNA测序数据分析中方法选择和参数不确定性的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1778	2025-03-30	Unique lymphocyte transcriptomic profiles in septic patients with chronic critical illness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1478471 PMID:39691721	research paper	通过单细胞RNA测序分析，研究脓毒症幸存者中慢性危重症患者的淋巴细胞转录组特征	揭示了脓毒症后慢性危重症患者中T细胞、B细胞和NK细胞的独特转录模式，特别是在CD8+ T效应记忆细胞和NK细胞中的耗竭和免疫抑制特征	样本量相对较小，且仅分析了特定时间点的转录组数据	研究脓毒症幸存者中慢性危重症患者的免疫系统特征	健康受试者、急性脓毒症患者、快速恢复患者和慢性危重症患者	免疫学	脓毒症	scRNA-seq, ELISpot, 细胞因子分析, T细胞增殖实验	NA	RNA测序数据, 功能实验数据	健康受试者12人，急性脓毒症患者4人，快速恢复患者4人，慢性危重症患者5人（scRNA-seq）；健康受试者19人，急性脓毒症患者68人，快速恢复患者27人，慢性危重症患者20人（功能验证）
1779	2025-03-30	An estrogen-sensitive fibroblast population drives abdominal muscle fibrosis in an inguinal hernia mouse model 2022-04-19, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.152011 PMID:35439171	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了雌激素敏感的成纤维细胞群在腹股沟疝小鼠模型中驱动腹部肌肉纤维化的机制	发现了两种可能与疝相关的新型成纤维细胞群，其中一种高表达雌激素受体-α基因（Esr1hi），另一种表达ECM改变酶（Mmp3hi），并上调促炎、促纤维化基因的表达	研究仅基于转基因小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究雌激素驱动的肌肉纤维化的细胞基础	转基因雄性小鼠（Aromhum）和野生型同窝小鼠的下腹部肌肉组织	生物医学	腹股沟疝	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	RNA-seq数据	Aromhum和野生型同窝小鼠的下腹部肌肉组织
1780	2025-03-30	Adenine base editing reduces misfolded protein accumulation and toxicity in alpha-1 antitrypsin deficient patient iPSC-hepatocytes 2021-11-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2021.06.021 PMID:34217893	研究论文	本研究应用腺嘌呤碱基编辑器纠正AATD患者iPSCs和iHeps中的Z突变，减少错误折叠蛋白积累和毒性	首次在AATD患者iPSCs和iHeps中应用腺嘌呤碱基编辑器纠正Z突变，并验证其减少错误折叠蛋白积累和毒性的效果	未提及长期安全性和治疗效果评估	探索碱基编辑技术在纠正AATD基因突变中的可行性和效用	AATD患者诱导多能干细胞(iPSCs)和iPSC来源的肝细胞(iHeps)	基因编辑	α-1抗胰蛋白酶缺乏症	腺嘌呤碱基编辑(ABE), 单细胞RNA测序, 全基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	患者来源的iPSCs和iHeps