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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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1761 | 2025-10-05 |
Discovery of Multiple Effects of Reactive Oxygen Species on Lung Adenocarcinoma at the Single-cell and Bulk Tissue Levels
2025, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究在单细胞和批量组织水平上探讨了活性氧对肺腺癌的影响机制 | 首次在单细胞和批量组织水平系统分析ROS对LUAD的多重影响,并开发了ROS相关基因特征 | 未明确说明样本来源和具体样本量 | 探究ROS在肺腺癌发展和治疗中的作用机制 | 肺腺癌组织和细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,批量转录组测序 | LASSO回归,逐步多元回归 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
1762 | 2025-10-05 |
Enhancing Single-Cell RNA-Seq Data Completeness With a Graph Learning Framework
2025 Jan-Feb, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384
PMID:39504287
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研究论文 | 提出基于变分图自编码器的单细胞RNA测序数据插补方法VAImpute,用于检测和填补dropout事件 | 利用细胞/基因间的copula相关性构建图网络,通过变分图自编码器学习数据固有分布来预测dropout事件 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的完整性,减少dropout事件的影响 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分图自编码器 | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1763 | 2025-10-05 |
RORα-activated mitophagy attenuating hypoxic-ischemic encephalopathy via suppression of microglial cGAS-STING axis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592737
PMID:40799648
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研究论文 | 本研究揭示RORα通过激活线粒体自噬抑制小胶质细胞cGAS-STING轴,从而减轻缺氧缺血性脑病的神经炎症 | 首次发现RORα通过调控线粒体自噬抑制mtDNA-cGAS-STING-NLRP3信号通路的新机制 | 研究主要基于动物模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究RORα在缺氧缺血性脑病中调控小胶质细胞神经炎症的分子机制 | HIE大鼠模型和体外培养的小胶质细胞 | 神经科学 | 缺氧缺血性脑病 | 单细胞RNA测序, WGCNA, LASSO回归, RT-qPCR, Western Blot, ELISA | 动物疾病模型, 细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 行为学数据 | HIE大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1764 | 2025-10-05 |
Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models
2024-Dec-31, Biostatistics (Oxford, England)
DOI:10.1093/biostatistics/kxaf024
PMID:40795862
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研究论文 | 开发了一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM | 提出使用泊松双线性模型直接建模计数数据,并引入快速估计算法实现百万级细胞数据集的扩展,同时量化细胞潜在位置的不确定性 | 未明确说明在特定生物场景下的适用性限制 | 解决单细胞RNA测序数据降维中标准方法可能诱导虚假异质性和掩盖真实生物变异性的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义双线性模型, 泊松双线性模型 | 基因表达计数矩阵 | 百万级细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1765 | 2025-10-05 |
Impaired innate and adaptive immune responses to BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccination in systemic lupus erythematosus
2024-03-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176556
PMID:38456511
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研究论文 | 系统性红斑狼疮患者对BNT162b2 SARS-CoV-2疫苗的先天性和适应性免疫应答受损 | 首次全面分析SLE患者接种mRNA疫苗后的先天与适应性免疫应答缺陷,并通过单细胞RNA测序发现疫苗诱导单核细胞群减少 | 样本量较小(19例SLE患者),未评估不同免疫抑制方案的具体影响 | 评估自身免疫疾病患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫应答特性 | 19例系统性红斑狼疮患者与56例健康对照志愿者 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序,中和抗体检测,T细胞应答分析 | NA | 基因表达数据,免疫细胞计数数据 | 19例SLE患者,56例健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1766 | 2025-10-05 |
A mouse model of Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis
2024-03-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.175053
PMID:38290089
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研究论文 | 本研究通过建立Son单倍体不足小鼠模型,揭示了SON基因在器官发育和造血过程中的关键作用 | 首次建立ZTTK综合征的小鼠模型,并系统阐明SON单倍体不足对多器官发育和造血谱系分化的影响机制 | 动物模型与人类疾病存在物种差异,部分病理机制仍需进一步验证 | 探究SON基因在器官发育和造血过程中的功能及其与ZTTK综合征的关联 | Son单倍体不足小鼠模型 | 发育生物学 | ZTTK综合征 | 单细胞转录组测序,表面标志物分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据,表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1767 | 2025-10-05 |
Comparative Methods for Demystifying Spatial Transcriptomics
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3838-5_17
PMID:38819570
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研究论文 | 本文比较分析了空间转录组学数据分析方法,重点关注10x Visium平台的分析流程 | 系统分解空间转录组学分析流程为四个关键步骤,并比较不同spot选择和基因组/转录组参考对分析结果的影响 | 仅聚焦于制造商提供的软件套件,未涵盖其他分析工具 | 阐明空间转录组学数据分析方法及其影响因素 | 空间转录组学数据分析流程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,RNA测序 | NA | 基因表达数据,显微镜图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台 |
1768 | 2025-10-05 |
A mouse model of ZTTK syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis
2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.19.567732
PMID:38014320
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研究论文 | 本研究通过建立ZTTK综合征小鼠模型,揭示了SON基因在器官发育和造血过程中的关键作用 | 首次建立SON单倍体不足小鼠模型,成功模拟人类ZTTK综合征症状,并通过单细胞转录组分析揭示了造血发育异常机制 | 未明确说明样本量大小,且为动物模型研究,结果向人类临床转化的有效性需要进一步验证 | 研究SON基因在器官发育和造血过程中的功能,探索ZTTK综合征的发病机制 | SON单倍体不足小鼠模型及其造血干细胞和祖细胞 | 发育生物学 | ZTTK综合征 | 单细胞转录组测序,表面标志物分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据,表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1769 | 2025-10-05 |
An analysis of classical multidimensional scaling with applications to clustering
2023-Mar, Information and inference : a journal of the IMA
DOI:10.1093/imaiai/iaac004
PMID:36761434
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研究论文 | 本文分析了经典多维标度法的理论性能,并应用于噪声数据聚类 | 建立了分析经典多维标度法嵌入样本质量的理论框架,提出了信噪比缩放条件 | NA | 分析经典多维标度法的统计性能,为下游统计分析奠定基础 | 经典多维标度法及其在聚类分析中的应用 | 机器学习 | 癌症 | 多维标度法,距离聚类算法 | 经典多维标度法 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据,自然语言数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1770 | 2025-10-05 |
Examining heterogeneity of stromal cells in tumor microenvironment based on pan-cancer single-cell RNA sequencing data
2021-Aug-17, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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综述 | 基于泛癌单细胞RNA测序数据研究肿瘤微环境中基质细胞的异质性 | 通过整合多种癌症类型的单细胞RNA测序数据,发现内皮细胞和成纤维细胞/肌成纤维细胞在不同癌症中可划分为共同亚型,且亚型组成与癌症特征和疗法响应相关 | NA | 研究肿瘤微环境中基质细胞的异质性 | 多种癌症类型的单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | 泛癌研究 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1771 | 2025-10-05 |
Hypoxic microenvironment induced spatial transcriptome changes in pancreatic cancer
2021-Jun-04, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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研究论文 | 本研究首次描述了胰腺癌中缺氧微环境诱导的空间转录组变化,并识别了潜在治疗靶点 | 首次利用空间转录组技术揭示胰腺癌缺氧微环境的空间异质性特征 | 研究基于小鼠移植瘤模型,临床相关性需进一步验证 | 探究胰腺癌缺氧微环境的空间转录组特征及其临床意义 | 人胰腺导管腺癌(PDAC)在小鼠缺血后肢中的移植瘤 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠移植瘤模型(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1772 | 2025-10-05 |
S100A12 correlates with inflammatory and pain symptoms in patients with Chronic Prostatitis/Chronic Pelvic Pain Syndrome
2025-Sep-04, The journal of pain
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jpain.2025.105536
PMID:40914239
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研究论文 | 本研究探讨了S100A12作为慢性前列腺炎/慢性盆腔疼痛综合征炎症和疼痛相关生物标志物的潜力 | 首次发现S100A12在CP/CPPS患者精浆和血清中显著升高,并与炎症标志物和疼痛评分相关,揭示了其作为诊断生物标志物的优越性能 | 回顾性病例对照研究设计,样本量相对有限(90例患者),需要更大规模的前瞻性研究验证 | 研究S100A12在慢性前列腺炎/慢性盆腔疼痛综合征中作为炎症和疼痛生物标志物的作用 | 90名慢性前列腺炎/慢性盆腔疼痛综合征患者和90名年龄匹配的健康对照 | 生物医学研究 | 慢性前列腺炎/慢性盆腔疼痛综合征 | 单细胞RNA测序,受试者工作特征分析,生物标志物检测 | NA | 临床样本数据(精浆、血清、尿液),基因表达数据 | 90名患者和90名健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1773 | 2025-10-05 |
Residual disease in NPM1-mutated acute myeloid leukemia
2025-Sep-03, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry
DOI:10.1016/j.cca.2025.120586
PMID:40912477
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综述 | 本文综述了NPM1突变急性髓系白血病中微小残留病的监测技术及其临床应用 | 系统评估了qPCR、NGS、ddPCR等传统技术与CRISPR-Cas9、单细胞测序、人工智能等新兴技术在MRD监测中的整合应用 | 人工智能工具在临床实践中的整合有限,受限于数据质量、算法偏见、基础设施和监管框架等问题 | 评估NPM1突变急性髓系白血病中微小残留病监测技术的发展现状与临床挑战 | NPM1突变急性髓系白血病患者 | 自然语言处理 | 急性髓系白血病 | 定量PCR、下一代测序、微滴数字PCR、CRISPR-Cas9、单细胞测序 | 人工智能、机器学习 | 分子生物学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1774 | 2025-10-05 |
Polymer-based chemo-immunotherapy: Combining immunogenic cell death induction and PD-L1 blockade enhances antitumor immunity in melanoma
2025-Sep-02, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2025.114193
PMID:40907793
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研究论文 | 本研究开发了一种基于聚合物的化学免疫疗法,通过联合诱导免疫原性细胞死亡和PD-L1阻断来增强黑色素瘤的抗肿瘤免疫 | 首次将可诱导免疫原性细胞死亡的HPMA共聚物-表柔比星偶联物与多价HPMA共聚物-PD-L1肽拮抗剂相结合,创建了更安全的免疫治疗策略 | 研究主要基于B16F10黑色素瘤模型,尚未在更多肿瘤类型中验证 | 开发更安全有效的黑色素瘤免疫治疗方法 | 黑色素瘤小鼠模型和免疫细胞 | 免疫治疗 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,免疫细胞耗竭实验 | NA | 基因表达数据,免疫表型数据 | 黑色素瘤小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1775 | 2025-10-05 |
Interferon Epsilon Loss Is Elusive 9p21 Link to Immune-Cold Tumors, Resistant to Immune Checkpoint Therapy, and Endogenous CXCL9/10 Induction
2025-Sep, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2024.12.020
PMID:39725169
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研究论文 | 本研究揭示了干扰素ε(IFNϵ)缺失是9p21染色体区域与免疫冷肿瘤、免疫检查点治疗抵抗及内源性CXCL9/10诱导缺陷的关键分子联系 | 首次确定IFNϵ是9p21区域介导免疫逃避的主要干扰素信号,阐明了9p缺失通过IFNϵ-CXCL9/10轴导致免疫冷肿瘤的机制 | 研究结果在34种肿瘤类型中表现出显著的组织特异性(Z≤1.95 in 4/34),部分肿瘤类型中IFNE丢失与肿瘤免疫微环境模式关联较弱 | 探究9p染色体缺失导致免疫检查点治疗抵抗的分子机制 | 人类肿瘤样本、细胞系及小鼠模型,涵盖头颈鳞癌、非鳞状非小细胞肺癌、黑色素瘤、尿路上皮癌和间皮瘤 | 肿瘤免疫学 | 多种癌症 | 空间单细胞RNA测序(scRNA-seq)、拷贝数分析、中介分析 | 小鼠基因工程模型(ΔS vs ΔL) | 基因组数据、转录组数据、单细胞数据 | 13份报告中的36个免疫检查点治疗队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1776 | 2025-10-05 |
