单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1741	2025-03-30	Secreted neurofilament light chain after neuronal damage induces myeloid cell activation and neuroinflammation 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115382 PMID:40056413	研究论文	研究探讨了神经元损伤后分泌的神经丝轻链（NfL）如何激活髓系细胞并引发神经炎症	揭示了NfL在神经元损伤后的释放机制及其在神经退行性疾病中的作用，提出NfL作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究NfL在神经元损伤和神经退行性疾病中的作用	神经元、小胶质细胞、髓系细胞	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	单细胞RNA测序	SOD1小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型
1742	2025-03-30	Characterizing resistant cellular states in nasopharyngeal carcinoma during EBV lytic induction 2025-Mar-25, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03341-z PMID:40133476	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析了鼻咽癌细胞在EBV裂解诱导下的不同细胞反应，发现了一种与癌症干细胞相似的抗性细胞状态	首次在EBV裂解诱导治疗中识别出具有SOX2和NTRK2高表达的抗性细胞状态，并验证了这些基因在表现癌症干细胞表型中的作用	研究仅使用了NPC43细胞系这一体外模型，可能无法完全反映体内肿瘤的复杂性	探索EBV裂解诱导治疗在鼻咽癌中的细胞异质性反应	EBV阳性的鼻咽癌细胞系NPC43	肿瘤生物学	鼻咽癌	单细胞转录组学	体外细胞模型	基因表达数据	NPC43细胞系
1743	2025-03-30	Identification of CACNB1 protein as an actionable therapeutic target for hepatocellular carcinoma via metabolic dysfunction analysis in liver diseases: An integrated bioinformatics and machine learning approach for precise therapy 2025-Mar-25, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142315 PMID:40139615	研究论文	通过整合生物信息学和机器学习方法，识别CACNB1蛋白作为肝细胞癌的可操作治疗靶点，并分析肝病中的代谢功能障碍	利用单细胞RNA测序分析NAFLD衍生的肝硬化的微环境中的代谢活动，开发了一种基于高斯混合模型的纤维化预测模型，并识别了CACNB1蛋白作为HCC的治疗靶点	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	通过代谢分子亚型分析，为NAFLD和HCC患者提供精确治疗和风险分层	NAFLD和HCC患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 机器学习算法	高斯混合模型(GMM)	基因表达数据	806例NAFLD样本和267例正常肝样本
1744	2025-03-30	Heterogeneity of fibroblasts from different anatomical sites in healthy human knee ligaments revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Mar-24, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111040 PMID:40139473	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了健康人膝关节韧带中不同解剖部位成纤维细胞的异质性	鉴定了可能与膝关节韧带解剖相关的三个成纤维细胞亚群，并揭示了它们的分化关系，以及可能与膝关节韧带解剖功能相关的FTH1/FTL_SCARA5信号通路	研究仅针对健康受试者，未涉及膝关节韧带疾病患者	研究膝关节韧带的生理功能和特性，以及不同部位韧带结构与功能的关系	15名健康受试者的膝关节韧带细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	约106,077个细胞，来自15名健康受试者
1745	2025-03-30	NCKAP1 Inhibits the Progression of Renal Carcinoma via Modulating Immune Responses and the PI3K/AKT/mTOR Signaling Pathway 2025-Mar-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062813 PMID:40141455	研究论文	本研究探讨了NCKAP1在肾癌进展中的作用及其通过调节免疫反应和PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制肾癌的机制	首次揭示了NCKAP1在肾癌中的表达模式及其与免疫细胞浸润的关系，并证实了NCKAP1通过PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制肾癌细胞生长的功能	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究NCKAP1在肾癌免疫调节和肿瘤进展中的具体作用	肾癌患者样本和769P肾癌细胞系	癌症研究	肾癌	UALCAN、cBioPortal、ssGSEA、单细胞RNA测序、RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞数据	多种癌症类型的患者样本和769P细胞系
1746	2025-03-30	Identification and validation of fibroblast-related biomarkers in rheumatoid arthritis by bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-Mar-20, Clinical and experimental rheumatology IF:3.4Q2 DOI:10.55563/clinexprheumatol/x6am51 PMID:40153321	研究论文	通过批量RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	成功识别并验证了两个与类风湿性关节炎高度相关的成纤维细胞生物标志物AIM2和PSMB9，并构建了诊断模型	研究依赖于公开数据集，可能需要更多独立样本验证生物标志物的普遍性	识别和验证类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物，为疾病早期诊断和治疗干预提供新见解	类风湿性关节炎患者和正常对照样本	生物信息学	类风湿性关节炎	批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 机器学习方法(LASSO, SVM-RFE, 随机森林), 蛋白质印迹分析	LASSO, SVM-RFE, 随机森林	RNA-seq数据	训练集包含GSE55235和GSE55457数据集，验证集使用GSE77298数据集
1747	2025-03-30	Pulmonary Myeloid Cells in Mild Cases of COVID-19 Upregulate the Intracellular Fc Receptor TRIM21 and Transcribe Proteasome-Associated Molecules 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062769 PMID:40141410	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了轻度和重度COVID-19患者支气管肺泡灌洗液中的细胞群，重点研究了TRIM21及其下游信号分子的转录情况	首次在轻度COVID-19患者的髓系细胞中发现TRIM21上调，并观察到与蛋白酶体相关分子的转录关联	研究仅基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证；样本量有限且仅来自特定严重程度的患者	探究COVID-19患者肺部免疫细胞中Fc受体TRIM21的表达模式及其在抗病毒反应中的作用	健康个体和COVID-19患者（轻度和重度）的支气管肺泡灌洗液样本	免疫学	COVID-19	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，包含健康个体、轻度COVID-19患者和重度COVID-19患者三类样本
1748	2025-03-30	Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveal a Novel Prognostic Signature of Combining Cuproptosis- and Ferroptosis-Related Genes in Hepatocellular Carcinoma 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062779 PMID:40141422	research paper	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，研究铜死亡和铁死亡相关基因在肝细胞癌中的预后特征	构建了一个基于铜死亡和铁死亡相关基因的评分模型，并发现该评分与患者生存概率、免疫特征及药物敏感性相关	研究依赖于公共数据集，未进行实验验证	探索铜死亡和铁死亡相关基因在肝细胞癌中的预后价值及治疗策略	肝细胞癌患者	digital pathology	hepatocellular carcinoma	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, molecular docking	CFRG scoring model, WGCNA	RNA sequencing data	未明确说明样本数量
1749	2025-03-30	Diverse Subsets of γδT Cells and Their Specific Functions Across Liver Diseases 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062778 PMID:40141420	research paper	该论文探讨了γδT细胞在不同肝脏疾病中的功能多样性和调控机制	揭示了γδT细胞亚群（特别是Vδ1和Vδ2）的显著异质性及其在肝脏疾病中的不同免疫作用	γδT细胞的功能多样性和调控机制尚未完全理解	研究γδT细胞在肝脏疾病中的作用及其免疫治疗潜力	γδT细胞及其亚群（Vδ1、Vδ2、γδT17等）	免疫学	肝脏疾病（病毒性肝炎、NAFLD、ALD、肝纤维化、自身免疫性肝病、HCC等）	高通量单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
1750	2025-03-30	Inflammatory Transformation of Skin Basal Cells as a Key Driver of Cutaneous Aging 2025-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062617 PMID:40141258	研究论文	本研究通过单细胞测序、转录组学和面部衰老相关的全基因组关联研究（GWAS）数据，全面探讨了皮肤衰老过程中角质形成细胞亚群的异质性和发育轨迹	揭示了基底细胞在皮肤衰老过程中分化为棘细胞或炎症状态的两条不同路径，并发现IFI27细胞在衰老过程中比例显著增加，表现出更活跃的炎症和免疫调节信号	NA	探讨皮肤衰老的复杂细胞和分子机制，为新型诊断方法和治疗干预提供潜在靶点	角质形成细胞亚群（基底细胞、棘细胞和IFI27角质形成细胞）	生物医学	皮肤衰老	单细胞测序、转录组学、GWAS	NA	基因组数据、转录组数据	NA
1751	2025-03-30	Single-Cell Analysis of Molecular Mechanisms in Rapid Antler Osteogenesis During Growth and Ossification Stages 2025-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062642 PMID:40141284	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，全面分析了鹿角在生长和骨化阶段的快速成骨分子调控机制	首次在单细胞水平上揭示了鹿角生长和骨化阶段的基因表达模式及细胞间动态相互作用	研究仅针对梅花鹿鹿角，结果可能不适用于其他物种或组织	探究哺乳动物快速成骨的分子机制	梅花鹿鹿角组织	单细胞组学	骨质疏松症	scRNA-seq, bulk-RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量（梅花鹿鹿角组织）
1752	2025-03-30	NAD+ prevents chronic kidney disease by activating renal tubular metabolism 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181443 PMID:40059824	research paper	该研究探讨了NAD+补充通过激活肾小管代谢预防慢性肾病（CKD）的机制	首次揭示了NAD+补充通过刺激肾PPARα信号通路和恢复近端小管脂肪酸氧化（FAO）来保护免受CKD的机制，并首次在Alport小鼠模型中报告了转录水平的性别差异	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究NAD+补充如何通过激活肾小管代谢预防CKD	Alport综合征小鼠模型	代谢研究	慢性肾病	RNA测序（RNA-seq）、单核RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	Alport综合征小鼠模型（未明确具体数量）
1753	2025-03-30	Altered inflammatory mucosal signatures within their spatial and cellular context during active ileal Crohn's disease 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171783 PMID:40059828	研究论文	该研究结合空间转录组学和单细胞转录组学技术，深入探究了克罗恩病（CD）活动期回肠炎症的分子特征及其空间和细胞背景	首次将空间转录组学与单细胞转录组学相结合，揭示了CD炎症过程中上皮细胞与免疫/间质细胞互作模式的变化及其空间定位特征	研究样本仅限于手术切除的冷冻组织，可能无法完全反映疾病早期阶段的分子变化	解析克罗恩病活动期回肠炎症的分子机制及其空间分布特征	克罗恩病患者回肠黏膜组织	空间转录组学	克罗恩病	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量（克罗恩病手术组织切片）
1754	2025-03-30	SUV39H1 maintains cancer stem cell chromatin state and properties in glioblastoma 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186344 PMID:40059829	研究论文	本文研究发现SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的维持和肿瘤进展中起关键作用	首次揭示SUV39H1通过调控染色质状态维持GSC特性，并证明其抑制剂Chaetocin能降低GSC干性并增强化疗敏感性	研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证	探索胶质母细胞瘤干细胞维持机制并寻找新的治疗靶点	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、全细胞RNA-seq	患者来源异种移植模型（PDX）	基因表达数据、染色质可及性数据	未明确提及具体样本数量，包括正常脑组织与GBM组织对比、患者来源异种移植模型
1755	2025-03-30	Impact of Peripheral Inflammation on Blood-Brain Barrier Dysfunction and Its Role in Neurodegenerative Diseases 2025-Mar-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062440 PMID:40141084	综述	本文探讨了外周炎症对血脑屏障功能障碍的影响及其在神经退行性疾病中的作用	强调了肠-脑轴在血脑屏障完整性中的关键作用，以及肠道菌群失调和慢性炎症通过免疫和代谢途径对屏障破坏的贡献	关于血脑屏障功能障碍的精确机制仍存在关键知识空白	研究外周炎症、肠道菌群和血脑屏障功能障碍之间的分子机制，及其在神经退行性疾病中的作用	血脑屏障、外周炎症、肠道菌群、神经退行性疾病	神经科学	阿尔茨海默病、帕金森病	单细胞转录组学、器官芯片模型	NA	文献数据	涵盖2015年至2025年的出版物
