单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
17521	2024-08-07	A SARS-CoV-2 related signature that explores the tumor microenvironment and predicts immunotherapy response in esophageal squamous cell cancer 2023-10-06, Aging DOI:10.18632/aging.205090 PMID:37812215	研究论文	本研究探讨了SARS-CoV-2相关基因在食管鳞状细胞癌中的特征及其对免疫治疗反应的预测作用	首次研究了SARS-CoV-2相关基因在食管鳞状细胞癌中的作用，并开发了一种基于这些基因的风险签名，用于预测免疫治疗反应	NA	研究SARS-CoV-2相关基因在食管鳞状细胞癌中的特征及其对免疫治疗反应的影响	食管鳞状细胞癌	数字病理学	食管癌	scRNA-seq	Lasso回归	RNA-seq数据	NA
17522	2024-08-05	Spatial Transcriptomic Analysis Reveals Regional Transcript Changes in Early and Late Stages of rd1 Model Mice with Retinitis Pigmentosa 2023-Oct-03, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241914869 PMID:37834317	研究论文	使用空间转录组学分析rd1小鼠不同年龄视网膜层的变化	首次揭示了视网膜色素变性在早期和晚期阶段的区域转录变化	未明确涵盖临床治疗方法	研究视网膜色素变性病理机制的时间变化	rd1小鼠	数字病理学	视网膜色素变性	空间转录组学	NA	转录组数据	rd1小鼠和对照组
17523	2024-08-05	Spatial Heterogeneity of Integrins and Their Ligands in Primary Breast Tumors 2023-10, Discovery medicine IF:2.0Q3 DOI:10.24976/Discov.Med.202335178.86 PMID:37811629	研究论文	本文研究了原发性乳腺肿瘤中整合素及其配体的形态学和空间异质性	该研究揭示了乳腺癌中整合素-配体表达簇的空间异质性及其对肿瘤功能异质性的重大影响	研究主要集中在乳腺癌的特定样本上，结果可能不适用于其他类型的癌症	研究原发性乳腺肿瘤中整合素及其配体的表达特征与空间异质性	原发性乳腺肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学，10X Visium方法	NICHES算法	组织样本	5个样本的21个簇，包含多种功能整合素-配体对
17524	2024-08-05	ESICCC as a systematic computational framework for evaluation, selection, and integration of cell-cell communication inference methods 2023-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278001.123 PMID:37827697	研究论文	本文开发了一个名为ESICCC的系统基准框架，用于评估和比较细胞间通信推断方法的性能	创新点在于系统性地比较了18种配体-受体推断方法和5种配体/受体-靶标推断方法	尚未提及分析结果的长期生物学影响	旨在填补细胞间通信推断方法比较的空白	对116个数据集的细胞间通信推断方法进行评估与比较	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学(ST)	NA	数据集	116个数据集，包括15个ST数据集、15个细胞系扰动数据集、2个细胞类型特异性表达/蛋白质组学数据集和84个采样或未采样的scRNA-seq数据集
17525	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of bronchoscopy specimens: development of a rapid minimal handling protocol 2023-10, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.2144/btn-2023-0017 PMID:37815826	research paper	本文开发了一种快速且最小化处理的协议，用于从支气管刷取样品中制备单细胞悬浮液，以便进行单细胞RNA测序。	本文提出了一种新的、侵入性较小的支气管刷取样方法，用于单细胞RNA测序，以减少传统方法的风险和限制。	目前主要限制是使用侵入性方法（如气道活检、手术切除）进行单细胞RNA测序研究，这些方法存在固有风险。	开发一种快速且最小化处理的协议，用于从支气管刷取样品中制备单细胞悬浮液，以便进行单细胞RNA测序。	支气管刷取样品中的单细胞悬浮液。	digital pathology	airway diseases	scRNA-seq	NA	RNA	NA
17526	2024-08-07	Dissection of key factors correlating with H5N1 avian influenza virus driven inflammatory lung injury of chicken identified by single-cell analysis 2023-10, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1011685 PMID:37819993	研究论文	通过单细胞RNA测序分析，研究了H5N1和H9N2禽流感病毒感染鸡肺组织后的转录组变化，揭示了不同病毒株引起的炎症反应差异及其潜在机制	首次系统性地分析了H5N1和H9N2禽流感病毒感染鸡肺组织后16种细胞类型（19个集群）的转录组，并开发了这些细胞类型的标记基因目录	NA	揭示禽流感病毒感染鸡肺组织后的免疫反应机制	鸡肺组织中的16种细胞类型	数字病理学	禽流感	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	H5N1和H9N2禽流感病毒感染的鸡肺组织样本
17527	2024-08-07	Transcriptional Regulation of Airway Epithelial Cell Differentiation: Insights into the Notch Pathway and Beyond 2023-Sep-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241914789 PMID:37834236	综述	本文综述了气道上皮细胞分化的转录调控机制，特别关注了Notch信号通路及其相关因素	利用单细胞RNA测序技术揭示了气道上皮细胞的组成，包括一些特殊和罕见的细胞类型	NA	探讨气道上皮细胞分化的机制，为呼吸系统疾病的治疗提供靶向疗法	气道上皮细胞的分化过程及其在呼吸系统疾病中的作用	NA	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
17528	2024-08-07	SLAM Modification as an Immune-Modulatory Therapeutic Approach in Cancer 2023-Sep-29, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15194808 PMID:37835502	综述	本文综述了信号淋巴细胞激活分子（SLAM）家族在肿瘤环境中调节免疫反应的关键作用，并探讨了基于SLAM的免疫调节治疗在癌症治疗中的潜力	文章提出了基于SLAM家族的精确靶向治疗方法，利用单细胞RNA测序和高级成像技术，为更个性化和适应性强的癌症治疗提供了新方向	文章强调了患者安全性和临床试验的重要性，暗示当前研究可能存在临床应用上的限制	探讨SLAM家族在癌症治疗中的应用，特别是作为免疫调节治疗的新策略	研究对象为SLAM家族及其在肿瘤免疫反应中的作用	肿瘤学	NA	单细胞RNA测序	NA	图像	NA
17529	2024-08-07	Recent Advances in Single-Cell RNA-Sequencing of Primary and Metastatic Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2023-Sep-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers15194734 PMID:37835428	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在原发性和转移性透明细胞肾细胞癌研究中的最新进展	利用单细胞RNA测序技术深入解析了肿瘤、免疫和基质细胞的多样性及其在疾病进展中的相互作用和通路	对于转移性透明细胞肾细胞癌的研究相对有限，这可能是导致该类型患者生存率和响应率较低的原因之一	旨在填补透明细胞肾细胞癌转移研究的知识空白，并强调提高转移性透明细胞肾细胞癌生存率的关键步骤	原发性和转移性透明细胞肾细胞癌	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
17530	2024-08-07	Deciphering Cellular Heterogeneity and Communication Patterns in Porcine Antral Follicles by Single-Cell RNA Sequencing 2023-Sep-26, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani13193019 PMID:37835625	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了猪腔前卵泡中颗粒细胞的分子和细胞特征	揭示了猪腔前卵泡中颗粒细胞的异质性和通信模式，以及它们在卵泡发育和卵母细胞成熟中的作用	NA	理解猪腔前卵泡中颗粒细胞的异质性和通信模式	猪腔前卵泡中的颗粒细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
17531	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing of Donor-Reactive T Cells Reveals Role of Apoptosis in Donor-Specific Hyporesponsiveness of Kidney Transplant Recipients 2023-Sep-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241914463 PMID:37833911	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肾移植受者中供体反应性T细胞的转录组和T细胞受体谱，揭示了凋亡在供体特异性低反应性中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了肾移植受者中供体反应性T细胞的转录组和T细胞受体谱，并发现了凋亡在供体特异性低反应性中的作用	研究样本量较小，仅包括7名肾移植受者，可能影响结果的普遍性	探究肾移植后供体特异性低反应性的潜在机制	肾移植受者的供体反应性T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7名肾移植受者
17532	2024-08-05	Decoding functional cell-cell communication events by multi-view graph learning on spatial transcriptomics 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad359 PMID:37824741	研究论文	该文章开发了一种名为HoloNet的方法，通过空间转录组学数据解码功能性细胞间通信事件。	本研究的创新点在于整合了配体-受体对、细胞类型空间分布和下游基因表达到深度学习模型中，以解码功能性通信事件和其目标基因关系。	没有提供HoloNet在其他类型的癌症或疾病中的应用结果，可能限制了其普遍性。	本研究旨在解码功能性细胞间通信事件，以理解生物过程的机制。	研究对象为乳腺癌和肝癌的三组Visium数据集，专注于细胞间的配体-受体相互作用。	数字病理学	乳腺癌, 肝癌	空间转录组学	深度学习模型	转录组数据	三组Visium数据集
17533	2024-08-05	Single-Cell Profiling of Cells in the Lung of a Patient with Chronic Hypersensitivity Pneumonitis Reveals Inflammatory Niche with Abundant CD39+ T Cells with Functional ATPase Phenotype: A Case Study 2023-Sep-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms241914442 PMID:37833889	研究论文	本研究调查了慢性超敏性肺炎中免疫细胞特征，重点关注CD39表达细胞对炎症和组织重塑的影响	揭示了CD39表达的T细胞在慢性超敏性肺炎中的双重性质，提示其在调节肺炎症中的潜在作用	本研究是单一病例研究，样本量较小，可能限制了广泛的适用性	探讨慢性超敏性肺炎中免疫细胞的特征及其对病理机制的影响	分析一名慢性超敏性肺炎患者的肺组织中的免疫细胞	数字病理学	慢性超敏性肺炎	单细胞转录组学，流式细胞术，基因表达分析	NA	组织样本	1名慢性超敏性肺炎患者的肺组织
17534	2024-08-05	SGAE: single-cell gene association entropy for revealing critical states of cell transitions during embryonic development 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad366 PMID:37833841	研究论文	本研究提出了一种新颖的计算方法SGAE，用于揭示早期胚胎发育过程中细胞转变的关键状态	提出了一种基于基因关联信息的单细胞基因关联熵(SGAE)方法，用于分析单细胞RNA-seq数据，并定量评估基因调控网络的关键特性	对单细胞RNA测序数据的精确检测仍然面临稀疏性、噪音和异质性的挑战	研究单细胞转变的关键点，以追踪细胞异质性并阐明细胞分化的分子机制	分析五个关于胚胎发育的单细胞数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	五个单细胞数据集
17535	2024-08-05	Development and validation of a differentiation-related signature based on single-cell RNA sequencing data of immune cells in spinal cord injury 2023-Sep, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e19853 PMID:37809933	研究论文	本文基于脊髓损伤后免疫细胞的单细胞RNA测序数据，开发并验证了一个相关的分化标志。	该研究首次利用单细胞RNA测序数据识别了脊髓损伤后的免疫亚型和分子标志。	未提及具体的样本来源及其异质性对结果的影响。	探讨脊髓损伤后免疫系统的分子亚型及其潜在的诊断标志。	脊髓损伤后的免疫细胞及其相关的分化基因。	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三次脊髓样本，时间点为3、10和21天
17536	2024-08-07	Single-cell data analysis of malignant epithelial cell heterogeneity in lung adenocarcinoma for patient classification and prognosis prediction 2023-Sep, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e20164 PMID:37809682	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，分析了肺腺癌（LUAD）中的恶性上皮细胞异质性，并识别出与不良预后相关的新型恶性上皮细胞簇KRT81。	识别出与不良预后相关的新型恶性上皮细胞簇KRT81，并揭示了这些细胞在缺氧和上皮-间质转化（EMT）途径中的激活状态。	NA	研究肺腺癌患者分类和预后预测中的恶性上皮细胞异质性。	肺腺癌（LUAD）患者的恶性上皮细胞。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
17537	2024-08-07	Integrative analysis of cancer-associated fibroblast signature in gastric cancer 2023-Sep, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e19217 PMID:37809716	研究论文	本研究通过整合分析癌症相关成纤维细胞（CAFs）在胃癌（GC）中的特征，探索了CAFs在肿瘤微环境（TME）中的异质性，并为GC的生物标志物和精准治疗开发奠定了基础。	本研究首次识别了胃癌中的五种CAFs亚型，并发现CAF_0亚型与不良预后相关，同时构建了基于CAFs的预后评分模型（CAFs-score），该模型与免疫细胞、基质成分和免疫评分有显著相关性，具有指导治疗决策的潜力。	NA	探索癌症相关成纤维细胞在胃癌中的异质性，并为胃癌的生物标志物和精准治疗开发提供基础。	癌症相关成纤维细胞（CAFs）在胃癌（GC）中的特征及其与预后的关系。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、免疫组织化学、免疫荧光、Western blotting	LASSO回归分析、多变量Cox回归	RNA测序数据	来自GEO和TCGA的数据集，具体样本数量未详细说明
17538	2024-08-07	scHOIS: Determining Cell Heterogeneity Through Hierarchical Clustering Based on Optimal Imputation Strategy 2023 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2022.3203592 PMID:37815942	研究论文	本文提出了一种基于最优插补策略的分层聚类算法scHOIS，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞异质性	scHOIS算法通过两阶段处理，首先使用掩蔽非负矩阵分解近似原始观测数据，然后通过分层聚类对插补细胞进行分组，显著提高了细胞差异的区分能力和聚类性能	NA	开发有效的计算方法来解决单细胞RNA测序数据中的缺失值和聚类问题	单细胞RNA测序数据中的细胞异质性	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	非负矩阵分解(NMF)	基因表达数据	使用真实世界数据集进行广泛实验
17539	2024-08-05	Hypomethylation-induced regulatory programs in T cells unveiled by transcriptomic analyses 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1235661 PMID:37828996	研究论文	这篇文章揭示了低甲基化诱导的调节性T细胞在转录组学分析中的特征	文章首次展示了HA诱导的G细胞在转录组层面的变化，阐明了其在调节性T细胞身份和功能中的作用	文章没有提供HA对其他类型T细胞影响的全面评估	探讨低甲基化如何影响调节性T细胞的转录组特征	主要研究HA诱导的调节性T细胞（HA-iTregs）和其特定的G细胞群体	数字病理学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	HA诱导的G细胞和其对应的G细胞
17540	2024-08-05	VISTA: visualizing the spatial transcriptome of the C.elegans nervous system 2023, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad127 PMID:37810458	研究论文	本文介绍了VISTA，一个可视化线虫神经系统空间转录组的方法	VISTA利用现有数据集实现了单细胞分辨率的综合空间转录组可视化	该方法目前仅针对秀丽隐杆线虫的神经系统，可能不适用于其他动物物种	探讨空间转录组学中单细胞转录组分析与空间信息的结合	研究对象是秀丽隐杆线虫的神经系统及其基因表达模式	数字病理学	NA	转录组分析	NA	基因表达数据	多个单细胞的转录组数据