单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
17181	2024-08-07	Transcriptomic differences between human 8-cell-like cells reprogrammed with different methods 2023-08-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.06.009 PMID:37478859	research paper	本文总结了产生人类8细胞样细胞（8CLCs）的方法，并通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集与人类胚胎数据，比较了它们的转录组特征。	首次系统总结了产生人类8CLCs的方法，并通过scRNA-seq数据集的整合，比较了不同方法产生的8CLCs的转录组差异。	人类胚胎激活（EGA）的研究仍因缺乏体外细胞模型而未完全阐明。	旨在比较和验证不同方法产生的8CLCs模型，并促进对人类胚胎激活和植入前发育相关基因的深入研究。	人类8细胞样细胞（8CLCs）及其转录组特征。	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
17182	2024-08-05	Convergent alteration of the mesenchymal stem cell heterogeneity in adipose tissue during aging 2023-08, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202300807R PMID:37498236	研究论文	本研究分析了年龄对脂肪来源干细胞（ASCs）异质性的影响，发现ASCs在衰老过程中的异质性丧失	该研究揭示了不同年龄组ASCs的五种亚型及其随着年龄增长的异质性丧失，并识别出ASC-4特异性转录因子	仅分析了来自C57BL/6小鼠的单细胞RNA测序数据，可能存在物种或模型特异性	探讨年龄对脂肪来源干细胞异质性影响及其生物学过程	来自不同年龄组C57BL/6小鼠的脂肪来源干细胞	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	来自不同年龄（2周、8周、18个月）的小鼠的脂肪组织
17183	2024-08-05	Analysis of intercellular communication in the osteosarcoma microenvironment based on single cell sequencing data 2023-Aug, Journal of bone oncology IF:3.1Q2 DOI:10.1016/j.jbo.2023.100493 PMID:37501717	研究论文	本研究分析了骨肉瘤微环境中的细胞间通讯	首次通过单细胞测序数据深入探讨了骨肉瘤微环境中不同细胞类型的相互关系	本研究的样本量较小，仅涉及六位未治疗的骨肉瘤患者	理解骨肉瘤微环境中不同细胞之间的通讯机制	针对六名未治疗的骨肉瘤患者进行的单细胞测序数据分析	数字病理学	骨肉瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	六名患者的46046个细胞
17184	2024-08-05	Spatial transcriptomics of human placentas reveal distinct RNA patterns associated with morphology and preeclampsia 2023-08, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2023.07.004 PMID:37481829	研究论文	该文章展示了空间转录组学在研究人类胎盘中的应用	首次将空间转录组学应用于人类胎盘组织，揭示不同形态结构对应的RNA模式	未提到具体的样本数量和购买的样本特征	研究人类胎盘组织中RNA水平的模式与形态的关联	全程健康妊娠与妊娠高血压疾病的胎盘样本	数字病理学	妊娠高血压	空间转录组学	NA	RNA水平数据	NA
17185	2024-08-07	ARGLRR: A Sparse Low-Rank Representation Single-Cell RNA-Sequencing Data Clustering Method Combined with a New Graph Regularization 2023-08, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2023.0077 PMID:37471220	研究论文	本文提出了一种名为ARGLRR的新型单细胞RNA测序数据聚类方法，该方法结合了稀疏低秩表示和新的图正则化技术	ARGLRR方法通过引入调整后的随机游走图正则化，能够同时捕捉单细胞RNA测序数据的局部和全局结构，并通过相似性约束进一步提高细胞间相似性和全局结构关系的估计能力	NA	开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法，以提高细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稀疏低秩表示模型	基因表达数据	九个已知的单细胞RNA测序数据集
17186	2024-08-07	Liver macrophages show an immunotolerance phenotype in nonalcoholic fatty liver combined with Porphyromonas gingivalis-lipopolysaccharide infection 2023-Aug-01, Hua xi kou qiang yi xue za zhi = Huaxi kouqiang yixue zazhi = West China journal of stomatology DOI:10.7518/hxkq.2023.2023111 PMID:37474470	研究论文	本研究旨在探讨非酒精性脂肪肝合并牙龈卟啉单胞菌感染中局部巨噬细胞的功能及其潜在调控靶点	研究揭示了牙龈卟啉单胞菌脂多糖诱导非酒精性脂肪肝中局部巨噬细胞的免疫耐受表型，这一发现可能为临床治疗提供潜在的治疗靶点	NA	探索非酒精性脂肪肝合并牙龈卟啉单胞菌感染中局部巨噬细胞的功能及其潜在调控靶点	非酒精性脂肪肝合并牙龈卟啉单胞菌感染中的局部巨噬细胞	NA	非酒精性脂肪肝	单细胞RNA测序, 实时聚合酶链反应, 酶联免疫吸附测定, 免疫荧光染色	NA	RNA	NASH小鼠的肝脏组织及小鼠腹膜巨噬细胞
17187	2024-08-07	Liquid extramedullary disease in multiple myeloma strongly predicts a poor prognosis and is associated with bortezomib resistance gene upregulation 2023-Aug-01, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry DOI:10.1016/j.cca.2023.117497 PMID:37479009	研究论文	本研究回顾性分析了多发性骨髓瘤（MM）患者中伴有髓外疾病（EMD）复发的基线特征和治疗情况，特别是髓外疾病中的浆液性渗出（ME）亚型	发现髓外恶性浆细胞中存在高表达的硼替佐米耐药基因	研究为回顾性分析，样本量相对较小	探讨多发性骨髓瘤患者髓外疾病复发的预后因素及硼替佐米耐药基因的表达情况	多发性骨髓瘤伴有髓外疾病复发的患者	NA	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	14例伴有ME复发的EMD患者和21例不伴有ME复发的EMD患者
17188	2024-08-07	Impaired BCAA catabolism in adipose tissues promotes age-associated metabolic derangement 2023-08, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-023-00460-8 PMID:37488415	研究论文	本文探讨了脂肪组织中支链氨基酸（BCAA）分解代谢在年龄相关代谢紊乱中的作用	发现脂肪细胞特异性Crtc2敲除可以保护小鼠免受年龄相关的代谢衰退，并通过多组学分析揭示了BCAA分解代谢受损与mTORC1信号激活和细胞衰老之间的关系	NA	研究脂肪组织中BCAA分解代谢在年龄相关代谢紊乱中的作用	脂肪组织中的支链氨基酸分解代谢	代谢研究	代谢紊乱	多组学分析，单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
17189	2024-08-07	A novel transcription factor SIPA1: identification and verification in triple-negative breast cancer 2023-08, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-023-02787-3 PMID:37500797	研究论文	本研究揭示了信号诱导增殖相关蛋白1（SIPA1）作为转录因子在三阴性乳腺癌（TNBC）中的作用	首次证实SIPA1作为转录因子，通过结合DNA并调节多个基因的转录，促进TNBC细胞的迁移和侵袭	NA	探讨SIPA1在三阴性乳腺癌中的转录调控作用及其对细胞迁移和侵袭的影响	SIPA1蛋白及其在三阴性乳腺癌细胞中的功能	NA	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自转移性TNBC患者的样本
17190	2024-08-05	The spatiotemporal dynamics of spatially variable genes in developing mouse brain revealed by a novel computational scheme 2023-Jul-27, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-023-01569-w PMID:37500639	研究论文	本文提出了一种新型计算方案SVGbit，揭示了发育小鼠大脑中空间变异基因的时空动态	创新性地提出了考虑SVG的排名顺序和组合效应的方法，有助于从空间转录组数据中自动选择优先SVG	未提及具体的实验验证或与其他方法的对比	探索发育小鼠大脑中特定脑区富集的空间变异基因	主要研究对象为发育过程中小鼠大脑的空间变异基因	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	空间转录组和免疫组化数据	公共数据集中的不同小鼠大脑数据和关键胚胎及新生阶段的数据
17191	2024-08-07	Hyperhomocysteinemia potentiates megakaryocyte differentiation and thrombopoiesis via GH-PI3K-Akt axis 2023-07-27, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-023-01481-x PMID:37501059	研究论文	本文研究了高同型半胱氨酸血症（HHcy）通过生长激素（GH）-PI3K-Akt轴增强巨核细胞分化和血小板生成的影响	首次揭示了HHcy在血小板生成中的新作用，并提供了HHcy增加血栓风险的机制新见解	NA	探究高同型半胱氨酸血症对血小板生成的影响及其机制	小鼠、斑马鱼和高血压患者的血小板计数及巨核细胞分化	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	11,189名高血压患者，人类脐带血CD34细胞，以及小鼠和斑马鱼模型
17192	2024-08-07	Immune cell identifier and classifier (ImmunIC) for single cell transcriptomic readouts 2023-07-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-39282-4 PMID:37495649	研究论文	本文介绍了一种名为ImmunIC的工具，用于通过结合标记基因和机器学习方法进行免疫细胞的识别和分类	ImmunIC工具在识别免疫细胞方面显示出98%的准确性，并能将免疫细胞分类为十种类型，准确率达到92%	NA	开发一种高效的工具，用于从单细胞转录组数据中准确识别和分类免疫细胞	免疫细胞的识别和分类	机器学习	NA	单细胞RNA测序	机器学习方法	转录组数据	超过两百万个免疫细胞和五十万个非免疫细胞，来自66项单细胞RNA测序研究
17193	2024-08-07	Identification of TGF-β-related genes in cardiac hypertrophy and heart failure based on single cell RNA sequencing 2023-07-26, Aging DOI:10.18632/aging.204901 PMID:37498303	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据分析了心力衰竭过程中TGF-β相关基因的表达模式，并验证了这些基因在心脏肥大和心力衰竭中的潜在治疗作用。	首次在单细胞水平上探讨了TGF-β相关基因在心力衰竭中的作用，并验证了六个关键基因作为治疗心脏肥大和心力衰竭的潜在靶点。	研究主要基于公共数据集和体外实验验证，需要进一步的体内实验和临床试验来验证这些发现。	探讨TGF-β相关基因在心脏肥大和心力衰竭中的作用，并寻找潜在的治疗靶点。	TGF-β相关基因在心力衰竭中的表达和作用。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了三个公共单细胞RNA测序数据集（GSE161470, GSE145154, GSE161153），一个心力衰竭转录组数据（GSE57338），和一个肥厚型心肌病转录组数据（GSE141910）。
17194	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals intestinal cell heterogeneity and identifies Ep300 as a potential therapeutic target in mice with acute liver failure 2023-Jul-25, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-023-00578-4 PMID:37488127	研究论文	该文章通过单细胞转录组学揭示了急性肝衰竭小鼠中肠细胞的异质性，并确定Ep300作为潜在的治疗靶点	首次定义了急性肝衰竭小鼠的肠道细胞特征，并确定Ep300作为治疗新靶点	本研究主要基于小鼠模型，临床适用性和人类验证尚待进一步研究	研究急性肝衰竭对肠道细胞特性的影响及相关治疗靶点	急性肝衰竭小鼠模型中的肠道细胞	数字病理学	肝病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	33,216个单细胞转录组
17195	2024-08-05	Multidirectional characterization of cellular composition and spatial architecture in human multiple primary lung cancers 2023-07-25, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-023-05992-w PMID:37488117	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和空间转录组学，对多发性肺癌的细胞组成和空间结构进行了综合分析。	识别出一种新型的上皮细胞亚群CLDN2腺泡II型细胞，特定富集于多发性肺癌中，并可作为诊断和治疗的新靶点。	缺乏关于CLDN2亚群在不同肺癌患者中的系统性比较数据。	研究多发性肺癌的细胞成分和空间架构，以改善诊断和治疗。	专注于多发性肺癌中的细胞及其空间分布。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA	NA
17196	2024-08-07	Integration of single-cell regulon atlas and multi-omics data for prognostic stratification and personalized treatment prediction in human lung adenocarcinoma 2023-07-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04331-z PMID:37491302	研究论文	本研究构建了人肺腺癌（LUAD）中的单细胞RNA测序数据的调控网络，并引入LPRI框架，利用单细胞调控图谱和批量RNA测序或微阵列数据识别与预后相关的新的生物标志物。	首次构建了LUAD中的单细胞调控网络，并开发了LPRI框架，用于指导肺腺癌的预后分层和个性化治疗预测。	NA	探索肺腺癌中的转录调控程序，并开发新的预后生物标志物和个性化治疗预测工具。	人肺腺癌（LUAD）的单细胞RNA测序数据和多组学数据。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自TCGA数据集的肺腺癌队列
17197	2024-08-07	A burns and COVID-19 shared stress responding gene network deciphers CD1C-CD141- DCs as the key cellular components in septic prognosis 2023-Jul-24, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-023-01518-7 PMID:37488118	研究论文	本研究通过比较烧伤和COVID-19感染患者的转录组表达行为，识别出一个以免疫共刺激因子（CD86）为中心的应激反应核心网络（SRC），并探讨其在不同临床条件下的表达状态与预后的关系	首次描述了不同应激刺激下共同的分子和细胞应激反应特征，并识别出一个与预后相关的表达同步且功能聚焦的基因网络	NA	探讨不同应激刺激下的共同分子和细胞应激反应特征及其与临床预后的关系	烧伤和COVID-19感染患者的转录组表达行为	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及COVID-19患者的全血样本
17198	2024-08-07	The expression profiles of signature genes from CD103+LAG3+ tumour-infiltrating lymphocyte subsets predict breast cancer survival 2023-07-24, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-023-02960-1 PMID:37488535	研究论文	本研究通过分析乳腺癌样本的单细胞转录组数据，识别了具有高表达CD103和LAG3的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）亚群，并基于这些亚群的标记基因表达谱开发了一个与TIL相关的预后模型，用于预测乳腺癌患者的生存情况。	本研究首次识别了CD103+LAG3+ TIL亚群，并开发了一个新的预后模型CLTRP，该模型能够区分乳腺癌患者的预后、药物敏感性、分子和免疫特征以及免疫治疗结果。	NA	研究旨在揭示肿瘤浸润淋巴细胞的不同亚群及其在乳腺癌中的作用，并开发新的生物标志物以预测免疫治疗反应。	乳腺癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞亚群及其预后影响。	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组分析	Cox分析和LASSO回归	转录组数据	1089名乳腺癌患者用于训练集，3619名乳腺癌患者用于验证集
17199	2024-08-07	Machine Learning-Based Proteomics Reveals Ferroptosis in COPD Patient-Derived Airway Epithelial Cells Upon Smoking Exposure 2023-Jul-24, Journal of Korean medical science IF:3.0Q1 DOI:10.3346/jkms.2023.38.e220 PMID:37489716	研究论文	本研究利用机器学习算法分析了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者来源的气道上皮细胞在吸烟暴露下的蛋白质组变化，揭示了铁死亡在其中的显著作用。	本研究首次采用机器学习方法分析COPD患者气道上皮细胞在吸烟暴露下的蛋白质组变化，识别出铁死亡作为关键差异响应。	研究样本量较小，仅包括五名COPD患者和五名非COPD患者，可能影响结果的普遍性。	旨在通过机器学习算法识别COPD患者气道上皮细胞在吸烟暴露下的关键生物学途径。	COPD患者和非COPD患者的气道上皮细胞。	机器学习	慢性阻塞性肺疾病	质谱分析	机器学习算法	蛋白质组数据	五名COPD患者和五名非COPD患者，共检测到7,953种蛋白质
17200	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals the drivers and therapeutic targets of lymph node metastasis in lung adenocarcinoma 2023-07-22, Aging DOI:10.18632/aging.204890 PMID:37487008	研究论文	该论文揭示了肺腺癌淋巴结转移的驱动因素和治疗靶点	首次通过单细胞转录组学揭示了6q缺失和20q增加可能促进肺腺癌的淋巴结转移	未提及样本的多样性和临床数据的验证	旨在发现针对肺腺癌淋巴结转移的驱动因素和治疗靶点	研究了肺腺癌及其淋巴结转移相关的细胞亚群	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA