单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1721	2025-07-14	Single cell RNA sequencing analysis of mice hindlimb muscles identifies transcriptional heterogeneity in aging and physical frailty 2025-Jul-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10421-3 PMID:40640360	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠后肢肌肉，揭示了衰老和身体衰弱中的转录异质性	首次在单细胞水平上研究了衰老相关和年龄无关的衰弱转录变化，并鉴定了B细胞和卫星细胞在衰弱过程中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探究衰老和身体衰弱的分子机制	小鼠后肢肌肉细胞	单细胞转录组学	老年疾病	单细胞RNA测序, SMART-sequencing	NA	RNA-seq数据	年轻和老年小鼠（分为非衰弱年轻/老年组和衰弱老年组）
1722	2025-07-14	Unveiling the therapeutic potential of senescence-related IQGAP2 in pancreatic Cancer through post-GWAS genomic and scRNA-seq analyses 2025-Jul-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03078-x PMID:40640432	研究论文	通过后GWAS基因组和单细胞RNA测序分析揭示衰老相关基因IQGAP2在胰腺癌中的治疗潜力	首次使用孟德尔随机化(MR)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)相结合的方法，揭示了IQGAP2在胰腺癌中的关键作用及其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于基因表达数据，缺乏直接的体内或体外功能验证实验	探索衰老相关基因在胰腺癌发展中的作用及其治疗潜力	胰腺癌患者样本和相关的基因表达数据	基因组学	胰腺癌	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq), HEIDI测试, 共定位分析	NA	基因组数据, 单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量
1723	2025-07-14	MTMR14 depletion aggravates intrapulmonary inflammation and emphysema in experimental COPD through activating macrophage M1 polarization 2025-Jul-10, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03293-8 PMID:40640787	research paper	本研究探讨了MTMR14在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中巨噬细胞极化的作用及其机制	首次揭示了MTMR14通过PI3K/Akt和NF-κB通路负调控巨噬细胞M1极化的分子机制，并发现TRIM21通过泛素-蛋白酶体系统下调MTMR14	研究主要基于动物和细胞模型，临床样本验证有限	探究MTMR14在COPD巨噬细胞中的功能机制	巨噬细胞极化、肺泡上皮细胞	分子病理学	慢性阻塞性肺疾病(COPD)	单细胞测序分析、免疫共沉淀、环己酰亚胺追踪实验	Mtmr14基因敲除小鼠模型、巨噬细胞敲低/过表达模型	基因表达数据、临床标本数据	临床标本、动物模型和细胞模型
1724	2025-07-14	Temporal dynamics of the multi-omic response reveals the modulation of macrophage subsets post-myocardial infarction 2025-Jul-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06726-6 PMID:40640882	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，全面分析了心肌梗死后巨噬细胞亚群的异质性和动态蛋白质水平变化	首次整合scRNA-seq和蛋白质组学数据，揭示了心肌梗死后巨噬细胞亚群的蛋白质水平动态变化及其翻译后修饰特征	研究仅基于动物实验数据，未验证人类样本中的发现	阐明心肌梗死后巨噬细胞亚群的动态变化及其蛋白质修饰对预后的影响	心肌梗死后巨噬细胞亚群	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, 蛋白质组学	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据	未明确说明样本数量（基于公共数据库ArrayExpress数据及实验动物模型）
1725	2025-07-14	Biomarkers and therapeutic strategies targeting microglia in neurodegenerative diseases: current status and future directions 2025-Jul-10, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-025-00867-4 PMID:40640892	review	本文综述了神经退行性疾病中小胶质细胞功能障碍的核心作用，探讨了相关生物标志物和治疗策略的现状与未来方向	强调了小胶质细胞功能障碍作为疾病进展的核心驱动因素，并讨论了新兴的生物标志物和治疗靶点，如TREM2、PGRN、SORT1等	许多生物标志物仍限于临床前研究，面临物种特异性差异、缺乏标准化和临床异质性等转化挑战	探讨神经退行性疾病中小胶质细胞功能障碍的生物标志物和治疗策略	阿尔茨海默病(AD)、肌萎缩侧索硬化症(ALS)、帕金森病(PD)和额颞叶痴呆(FTD)等神经退行性疾病	神经科学	神经退行性疾病	单细胞组学、空间转录组学、AI驱动的多模态数据整合	NA	血液、脑脊液(CSF)和影像学数据	NA
1726	2025-07-14	Machine learning identifies lipid-associated genes and constructs diagnostic and prognostic models for idiopathic pulmonary fibrosis 2025-Jul-10, Orphanet journal of rare diseases IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s13023-025-03876-0 PMID:40640934	研究论文	本研究通过机器学习方法识别与脂质代谢相关的基因，并构建了特发性肺纤维化（IPF）的诊断和预后模型	首次将脂质代谢相关基因与IPF发病机制联系起来，并利用机器学习算法构建了诊断和预后模型，同时通过单细胞测序和功能实验验证了KLF4基因的作用	研究结果需要进一步在更大样本和临床环境中验证，KLF4的具体作用机制还需深入研究	探索脂质代谢与特发性肺纤维化发病机制的关系，并构建相关诊断和预后模型	特发性肺纤维化患者样本及相关基因数据	机器学习	特发性肺纤维化	WGCNA、单细胞测序、机器学习算法	诊断和预后模型	基因表达数据	多个数据集中的IPF样本（具体数量未明确说明）
1727	2025-07-14	Chronic kidney disease facilitates TNF-α + neutrophils dysfunction and progression in oral squamous cell carcinoma 2025-Jul-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115184 PMID:40644859	研究论文	本研究探讨了慢性肾病（CKD）在口腔鳞状细胞癌（OSCC）进展中的作用及其机制	揭示了TNF-α+中性粒细胞通过释放TNF-α和调控Tregs及CTLs的功能动态促进OSCC进展的新机制	样本量较小（52例患者），且研究结果主要基于小鼠模型，需进一步在更大规模的人类研究中验证	研究CKD在OSCC进展中的作用及其机制	OSCC患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多色免疫荧光	小鼠皮下肿瘤模型	临床数据、RNA测序数据、免疫荧光图像	52例OSCC患者（其中23例伴有CKD）及小鼠模型
1728	2025-07-14	A clinical road map for single-cell omics 2025-Jul-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.009 PMID:40645168	研究论文	本文探讨了单细胞组学技术在临床决策中的应用潜力及其面临的挑战	提出了一个框架，用于识别可能受益于单细胞转录组学生物标志物的患者亚群，并概述了从单细胞组学中获取可重复和可操作的临床读数的实验和计算要求	单细胞技术尚未常规用于医学或外科决策	推动单细胞组学技术在临床诊断、疾病进展监测和治疗策略个性化中的应用	单细胞转录组学及其在临床决策中的应用	生物医学	NA	单细胞组学	NA	单细胞数据	NA
1729	2025-07-14	Next-generation immune profiling - beyond blood cancer cells 2025-Jul-10, Trends in molecular medicine IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.molmed.2025.06.004 PMID:40645853	research paper	本文探讨了下一代免疫分析技术在血液恶性肿瘤诊断和治疗中的应用，超越了传统的癌细胞特征分析	提出将非恶性免疫环境作为治疗靶点或生物标志物，并倡导将单细胞测序、空间转录组学等先进技术整合到临床工作流程中	目前WHO/ICC 2022诊断分类仍主要关注癌细胞特征，对免疫环境的忽视限制了诊断准确性和个体化治疗潜力	改进血液恶性肿瘤的诊断分类和精准免疫治疗	血液恶性肿瘤及其免疫环境	digital pathology	blood cancer	single-cell sequencing, spatial transcriptomics, advanced cytometry	NA	NA	NA
1730	2025-07-14	Pan-cancer analysis of acetylcholinesterase (AChE) expression by a data-driven approach: future directions of AChE in cancer neuroscience 2025-Jul-10, Chemico-biological interactions IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.cbi.2025.111647 PMID:40651751	研究论文	通过数据驱动的方法对乙酰胆碱酯酶（AChE）在泛癌中的表达特征进行了全面的生物信息学分析	首次从泛癌角度揭示了AChE表达与癌症发展和预后的相关性，并预测了AChE表达在GBM进展中的潜在作用	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索AChE表达与癌症发展和预后的关系	泛癌数据集，包括癌症基因组图谱和基因型组织表达数据库	生物信息学	癌症	生物信息学分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自多个癌症类型的泛癌数据集
1731	2025-07-14	Diverse Subpopulations of Reactive Astrocytes Following Chronic Toxoplasma Infection 2025-Jul-09, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70053 PMID:40635167	研究论文	该研究探讨了慢性弓形虫感染后反应性星形胶质细胞的多样化亚群及其功能特征	揭示了慢性神经炎症期间反应性星形胶质细胞亚群的动态变化及其功能特征，特别是发现了表达甲状腺素运载蛋白（Ttr）的星形胶质细胞亚群在免疫调节中的新作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	研究慢性神经炎症期间反应性星形胶质细胞的多样性和功能演变	慢性弓形虫感染后的反应性星形胶质细胞	神经科学	神经感染性疾病	单细胞RNA测序	Lcn2CreERT2报告小鼠模型	基因表达数据	NA
1732	2025-07-14	Environmental nano-particulates induced pre-implantation embryonic toxicity in pluripotent stem cell-derived blastoids 2025-Jul-09, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.126809 PMID:40645264	research paper	该研究利用多能干细胞衍生的blastoids模型评估了环境纳米颗粒污染物对早期胚胎发育的毒性影响	首次构建了灵长类多能干细胞衍生的blastoids平台，并整合单细胞RNA测序和质谱技术创建了多维度早期胚胎暴露组数据库	研究结果基于体外模型，与真实人类胚胎发育可能存在差异	探究环境纳米颗粒污染物对早期胚胎发育的毒性机制	灵长类多能干细胞衍生的blastoids模型	发育生物学	生殖系统疾病	10X scRNA-seq, DIA-MS	blastoids模型	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	NA
1733	2025-07-14	Neuroimmune integration in chronic stress: mechanisms of TRPV1-CB2 crosstalk, inflammation, and neural resilience 2025-Jul-09, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149826 PMID:40645538	综述	本文综述了慢性压力下神经免疫整合的机制，重点关注TRPV1和CB2受体的相互作用、神经炎症级联反应以及氧化应激特征	整合了神经化学范式与TRPV1和CB2受体动态、神经炎症级联和氧化应激特征的前沿见解，并提出了神经免疫整合模型	分子网络间复杂的相互作用以及先进疗法获取的不平等性限制了研究的广泛适用性	探讨慢性压力下的神经免疫整合机制，并开发可广泛应用的神经保护治疗方法	慢性压力下的神经化学和神经免疫反应	神经科学	精神疾病和神经疾病	CRISPR-Cas9基因编辑和单细胞RNA测序	神经免疫整合模型	NA	NA
1734	2025-07-14	Metabolic alterations driven by LDHA in CD8 + T cells promote immune evasion and therapy resistance in NSCLC 2025-Jul-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87361-5 PMID:40629035	研究论文	本研究通过多模态数据分析方法，揭示了CD8+T细胞在非小细胞肺癌中的代谢重编程及其对免疫逃逸和治疗抵抗的影响	发现了LTB+LDHA+CD8+T细胞的独特代谢和免疫表型，以及LDHA作为关键基因对免疫治疗结果的显著影响	研究样本量相对较小，仅包含89名NSCLC患者	探索CD8+T细胞在非小细胞肺癌中的代谢重编程及其对免疫逃逸和治疗抵抗的作用机制	非小细胞肺癌患者的CD8+T细胞	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、蛋白质组学	StepCox[forward] + Lasso	转录组数据、蛋白质组数据	89名NSCLC患者的9个单细胞数据集
1735	2025-07-14	Duchenne Muscular Dystrophy Patient iPSCs-Derived Skeletal Muscle Organoids Exhibit a Developmental Delay in Myogenic Progenitor Maturation 2025-Jul-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14131033 PMID:40643552	research paper	该研究利用Duchenne肌营养不良症(DMD)患者来源的iPSCs构建3D骨骼肌类器官(SMO)模型，研究其肌源性祖细胞(MPs)的成熟延迟现象	首次使用3D骨骼肌类器官模型研究DMD患者肌源性祖细胞的发育延迟，并发现其趋向于胚胎和未成熟肌管状态	研究仅使用了3个DMD患者来源的iPSC系和2个健康对照，样本量有限	研究Duchenne肌营养不良症的发病机制和肌肉再生障碍	DMD患者来源的iPSCs及其分化的骨骼肌类器官	干细胞与再生医学	Duchenne肌营养不良症	3D类器官培养、scRNA-seq	3D骨骼肌类器官(SMO)模型	单细胞转录组数据	3个DMD患者iPSC系和2个健康对照
1736	2025-07-14	Bacterial ADP-heptose triggers stem cell regeneration in the intestinal epithelium following injury 2025-Jul-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2025.06.009 PMID:40651470	研究论文	研究揭示了细菌代谢物ADP-heptose通过ALPK1-TIFA信号通路在肠道上皮干细胞再生中的作用	首次发现ADP-heptose通过ALPK1-TIFA信号通路调控肠道干细胞再生，揭示了细菌代谢物在肠道损伤修复中的新机制	研究主要在小鼠模型中进行，人类肠道中的类似机制尚未验证	探究ALPK1-TIFA信号通路在肠道上皮干细胞再生中的作用机制	肠道上皮干细胞(ISCs)和再生干细胞(revSCs)	细胞生物学	肠道损伤	单细胞转录组学、谱系追踪实验	小鼠模型	基因表达数据	NA
1737	2025-07-14	TriCLFF: a multi-modal feature fusion framework using contrastive learning for spatial domain identification 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf316 PMID:40639417	研究论文	提出了一种基于对比学习的多模态特征融合框架TriCLFF，用于有效整合空间关联、基因表达水平和组织学特征，以精确识别空间域	TriCLFF框架通过先进的特征融合机制，在空间域识别任务中表现出更高的准确性和鲁棒性，并能识别更细粒度的结构和未知基因表达模式	未明确提及具体局限性	开发一个多模态特征融合框架，以精确识别空间转录组学中的空间域	空间转录组学数据（包括空间关联、基因表达水平和组织学特征）	空间转录组学	乳腺癌	对比学习	TriCLFF	多模态数据（空间关联、基因表达、组织学特征）	四个数据集（小鼠大脑前部、小鼠嗅球、人类背外侧前额叶皮层和人类乳腺癌）
1738	2025-07-14	High-resolution transcriptome atlas of bladder cancer highlights the functional myeloid subsets in modulating immune microenvironment 2025-Jul, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105801 PMID:40561775	研究论文	该研究通过高分辨率转录组图谱揭示了膀胱癌中髓系细胞亚群的功能及其在调节免疫微环境中的作用	揭示了TREM2+巨噬细胞和CMA1+肥大细胞在膀胱癌组织中的代谢改变，并发现Trem2敲除可显著重编程肿瘤微环境并上调树突状细胞上的PD-L1表达	样本量较小（仅11例患者），且部分发现仍需进一步体内外实验验证	探究膀胱癌中髓系细胞亚群的免疫功能及其调控机制	膀胱癌患者的肿瘤组织和正常膀胱组织中的髓系免疫细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞转录组分析、密度梯度离心、体外培养和小鼠肿瘤模型	NA	转录组数据	11例膀胱癌患者的配对肿瘤和正常组织
1739	2025-07-14	Combination antiretroviral therapy and MCL-1 inhibition mitigate HTLV-1 infection in vivo 2025-Jul-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.06.023 PMID:40645177	研究论文	本研究探讨了针对人类T细胞淋巴病毒1型C亚型（HTLV-1c）感染的预防和治疗药物	发现HTLV-1c疾病比HTLV-1a更具侵袭性，并验证了联合抗逆转录病毒治疗与MCL-1抑制在体内显著减少HTLV-1c传播和疾病进展的效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	开发针对HTLV-1c感染的有效治疗策略	人类T细胞淋巴病毒1型C亚型（HTLV-1c）	病毒学	病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞内流式细胞术	人源化小鼠模型	基因表达数据、流式细胞数据	人源化小鼠模型
1740	2025-07-14	Defining Keypoints to Align H&E Images and Xenium DAPI-Stained Images Automatically 2025-Jun-30, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14131000 PMID:40643521	research paper	提出了一种名为Xenium-Align的关键点识别方法，用于自动生成Xenium Explorer软件中图像配准所需的关键点文件	开发了自动生成关键点文件的方法，减少了人工标注的工作量	方法的运行效率和可用性有待进一步优化	实现H&E图像和Xenium DAPI染色图像的自动对齐	人类肾脏样本和皮肤样本	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	NA	image	14个人类肾脏样本和1个人类皮肤样本