单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1741	2025-03-30	SUV39H1 maintains cancer stem cell chromatin state and properties in glioblastoma 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186344 PMID:40059829	研究论文	本文研究发现SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的维持和肿瘤进展中起关键作用	首次揭示SUV39H1通过调控染色质状态维持GSC特性，并证明其抑制剂Chaetocin能降低GSC干性并增强化疗敏感性	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探索胶质母细胞瘤干细胞维持机制并寻找新的治疗靶点	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、全细胞RNA-seq	患者来源异种移植模型（PDX）	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确提及具体样本数量，包括正常脑组织与GBM组织对比、患者来源异种移植模型
1742	2025-03-30	Impact of Peripheral Inflammation on Blood-Brain Barrier Dysfunction and Its Role in Neurodegenerative Diseases 2025-Mar-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062440 PMID:40141084	综述	本文探讨了外周炎症对血脑屏障功能障碍的影响及其在神经退行性疾病中的作用	强调了肠-脑轴在血脑屏障完整性中的关键作用，以及肠道菌群失调和慢性炎症通过免疫和代谢途径对屏障破坏的贡献	关于血脑屏障功能障碍的精确机制仍存在关键知识空白	研究外周炎症、肠道菌群和血脑屏障功能障碍之间的分子机制，及其在神经退行性疾病中的作用	血脑屏障、外周炎症、肠道菌群、神经退行性疾病	神经科学	阿尔茨海默病、帕金森病	单细胞转录组学、器官芯片模型	NA	文献数据	涵盖2015年至2025年的出版物
1743	2025-03-30	PRMT5 highly expressed on CD16 + CD56- natural killer cells is correlated with NK cells exhaustion in colorectal cancer mesenchyme 2025-Mar-08, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03981-w PMID:40056169	research paper	研究结直肠癌微环境中自然杀伤细胞（NK细胞）表型变化与重要免疫检查点表达的关系	首次发现PRMT5和TIGIT在CD16+CD56- NK细胞中的高表达与NK细胞功能衰竭相关	样本量有限（194例患者），未进行功能验证实验	探究结直肠癌微环境中NK细胞表型变化与免疫检查点的关系	结直肠癌患者的肿瘤微环境中的NK细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	免疫组化染色、多重免疫组化、单细胞测序	NA	蛋白质表达数据、单细胞测序数据	194例结直肠癌患者
1744	2025-03-30	Construction of T-Cell-Related Prognostic Risk Models and Prediction of Tumor Immune Microenvironment Regulation in Pancreatic Adenocarcinoma via Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq 2025-Mar-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062384 PMID:40141028	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了T细胞相关的预后风险模型，并预测了胰腺腺癌肿瘤免疫微环境的调控	首次基于T细胞标记基因构建了胰腺腺癌的预后风险模型，并探索了其与免疫治疗效果的关联	研究依赖于公开数据库的数据，未进行独立队列验证	开发可靠的预测标志物以指导胰腺腺癌的临床免疫治疗	胰腺腺癌(PAAD)患者	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	预后风险模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的胰腺腺癌样本
1745	2025-03-30	Single-cell transcriptomics reveals inter-ethnic variation in immune response to Falciparum malaria 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.01.020 PMID:39970911	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了非洲不同种族对恶性疟疾免疫反应的差异	首次在单细胞水平上比较了Fulani和Mossi两个种族对疟疾的免疫反应差异，并发现了种族特异性的免疫特征和遗传调控变异	研究样本仅来自布基纳法索农村地区的儿童，可能无法完全代表其他人群	探究非洲不同种族对恶性疟疾免疫反应差异的分子和细胞机制	126名感染和未感染的Fulani和Mossi儿童的外周血单个核细胞	单细胞转录组学	疟疾	单细胞转录组测序	eQTL分析	转录组数据	126名儿童，超过70,000个单细胞转录组
1746	2025-03-30	Genome-wide prediction of dominant and recessive neurodevelopmental disorder-associated genes 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.001 PMID:40015282	research paper	提出一种利用机器学习加速神经发育障碍（NDD）风险基因识别的计算方法	首次展示了仅基于单细胞RNA测序数据训练的模型可以稳健预测与自闭症谱系障碍（ASD）、发育性和癫痫性脑病（DEE）及发育迟缓（DD）相关的基因，并发现单等位基因和双等位基因在人类发育皮层中的表达模式差异	未提及具体样本量或数据集的局限性	加速神经发育障碍（NDD）风险基因的识别	神经发育障碍（NDD）相关的基因	machine learning	neurodevelopmental disorder	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	semi-supervised machine learning (mantis-ml)	RNA测序数据	NA
1747	2025-03-30	Identification of intratumoral microbiome-driven immune modulation and therapeutic implications in diffuse large B-cell lymphoma 2025-Mar-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03972-x PMID:40029433	研究论文	本研究通过分析弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者肿瘤内微生物组数据，识别了与预后、免疫浸润和治疗敏感性相关的微生物组亚型	首次在DLBCL中鉴定出微生物组驱动的免疫调节亚型，并揭示了B细胞分化轨迹与微生物组的相互作用机制	样本量较小（48例），且为回顾性研究，需要更大规模的前瞻性研究验证	探究肿瘤内微生物组对DLBCL免疫微环境的影响及其治疗意义	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	数字病理学	淋巴瘤	转录组测序、单细胞RNA测序、微生物组分析	共识聚类	转录组数据、微生物组数据	48例DLBCL患者
1748	2025-03-30	Radiotherapy-resistant prostate cancer cells escape immune checkpoint blockade through the senescence-related ataxia telangiectasia and Rad3-related protein 2025-Mar, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12636 PMID:39698847	research paper	该研究揭示了放疗抵抗的前列腺癌细胞通过衰老相关的ATR蛋白逃避免疫检查点阻断的分子机制	首次发现细胞质ATR通过磷酸化CD86并增强其与E3连接酶MARCH1的相互作用，从而促进前列腺癌细胞逃避免疫检测	研究主要基于LNCaP细胞系和小鼠模型，临床样本验证有限	阐明前列腺癌细胞对放疗后免疫检查点阻断抵抗的分子机制	放疗抵抗的前列腺癌细胞	肿瘤免疫学	前列腺癌	scRNA-seq, 免疫组化, 免疫共沉淀, 突变分析, Western blotting	小鼠异种移植模型	RNA测序数据, 蛋白质相互作用数据	LNCaP细胞系和临床患者样本
1749	2025-03-30	Novel biallelic MCMDC2 variants were associated with meiotic arrest and nonobstructive azoospermia 2025-Mar-01, Asian journal of andrology IF:3.0Q1 DOI:10.4103/aja202495 PMID:39789727	研究论文	本研究通过全外显子测序在768名非梗阻性无精子症患者中检测到MCMDC2基因的四种双等位基因有害变异，揭示了这些变异与减数分裂停滞和精子发生减少的关系	首次发现MCMDC2基因的双等位基因有害变异与非梗阻性无精子症相关，并揭示了其在精子发生中的功能	样本量相对较小（768名患者），且未探讨这些变异在其他人群中的普遍性	探究非梗阻性无精子症的遗传病因	768名非梗阻性无精子症患者	生殖医学	男性不育症	全外显子测序（WES）、苏木精-伊红染色（H&E）、免疫荧光染色（IF）、单细胞RNA测序、生物信息学分析	NA	基因组数据、RNA测序数据、组织学图像数据	768名非梗阻性无精子症患者
1750	2025-03-30	Targeting Mesothelin Enhances Personalized Neoantigen Vaccine Induced Antitumor Immune Response in Orthotopic Pancreatic Cancer Mouse Models 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407976 PMID:39887656	研究论文	本研究探讨了靶向间皮素（MSLN）如何增强个性化新抗原疫苗在胰腺癌小鼠模型中的抗肿瘤免疫反应	发现MSLN表达与肿瘤中细胞毒性T细胞呈负相关，并证明抗MSLN抗体与新抗原肽疫苗联合使用可显著提高T细胞浸润和抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺癌组织中的验证仍需进一步研究	探索提高胰腺癌免疫治疗效果的新策略	胰腺癌小鼠模型和人类胰腺癌组织	肿瘤免疫学	胰腺癌	多免疫荧光染色、单细胞转录组分析	小鼠皮下和原位胰腺癌模型	组织微阵列数据、单细胞转录组数据	三个数据集和多个组织微阵列样本
1751	2025-03-30	NGR-Modified CAF-Derived exos Targeting Tumor Vasculature to Induce Ferroptosis and Overcome Chemoresistance in Osteosarcoma 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410918 PMID:39889249	研究论文	本研究探讨了使用NGR修饰的CAF来源的外泌体靶向肿瘤血管，通过促进自噬依赖性铁死亡来逆转骨肉瘤化疗耐药性的潜力	首次利用NGR修饰的CAF来源的外泌体递送circ_0004872编码的小肽，通过促进自噬依赖性铁死亡逆转骨肉瘤化疗耐药性	NA	克服骨肉瘤化疗耐药性	骨肉瘤细胞	肿瘤治疗	骨肉瘤	单细胞转录组分析、高通量测序	NA	转录组数据	NA
1752	2025-03-30	Cardiomyocyte Foxp1-Specific Deletion Promotes Post-injury Heart Regeneration via Targeting Usp20-HIF1ɑ-Hand1 Signaling Pathway 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412124 PMID:39899693	research paper	本研究揭示了Foxp1通过调控Usp20-HIF1ɑ-Hand1信号通路促进心肌细胞增殖和心脏再生的机制	首次发现Foxp1在出生后损伤心肌细胞增殖和心脏再生中的作用，并揭示了其通过Usp20-HIF1ɑ-Hand1信号通路调控心肌细胞代谢转变的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类心脏再生中验证	探究Foxp1在心肌细胞增殖和心脏再生中的作用及其分子机制	心肌细胞和心脏再生过程	心血管疾病	心血管疾病	单细胞转录组分析、腺相关病毒9(AAV9)介导的基因诱导	基因敲除和功能获得小鼠模型	基因表达数据、功能实验数据	NA
1753	2025-03-30	Longitudinal MRI-Driven Multi-Modality Approach for Predicting Pathological Complete Response and B Cell Infiltration in Breast Cancer 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413702 PMID:39921294	研究论文	本研究开发了一种基于纵向MRI的多模态模型，用于预测乳腺癌患者对新辅助治疗的病理完全缓解及B细胞浸润情况	整合了纵向MRI空间栖息地放射组学、转录组学和单细胞RNA测序数据，捕捉治疗过程中肿瘤内部的动态异质性	需要在不同患者群体和临床环境中进行前瞻性验证以确认其普适性	提高乳腺癌新辅助治疗病理完全缓解预测的准确性	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	MRI、转录组学、单细胞RNA测序	多模态模型	影像、转录组、单细胞RNA测序数据	来自12个中心的2279名患者
1754	2025-03-30	Single-cell transcriptome sequencing reveals the immune microenvironment in bronchoalveolar lavage fluid of checkpoint inhibitor-related pneumonitis 2025-Mar-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03983-8 PMID:40024929	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，揭示了检查点抑制剂相关肺炎（CIP）患者支气管肺泡灌洗液中的免疫微环境	首次在严重CIP患者中发现了一类未报道的上皮细胞——异常基底样细胞，并揭示了其通过CXCL3/5-CXCR2途径招募和激活中性粒细胞的机制	样本量较小（仅11例患者），且仅分析了支气管肺泡灌洗液，未涉及其他组织或体液	阐明不同严重程度CIP的免疫微环境和分子机制	检查点抑制剂相关肺炎（CIP）患者的支气管肺泡灌洗液	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	11例CIP患者的121,409个高质量细胞
1755	2025-03-30	Comprehensive analysis and experimental validation of disulfidptosis-associated prognostic signature and immune microenvironment characterization of gastric cancer 2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03883-3 PMID:39998563	research paper	该研究通过综合分析胃癌中与双硫死亡相关的基因表达，建立了一个预后模型，并通过实验验证了APC11基因在胃癌中的作用	首次将双硫死亡相关基因（DPAGs）与胃癌预后模型结合，并通过单细胞测序和体外实验验证了APC11的功能	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验数据	探索双硫死亡在胃癌发生发展中的作用，并建立基于DPAGs的预后模型	胃癌组织和细胞	digital pathology	gastric cancer	单细胞测序、siRNA、qRT-PCR、Western blot、CCK-8、Transwell实验	LASSO回归和Cox回归模型	基因表达数据、单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括正常和胃癌组织及细胞
