单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1741	2025-04-11	Identification of PPAR-related differentially expressed genes liver hepatocellular carcinoma and construction of a prognostic model based on data analysis and molecular docking 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18304 PMID:38652093	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析肝细胞癌（LIHC）的分子机制，构建了一个基于PPAR相关基因的预后模型，并预测了潜在的小分子药物	利用单细胞RNA测序数据识别PPAR相关基因在LIHC中的差异表达，构建预后模型并预测潜在治疗药物	研究依赖于公共数据集，未进行大规模临床验证	探索LIHC的分子机制并寻找潜在治疗靶点	肝细胞癌（LIHC）样本中的多种细胞群体（自然杀伤细胞、T细胞、B细胞、髓系细胞、内皮细胞、成纤维细胞和肝细胞）	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据	TCGA-LIHC、ICGI-LIRI和GSE14520数据集中的样本
1742	2025-04-11	Integrative analysis unveils ECM signatures and pathways driving hepatocellular carcinoma progression: A multi-omics approach and prognostic model development 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18230 PMID:38568083	研究论文	通过多组学方法揭示细胞外基质（ECM）在肝细胞癌（LIHC）进展中的特征和通路，并开发预后模型	整合单细胞转录组分析和多组学数据，揭示ECM在LIHC中的关键作用，并构建基于ECM的预后模型	样本量较小（10个LIHC样本），且依赖公共数据库数据	探索ECM在LIHC免疫浸润和预后分层中的潜在价值	肝细胞癌（LIHC）患者样本和细胞系	数字病理学	肝癌	scRNA-seq, Western blotting, 侵袭实验, Transwell实验	Lasso回归	单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据	10个LIHC样本（scRNA-seq数据）, TCGA-LIHC队列, CheckMate研究队列
1743	2025-04-11	Integration of single-cell and RNA-seq data to explore the role of focal adhesion-related genes in osteoporosis 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18271 PMID:38534087	研究论文	通过整合单细胞和RNA-seq数据，探索粘着斑相关基因在骨质疏松症中的作用	结合单细胞RNA测序和RNA测序数据，鉴定了两个与粘着斑相关的枢纽基因（FAM129A和RNF24），并构建了竞争性内源RNA网络和转录因子-枢纽基因网络	研究仅基于两个队列（GSE56815和GSE56116）的数据，样本量可能有限	挖掘与粘着斑相关的枢纽基因并研究它们在骨质疏松症中的作用	骨质疏松症患者和小鼠模型	生物信息学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	两个队列（GSE56815和GSE56116）的数据，具体样本数量未明确说明
1744	2025-04-11	Histone modification-linked prognostic model for ovarian cancer reveals LBX2 as a novel growth promoter 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18260 PMID:38520216	研究论文	本研究探讨了组蛋白修饰相关基因在预测卵巢癌患者预后中的作用，并构建了一个预后模型	发现了LBX2作为卵巢癌细胞增殖的新型促进因子，并构建了基于组蛋白修饰相关基因的预后模型	研究依赖于多个队列的转录组数据，但未提及样本的具体数量或多样性限制	研究组蛋白修饰相关基因在卵巢癌预后中的作用	卵巢癌患者及其相关基因	数字病理学	卵巢癌	RNA-Seq, scRNA-Seq, Lasso回归	风险评分模型	转录组数据	NA
1745	2025-04-11	Prognostic and immunotherapeutic potential of regulatory T cell-associated signature in ovarian cancer 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18248 PMID:38520220	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和机器学习算法，开发了一个与调节性T细胞相关的特征评分（TAS），用于预测卵巢癌患者的预后和免疫治疗反应	利用单细胞RNA测序和机器学习算法开发了一个新的Tregs相关特征评分（TAS），能够预测卵巢癌患者的生存结果和免疫治疗反应	研究未提及样本的具体数量，且外部验证队列的详细信息未明确说明	探索调节性T细胞相关基因在卵巢癌中的预后和免疫治疗潜力	卵巢癌患者	digital pathology	ovarian cancer	scRNA-Seq, ssGSEA, WGCNA	RSF, LASSO	RNA sequencing data	NA
1746	2025-04-11	Construction of a prognostic model with CAFs for predicting the prognosis and immunotherapeutic response of lung squamous cell carcinoma 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18262 PMID:38520221	研究论文	构建一个基于CAFs的预后模型，用于预测肺鳞状细胞癌的预后和免疫治疗反应	首次通过单细胞RNA测序数据分类不同类型的CAFs，并识别出与预后相关的CAFRGs，构建了一个具有显著预后相关性的模型	CAFs在LUSC中的功能复杂且不确定，模型的验证仍需进一步研究	预测肺鳞状细胞癌的预后和免疫治疗反应	肺鳞状细胞癌（LUSC）患者及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, ssGSEA	Cox回归模型	单细胞RNA测序数据	NA
1747	2025-04-11	Rapid microfluidic isolation of virally infected primary bronchial epithelial cells for single-cell RNA sequencing 2021-07-16, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.2144/btn-2021-0020 PMID:34269076	研究论文	本文介绍了一种使用微流控设备快速分离病毒感染的原代支气管上皮细胞的方法，用于单细胞RNA测序	优化了使用商业微流控设备分离病毒感染的原代支气管上皮细胞的方法，可在大多数实验室中快速进行	NA	开发一种快速分离病毒感染的原代支气管上皮细胞的方法，以促进单细胞RNA测序	病毒感染的原代支气管上皮细胞	单细胞测序	病毒感染	scRNA-seq, 微流控技术	NA	RNA序列数据	细胞系和原代细胞
1748	2025-04-10	Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity and interactions of immune cells and Müller glia during zebrafish retina regeneration 2025-Dec-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-23-02083 PMID:38934409	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示斑马鱼视网膜再生过程中免疫细胞和Müller胶质细胞的异质性及相互作用	首次发现两种静止状态的Müller胶质细胞（MG1和MG2）在视网膜损伤后的不同命运转变，以及三种小胶质细胞亚型在损伤后的动态变化	研究局限于斑马鱼模型，结果向哺乳动物的推广需要进一步验证	探究炎症如何调控Müller胶质细胞重编程以促进视网膜再生	斑马鱼视网膜中的免疫细胞和Müller胶质细胞	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1749	2025-04-10	Dynamic development of microglia and macrophages after spinal cord injury 2025-Dec-01, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00063 PMID:39101644	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了脊髓损伤后小胶质细胞和巨噬细胞的动态发展及其在疾病进程中的不同作用	首次在单细胞水平上区分了小胶质细胞和巨噬细胞在脊髓损伤后的不同演化路径，并发现了它们各自的特异性功能表型和细胞间通讯模式	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明脊髓损伤后继发性损伤过程中小胶质细胞和巨噬细胞的动态变化及其功能差异	脊髓损伤后的小胶质细胞和巨噬细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1750	2025-03-11	Corrigendum to "ScRNA-seq reveals trained immunity-engaged Th17 cell activation against Edwardsiella piscicida-induced intestinal inflammation in teleost" [Microbiol. Res. 289 (2024) 127912] 2025-Jul, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2025.128137 PMID:40058996	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1751	2025-04-10	FoxO1 mediates odontoblast differentiation of hDPSCs via B cell-derived ANGPTL1 in dental caries: A laboratory investigation 2025-May, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14206 PMID:39904951	research paper	本研究探讨了B细胞及其分泌因子ANGPTL1在龋齿条件下促进人牙髓干细胞(hDPSCs)向成牙本质细胞分化的作用，重点关注FoxO1的激活	揭示了B细胞分泌的ANGPTL1通过上调FoxO1促进hDPSCs向成牙本质细胞分化的新机制	研究主要基于实验室数据，尚未进行临床验证	探索龋齿环境下牙髓修复和再生的分子机制	人牙髓干细胞(hDPSCs)和B细胞	dental research	dental caries	scRNA-Seq, ELISA, 免疫荧光染色, 双荧光素酶报告基因检测, 染色质免疫沉淀	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	NA
1752	2025-04-10	Applications of spatial transcriptomics in studying spermatogenesis 2025-Apr-09, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70043 PMID:40202007	综述	本文综述了空间转录组学在研究精子发生过程中的应用	探讨了空间转录组学技术在保留组织背景下研究细胞类型分子特征及其相互作用的新方法	未提及具体技术实施的限制或样本量不足等问题	增进对精子发生调控机制的理解，探索男性不育的潜在原因	哺乳动物睾丸中的细胞类型及其分子特征	空间转录组学	男性不育	空间转录组学技术	NA	空间转录组数据	NA
1753	2025-04-10	Opposite regulation of intestinal and intrahepatic CD8+ T cells controls alcohol-associated liver disease progression 2025-Apr-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-334412 PMID:40199574	research paper	该研究探讨了肠道和肝内CD8+ T淋巴细胞在酒精相关性肝病（ALD）中的调控作用及其对疾病进展的贡献	揭示了CD8+ T细胞在肠道和肝脏中的相反调控机制及其在ALD中的关键作用，提出了通过恢复这些细胞功能治疗ALD的新策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩大	阐明肠道和肝内CD8+ T细胞在ALD发病机制中的调控作用	ALD患者和小鼠模型	免疫学	酒精相关性肝病	单细胞RNA测序（scRNA seq）	Cd8 Bcl-2转基因小鼠和Cd8 -/-小鼠	基因表达数据和功能研究数据	ALD患者和小鼠模型
1754	2025-04-10	ROICellTrack: A deep learning framework for integrating cellular imaging modalities in subcellular spatial transcriptomic profiling of tumor tissues 2025-Apr-08, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf152 PMID:40199763	研究论文	开发了一个名为ROICellTrack的深度学习框架，用于更好地整合细胞成像与空间转录组分析	提出了一种新的深度学习框架，将细胞成像与空间转录组分析相结合，以分析肿瘤异质性	研究样本量较小，仅分析了56个ROI	提高对肿瘤异质性的理解，以支持个性化和靶向治疗	膀胱尿路上皮癌（UCB）和上尿路尿路上皮癌（UTUC）的肿瘤组织	数字病理学	膀胱癌	空间转录组技术（如GeoMx Digital Spatial Profiler）	深度学习	图像和转录组数据	56个ROI
1755	2025-04-10	Identification of Crosstalk Genes Between Primary Sjögren's Syndrome and Primary Biliary Cirrhosis by Transcriptome Analysis 2025-Apr-08, Digestive diseases and sciences IF:2.5Q2 DOI:10.1007/s10620-025-08917-z PMID:40199818	研究论文	通过转录组分析识别原发性干燥综合征（pSS）与原发性胆汁性胆管炎（PBC）之间的串扰基因	首次利用转录组学方法识别了pSS和PBC之间的7个关键串扰基因，并揭示了NK细胞、CD4+ T细胞和CD8+ T细胞在疾病机制中的重要作用	研究依赖于公开数据库的转录组数据，未进行实验验证	探究pSS和PBC两种自身免疫性疾病之间的分子联系	原发性干燥综合征（pSS）和原发性胆汁性胆管炎（PBC）患者	生物信息学	自身免疫性疾病	转录组分析、差异表达分析、WGCNA、LASSO回归、ssGSEA、单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	两个GEO数据集（GSE66795和GSE119600）
1756	2025-04-10	Genetic regulation of gene expression across multiple tissues in chickens 2025-Apr-08, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02155-9 PMID:40200121	research paper	该研究通过整合大量RNA测序数据和全基因组序列，构建了鸡28种组织的调控变异图谱，揭示了调控变异对基因表达和转录后修饰的影响	首次系统地描述了鸡基因组中的功能变异，并构建了跨组织的调控变异图谱，为理解鸡的复杂性状提供了新资源	研究仅基于特定品种的鸡，可能无法完全代表所有鸡种的遗传多样性	系统表征鸡基因组中的功能变异，并解析其对复杂性状的调控机制	鸡的28种组织	基因组学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全基因组测序	NA	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 全基因组序列	7,015个RNA-seq样本, 127,598个单细胞, 2,869个全基因组序列
1757	2025-04-10	Novel insights into kidney disease: the scRNA-seq and spatial transcriptomics approaches: a literature review 2025-Apr-08, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-025-04103-5 PMID:40200175	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（ST）在肾脏疾病研究中的应用与发展	结合scRNA-seq和ST技术，以前所未有的分辨率解析肾脏疾病中的细胞异质性，识别新的细胞亚群及其在肾脏微环境中的动态相互作用	NA	探讨scRNA-seq和ST技术在肾脏疾病研究中的应用及其对肾脏发育、稳态和疾病进展的细胞和分子机制的阐明	肾脏疾病中的细胞异质性和空间组织	digital pathology	kidney disease	scRNA-seq, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data, spatial transcriptomics data	NA
1758	2025-04-10	Fast Encapsulation of Microbes into Dissolvable Hydrogel Beads Enables High-Throughput Microbial Single-Cell RNA Sequencing of Clinical Microbiome Samples 2025-Apr-08, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202500481 PMID:40200683	research paper	介绍了一种名为smGel-seq的高通量单微生物RNA测序方法，用于临床微生物组样本，通过水凝胶珠封装单个微生物以减少微生物损失和输入要求	使用新型微通道阵列设备封装单个微生物于可溶性水凝胶珠中，并结合优化的自动化微流控平台实现高通量条形码标记，显著提高了微生物回收率	NA	开发一种适用于临床微生物组样本的高通量单微生物RNA测序方法，以提高微生物回收率和降低输入要求	临床微生物组样本中的单个微生物	microbial genomics	NA	single-microbe RNA sequencing (mscRNA-seq), microfluidic platform	NA	RNA-seq data	临床微生物组样本，微生物输入量比之前方法低20倍
1759	2025-04-10	Single-cell transcriptome integrated with genome-wide association study reveals heterogeneity of carotid and femoral plaques and its association with plaque stability 2025-Apr-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-96434-4 PMID:40189611	研究论文	本研究通过单细胞转录组与全基因组关联研究整合，揭示了颈动脉和股动脉斑块的异质性及其与斑块稳定性的关联	首次整合单细胞转录组和全基因组关联研究分析颈动脉与股动脉斑块的异质性，并识别与斑块栓塞相关的关键基因和细胞类型	未明确说明样本量大小及具体临床特征，可能影响结果的普适性	探究颈动脉和股动脉斑块的基因/细胞表达差异及其与斑块栓塞的关系	颈动脉和股动脉斑块的细胞和基因	数字病理学	心血管疾病	sc-RNA-seq, 批量RNA测序	7种机器学习模型（未指定具体类型）	单细胞转录组数据, 批量RNA数据	NA
1760	2025-04-10	Mechanisms of hematopoietic clonal dominance in VEXAS syndrome 2025-Apr-07, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03623-9 PMID:40195449	研究论文	本研究揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并提供了用于临床前研究的模型	首次揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并通过碱基编辑技术创建了人源化疾病模型	研究样本量较小（仅9名男性患者），且缺乏长期随访数据	探究VEXAS综合征中造血克隆优势的致病机制	VEXAS综合征患者和通过碱基编辑创建的人源化模型	血液病学	VEXAS综合征（一种成人发病的自身炎症性疾病）	单细胞转录组学、碱基编辑、竞争性移植	人源化疾病模型	单细胞转录组数据、免疫表型数据	9名男性VEXAS综合征患者