单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27707 篇文献，本页显示第 17761 - 17780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 17761 | 2024-08-07 |
Induction of IL-32 in the immune response of keratinocytes to Mycobacterium marinum infection
2023-09, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.14848
PMID:37309674
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析了角质形成细胞在感染海分枝杆菌后的免疫反应，发现IL-32的诱导可能是角质形成细胞防御海分枝杆菌感染的一种机制 | 首次揭示了角质形成细胞在海分枝杆菌感染后IL-32的诱导机制 | 仅限于体外和皮肤活检样本的研究，需要进一步的体内研究验证 | 探讨角质形成细胞在海分枝杆菌感染后的免疫防御机制 | 角质形成细胞和海分枝杆菌感染 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bRNA-seq），定量PCR和Western blot | NA | RNA | 来自海分枝杆菌感染患者的皮肤活检样本和体外培养的感染海分枝杆菌的角质形成细胞 |
| 17762 | 2024-08-07 |
Intravital imaging of three different microvascular beds in SARS-CoV-2-infected mice
2023-08-08, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2022009430
PMID:37307197
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研究论文 | 本研究使用活体显微镜在三级生物安全级别下观察了表达人血管紧张素转换酶2（ACE-2）的小鼠体内SARS-CoV-2感染的三种不同微血管床的病理过程 | 首次通过活体显微镜直接观察到SARS-CoV-2感染小鼠肺部和脑部微循环的显著扰动，以及由此导致的局部炎症和血栓形成 | 研究仅限于小鼠模型，且使用了特定的ACE-2表达小鼠，可能限制了研究结果的普遍性 | 探究SARS-CoV-2感染对小鼠不同器官微血管床的影响 | SARS-CoV-2感染的小鼠及其不同器官的微血管床 | NA | NA | 活体显微镜 | NA | 图像 | 表达人ACE-2的小鼠（CAG-AC-70和K18-promoter） |
| 17763 | 2024-08-05 |
A posterior probability based Bayesian method for single-cell RNA-seq data imputation
2023-08, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2023.06.004
PMID:37315825
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研究论文 | 本文提出了一种BayesImpute方法，用于推断和填补单细胞RNA-seq数据中的缺失事件 | BayesImpute利用基因的表达率和变异系数来确定缺失事件，并通过后验分布推断缺失值，具有较快的速度和最小的内存使用 | 未提及具体的局限性 | 研究单细胞RNA-seq数据的缺失值插补问题 | 针对单细胞RNA-seq数据中的掉落事件进行推断和填补 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 数据 | 模拟和真实实验示例 |
| 17764 | 2024-08-05 |
Overexpression of sirtuin 1 attenuates calcium oxalate-induced kidney injury by promoting macrophage polarization
2023-Aug, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.110398
PMID:37301123
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研究论文 | 这项研究探讨了SIRT1在钙草酸盐导致肾损伤中的作用与机制 | 本研究首次揭示了SIRT1通过抑制NOTCH信号通路促进巨噬细胞极化，从而减少钙草酸盐结晶沉积和肾损伤的机制 | 本研究未探讨SIRT1在不同类型的肾脏疾病中的普遍性 | 研究SIRT1对钙草酸盐引起的肾小管上皮细胞损伤的影响 | 研究对象为钙草酸盐处理的巨噬细胞及其在小鼠肾脏中的作用 | NA | 肾结石 | 单细胞测序, RT-qPCR, 免疫染色, Western blot | NA | NA | 小鼠模型中进行的实验 |
| 17765 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics combined with single-cell RNA-sequencing unravels the complex inflammatory cell network in atopic dermatitis
2023-08, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.15781
PMID:37312623
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研究论文 | 这项研究揭示了特应性皮炎中复杂的炎性细胞网络 | 首次深入探讨了特应性皮炎皮损区域中细胞间的相互作用和不同细胞群体的独特特征 | 研究样本数量相对较小，且仅限于特定区域的皮肤组织 | 了解特应性皮炎皮肤中的细胞和分子相互作用 | 来自健康对照和特应性皮炎患者的皮肤组织样本 | 数字病理学 | 特应性皮炎 | 空间转录组测序和单细胞RNA测序 | NA | 皮肤组织样本、血清样本 | 6名健康对照，7名特应性皮炎患者（病变和非病变） |
| 17766 | 2024-08-05 |
Platelet-derived factors dysregulate placental sphingosine-1-phosphate receptor 2 in human trophoblasts
2023-08, Reproductive biomedicine online
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.rbmo.2023.04.006
PMID:37301709
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研究论文 | 本文研究了人类滋养层细胞中血小板来源因子对胎盘鞘氨醇-1-磷酸受体2的调控作用 | 本研究首次揭示了胎盘S1PR亚型在妊娠过程中表达的差异性以及血小板来源因子对S1PR2表达的负面影响 | 研究中样本量相对较小，可能影响结果的推广性 | 探讨血小板来源因子对胎盘中S1PR表达的影响及其变化模式 | 研究对象为不同妊娠阶段的人类胎盘样本及其中的滋养层细胞 | 数字病理学 | NA | 定量聚合酶链反应、单细胞RNA测序、免疫染色 | NA | 生物样本 | 第一三个月（n=10）、早产（n=9）和足月（n=10），共29份胎盘样本 |
| 17767 | 2024-08-07 |
Enhancing the sensitivity of bacterial single-cell RNA sequencing using RamDA-seq and Cas9-based rRNA depletion
2023-Aug, Journal of bioscience and bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.jbiosc.2023.05.010
PMID:37311684
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研究论文 | 本文介绍了一种结合随机位移扩增测序（RamDA-seq）和基于Cas9的rRNA耗竭方法，用于提高细菌单细胞RNA测序的敏感性 | 该方法允许从低丰度的细菌RNA中进行cDNA扩增和随后的测序文库制备，相比传统方法，在较少的测序努力下能够检测到更多的基因 | NA | 旨在解决通过群体水平基因表达分析揭示稀有亚群和基因表达异质性的挑战 | 细菌单细胞RNA测序方法 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 从单个大肠杆菌细胞中检测到超过1000个基因 |
| 17768 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Peripheral Neutrophils From Patients With Idiopathic Pulmonary Arterial Hypertension
2023-08, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了特发性肺动脉高压患者外周中性粒细胞的细胞表型和候选基因 | 首次提供了特发性肺动脉高压患者中性粒细胞的参考图谱，并验证了差异上调基因在疾病中的作用 | NA | 旨在提供中性粒细胞的参考图谱，以促进对细胞表型的更好理解并发现候选基因 | 特发性肺动脉高压患者的外周中性粒细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 特发性肺动脉高压患者和匹配对照组的外周中性粒细胞 |
| 17769 | 2024-08-07 |
Deep enhanced constraint clustering based on contrastive learning for scRNA-seq data
2023-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad222
PMID:37313714
|
研究论文 | 提出了一种基于对比学习和成对约束的深度增强约束聚类算法scDECL，用于单细胞RNA测序数据分析 | 引入插值对比学习和增强成对约束，以提高数据多样性和模型鲁棒性，并利用先验信息指导聚类 | NA | 旨在解决现有方法在处理噪声大、高维且稀疏的单细胞RNA测序数据时，难以捕捉细胞内在模式和结构的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 对比学习 | 深度学习模型 | 基因表达数据 | 六个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 17770 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics reveals a cnidarian segment polarity program in Nematostella vectensis
2023-07-10, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2023.05.044
PMID:37315559
|
研究论文 | 该论文揭示了海葵Nematostella vectensis中分段极性的分子基础 | 首次通过空间转录组学展示了非双侧动物中分段极性的分子机制 | 研究主要集中于Nematostella vectensis，结果可能不适用于其他物种 | 探讨海葵中如何及何时出现分段极性途径 | Nematostella vectensis的发育幼虫阶段 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 17771 | 2024-08-05 |
Construction of a prognostic model for triple-negative breast cancer based on immune-related genes, and associations between the tumor immune microenvironment and immunological therapy
2023-07, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.6176
PMID:37306188
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研究论文 | 基于免疫相关基因构建了三阴性乳腺癌的预后模型，并探讨了肿瘤免疫微环境与免疫治疗的关系 | 首次识别出五个与三阴性乳腺癌预后相关的免疫相关基因，并构建了相应的预后评估模型 | 尚未充分阐明肿瘤免疫微环境对三阴性乳腺癌患者预后和免疫治疗反应的全部影响 | 研究三阴性乳腺癌的预后因素与免疫微环境的关系 | 三阴性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序，组织微阵列分析 | 预后评估模型 | 基因表达数据 | 使用了数据集和多种分析方法，具体样本量未提供 |
| 17772 | 2024-08-07 |
Purification and functional characterization of novel human skeletal stem cell lineages
2023-07, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-023-00836-5
PMID:37316563
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研究论文 | 本文描述了一种先进的流式细胞术方法，利用八个细胞表面标记物来定义人骨骼干细胞（hSSCs）及其下游前体细胞，并提供了详细的分离和功能测试方法。 | 本文通过识别和定义真正的hSSCs及其下游前体细胞，提高了细胞纯度和功能测试的准确性。 | 目前的技术依赖于流式细胞术和特定的细胞表面标记物，可能需要特定的设备和技术支持。 | 开发新的临床策略，以有效对抗先天性和年龄相关的肌肉骨骼疾病。 | 人骨骼干细胞（hSSCs）及其前体细胞。 | 细胞生物学 | 肌肉骨骼疾病 | 流式细胞术（FACS），单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多种组织来源的hSSCs样本 |
| 17773 | 2024-08-05 |
Transcriptomic landscape of early hair follicle and epidermal development
2023-06-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112643
PMID:37318953
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研究论文 | 本文研究了早期毛囊和表皮发育的转录组特征 | 发现了新的细胞群体和标记基因，并提出了上层祖细胞的身份 | 尚未明确细胞类型和分化程序如何在发育过程中建立 | 探索外胚层器官发育过程中的细胞类型和分化程序 | 发育中的毛囊和表皮细胞群体 | 数字病理学 | NA | 大规模和单细胞转录组学与伪时间建模 | NA | NA | NA |
| 17774 | 2024-08-05 |
Multimodal Image Fusion Offers Better Spatial Resolution for Mass Spectrometry Imaging
2023-06-27, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.3c02002
PMID:37296503
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研究论文 | 本文提出了一种深度学习模型，通过融合多模态图像提高质谱成像的空间分辨率。 | 引入了一种新颖的模型架构，结合多模态图像配准与融合，实现多任务优化。 | 仍然是一个具有挑战性的病态问题，可能在某些情况下限制应用效果 | 旨在提高质谱成像数据的空间分辨率 | 多模态图像，通过深度学习模型DeepFERE进行融合 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 深度学习模型DeepFERE | 图像 | NA |
| 17775 | 2024-08-07 |
Distinct immune microenvironment of lung adenocarcinoma in never-smokers from smokers
2023-06-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101078
PMID:37301197
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了从不吸烟者和吸烟者的肺腺癌患者的肿瘤微环境差异 | 发现吸烟引起的肺泡细胞功能障碍对吸烟者肺腺癌的侵袭性影响更大，而免疫抑制微环境对从不吸烟者肺腺癌的侵袭性影响更大 | NA | 揭示从不吸烟者和吸烟者肺腺癌的肿瘤发生差异，并探索潜在的免疫治疗策略 | 从不吸烟者和吸烟者的肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 22名未经治疗的肺腺癌患者，共165,753个细胞 |
| 17776 | 2024-08-07 |
CRISPR/Cas9-based depletion of 16S ribosomal RNA improves library complexity of single-cell RNA-sequencing
2023-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.25.542286
PMID:37292639
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研究论文 | 本文研究了使用CRISPR/Cas9系统去除16S核糖体RNA对单细胞RNA测序文库复杂性的影响 | 提出了一种物理去除16S核糖体RNA的方法，该方法能有效提高单细胞RNA测序文库的复杂性，并优于传统的计算机去除方法 | NA | 研究物理去除16S核糖体RNA对单细胞RNA测序文库复杂性的影响 | 16S核糖体RNA在单细胞RNA测序中的影响 | 基因组学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个扁形虫样本 |
| 17777 | 2024-08-05 |
Increased PDGFRB and NF-κB signaling caused by highly prevalent somatic mutations in intracranial aneurysms
2023-06-14, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abq7721
PMID:37315111
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研究论文 | 本研究揭示了在动脉瘤（IA）中与NF-κB信号通路相关基因中存在高频突变 | 发现了与NF-κB信号通路相关的多种基因突变在动脉瘤中具有高频率出现，这为药物干预的研究开辟了新途径 | 研究样本规模有限，仅分析了65个IA样本 | 研究脑动脉瘤的致病机制，尤其是体细胞突变的影响 | 主要研究脑动脉瘤组织和配对血样中的体细胞突变 | 数字病理学 | NA | 全外显子组测序和靶向深度测序 | 小鼠动脉扩张模型 | 组织样本 | 65个IA组织样本（54个囊性动脉瘤和11个紡锤形动脉瘤）和配对血样 |
| 17778 | 2024-08-07 |
Machine learning and single cell RNA sequencing analysis identifies regeneration-related hepatocytes and highlights a Birc5-related model for identifying cell proliferative ability
2023-06-14, Aging
DOI:10.18632/aging.204775
PMID:37315292
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研究论文 | 本研究通过机器学习和单细胞RNA测序分析，识别出与肝脏再生相关的肝细胞群体，并强调了Birc5相关模型在识别细胞增殖能力中的作用 | 本研究首次通过机器学习算法识别出与肝脏再生密切相关的17个基因标记，这些基因标记与细胞周期途径高度相关 | NA | 深入研究部分肝切除术后肝脏再生的潜在机制 | 正常和部分肝切除术后48小时的鼠肝样本 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 正常和部分肝切除术后48小时的鼠肝样本 |
| 17779 | 2024-08-05 |
Reference-based cell type matching of in situ image-based spatial transcriptomics data on primary visual cortex of mouse brain
2023-06-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-36638-8
PMID:37311768
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研究论文 | 本研究系统评估了六种细胞类型匹配的计算算法，应用于小鼠初级视觉皮层的图像基础空间转录组实验。 | 该文章创新性地结合了个体匹配策略的结果，以共识细胞类型分配的方式提高匹配精度，并提出两种集成元分析策略。 | 在空间数据和scRNA-seq数据之间由于分辨率的固有差异，细胞类型匹配可能存在挑战。 | 研究空间转录组数据与参考scRNA-seq图谱的细胞类型匹配方法。 | 研究对象为小鼠初级视觉皮层的空间转录组细胞。 | 数字病理学 | NA | 多重荧光原位杂交（FISH）、原位RNA测序 | NA | 图像 | 涉及的小鼠初级视觉皮层样本数量为NA |
| 17780 | 2024-08-07 |
Publisher Correction: Methanol fixation is the method of choice for droplet-based single-cell transcriptomics of neural cells
2023-Jun-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05022-7
PMID:37311954
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |