单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1721	2025-03-30	Kölliker's Organ Functions as a Developmental Hub in Mouse Cochlea Regulating Spiral Limbus and Tectorial Membrane Development 2025-Mar-26, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0721-24.2025 PMID:39909560	research paper	研究揭示了Kölliker's organ在小鼠耳蜗发育中作为调节螺旋缘和覆膜发育的枢纽作用	首次发现Kölliker's organ通过上皮-间充质信号调节螺旋缘基质沉积，并确认了CTGF在该过程中的下游作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究Kölliker's organ在小鼠耳蜗发育中的功能机制	小鼠耳蜗中的Kölliker's organ及其周边结构	发育生物学	听力障碍	单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明数量的雌雄小鼠样本
1722	2025-03-30	Single-cell RNA sequencing reveals potential therapeutic targets in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma 2025-Mar-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93916-3 PMID:40140461	research paper	通过单细胞RNA测序揭示肺鳞状细胞癌肿瘤微环境中的潜在治疗靶点	利用非负矩阵分解识别独特的恶性细胞表型（meta-programs），并揭示其临床相关性	研究基于公共数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索肺鳞状细胞癌（LUSC）肿瘤微环境的组成及其临床意义	肺鳞状细胞癌（LUSC）的肿瘤微环境	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	non-negative matrix factorization	RNA-seq data	两个队列的公共LUSC数据集
1723	2025-03-30	Ectopic expression of Slc1a2 in the prefrontal cortex of sleep-deprived male mice counteracts the glutamate/GABA-glutamine dysfunction 2025-Mar-26, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02161-7 PMID:40140835	研究论文	本研究探讨了Slc1a2在前额叶皮层中的异位表达对睡眠剥夺引起的谷氨酸/GABA-谷氨酰胺循环紊乱的影响	揭示了Slc1a2异位表达通过关键的星形胶质细胞-神经元通讯逆转睡眠剥夺诱导的GABA功能障碍	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性或其他物种	阐明睡眠剥夺对神经功能的影响机制及潜在治疗方法	雄性小鼠的前额叶皮层	神经科学	睡眠障碍	单细胞RNA测序、电生理学、免疫荧光染色、[1H-13C]-核磁共振	NA	基因表达数据、行为数据、代谢数据	未明确提及具体样本数量的小鼠
1724	2025-03-30	Unraveling anoikis in glioblastoma: insights from single-cell sequencing and prognostic modeling 2025-Mar-26, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03752-8 PMID:40140848	研究论文	本研究通过单细胞测序和预后模型探讨了胶质母细胞瘤中anoikis的作用及其在肿瘤进展和预后中的重要性	利用单细胞测序和机器学习算法构建了anoikis相关基因的预后模型，并验证了关键基因SLC43A3在肿瘤组织中的上调及其与不良预后的关联	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨anoikis在胶质母细胞瘤进展和预后中的作用	胶质母细胞瘤患者和细胞系	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、转录组测序	机器学习算法	基因表达数据	来自TCGA、GEO和CGGA数据库的多组数据
1725	2025-03-30	Combined analysis of single-cell and bulk transcriptome sequencing data identifies critical glycolysis genes in idiopathic pulmonary arterial hypertension 2025-Mar-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06373-x PMID:40140873	研究论文	本研究通过结合单细胞和批量转录组测序数据，鉴定了特发性肺动脉高压（IPAH）中糖酵解代谢的关键调控基因	首次通过整合单细胞和批量转录组数据分析，识别出IPAH中成纤维细胞介导的糖酵解关键基因IGF1、KARS、CASP3和CDKN2A	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅使用了大鼠模型	探究IPAH中糖酵解代谢的关键调控机制	IPAH患者组织样本和大鼠PH模型	生物信息学	肺动脉高压	单细胞测序、批量转录组测序、scMetabolism分析、AUCcell分析、ssGSEA方法、WGCNA、PPI网络分析	大鼠MCT诱导的PH模型	转录组数据	GEO数据库中的IPAH患者样本和大鼠模型
1726	2025-03-30	Spatiotemporal profiling of adhesion G protein-coupled receptors in developing mouse and human pancreas reveals a role for GPR56 in islet development 2025-Mar-26, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05659-z PMID:40137991	研究论文	本研究通过时空分析揭示了粘附G蛋白偶联受体（aGPCRs）在小鼠和人类胰腺发育中的表达模式，并探讨了GPR56在胰岛发育中的作用	首次系统性地描述了aGPCRs在胰腺发育中的动态表达模式，并发现GPR56在β细胞增殖中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据相对有限	探究aGPCRs在胰腺内分泌细胞发育中的功能	发育中的小鼠和人类胰腺	发育生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、空间转录组学、qPCR分析	Gpr56基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、基因表达数据	小鼠模型和不同妊娠阶段的人类胰腺样本
1727	2025-03-30	iMetAct: An integrated systematic inference of metabolic activity for dissecting tumor metabolic preference and tumor-immune microenvironment 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115375 PMID:40053454	research paper	本文介绍了一个名为iMetAct的框架，用于从基因表达数据推断代谢酶活性，并应用于肝癌亚型分析和肿瘤微环境研究	iMetAct整合了代谢-转录网络和信息传播策略，能够考虑翻译后修饰的影响，优于基于表达的方法	未明确提及具体样本量或验证数据集	开发高精度推断代谢酶活性的方法，解析肿瘤代谢偏好和肿瘤-免疫微环境	肝癌细胞及其代谢酶活性	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序	信息传播网络	基因表达数据	NA
1728	2025-03-30	Secreted neurofilament light chain after neuronal damage induces myeloid cell activation and neuroinflammation 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115382 PMID:40056413	研究论文	研究探讨了神经元损伤后分泌的神经丝轻链（NfL）如何激活髓系细胞并引发神经炎症	揭示了NfL在神经元损伤后的释放机制及其在神经退行性疾病中的作用，提出NfL作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究NfL在神经元损伤和神经退行性疾病中的作用	神经元、小胶质细胞、髓系细胞	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	单细胞RNA测序	SOD1小鼠模型	RNA测序数据	小鼠模型
1729	2025-03-30	Characterizing resistant cellular states in nasopharyngeal carcinoma during EBV lytic induction 2025-Mar-25, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03341-z PMID:40133476	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析了鼻咽癌细胞在EBV裂解诱导下的不同细胞反应，发现了一种与癌症干细胞相似的抗性细胞状态	首次在EBV裂解诱导治疗中识别出具有SOX2和NTRK2高表达的抗性细胞状态，并验证了这些基因在表现癌症干细胞表型中的作用	研究仅使用了NPC43细胞系这一体外模型，可能无法完全反映体内肿瘤的复杂性	探索EBV裂解诱导治疗在鼻咽癌中的细胞异质性反应	EBV阳性的鼻咽癌细胞系NPC43	肿瘤生物学	鼻咽癌	单细胞转录组学	体外细胞模型	基因表达数据	NPC43细胞系
1730	2025-03-30	Identification of CACNB1 protein as an actionable therapeutic target for hepatocellular carcinoma via metabolic dysfunction analysis in liver diseases: An integrated bioinformatics and machine learning approach for precise therapy 2025-Mar-25, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142315 PMID:40139615	研究论文	通过整合生物信息学和机器学习方法，识别CACNB1蛋白作为肝细胞癌的可操作治疗靶点，并分析肝病中的代谢功能障碍	利用单细胞RNA测序分析NAFLD衍生的肝硬化的微环境中的代谢活动，开发了一种基于高斯混合模型的纤维化预测模型，并识别了CACNB1蛋白作为HCC的治疗靶点	研究依赖于公开数据集，可能受到数据质量和样本选择的限制	通过代谢分子亚型分析，为NAFLD和HCC患者提供精确治疗和风险分层	NAFLD和HCC患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 机器学习算法	高斯混合模型(GMM)	基因表达数据	806例NAFLD样本和267例正常肝样本
1731	2025-03-30	Heterogeneity of fibroblasts from different anatomical sites in healthy human knee ligaments revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Mar-24, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111040 PMID:40139473	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了健康人膝关节韧带中不同解剖部位成纤维细胞的异质性	鉴定了可能与膝关节韧带解剖相关的三个成纤维细胞亚群，并揭示了它们的分化关系，以及可能与膝关节韧带解剖功能相关的FTH1/FTL_SCARA5信号通路	研究仅针对健康受试者，未涉及膝关节韧带疾病患者	研究膝关节韧带的生理功能和特性，以及不同部位韧带结构与功能的关系	15名健康受试者的膝关节韧带细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	约106,077个细胞，来自15名健康受试者
1732	2025-03-30	NCKAP1 Inhibits the Progression of Renal Carcinoma via Modulating Immune Responses and the PI3K/AKT/mTOR Signaling Pathway 2025-Mar-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062813 PMID:40141455	研究论文	本研究探讨了NCKAP1在肾癌进展中的作用及其通过调节免疫反应和PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制肾癌的机制	首次揭示了NCKAP1在肾癌中的表达模式及其与免疫细胞浸润的关系，并证实了NCKAP1通过PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制肾癌细胞生长的功能	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究NCKAP1在肾癌免疫调节和肿瘤进展中的具体作用	肾癌患者样本和769P肾癌细胞系	癌症研究	肾癌	UALCAN、cBioPortal、ssGSEA、单细胞RNA测序、RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞数据	多种癌症类型的患者样本和769P细胞系
1733	2025-03-30	Identification and validation of fibroblast-related biomarkers in rheumatoid arthritis by bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-Mar-20, Clinical and experimental rheumatology IF:3.4Q2 DOI:10.55563/clinexprheumatol/x6am51 PMID:40153321	研究论文	通过批量RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	成功识别并验证了两个与类风湿性关节炎高度相关的成纤维细胞生物标志物AIM2和PSMB9，并构建了诊断模型	研究依赖于公开数据集，可能需要更多独立样本验证生物标志物的普遍性	识别和验证类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物，为疾病早期诊断和治疗干预提供新见解	类风湿性关节炎患者和正常对照样本	生物信息学	类风湿性关节炎	批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 机器学习方法(LASSO, SVM-RFE, 随机森林), 蛋白质印迹分析	LASSO, SVM-RFE, 随机森林	RNA-seq数据	训练集包含GSE55235和GSE55457数据集，验证集使用GSE77298数据集
1734	2025-03-30	Pulmonary Myeloid Cells in Mild Cases of COVID-19 Upregulate the Intracellular Fc Receptor TRIM21 and Transcribe Proteasome-Associated Molecules 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062769 PMID:40141410	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了轻度和重度COVID-19患者支气管肺泡灌洗液中的细胞群，重点研究了TRIM21及其下游信号分子的转录情况	首次在轻度COVID-19患者的髓系细胞中发现TRIM21上调，并观察到与蛋白酶体相关分子的转录关联	研究仅基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证；样本量有限且仅来自特定严重程度的患者	探究COVID-19患者肺部免疫细胞中Fc受体TRIM21的表达模式及其在抗病毒反应中的作用	健康个体和COVID-19患者（轻度和重度）的支气管肺泡灌洗液样本	免疫学	COVID-19	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，包含健康个体、轻度COVID-19患者和重度COVID-19患者三类样本
1735	2025-03-30	Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data Reveal a Novel Prognostic Signature of Combining Cuproptosis- and Ferroptosis-Related Genes in Hepatocellular Carcinoma 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062779 PMID:40141422	research paper	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，研究铜死亡和铁死亡相关基因在肝细胞癌中的预后特征	构建了一个基于铜死亡和铁死亡相关基因的评分模型，并发现该评分与患者生存概率、免疫特征及药物敏感性相关	研究依赖于公共数据集，未进行实验验证	探索铜死亡和铁死亡相关基因在肝细胞癌中的预后价值及治疗策略	肝细胞癌患者	digital pathology	hepatocellular carcinoma	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, molecular docking	CFRG scoring model, WGCNA	RNA sequencing data	未明确说明样本数量
1736	2025-03-30	Diverse Subsets of γδT Cells and Their Specific Functions Across Liver Diseases 2025-Mar-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062778 PMID:40141420	research paper	该论文探讨了γδT细胞在不同肝脏疾病中的功能多样性和调控机制	揭示了γδT细胞亚群（特别是Vδ1和Vδ2）的显著异质性及其在肝脏疾病中的不同免疫作用	γδT细胞的功能多样性和调控机制尚未完全理解	研究γδT细胞在肝脏疾病中的作用及其免疫治疗潜力	γδT细胞及其亚群（Vδ1、Vδ2、γδT17等）	免疫学	肝脏疾病（病毒性肝炎、NAFLD、ALD、肝纤维化、自身免疫性肝病、HCC等）	高通量单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
1737	2025-03-30	Inflammatory Transformation of Skin Basal Cells as a Key Driver of Cutaneous Aging 2025-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062617 PMID:40141258	研究论文	本研究通过单细胞测序、转录组学和面部衰老相关的全基因组关联研究（GWAS）数据，全面探讨了皮肤衰老过程中角质形成细胞亚群的异质性和发育轨迹	揭示了基底细胞在皮肤衰老过程中分化为棘细胞或炎症状态的两条不同路径，并发现IFI27细胞在衰老过程中比例显著增加，表现出更活跃的炎症和免疫调节信号	NA	探讨皮肤衰老的复杂细胞和分子机制，为新型诊断方法和治疗干预提供潜在靶点	角质形成细胞亚群（基底细胞、棘细胞和IFI27角质形成细胞）	生物医学	皮肤衰老	单细胞测序、转录组学、GWAS	NA	基因组数据、转录组数据	NA
1738	2025-03-30	Single-Cell Analysis of Molecular Mechanisms in Rapid Antler Osteogenesis During Growth and Ossification Stages 2025-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26062642 PMID:40141284	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，全面分析了鹿角在生长和骨化阶段的快速成骨分子调控机制	首次在单细胞水平上揭示了鹿角生长和骨化阶段的基因表达模式及细胞间动态相互作用	研究仅针对梅花鹿鹿角，结果可能不适用于其他物种或组织	探究哺乳动物快速成骨的分子机制	梅花鹿鹿角组织	单细胞组学	骨质疏松症	scRNA-seq, bulk-RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量（梅花鹿鹿角组织）
1739	2025-03-30	NAD+ prevents chronic kidney disease by activating renal tubular metabolism 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.181443 PMID:40059824	research paper	该研究探讨了NAD+补充通过激活肾小管代谢预防慢性肾病（CKD）的机制	首次揭示了NAD+补充通过刺激肾PPARα信号通路和恢复近端小管脂肪酸氧化（FAO）来保护免受CKD的机制，并首次在Alport小鼠模型中报告了转录水平的性别差异	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究NAD+补充如何通过激活肾小管代谢预防CKD	Alport综合征小鼠模型	代谢研究	慢性肾病	RNA测序（RNA-seq）、单核RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	Alport综合征小鼠模型（未明确具体数量）
1740	2025-03-30	Altered inflammatory mucosal signatures within their spatial and cellular context during active ileal Crohn's disease 2025-Mar-10, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.171783 PMID:40059828	研究论文	该研究结合空间转录组学和单细胞转录组学技术，深入探究了克罗恩病（CD）活动期回肠炎症的分子特征及其空间和细胞背景	首次将空间转录组学与单细胞转录组学相结合，揭示了CD炎症过程中上皮细胞与免疫/间质细胞互作模式的变化及其空间定位特征	研究样本仅限于手术切除的冷冻组织，可能无法完全反映疾病早期阶段的分子变化	解析克罗恩病活动期回肠炎症的分子机制及其空间分布特征	克罗恩病患者回肠黏膜组织	空间转录组学	克罗恩病	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量（克罗恩病手术组织切片）