单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 39285 篇文献,本页显示第 17641 - 17660 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
17641 2025-10-07
E3 ubiquitin ligase TRIM38 regulates macrophage polarization to reduce hepatic inflammation by interacting with HSPA5
2025-Apr-28, International immunopharmacology IF:4.8Q1
研究论文 本研究探讨了E3泛素连接酶TRIM38通过调控巨噬细胞极化减轻肝脏炎症的分子机制 首次揭示TRIM38通过与HSPA5相互作用并介导其K63依赖性泛素化来稳定HSPA5,从而促进M2巨噬细胞极化 TRIM38在肝脏其他细胞类型中的作用及其在MASLD不同阶段的具体调控机制仍需进一步研究 探究巨噬细胞TRIM38在代谢性肝病中的作用,寻找控制炎症的关键靶点 巨噬细胞极化、肝脏炎症、代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD) 分子生物学 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 单细胞RNA测序、分子相互作用分析、泛素化检测 NA 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 MASLD患者的肝脏巨噬细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
17642 2025-10-07
InSituCor: exploring spatially correlated genes conditional on the cell type landscape
2025-Apr-24, Genome biology IF:10.1Q1
研究论文 开发了InSituCor工具包,用于在考虑细胞类型分布的条件下探索空间转录组数据中的空间相关基因 能够发现无法用已知细胞类型分布解释的空间基因相关性,避免了传统方法中因细胞类型空间排列导致的伪相关 NA 开发空间转录组数据分析工具,识别真正有生物学意义的空间基因相关性 空间转录组数据中的基因表达模式 空间转录组学 NA 空间转录组学分析 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
17643 2025-10-07
Intratumoral microbiota predicts the response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer
2025-Apr-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1
研究论文 本研究探讨肿瘤内微生物群在预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗反应中的作用 首次发现肿瘤内微生物群多样性和负荷与治疗反应相关,并开发了基于微生物群的预测模型 样本量相对有限(89例),且仅针对三阴性乳腺癌患者 探索肿瘤内微生物群作为三阴性乳腺癌新辅助化疗免疫治疗反应预测标志物的价值 早期三阴性乳腺癌女性患者 生物信息学 乳腺癌 16S rDNA测序,单细胞转录组测序,机器学习 机器学习模型 微生物组数据,单细胞转录组数据,临床数据 89例早期三阴性乳腺癌患者 NA 16S rDNA测序,单细胞RNA测序 NA NA
17644 2025-10-07
Comprehensive immunogenomic landscape analysis unveils CD33 + myeloid cell-driven immunomodulatory signatures in melanoma development
2025-Apr-16, Pathology, research and practice
研究论文 通过整合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术,系统揭示了CD33+髓系细胞在黑色素瘤发展中的免疫调节作用 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序,系统阐明CD33+髓系细胞通过补体级联和趋化因子信号通路驱动黑色素瘤免疫微环境失调的机制 研究主要基于遗传关联分析和计算反卷积,需要进一步实验验证CD33+髓系细胞的具体功能机制 探索免疫细胞群体与癌症发展之间的因果关系,特别关注黑色素瘤中的免疫调节特征 612种免疫细胞特征和91种癌症类型的全基因组关联研究数据,黑色素瘤样本中的髓系细胞亚群 计算生物学 黑色素瘤 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 计算反卷积分析 NA 基因组关联数据, 单细胞RNA测序数据, 癌症基因组图谱数据 612种免疫细胞特征和91种癌症类型的GWAS数据,TCGA黑色素瘤队列 NA 单细胞RNA测序 NA NA
17645 2025-10-07
Cross-Species Multi-Omics Analysis Reveals Myeloid-Driven Endothelial Oxidative Stress in Ischemic Stroke
2025-Apr-16, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
研究论文 通过跨物种多组学分析揭示了缺血性卒中中髓系细胞驱动的内皮氧化应激机制 首次整合人类和小鼠模型的多种组学数据,系统揭示了髓系细胞与内皮细胞代谢重编程在血脑屏障破坏中的协同作用 研究主要基于动物模型和体外实验,需要进一步的人类临床验证 探究缺血性卒中中外周与中枢免疫反应的相互作用机制 人类和小鼠缺血性卒中模型,包括外周血和脑组织样本 生物信息学 缺血性卒中 RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术, scMetabolism分析 计算分析模型 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 人类和小鼠缺血性卒中模型样本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq NA NA
17646 2025-10-07
Multiomics Analysis Reveals Neuroblastoma Molecular Signature Predicting Risk Stratification and Tumor Microenvironment Differences
2025-Apr-04, Journal of proteome research IF:3.8Q1
研究论文 通过多组学分析构建神经母细胞瘤分子标志物模型,用于风险分层和肿瘤微环境差异评估 首次整合多组学数据识别关键枢纽基因,构建恶性亚群1相关特征(MSRS),并发现PLK1作为关键治疗靶点 未明确说明样本规模和验证队列的具体细节 开发神经母细胞瘤精准风险分类器和探索肿瘤微环境差异 神经母细胞瘤患者样本和肿瘤微环境 生物信息学 神经母细胞瘤 多组学分析, 单细胞转录组测序 分子特征模型 基因组数据, 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 多组学分析 NA NA
17647 2025-10-07
Spatially Resolved Tumor Ecosystems and Cell States in Gastric Adenocarcinoma Progression and Evolution
2025-Apr-02, Cancer discovery IF:29.7Q1
研究论文 通过整合胃癌的空间转录组和单细胞RNA测序数据,揭示肿瘤内空间异质性与不同免疫微环境的关联 发现两种独立的进化轨迹,并识别肿瘤-基质界面作为独特的肿瘤生态状态 NA 研究胃腺癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态 多个胃癌样本 空间转录组学 胃癌 空间转录组测序, 单细胞RNA测序 NA 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 NA NA 空间转录组学, 单细胞RNA-seq GeoMx Digital Spatial Profiler NA
17648 2025-10-07
Single-cell RNA sequencing identifies endothelial-derived HBEGF as promoting pancreatic beta cell proliferation in mice via the EGFR-Kmt5a-H4K20me pathway
2025-Apr, Diabetologia IF:8.4Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序发现内皮细胞来源的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me通路促进小鼠胰腺β细胞增殖 首次揭示内皮细胞来源的HBEGF通过Kmt5a-H4K20me信号通路调控β细胞增殖的新机制 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 探索调控生理性β细胞增殖的细胞内和细胞外信号通路 小鼠胰腺β细胞、内皮细胞、小鼠和大鼠β细胞系、原代小鼠胰岛 单细胞组学 糖尿病 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 体外功能验证 CellChat 单细胞转录组数据 43,724个胰岛内分泌和非内分泌细胞,其中15,569个β细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
17649 2025-10-07
Restorative Effects of Short-Chain Fatty Acids on Corneal Homeostasis Disrupted by Antibiotic-Induced Gut Dysbiosis
2025-Apr, The American journal of pathology
研究论文 本研究探讨肠道微生物群对角膜稳态的影响及短链脂肪酸的修复作用 首次揭示抗生素诱导的肠道菌群失调会破坏角膜昼夜节律基因表达和屏障功能,并证明短链脂肪酸具有修复作用 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 研究肠道微生物群对角膜稳态的调控机制 小鼠角膜组织 微生物组学 角膜功能障碍 RNA测序,单细胞测序 NA 基因表达数据 小鼠角膜组织样本 NA RNA-seq,单细胞测序 NA NA
17650 2025-10-07
MicroRNA-mediated Ets1 repression in retinal endothelial cells: A novel anti-angiogenic mechanism in nonproliferative diabetic retinopathy
2025-Apr, Diabetes, obesity & metabolism
研究论文 本研究通过microRNA测序和单细胞测序分析,揭示了非增殖性糖尿病视网膜病变中一种新型microRNA通过抑制Ets1介导的抗血管生成机制 发现了一种靶向Ets1的新型microRNA在NPDR患者血浆中上调,并揭示了其在视网膜内皮细胞中的抗血管生成作用机制 研究样本量有限,主要基于病例对照设计,需要更大规模研究验证 探索非增殖性糖尿病视网膜病变中血管生成的调控机制 2型糖尿病患者(伴有和不伴有NPDR)的血浆和视网膜样本,以及小鼠和大鼠模型的视网膜细胞 分子生物学 糖尿病视网膜病变 microRNA测序, 单细胞测序 NA 测序数据 2型糖尿病患者病例对照样本 NA 单细胞测序, microRNA测序 NA NA
17651 2025-10-07
Machine learning analysis of FOSL2 and RHoBTB1 as central immunological regulators in knee osteoarthritis synovium
2025-Apr, The Journal of international medical research IF:1.4Q4
研究论文 通过机器学习分析膝骨关节炎滑膜中的关键免疫调节基因FOSL2和RHoBTB1 首次结合多种机器学习算法和单细胞RNA测序技术系统鉴定膝骨关节炎滑膜中的核心免疫调节基因 需要进一步的研究验证这些基因在膝骨关节炎中的确切作用和治疗潜力 探索膝骨关节炎滑膜的分子机制和免疫调节机制 膝骨关节炎滑膜组织、小鼠模型 机器学习 骨关节炎 单细胞RNA测序、机器学习算法、基因组关联分析 LASSO、支持向量机 基因表达数据 GSE55235和GSE51588数据集,膝骨关节炎小鼠模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
17652 2025-10-07
scPEDSSC: proximity enhanced deep sparse subspace clustering method for scRNA-seq data
2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 提出一种基于邻近性增强的深度稀疏子空间聚类方法scPEDSSC,用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 采用基于两部分广义伽马分布的深度自编码器学习自表达矩阵,并结合其二阶幂生成相似度矩阵 NA 解决单细胞RNA测序数据聚类分析中的高维度、噪声和稀疏性挑战 单细胞RNA测序数据 生物信息学 NA 单细胞RNA测序 深度自编码器, 稀疏子空间聚类 基因表达数据 12个真实生物数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
17653 2025-10-07
Benchmarking algorithms for spatially variable gene identification in spatial transcriptomics
2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 提出一个用于评估空间转录组学中空间可变基因识别算法的基准框架 首次构建了包含30个合成数据集和74个真实数据集的综合基准框架,用于系统评估空间可变基因识别算法 NA 评估空间可变基因识别算法的性能并确定最佳算法及其适用场景 空间转录组学数据分析算法 空间转录组学 NA 空间转录组学数据分析 NA 空间转录组数据 30个合成数据集和74个真实数据集 NA 空间转录组学 NA NA
17654 2025-10-07
adverSCarial: assessing the vulnerability of single-cell RNA-sequencing classifiers to adversarial attacks
2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England)
研究论文 开发了一个名为adverSCarial的R软件包,用于评估单细胞RNA测序分类器对对抗性攻击的脆弱性 首次提供了专门针对单细胞转录组数据的对抗性攻击模拟工具,支持从轻微到激进的不同攻击模式 仅评估了五种机器学习分类器,在四个数据集上进行测试,样本范围有限 评估单细胞RNA测序分类器对对抗性攻击的脆弱性,提高模型可靠性 单细胞RNA测序分类器和对抗性攻击方法 机器学习 NA 单细胞RNA测序 多种机器学习分类器 基因表达数据 四个不同数据集 NA 单细胞RNA-seq NA NA
17655 2025-10-07
Protocol for investigating intracellular microbial diversity using single-cell RNA-seq in immune cells of SARS-CoV-2-positive and recovered patients
2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4
研究方案 本文提出了一种利用单细胞RNA测序检测SARS-CoV-2阳性及康复患者免疫细胞中胞内微生物多样性的实验方案 开发了针对非可培养状态胞内微生物的单细胞RNA测序检测流程,专门应用于新冠病毒感染研究 NA 建立检测免疫细胞中胞内微生物多样性的标准化实验流程 SARS-CoV-2阳性患者和康复患者的免疫细胞 单细胞测序 COVID-19 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
17656 2025-10-07
Single-cell atlas of the pregnant equine endometrium before and after implantation†
2025-Mar-16, Biology of reproduction IF:3.1Q2
研究论文 通过单细胞RNA测序构建妊娠母马子宫内膜在胚胎植入前后的细胞图谱 首次在母马中发现常驻先天淋巴细胞和黏膜相关恒定T细胞等新型免疫细胞亚群,并揭示子宫内膜自然杀伤细胞是植入期间最丰富的白细胞群体 仅分析了两个时间点(妊娠第33天和第42天)的样本,样本时间点有限 确定和比较马胚胎植入前后子宫内膜细胞的转录组和细胞亚群 母马子宫内膜细胞 单细胞组学 生殖生物学 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 约97,000个子宫内膜细胞 NA 单细胞RNA测序 NA NA
17657 2025-10-07
Spatial Organization of Macrophages in CTL-Rich Hepatocellular Carcinoma Influences CTL Antitumor Activity
2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 本研究通过单细胞和空间分析揭示了巨噬细胞空间聚集在CTL富集型肝细胞癌中的免疫抑制作用和预后价值 首次发现巨噬细胞空间聚集是CTL富集型肝癌的独特空间模式,揭示了空间分布对巨噬细胞重编程和CTL耗竭的影响 样本量相对有限,需要更大规模验证 探究CTL富集型肝细胞癌中空间免疫变异对临床结局的影响机制 肝细胞癌患者肿瘤组织样本 数字病理学 肝细胞癌 多重原位染色,单细胞转录组测序,空间转录组测序 随机森林,Cox回归 图像,转录组数据 20例CTL富集型HCC用于深度分析,386例患者队列用于验证 NA 单细胞RNA-seq,空间转录组学 NA NA
17658 2025-10-07
A3AR antagonism mitigates metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease by exploiting monocyte-derived Kupffer cell necroptosis and inflammation resolution
2025-Mar, Metabolism: clinical and experimental
研究论文 本研究探讨了选择性A3AR拮抗剂通过诱导单核细胞来源库普弗细胞坏死性凋亡来改善代谢功能障碍相关脂肪肝病的作用机制 首次揭示A3AR拮抗通过β-arrestin2介导的受体降解导致线粒体功能障碍,进而诱导促炎性MoKCs坏死性凋亡的新机制 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 研究A3AR拮抗对代谢功能障碍相关脂肪肝病的治疗作用及机制 MASLD患者和快餐饮食喂养的小鼠 肝脏疾病研究 代谢功能障碍相关脂肪肝病 空间转录组学,基因敲除,体内药物治疗 A3AR基因敲除小鼠模型 基因表达数据,组织病理学数据 MASLD患者和FFD喂养的小鼠样本 NA 空间转录组学 NA NA
17659 2025-10-07
Single-cell RNA-seq offer new insights into the cell fate decision of the primordial germ cells
2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示原始生殖细胞命运决定的新机制 首次通过单细胞RNA测序发现细胞周期驱动细胞异质性,识别了参与PGC自我更新的活跃群体和衰老细胞命运特征 未明确说明样本来源物种和具体实验室间重复性问题的量化数据 研究培养原始生殖细胞系网络建立的分子动力学机制 原始生殖细胞(PGCs) 单细胞生物学 生殖生物学 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
17660 2025-10-07
The relationship between a high-fat diet, gut microbiome, and systemic chronic inflammation: insights from integrated multiomics analysis
2025-Mar, The American journal of clinical nutrition
研究论文 通过整合多组学分析探讨高脂饮食、肠道微生物组与系统性慢性炎症之间的因果关系 首次采用孟德尔随机化方法结合单细胞测序和转录组学分析,揭示特定肠道菌群在高脂饮食诱导炎症中的介导作用 研究数据主要来源于欧洲人群,可能限制结果在其他人群的普适性 探究高脂饮食通过肠道微生物组影响系统性慢性炎症的机制 人类遗传数据、肠道微生物组、炎症细胞因子、免疫细胞特征、血清代谢物和小鼠结肠组织 多组学整合分析 代谢性疾病 孟德尔随机化, 全基因组关联分析, 转录组测序, 单细胞测序, 代谢组学 孟德尔随机化模型, 中介分析 遗传数据, 微生物组数据, 转录组数据, 单细胞数据, 代谢组数据 欧洲人群GWAS数据和小鼠模型 NA 单细胞RNA测序, 转录组测序 NA NA
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