Resolving the spatial and cellular architecture of intra-tumor heterogeneity by multi-region dissection of lung adenocarcinoma
2025-Sep, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2025.02.006
PMID:39993622
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研究论文 | 通过多区域肺腺癌活检样本的空间转录组学和单细胞RNA测序分析,揭示肿瘤内异质性的空间和细胞结构 | 首次系统描绘肺腺癌不同区域(核心、边缘、正常区域)中癌细胞亚群的空间分布特征及其与免疫细胞的共定位关系 | 研究样本数量有限,仅基于活检样本分析,未进行功能验证实验 | 解析肺腺癌肿瘤内异质性的空间结构和细胞组成 | 肺腺癌患者的多区域活检样本(肿瘤核心、肿瘤边缘、正常区域) | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 多区域肺腺癌活检样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1777 | 2025-10-05 |
Dissecting key contributions of TH2 and TH17 cytokines to atopic dermatitis pathophysiology
2025-Sep, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.007
PMID:40409379
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研究论文 | 本研究通过细胞模型揭示TH2和IL-22细胞因子在特应性皮炎病理机制中的关键作用 | 首次系统比较TH2、TH17和TH22细胞因子对表皮表型的特异性影响,并发现TH2+IL-22组合最能模拟AD病理特征 | 研究基于体外细胞模型,可能与体内真实环境存在差异 | 解析特应性皮炎相关细胞因子如何驱动特异性表皮疾病标志 | 原代和永生化角质形成细胞来源的人表皮等效物 | 皮肤生物学 | 特应性皮炎 | 单细胞空间转录组学,转录组分析 | 细胞刺激模型 | 转录组数据,形态学数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
1778 | 2025-10-05 |
Single-Cell and Spatial Transcriptomic Profiling of Penile Squamous Cell Carcinoma Reveals Dynamics of Tumor Differentiation and Immune Microenvironment
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500216
PMID:40470730
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组技术揭示阴茎鳞状细胞癌的肿瘤分化动态和免疫微环境特征 | 首次结合单核RNA测序和高分辨率空间转录组学解析PSCC的发育轨迹和肿瘤微环境,发现独立于HPV感染状态的肿瘤分化模式及具有干细胞特征的Tum_1亚型 | 研究样本量有限,主要聚焦于PSCC,部分结论需要其他鳞状细胞癌类型的进一步验证 | 探究阴茎鳞状细胞癌的发育轨迹和肿瘤微环境特征 | 阴茎鳞状细胞癌组织样本 | 数字病理学 | 阴茎癌 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
1779 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Delineates Renal Anti-Fibrotic Mechanisms Mediated by TRPC6 Inhibition
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202501175
PMID:40525246
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示TRPC6抑制介导的肾脏抗纤维化机制 | 首次通过单细胞RNA测序定义了TRPC6抑制剂SH045处理的肾脏保护性细胞组成和细胞类型特异性转录程序,并发现新型内皮细胞亚群ECRIN | 研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本,临床转化需要进一步验证 | 探究TRPC6抑制在慢性肾脏病中的抗纤维化机制 | 小鼠单侧输尿管梗阻模型、慢性缺血再灌注损伤模型及慢性肾脏病患者肾脏样本 | 单细胞组学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, Western blot | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质数据 | 小鼠疾病模型和慢性肾脏病患者肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1780 | 2025-10-05 |
NDRG1-Driven Lactate Accumulation Promotes Lung Adenocarcinoma Progression Through the Induction of an Immunosuppressive Microenvironment
2025-Sep, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202501238
PMID:40539245
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研究论文 | 本研究揭示了NDRG1通过稳定LDHA促进乳酸积累,诱导免疫抑制微环境从而推动肺腺癌进展的机制 | 首次发现NDRG1通过抑制LDHA泛素化稳定其表达,促进乳酸积累和组蛋白H3K18乳酸化,驱动免疫抑制微环境形成 | 样本量相对有限,需要更多临床验证 | 探究NDRG1在肺腺癌免疫抑制微环境形成中的作用机制 | 肺腺癌患者样本和临床数据 | 癌症生物学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析, 临床数据分析 | NA | 基因表达数据, 临床数据, 测序数据 | 30个LUAD样本(单细胞RNA测序),29,863例患者和55,586例对照(GWAS),220例LUAD患者(临床数据) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |