单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1721	2025-04-01	Gsα Regulates Macrophage Foam Cell Formation During Atherosclerosis 2024-Mar-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323156 PMID:38375634	研究论文	本研究探讨了Gsα在动脉粥样硬化过程中对巨噬细胞泡沫细胞形成的调控作用	揭示了Gsα通过激活cAMP反应元件结合蛋白的转录活性，增加CD36和SR-A1的表达，从而促进脂质摄取和泡沫细胞形成的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证	阐明Gsα在动脉粥样硬化发展中的具体作用机制	巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞测序、批量测序、免疫荧光、cAMP测量、骨髓移植、染色质免疫沉淀、荧光素酶报告基因检测	巨噬细胞特异性Gsα敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质活性数据、影像数据	小鼠模型和人类斑块巨噬细胞样本
1722	2025-04-01	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2024-Jan-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44210-1 PMID:38191471	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了前列腺癌进展中肿瘤微环境内间充质细胞的分子变化及其作用	识别了八个具有跨物种一致性的间质细胞亚群，并发现晚期小鼠疾病中的间质特征与人类骨转移相似，揭示了periostin在侵袭和分化中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明前列腺癌进展中肿瘤微环境间充质细胞的具体作用	前列腺癌肿瘤微环境中的间充质细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	遗传工程小鼠模型(GEMMs)	RNA-seq数据	四个遗传工程小鼠模型及对应人类肿瘤样本
1723	2025-04-01	Cell-type-specific aging clocks to quantify aging and rejuvenation in neurogenic regions of the brain 2023-01, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-022-00335-4 PMID:37118510	研究论文	本研究开发了基于单细胞转录组学的细胞类型特异性衰老时钟，用于量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化	首次从单细胞转录组数据开发高分辨率衰老时钟，并应用于量化转录组年轻化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证	量化大脑神经发生区域的衰老和年轻化过程	小鼠大脑室下区神经发生区域的细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	基于单细胞的回归模型	单细胞转录组数据	28只不同年龄的小鼠
1724	2025-04-01	Seeing is believing: new methods for in situ single-cell transcriptomics 2014-Mar-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/gb4169 PMID:25000927	研究论文	介绍用于原位单细胞转录组学研究的新方法	采用原位测序或从单光激活细胞中捕获mRNA的新技术	NA	开发研究复杂组织中单细胞转录组的新方法	复杂组织中的单细胞	转录组学	NA	RNA-seq	NA	mRNA	NA
1725	2025-03-30	Schwann cells secrete IGFBP5 to facilitate the growth of keloids 2025-May-15, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123534 PMID:40049369	研究论文	本研究探讨了雪旺细胞及其分泌蛋白IGFBP5在瘢痕疙瘩生长中的作用	首次发现雪旺细胞在瘢痕疙瘩中的比例显著增加，并揭示了IGFBP5通过p53/p21/Cyclin D1通路促进瘢痕疙瘩生长的分子机制	研究主要基于体外实验和兔耳瘢痕模型，尚未在人体临床试验中验证	阐明瘢痕疙瘩生长的分子机制并探索潜在治疗靶点	瘢痕疙瘩组织和正常瘢痕组织中的雪旺细胞及成纤维细胞	分子病理学	皮肤纤维增生性疾病	单细胞测序	兔耳瘢痕模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但包含瘢痕疙瘩和正常瘢痕组织的对比
1726	2025-03-30	Single-cell transcriptomics in a child with coenzyme Q10 nephropathy: potential of single-cell RNA sequencing in pediatric kidney disease 2025-May, Pediatric nephrology (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00467-024-06611-2 PMID:39805995	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了一名辅酶Q10肾病患儿的肾脏活检样本，揭示了该疾病在细胞水平上的基因表达变化	首次在辅酶Q10肾病中应用单细胞RNA测序技术，揭示了跨细胞类型的线粒体基因表达普遍下调现象	研究仅基于单一病例，样本量有限	阐明辅酶Q10肾病在单个细胞水平的基因表达变异	5岁辅酶Q10肾病男童的肾脏活检样本	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1例肾脏活检样本
1727	2025-03-30	M2 macrophages regulate nucleus pulposus cell extracellular matrix synthesis through the OPN-CD44 axis in intervertebral disc degeneration 2025-Apr, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.12.007 PMID:39842659	research paper	本研究探讨了M2巨噬细胞通过OPN-CD44轴调节髓核细胞外基质合成在椎间盘退变中的作用	揭示了巨噬细胞通过OPN-CD44轴调节髓核细胞外基质合成的新机制，为椎间盘退变的治疗提供了新靶点	研究主要基于体外和小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探究巨噬细胞在椎间盘退变中的作用机制	巨噬细胞和髓核细胞	生物医学	椎间盘退变	单细胞转录组测序、免疫组织化学、体外共培养	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	人类髓核样本、腰椎不稳小鼠和纤维环穿刺小鼠
1728	2025-03-30	Targeted editing of CCL5 with CRISPR-Cas9 nanoparticles enhances breast cancer immunotherapy 2025-Apr, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02032-6 PMID:39870938	研究论文	本研究探讨了使用CRISPR-Cas9技术与FCPCV纳米颗粒靶向编辑CCL5基因，以增强乳腺癌免疫治疗的疗效	创新性地结合CRISPR-Cas9技术与FCPCV纳米颗粒靶向编辑CCL5基因，为乳腺癌免疫治疗提供了新策略	研究中未提及长期副作用或临床应用的具体障碍	提高乳腺癌免疫治疗的疗效	乳腺癌细胞和人源化小鼠模型	基因编辑与免疫治疗	乳腺癌	CRISPR-Cas9, scRNA-seq	人源化小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但包括体外实验和体内小鼠模型
1729	2025-03-30	Biophysical and Biochemical Roles of Shear Stress on Endothelium: A Revisit and New Insights 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325685 PMID:40146803	综述	本文回顾了血流剪切力对内皮细胞的生物物理和生化作用，特别关注其对心血管病理生理学的影响	整合了剪切力的生物物理和生化方面，提供了临床前和临床水平上血流动力学与内皮稳态之间复杂相互作用的新见解	讨论了体外和体内研究剪切力的实验模型及其潜在局限性	探讨剪切力对内皮细胞的影响及其在心血管疾病中的作用	内皮细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞测序、空间组学、代谢组学、多组学技术	NA	NA	NA
1730	2025-03-30	Cardiac Fibrosis in the Multi-Omics Era: Implications for Heart Failure 2025-Mar-28, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325402 PMID:40146800	综述	本文综述了高通量组学技术如何革新对心脏纤维化分子机制的理解，并探讨了这些技术在心脏纤维化研究中的应用	整合多组学数据揭示了心脏纤维化的新致病机制和潜在治疗靶点，包括细胞类型特异性干预和代谢调节剂	综述文章未涉及具体实验验证，且多组学数据的临床转化仍面临挑战	探讨多组学时代下心脏纤维化的研究进展及其对心力衰竭治疗的意义	心脏纤维化的分子机制及其与心力衰竭的关系	生物医学	心血管疾病	基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学	NA	多组学数据	NA
1731	2025-03-30	Resolving spatiotemporal dynamics in bacterial multicellular populations: approaches and challenges 2025-Mar-27, Microbiology and molecular biology reviews : MMBR IF:8.0Q1 DOI:10.1128/mmbr.00138-24 PMID:39853129	综述	本文综述了研究细菌多细胞群体时空动态的方法与挑战	强调了单细胞技术在研究细菌多细胞性中的创新应用，包括新型显微技术、质谱成像、流式细胞术等	未提及具体技术的局限性，更多是技术应用的综述	探索细菌多细胞群体的组装和动态，以理解其集体功能	细菌多细胞群体，特别是分化的细菌生物膜（菌落）	微生物学	NA	单细胞技术、显微技术、质谱成像、流式细胞术、空间转录组学、单细菌RNA测序	NA	时空动态数据、转录组数据、图像数据	NA
1732	2025-03-30	Uncovering Hippo pathway-related biomarkers in acute myocardial infarction via scRNA-seq binding transcriptomics 2025-Mar-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-94820-6 PMID:40133574	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了急性心肌梗死中Hippo信号通路相关生物标志物	首次结合单细胞转录组学和机器学习算法鉴定出5个新型AMI生物标志物，并预测了179种潜在治疗药物	动物模型与人类疾病存在差异，临床转化需要进一步验证	揭示急性心肌梗死的分子机制并寻找诊断生物标志物	急性心肌梗死患者样本和实验动物模型	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, qRT-PCR, Western blot	机器学习算法（未指定具体模型）	基因表达数据	未明确说明患者样本量，包含小鼠心肌细胞和心肌组织
1733	2025-03-30	Clonal expansion dictates the efficacy of mitochondrial lineage tracing in single cells 2025-Mar-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03540-7 PMID:40134031	研究论文	本研究通过计算建模和单细胞基因组学探讨了线粒体DNA变体在不同生物环境中的起源和克隆动态	揭示了线粒体DNA变体作为细胞谱系标记的有效性高度依赖于克隆扩张的程度，并提出了一个谱系信息评分来识别可靠的线粒体谱系追踪标记	研究主要关注线粒体DNA变体在特定条件下的应用，可能不适用于所有细胞类型或生物环境	评估线粒体DNA变体作为内源性条形码在人类细胞谱系追踪中的有效性	线粒体DNA变体在单细胞中的动态	基因组学	NA	单细胞基因组学、计算建模	NA	基因组数据	NA
1734	2025-03-30	Kölliker's Organ Functions as a Developmental Hub in Mouse Cochlea Regulating Spiral Limbus and Tectorial Membrane Development 2025-Mar-26, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0721-24.2025 PMID:39909560	research paper	研究揭示了Kölliker's organ在小鼠耳蜗发育中作为调节螺旋缘和覆膜发育的枢纽作用	首次发现Kölliker's organ通过上皮-间充质信号调节螺旋缘基质沉积，并确认了CTGF在该过程中的下游作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究Kölliker's organ在小鼠耳蜗发育中的功能机制	小鼠耳蜗中的Kölliker's organ及其周边结构	发育生物学	听力障碍	单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明数量的雌雄小鼠样本
