单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 17261 - 17280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 17261 | 2024-08-07 |
regeneration factors expressed on myeloid expression in macrophage-like cells is required for tail regeneration in Xenopus laevis tadpoles
2023-08-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200467
PMID:37522363
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研究论文 | 本研究探讨了非洲爪蟾蝌蚪尾部再生的分子机制，特别是涉及白细胞介素11（il11）和两个新鉴定的基因rfem.L与rfem.S的作用 | 首次鉴定并描述了rfem.L和rfem.S这两个基因在非洲爪蟾蝌蚪尾部再生中的作用 | 研究主要集中在基因敲降实验和单细胞RNA测序分析，可能需要进一步的功能验证和机制探索 | 探究非洲爪蟾蝌蚪尾部再生的分子基础 | 非洲爪蟾蝌蚪的尾部再生过程及相关基因 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 特定细胞类型的子集 |
| 17262 | 2024-08-07 |
Cross-species single-cell transcriptomic analysis of animal gastric antrum reveals intense porcine mucosal immunity
2023-Aug-01, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-023-00171-w
PMID:37525021
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研究论文 | 本研究通过跨物种的单细胞转录组分析，比较了人、猪、鼠和大鼠胃窦上皮组织的细胞类型和基因表达，发现猪胃窦上皮具有更强的免疫功能 | 首次在单细胞水平上比较了不同物种胃窦上皮的细胞组成和基因表达，并发现猪胃窦上皮中存在一个新的细胞簇，其高表达AQP5、F3、CLCA1和RRAD | NA | 探究不同物种胃窦上皮的细胞组成和基因表达差异 | 人、猪、鼠和大鼠的胃窦上皮组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人、猪、鼠和大鼠的胃窦上皮组织样本 |
| 17263 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome sequencing of B-cell heterogeneity and tertiary lymphoid structure predicts breast cancer prognosis and neoadjuvant therapy efficacy
2023-08, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1346
PMID:37525587
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了乳腺癌中的B细胞异质性和三级淋巴结构，探讨了其在肿瘤免疫治疗中的作用及临床意义 | 首次在单细胞水平上详细研究了肿瘤浸润B细胞和肿瘤相关中性粒细胞的异质性，并发现了与免疫治疗效果相关的特殊细胞类型 | 研究样本量较小，仅涉及14名乳腺癌患者 | 探讨B细胞异质性和三级淋巴结构在乳腺癌中的作用及其对肿瘤免疫治疗的临床意义 | 乳腺癌患者的原发性肿瘤病变及周围正常组织中的B细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 14名乳腺癌患者，共计124,587个细胞 |
| 17264 | 2024-08-07 |
The impact of the Hedgehog signal pathway on the tumor immune microenvironment of gastric adenocarcinoma by integrated analysis of scRNA-seq and RNA-seq datasets
2023-Aug-01, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01187-w
PMID:37526746
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和RNA测序（RNA-seq）数据集，探讨了Hedgehog信号通路对胃腺癌肿瘤免疫微环境的影响 | 首次整合scRNA-seq和RNA-seq数据集，更精确地研究Hedgehog信号通路的表达谱、遗传改变及其活性 | 研究主要基于数据分析，缺乏体内实验验证 | 探讨Hedgehog信号通路对胃腺癌患者生存结果、肿瘤免疫微环境和药物敏感性的影响 | 胃腺癌患者的Hedgehog信号通路及其相关基因 | 数字病理学 | 胃癌 | scRNA-seq, RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 17265 | 2024-08-07 |
demuxmix: demultiplexing oligonucleotide-barcoded single-cell RNA sequencing data with regression mixture models
2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad481
PMID:37527018
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研究论文 | 本文介绍了一种基于负二项回归混合模型的单细胞RNA测序数据解复用方法demuxmix | demuxmix通过概率分类框架提供液滴分配的错误概率，并利用RNA文库中检测到的基因与HTO计数之间的正相关性来解释HTO数据中的部分变异，从而提高液滴分配的准确性 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据解复用方法，以提高解复用的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的液滴分配问题 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 负二项回归混合模型 | RNA测序数据 | NA |
| 17266 | 2024-08-07 |
Effective methods for bulk RNA-seq deconvolution using scnRNA-seq transcriptomes
2023-08-01, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03016-6
PMID:37528411
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研究论文 | 本文系统评估了使用scnRNA-seq转录组进行bulk RNA-seq去卷积的方法，并提出了新的方法SQUID。 | 提出了新的去卷积方法SQUID，该方法结合了RNA-seq转换和抑制加权最小二乘去卷积方法，在预测细胞混合物和组织样本组成方面表现优于其他方法。 | NA | 评估和改进使用scnRNA-seq转录组进行bulk RNA-seq去卷积的方法。 | bulk RNA-seq样本的细胞类型组成。 | 生物信息学 | 白血病，神经母细胞瘤 | RNA-seq，scnRNA-seq | SQUID | RNA序列数据 | NA |
| 17267 | 2024-08-07 |
Identification of the relationship between single-cell N6-methyladenosine regulators and the infiltrating immune cells in esophageal carcinoma
2023-Aug, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e18132
PMID:37529341
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研究论文 | 本研究探讨了单细胞N6-甲基腺苷（m6A）调节因子与食管鳞状细胞癌（ESCC）中浸润性免疫细胞之间的关系 | 首次揭示了m6A甲基化介导的细胞间通讯在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中调控肿瘤发展和抗肿瘤免疫的作用 | NA | 研究m6A RNA甲基化在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中与浸润性免疫细胞的关系及其功能 | 食管鳞状细胞癌中的单细胞转录组数据和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞转录组分析，qPCR | NA | 转录组数据 | 五个ESCC患者 |
| 17268 | 2024-08-05 |
scRNA-seq revealed the special TCR β & α V(D)J allelic inclusion rearrangement and the high proportion dual (or more) TCR-expressing cells
2023-07-31, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06004-7
PMID:37524693
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研究论文 | 这篇文章揭示了单个T细胞表达多个TCR链的现象及其高比例 | 首次在转录组水平上公开了T细胞中多个TCR的高比例，并提出了在单个染色体上二次（或更多）TCR重排的新机制 | 在不同生理状态和发育阶段多TCR比例的变化尚未完全解释 | 研究T细胞中多TCR的比例和潜在机制 | 人类胸腺、外周血及小鼠淋巴器官中的T细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 在所有样本中，T细胞比例为15%、10%和20% |
| 17269 | 2024-08-05 |
High EVI1 and PARP1 expression as favourable prognostic markers in high-grade serous ovarian carcinoma
2023-Jul-31, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-023-01239-6
PMID:37525239
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研究论文 | 本文探讨了EVI1和PARP1在高级别漿液性卵巢癌中的预后意义 | 发现EVI1和PARP1的高表达与高级别漿液性卵巢癌的良好预后显著相关 | 没有提供关于其机制的深入研究 | 研究EVI1和PARP1在高级别漿液性卵巢癌中的预后作用 | 562名高级别漿液性卵巢癌患者 | 肿瘤病理学 | 卵巢癌 | 免疫组化染色，数字半自动阳性细胞检测 | NA | 组织样本 | 562名患者 |
| 17270 | 2024-08-05 |
Decoding key cell sub-populations and molecular alterations in glioblastoma at recurrence by single-cell analysis
2023-07-31, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01613-x
PMID:37525259
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研究论文 | 这篇文章探讨了在复发性胶质母细胞瘤中关键细胞亚群和分子变化。 | 文章揭示了一种在初发胶质母细胞瘤中检测较少但在复发性胶质母细胞瘤中高度表达的独特细胞亚群，暗示其可能在复发过程中起到关键作用。 | 文章没有提供关于如何应用发现的新靶点进行临床治疗的具体建议。 | 旨在理解驱动胶质母细胞瘤复发的关键机制以及识别新的干预靶点。 | 研究对象为36名患者的初发和复发胶质母细胞瘤样本以及6个纵向的胶质母细胞瘤空间转录组数据。 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 36个患者的初发和复发胶质母细胞瘤样本 |
| 17271 | 2024-08-07 |
Exploring the cellular and molecular differences between ovarian clear cell carcinoma and high-grade serous carcinoma using single-cell RNA sequencing and GEO gene expression signatures
2023-Jul-31, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01087-3
PMID:37525249
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和GEO基因表达签名数据，探索卵巢透明细胞癌和高度浆液性卵巢癌之间的细胞和分子差异 | 首次全面揭示了卵巢透明细胞癌和高度浆液性卵巢癌在细胞和分子层面的区别，并发现了新的生物标志物和治疗靶点 | NA | 旨在发现卵巢透明细胞癌的新治疗靶点，以改善患者的预后 | 卵巢透明细胞癌和高度浆液性卵巢癌 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 使用了GSE189553数据集中的批量RNA-seq数据和单细胞RNA测序数据 |
| 17272 | 2024-08-07 |
A meta-analysis of immune-cell fractions at high resolution reveals novel associations with common phenotypes and health outcomes
2023-07-31, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01211-5
PMID:37525279
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meta-analysis | 本研究通过高分辨率DNA甲基化参考矩阵，对12种免疫细胞类型在血液中的比例进行meta分析，揭示了这些细胞比例与多种常见表型和健康结果的关联 | 本研究首次在高分辨率下使用DNA甲基化数据进行meta分析，提供了广泛验证的血液DNA甲基化参考矩阵，并揭示了免疫细胞比例与多种健康结果的关联 | 研究主要集中在血液样本，且使用的DNA甲基化数据分辨率相对较低 | 探索免疫细胞类型比例与常见表型及健康结果的关联 | 12种免疫细胞类型在血液中的比例 | machine learning | NA | DNA methylation sequencing | NA | DNA methylation data | 23,053个血液样本 |
| 17273 | 2024-08-05 |
Follicular development and ovary aging: single-cell studies
2023-Jul-28, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioad080
PMID:37504504
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综述 | 本文总结了卵泡发育与卵巢衰老的单细胞研究进展 | 强调单细胞测序技术在揭示个体细胞独特分子机制方面的创新 | 总结了传统方法在卵泡发育研究中的局限性 | 探讨卵泡发育的生理与病理机制 | 聚焦卵巢内的卵母细胞、颗粒细胞、冠层细胞和卵泡膜细胞等各种细胞 | 数字病理学 | 不育症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 17274 | 2024-08-05 |
Evaluating imputation methods for single-cell RNA-seq data
2023-Jul-28, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05417-7
PMID:37507764
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研究论文 | 本研究对11种最新的单细胞RNA测序数据插补方法进行了评估 | 评估了多种插补算法在不同真实和模拟数据集上的表现，并揭示了它们的优缺点 | 一些方法在真实数据集上的表现差，且未能成功插补所有标记基因 | 系统评估不同的单细胞RNA测序数据插补算法 | 12个真实的生物数据集和4个模拟数据集 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 生物数据集 | 12个真实数据集和4个模拟数据集 |
| 17275 | 2024-08-07 |
Small Leucine-Rich Proteoglycan PODNL1 Identified as a Potential Tumor Matrix-Mediated Biomarker for Prognosis and Immunotherapy in a Pan-Cancer Setting
2023-Jul-22, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb45070386
PMID:37504302
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研究论文 | 本文研究了小亮氨酸丰富蛋白聚糖家族成员PODNL1在泛癌环境中的预后价值和免疫治疗作用 | 首次系统评估了PODNL1在泛癌环境中的预后价值及其在肿瘤微环境中的作用 | NA | 探讨PODNL1作为泛癌环境下肿瘤基质介导的生物标志物在预后和免疫治疗中的潜力 | PODNL1在不同癌症中的表达及其与预后和免疫治疗反应的关系 | 数字病理学 | 泛癌 | 多重免疫荧光染色 | NA | 转录组数据 | 涉及33种癌症类型的样本 |
| 17276 | 2024-08-07 |
Tissue Inhibitor of Metalloproteinases-1 Interacts with CD74 to Promote AKT Signaling, Monocyte Recruitment Responses, and Vascular Smooth Muscle Cell Proliferation
2023-07-20, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12141899
PMID:37508563
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研究论文 | 研究探讨了组织金属蛋白酶抑制剂-1（TIMP-1）与CD74相互作用对AKT信号传导、单核细胞招募反应和血管平滑肌细胞增殖的影响 | 首次详细研究了TIMP-1通过CD74介导的生物学效应，包括对单核细胞和血管平滑肌细胞的影响 | NA | 评估TIMP-1-CD74轴在血管炎症和动脉粥样硬化中的作用 | TIMP-1与CD74的相互作用及其对单核细胞和血管平滑肌细胞的影响 | NA | 心血管疾病 | 序列比对、蛋白质-蛋白质对接分析、磷酸化激酶阵列、Transwell迁移、3D-基于趋化性、流粘附试验、活细胞成像 | NA | scRNA-seq数据 | THP-1前单核细胞、初级人类单核细胞、血管平滑肌细胞 |
| 17277 | 2024-08-07 |
Smooth Muscle Heterogeneity and Plasticity in Health and Aortic Aneurysmal Disease
2023-Jul-20, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241411701
PMID:37511460
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综述 | 本文综述了血管平滑肌细胞（VSMCs）在健康和主动脉瘤疾病中的异质性和可塑性 | 通过高分辨率研究方法，如谱系追踪和单细胞RNA测序，揭示了VSMCs前所未有的异质性和多样性及其与主动脉瘤的复杂关系 | NA | 旨在增进对健康和动脉瘤疾病中VSMC多样性的理解 | 血管平滑肌细胞（VSMCs）及其在主动脉瘤中的作用 | NA | 主动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 17278 | 2024-08-07 |
Cuproptosis and Immune-Related Gene Signature Predicts Immunotherapy Response and Prognosis in Lung Adenocarcinoma
2023-Jul-19, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life13071583
PMID:37511958
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研究论文 | 研究探讨了铜死亡及其相关免疫基因在肺腺癌中的作用，以及它们对免疫治疗反应和预后的影响 | 首次揭示了铜死亡相关免疫基因在肺腺癌中的作用，并建立了一个风险模型和诺模图来预测免疫治疗反应和预后 | 研究主要基于生物信息学方法和体外实验，需要进一步的临床验证 | 评估铜死亡相关免疫基因在肺腺癌中的作用，并预测免疫治疗反应和预后 | 肺腺癌患者及其免疫治疗反应和预后 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 实时定量PCR (RT-qPCR), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 风险模型和诺模图 | 基因表达数据 | 具体的样本数量未在摘要中明确提及 |
| 17279 | 2024-08-07 |
Embryonic Development of Parthenogenetic and Sexual Eggs in Lower Termites
2023-Jul-15, Insects
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/insects14070640
PMID:37504646
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研究论文 | 本研究观察并描述了低等白蚁中孤雌生殖和有性卵的胚胎发育阶段 | 首次完成了孤雌生殖和有性卵的数据库 | NA | 研究低等白蚁中孤雌生殖和有性卵的胚胎发育 | 低等白蚁的孤雌生殖和有性卵 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 17280 | 2024-08-05 |
Scaffold-Based (Matrigel™) 3D Culture Technique of Glioblastoma Recovers a Patient-like Immunosuppressive Phenotype
2023-07-14, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12141856
PMID:37508520
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研究论文 | 本研究探讨了支架基础（Matrigel™）3D培养技术如何改善2D培养的局限性 | 发现支架基础（Matrigel™）3D培养技术可影响GBM模型的转录谱，体现肿瘤-免疫相互作用的临床相关性 | 研究中未提到的局限性 | 研究支架基础3D培养技术在癌症研究中的应用 | 比较2D和3D模型中与免疫相关基因转录的变化 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | NGS | 未提及 | 基因组数据 | 未明确提及的配对样本数量 |