1756	2025-03-30	Spatial transcriptomics reveals prognostically LYZ+ fibroblasts and colocalization with FN1+ macrophages in diffuse large B-cell lymphoma 2025-Feb-25, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03968-7 PMID:39998673	研究论文	本研究通过空间转录组学等多组学方法，识别并表征了弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）肿瘤微环境中的成纤维细胞和肿瘤相关巨噬细胞亚型，揭示了LYZ+成纤维细胞和FN1+巨噬细胞的预后相关性	首次通过空间转录组学等多组学整合分析，识别了DLBCL中具有预后意义的LYZ+成纤维细胞亚型及其与FN1+巨噬细胞的共定位关系	样本量相对有限（空间转录组学n=11），且部分验证在非小细胞肺癌患者中进行，可能影响DLBCL特异性结论的普适性	探究DLBCL肿瘤微环境中成纤维细胞和巨噬细胞亚型的预后价值及其分子特征	弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者和非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	空间转录组学、bulk转录组学、免疫组化（IHC）、多重免疫荧光（mIF）	随机森林分析、单变量Cox回归	转录组数据、蛋白质表达数据、自身抗体数据	空间转录组学11例，bulk转录组学2499例，IHC37例，mIF56例，血浆样本240例
1757	2025-03-30	NKG2D blockade impairs tissue-resident memory T cell accumulation and reduces chronic lung allograft dysfunction 2025-Feb-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.184048 PMID:39989456	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和TCR测序，发现NKG2D阻断可以影响细胞毒性CD8+组织驻留记忆T细胞的积累，从而减少慢性肺移植功能障碍	首次揭示了NKG2D在慢性肺移植功能障碍中的作用，并提出了NKG2D作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索慢性肺移植功能障碍（CLAD）的潜在治疗靶点	肺移植后的T细胞，特别是CD8+组织驻留记忆T细胞（TRMs）	免疫学	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序，TCR测序	小鼠原位肺移植模型	RNA测序数据	来自CLAD肺、肺引流淋巴结以及疾病和非疾病对照的T细胞
1758	2025-03-30	CD4+ T cell-innate immune crosstalk is critical during Staphylococcus aureus craniotomy infection 2025-Feb-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183327 PMID:39989461	research paper	该研究探讨了CD4+ T细胞与先天免疫系统在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的关键交互作用	揭示了Th1和Th17样CD4+ T细胞在控制金黄色葡萄球菌感染中的协同作用，以及它们与单核细胞/巨噬细胞的广泛交互	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探究CD4+ T细胞在金黄色葡萄球菌开颅手术感染中的功能重要性	小鼠模型中的CD4+ T细胞和先天免疫细胞	免疫学	细菌感染	scRNA-Seq	小鼠感染模型	基因表达数据	WT动物和Rag1-/-小鼠
1759	2025-03-30	Effect of aging on pulmonary cellular responses during mechanical ventilation 2025-Feb-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185834 PMID:39946196	研究论文	研究老龄化对机械通气期间肺部细胞反应的影响	揭示了老龄化导致机械通气期间肺部表面活性物质功能、炎症信号和微血管通透性的改变，并通过单细胞RNA-Seq分析了细胞特异性转录变化	研究仅使用雄性小鼠，未考虑性别差异；未涉及人类样本	探讨老龄化对机械通气期间肺部细胞反应的影响	年轻和老龄雄性小鼠	呼吸系统疾病研究	急性呼吸窘迫综合征(ARDS)	单细胞RNA-Seq	NA	基因表达数据	年轻和老龄雄性小鼠
1760	2025-03-30	Inhibition of histone methyltransferase EZH2 for immune interception of colorectal cancer in Lynch syndrome 2025-Feb-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177545 PMID:39946195	research paper	该研究探讨了EZH2抑制剂GSK503在林奇综合征（LS）小鼠模型和离体结肠类器官中对免疫调节途径、肿瘤发生和表观遗传重编程的影响	首次揭示了EZH2抑制剂通过表观遗传重编程增强LS小鼠免疫反应的机制，并展示了其作为癌症预防策略的潜力	研究仅在小鼠模型和离体类器官中进行，尚未进行人体临床试验	开发针对林奇综合征患者的免疫拦截策略以预防结直肠癌发生	林奇综合征小鼠模型和离体结肠类器官	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）	小鼠模型	基因表达数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量，但使用了小鼠模型和离体结肠类器官