1735	2025-03-30	Single-cell RNA sequencing reveals potential therapeutic targets in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma 2025-Mar-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-93916-3 PMID:40140461	research paper	通过单细胞RNA测序揭示肺鳞状细胞癌肿瘤微环境中的潜在治疗靶点	利用非负矩阵分解识别独特的恶性细胞表型（meta-programs），并揭示其临床相关性	研究基于公共数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索肺鳞状细胞癌（LUSC）肿瘤微环境的组成及其临床意义	肺鳞状细胞癌（LUSC）的肿瘤微环境	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq	non-negative matrix factorization	RNA-seq data	两个队列的公共LUSC数据集
1736	2025-03-30	Ectopic expression of Slc1a2 in the prefrontal cortex of sleep-deprived male mice counteracts the glutamate/GABA-glutamine dysfunction 2025-Mar-26, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02161-7 PMID:40140835	研究论文	本研究探讨了Slc1a2在前额叶皮层中的异位表达对睡眠剥夺引起的谷氨酸/GABA-谷氨酰胺循环紊乱的影响	揭示了Slc1a2异位表达通过关键的星形胶质细胞-神经元通讯逆转睡眠剥夺诱导的GABA功能障碍	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性或其他物种	阐明睡眠剥夺对神经功能的影响机制及潜在治疗方法	雄性小鼠的前额叶皮层	神经科学	睡眠障碍	单细胞RNA测序、电生理学、免疫荧光染色、[1H-13C]-核磁共振	NA	基因表达数据、行为数据、代谢数据	未明确提及具体样本数量的小鼠
1737	2025-03-30	Unraveling anoikis in glioblastoma: insights from single-cell sequencing and prognostic modeling 2025-Mar-26, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03752-8 PMID:40140848	研究论文	本研究通过单细胞测序和预后模型探讨了胶质母细胞瘤中anoikis的作用及其在肿瘤进展和预后中的重要性	利用单细胞测序和机器学习算法构建了anoikis相关基因的预后模型，并验证了关键基因SLC43A3在肿瘤组织中的上调及其与不良预后的关联	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨anoikis在胶质母细胞瘤进展和预后中的作用	胶质母细胞瘤患者和细胞系	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、转录组测序	机器学习算法	基因表达数据	来自TCGA、GEO和CGGA数据库的多组数据
1738	2025-03-30	Combined analysis of single-cell and bulk transcriptome sequencing data identifies critical glycolysis genes in idiopathic pulmonary arterial hypertension 2025-Mar-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06373-x PMID:40140873	研究论文	本研究通过结合单细胞和批量转录组测序数据，鉴定了特发性肺动脉高压（IPAH）中糖酵解代谢的关键调控基因	首次通过整合单细胞和批量转录组数据分析，识别出IPAH中成纤维细胞介导的糖酵解关键基因IGF1、KARS、CASP3和CDKN2A	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅使用了大鼠模型	探究IPAH中糖酵解代谢的关键调控机制	IPAH患者组织样本和大鼠PH模型	生物信息学	肺动脉高压	单细胞测序、批量转录组测序、scMetabolism分析、AUCcell分析、ssGSEA方法、WGCNA、PPI网络分析	大鼠MCT诱导的PH模型	转录组数据	GEO数据库中的IPAH患者样本和大鼠模型
1739	2025-03-30	Spatiotemporal profiling of adhesion G protein-coupled receptors in developing mouse and human pancreas reveals a role for GPR56 in islet development 2025-Mar-26, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05659-z PMID:40137991	研究论文	本研究通过时空分析揭示了粘附G蛋白偶联受体（aGPCRs）在小鼠和人类胰腺发育中的表达模式，并探讨了GPR56在胰岛发育中的作用	首次系统性地描述了aGPCRs在胰腺发育中的动态表达模式，并发现GPR56在β细胞增殖中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据相对有限	探究aGPCRs在胰腺内分泌细胞发育中的功能	发育中的小鼠和人类胰腺	发育生物学	糖尿病	单细胞RNA测序、空间转录组学、qPCR分析	Gpr56基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、基因表达数据	小鼠模型和不同妊娠阶段的人类胰腺样本
1740	2025-03-30	iMetAct: An integrated systematic inference of metabolic activity for dissecting tumor metabolic preference and tumor-immune microenvironment 2025-Mar-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115375 PMID:40053454	research paper	本文介绍了一个名为iMetAct的框架，用于从基因表达数据推断代谢酶活性，并应用于肝癌亚型分析和肿瘤微环境研究	iMetAct整合了代谢-转录网络和信息传播策略，能够考虑翻译后修饰的影响，优于基于表达的方法	未明确提及具体样本量或验证数据集	开发高精度推断代谢酶活性的方法，解析肿瘤代谢偏好和肿瘤-免疫微环境	肝癌细胞及其代谢酶活性	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序	信息传播网络	基因表达数据	NA