单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 17321 - 17340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 17321 | 2024-08-07 |
Lsd1 safeguards T-cell development via suppressing endogenous retroelements and interferon responses
2023-10, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302042
PMID:37429639
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研究论文 | 本研究探讨了组蛋白去甲基化酶Lsd1在胸腺细胞发育中的生理功能 | 首次揭示了Lsd1通过抑制内源性逆转录元件和干扰素反应来维持早期T细胞发育中的内源性逆转录元件稳态 | NA | 探究Lsd1在胸腺细胞发育中的作用 | 胸腺细胞中的Lsd1功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序、链特异性总RNA-seq和ChIP-seq分析 | NA | RNA | 小鼠胸腺细胞 |
| 17322 | 2024-08-05 |
Identifying mitophagy-related genes as prognostic biomarkers and therapeutic targets of gastric carcinoma by integrated analysis of single-cell and bulk-RNA sequencing data
2023-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107227
PMID:37413850
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研究论文 | 本研究结合单细胞测序数据和转录组学筛选与胃癌进展相关的线粒体自噬基因并分析其临床价值 | 提出了GABARAPL2和CDC37作为胃癌的预后生物标志物和候选治疗靶标的创新观点 | 没有明确提到研究的局限性 | 寻找与胃癌预后相关的新型预测生物标志物 | 与胃癌进展相关的线粒体自噬基因 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序和转录组学 | NA | 基因表达数据 | 确定了18个差异表达的线粒体自噬基因 |
| 17323 | 2024-08-05 |
Molecular phylogenetics of sessile Dolium sedentarium, a petalomonad euglenid
2023 Sep-Oct, The Journal of eukaryotic microbiology
IF:2.1Q3
DOI:10.1111/jeu.12991
PMID:37424051
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研究论文 | 本文报告了Dolium sedentarium的分子测序数据，为euglenid的进化提供了新的见解 | 首次使用单细胞转录组学对Dolium进行分子序列分析 | 关于Dolium sedentarium的分子数据仍然稀少 | 探讨euglenid的进化及分子和形态数据的关系 | 研究对象为Dolium sedentarium，一种稀有的摄食性euglenid | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 分子序列数据 | NA |
| 17324 | 2024-08-05 |
State of CD8+ T cells in progression from nonalcoholic steatohepatitis to hepatocellular carcinoma: From pathogenesis to immunotherapy
2023-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2023.115131
PMID:37429231
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研究论文 | 探讨了CD8+ T细胞在从非酒精性脂肪性肝炎（NASH）进展到肝细胞癌（HCC）过程中的状态 | 该研究揭示了NASH驱动的HCC中CD8 T细胞状态的特征和机制 | 对CD8 T细胞状态的具体机制理解仍不够全面 | 研究NASH对CD8 T细胞状态的影响及其在HCC中的作用 | 重点关注NASH驱动的纤维化和HCC中的CD8 T细胞状态表型 | 免疫疗法 | 肝细胞癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 17325 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptomics of Bone Marrow Stromal Cells in Diversity Outbred Mice: A Model for Population-Level scRNA-Seq Studies
2023-09, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1002/jbmr.4882
PMID:37436066
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析了多样性散系小鼠的骨髓基质细胞的转录组 | 提出了一种新的模型，使用骨髓来源的基质细胞生成特定细胞类型的转录组特征，适用于群体水平的基因研究 | 主要聚焦于小鼠模型，可能未能完全代表人类骨骼生物学 | 确定BMSCs是否可以作为生成大规模小鼠群体中特定细胞类型转录组特征的模型 | 使用来自五只多样性散系小鼠的骨髓来源的基质细胞 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 五只多样性散系小鼠的样本 |
| 17326 | 2024-08-05 |
Inferring regulators of cell identity in the human adult pancreas
2023-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad068
PMID:37435358
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研究论文 | 本研究探讨了人类成人胰腺中细胞身份的转录因子及其基因调控网络 | 综合多个单细胞RNA测序数据集，重建了人类成人胰腺的基因调控网络，从而识别细胞身份的调节因子 | 尚未探索人类成人胰腺的全部转录因子和基因调控网络 | 研究人类成人胰腺细胞身份的转录因子和调控机制 | 7393个成人胰腺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7393个细胞 |
| 17327 | 2024-08-07 |
MTGDC: A Multi-Scale Tensor Graph Diffusion Clustering for Single-Cell RNA Sequencing Data
2023 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3293112
PMID:37418411
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研究论文 | 本文提出了一种多尺度张量图扩散聚类（MTGDC）方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型检测 | 设计了一种多尺度亲和学习方法来构建细胞间的全连接图，并提出了一个有效的张量图扩散学习框架来学习多尺度亲和矩阵之间的高阶信息 | NA | 开发新的计算方法以匹配单细胞RNA测序技术，从而在不同细胞群中检测细胞类型 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 张量图扩散聚类 | RNA测序数据 | NA |
| 17328 | 2024-08-07 |
Cancer stem cells promote lymph nodes metastasis of breast cancer by reprogramming tumor microenvironment
2023-Sep, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2023.101733
PMID:37421907
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研究论文 | 本研究探讨了乳腺癌干细胞（CSCs）如何通过重编程肿瘤免疫微环境（TIME）促进淋巴结转移（LNM） | 揭示了具有高干细胞特性的RAC2和PTTG1双阳性CSCs在转移性淋巴结中的富集，并假设这些CSCs通过激活特定的转移相关转录因子和信号通路促进转移 | NA | 阐明乳腺癌干细胞如何重编程肿瘤免疫微环境以促进淋巴结转移 | 乳腺癌干细胞、肿瘤免疫微环境、淋巴结转移 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自本机构的患者原发性肿瘤和相应转移性淋巴结样本 |
| 17329 | 2024-08-07 |
Novel cell subtypes of SPP1 + S100P+, MS4A1-SPP1 + S100P+ were key subpopulations in intrahepatic cholangiocarcinoma
2023-09, Biochimica et biophysica acta. General subjects
DOI:10.1016/j.bbagen.2023.130420
PMID:37433400
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，探索了肝内胆管癌（iCCA）中的细胞异质性，并利用MSigDB和CIBERSORTx分析了主要细胞类型的通路及其相互关系，进一步探讨了细胞亚型与生存的相关性。 | 发现了iCCA中独特的免疫生态系统，并识别了新的细胞亚型SPP1+ S100P+和MS4A1-SPP1+ S100P+作为关键亚群。 | NA | 研究肝内胆管癌中的细胞异质性和细胞亚型与生存的相关性。 | 肝内胆管癌（iCCA）中的细胞亚型及其与生存的关系。 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 组织微阵列队列中的多个样本 |
| 17330 | 2024-08-07 |
Assessment of the Cardiac Noncoding Transcriptome by Single-Cell RNA Sequencing Identifies FIXER, a Conserved Profibrogenic Long Noncoding RNA
2023-08-29, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序评估心脏非编码转录组，识别出一种保守的促纤维化长非编码RNA——FIXER | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术，在心脏非心肌细胞中鉴定出富集于相关成纤维细胞亚群的长非编码RNA，并发现FIXER的沉默能限制纤维化并改善心脏功能 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术评估心脏非编码转录组，寻找心脏疾病治疗的新靶点 | 心脏非心肌细胞中的长非编码RNA | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 17331 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq explore the prognostic value of exhausted T cells in hepatocellular carcinoma
2023-08, IET systems biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1049/syb2.12072
PMID:37431788
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研究论文 | 该文章探讨了耗竭T细胞在肝细胞癌中的预后价值 | 提供了关于耗竭T细胞及其临床重要性的详尽特征分析，并构建了一个稳健的预后模型 | 研究可能受限于数据库的样本量和选择偏差 | 调查耗竭T细胞在肝细胞癌进展中的作用和预后价值 | 肝细胞癌患者的T细胞演变及其临床结果 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE146115和国际癌症基因组数据库中的患者信息 |
| 17332 | 2024-08-05 |
SCS: cell segmentation for high-resolution spatial transcriptomics
2023-08, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01939-3
PMID:37429992
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研究论文 | 本研究介绍了一种新的细胞分割方法SCS，以提高次细胞空间转录组学的精度 | SCS结合了成像数据与测序数据，通过自适应学习的Transformer神经网络来改进细胞分割的准确性 | 未提及具体的局限性 | 该研究旨在提高高分辨率空间转录组学中细胞分割的准确性 | 研究对象为应用在新的次细胞空间转录组学技术上的细胞分割 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | Transformer神经网络 | 成像数据和测序数据 | 在两种新的次细胞空间转录组学技术上的测试 |
| 17333 | 2024-08-05 |
AXL+SIGLEC6+ dendritic cells in cerebrospinal fluid and brain tissues of patients with autoimmune inflammatory demyelinating disease of CNS
2023-08, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2023.109686
PMID:37414380
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研究论文 | 本研究识别了自身免疫性炎症性脱髓鞘疾病患者中AXL+SIGLEC6+树突细胞的存在 | 首次在人体中识别了AXL+SIGLEC6树突细胞，并发现其在CNS自体免疫中的潜在作用 | 样本数量较小，仅涉及9名患者 | 研究AXL+SIGLEC6树突细胞在自身免疫性炎症性脱髓鞘疾病中的作用 | 来自自身免疫性炎症性脱髓鞘疾病患者及实验性自身免疫性脑脊髓炎模型的样本 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 血液和脑脊液样本 | 9名自身免疫性炎症性脱髓鞘疾病患者的配对样本 |
| 17334 | 2024-08-07 |
Integrated analyses reveal the prognostic, immunological features and mechanisms of cuproptosis critical mediator gene FDX1 in KIRC
2023-08, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-023-00211-0
PMID:37430022
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，探讨了铁氧还原蛋白1（FDX1）在肾透明细胞癌（KIRC）中的作用及其潜在分子机制 | 首次揭示了FDX1在KIRC中的预后和免疫学特征，并阐明了其通过LncRNA/RBP/FDX1网络的分子机制 | NA | 探索FDX1在肾透明细胞癌中的作用及其分子机制 | FDX1基因在肾透明细胞癌中的表达及其对预后和免疫反应的影响 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 17335 | 2024-08-07 |
Identification of angiogenesis-related genes signature for predicting survival and its regulatory network in glioblastoma
2023-08, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.6316
PMID:37434432
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研究论文 | 本研究旨在识别与胶质母细胞瘤（GBM）预后相关的血管生成相关基因及其潜在调控机制 | 构建了基于9个预后相关血管生成相关基因的风险预测模型，并建立了以三个关键基因为中心的调控网络 | NA | 识别胶质母细胞瘤中的预后相关血管生成相关基因及其调控机制 | 胶质母细胞瘤患者 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 173名胶质母细胞瘤患者 |
| 17336 | 2024-08-07 |
Rebalancing liver-infiltrating CCR3+ and CD206+ monocytes improves diet-induced NAFLD
2023-07-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112753
PMID:37421620
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研究论文 | 研究探讨了褪黑素通过调节肝脏浸润的CCR3+和CD206+单核细胞改善非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的机制 | 首次揭示了褪黑素通过抑制促炎的CCR3单核细胞衍生巨噬细胞（MoMFs）和上调抗炎的CD206 MoMFs来改善NAFLD | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证 | 探索褪黑素改善非酒精性脂肪肝病的潜在机制，为NAFLD的治疗提供新策略 | 非酒精性脂肪肝病（NAFLD）及其相关单核细胞衍生巨噬细胞 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用褪黑素干预的胆碱缺乏高脂饮食（CDHFD）和蛋氨酸/胆碱缺乏饮食（MCD）喂养的小鼠，以及体外培养的人类CCR3 MoMF和CD206 MoMF |
| 17337 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome atlas of Drosophila gastrula 2.0
2023-07-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112707
PMID:37433294
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研究论文 | 本文报道了果蝇原肠胚的单细胞转录组图谱，分为77个转录组学上不同的集群 | 首次提供了包含准确空间和谱系信息的早期发育胚胎的单细胞转录组数据，并重建了所有基因在单细胞条纹水平上的空间表达模式 | NA | 旨在深入理解基因如何协同调控果蝇原肠胚形成机制 | 果蝇原肠胚的单细胞转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 77个转录组学上不同的集群 |
| 17338 | 2024-08-05 |
SCING: Inference of robust, interpretable gene regulatory networks from single cell and spatial transcriptomics
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107124
PMID:37434694
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研究论文 | 该文章介绍了一种新方法SCING，用于从单细胞和空间转录组数据中推断基因调控网络。 | SCING是一种基于梯度提升和互信息的方法，提高了基因调控网络的准确性和生物学解释性。 | 目前未提及具体的局限性。 | 研究基因调控网络推断在生理和疾病理解中的重要性。 | 使用小鼠和人类阿尔茨海默病的单细胞和空间转录组数据进行研究。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组技术 | 梯度提升 | 转录组数据 | 小鼠单细胞图谱和阿尔茨海默病样本 |
| 17339 | 2024-08-05 |
Population dynamics of EMT elucidates the timing and distribution of phenotypic intra-tumoral heterogeneity
2023-Jul-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106964
PMID:37426354
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研究论文 | 该文章研究了上皮到间质转化（EMT）过程中肿瘤内表型异质性的时间和分布 | 提出了一种新的计算框架，可从单细胞RNA测序数据中可靠推断和预测EMT相关轨迹 | 当前的方法主要局限于大规模微阵列数据，单细胞解析仍面临挑战 | 深入理解EMT进程及其对癌症转移的影响 | 利用单细胞RNA测序数据分析EMT状态 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 17340 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis identifies novel biomarkers involved in major liver cancer subtypes
2023-Jul-13, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01156-3
PMID:37438675
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌和肝内胆管癌的转录组，以识别新的生物标志物 | 首次系统性地利用单细胞RNA测序数据集来表征肝癌亚型的肿瘤异质性，并通过细胞间通信分析揭示了不同细胞类型间的相互作用 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术系统地表征肝癌亚型的肿瘤异质性，并识别与肝细胞癌和肝内胆管癌相关的独特分子驱动因素 | 肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）的单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 51,927个单细胞 |