单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 17661 - 17680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 17661 | 2024-08-05 |
Identification of the E2F1-RAD51AP1 axis as a key factor in MGMT-methylated GBM TMZ resistance
2023-06-05, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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研究论文 | 本研究揭示了E2F1-RAD51AP1轴在MGMT甲基化的胶质母细胞瘤TMZ耐药性中的关键作用 | 本研究首次识别了E2F1作为EGFRvIII阳性胶质瘤细胞中的关键转录因子，并确定了RAD51AP1在TMZ耐药机制中的作用 | 在MGMT高表达的GBM细胞中，RAD51AP1对TMZ敏感性没有显著影响，可能限制了其在不同类型GBM中的应用 | 阐明导致EGFRvIII和TMZ耐药性的关键机制 | 研究对象为EGFRvIII阳性胶质瘤细胞及其对TMZ的反应 | 肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | CRISPR-Cas13a单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了EGFRvIII阳性胶质瘤细胞的多个样本进行实验 |
| 17662 | 2024-08-05 |
Cell-attribute aware community detection improves differential abundance testing from single-cell RNA-Seq data
2023-06-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39017-z
PMID:37277399
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研究论文 | 本文提出了一种新的差异丰度测试范式ELVAR，旨在改善单细胞RNA测序数据的分析。 | ELVAR以细胞属性为基础进行聚类，能够在单细胞流形中推断出差异富集的细胞群体，克服了单细胞数据中的噪声问题。 | 未提及具体的局限性 | 研究细胞类型在生物老化和疾病风险中的差异丰度模式。 | 模拟和真实的单细胞及单核RNA测序数据集。 | 数字病理学 | 老年疾病，癌症前状态，Covid-19 | 单细胞RNA测序 | 聚类算法 | RNA-seq数据 | 多个模拟和真实数据集 |
| 17663 | 2024-08-07 |
A single-cell transcriptome atlas of pig skin characterizes anatomical positional heterogeneity
2023-06-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.86504
PMID:37276016
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了来自陈华猪和大白猪六个不同解剖区域的猪皮肤组织，揭示了皮肤细胞类型及其亚型的异质性 | 首次详细描述了猪皮肤不同解剖区域细胞类型的异质性，并识别了特定位置基因的表达模式 | NA | 探究猪皮肤不同解剖区域的细胞异质性及其基因表达模式 | 猪皮肤组织中的七种细胞类型及其亚型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 233,715个细胞 |
| 17664 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals sexual diversity in the human bladder and its prospective impacts on bladder cancer and urinary tract infection
2023-06-05, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-023-01535-6
PMID:37277784
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了人类膀胱中的性别多样性及其对膀胱癌和尿路感染的潜在影响 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了正常人类膀胱细胞中基于性别的基因表达差异，并探讨了这些差异对膀胱癌和尿路感染的影响 | 研究主要基于已发表的数据，未来需要更多的实验验证和临床数据支持 | 旨在理解正常膀胱细胞中基于性别的基因表达差异及其对膀胱相关疾病的影响 | 人类膀胱细胞中的性别多样性及其对膀胱癌和尿路感染的影响 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 27,437个细胞 |
| 17665 | 2024-08-07 |
Group-specific cellular metabolism in Medulloblastoma
2023-06-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04211-6
PMID:37277823
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研究论文 | 本研究探讨了髓母细胞瘤（MB）中不同分子亚群的细胞代谢特征及其对患者预后的影响 | 首次对MB中的代谢异质性进行了详细分析，并揭示了代谢基因表达与患者生存之间的关联 | 研究主要基于现有数据集，未来需要更多实验验证 | 深入理解MB中的代谢表型及其对患者预后的影响 | 髓母细胞瘤患者的细胞代谢特征 | NA | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 共分析了1288名患者的样本，其中902名患者的bulk RNA数据，491名患者的DNA数据，以及34名患者的单细胞RNA测序数据 |
| 17666 | 2024-08-05 |
Intrinsic TGF-β signaling attenuates proximal tubule mitochondrial injury and inflammation in chronic kidney disease
2023-06-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39050-y
PMID:37270534
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研究论文 | 本研究描述了TGF-β信号传导在慢性肾病中对近端小管线粒体稳态和炎症的作用 | 揭示了TGF-β信号对近端小管线粒体损伤和免疫反应的影响，提供了新的治疗靶点以减缓慢性肾病的进展 | 未提及具体的人类临床研究数据，数据主要来源于小鼠模型 | 研究TGF-β信号在慢性肾病中如何影响近端小管的线粒体功能 | 近端小管细胞及其在慢性肾病中的功能 | 数字病理学 | 慢性肾病 | 空间转录组学和批量RNA测序 | 小鼠模型 | 转录组数据 | 小鼠模型中的样本数量未具体说明 |
| 17667 | 2024-08-05 |
Construction and validation of an oxidative-stress-related risk model for predicting the prognosis of osteosarcoma
2023-06-02, Aging
DOI:10.18632/aging.204764
PMID:37285835
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研究论文 | 本研究构建并验证了一个与氧化应激相关的骨肉瘤预后风险模型 | 首次识别了八个与氧化应激相关的基因，并建立了相应的预后模型 | 可能只限于特定的数据库，外部验证样本量相对较小 | 开发一个用于骨肉瘤预后的风险模型 | 86名骨肉瘤患者的基因表达和临床数据 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 86名骨肉瘤患者 |
| 17668 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq revealed the heterogeneity and convergence of the immune microenvironment in renal cell carcinoma
2023-Jun-02, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01113-0
PMID:37264263
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序和大缩 RNA 测序数据揭示了肾细胞癌免疫微环境的异质性和收敛性 | 该研究识别了肾细胞癌中11种不同细胞类型，并确定了RNASET2和GATM作为潜在预后生物标志物 | 研究样本数量较少，可能限制了结果的普遍性 | 探讨肾细胞癌的肿瘤微环境及其对患者预后的影响 | 六个肾细胞癌肿瘤样本的单细胞和大缩RNA序列数据 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 (sc-RNAseq) | NA | RNA序列数据 | 六个肾细胞癌肿瘤样本 |
| 17669 | 2024-08-05 |
Sample size calculation for a NanoString GeoMx spatial transcriptomics experiment to study predictors of fibrosis progression in non-alcoholic fatty liver disease
2023-06-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-36187-0
PMID:37268815
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研究论文 | 本研究介绍了一种用于非酒精性脂肪肝病中纤维化进展预测因素的样本量计算方法 | 提出了空间转录组学研究中的样本量计算步骤，尤其是在临床研究中的应用 | 关于翻译或临床研究的样本量计算在文献中描述不足 | 计算在非酒精性脂肪肝病中识别纤维化进展预测因素所需的样本量 | 关注非酒精性脂肪肝病患者的纤维化进展 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝病 | NanoString GeoMx 全转录组测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 17670 | 2024-08-07 |
Granzyme B + CD8 + T cells with terminal differentiated effector signature determine multiple sclerosis progression
2023-Jun-02, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02810-0
PMID:37268957
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研究论文 | 本研究探讨了外周CD8+ T细胞在从复发缓解型多发性硬化症（RRMS）向继发进展型多发性硬化症（SPMS）转变过程中的作用，并揭示了潜在的诊断标志物。 | 本研究首次揭示了GzmB+ CD8+ TEMRA细胞在多发性硬化症进展中的作用，并证实其可作为区分SPMS与RRMS的诊断标志物。 | NA | 研究外周CD8+ T细胞在多发性硬化症进展中的作用及潜在的诊断标志物。 | 复发缓解型多发性硬化症（RRMS）和继发进展型多发性硬化症（SPMS）患者的外周CD8+ T细胞。 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、T细胞受体测序 | 广义线性回归模型、接收者操作特征（ROC）曲线 | 细胞 | NA |
| 17671 | 2024-08-05 |
Optimization-based decoding of Imaging Spatial Transcriptomics data
2023-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad362
PMID:37267161
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研究论文 | 本文介绍了一种新的算法，用于解码较低放大倍数的成像空间转录组数据 | 提出了一种结合编码知识和稀疏假设的联合稀疏方法，优化了成像空间转录组数据的解码过程 | 本研究依赖于特定的实验设置和较低的放大倍数，可能不适用于所有类型的成像条件 | 提高成像空间转录组技术的数据处理效率和回收性能 | 采用小鼠脑组织进行的多重错误鲁棒荧光原位杂交实验数据 | 数字病理学 | NA | 多重错误鲁棒荧光原位杂交 | 联合稀疏方法 | 成像数据 | 小鼠脑组织样本 |
| 17672 | 2024-08-05 |
An Exploration of Osteosarcoma Metastasis Diagnostic Markers Based on Tumor-Associated Neutrophils
2023-06, Discovery medicine
IF:2.0Q3
DOI:10.24976/Discov.Med.202335176.31
PMID:37272097
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研究论文 | 本研究旨在识别可能预测骨肉瘤转移的标记物，基于肿瘤相关中性粒细胞的分析 | 首次揭示PPP2R5C作为骨肉瘤转移和复发的潜在标记物，并通过PI3K/AKT通路影响肿瘤转移 | 未提供足够的临床样本以验证市场的适用性和有效性 | 识别能够预测骨肉瘤转移的潜在标记物 | 分析骨肉瘤患者的肿瘤相关中性粒细胞 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞测序，实时定量PCR（RT-qPCR），西方印迹法 | NA | 基因表达数据 | 七个原发骨肉瘤病变、两个复发骨肉瘤病变和两个肺转移骨肉瘤病变 |
| 17673 | 2024-08-05 |
Ultraviolet radiation shapes dendritic cell leukaemia transformation in the skin
2023-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06156-8
PMID:37286599
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研究论文 | 本研究探讨了紫外线辐射如何影响皮肤中的树突状细胞白血病转化 | 揭示了BPDCN的发生与紫外线诱导的克隆扩展突变之间的关系 | 研究的具体机制和影响因素需要进一步探讨 | 研究紫外线辐射如何影响树突状细胞白血病的发病机制 | 探讨来自骨髓的克隆前恶性造血前体 | 肿瘤病理学 | 急性白血病 | 肿瘤谱系基因组学、单细胞转录组学和基因分型 | NA | 细胞 | NA |
| 17674 | 2024-08-05 |
Cellenium-a scalable and interactive visual analytics app for exploring multimodal single-cell data
2023-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad349
PMID:37261846
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研究论文 | Cellenium是一款可扩展的可视分析Web应用程序，用于探索多模态单细胞数据 | 该应用程序允许用户语义整合和组织所有单细胞RNA、ATAC和CITE测序研究 | NA | 提供交互式分析单细胞测序数据的解决方案 | 单细胞RNA、ATAC和CITE测序研究 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞数据 | NA |
| 17675 | 2024-08-05 |
Transcriptome Profiling of Hippocampus After Cerebral Hypoperfusion in Mice
2023-Jun, Journal of molecular neuroscience : MN
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12031-023-02123-0
PMID:37266840
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研究论文 | 本研究分析了小鼠大脑缺血后海马的转录组特征 | 提供了BCAS诱导的脑缺血对海马神经元损失及小胶质细胞活化机制的新见解 | 研究主要集中在小鼠模型，结果的临床转化可能受到限制 | 旨在理解慢性脑缺血对海马的病理机制 | 小鼠，采用BCAS手术诱导脑缺血模型 | 数字病理学 | 脑血管性认知障碍 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及sham和BCAS操作的小鼠样本 |
| 17676 | 2024-08-05 |
NoVaTeST: identifying genes with location-dependent noise variance in spatial transcriptomics data
2023-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad372
PMID:37285319
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研究论文 | 本研究提出了NoVaTeST框架，用于在空间转录组学数据中识别具有位置依赖噪声方差的基因 | NoVaTeST考虑了基因表达与空间位置的关系，并允许噪声在空间上变化，这是现有工具所忽略的 | 研究可能没有考虑其他潜在的生物信号变化 | 识别在空间转录组学数据中具有位置依赖噪声方差的基因 | 肿瘤样本中的基因 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 肿瘤样本 |
| 17677 | 2024-08-07 |
A dynamical systems treatment of transcriptomic trajectories in hematopoiesis
2023-06-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.201280
PMID:37260149
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研究论文 | 本文提出了一种数学方法，从动力系统角度严格评估单细胞RNA测序（scRNA-seq）轨迹是否显示与分叉一致的统计特征，并以中性粒细胞分支的造血分化为例进行了研究。 | 本文利用线性不稳定性的几何特征，识别了基因表达空间中低维相平面，揭示了中性粒细胞分化中的关键新基因。 | NA | 旨在从动力系统角度提供对细胞分化高维过程的机制性见解，并朝向构建转录组动力学的数学模型的系统化迈进。 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 动力系统模型 | 基因表达数据 | 大量分化细胞的群体 |
| 17678 | 2024-08-07 |
Epigenomic landscape exhibits interferon signaling suppression in the patient of myocarditis after BNT162b2 vaccination
2023-06-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-36070-y
PMID:37264110
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研究论文 | 本研究首次追踪了接种BNT162b2疫苗后发生心肌炎患者的周围血单核细胞（PBMCs）染色质动态变化 | 首次研究了接种BNT162b2疫苗后心肌炎患者的PBMCs染色质可及性变化，并发现干扰素信号下调和RUNX2/3活性上调 | NA | 探讨BNT162b2疫苗接种后心肌炎的免疫反应机制 | 接种BNT162b2疫苗后发生心肌炎的患者的周围血单核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 17679 | 2024-08-07 |
The glycine receptor alpha 3 subunit mRNA expression shows sex-dependent differences in the adult mouse brain
2023-06-01, BMC neuroscience
IF:2.4Q3
DOI:10.1186/s12868-023-00800-9
PMID:37264306
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研究论文 | 研究探讨了成年小鼠大脑中甘氨酸受体α3亚基mRNA表达的性别依赖性差异 | 首次揭示了甘氨酸受体α3亚基在小鼠中枢神经系统中的广泛但低水平的表达，并发现了明显的性别依赖性差异 | NA | 研究甘氨酸受体α3亚基在小鼠神经系统及其他外周器官中的mRNA表达 | 小鼠中枢神经系统中的甘氨酸受体α3亚基mRNA表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量实时PCR(qRT-PCR)、RNAscope | NA | mRNA | 雌性和雄性小鼠的多个脑区和外周器官 |
| 17680 | 2024-08-07 |
An N6-methyladenosine regulation- and mRNAsi-related prognostic index reveals the distinct immune microenvironment and immunotherapy responses in lower-grade glioma
2023-Jun-01, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05328-7
PMID:37264314
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研究论文 | 本文通过整合N6-甲基腺苷（m6A）修饰和干细胞标志物mRNAsi，构建了一个与m6A调控和mRNAsi相关的预后指数（MRMRPI），用于分类低级别胶质瘤患者并预测其预后 | 本文首次将m6A甲基化调控与肿瘤干细胞标志物mRNAsi结合，构建预后指数，揭示了低级别胶质瘤中免疫微环境的差异及免疫治疗反应 | NA | 研究m6A甲基化调控与肿瘤干细胞标志物在低级别胶质瘤发展中的相互作用，并为更精确的免疫治疗策略提供指导 | 低级别胶质瘤（LGG）患者 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 共识聚类、加权基因共表达网络分析、最小绝对收缩和选择算子Cox回归分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及10个基因（DGCR10, CYP2E1, CSMD3, HOXB3, CABP4, AVIL, PTCRA, TIMP1, CLEC18A, SAMD9） |