单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
17621	2024-08-07	Identification of immune-related genes and patient selection for hepatocellular carcinoma immunotherapy 2023-May-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-22-2304 PMID:37304539	研究论文	本研究通过构建肝细胞癌（HCC）细胞基因的异常表达图谱，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和多尺度嵌入基因共表达网络分析（MEGENA）等技术，筛选出与HCC免疫治疗相关的潜在生物标志物，并基于这些标志物的共表达网络，通过非负矩阵分解（NMF）选择适合进行免疫治疗的HCC患者。	本研究首次通过大规模数据分析，结合单细胞RNA测序和多尺度嵌入基因共表达网络分析，系统地筛选出HCC免疫治疗的潜在生物标志物，并开发了一种基于这些标志物的分子分类系统，用于选择适合免疫治疗的HCC患者。	研究主要依赖于公共数据库中的高吞吐量数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制。此外，筛选出的生物标志物和分类系统需要在更大规模和多样化的临床样本中进行验证。	旨在识别肝细胞癌（HCC）免疫治疗的新型免疫相关生物标志物，并选择适合进行免疫治疗的HCC患者。	肝细胞癌（HCC）及其免疫治疗相关的生物标志物和患者选择。	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多尺度嵌入基因共表达网络分析（MEGENA）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	7,384个样本（3,941个HCC组织 vs. 3,443个非HCC组织）
17622	2024-08-07	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptome identifies a signature based on NK cell marker genes to predict prognosis and therapeutic response in clear cell renal cell carcinoma 2023-May-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-22-2782 PMID:37304554	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组数据，构建了一个基于NK细胞标记基因的特征（NKMS），用于预测透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的预后和治疗反应	本研究首次构建了一个基于NK细胞标记基因的特征（NKMS），并验证了其在预测ccRCC患者预后和治疗反应中的有效性	NA	构建一个NK细胞标记基因特征（NKMS），用于预测透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者的预后和治疗反应	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO和Cox回归	转录组数据	来自多个数据库的ccRCC患者的单细胞和批量RNA数据
17623	2024-08-05	PfAP2-MRP DNA-binding protein is a master regulator of parasite pathogenesis during malaria parasite blood stages 2023-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.23.541898 PMID:37293082	研究论文	本研究揭示了PfAP2-MRP在疟原虫血液阶段发病机制中的关键调控作用	首次表明PfAP2-MRP在疟原虫发病过程中扮演主调节因子的角色	未详细阐明PfAP2-MRP在其他发展阶段的作用	探讨PfAP2-MRP如何调控疟原虫在红细胞内的发育及其致病机制	研究对象为疟原虫及其在红细胞中的不同发育阶段	数字病理学	疟疾	ChIP-seq, 单细胞RNA-seq, Hi-C	NA	基因组数据, RNA数据	NA
17624	2024-08-07	[FARSB stratifies prognosis and cold tumor microenvironment across different cancer types: an integrated single cell and bulk RNA sequencing analysis] 2023-May-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University DOI:10.12122/j.issn.1673-4254.2023.05.01 PMID:37313807	研究论文	本研究通过综合单细胞和批量RNA测序分析，探讨了FARSB基因在泛癌中的表达水平及其对肿瘤微环境和患者免疫治疗反应的影响	首次研究FARSB作为冷肿瘤微环境标记物的潜力，并揭示其在促进DNA损伤修复和构建免疫荒漠肿瘤微环境中的生物学功能	NA	研究FARSB基因在泛癌中的表达及其对肿瘤微环境和患者免疫治疗反应的影响	FARSB基因在不同癌症类型中的表达及其对肿瘤微环境和患者免疫治疗反应的影响	数字病理学	泛癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	25个肿瘤组织样本及正常组织样本，3个免疫检查点抑制剂治疗队列
17625	2024-08-05	Dkk2 interacts with Pax9 in palate mesenchyme to pattern and tune osteogenesis 2023-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.16.541037 PMID:37292772	研究论文	这项研究探讨了Dkk2在腭间质中与Pax9相互作用的作用，如何影响骨生成的模式和调节。	该研究提供了Dkk2在腭骨发育中的新调节作用，揭示了Wnt信号通路在腭骨模式形成中的重要性。	该研究主要依赖于小鼠模型，可能无法完全反映人类腭裂的复杂遗传和环境机制。	本研究旨在探讨腭发育过程中骨生成的分子机制。	本研究使用了缺乏特定基因的小鼠模型来研究骨生成的能力。	数字病理学	NA	单细胞核转录组学和染色质可及性实验	NA	NA	缺特定基因的小鼠模型
17626	2024-08-05	Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Combined with Multiple Machine Learning Identified a Novel Immune Signature in Diabetic Nephropathy 2023, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S413569 PMID:37312900	研究论文	本研究整合了单细胞RNA测序和大规模RNA测序，通过多种机器学习方法识别了糖尿病肾病中的新免疫标志。	本研究提供了糖尿病肾病进程的新免疫学视角，识别了关键免疫相关基因和潜在药物靶点。	研究中未详细探讨免疫调节在糖尿病肾病中的具体机制。	探讨糖尿病肾病中的免疫调节作用及其潜在治疗靶点。	研究重点是1793个免疫相关基因和糖尿病肾病的关键基因。	机器学习	糖尿病肾病	RNA测序	随机森林，支持向量机，适应性提升，k近邻	基因表达数据	分析了多个数据集，最终确定了77个免疫相关基因
17627	2024-08-05	MAGEB2-Mediated Degradation of EGR1 Regulates the Proliferation and Apoptosis of Human Spermatogonial Stem Cell Lines 2023, Stem cells international IF:3.8Q2 DOI:10.1155/2023/3610466 PMID:37304127	研究论文	该文章探讨了MAGEB2在调节人类生精干细胞增殖和凋亡中的作用	发现MAGEB2主要在男性生精干细胞中表达，并揭示其通过与EGR1相互作用来影响细胞增殖和凋亡	尚未明确人类生精干细胞发育调控中的所有关键分子和机制	理解影响人类生精干细胞命运决策的机制	人类生精干细胞系及其增殖凋亡调控机制	数字病理	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	来自GEO数据集的正常人类睾丸单细胞数据
17628	2024-08-05	Decoding the molecular landscape of keloids: new insights from single-cell transcriptomics 2023, Burns & trauma IF:6.3Q1 DOI:10.1093/burnst/tkad017 PMID:37293384	评论	本文讨论了单细胞RNA测序技术在瘢痕疙瘩研究中的应用与发现	利用单细胞RNA测序技术，解决了传统测序技术的局限性，提供了对细胞组成和功能亚型的前所未有的分辨率	由于摘要中未明确提到限制因素，因此无法提供具体的局限性	深入了解瘢痕疙瘩形成的病理生物学	瘢痕疙瘩的肺细胞和免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
17629	2024-08-05	CXCL10 and CCL5 as feasible biomarkers for immunotherapy of homologous recombination deficient ovarian cancer 2023, American journal of cancer research IF:3.6Q2 PMID:37293164	研究论文	本研究旨在识别可用于同源重组缺陷卵巢癌免疫治疗的生物标志物CXCL10和CCL5	本研究首次提出CXCL10和CCL5作为卵巢癌免疫治疗的生物标志物，且其效能优于PD-1	研究基于TCGA数据库，可能受到样本选择和数据可用性的限制	优化同源重组缺陷卵巢癌的免疫治疗	卵巢癌患者中表现出同源重组缺陷的肿瘤	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	Cox回归模型	转录组数据	来自TCGA数据库的卵巢癌队列中不同HRD评分的患者样本
17630	2024-08-05	A novel combination therapy of arginine deiminase and an arginase inhibitor targeting arginine metabolism in the tumor and immune microenvironment 2023, American journal of cancer research IF:3.6Q2 PMID:37293150	研究论文	这项研究探讨了阿根廷酶抑制剂与阿根廷酶抑制剂联合治疗对肿瘤和免疫微环境的影响	研究提出了将L-诺伐林与ADI-PEG 20联合使用作为新的潜在癌症治疗方案	在免疫缺陷小鼠中L-诺伐林未能抑制肿瘤生长，可能影响结果的推广	研究旨在开发新的组合疗法，以增强抗肿瘤反应并激活免疫细胞	研究对象为ASS1缺乏的小鼠肿瘤细胞及其免疫微环境	数字病理学	黑色素瘤	RNA-seq	NA	NA	使用了B16F10黑色素瘤细胞的动物模型进行研究
17631	2024-08-07	Focusing on scRNA-seq-Derived T Cell-Associated Genes to Identify Prognostic Signature and Immune Microenvironment Status in Low-Grade Glioma 2023, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/2023/3648946 PMID:37292257	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了低级别胶质瘤中的T细胞相关基因，并构建了预测模型以评估免疫微环境状态和免疫治疗效果	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了低级别胶质瘤中的T细胞相关基因，并构建了预测模型以评估免疫微环境状态和免疫治疗效果	NA	研究低级别胶质瘤中T细胞的不同功能，并识别与临床结果相关的T细胞相关基因	低级别胶质瘤中的T细胞及其相关基因	数字病理学	低级别胶质瘤	scRNA-seq	ROC曲线	RNA	10个低级别胶质瘤样本的单细胞RNA测序数据和975个低级别胶质瘤样本的批量RNA数据
17632	2024-08-07	Identification of a novel signature based on macrophage-related marker genes to predict prognosis and immunotherapeutic effects in hepatocellular carcinoma 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.1176572 PMID:37305578	研究论文	本研究构建了一个基于肿瘤相关巨噬细胞标记基因的新型特征，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗效果	本研究首次构建了一个基于肿瘤相关巨噬细胞标记基因的特征，用于评估肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	NA	评估肝细胞癌患者的预后和免疫治疗反应	肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归模型	基因表达数据	从scRNA-seq数据集中获得了10个子群和165个肿瘤相关巨噬细胞相关标记基因
17633	2024-08-07	Single-cell transcriptome sequencing reveals heterogeneity of gastric cancer: progress and prospects 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.1074268 PMID:37305583	综述	本文综述了单细胞转录组测序技术在揭示胃癌异质性方面的进展和前景	单细胞转录组测序技术为理解胃癌的异质性提供了新的视角	文章中讨论了单细胞转录组测序技术的优势和局限性	探讨胃癌的异质性，以促进早期诊断、个体化治疗和预后评估	胃癌的细胞异质性、肿瘤微环境、癌变和转移以及药物反应	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
17634	2024-08-07	Epigenetic and Transcriptional Dynamics of Notch Program in Intestinal Differentiation 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3076-1_7 PMID:37310625	综述	本文综述了Notch程序在肠道分化中的表观遗传和转录动态，并介绍了如何利用ChIP-seq和scRNA-seq结合谱系追踪技术来研究饮食和代谢调控下的细胞命运决策。	本文介绍了新的表观遗传和转录分析数据如何完善或修正当前对Notch编程在肠道分化中的理解。	NA	探讨Notch程序在肠道分化中的作用及其在饮食和代谢调控下的动态变化。	Notch信号传导和肠道分化过程中的细胞命运决策。	表观遗传学	NA	ChIP-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
17635	2024-08-07	Defining Anorectal Transition Zone Heterogeneity Using Single-Cell RNA Sequencing 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3076-1_8 PMID:37310626	研究论文	本文提供了一种单细胞RNA测序方法，用于分析肛管、肛直肠过渡区和直肠上皮的初级分析	本文首次使用单细胞RNA测序技术详细表征了肛直肠过渡区的异质性	NA	研究肛直肠过渡区的异质性	肛管、肛直肠过渡区和直肠上皮	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
17636	2024-08-07	A fibroblast-associated signature predicts prognosis and immunotherapy in esophageal squamous cell cancer 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1199040 PMID:37313409	研究论文	本研究旨在探讨食管鳞状细胞癌（ESCC）中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特征，并构建基于CAFs的风险标志物以预测ESCC患者的预后	本研究首次构建了基于CAFs的风险标志物，并开发了一个结合CAF风险标志物和临床阶段的诺模图模型，用于预测ESCC的预后	NA	探讨食管鳞状细胞癌中癌症相关成纤维细胞的特征，并构建风险标志物以预测患者预后	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Lasso回归	RNA序列数据	从GEO数据库获取的单细胞RNA测序数据和TCGA数据库的批量RNA-seq数据及微阵列数据
17637	2024-08-07	A novel phenotype of B cells associated with enhanced phagocytic capability and chemotactic function after ischemic stroke 2023-Nov, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/1673-5374.371365 PMID:37282471	研究论文	本研究识别了一种与缺血性中风后增强的吞噬能力和趋化功能相关的新型B细胞表型	发现了具有巨噬细胞样特性的B细胞，这些细胞表现出增强的吞噬和趋化功能，并上调了与吞噬作用相关的基因表达	NA	探讨B细胞在缺血性中风中的作用及其潜在的免疫治疗价值	B细胞在缺血性中风中的表型及其功能	NA	缺血性中风	单细胞RNA测序	NA	细胞	包括小鼠和人类创伤性脑损伤、阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤的脑组织样本
17638	2024-08-05	Single-cell transcriptomics identifies perturbed molecular pathways in midbrain organoids using α-synuclein triplication Parkinson's disease patient-derived iPSCs 2023-Oct, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2023.06.001 PMID:37271312	研究论文	本研究利用单细胞转录组学识别帕金森病患者来源的中脑器官中受扰动的分子通路	首次深入分析SNCA三重拷贝、揭示多巴胺神经元中氧化磷酸化、翻译和内质网蛋白折叠的分子功能障碍	NA	研究中脑多巴胺神经元在帕金森病中的变化及其分子机制	通过来自健康和帕金森病患者的诱导性多能干细胞生成的中脑器官	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自健康和帕金森病捐赠者的iPSC生成的中脑器官
17639	2024-08-07	Comprehensive analyses of brain cell communications based on multiple scRNA-seq and snRNA-seq datasets for revealing novel mechanism in neurodegenerative diseases 2023-10, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14280 PMID:37269061	研究论文	本研究基于多组scRNA-seq和snRNA-seq数据，系统分析了大脑细胞间的通信，揭示了神经退行性疾病中的新机制	本研究整合了四种方法评估六种主要脑细胞类型间的配体-受体相互作用得分，并构建了阿尔茨海默病早期预测模型	NA	探索大脑细胞通信，揭示正常脑功能和神经退行性疾病中的生物学机制	大脑细胞通信，特别是神经退行性疾病中的细胞通信	数字病理学	神经退行性疾病	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA-seq数据	共提取了1,039,459个细胞，来自28个脑单细胞RNA测序（scRNA-seq）或单核RNA测序（snRNA-seq）数据集，包括12个人类和16个老鼠数据集
17640	2024-08-07	Secondary bile acids function through the vitamin D receptor in myeloid progenitors to promote myelopoiesis 2023-09-12, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2022009618 PMID:37276450	研究论文	本文研究了次级胆酸通过维生素D受体在骨髓中的髓系前体细胞促进髓系生成的作用	首次揭示了次级胆酸通过维生素D受体在骨髓髓系前体细胞中的作用，以及这种作用对骨髓造血和炎症疾病潜在影响的新机制	NA	探讨微生物代谢产物对造血作用的影响，特别是胆酸的作用及其机制	次级胆酸（脱氧胆酸和石胆酸）及其在骨髓髓系生成中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	骨髓细胞和造血干细胞及前体细胞