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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1741 | 2026-02-20 |
Xenium-based spatial transcriptomic analyses uncover prognosis-associated heterogeneity in the tumor microenvironment (TME) of angioimmunoblastic T-cell lymphoma (AITL)
2026-Feb-19, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.70035
PMID:41711078
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研究论文 | 本研究利用基于Xenium平台的空间转录组学技术,分析了血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(AITL)的肿瘤微环境异质性,并揭示了与预后相关的关键细胞亚群和免疫格局差异 | 首次在AITL中鉴定出具有干细胞样特征的NEIL3+滤泡辅助性T细胞亚群,并系统描绘了难治/复发与治疗敏感病例之间肿瘤微环境的空间组织差异 | 样本量较小(10例临床样本),且为观察性研究,需要更大队列和功能实验验证 | 解析AITL肿瘤微环境的异质性及其与临床预后的关联,寻找潜在治疗靶点 | 血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(AITL)患者肿瘤组织 | 空间转录组学 | 淋巴瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 10例临床样本(包括难治/复发与治疗敏感病例) | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组分析平台 |
| 1742 | 2026-02-20 |
Recent advances in reproductive biology: European innovations in embryo development and research†
2026-Feb-18, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf245
PMID:41206649
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综述 | 本文综述了欧洲在生殖生物学和胚胎学领域的开创性贡献,重点介绍了辅助生殖技术、高通量单细胞RNA测序以及合成胚胎模型的创新进展 | 整合了高通量单细胞RNA测序技术揭示早期胚胎发育的分子通路,并开发了合成胚胎模型作为自然胚胎研究的替代方案,展示了多能细胞的自我组织能力 | 在实现模型的可重复性和更稳健的植入模型方面仍存在挑战 | 推动生殖生物学和胚胎学的发展,改善人类和动物的生育结果 | 人类和动物的胚胎发育过程 | 生殖生物学 | 不孕症 | 高通量单细胞RNA测序 | 合成胚胎模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1743 | 2026-02-20 |
Computational integration of in vivo single cell and in vitro bulk transcriptomics across 236 human and mouse datasets differentiates physiological versus non-physiological hepatic cell lines for hepatotoxicity screening
2026-Feb-18, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfaf171
PMID:41390973
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研究论文 | 本研究通过整合人类和小鼠的体内单细胞与体外批量转录组数据,评估了肝细胞系在毒性筛选中的生理相关性 | 提出了一种新的计算学方法,利用现有大数据指导选择功能相关性更强的细胞系,可应用于其他组织的体外建模和广泛的生物医学应用 | 研究主要基于转录组数据,可能未涵盖所有生理层面的差异,且数据集数量有限(236个) | 区分生理性与非生理性肝细胞系,以优化肝毒性筛选的体外模型选择 | 人类和小鼠的肝细胞系、肝细胞、肝星状细胞、胆管细胞以及体内肝脏组织 | 计算生物学 | 肝毒性 | 单细胞RNA测序(scRNAseq)、批量转录组学 | NA | 转录组数据 | 236个人类和小鼠数据集,包括214个细胞系数据集和7个体内单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1744 | 2026-02-20 |
Characterization of p16-positive stromal cells in age-related cardiac disorders
2026-Feb-18, Journal of biochemistry
IF:2.1Q4
DOI:10.1093/jb/mvag013
PMID:41705475
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析衰老小鼠心脏中的p16阳性基质细胞,揭示了p16+成纤维细胞在年龄相关心脏纤维化中的关键作用 | 首次在单细胞水平上表征p16阳性基质细胞,并发现TGF-β信号和BMP4在p16+成纤维细胞中显著富集,选择性消除这些细胞可改善心脏纤维化 | 研究基于小鼠模型,人类样本验证尚不充分 | 探究p16阳性基质细胞在年龄相关心脏疾病中的作用机制 | 衰老小鼠心脏中的p16阳性基质细胞,特别是成纤维细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 使用p16-Tom和p16-Col1a2-LRTD转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1745 | 2026-02-20 |
Intercellular communication landscape and its working mechanism in systemic sclerosis-associated interstitial lung disease
2026-Feb-18, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keag098
PMID:41706126
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和ATAC测序分析,揭示了系统性硬化症相关间质性肺病中细胞间通讯的景观及其工作机制 | 首次系统性评估了SSc-ILD中的促纤维化因子,并通过整合scRNA-seq和scATAC-seq数据,发现了SPP1/CCL18阳性巨噬细胞与COL1A2间充质细胞在细胞间通讯中的关键作用 | 样本量相对有限,动物模型数量较少,且主要基于相关性分析,需要进一步的功能性实验验证 | 探究系统性硬化症相关间质性肺病的发病机制,特别是细胞间通讯网络的作用 | 人类肺组织样本(正常和SSc-ILD患者)、SSc患者血清样本、博来霉素诱导的肺纤维化动物模型 | 数字病理学 | 系统性硬化症相关间质性肺病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-seq)、ELISA、免疫荧光、免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据、表观基因组数据、血清蛋白数据、组织图像数据 | 34例人类肺组织(17例正常,17例SSc-ILD)、55例SSc患者血清(32例伴ILD,23例不伴ILD)、5只动物模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1746 | 2026-02-20 |
Exploration and Validation of the Diagnostic Potential of the Circadian Rhythm-Related Genes CCL23 and VNN1 in Adolescents with Depressive Disorder
2026-Feb-18, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-026-05755-6
PMID:41706232
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研究论文 | 本研究探索并验证了昼夜节律相关基因CCL23和VNN1作为青少年抑郁障碍诊断生物标志物的潜力 | 首次从转录组学角度识别CCL23和VNN1作为抑郁障碍的昼夜节律相关生物标志物,并通过多数据集验证其诊断性能 | 样本量较小(15例患者和15例对照),且研究仅基于血液样本,未直接评估脑组织表达 | 探索昼夜节律相关基因作为抑郁障碍诊断生物标志物的潜力 | 青少年抑郁障碍患者和年龄匹配的健康对照 | 自然语言处理 | 抑郁障碍 | RNA测序、RT-qPCR、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 15例青少年抑郁障碍患者和15例年龄匹配对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1747 | 2026-02-20 |
A pathomics-based pyroptosis signature predicts survival in clear cell renal cell carcinoma
2026-Feb-18, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04685-y
PMID:41706247
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研究论文 | 本研究开发了一种基于病理组学特征和细胞焦亡信号的新型预后模型,用于预测透明细胞肾细胞癌患者的生存情况 | 首次在ccRCC中整合病理组学特征与细胞焦亡相关信号构建预后模型,并揭示了关键基因在肿瘤微环境中的表达模式 | 模型主要基于TCGA数据库的回顾性数据,需要前瞻性临床研究进一步验证其临床应用价值 | 开发更准确的预后工具以改善透明细胞肾细胞癌的临床管理 | 透明细胞肾细胞癌患者 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 病理组学分析、单细胞测序 | StepCox[forward]+Lasso算法 | 全切片数字病理图像、基因表达数据 | TCGA数据库中的ccRCC患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1748 | 2026-02-20 |
A hybrid neighborhood enhanced contrastive learning and self-knowledge distillation method for scRNA-seq data clustering analysis
2026-Feb-18, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag084
PMID:41706646
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研究论文 | 本文提出了一种名为scKD的新方法,结合混合邻域增强对比学习和自知识蒸馏策略,用于提升单细胞RNA测序数据的聚类分析性能 | 整合了混合邻域增强对比学习模型与自知识蒸馏策略,以提高聚类准确性并准确识别主要细胞类型和罕见细胞亚型 | 未在摘要中明确提及 | 解决单细胞RNA测序数据高维度、复杂性和噪声带来的挑战,实现精确的细胞类型分类 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习, 知识蒸馏 | 基因表达数据 | 多个真实世界数据集(具体数量未在摘要中提供) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1749 | 2026-02-20 |
Spatiotemporal Role of GLI2 in Driving SHH-Medulloblastoma Tumorigenesis
2026-Feb-18, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noag033
PMID:41706711
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研究论文 | 本研究通过构建GLI2扩增的小鼠模型,揭示了GLI2在驱动SHH型髓母细胞瘤发生中的时空作用及MAPK通路的关键角色 | 首次构建了GLI2扩增的髓母细胞瘤小鼠模型,明确了GLI2作为SHH-MB主要致癌驱动因子的作用,并发现胚胎期Math1+祖细胞对GLI2诱导的肿瘤发生具有特异性易感性 | 研究主要基于小鼠模型,虽然与人类肿瘤相似,但可能存在物种差异;未涉及临床治疗干预的验证 | 探究GLI2在SHH型髓母细胞瘤发生发展中的驱动机制及发育起源 | GLI2扩增的SHH型髓母细胞瘤小鼠模型及人类肿瘤样本 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学分析 | 小鼠遗传模型 | 单细胞转录组数据, 组织图像数据 | 未明确样本数量,但涉及多个发育时间点(E13.5-E15.5胚胎期及出生后)的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1750 | 2026-02-20 |
TWIST1 drives endothelial-to-mesenchymal-transition to stabilize atherosclerotic plaques
2026-Feb-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69808-z
PMID:41708636
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子TWIST1在动脉粥样硬化斑块中通过驱动内皮-间质转化来促进斑块稳定的作用 | 挑战了传统观点,即内皮-间质转化仅导致斑块不稳定,提出TWIST1驱动的内皮-间质转化可促进斑块稳定性 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞培养,人类体内验证有限 | 探究TWIST1在动脉粥样硬化斑块进展中的作用及其机制 | 高胆固醇血症小鼠的内皮细胞和人类主动脉内皮细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,组织学分析,细胞培养 | NA | RNA测序数据,组织图像,细胞实验数据 | 高胆固醇血症小鼠模型和人类主动脉内皮细胞培养 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1751 | 2026-02-20 |
Immune regulation and cellular crosstalk drive non-fibrotic lung remodeling in pre-metamorphic frogs exposed to paraquat
2026-Feb-18, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-026-02546-2
PMID:41709280
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研究论文 | 本研究通过组织学分析、行为学实验和单细胞RNA测序,探讨了Microhyla fissipes蝌蚪在环境相关浓度百草枯暴露下的急性肺反应,揭示了非纤维化肺重塑机制 | 首次在蝌蚪模型中揭示百草枯诱导的非纤维化肺重塑,涉及免疫调节和细胞互作,并发现发育信号通路如Wnt/β-catenin的重新激活 | 结论仅适用于蝌蚪阶段和短期暴露,需要进一步研究评估长期或变态后结果 | 研究环境化学应激下脊椎动物肺的急性损伤反应、恢复力和发育可塑性 | Microhyla fissipes蝌蚪的肺组织 | 单细胞组学 | 肺损伤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及Microhyla fissipes蝌蚪 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1752 | 2026-02-20 |
A comprehensive evaluation of long-read de novo transcriptome assembly
2026-Feb-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-04001-5
PMID:41709347
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研究论文 | 本文对长读长从头转录组组装工具进行了全面评估,并比较了其与短读长组装工具的性能 | 首次系统性地评估了RATTLE、RNA-Bloom2和isONform等长读长从头转录组组装工具,并分析了组装选择对差异表达检测的下游影响 | 与参考基因组引导的方法相比,长读长从头组装在准确性和冗余度方面仍存在局限性 | 评估和比较长读长从头转录组组装工具的性能,为无高质量参考基因组时的差异表达分析提供策略指导 | 长读长从头转录组组装工具(RATTLE、RNA-Bloom2、isONform)和短读长组装工具(Trinity) | 生物信息学 | NA | 长读长测序、短读长测序、转录组组装、差异表达分析 | NA | 测序数据(模拟数据、spike-in sequin转录本、真实样本数据) | 人类和豌豆(Pisum sativum)样本,测序深度覆盖600万至6000万读长 | Oxford Nanopore Technologies, Pacific Biosciences | 长读长测序、单细胞测序 | Oxford Nanopore Technologies, PacBio | ONT cDNA测序、ONT直接RNA测序、PacBio 10×单细胞测序 |
| 1753 | 2026-02-20 |
Deciphering immune features and cellular heterogeneity in PRRSV infection via single-cell RNA sequencing
2026-Feb-17, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01828-25
PMID:41467841
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,解析了PRRSV感染期间肺部免疫特征和细胞异质性 | 首次在单细胞水平上全面描绘了PRRSV感染下肺部免疫细胞的转录组图谱,并识别出SPP1巨噬细胞亚群作为病毒主要靶细胞 | 研究仅基于转录组数据,未结合蛋白质组或功能验证实验 | 阐明PRRSV感染如何扰乱肺部免疫细胞群体及诱导免疫功能障碍的机制 | PRRSV感染仔猪的肺部细胞 | 数字病理学 | 猪繁殖与呼吸综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 46,922个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1754 | 2026-02-20 |
Elucidation of population-based bacterial adaptation to antimicrobial treatment by single-cell sequencing analysis of the gut microbiome of a hospital patient
2026-Feb-17, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.01631-24
PMID:41468549
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术,分析了一名接受抗生素治疗的急性脑出血患者的肠道微生物组,揭示了抗生素耐药基因的广泛存在、进化路径及水平基因转移事件 | 首次在患者个体层面,通过单细胞测序技术系统性地描绘了抗生素治疗期间肠道微生物组中抗生素耐药基因的多样性、进化动态及跨物种水平基因转移网络,并发现了具有不同耐药基因进化模式的肺炎克雷伯菌菌株 | 研究仅基于单一样本(一名患者),样本量小,限制了结果的普适性;研究为观察性分析,未能建立因果关系 | 阐明在抗生素治疗压力下,基于人群的细菌适应性进化机制,特别是抗生素耐药基因的获得与传播 | 一名患有急性脑出血并接受抗生素治疗的成年男性患者的肠道微生物组 | 微生物组学 | 脑出血 | 单细胞测序 | NA | 单细胞基因组数据 | 1名患者的肠道微生物组样本 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1755 | 2026-02-20 |
A single-cell transcriptional reference for the functional and developmental diversity of neonatal innate lymphoid cells
2026-Feb-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117000
PMID:41706587
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序结合发育与功能分析,深入解析了脐带血中循环固有淋巴样细胞的复杂亚群多样性 | 首次在免疫学幼稚的脐带血中系统描绘了cILC的详细转录图谱,识别了多个新亚群,包括cILC1的六个子集和cILC2的四个主要亚型,并揭示了cILC3的替代激活途径 | 研究主要基于脐带血样本,可能无法完全反映成人或病理状态下的cILC多样性;人工胸腺器官模型的应用可能限制了发育潜能的全面评估 | 旨在建立新生儿固有淋巴样细胞的单细胞转录参考图谱,解析其功能与发育多样性 | 脐带血中的循环固有淋巴样细胞(cILCs) | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但基于脐带血来源的cILCs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1756 | 2026-02-20 |
Single-cell atlas of hepatic cellular plasticity and immune niche reprogramming in liver cirrhosis
2026-Feb-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07858-z
PMID:41709311
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研究论文 | 本研究利用公开单细胞测序数据集,解析肝硬化中免疫细胞亚型、基因表达谱及转录因子活性变化,以揭示其在疾病发生发展中的作用 | 整合多种生物信息学工具(如Seurat、Monocle、CellChat)系统分析肝硬化单细胞图谱,首次揭示TNF-α/ETS2驱动的巨噬细胞极化、IL-1α/β/THRA相关的CD4+ T细胞极化及成纤维细胞-B细胞MIF信号轴增强三大调控轴 | 基于公开数据集进行二次分析,缺乏实验验证;样本来源及临床信息可能受限;未涉及空间转录组学或多组学整合分析 | 解析肝硬化中免疫微环境的重编程机制及细胞可塑性变化 | 肝硬化患者的肝组织单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肝硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 35,017个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1757 | 2026-02-20 |
Genetic profile of Lepr+ skeletal stem/progenitor cells in the periodontal ligament and functional compensation during aging and bone repair
2026-Feb-13, Bone
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.bone.2026.117833
PMID:41692367
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞RNA测序,揭示了牙周韧带中Lepr阳性骨骼干/祖细胞的分层组织和功能特性,并探讨了其在衰老和骨修复过程中的功能补偿机制 | 首次在牙周韧带中识别出具有Thy1表达但缺乏Runx2的Lepr亚群,该亚群位于Lepr PDLC谱系的顶端,并揭示了其与长骨来源Lepr SSPCs的转录组相似性及Kit配体表达的独特性 | Lepr PDLCs对骨细胞和牙骨质细胞的贡献在数量上有限且随年龄下降,且其遗传消融并未减少再生骨体积,表明可能存在其他SSPC群体的补偿作用 | 探究牙周韧带中Lepr阳性骨骼干/祖细胞的分层组织、干细胞特性维持及其与其他SSPC群体的关系 | 小鼠牙周韧带中的Lepr阳性骨骼干/祖细胞 | 骨骼生物学 | NA | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1758 | 2026-02-20 |
Deciphering the single-cell transcriptomic atlas of donkey (Equus asinus) gonad development in early gestation
2026-Feb-12, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2026.02.003
PMID:41690667
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研究论文 | 本研究构建了驴早期妊娠期(四周和八周)性腺的单细胞转录组图谱,揭示了卵巢发育过程中的细胞类型、基因表达和信号网络变化 | 首次绘制驴早期妊娠期性腺的单细胞转录组图谱,识别了主要细胞类型,并揭示了生殖细胞相关基因和信号通路在发育中的动态变化 | 研究仅关注早期妊娠期(四周和八周),未涵盖整个生殖周期;样本数量有限,可能影响统计显著性 | 探究驴卵巢发育的分子机制,以解决其繁殖率低的问题 | 驴(Equus asinus)胚胎在妊娠四周和八周时的性腺组织 | 单细胞转录组学 | 生殖障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 驴胚胎在妊娠四周和八周的性腺组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1759 | 2026-02-20 |
Single-cell RNA sequencing reveals multiple pathways involving pulmonary immune and epithelial cells through which aryl hydrocarbon receptor activation attenuates acute respiratory distress syndrome
2026-Feb-09, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf295
PMID:41182312
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了芳烃受体激活如何通过影响肺免疫和上皮细胞的多条通路来减轻急性呼吸窘迫综合征 | 首次在单细胞水平上系统解析了AhR激活在ARDS中调控多种细胞类型(如肺泡巨噬细胞、内皮细胞)的转录组变化,并识别了关键通路如前列腺素信号和细胞连接组织的富集 | 研究基于小鼠模型和LPS诱导的ARDS,可能无法完全模拟人类疾病复杂性;未涉及长期效应或临床转化验证 | 探究芳烃受体激活对LPS诱导的急性呼吸窘迫综合征的缓解作用及其分子机制 | 小鼠肺组织中的免疫细胞(如单核细胞、中性粒细胞、巨噬细胞)和上皮细胞(如club细胞) | 数字病理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量,但涉及小鼠肺组织的16个转录组学细胞簇 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1760 | 2026-02-20 |
B-cell subsets have different capacities for phagocytosis and subsequent presentation of antigen to cognate T cells
2026-Feb-09, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf282
PMID:41082629
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研究论文 | 本研究探讨了不同B细胞亚群的吞噬能力及其与抗原呈递功能的关系 | 开发了2微米吞噬性抗原偶联珠靶标,首次系统比较了B细胞亚群通过BCR、清道夫、Fc和补体受体途径吞噬同源和非同源抗原的能力,并发现仅腹膜腔B1细胞能吞噬非同源抗原 | 吞噬能力差异无法完全用吞噬受体差异表达解释,暗示存在未知调控机制,具体分子机制尚未阐明 | 阐明不同B细胞亚群的吞噬功能差异及其对抗原呈递的影响 | 滤泡B2细胞、边缘区B细胞和B1细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |