本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1721 | 2025-10-05 |
Crustacean cardioactive peptide (CCAP) negatively regulates sand-diving behaviour in kuruma shrimp, Penaeus japonicus
2025 Oct-Dec, Comparative biochemistry and physiology. Part B, Biochemistry & molecular biology
DOI:10.1016/j.cbpb.2025.111143
PMID:40812679
|
研究论文 | 本研究通过基因操作探究了甲壳动物心活肽对日本对虾潜沙行为的调控作用 | 首次在甲壳动物中证实CCAP基因对潜沙行为的负向调控作用,并揭示其对生理节律的潜在影响 | 未阐明CCAP调控行为的具体分子通路,观察时间较短(12小时内) | 探究甲壳动物心活肽(CCAP)在日本对虾潜沙行为中的遗传调控机制 | 日本对虾(Penaeus japonicus) | 分子生物学 | NA | cDNA克隆、RT-qPCR、原位杂交、RNA干扰、基因过表达 | NA | 基因表达数据、行为观察数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞转录组测序(前期研究提及) | NA | NA |
1722 | 2025-10-05 |
Reactive Oxygen Species-Responsive Hydrogel Microspheres Loaded with Epigallocatechin Gallate for Effective Osteoarthritis Therapy
2025-Sep-08, ACS biomaterials science & engineering
IF:5.4Q2
DOI:10.1021/acsbiomaterials.5c00564
PMID:40813306
|
研究论文 | 开发了一种活性氧响应的水凝胶微球系统用于靶向递送表没食子儿茶素没食子酸酯治疗骨关节炎 | 首次构建WYRGRL肽修饰的ROS响应型水凝胶微球递送系统,并通过单细胞转录组学和代谢组学联合分析揭示了Tomm70基因在治疗机制中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中进行验证 | 开发智能递送系统治疗骨关节炎 | 软骨细胞和OA小鼠模型 | 生物医学工程 | 骨关节炎 | 单细胞转录组学, 代谢组学 | NA | 基因表达数据, 代谢物数据 | OA小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1723 | 2025-10-05 |
Benchmarking Ploidy Estimation Methods for Bulk and Single-Cell Whole Genome Sequencing
2025-Sep-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507839
PMID:40916931
|
研究论文 | 对11种批量WGS和8种单细胞WGS倍性估计方法进行系统性性能评估 | 首次系统比较批量与单细胞全基因组测序的倍性估计工具性能 | 现有工具在整倍体样本或长读长测序数据上表现不佳 | 评估不同计算方法在基因组倍性估计中的准确性和适用性 | 二倍体细胞与异倍体或多倍体细胞的混合样本 | 生物信息学 | 癌症 | 全基因组测序 | NA | 基因组测序数据 | 实验和模拟数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
1724 | 2025-10-05 |
IGHA1 and IGHG1 Expression Panel Predicts Anti-PD-L1 Response in Muscle-Invasive Bladder Cancer
2025-Sep-08, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.70033
PMID:40919684
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和空间转录组分析,发现IGHA1和IGHG1表达模式可预测肌层浸润性膀胱癌对PD-L1抑制剂的治疗反应 | 首次结合单细胞测序和空间转录组技术揭示三级淋巴结构中B细胞克隆与免疫治疗反应的关系,并建立IGHA1/IGHG1预测模型 | 样本量相对有限,单细胞测序仅9个样本,空间转录组仅5个样本 | 探究肌层浸润性膀胱癌中三级淋巴结构与免疫球蛋白库的关系及其对免疫治疗反应的预测价值 | 肌层浸润性膀胱癌患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞测序, 空间转录组 | 表达特征预测模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 临床数据 | 单细胞测序9例(5例来自本中心,4例来自PRJNA662018),空间转录组5例(1例来自本中心,4例来自GSE169379),TCGA数据库405例,IMvigor210试验348例 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
1725 | 2025-09-09 |
Comments on "tracking adipose-derived stem cell exosomes applied in a mouse crush injury model: insights from fluorescent labeling and spatial transcriptomics - an experimental study"
2025-Sep-08, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003382
PMID:40919925
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
1726 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Potential Mechanism of RUNX3 Reshaping Tumor Microenvironment in Non-small-cell Lung Cancer
2025-Sep-07, Annals of surgical oncology
IF:3.4Q1
DOI:10.1245/s10434-025-18034-w
PMID:40916017
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示RUNX3在非小细胞肺癌中重塑肿瘤微环境的潜在机制 | 首次在单细胞水平上分析RUNX3表达状态对非小细胞肺癌肿瘤微环境的影响 | 样本量较小(仅7例患者),需要更大规模研究验证 | 探索RUNX3在非小细胞肺癌中调控肿瘤微环境的具体生物学机制 | 非小细胞肺癌患者的癌组织和癌旁组织 | 单细胞测序分析 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色 | Seurat分析流程 | 单细胞转录组数据 | 7例非小细胞肺癌患者,包含3对癌和癌旁组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1727 | 2025-10-05 |
Cutting-edge technologies in neural regeneration
2025-Sep-05, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-025-00260-y
PMID:40911279
|
综述 | 本文综述了推动神经再生领域发展的前沿技术及其应用前景 | 系统整合了光遗传学、化学遗传学、3D培养模型、基因编辑、单细胞测序和3D成像等多项前沿技术,并展望了人工智能、高通量体内筛选和脑机接口技术的未来潜力 | 作为综述文章,未涉及具体实验数据和原始研究发现 | 探讨神经再生领域的最新技术进展和治疗策略开发 | 中枢神经系统损伤和神经功能障碍 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 光遗传学、化学遗传学、3D培养、基因编辑、单细胞测序、3D成像、人工智能、高通量筛选、脑机接口 | NA | NA | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
1728 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptomic atlas of human retina from Chinese donors reveals population-specific cellular diversity
2025-Sep-04, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110623
PMID:40914339
|
研究论文 | 构建了中国供体人视网膜首个单细胞转录组图谱,揭示了人群特异性的细胞多样性 | 首次构建中国人群视网膜单细胞转录组图谱,填补了亚洲人群视网膜转录组数据的空白 | 样本量相对有限(18个视网膜标本),仅针对中国人群 | 建立中国人群特异性视网膜单细胞转录组参考图谱 | 人视网膜细胞 | 单细胞转录组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 约290,000个活细胞,来自18个新鲜视网膜标本(活体供体和死后标本) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 高通量单细胞RNA测序 |
1729 | 2025-10-05 |
Integrated machine learning-based RNA sequencing and single-cell analysis reveal RNA methylation regulation patterns in the immune microenvironment of Alzheimer's disease
2025-Sep-03, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01650
PMID:40903964
|
研究论文 | 本研究通过整合机器学习、RNA测序和单细胞分析,揭示了阿尔茨海默病免疫微环境中RNA甲基化的调控模式 | 首次将机器学习与单细胞RNA测序相结合,系统分析阿尔茨海默病中RNA甲基化对免疫微环境的调控作用,并建立了风险预测模型 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析,需要进一步的体内实验验证 | 探索RNA甲基化在阿尔茨海默病免疫微环境中的调控机制及其与疾病进展的关系 | 阿尔茨海默病患者样本、神经元细胞、T细胞、B细胞和NK细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, qRT-PCR, Western blot, 机器学习 | 机器学习算法, 风险预测模型, 列线图 | 转录组数据, 单细胞数据, 分子生物学数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
1730 | 2025-10-05 |
Lhx2 specifically expressed in HSCs promotes liver regeneration and inhibits liver fibrosis
2025-Sep-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001201
PMID:39693275
|
研究论文 | 本研究揭示了肝星状细胞特异性转录因子Lhx2在促进肝脏再生和抑制肝纤维化中的双重功能 | 首次发现Lhx2在肝星状细胞中特异性表达,并同时具备促进肝脏再生和抑制纤维化的双重功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 鉴定肝星状细胞中同时促进再生和抑制纤维化的特异性靶点及其分子机制 | 小鼠和人类肝星状细胞,急慢性肝损伤模型 | 分子生物学 | 肝病 | RNA-seq,单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 急性和慢性肝损伤小鼠模型,人类肝组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1731 | 2025-10-05 |
Sour neuronal signalling attenuates macrophage-mediated liver injury
2025-Sep, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2025.02.026
PMID:40058705
|
研究论文 | 本研究揭示了酸味刺激通过神经信号通路减轻巨噬细胞介导的肝脏缺血再灌注损伤的机制 | 首次发现神经元来源的TAFA2蛋白通过CCR2受体招募和激活巨噬细胞导致肝损伤,而酸味刺激可减少TAFA2产生并减轻肝损伤 | 酸味刺激减轻肝损伤的具体分子通路尚未完全阐明 | 探究神经免疫相互作用在肝脏缺血再灌注损伤中的作用机制及治疗策略 | 小鼠动物模型、神经元、巨噬细胞、肝切除手术患者 | 神经免疫学 | 肝脏疾病 | 单细胞测序、RNA测序、基因敲除、临床实验 | 动物模型 | 基因表达数据、临床数据 | 小鼠模型和临床患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1732 | 2025-10-05 |
Tacrolimus prolongs corneal allograft survival and prevents dendritic cell infiltration in a myeloid-derived suppressor cell-dependent manner
2025-Sep, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2025.05.018
PMID:40398562
|
研究论文 | 本研究通过小鼠角膜移植模型揭示了FK506通过诱导髓源性抑制细胞来抑制树突状细胞活化并延长角膜移植物存活的机制 | 首次阐明FK506通过MDSC依赖性方式抑制树突状细胞活化的具体时间依赖性机制 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究FK506延长角膜移植物存活的具体免疫抑制机制 | 小鼠角膜移植模型和相关的免疫细胞 | 免疫学 | 角膜移植排斥 | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1733 | 2025-10-05 |
Transcription factors that define the epigenome structures and transcriptomes in microglia
2025-Sep, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2025.104814
PMID:40425139
|
研究论文 | 本研究通过基因组学分析鉴定出定义小胶质细胞转录组程序的关键转录因子 | 首次发现PU.1、Irf8、Sall1和Smad4四个转录因子形成增强子复合物,作为谱系决定因子塑造小胶质细胞身份 | NA | 探索定义小胶质细胞表观基因组结构和转录组的转录因子 | 小胶质细胞 | 表观基因组学 | 神经炎症性疾病,神经退行性疾病 | ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN, single-cell RNA-seq | NA | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,表观基因组测序 | NA | NA |
1734 | 2025-10-05 |
CD300A+ CD8+ T Cells as Predictive Biomarkers for Achieving Functional Cure in Chronic Hepatitis B Patients Undergoing Pegylated Interferon-Alpha Therapy
2025-Sep, Alimentary pharmacology & therapeutics
IF:6.6Q1
DOI:10.1111/apt.70214
PMID:40454546
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序和流式细胞术发现CD300A+ CD8+ T细胞可作为预测慢性乙型肝炎患者接受聚乙二醇干扰素-α治疗后获得功能性治愈的生物标志物 | 首次发现CD300A+ CD8+ T细胞在功能性治愈患者中显著富集,具有强大的克隆扩增能力和HBV抗原特异性 | 研究样本量有限,需要在更大规模队列中验证 | 鉴定预测慢性乙型肝炎患者接受聚乙二醇干扰素-α治疗获得功能性治愈的生物标志物 | 慢性乙型肝炎患者 | 免疫学 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞转录组测序, T细胞受体测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | 发现队列和独立验证队列的慢性乙型肝炎患者 | NA | 单细胞RNA-seq, TCR测序 | NA | NA |
1735 | 2025-10-05 |
An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus
2025-Sep, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-025-02022-0
PMID:40739059
|
研究论文 | 本研究通过整合单核RNA测序和空间转录组学数据,构建了人类海马体的分子图谱 | 首次将单核RNA测序与空间转录组学数据整合,揭示了人类海马体细胞类型的空间组织模式 | 仅使用10名神经典型成年供体样本,样本量相对有限 | 解析人类海马体的分子景观和细胞空间组织 | 人类前海马体组织 | 空间转录组学 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学, 非负矩阵分解 | NMF, 标签转移 | 转录组数据, 空间定位数据 | 10名神经典型成年供体 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
1736 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA-sequencing as a potential approach for studying intratumor heterogeneity in pleural mesothelioma
2025-Sep, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108679
PMID:40782703
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探索胸膜间皮瘤的肿瘤内异质性 | 首次应用单细胞RNA测序技术分析胸膜间皮瘤多部位肿瘤样本的肿瘤内异质性 | NA | 表征胸膜间皮瘤的肿瘤内异质性特征 | 胸膜间皮瘤多部位肿瘤样本 | 单细胞组学 | 胸膜间皮瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1737 | 2025-10-05 |
Regional Transcriptomic Architecture of Glioblastoma Reveals NUCB2 as a Key Orchestrator of Tumour Aggression and Immune Dysfunction
2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70814
PMID:40913484
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示胶质母细胞瘤区域转录组架构,发现NUCB2是协调肿瘤侵袭性和免疫功能障碍的关键调控因子 | 首次发现NUCB2在胶质母细胞瘤中心区域的神经祖细胞样肿瘤细胞中显著上调,并证实其同时调控肿瘤干细胞增殖和免疫抑制功能 | 研究基于公共数据集,缺乏实验验证NUCB2调控免疫细胞功能的具体机制 | 阐明胶质母细胞瘤空间分子程序驱动肿瘤进展的机制 | 胶质母细胞瘤中心和外周区域的细胞群体 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个公共数据集中的胶质母细胞瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1738 | 2025-10-05 |
Single cell RNA sequencing reveals the reshaping effect of perfluorooctanoic acid on the intestinal microenvironment of mice
2025-Sep-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118540
PMID:40570792
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了全氟辛酸对小鼠肠道微环境的重塑效应 | 首次在单细胞分辨率下系统分析PFOA诱导的肠道微环境重塑,发现Ada肠上皮细胞异常增殖和CCR1-CCL5轴介导的巨噬细胞-CD8 T细胞通讯增强 | 研究主要聚焦雌性小鼠,样本量相对有限,需要进一步验证在雄性小鼠中的一致性 | 探究全氟辛酸诱导的肠道微环境改变及其病理生理机制 | C57BL/6小鼠的肠道组织 | 单细胞生物学 | 胃肠道疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 雌性C57BL/6小鼠肠道组织,设置0、1、5、10 mg/kg/day四个剂量组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1739 | 2025-10-05 |
Cholinergic Waves Have a Modest Influence on the Transcriptome of Retinal Ganglion Cells
2025-Aug-27, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0165-25.2025
PMID:40695599
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胆碱能波对小鼠视网膜神经节细胞转录组的影响 | 首次在单细胞水平揭示胆碱能波对视网膜神经节细胞转录组的类型特异性调控作用,而非普遍性影响 | 研究仅关注出生后第一周末的特定发育阶段,可能未覆盖其他关键发育时期的转录组变化 | 探究β2KO突变对单个功能型视网膜神经节细胞基因表达的影响 | 野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞 | 单细胞转录组学 | 视觉系统发育障碍 | 单细胞RNA测序,原位杂交,全细胞记录 | NA | 单细胞转录组数据 | 野生型和β2KO小鼠视网膜神经节细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1740 | 2025-10-05 |
A Benchmark of Semi-Supervised scRNA-seq Integration Methods in Real-World Scenarios
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.23.671952
PMID:40909636
|
研究论文 | 系统评估五种半监督单细胞RNA测序整合方法在真实场景下的性能表现 | 首次在六种不同数据集上系统比较半监督与无监督单细胞RNA测序整合方法,并评估五种现实标注场景下的性能 | 仅评估了五种半监督方法,可能未涵盖所有相关方法;评估场景虽多样但仍有限 | 评估半监督单细胞RNA测序整合方法在现实标注场景下的实用价值 | 单细胞RNA测序数据整合方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | scANVI, scGEN, ssSTACAS, scDREAMER, ItClust, scCRAFT | 单细胞RNA测序数据 | 六个不同数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |