单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27667 篇文献，本页显示第 17461 - 17480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 17461 | 2024-08-07 |
Novel cell subtypes of SPP1 + S100P+, MS4A1-SPP1 + S100P+ were key subpopulations in intrahepatic cholangiocarcinoma
2023-09, Biochimica et biophysica acta. General subjects
DOI:10.1016/j.bbagen.2023.130420
PMID:37433400
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，探索了肝内胆管癌（iCCA）中的细胞异质性，并利用MSigDB和CIBERSORTx分析了主要细胞类型的通路及其相互关系，进一步探讨了细胞亚型与生存的相关性。 | 发现了iCCA中独特的免疫生态系统，并识别了新的细胞亚型SPP1+ S100P+和MS4A1-SPP1+ S100P+作为关键亚群。 | NA | 研究肝内胆管癌中的细胞异质性和细胞亚型与生存的相关性。 | 肝内胆管癌（iCCA）中的细胞亚型及其与生存的关系。 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 组织微阵列队列中的多个样本 |
| 17462 | 2024-08-07 |
Assessment of the Cardiac Noncoding Transcriptome by Single-Cell RNA Sequencing Identifies FIXER, a Conserved Profibrogenic Long Noncoding RNA
2023-08-29, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序评估心脏非编码转录组，识别出一种保守的促纤维化长非编码RNA——FIXER | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术，在心脏非心肌细胞中鉴定出富集于相关成纤维细胞亚群的长非编码RNA，并发现FIXER的沉默能限制纤维化并改善心脏功能 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术评估心脏非编码转录组，寻找心脏疾病治疗的新靶点 | 心脏非心肌细胞中的长非编码RNA | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 17463 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq explore the prognostic value of exhausted T cells in hepatocellular carcinoma
2023-08, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12072
PMID:37431788
|
研究论文 | 该文章探讨了耗竭T细胞在肝细胞癌中的预后价值 | 提供了关于耗竭T细胞及其临床重要性的详尽特征分析，并构建了一个稳健的预后模型 | 研究可能受限于数据库的样本量和选择偏差 | 调查耗竭T细胞在肝细胞癌进展中的作用和预后价值 | 肝细胞癌患者的T细胞演变及其临床结果 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE146115和国际癌症基因组数据库中的患者信息 |
| 17464 | 2024-08-05 |
SCS: cell segmentation for high-resolution spatial transcriptomics
2023-08, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01939-3
PMID:37429992
|
研究论文 | 本研究介绍了一种新的细胞分割方法SCS，以提高次细胞空间转录组学的精度 | SCS结合了成像数据与测序数据，通过自适应学习的Transformer神经网络来改进细胞分割的准确性 | 未提及具体的局限性 | 该研究旨在提高高分辨率空间转录组学中细胞分割的准确性 | 研究对象为应用在新的次细胞空间转录组学技术上的细胞分割 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | Transformer神经网络 | 成像数据和测序数据 | 在两种新的次细胞空间转录组学技术上的测试 |
| 17465 | 2024-08-05 |
AXL+SIGLEC6+ dendritic cells in cerebrospinal fluid and brain tissues of patients with autoimmune inflammatory demyelinating disease of CNS
2023-08, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2023.109686
PMID:37414380
|
研究论文 | 本研究识别了自身免疫性炎症性脱髓鞘疾病患者中AXL+SIGLEC6+树突细胞的存在 | 首次在人体中识别了AXL+SIGLEC6树突细胞，并发现其在CNS自体免疫中的潜在作用 | 样本数量较小，仅涉及9名患者 | 研究AXL+SIGLEC6树突细胞在自身免疫性炎症性脱髓鞘疾病中的作用 | 来自自身免疫性炎症性脱髓鞘疾病患者及实验性自身免疫性脑脊髓炎模型的样本 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 血液和脑脊液样本 | 9名自身免疫性炎症性脱髓鞘疾病患者的配对样本 |
| 17466 | 2024-08-07 |
Integrated analyses reveal the prognostic, immunological features and mechanisms of cuproptosis critical mediator gene FDX1 in KIRC
2023-08, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-023-00211-0
PMID:37430022
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，探讨了铁氧还原蛋白1（FDX1）在肾透明细胞癌（KIRC）中的作用及其潜在分子机制 | 首次揭示了FDX1在KIRC中的预后和免疫学特征，并阐明了其通过LncRNA/RBP/FDX1网络的分子机制 | NA | 探索FDX1在肾透明细胞癌中的作用及其分子机制 | FDX1基因在肾透明细胞癌中的表达及其对预后和免疫反应的影响 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 17467 | 2024-08-07 |
Identification of angiogenesis-related genes signature for predicting survival and its regulatory network in glioblastoma
2023-08, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.6316
PMID:37434432
|
研究论文 | 本研究旨在识别与胶质母细胞瘤（GBM）预后相关的血管生成相关基因及其潜在调控机制 | 构建了基于9个预后相关血管生成相关基因的风险预测模型，并建立了以三个关键基因为中心的调控网络 | NA | 识别胶质母细胞瘤中的预后相关血管生成相关基因及其调控机制 | 胶质母细胞瘤患者 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 173名胶质母细胞瘤患者 |
| 17468 | 2024-08-07 |
Rebalancing liver-infiltrating CCR3+ and CD206+ monocytes improves diet-induced NAFLD
2023-07-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112753
PMID:37421620
|
研究论文 | 研究探讨了褪黑素通过调节肝脏浸润的CCR3+和CD206+单核细胞改善非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的机制 | 首次揭示了褪黑素通过抑制促炎的CCR3单核细胞衍生巨噬细胞（MoMFs）和上调抗炎的CD206 MoMFs来改善NAFLD | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证 | 探索褪黑素改善非酒精性脂肪肝病的潜在机制，为NAFLD的治疗提供新策略 | 非酒精性脂肪肝病（NAFLD）及其相关单核细胞衍生巨噬细胞 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用褪黑素干预的胆碱缺乏高脂饮食（CDHFD）和蛋氨酸/胆碱缺乏饮食（MCD）喂养的小鼠，以及体外培养的人类CCR3 MoMF和CD206 MoMF |
| 17469 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome atlas of Drosophila gastrula 2.0
2023-07-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112707
PMID:37433294
|
研究论文 | 本文报道了果蝇原肠胚的单细胞转录组图谱，分为77个转录组学上不同的集群 | 首次提供了包含准确空间和谱系信息的早期发育胚胎的单细胞转录组数据，并重建了所有基因在单细胞条纹水平上的空间表达模式 | NA | 旨在深入理解基因如何协同调控果蝇原肠胚形成机制 | 果蝇原肠胚的单细胞转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 77个转录组学上不同的集群 |
| 17470 | 2024-08-05 |
SCING: Inference of robust, interpretable gene regulatory networks from single cell and spatial transcriptomics
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107124
PMID:37434694
|
研究论文 | 该文章介绍了一种新方法SCING，用于从单细胞和空间转录组数据中推断基因调控网络。 | SCING是一种基于梯度提升和互信息的方法，提高了基因调控网络的准确性和生物学解释性。 | 目前未提及具体的局限性。 | 研究基因调控网络推断在生理和疾病理解中的重要性。 | 使用小鼠和人类阿尔茨海默病的单细胞和空间转录组数据进行研究。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组技术 | 梯度提升 | 转录组数据 | 小鼠单细胞图谱和阿尔茨海默病样本 |
| 17471 | 2024-08-05 |
Population dynamics of EMT elucidates the timing and distribution of phenotypic intra-tumoral heterogeneity
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106964
PMID:37426354
|
研究论文 | 该文章研究了上皮到间质转化（EMT）过程中肿瘤内表型异质性的时间和分布 | 提出了一种新的计算框架，可从单细胞RNA测序数据中可靠推断和预测EMT相关轨迹 | 当前的方法主要局限于大规模微阵列数据，单细胞解析仍面临挑战 | 深入理解EMT进程及其对癌症转移的影响 | 利用单细胞RNA测序数据分析EMT状态 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 17472 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis identifies novel biomarkers involved in major liver cancer subtypes
2023-Jul-13, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01156-3
PMID:37438675
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌和肝内胆管癌的转录组，以识别新的生物标志物 | 首次系统性地利用单细胞RNA测序数据集来表征肝癌亚型的肿瘤异质性，并通过细胞间通信分析揭示了不同细胞类型间的相互作用 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术系统地表征肝癌亚型的肿瘤异质性，并识别与肝细胞癌和肝内胆管癌相关的独特分子驱动因素 | 肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）的单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 51,927个单细胞 |
| 17473 | 2024-08-05 |
Multi-batch single-cell comparative atlas construction by deep learning disentanglement
2023-07-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39494-2
PMID:37433791
|
研究论文 | 通过深度学习解开技术与生物效应的因素，构建多批次单细胞比较图谱。 | 提出了一种基于变分自编码器的统计模型CODAL，能够清晰解开技术和生物效应相关的因素。 | 未提及具体的局限性 | 探讨如何在多批次单细胞实验中进行有效的比较分析。 | 应用于模拟数据集和基因敲除的胚胎发育图谱。 | 数字病理学 | NA | RNA-seq和ATAC-seq | 变分自编码器 | 单细胞数据 | 未提供具体样本数量 |
| 17474 | 2024-08-07 |
Correction: Single-cell sequencing resolves the landscape of immune cells and regulatory mechanisms in HIV-infected immune non-responders
2023-Jul-12, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-05940-8
PMID:37438335
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17475 | 2024-08-07 |
A global database for modeling tumor-immune cell communication
2023-07-12, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-023-02342-5
PMID:37438390
|
research paper | 本文开发了一个名为TICCom的综合数据库，用于模拟肿瘤细胞与免疫细胞之间的通信 | TICCom数据库整合了739个实验验证或人工筛选的交互作用，以及通过六种计算算法预测的4,537,709个交互作用，为系统性研究肿瘤免疫细胞通信提供了宝贵资源 | NA | 旨在建立一个全面的数据库，以系统性地表征和研究肿瘤免疫细胞通信 | 肿瘤细胞与14种免疫细胞之间的通信及其配体-受体交互作用 | digital pathology | NA | scRNA-seq, bulk RNA-seq | computational algorithms | database | 32个scRNA-seq数据集和大量RNA-seq数据，涵盖25种癌症类型 |
| 17476 | 2024-08-05 |
Spatial Transcriptomics-correlated Electron Microscopy maps transcriptional and ultrastructural responses to brain injury
2023-07-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39447-9
PMID:37433806
|
研究论文 | 本研究开发了一种方法，将单细胞的空间基因表达与超微结构相结合，以研究脑损伤后的细胞反应 | 创新点在于将多重误差鲁棒的原位杂交技术与大面积体积电子显微镜整合，从而链接细胞的转录和超微结构特征 | 限于只在小鼠模型中进行，更大样本规模和不同物种的验证尚待进行 | 研究细胞在去髓鞘脑损伤后的转录及超微结构反应 | 对小鼠的神经胶质细胞和浸润的T细胞进行研究 | 数字病理学 | 脑损伤 | MERFISH和电子显微镜 | NA | 基因表达数据和超微结构数据 | 男鼠的胶质细胞和T细胞 |
| 17477 | 2024-08-05 |
Spatial cellular architecture predicts prognosis in glioblastoma
2023-07-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39933-0
PMID:37433817
|
研究论文 | 本文研究了空间细胞结构与神经胶质瘤预后的关系 | 提出了一种新的深度学习模型，通过组织学图像预测神经胶质瘤细胞的转录亚型 | 没有提到具体的研究局限性 | 探讨空间细胞组织如何影响神经胶质瘤的预后 | 410名神经胶质瘤患者的组织样本 | 数字病理学 | 神经胶质瘤 | 单细胞RNA-seq与空间转录组数据 | 深度学习模型 | 组织学图像 | 410名患者的4000万个组织点 |
| 17478 | 2024-08-05 |
CMOT: Cross-Modality Optimal Transport for multimodal inference
2023-07-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02989-8
PMID:37434182
|
研究论文 | 该文章开发了一种称为交叉模态最优传输（CMOT）的计算方法，用于单细胞多模态数据整合 | CMOT通过将多模态数据中的细胞对齐到一个共同的潜在空间，并推断缺失的模态，解决了单细胞多模态数据整合中的挑战 | 缺乏对某些模态的详细分析，可能影响结果的普适性 | 研究旨在通过整合不同模态的单细胞测序数据，实现更全面的细胞和分子机制理解 | 研究对象为不同来源的单细胞多模态数据 | 计算机视觉 | 癌症 | NA | NA | 多模态数据 | NA |
| 17479 | 2024-08-07 |
Expression and possible functions of a horizontally transferred glycosyl hydrolase gene, GH6-1, in Ciona embryogenesis
2023-Jul-11, EvoDevo
IF:4.1Q1
DOI:10.1186/s13227-023-00215-x
PMID:37434168
|
研究论文 | 研究了在Ciona胚胎发育过程中，通过水平基因转移获得的糖基水解酶基因GH6-1的表达及其可能的功能 | 首次揭示了通过水平基因转移获得的GH6-1基因在Ciona胚胎表皮细胞中的表达和功能，以及其在tunicate纤维素代谢中的作用 | 需要进一步研究以完全理解GH6-1在tunicate纤维素代谢中的具体作用和机制 | 探究GH6-1基因在Ciona胚胎发育中的表达和功能，以及其在tunicate纤维素代谢中的作用 | Ciona胚胎中的GH6-1基因及其在纤维素代谢中的作用 | NA | NA | 定量逆转录PCR，原位杂交，单细胞RNA测序分析，TALEN介导的基因组编辑 | NA | RNA | 涉及Ciona胚胎和幼虫的多个发育阶段 |
| 17480 | 2024-08-07 |
Prognostic analysis of lung adenocarcinoma based on cancer-associated fibroblasts genes using scRNA-sequencing
2023-07-11, Aging
DOI:10.18632/aging.204838
PMID:37437244
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和批量RNA数据，开发了一个基于癌症相关成纤维细胞基因的肺腺癌预后预测模型 | 首次建立了基于癌症相关成纤维细胞基因的肺腺癌预测模型，并验证了其在不同队列中的预后性能 | NA | 开发和验证肺腺癌的预后预测模型 | 肺腺癌患者的预后和免疫治疗效果 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 预测模型 | RNA数据 | 四个独立的验证队列 |