单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 17601 - 17620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 17601 | 2024-08-05 |
Transcriptomic landscape of early hair follicle and epidermal development
2023-06-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112643
PMID:37318953
|
研究论文 | 本文研究了早期毛囊和表皮发育的转录组特征 | 发现了新的细胞群体和标记基因，并提出了上层祖细胞的身份 | 尚未明确细胞类型和分化程序如何在发育过程中建立 | 探索外胚层器官发育过程中的细胞类型和分化程序 | 发育中的毛囊和表皮细胞群体 | 数字病理学 | NA | 大规模和单细胞转录组学与伪时间建模 | NA | NA | NA |
| 17602 | 2024-08-05 |
Multimodal Image Fusion Offers Better Spatial Resolution for Mass Spectrometry Imaging
2023-06-27, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.3c02002
PMID:37296503
|
研究论文 | 本文提出了一种深度学习模型，通过融合多模态图像提高质谱成像的空间分辨率。 | 引入了一种新颖的模型架构，结合多模态图像配准与融合，实现多任务优化。 | 仍然是一个具有挑战性的病态问题，可能在某些情况下限制应用效果 | 旨在提高质谱成像数据的空间分辨率 | 多模态图像，通过深度学习模型DeepFERE进行融合 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 深度学习模型DeepFERE | 图像 | NA |
| 17603 | 2024-08-07 |
Distinct immune microenvironment of lung adenocarcinoma in never-smokers from smokers
2023-06-20, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101078
PMID:37301197
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了从不吸烟者和吸烟者的肺腺癌患者的肿瘤微环境差异 | 发现吸烟引起的肺泡细胞功能障碍对吸烟者肺腺癌的侵袭性影响更大，而免疫抑制微环境对从不吸烟者肺腺癌的侵袭性影响更大 | NA | 揭示从不吸烟者和吸烟者肺腺癌的肿瘤发生差异，并探索潜在的免疫治疗策略 | 从不吸烟者和吸烟者的肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 22名未经治疗的肺腺癌患者，共165,753个细胞 |
| 17604 | 2024-08-07 |
CRISPR/Cas9-based depletion of 16S ribosomal RNA improves library complexity of single-cell RNA-sequencing
2023-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.25.542286
PMID:37292639
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研究论文 | 本文研究了使用CRISPR/Cas9系统去除16S核糖体RNA对单细胞RNA测序文库复杂性的影响 | 提出了一种物理去除16S核糖体RNA的方法，该方法能有效提高单细胞RNA测序文库的复杂性，并优于传统的计算机去除方法 | NA | 研究物理去除16S核糖体RNA对单细胞RNA测序文库复杂性的影响 | 16S核糖体RNA在单细胞RNA测序中的影响 | 基因组学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个扁形虫样本 |
| 17605 | 2024-08-05 |
Increased PDGFRB and NF-κB signaling caused by highly prevalent somatic mutations in intracranial aneurysms
2023-06-14, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abq7721
PMID:37315111
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研究论文 | 本研究揭示了在动脉瘤（IA）中与NF-κB信号通路相关基因中存在高频突变 | 发现了与NF-κB信号通路相关的多种基因突变在动脉瘤中具有高频率出现，这为药物干预的研究开辟了新途径 | 研究样本规模有限，仅分析了65个IA样本 | 研究脑动脉瘤的致病机制，尤其是体细胞突变的影响 | 主要研究脑动脉瘤组织和配对血样中的体细胞突变 | 数字病理学 | NA | 全外显子组测序和靶向深度测序 | 小鼠动脉扩张模型 | 组织样本 | 65个IA组织样本（54个囊性动脉瘤和11个紡锤形动脉瘤）和配对血样 |
| 17606 | 2024-08-07 |
Machine learning and single cell RNA sequencing analysis identifies regeneration-related hepatocytes and highlights a Birc5-related model for identifying cell proliferative ability
2023-06-14, Aging
DOI:10.18632/aging.204775
PMID:37315292
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研究论文 | 本研究通过机器学习和单细胞RNA测序分析，识别出与肝脏再生相关的肝细胞群体，并强调了Birc5相关模型在识别细胞增殖能力中的作用 | 本研究首次通过机器学习算法识别出与肝脏再生密切相关的17个基因标记，这些基因标记与细胞周期途径高度相关 | NA | 深入研究部分肝切除术后肝脏再生的潜在机制 | 正常和部分肝切除术后48小时的鼠肝样本 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 正常和部分肝切除术后48小时的鼠肝样本 |
| 17607 | 2024-08-05 |
Reference-based cell type matching of in situ image-based spatial transcriptomics data on primary visual cortex of mouse brain
2023-06-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-36638-8
PMID:37311768
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研究论文 | 本研究系统评估了六种细胞类型匹配的计算算法，应用于小鼠初级视觉皮层的图像基础空间转录组实验。 | 该文章创新性地结合了个体匹配策略的结果，以共识细胞类型分配的方式提高匹配精度，并提出两种集成元分析策略。 | 在空间数据和scRNA-seq数据之间由于分辨率的固有差异，细胞类型匹配可能存在挑战。 | 研究空间转录组数据与参考scRNA-seq图谱的细胞类型匹配方法。 | 研究对象为小鼠初级视觉皮层的空间转录组细胞。 | 数字病理学 | NA | 多重荧光原位杂交（FISH）、原位RNA测序 | NA | 图像 | 涉及的小鼠初级视觉皮层样本数量为NA |
| 17608 | 2024-08-07 |
Publisher Correction: Methanol fixation is the method of choice for droplet-based single-cell transcriptomics of neural cells
2023-Jun-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05022-7
PMID:37311954
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17609 | 2024-08-05 |
Single-cell landscape of primary central nervous system diffuse large B-cell lymphoma
2023-Jun-12, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-023-00559-7
PMID:37308475
|
研究论文 | 我们分析了原发性中枢神经系统弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的肿瘤异质性和肿瘤免疫微环境。 | 本研究展示了与肿瘤促进通路和B细胞免疫反应相关的多样化恶性程序，并揭示了一种独特的生存程序。 | 本研究的局限性在于未提及样本的大小和来源多样性。 | 探讨中枢神经系统弥漫性大B细胞淋巴瘤中的肿瘤异质性和免疫浸润。 | 原发性中枢神经系统弥漫性大B细胞淋巴瘤患者的恶性细胞和免疫性质。 | 数字病理学 | 中枢神经系统弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组学和染色质可及性测序 | NA | NA | NA |
| 17610 | 2024-08-07 |
A demonstration based on multi-omics transcriptome sequencing data revealed disulfidptosis heterogeneity within the tumor microenvironment of esophageal squamous cell carcinoma
2023-Jun-12, Discover. Oncology
DOI:10.1007/s12672-023-00711-5
PMID:37306828
|
研究论文 | 本研究基于多组学转录组测序数据，揭示了食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中硫化物应激异质性 | 首次识别出与食管鳞状细胞癌预后相关的硫化物应激相关差异表达基因，并构建了基于这些基因的风险评分模型 | 研究主要基于公共数据库中的RNA测序数据，未涵盖所有可能的样本和条件 | 旨在识别食管鳞状细胞癌的预后标志物，并探索其与免疫微环境的关系 | 食管鳞状细胞癌的预后标志物及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 食管癌 | RNA测序 | Cox回归分析 | 转录组数据 | 数据来自GSE53624, GSE53622, 和GSE188900数据库，具体样本数量未详细说明 |
| 17611 | 2024-08-07 |
ScInfoVAE: interpretable dimensional reduction of single cell transcription data with variational autoencoders and extended mutual information regularization
2023-Jun-10, BioData mining
IF:4.0Q1
DOI:10.1186/s13040-023-00333-1
PMID:37301826
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于互信息变分自编码器（InfoVAE）的单细胞转录组数据降维方法ScInfoVAE，该方法能有效识别复杂组织中的各种细胞类型 | 引入ScInfoVAE方法，通过联合InfoVAE深度模型和零膨胀负二项分布模型设计，重建目标函数以处理噪声单细胞RNA测序数据，并学习其有效的低维表示 | NA | 开发一种新的单细胞转录组数据降维方法，以提高细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE） | 转录组数据 | 15个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 17612 | 2024-08-07 |
Navoximod modulates local HSV-1 replication to reshape tumor immune microenvironment for enhanced immunotherapy via an injectable hydrogel
2023-06-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04983-z
PMID:37296221
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研究论文 | 研究通过使用可注射的水凝胶（V-Navo@gel）同时装载HSV-1和Navoximod，以改善肝细胞癌（HCC）的溶瘤病毒治疗效果 | 首次将Navoximod与HSV-1结合用于溶瘤病毒治疗，并通过水凝胶局部递送系统增强病毒复制和肿瘤微环境重塑 | NA | 探索Navoximod与HSV-1结合使用在溶瘤病毒治疗中的效果及机制 | 肝细胞癌（HCC）及其微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | 溶瘤病毒治疗 | NA | RNA测序数据 | 涉及小鼠和兔子的原位肝癌模型 |
| 17613 | 2024-08-05 |
Why is Babesia not killed by artemisinin like Plasmodium?
2023-Jun-08, Parasites & vectors
IF:3.0Q1
DOI:10.1186/s13071-023-05783-4
PMID:37291657
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研究论文 | 本文探讨Babesia spp.对青蒿素的抗性机制。 | 揭示了Babesia和Plasmodium基因组的差异及其对青蒿素敏感性差异的关键基因。 | 研究主要集中在Babesia microti上，可能不适用于其他Babesia物种。 | 分析Babesia spp.对青蒿素的抗性原因。 | Babesia microti与Plasmodium yoelii 17XNL的比较研究。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序分析 | NA | 基因组数据 | NA |
| 17614 | 2024-08-05 |
A single-cell RNA-seq analysis unravels the heterogeneity of primary cultured human corneal endothelial cells
2023-06-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-36567-6
PMID:37291161
|
研究论文 | 这篇文章分析了初级培养的人类角膜内皮细胞的异质性. | 通过单细胞RNA测序揭示了初级培养角膜内皮细胞的可变转录组指纹，并提供了伪时间重构模型。 | 目前的培养协议限制了CEC的扩增，并缺乏明确的参数来识别治疗级CEC。 | 更好地理解初级培养角膜内皮细胞的分子变化. | 初级培养的人类角膜内皮细胞. | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 初级培养的CEC样本 |
| 17615 | 2024-08-05 |
Exploring the molecular mechanism of comorbidity of autism spectrum disorder and inflammatory bowel disease by combining multiple data sets
2023-06-08, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04218-z
PMID:37291580
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研究论文 | 本研究探讨自闭症谱系障碍（ASD）与炎症性肠病（IBD）之间的共病分子机制 | 揭示了ASD与IBD之间的共享发病机制，并确定了4个潜在治疗靶点基因 | 尚未深入探讨这些基因的具体生物学功能和机制 | 了解ASD和IBD的不同表达基因下的生物机制 | 自闭症谱系障碍（ASD）和炎症性肠病（IBD）相关的差异表达基因 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍，炎症性肠病 | 生物信息学工具 | 加权基因共表达网络分析 | 基因表达数据 | 共分析了505个与ASD相关的差异表达基因和616个与IBD相关的差异表达基因 |
| 17616 | 2024-08-07 |
A Novel Gene List Identifies Tumors with a Stromal-Mesenchymal Phenotype and Worse Prognosis in Gastric Cancer
2023-Jun-02, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15113035
PMID:37296997
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研究论文 | 本研究旨在基于胃癌原发肿瘤的转录组数据，识别出预测疾病进展的分子生物标志物 | 识别出20个新的预后基因，用于将胃癌肿瘤分为具有不同基质基因表达的两个主要肿瘤亚组 | NA | 识别胃癌中的预后生物标志物 | 胃癌肿瘤的转录组数据 | 数字病理学 | 胃癌 | 微阵列，RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 42例新鲜冷冻胃癌肿瘤和40例匹配的福尔马林固定石蜡包埋组织 |
| 17617 | 2024-08-07 |
GRACE: a comprehensive web-based platform for integrative single-cell transcriptome analysis
2023-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad050
PMID:37305171
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研究论文 | 开发了一个名为GRACE的基于网络的综合性单细胞转录组分析平台，支持在线大规模单细胞转录组分析，提高了交互性和可重复性 | GRACE平台集成了预处理、聚类、发育轨迹推断、细胞间通信、细胞类型注释、子聚类分析和通路富集等多种功能，并提供了易于部署的Docker版本和开源代码 | NA | 满足非编程专家对单细胞RNA测序数据分析的高计算需求 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 大规模单细胞 |
| 17618 | 2024-08-07 |
Simulating scRNA-seq for benchmarks
2023-06, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-023-01431-w
PMID:37308673
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17619 | 2024-08-07 |
PD1hi CD200hi CD4+ exhausted T cell increase immunotherapy resistance and tumour progression by promoting epithelial-mesenchymal transition in bladder cancer
2023-06, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1303
PMID:37313656
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，发现PD1hi CD200hi CD4+耗竭T细胞在膀胱癌中通过促进上皮-间质转化增加免疫治疗抵抗和肿瘤进展。 | 本研究首次鉴定出PD1hi CD200hi和PD1hi CD200low两种新的耗竭CD4+ T细胞亚群，并揭示其在膀胱癌中的功能和机制。 | 研究主要基于体外细胞实验和回顾性数据分析，未来需要进一步的临床前和临床研究验证。 | 旨在识别膀胱癌中预测免疫治疗反应的新型生物标志物。 | 膀胱癌中的CD4+ T细胞及其在肿瘤微环境中的作用。 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两个独立的免疫治疗膀胱癌队列的生存数据 |
| 17620 | 2024-08-07 |
The Novel-Natural-Killer-Cell-Related Gene Signature Predicts the Prognosis and Immune Status of Patients with Hepatocellular Carcinoma
2023-May-31, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24119587
PMID:37298537
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析筛选与自然杀伤细胞（NK细胞）相关的基因，并开发了一种NK细胞相关基因签名（NKRGS），用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫状态 | 本研究首次开发了一种新的NK细胞相关基因签名（NKRGS），用于分层HCC患者的预后，并揭示了免疫抑制的肿瘤微环境（TME）与高NKRGS风险之间的关系 | NA | 研究旨在通过开发NK细胞相关基因签名（NKRGS）来预测肝细胞癌患者的预后和免疫状态 | 肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫状态 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞转录组数据分析 | 多重回归分析 | 转录组数据 | 使用了癌症基因组图谱队列中的患者数据 |