1756	2025-03-30	PRMT5 highly expressed on CD16 + CD56- natural killer cells is correlated with NK cells exhaustion in colorectal cancer mesenchyme 2025-Mar-08, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03981-w PMID:40056169	research paper	研究结直肠癌微环境中自然杀伤细胞（NK细胞）表型变化与重要免疫检查点表达的关系	首次发现PRMT5和TIGIT在CD16+CD56- NK细胞中的高表达与NK细胞功能衰竭相关	样本量有限（194例患者），未进行功能验证实验	探究结直肠癌微环境中NK细胞表型变化与免疫检查点的关系	结直肠癌患者的肿瘤微环境中的NK细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	免疫组化染色、多重免疫组化、单细胞测序	NA	蛋白质表达数据、单细胞测序数据	194例结直肠癌患者
1757	2025-03-30	Construction of T-Cell-Related Prognostic Risk Models and Prediction of Tumor Immune Microenvironment Regulation in Pancreatic Adenocarcinoma via Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq 2025-Mar-07, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062384 PMID:40141028	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了T细胞相关的预后风险模型，并预测了胰腺腺癌肿瘤免疫微环境的调控	首次基于T细胞标记基因构建了胰腺腺癌的预后风险模型，并探索了其与免疫治疗效果的关联	研究依赖于公开数据库的数据，未进行独立队列验证	开发可靠的预测标志物以指导胰腺腺癌的临床免疫治疗	胰腺腺癌(PAAD)患者	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	预后风险模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的胰腺腺癌样本
1758	2025-03-30	Single-cell transcriptomics reveals inter-ethnic variation in immune response to Falciparum malaria 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.01.020 PMID:39970911	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了非洲不同种族对恶性疟疾免疫反应的差异	首次在单细胞水平上比较了Fulani和Mossi两个种族对疟疾的免疫反应差异，并发现了种族特异性的免疫特征和遗传调控变异	研究样本仅来自布基纳法索农村地区的儿童，可能无法完全代表其他人群	探究非洲不同种族对恶性疟疾免疫反应差异的分子和细胞机制	126名感染和未感染的Fulani和Mossi儿童的外周血单个核细胞	单细胞转录组学	疟疾	单细胞转录组测序	eQTL分析	转录组数据	126名儿童，超过70,000个单细胞转录组
1759	2025-03-30	Genome-wide prediction of dominant and recessive neurodevelopmental disorder-associated genes 2025-Mar-06, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.001 PMID:40015282	research paper	提出一种利用机器学习加速神经发育障碍（NDD）风险基因识别的计算方法	首次展示了仅基于单细胞RNA测序数据训练的模型可以稳健预测与自闭症谱系障碍（ASD）、发育性和癫痫性脑病（DEE）及发育迟缓（DD）相关的基因，并发现单等位基因和双等位基因在人类发育皮层中的表达模式差异	未提及具体样本量或数据集的局限性	加速神经发育障碍（NDD）风险基因的识别	神经发育障碍（NDD）相关的基因	machine learning	neurodevelopmental disorder	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	semi-supervised machine learning (mantis-ml)	RNA测序数据	NA
1760	2025-03-30	Identification of intratumoral microbiome-driven immune modulation and therapeutic implications in diffuse large B-cell lymphoma 2025-Mar-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03972-x PMID:40029433	研究论文	本研究通过分析弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者肿瘤内微生物组数据，识别了与预后、免疫浸润和治疗敏感性相关的微生物组亚型	首次在DLBCL中鉴定出微生物组驱动的免疫调节亚型，并揭示了B细胞分化轨迹与微生物组的相互作用机制	样本量较小（48例），且为回顾性研究，需要更大规模的前瞻性研究验证	探究肿瘤内微生物组对DLBCL免疫微环境的影响及其治疗意义	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	数字病理学	淋巴瘤	转录组测序、单细胞RNA测序、微生物组分析	共识聚类	转录组数据、微生物组数据	48例DLBCL患者