单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 17581 - 17600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 17581 | 2024-08-07 |
A spatiotemporal gene expression and cell atlases of the developing rat ovary
2023-Dec, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13516
PMID:37309718
|
研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组测序，构建了发育中的大鼠卵巢的转录组图谱，并分析了颗粒细胞的不同阶段及其转录调控网络。 | 发现了新的卵母细胞到卵丘细胞的生长信号，如JAG1-NOTCH2和FGF9-FGFR2，并观察到卵泡发育过程中的三个卵丘连续阶段。 | NA | 揭示正常卵巢发育过程中卵母细胞发育的不同阶段及其与体细胞的调控关系。 | 大鼠卵巢的发育过程及其细胞类型。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 17582 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing in osteoarthritis
2023-Dec, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13517
PMID:37317049
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在骨关节炎病理发生中的应用，总结了关节软骨、半月板、滑膜和软骨下骨的微观结构变化，并探讨了其在靶向药物和组织工程中的潜在应用。 | 单细胞RNA测序提供了超越传统技术的高分辨率视图，有助于深入理解骨关节炎的发病机制和进展。 | 目前关于骨相关生物材料的评估研究有限。 | 探讨单细胞RNA测序在骨关节炎治疗中的潜在临床价值和未来发展方向。 | 骨关节炎相关的关节软骨、半月板、滑膜和软骨下骨。 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 17583 | 2024-08-05 |
Clonal expansion of intra-epithelial T cells in breast cancer revealed by spatial transcriptomics
2023-11-01, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.34620
PMID:37306359
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研究论文 | 这篇文章提出了一种空间转录组学方法ST-FFPE，用于分析乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的空间分布 | 该研究展示了ST-FFPE方法能够分析福尔马林固定石蜡包埋样本，为涉及历史组织的研究提供了可能 | 本研究可能在样本数量和类型上有局限性，需要进一步验证其广泛适用性 | 旨在研究乳腺癌尤其是三阴性乳腺癌中的T细胞克隆扩增现象 | 主要研究肿瘤微环境中的T细胞、B细胞、树突状细胞、成纤维细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | RNA | 分析了来自不同肿瘤区室的样本 |
| 17584 | 2024-08-07 |
Correction to Single-cell RNA sequencing identify SDCBP in ACE2-positive bronchial epithelial cells negatively correlates with COVID-19 severity
2023-Oct, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.17778
PMID:37300372
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17585 | 2024-08-07 |
WISP2 downregulation inhibits the osteogenic differentiation of BMSCs in congenital scoliosis by regulating Wnt/β-catenin pathway
2023-10, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2023.166783
PMID:37302424
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研究论文 | 本研究探讨了WISP2下调通过调节Wnt/β-catenin通路抑制先天性脊柱侧弯中BMSCs的成骨分化 | 首次揭示了WISP2在先天性脊柱侧弯中通过Wnt/β-catenin信号通路调控BMSCs成骨分化的作用 | NA | 揭示BMSCs在先天性脊柱侧弯中的作用及其机制 | 先天性脊柱侧弯患者的BMSCs和健康捐赠者的BMSCs | NA | 先天性脊柱侧弯 | scRNA-seq, RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 先天性脊柱侧弯患者和健康捐赠者的BMSCs |
| 17586 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on NK cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma
2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04965-y
PMID:37296316
|
研究论文 | 这篇文章关于肝细胞癌中基于NK细胞标记基因的预后模型。 | 提出了一个基于NK细胞标记基因的新特征，能够有效预测肝细胞癌患者的预后和免疫治疗响应。 | 模型在不同数据集上的验证结果可能受到样本异质性的影响。 | 旨在通过单细胞测序数据分析NK细胞标记基因的预后价值。 | 研究对象是肝细胞癌患者的NK细胞标记基因。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA-seq | Cox回归模型 | 转录组数据 | 使用了TCGA、GEO和ICGC的数据进行模型构建和验证 |
| 17587 | 2024-08-05 |
A pairwise immune gene model for predicting overall survival and stratifying subtypes of colon adenocarcinoma
2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-04957-y
PMID:37316691
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研究论文 | 本文开发了一种与免疫基因相关的模型来评估结肠腺癌患者的预后状态 | 提出了一个新的免疫基因对模型，用于预测结肠腺癌的总体生存率和风险分层 | 模型的验证仅依赖于TCGA和GEO数据库中的数据，可能存在样本选择偏差 | 研究结肠腺癌患者的预后和免疫环境之间的关系 | 结肠腺癌患者的基因表达谱和生存随访信息 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的结肠腺癌患者数据集 |
| 17588 | 2024-08-07 |
Identification and validation of an ECM organization-related gene signature as a prognostic biomarker and therapeutic target for glioma patients
2023-09, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-023-01413-6
PMID:37301776
|
研究论文 | 本研究通过分析TCGA和GEO数据库中的glioma患者RNA测序数据，识别并验证了与ECM组织相关的九基因标志物，作为glioma的预后生物标志物和治疗靶点 | 首次验证了ECM组织相关基因标志物在glioma中的预后价值，并揭示了TIMP1作为潜在治疗靶点的机制 | NA | 评估ECM组织相关基因在glioma患者中的预后价值并识别潜在治疗靶点 | glioma患者及其ECM组织相关基因 | 数字病理学 | 脑瘤 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的glioma患者数据，以及中国胶质瘤基因组图谱(CGGA)数据集 |
| 17589 | 2024-08-07 |
Induction of IL-32 in the immune response of keratinocytes to Mycobacterium marinum infection
2023-09, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.14848
PMID:37309674
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析了角质形成细胞在感染海分枝杆菌后的免疫反应，发现IL-32的诱导可能是角质形成细胞防御海分枝杆菌感染的一种机制 | 首次揭示了角质形成细胞在海分枝杆菌感染后IL-32的诱导机制 | 仅限于体外和皮肤活检样本的研究，需要进一步的体内研究验证 | 探讨角质形成细胞在海分枝杆菌感染后的免疫防御机制 | 角质形成细胞和海分枝杆菌感染 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bRNA-seq），定量PCR和Western blot | NA | RNA | 来自海分枝杆菌感染患者的皮肤活检样本和体外培养的感染海分枝杆菌的角质形成细胞 |
| 17590 | 2024-08-07 |
Intravital imaging of three different microvascular beds in SARS-CoV-2-infected mice
2023-08-08, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2022009430
PMID:37307197
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研究论文 | 本研究使用活体显微镜在三级生物安全级别下观察了表达人血管紧张素转换酶2（ACE-2）的小鼠体内SARS-CoV-2感染的三种不同微血管床的病理过程 | 首次通过活体显微镜直接观察到SARS-CoV-2感染小鼠肺部和脑部微循环的显著扰动，以及由此导致的局部炎症和血栓形成 | 研究仅限于小鼠模型，且使用了特定的ACE-2表达小鼠，可能限制了研究结果的普遍性 | 探究SARS-CoV-2感染对小鼠不同器官微血管床的影响 | SARS-CoV-2感染的小鼠及其不同器官的微血管床 | NA | NA | 活体显微镜 | NA | 图像 | 表达人ACE-2的小鼠（CAG-AC-70和K18-promoter） |
| 17591 | 2024-08-05 |
A posterior probability based Bayesian method for single-cell RNA-seq data imputation
2023-08, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2023.06.004
PMID:37315825
|
研究论文 | 本文提出了一种BayesImpute方法，用于推断和填补单细胞RNA-seq数据中的缺失事件 | BayesImpute利用基因的表达率和变异系数来确定缺失事件，并通过后验分布推断缺失值，具有较快的速度和最小的内存使用 | 未提及具体的局限性 | 研究单细胞RNA-seq数据的缺失值插补问题 | 针对单细胞RNA-seq数据中的掉落事件进行推断和填补 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 数据 | 模拟和真实实验示例 |
| 17592 | 2024-08-05 |
Overexpression of sirtuin 1 attenuates calcium oxalate-induced kidney injury by promoting macrophage polarization
2023-Aug, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.110398
PMID:37301123
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研究论文 | 这项研究探讨了SIRT1在钙草酸盐导致肾损伤中的作用与机制 | 本研究首次揭示了SIRT1通过抑制NOTCH信号通路促进巨噬细胞极化，从而减少钙草酸盐结晶沉积和肾损伤的机制 | 本研究未探讨SIRT1在不同类型的肾脏疾病中的普遍性 | 研究SIRT1对钙草酸盐引起的肾小管上皮细胞损伤的影响 | 研究对象为钙草酸盐处理的巨噬细胞及其在小鼠肾脏中的作用 | NA | 肾结石 | 单细胞测序, RT-qPCR, 免疫染色, Western blot | NA | NA | 小鼠模型中进行的实验 |
| 17593 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics combined with single-cell RNA-sequencing unravels the complex inflammatory cell network in atopic dermatitis
2023-08, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.15781
PMID:37312623
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研究论文 | 这项研究揭示了特应性皮炎中复杂的炎性细胞网络 | 首次深入探讨了特应性皮炎皮损区域中细胞间的相互作用和不同细胞群体的独特特征 | 研究样本数量相对较小，且仅限于特定区域的皮肤组织 | 了解特应性皮炎皮肤中的细胞和分子相互作用 | 来自健康对照和特应性皮炎患者的皮肤组织样本 | 数字病理学 | 特应性皮炎 | 空间转录组测序和单细胞RNA测序 | NA | 皮肤组织样本、血清样本 | 6名健康对照，7名特应性皮炎患者（病变和非病变） |
| 17594 | 2024-08-05 |
Platelet-derived factors dysregulate placental sphingosine-1-phosphate receptor 2 in human trophoblasts
2023-08, Reproductive biomedicine online
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.rbmo.2023.04.006
PMID:37301709
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研究论文 | 本文研究了人类滋养层细胞中血小板来源因子对胎盘鞘氨醇-1-磷酸受体2的调控作用 | 本研究首次揭示了胎盘S1PR亚型在妊娠过程中表达的差异性以及血小板来源因子对S1PR2表达的负面影响 | 研究中样本量相对较小，可能影响结果的推广性 | 探讨血小板来源因子对胎盘中S1PR表达的影响及其变化模式 | 研究对象为不同妊娠阶段的人类胎盘样本及其中的滋养层细胞 | 数字病理学 | NA | 定量聚合酶链反应、单细胞RNA测序、免疫染色 | NA | 生物样本 | 第一三个月（n=10）、早产（n=9）和足月（n=10），共29份胎盘样本 |
| 17595 | 2024-08-07 |
Enhancing the sensitivity of bacterial single-cell RNA sequencing using RamDA-seq and Cas9-based rRNA depletion
2023-Aug, Journal of bioscience and bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.jbiosc.2023.05.010
PMID:37311684
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研究论文 | 本文介绍了一种结合随机位移扩增测序（RamDA-seq）和基于Cas9的rRNA耗竭方法，用于提高细菌单细胞RNA测序的敏感性 | 该方法允许从低丰度的细菌RNA中进行cDNA扩增和随后的测序文库制备，相比传统方法，在较少的测序努力下能够检测到更多的基因 | NA | 旨在解决通过群体水平基因表达分析揭示稀有亚群和基因表达异质性的挑战 | 细菌单细胞RNA测序方法 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 从单个大肠杆菌细胞中检测到超过1000个基因 |
| 17596 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Peripheral Neutrophils From Patients With Idiopathic Pulmonary Arterial Hypertension
2023-08, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了特发性肺动脉高压患者外周中性粒细胞的细胞表型和候选基因 | 首次提供了特发性肺动脉高压患者中性粒细胞的参考图谱，并验证了差异上调基因在疾病中的作用 | NA | 旨在提供中性粒细胞的参考图谱，以促进对细胞表型的更好理解并发现候选基因 | 特发性肺动脉高压患者的外周中性粒细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 特发性肺动脉高压患者和匹配对照组的外周中性粒细胞 |
| 17597 | 2024-08-07 |
Deep enhanced constraint clustering based on contrastive learning for scRNA-seq data
2023-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad222
PMID:37313714
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研究论文 | 提出了一种基于对比学习和成对约束的深度增强约束聚类算法scDECL，用于单细胞RNA测序数据分析 | 引入插值对比学习和增强成对约束，以提高数据多样性和模型鲁棒性，并利用先验信息指导聚类 | NA | 旨在解决现有方法在处理噪声大、高维且稀疏的单细胞RNA测序数据时，难以捕捉细胞内在模式和结构的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 对比学习 | 深度学习模型 | 基因表达数据 | 六个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 17598 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics reveals a cnidarian segment polarity program in Nematostella vectensis
2023-07-10, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2023.05.044
PMID:37315559
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研究论文 | 该论文揭示了海葵Nematostella vectensis中分段极性的分子基础 | 首次通过空间转录组学展示了非双侧动物中分段极性的分子机制 | 研究主要集中于Nematostella vectensis，结果可能不适用于其他物种 | 探讨海葵中如何及何时出现分段极性途径 | Nematostella vectensis的发育幼虫阶段 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 17599 | 2024-08-05 |
Construction of a prognostic model for triple-negative breast cancer based on immune-related genes, and associations between the tumor immune microenvironment and immunological therapy
2023-07, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.6176
PMID:37306188
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研究论文 | 基于免疫相关基因构建了三阴性乳腺癌的预后模型，并探讨了肿瘤免疫微环境与免疫治疗的关系 | 首次识别出五个与三阴性乳腺癌预后相关的免疫相关基因，并构建了相应的预后评估模型 | 尚未充分阐明肿瘤免疫微环境对三阴性乳腺癌患者预后和免疫治疗反应的全部影响 | 研究三阴性乳腺癌的预后因素与免疫微环境的关系 | 三阴性乳腺癌患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序，组织微阵列分析 | 预后评估模型 | 基因表达数据 | 使用了数据集和多种分析方法，具体样本量未提供 |
| 17600 | 2024-08-07 |
Purification and functional characterization of novel human skeletal stem cell lineages
2023-07, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-023-00836-5
PMID:37316563
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研究论文 | 本文描述了一种先进的流式细胞术方法，利用八个细胞表面标记物来定义人骨骼干细胞（hSSCs）及其下游前体细胞，并提供了详细的分离和功能测试方法。 | 本文通过识别和定义真正的hSSCs及其下游前体细胞，提高了细胞纯度和功能测试的准确性。 | 目前的技术依赖于流式细胞术和特定的细胞表面标记物，可能需要特定的设备和技术支持。 | 开发新的临床策略，以有效对抗先天性和年龄相关的肌肉骨骼疾病。 | 人骨骼干细胞（hSSCs）及其前体细胞。 | 细胞生物学 | 肌肉骨骼疾病 | 流式细胞术（FACS），单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多种组织来源的hSSCs样本 |