单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
17281	2024-08-07	Deciphering ligand-receptor-mediated intercellular communication based on ensemble deep learning and the joint scoring strategy from single-cell transcriptomic data 2023-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107137 PMID:37364528	研究论文	本研究开发了一种基于集成深度学习和联合评分策略的CellComNet框架，用于从单细胞转录组数据中解析配体-受体介导的细胞间通信	提出了一种新的集成深度学习框架CellComNet，结合数据整合、特征提取、降维和LRI分类，以及联合评分策略，提高了细胞间通信推断的性能	NA	旨在通过解析配体-受体介导的细胞间通信，理解肿瘤生长、进展和转移的分子机制	配体-受体共表达和单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	集成深度学习框架	转录组数据	涉及人类黑色素瘤和头颈鳞状细胞癌（HNSCC）组织
17282	2024-08-05	Spatially resolved transcriptomic analysis of the germinating barley grain 2023-08-25, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad521 PMID:37351575	研究论文	本研究开发了一种空间转录组学工作流程，以分析发芽大麦种子的基因表达	开发了一种空间转录组学方法，以高通量分析种子发芽过程中的空间基因表达	缺乏对各个种子细胞类型的空间信息	探讨大麦发芽过程中基因表达的空间特征	发芽过程中的大麦种子	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	超过14,000个基因
17283	2024-08-07	Impact of delayed PBMC processing on functional and genomic assays 2023-08, Journal of immunological methods IF:1.6Q4 DOI:10.1016/j.jim.2023.113514 PMID:37353001	研究论文	本研究探讨了外周血单个核细胞（PBMCs）处理延迟对其功能和基因组分析的影响	首次系统评估了PBMC处理延迟对下游分析（如流式细胞术、单细胞RNA测序和ELISpot分析）的影响	研究仅限于健康成人样本，未涵盖疾病状态下的PBMC处理延迟影响	评估PBMC处理延迟对下游分析结果的影响，以指导临床试验设计	来自20名健康成人的外周血单个核细胞（PBMCs）	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、ELISpot分析	NA	基因表达数据	20名健康成人
17284	2024-08-07	STING regulates the transformation of the proinflammatory macrophage phenotype by HIF1A into autoimmune myocarditis 2023-Aug, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.110523 PMID:37354779	研究论文	研究探讨了STING在自身免疫性心肌炎中的作用及其通过HIF1A调控促炎巨噬细胞表型的分子机制	首次揭示了STING通过HIF1A调控促炎巨噬细胞表型在自身免疫性心肌炎发病机制中的作用	NA	探究STING在自身免疫性心肌炎中的作用及其分子机制	BALB/c小鼠及人类自身免疫性心肌炎心脏样本中的巨噬细胞	NA	自身免疫性心肌炎	单细胞RNA测序分析	NA	RNA	六周龄雄性BALB/c小鼠及人类自身免疫性心肌炎心脏样本
17285	2024-08-07	Single-cell and bulk transcriptomics reveals M2d macrophages as a potential therapeutic strategy for mucosal healing in ulcerative colitis 2023-Aug, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.110509 PMID:37369160	研究论文	本文通过单细胞和批量转录组测序分析，揭示了M2d巨噬细胞在溃疡性结肠炎黏膜愈合中的潜在治疗作用	首次详细探讨了M2d巨噬细胞在溃疡性结肠炎黏膜愈合中的作用机制，并通过轨迹分析和CellChat分析揭示了M1和M2d巨噬细胞在UC和健康组中的分化差异	在利用M2d巨噬细胞作为治疗靶点之前，需要建立可靠的分离和纯化M2d巨噬细胞的方法	探讨不同巨噬细胞亚型在溃疡性结肠炎黏膜愈合中的作用	巨噬细胞亚型及其在溃疡性结肠炎中的作用	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞和批量RNA测序	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
17286	2024-08-05	Single-cell transcriptomics of NRAS-mutated melanoma transitioning to drug resistance reveals P2RX7 as an indicator of early drug response 2023-07-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112696 PMID:37379213	研究论文	该研究通过单细胞转录组测序揭示了NRAS突变黑色素瘤在药物耐药转变中的P2RX7作为早期药物反应的指标	本研究首次识别了P2RX7在NRAS突变黑色素瘤药物耐药中的重要角色，提供了新的治疗靶点	研究主要集中于单一类型的细胞和特定的药物组合，可能限制了对其他类型耐药机制的广泛应用	探究NRAS突变黑色素瘤在药物耐药过程中分子机制的变化	对NRAS突变黑色素瘤细胞在MEK1/2和CDK4/6抑制剂治疗下的转录变化进行研究	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
17287	2024-08-07	Altered anti-viral immune responses in monocytes in overweight heavy drinkers 2023-Jul-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107133 PMID:37361874	研究论文	研究探讨了超重和酗酒对单核细胞抗病毒免疫反应的影响	首次揭示了超重和酗酒对单核细胞抗病毒免疫反应的具体分子机制	研究仅限于特定的实验条件和样本类型，可能需要进一步的临床验证	探究超重和酗酒对单核细胞抗病毒免疫反应的影响及其分子机制	超重和酗酒者的单核细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括超重和非超重的酗酒者及健康对照者的外周血单核细胞
17288	2024-08-07	Correlated Protein Modules Revealing Functional Coordination of Interacting Proteins Are Detected by Single-Cell Proteomics 2023-07-13, The journal of physical chemistry. B DOI:10.1021/acs.jpcb.3c00014 PMID:37368753	研究论文	本文利用单细胞蛋白质组学技术，在单个哺乳动物细胞中测量了一对蛋白质翻译水平的相互关系，并发现了多个相关蛋白质模块（CPMs），这些模块包含一组高度正相关的功能相互作用的蛋白质，共同参与特定的生物功能	本文首次利用单细胞蛋白质组学技术在稳态条件下测量蛋白质之间的相关性，揭示了蛋白质功能的内在协调性，相比于单细胞转录组学，提供了更直接的功能相关性	NA	探索单细胞蛋白质组学在揭示蛋白质功能协调性方面的应用	单个哺乳动物细胞中的蛋白质相关性	蛋白质组学	NA	单细胞蛋白质组学	NA	蛋白质数据	约1000种蛋白质在均质的K562细胞群体中
17289	2024-08-05	Organoid models of breathing disorders reveal patterning defect of hindbrain neurons caused by PHOX2B-PARMs 2023-07-11, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.05.020 PMID:37352849	研究论文	本研究利用人类脑干类器官模型揭示了PHOX2B-PARMs导致的后脑神经元模式缺陷	通过使用人类脑干类器官模型，首次定义了多丙氨酸重复长度与RTN呼吸中心畸形之间的关联	尚未完全阐明PHOX2B-PARMs如何干扰RTN神经元的功能	探讨PHOX2B-PARMs对脑干呼吸神经元形成的影响	利用人类多能干细胞生成的脑干类器官中的RTN样神经元	数字病理学	呼吸障碍	单细胞转录组学	脑干类器官	基因表达数据	使用了一个患者和两条携带不同多丙氨酸重复的诱导性多能干细胞系
17290	2024-08-07	Extracellular vesicle-packaged ILK from mesothelial cells promotes fibroblast activation in peritoneal fibrosis 2023-07, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12334 PMID:37357686	研究论文	本研究通过综合分析外泌体蛋白质组学和单细胞RNA测序，揭示了腹膜透析患者透出液中的外泌体主要来源于间皮细胞，并探讨了外泌体在腹膜纤维化中的作用及机制	首次揭示了间皮细胞通过外泌体传递整合素连接激酶（ILK）促进成纤维细胞活化和腹膜纤维化的机制	NA	探讨外泌体在腹膜纤维化中的作用及机制	腹膜透析患者的透出液中的外泌体及其在腹膜纤维化中的作用	NA	腹膜纤维化	外泌体蛋白质组学，单细胞RNA测序	NA	蛋白质，RNA	长期腹膜透析患者的腹膜组织和透出液
17291	2024-08-07	Human PBMC scRNA-seq-based aging clocks reveal ribosome to inflammation balance as a single-cell aging hallmark and super longevity 2023-06-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abq7599 PMID:37379396	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据构建了一个基于人类外周血单个核细胞（PBMC）的衰老时钟模型，揭示了超级长寿者中由高核糖体水平和低炎症状态构成的单细胞衰老标志	首次在单细胞水平上构建了衰老时钟模型，并发现了超级长寿者中高核糖体水平与低炎症状态的关联	研究样本量较小，仅包括28个样本和7个超级长寿者	量化衰老速率，评估与年龄相关的衰退和死亡率	超级长寿者的外周血单个核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	衰老时钟模型	单细胞RNA测序数据	28个样本和7个超级长寿者
17292	2024-08-07	Construction and experimental validation of a B cell-related gene signature to predict the prognosis and immunotherapeutic sensitivity in bladder cancer 2023-06-27, Aging DOI:10.18632/aging.204753 PMID:37379131	研究论文	本文构建了一个与B细胞相关的基因特征，用于预测膀胱癌的预后和免疫治疗敏感性	首次构建了一个包含5个基因对的模型，该模型能够有效预测膀胱癌的预后和免疫治疗反应	需要进一步的研究来验证该模型在更广泛人群中的适用性和准确性	构建一个能够预测膀胱癌预后和免疫治疗敏感性的B细胞相关基因特征	膀胱癌中的B细胞相关基因特征及其对预后和免疫治疗反应的影响	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序分析，LASSO回归，随机森林，Cox回归	基因对模型	基因表达数据	TCGA-BLCA队列作为训练队列，三个独立队列来自GEO和本地队列用于外部验证，326个B细胞用于探索模型与B细胞生物过程的关联
17293	2024-08-05	Spinal cord injury: molecular mechanisms and therapeutic interventions 2023-06-26, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-023-01477-6 PMID:37357239	综述	本文概述了脊髓损伤的流行病学和病理生理，并详细阐述了神经再生和电路重建的最新研究进展	揭示了脊髓损伤的新病理机制，特别是免疫和神经细胞反应之间的相互作用	当前研究的结果并未理想化，需要进一步探索有效的治疗策略	探讨脊髓损伤的病理机制和治疗干预措施	脊髓损伤及其相关的神经再生和电路重建	数字病理学	脊髓损伤	单细胞测序和空间转录组分析	NA	NA	NA
17294	2024-08-05	A novel computational method enables RNA editome profiling during human hematopoiesis from scRNA-seq data 2023-06-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-37325-4 PMID:37365211	研究论文	本文开发了一种计算方法，以系统性地识别来自scRNA-seq数据的人类造血细胞类型的RNA编辑位点	提出了一种新型计算方法来有效识别和研究scRNA-seq数据中的RNA编辑事件	因低测序覆盖，scRNA-seq数据中的RNA编辑事件检测面临挑战	研究RNA编辑对人类造血过程的影响	人类造血干细胞/前体细胞的scRNA-seq数据	计算生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
17295	2024-08-07	Characterization of olfactomedin 4+ cells in prostate and urethral-tube epithelium during murine postnatal development and in adult mice 2023-06-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-37320-9 PMID:37357228	研究论文	本研究通过生成Olfm4报告鼠系，研究了Olfm4/eGFP阳性细胞在小鼠前列腺和尿道管上皮在出生后发育及成年期的分布情况	首次详细描述了Olfm4阳性细胞在小鼠前列腺和尿道管上皮的分布及其功能特性	NA	探究Olfm4阳性细胞在小鼠前列腺和尿道管上皮的生物学功能及其在发育和稳态维持中的作用	小鼠前列腺和尿道管上皮的Olfm4阳性细胞	NA	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年小鼠尿道的单细胞RNA测序元数据（GSE145865）
17296	2024-08-05	Integration of bulk RNA sequencing data and single-cell RNA sequencing analysis on the heterogeneity in patients with colorectal cancer 2023-Jun-24, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01102-3 PMID:37355491	研究论文	本研究开发和验证了与cGAS-STING通路相关的结直肠癌分子亚型	首次结合大规模RNA测序和单细胞RNA测序分析，从而揭示了结直肠癌内的异质性	样本大小和地域限制可能影响结果的普适性	旨在研究结直肠癌中cGAS-STING通路相关的分子亚型	结直肠癌患者的RNA测序数据及其免疫特征	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq	NA	RNA测序数据	使用来自The Cancer Genome Atlas（训练数据集）和Gene Expression Omnibus（验证数据集）的数据
17297	2024-08-07	Transcriptional changes in specific subsets of Drosophila neurons following inhibition of the serotonin transporter 2023-Jun-24, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-023-02521-3 PMID:37355701	研究论文	研究了在抑制血清素转运蛋白后，果蝇特定神经元亚群的转录变化	使用果蝇模型和荧光激活细胞分选技术，结合批量或单细胞RNA测序，探索了肯扬细胞对血清素转运蛋白抑制的转录组响应	研究发现肯扬细胞的转录组变化有限，且不同亚型可能对血清素转运蛋白失活有不同的响应	探讨血清素转运蛋白抑制对果蝇特定神经元亚群的转录影响	果蝇的蘑菇体结构中的肯扬细胞	数字病理学	NA	荧光激活细胞分选技术，RNA测序	NA	RNA	成年果蝇
17298	2024-08-05	m6A methylation reader IGF2BP2 activates endothelial cells to promote angiogenesis and metastasis of lung adenocarcinoma 2023-06-23, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-023-01791-1 PMID:37353784	研究论文	本研究探讨了m6A甲基化读取器IGF2BP2如何激活内皮细胞以促进肺腺癌的血管生成和转移	提出了LUAD_IGF2BP2亚群在肺腺癌转移进程中的关键作用及其对血管生成和转移的促进机制	尚未深入研究IGF2BP2在其他类型肺癌中的作用	研究肺腺癌转移的分子机制，特别是IGF2BP2的作用	分析肺腺癌患者的单细胞转录组数据	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	合计93,610个细胞，包括11个正常肺组织、11个原发性LUAD组织和4个转移性LUAD组织
17299	2024-08-07	Cellular senescence in white matter microglia is induced during ageing in mice and exacerbates the neuroinflammatory phenotype 2023-06-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-05027-2 PMID:37353538	研究论文	本文通过单细胞转录组分析和多种小鼠模型研究，发现白质中的小胶质细胞在衰老和脱髓鞘疾病模型中会发生细胞衰老，并加剧神经炎症表型	首次揭示了中枢神经系统中细胞衰老的特征及其在神经损伤中的作用	NA	探讨细胞衰老在中枢神经系统中的作用及其对年龄相关神经疾病的治疗潜力	小鼠大脑和脊髓中的白质小胶质细胞	NA	神经退行性疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	多种小鼠模型
17300	2024-08-07	Construction of a T-cell exhaustion-related gene signature for predicting prognosis and immune response in hepatocellular carcinoma 2023-06-22, Aging DOI:10.18632/aging.204830 PMID:37354485	研究论文	本研究构建了一个与T细胞耗竭相关的基因签名，用于预测肝细胞癌的预后和免疫反应	首次构建了T细胞耗竭相关的基因预后模型（TEXPM），并探讨了其在肝细胞癌中的免疫学特性和免疫治疗的优势	NA	构建一个T细胞耗竭相关的基因预后模型，并探讨其在肝细胞癌中的免疫学特性和免疫治疗的优势	肝细胞癌患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	LASSO回归分析	基因表达数据	使用TCGA数据库中的差异表达基因（DEGs）进行筛选