单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28561 篇文献，本页显示第 1741 - 1760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1741 | 2025-05-16 |
Impact of Peripheral Inflammation on Blood-Brain Barrier Dysfunction and Its Role in Neurodegenerative Diseases
2025-Mar-09, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26062440
PMID:40141084
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综述 | 探讨外周炎症对血脑屏障功能障碍的影响及其在神经退行性疾病中的作用 | 强调了肠-脑轴在血脑屏障完整性中的关键作用，以及肠道菌群失调和慢性炎症通过免疫和代谢途径对屏障破坏的贡献 | 关于血脑屏障功能障碍的精确机制仍存在关键知识空白 | 研究外周炎症、肠道菌群和血脑屏障功能障碍之间的分子机制，及其在神经退行性疾病中的作用 | 血脑屏障、外周炎症、肠道菌群、神经退行性疾病 | 神经科学 | 阿尔茨海默病、帕金森病 | 单细胞转录组学、器官芯片模型 | NA | 文献数据 | 涵盖2015年至2025年的出版物 |
| 1742 | 2025-05-16 |
Construction of T-Cell-Related Prognostic Risk Models and Prediction of Tumor Immune Microenvironment Regulation in Pancreatic Adenocarcinoma via Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq
2025-Mar-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26062384
PMID:40141028
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了与T细胞相关的预后风险模型，并预测了胰腺腺癌的肿瘤免疫微环境调控 | 首次基于T细胞标记基因构建了胰腺腺癌的预后风险模型，并探索了该模型与免疫治疗效果的相关性 | 研究依赖于公开数据库的数据，未进行独立的外部验证 | 预测胰腺腺癌患者的预后和免疫治疗效果 | 胰腺腺癌患者 | 数字病理学 | 胰腺癌 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | 预后风险模型 | RNA测序数据 | 来自GEO和TCGA数据库的胰腺腺癌样本 |
| 1743 | 2025-05-16 |
scSAMAC: saliency-adjusted masking induced attention contrastive learning for single-cell clustering
2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf128
PMID:40131310
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研究论文 | 提出了一种名为scSAMAC的新方法，用于单细胞数据的聚类分析，该方法结合了对比学习和负二项损失到变分自编码器中，以提高聚类的鲁棒性和泛化能力 | scSAMAC方法通过基因特征显著性调整构建掩码模块，选择对聚类阶段更具影响力的特征，并模拟数据缺失事件，同时开发了包含软k均值损失、Wasserstein距离和对比损失的新损失函数，以充分利用数据信息并提高聚类性能 | NA | 提高单细胞数据的聚类性能，以便更好地分析下游所需的清晰细胞类型 | 单细胞测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序技术 | 变分自编码器（VAE） | 单细胞测序数据 | NA |
| 1744 | 2025-05-16 |
The Spatial Transcriptomic Atlas of Human Limbus and Vital Niche Microenvironment Regulating the Fate of Limbal Epithelial Stem Cells
2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.3.52
PMID:40131296
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研究论文 | 本研究利用空间转录组技术生成了人类角膜缘的空间图谱，并揭示了角膜缘上皮干细胞（LESCs）与微环境之间的深层相互作用 | 首次绘制了人类角膜缘的空间转录组图谱，并发现GPHB5可能作为LESCs的新型潜在生物标志物 | 样本量相对较小，仅分析了每个样本中的400多个位点 | 揭示角膜缘微环境对LESCs命运的调控机制 | 人类角膜缘组织及角膜缘上皮干细胞（LESCs） | 空间转录组学 | 角膜疾病 | 空间转录组技术、单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 每个样本分析超过400个位点 |
| 1745 | 2025-05-16 |
A Comprehensive Analysis of Epoxide Hydrolase 2 (EPHX2) in Pan-Cancer
2025-Mar, Cancer reports (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/cnr2.70188
PMID:40129060
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研究论文 | 本研究全面分析了环氧水解酶2（EPHX2）在泛癌中的表达、诊断和预后意义，并探讨了其在肿瘤免疫微环境中的潜在作用 | 首次详细描述了EPHX2在泛癌中的预后景观，并探索了其与肿瘤免疫浸润的潜在关系 | EPHX2在不同类型癌症中的保护或有害作用机制尚不完全清楚 | 详细描述EPHX2在泛癌中的预后景观，并探索其与肿瘤免疫微环境的潜在关系 | 环氧水解酶2（EPHX2）及其在人类恶性肿瘤中的表达和作用 | 生物信息学 | 泛癌 | 基因集变异分析（GSVA）、qPCR实验、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、免疫治疗数据、药物敏感性数据 | 33种肿瘤的遗传变异数据及多种癌细胞系的qPCR验证 |
| 1746 | 2025-05-16 |
Identification of RCC2 as a Risk Gene Associated With Basal Cell Carcinoma and Experimental Validation
2025-Mar, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70082
PMID:40129067
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研究论文 | 通过多组学孟德尔随机化分析和体外实验验证，鉴定出与基底细胞癌风险相关的基因RCC2 | 首次通过多组学孟德尔随机化分析结合体外实验验证，发现RCC2基因与基底细胞癌风险相关，并证实抑制RCC2可抑制A431细胞增殖 | 研究主要基于体外细胞实验，尚未进行体内动物模型验证 | 鉴定基底细胞癌的新型风险基因并探索其治疗潜力 | 基底细胞癌相关基因和A431细胞系 | 生物信息学 | 基底细胞癌 | 孟德尔随机化分析、eQTL/mQTL/pQTL分析、转录组分析、siRNA转染 | NA | 多组学数据（基因组、表观组、转录组）和细胞实验数据 | GEO数据库转录组数据和A431细胞系 |
| 1747 | 2025-05-16 |
CellGAT: A GAT-Based Method for Constructing a Cell Communication Network Integrating Multiomics Information
2025-Feb-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15030342
PMID:40149878
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研究论文 | 提出了一种基于GAT的方法CellGAT，用于构建整合多组学信息的细胞通讯网络 | CellGAT首次整合了配体-受体对基因表达数据、PPI信息、蛋白质复合体数据和实验验证的通路信息，利用节点嵌入算法和图注意力网络构建细胞通讯网络 | 未明确提及具体局限性 | 开发一种更准确的细胞间通讯预测方法 | 多细胞生物中的细胞间通讯网络 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | GAT | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本量 |
| 1748 | 2025-05-16 |
VPS25 Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2025-Feb-22, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15030323
PMID:40149859
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research paper | 该研究探讨了VPS25在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中促进免疫抑制微环境的作用及其临床意义 | 揭示了VPS25通过上调PVR表达激活PVR-TIGIT信号轴促进免疫逃逸的新机制，并提出了VPS25作为免疫治疗预测生物标志物的潜力 | 研究主要基于TCGA数据集和体外实验，需要更多临床样本验证 | 探究ESCRT复合体成员VPS25在HNSCC肿瘤微环境免疫调节中的作用 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）组织和CAL27细胞系 | 肿瘤免疫学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RNA-seq、单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、组织微阵列数据 | TCGA数据集中的HNSCC样本及组织微阵列样本 |
| 1749 | 2025-05-16 |
Identification and validation of m6A RNA methylation and ferroptosis-related biomarkers in sepsis: transcriptome combined with single-cell RNA sequencing
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1543517
PMID:40124361
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research paper | 该研究通过转录组和单细胞RNA测序技术，识别并验证了与脓毒症相关的m6A RNA甲基化和铁死亡相关生物标志物 | 首次结合m6A RNA甲基化和铁死亡相关基因，利用机器学习方法和单细胞分析技术识别脓毒症生物标志物，并探索其免疫浸润和治疗潜力 | 研究主要基于公共数据库和有限临床样本，需要更大规模的临床验证 | 识别和验证脓毒症的潜在生物标志物，并探索其分子机制和治疗潜力 | 脓毒症患者和对照组的转录组数据及临床样本 | 生物信息学 | 脓毒症 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, WGCNA, RT-qPCR | 机器学习方法（未指定具体模型） | RNA-seq数据, 单细胞数据 | 公共数据库中的转录组数据集和临床样本（未明确数量） |
| 1750 | 2025-05-16 |
Integrative analysis of single-cell and bulk RNA sequencing reveals the oncogenic role of ANXA5 in gastric cancer and its association with drug resistance
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1562395
PMID:40124374
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了ANXA5在胃癌中的致癌作用及其与耐药性的关联 | 识别了MUC5AC+恶性上皮细胞簇在胃癌侵袭和上皮-间质转化中的关键作用，并建立了包含ANXA5和GABARAPL2的预后模型 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本选择和测序技术的限制 | 探索胃癌进展的分子机制及耐药性基础 | 胃癌组织和相关细胞群 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 预后模型 | RNA测序数据 | 来自TCGA、GEO和OMIX001073数据库的多个数据集 |
| 1751 | 2025-05-16 |
TGF-β-mediated activation of fibroblasts in cervical cancer: implications for tumor microenvironment and prognosis
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19072
PMID:40124621
|
研究论文 | 本研究探讨了TGF-β信号在宫颈癌相关成纤维细胞中的作用及其与免疫细胞的相互作用，旨在阐明其对宫颈癌进展的影响 | 通过单细胞RNA测序数据分析了宫颈癌患者的肿瘤微环境，并构建了一个基于三个基因（ITGA5、SHF和SNRPN）的预后模型，该模型在多个数据集中表现出良好的预测能力 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验，缺乏体内实验验证 | 阐明TGF-β信号在宫颈癌相关成纤维细胞中的作用及其对肿瘤微环境和预后的影响 | 宫颈癌患者的肿瘤微环境，特别是成纤维细胞和免疫细胞 | 肿瘤生物学 | 宫颈癌 | scRNA-seq, WGCNA, qRT-PCR, CCK-8, 划痕实验 | 预后基因模型（基于ITGA5、SHF和SNRPN） | 单细胞RNA测序数据, TCGA-CESC数据集 | NA |
| 1752 | 2025-05-16 |
AQP1 Affects Necroptosis by Targeting RIPK1 in Endothelial Cells of Atherosclerosis
2025, Vascular health and risk management
IF:2.6Q2
DOI:10.2147/VHRM.S487327
PMID:40129682
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研究论文 | 本研究探讨了AQP1通过靶向RIPK1影响内皮细胞坏死性凋亡在动脉粥样硬化中的作用 | 首次揭示了AQP1通过抑制RIPK3和MLKL的表达来抑制动脉粥样硬化中的坏死性凋亡 | 研究主要基于体外实验和测序分析，缺乏体内实验验证 | 探究AQP1是否通过结合RIPK1并降低RIPK3和MLKL的表达来影响动脉粥样硬化中的坏死性凋亡 | 动脉粥样硬化患者和正常人的股动脉和主动脉样本，以及ox-LDL处理的内皮细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序、空间转录组学、WGCNA、ssGSEA、Western Blot | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 动脉粥样硬化组织和正常组织的样本，具体数量未明确说明 |
| 1753 | 2025-05-16 |
Hypoxia-associated genes as predictors of outcomes in gastric cancer: a genomic approach
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1553477
PMID:40129974
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研究论文 | 研究缺氧相关基因在胃腺癌中的作用并构建预后模型 | 构建了一个基于五个H1特异性转录因子的新型预后模型，用于预测胃腺癌患者的总体生存率 | 研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制 | 研究缺氧相关基因对胃腺癌的影响并开发预后模型 | 胃腺癌(STAD)患者和细胞系 | 基因组学 | 胃癌 | scRNA-seq, WGCNA, GO-BP/KEGG富集分析, LassoCox算法, qRT-PCR | LassoCox | RNA表达数据和临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的胃腺癌样本，以及GSE183904中的原发胃癌样本 |
| 1754 | 2025-05-16 |
Interleukin-27-polarized HIV-resistant M2 macrophages are a novel subtype of macrophages that express distinct antiviral gene profiles in individual cells: implication for the antiviral effect via different mechanisms in the individual cell-dependent manner
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1550699
PMID:40129989
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research paper | 该研究探讨了IL-27极化的HIV抗性M2巨噬细胞的生物学功能和基因表达谱，揭示了其作为一种新型巨噬细胞亚型的特性 | 发现IL-27极化的巨噬细胞（27-Mac）是一种新型的M2巨噬细胞亚型，具有独特的抗HIV机制和基因表达谱 | 研究仅使用健康供体的单核细胞，未考虑HIV感染者或免疫缺陷患者的样本 | 研究IL-27极化的巨噬细胞（27-Mac）的生物学特性和抗HIV机制 | IL-27极化的巨噬细胞（27-Mac）和M2d巨噬细胞亚型 | 免疫学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、p24抗原捕获试验、过氧化氢测定、吞噬试验、IsoPlexis系统 | NA | 基因表达数据、细胞功能数据 | 健康供体的单核细胞 |
| 1755 | 2025-05-16 |
Myosin 1f and Proline-rich 13 are transcriptionally upregulated yet functionally redundant in CD4+ T cells during blood-stage Plasmodium infection
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0320375
PMID:40132035
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研究论文 | 研究在实验性疟疾中，CD4+ T细胞分化为效应和记忆亚群时，Myo1f和Prr13基因的转录上调及其功能冗余性 | 首次在T辅助细胞中鉴定并研究了Myo1f和Prr13基因的功能，尽管这些基因在转录水平上上调，但在效应和记忆CD4+ T细胞反应中功能冗余 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类疟疾中进行验证 | 探究CD4+ T细胞在疟疾感染期间分化为效应和记忆亚群的分子机制 | CD4+ T细胞，特别是Plasmodium chabaudi chabaudi AS感染的小鼠模型中的T细胞 | 免疫学 | 疟疾 | scRNA-seq, 条件性基因敲除 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型中的CD4+ T细胞 |
| 1756 | 2025-05-16 |
Single-cell and transcriptome analyses revealed CTHRC1 a potential therapeutic target mediating invasion and tumor microenvironment in TNBC: experimental validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1534981
PMID:40134434
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研究论文 | 研究CTHRC1在三阴性乳腺癌（TNBC）肿瘤微环境中的关键作用及其作为潜在治疗靶点的可能性 | 首次系统性地分析了CTHRC1在TNBC中的表达特征及其与侵袭性基因、肿瘤免疫细胞浸润和免疫治疗的关系 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分相对有限 | 探究CTHRC1在TNBC肿瘤微环境中的作用机制及其治疗潜力 | 三阴性乳腺癌（TNBC）患者样本及相关基因数据 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | RNA转录组分析、单细胞测序、多重免疫荧光分析 | NA | RNA-seq数据、单细胞测序数据 | 来自TCGA和GEO数据库的TNBC患者样本数据 |
| 1757 | 2025-05-16 |
Jing-Yin-Gu-Biao formula protects mice from postinfluenza Staphylococcus aureus infection by ameliorating acute lung injury and improving hypercoagulable state via inhibiting NETosis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1567522
PMID:40134435
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研究论文 | 研究精银固表方（JYGBF）对流感后金黄色葡萄球菌感染的保护作用及其机制 | 首次揭示JYGBF通过抑制NETosis改善急性肺损伤和高凝状态 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验 | 探索JYGBF对流感后金黄色葡萄球菌感染的治疗效果及作用机制 | 流感后金黄色葡萄球菌感染的小鼠模型 | 医学研究 | 急性呼吸道感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 小鼠感染模型 | 实验数据 | NA |
| 1758 | 2025-05-16 |
Differential neuropilin isoform expressions highlight plasticity in macrophages in the heterogenous TME through in-silico profiling
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1547330
PMID:40134439
|
research paper | 该研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了神经纤毛蛋白（NRP）异构体NRP1和NRP2在不同癌症类型中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的差异表达及其在肿瘤微环境（TME）中的作用 | 揭示了NRP1和NRP2在TAMs中的异构体特异性表达模式及其与肿瘤进展的不同机制，包括血管生成和肿瘤侵袭 | 研究仅针对ccRCC和SKCM两种癌症类型，可能无法推广到其他癌症 | 探讨NRP异构体在TAMs中的表达及其在肿瘤微环境中的作用 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）和皮肤黑色素瘤（SKCM）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs） | digital pathology | renal cell carcinoma, melanoma | scRNA-seq, DEGA | NA | RNA sequencing data | ccRCC和SKCM肿瘤样本（具体数量未提及） |
| 1759 | 2025-05-16 |
Application and Progression of Single-Cell RNA Sequencing in Diabetes Mellitus and Diabetes Complications
2025, Journal of diabetes research
IF:3.6Q2
DOI:10.1155/jdr/3248350
PMID:40135071
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review | 综述了单细胞RNA测序在糖尿病及其并发症研究中的应用和进展 | 强调了单细胞RNA测序在识别糖尿病及其并发症的新型生物标志物和免疫治疗靶点方面的创新应用 | NA | 探讨单细胞RNA测序在糖尿病及其并发症研究中的应用 | 糖尿病及其并发症 | 生物医学研究 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA |
| 1760 | 2025-05-16 |
Programmed cell death-related prognostic genes mediate dysregulation of the immune microenvironment in triple-negative breast cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1563630
PMID:40145099
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序分析三阴性乳腺癌中的程序性细胞死亡（PCD）相关基因，揭示了PCD如何通过肿瘤微环境（TME）调控免疫微环境的失调 | 首次全面分析了PCD在TNBC免疫微环境中的作用，并鉴定了CEBPB+ CAF亚型作为免疫治疗预后不良的预测因子 | 样本量较小（仅9个TNBC样本），且研究结果需要在更大规模的临床样本中验证 | 探究PCD介导的微环境失调在三阴性乳腺癌发病机制中的作用 | 三阴性乳腺癌（TNBC）患者样本和同源小鼠模型 | digital pathology | breast cancer | scRNA-seq, qRT-PCR, immunoblotting, immunohistochemical staining, multiplexed immunofluorescence | NMF, SCENIC, Monocle, CellChat, scMetabolism | RNA-seq数据, 临床样本数据 | 9个TNBC样本, 临床乳腺癌样本和TNBC模型小鼠 |