单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 34287 篇文献，本页显示第 1741 - 1760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1741 | 2025-11-28 |
Altered Epithelial-Mesenchymal Progenitor States Lead to Matrix Deposition, Tissue Inflammation, and Transitional Epithelial State in Congenital Diaphragmatic Hernia
2025 Nov-Dec, Fetal and pediatric pathology
IF:0.7Q4
DOI:10.1080/15513815.2025.2585371
PMID:41246903
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究先天性膈疝肺组织中上皮-间质祖细胞状态改变及其对细胞外基质沉积和组织炎症的影响 | 首次在先天性膈疝模型中揭示间质祖细胞过早获得间质样特征及远端上皮细胞进入过渡状态 | 研究仅使用大鼠模型，样本量有限，需要进一步验证 | 探究先天性膈疝肺发育异常的分子机制 | 正常和先天性膈疝胎鼠肺组织 | 单细胞生物学 | 先天性膈疝 | 单细胞RNA测序，免疫染色 | Seurat | 单细胞转录组数据，图像数据 | 正常和CDH胎鼠肺组织在E17、E19和E21时间点 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1742 | 2025-11-28 |
Single-cell omics arena: evaluation of large language models for automatic cell-type annotations on single-cell omics data via RNA-seq bridging
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf622
PMID:41283813
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研究论文 | 本文评估大型语言模型在单细胞组学数据中自动细胞类型注释的能力，并提出了跨模态翻译方法 | 首次系统评估8种大型语言模型在1226个细胞类型注释任务中的表现，并提出基于VAE的跨模态翻译模块处理非可解释特征 | 仅评估了11个公开可用的单细胞RNA测序数据集，模型性能可能受限于数据集规模和多样性 | 评估大型语言模型在单细胞组学数据中自动细胞类型注释的能力 | 单细胞组学数据中的细胞类型注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 大型语言模型(LLM), VAE | 基因表达数据, 表观遗传标记 | 11个公开单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1743 | 2025-11-28 |
PTGER4 Governs Immune Evasion and Therapy Resistance in Kidney Cancer via Ribosome Biogenesis Dysregulation
2025-Nov, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70956
PMID:41284374
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析揭示了PTGER4通过调控核糖体生物合成影响肾癌免疫逃逸和治疗抵抗的机制 | 首次发现PTGER4作为肾癌中的关键抑癌基因，通过调控核糖体生物合成影响免疫应答和治疗反应 | NA | 探究核糖体生物合成异常在肾透明细胞癌进展和免疫治疗反应中的作用机制 | 肾透明细胞癌(KIRC)患者肿瘤样本 | 机器学习 | 肾癌 | 单细胞RNA测序,基因网络分析(hdWGCNA),机器学习 | NA | 多组学数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1744 | 2025-11-28 |
Development of a PANoptosis-Related Pathomics Prognostic Model in Ovarian Cancer: A Multi-Omics Study
2025-Nov, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70958
PMID:41284376
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研究论文 | 本研究开发了一个基于PANoptosis相关病理组学的卵巢癌预后模型，通过多组学分析揭示了STAT4 T细胞通过特定通路激活上皮细胞PANoptosis的机制 | 首次将PANoptosis这一综合细胞死亡机制引入卵巢癌预后研究，并开发了基于深度学习的病理组学预后模型 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证 | 阐明PANoptosis在卵巢癌预后中的作用并开发预后模型 | 卵巢癌患者数据 | 数字病理 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,深度学习 | ResNet-50,深度学习模型 | 基因表达数据,空间数据,病理图像 | TCGA、GTEx和GEO数据库的卵巢癌数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 1745 | 2025-11-28 |
Scalable inference and identifiability of kinetic parameters for transcriptional bursting from single cell data
2025-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf581
PMID:41131798
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研究论文 | 开发了一种基于化学主方程模型参考库的计算流程，用于从单细胞RNA测序数据推断转录爆发动力学参数 | 提出了可扩展的动力学参数推断和可识别性分析方法，能够区分实验噪声与模型结构特性对参数不确定性的贡献 | 研究发现对于电报模型，大部分参数空间从单细胞RNA测序数据中实际上不可识别，低实验捕获率会恶化可识别性 | 从单细胞数据推断转录爆发的动力学参数并分析参数可识别性 | 基因表达动力学参数和单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 化学主方程模型，随机电报模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1746 | 2025-11-28 |
Exploring microRNAs, One Cell at a Time
2025-Oct-22, Non-coding RNA
IF:3.6Q2
DOI:10.3390/ncrna11060073
PMID:41283328
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研究论文 | 本文探讨了单细胞水平下microRNA的分析工具与计算方法 | 开发了分析细胞特异性miRNA丰度的实验工具和计算方法 | NA | 揭示miRNA生物学的复杂性，增进对生命科学和疾病的理解 | microRNAs（miRNAs） | 生物信息学 | NA | 单细胞测序，生物信息学分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1747 | 2025-11-28 |
Comprehensive profiling of transcription factors for reprogramming human astrocytes to neuronal cells through endogenous CRISPR-based gene activation
2025-Oct-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.11.681828
PMID:41278743
|
研究论文 | 本研究建立了基于CRISPR激活的方法，通过高通量筛选鉴定转录因子，将人类星形胶质细胞重编程为神经元细胞 | 首次使用CRISPRa技术对人类所有转录因子编码基因进行系统性筛选，发现单个转录因子即可诱导星形胶质细胞向多种神经元亚型分化 | NA | 鉴定能够将人类星形胶质细胞重编程为神经元细胞的高效转录因子 | 人类原代星形胶质细胞 | 基因编辑与细胞重编程 | 神经退行性疾病 | CRISPR激活(CRISPRa), 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1748 | 2025-11-28 |
scTWAS: A powerful statistical framework for single-cell transcriptome-wide association studies
2025-Sep-30, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6531106/v1
PMID:41256005
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞转录组范围关联研究的统计方法scTWAS，能够在单细胞水平进行细胞类型特异性分析 | 开发了基于潜变量模型和矩估计的统计框架，专门解决单细胞数据中的强噪声、技术变异和高稀疏性挑战 | NA | 开发能够利用单细胞RNA测序数据进行细胞类型特异性转录组范围关联研究的统计方法 | 血液和脑组织中的不同细胞类型，包括免疫细胞、小胶质细胞和星形胶质细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病,免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 潜变量模型,矩估计 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1749 | 2025-11-28 |
Comparative Single-Cell Transcriptome Analysis of c-Met Receptor Expressing and Non-Expressing Projection Neurons in the Developing Frontal and Visual Cortices
2025-Sep-25, Developmental neuroscience
IF:2.3Q3
DOI:10.1159/000548617
PMID:40996948
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较发育中前额叶和视觉皮层c-Met受体表达与非表达投射神经元的转录组差异 | 首次在发育阶段系统比较同一投射神经元亚类中Met+和Met-群体的转录组差异，揭示MET信号通路在皮层回路异步成熟中的作用 | 研究仅关注小鼠发育早期阶段，未涵盖其他发育时期或物种 | 探究发育中皮层投射神经元亚类内转录组异质性的分子机制 | 小鼠视觉和前额叶皮层的投射神经元 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, smFISH | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | 小鼠皮层神经元（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1750 | 2025-11-28 |
ScReNI: Single-cell Regulatory Network Inference Through Integrating scRNA-seq and scATAC-seq Data
2025-Sep-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf060
PMID:40591481
|
研究论文 | 开发了一种名为ScReNI的新型算法，通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据推断单细胞水平的基因调控网络 | 提出首个能够同时分析配对和非配对scRNA-seq与scATAC-seq数据集的算法，采用改进的随机森林推断非线性调控关系，并具备识别细胞富集调控因子的独特功能 | NA | 开发单细胞特异性调控网络推断方法 | 单细胞基因表达与染色质可及性数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 最近邻算法, 改进的随机森林 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 1751 | 2025-11-28 |
Integrating single-cell and single-nucleus datasets improves bulk RNA-seq deconvolution
2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671333
PMID:40894744
|
研究论文 | 本研究系统评估了整合单细胞和单核RNA测序数据以改进批量RNA-seq反卷积的方法 | 首次系统比较多种整合策略，发现过滤跨模态差异表达基因和使用条件变分自编码器可显著提升反卷积精度 | 研究仅基于四种组织类型，对于更广泛组织类型的适用性需要进一步验证 | 提高批量RNA测序反卷积的准确性 | 单细胞RNA测序和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 批量RNA测序 | 变分自编码器, 主成分分析 | 基因表达数据 | 四种不同组织类型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1752 | 2025-11-28 |
Single-cell transcriptomic data reveal the cellular heterogeneity of glutamine metabolism in gastric premalignant lesions and early gastric cancer
2025-Apr-23, Acta biochimica et biophysica Sinica
IF:3.3Q1
DOI:10.3724/abbs.2025061
PMID:40264416
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据揭示了胃前病变和早期胃癌中谷氨酰胺代谢的细胞异质性 | 首次在单细胞水平系统描绘胃前病变和早期胃癌的谷氨酰胺代谢特征，并鉴定ERO1LB为关键调控因子 | 样本量相对有限，仅包含慢性萎缩性胃炎和早期胃癌病变 | 探究胃前病变和恶性病变中谷氨酰胺代谢的细胞异质性特征 | 慢性萎缩性胃炎和早期胃癌病变组织 | 单细胞转录组学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 22511个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1753 | 2025-11-28 |
The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation
2025-Apr, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00633-1
PMID:40217124
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研究论文 | 本研究揭示CD40激动剂通过激活CCR2巨噬细胞和招募效应记忆CD8 T细胞重塑心脏免疫环境并促进心肌炎症 | 首次发现CD40激动剂通过CCR2巨噬细胞与CD8 T细胞间的IL-12b/TNF/IFNγ信号正反馈环路驱动心肌炎症 | 研究主要基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证 | 探究CD40激动剂引发心肌炎症的潜在机制 | 遗传工程小鼠模型的心脏免疫细胞 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 细胞清除研究 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1754 | 2025-11-28 |
Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis
2025-Jan-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5743704/v1
PMID:39801521
|
研究论文 | 提出多尺度细胞-细胞交互空间转录组学分析方法，整合多尺度拓扑表示与空间深度学习技术 | 首次在空间转录组学分析中考虑多尺度细胞-细胞相互作用，结合多尺度拓扑表示与先进空间深度学习技术 | NA | 改进空间转录组数据分析方法，更好地识别空间域和细胞间相互作用 | 空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 空间深度学习 | 空间基因表达数据 | 37个基准空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1755 | 2025-11-28 |
SLC16A3 is a Prognostic Marker and Affects Immune Regulation in Bladder Cancer
2025, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
|
研究论文 | 本研究系统分析了SLC16A3在膀胱癌中的表达及其与预后的关系，探讨了其通过调节代谢和m6A甲基化影响免疫浸润的机制 | 首次系统分析SLC16A3在膀胱癌中的预后价值和免疫调节功能，建立了可靠的预后模型 | 研究主要基于公共数据库和回顾性分析，需要进一步实验验证 | 探讨SLC16A3在膀胱癌中的预后价值和免疫调节机制 | 膀胱癌患者和膀胱癌细胞 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 单细胞测序，逆转录定量PCR，免疫组织化学，生物信息学分析 | 预后模型 | 基因表达数据，临床数据，单细胞测序数据 | 412例膀胱癌患者和3,115个膀胱癌细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1756 | 2025-11-28 |
Single-cell transcriptomics profiling reveals cellular origins and molecular drivers underlying melanoma brain metastasis
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0336502
PMID:41284647
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了黑色素瘤脑转移的细胞起源和分子驱动机制 | 首次识别出与脑转移相关的肿瘤细胞亚群MBMATCs，并开发了能够预测脑转移风险的MBM-Index生物标志物 | 样本量相对有限（26个黑色素瘤样本），需要在更大队列中进一步验证 | 探索黑色素瘤脑转移的细胞起源和分子机制 | 黑色素瘤患者肿瘤样本 | 单细胞组学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 26个黑色素瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | NA |
| 1757 | 2025-11-28 |
Integrative Bulk and Single-Cell Transcriptome Analyses Reveal Mitochondrial Metabolism-Related Biomarkers in IgA Nephropathy with Experimental Validation
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S565202
PMID:41287774
|
研究论文 | 通过整合批量转录组和单细胞RNA测序分析，鉴定IgA肾病中线粒体代谢相关生物标志物CYP27B1和PCK1 | 首次整合批量转录组和单细胞RNA测序分析揭示IgA肾病中线粒体代谢相关生物标志物，并确定近端肾小管细胞为关键细胞类型 | 研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证机制 | 确定线粒体代谢相关生物标志物在IgA肾病中的作用 | IgA肾病患者的转录组数据 | 生物信息学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 机器学习算法, 逆转录定量PCR | 机器学习算法 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1758 | 2025-11-28 |
Elevated ITGAV Expression in Seropositive Rheumatoid Arthritis: Diagnostic Potential and Immunopathological Insights
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S540469
PMID:41287769
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研究论文 | 本研究探讨整合素αV（ITGAV）在血清阳性类风湿关节炎中的表达及其作为诊断生物标志物的潜力 | 首次系统评估ITGAV在类风湿关节炎中的诊断价值，并通过单细胞转录组分析揭示其在炎症免疫细胞亚群中的特异性表达 | 需要未来纵向和功能研究验证其在个性化疾病管理中的作用 | 研究ITGAV作为类风湿关节炎潜在诊断生物标志物的价值 | 类风湿关节炎患者、骨关节炎患者和健康对照者的外周血样本 | 生物医学研究 | 类风湿关节炎 | ELISA, 单细胞RNA测序, 转录组分析, ROC曲线分析 | NA | 血液样本, 转录组数据, 临床参数 | 类风湿关节炎患者、骨关节炎患者和健康对照者的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1759 | 2025-11-27 |
CAP-CD56+CD271+ BMSCs exos-loaded PVA/SA sustained-release hydrogel attenuates chondrocyte senescence and ameliorates lumbar facet joint osteoarthritis
2026-Mar, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.10.027
PMID:41282412
|
研究论文 | 本研究开发了一种新型CAP-CD56+CD271+ BMSCs外泌体-PVA/SA水凝胶缓释系统，用于治疗腰椎小关节骨关节炎 | 首次通过单细胞RNA测序鉴定CD56+CD271+ BMSCs亚群，并开发了软骨细胞特异性抗原肽修饰的外泌体联合水凝胶缓释系统 | NA | 开发针对腰椎小关节骨关节炎的靶向治疗方法并阐明其分子机制 | 骨髓间充质干细胞亚群、外泌体、水凝胶材料和软骨细胞 | 组织工程与再生医学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序, 分子实验, 体外和体内实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1760 | 2025-11-27 |
Mechanically adaptive Mg-Ti composites guided by single-cell insights accelerate load-bearing bone regeneration via dual modulation of osteogenesis and osteoclastogenesis
2026-Mar, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.10.038
PMID:41282413
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研究论文 | 本研究开发了一种机械适应性Mg-Ti复合材料，通过单细胞RNA测序指导，实现成骨和破骨细胞生成的双重调节，加速承重骨再生 | 首次结合单细胞RNA测序揭示Mg选择性促进MSCs成骨分化并抑制破骨前体细胞成熟的分子机制，设计出机械性能随时间自适应优化的复合材料 | 研究仅报告了8周内的实验结果，长期效果和临床转化潜力需要进一步验证 | 开发能够同时满足机械稳定性和生物整合性的承重骨修复材料 | 镁钛复合材料在骨再生过程中的生物学效应和机械性能 | 组织工程与再生医学 | 骨缺损 | 单细胞RNA测序，3D打印技术 | NA | 基因表达数据，机械性能数据，组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |