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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1701 | 2026-05-03 |
Identification of Lupus Immune Complex-Driven Pathogenic Pro-inflammatory Monocytes and Macrophages in Systemic Lupus Erythematosus
2026-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.21.700902
PMID:41648138
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析,揭示狼疮免疫复合物驱动的促炎性单核细胞和巨噬细胞在系统性红斑狼疮发病机制中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序结合蛋白组学分析,系统阐明狼疮免疫复合物(如U1-snRNP、dsDNA、Ro60)刺激下促炎性单核/巨噬细胞的转录组和蛋白表达变化,并发现这些细胞在狼疮患者皮肤、肾脏和外周血中扩增,且与I型干扰素信号独立作用 | 未明确说明局限性,但可能包括样本量有限、仅基于体外刺激实验和公共数据集分析,缺乏直接体内验证机制 | 探究狼疮免疫复合物刺激驱动的单核吞噬细胞(单核细胞和巨噬细胞)的异质性和功能,阐明其在系统性红斑狼疮发病中的作用 | 系统性红斑狼疮患者的单核细胞、巨噬细胞,以及狼疮免疫复合物(U1-snRNP、dsDNA、Ro60)刺激的人单核细胞 | 单细胞转录组学,免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序,蛋白组学分析 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白表达数据 | 涉及狼疮患者皮肤、肾脏和外周血样本,以及体外培养的人单核细胞,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1702 | 2026-05-03 |
Insights into Cardiomyocyte Regeneration from Screening and Transcriptomics Approaches
2026-Jan-07, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27020601
PMID:41596256
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综述 | 本文综述了从筛选和转录组学方法中获得的关于心肌细胞再生的见解 | 创新之处在于整合了高通量筛选与单核RNA测序及空间转录组学等多组学方法,揭示了心肌细胞异质性及其对再生的影响,并比较了不同筛选模型的优缺点 | 局限性在于仍需进一步研究以识别可转化且安全的靶点,以在临床环境中诱导功能性心肌细胞扩增 | 研究目的为通过比较高通量筛选策略和总结多组学方法,为心脏再生研究提供综合框架,指导未来治疗开发 | 研究对象为心肌细胞(包括成年心肌细胞、啮齿类心肌细胞、人诱导多能干细胞来源的心肌细胞和心脏类器官)以及斑马鱼胚胎等模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 高通量筛选, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1703 | 2026-05-03 |
Exploring Vitamin D Signaling-Associated Biomarkers and Their Diagnostic Value in Diabetic Retinopathy: A Combined Transcriptomic and Single-Cell Analysis With Experimental Validation
2026, Journal of diabetes research
IF:3.6Q2
DOI:10.1155/jdr/7240252
PMID:42059276
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研究论文 | 通过转录组和单细胞分析结合实验验证,探索糖尿病视网膜病变中维生素D信号相关的生物标志物及其诊断价值 | 首次系统识别出DR中VD信号相关的下游候选基因SLC36A1和RAB23,并通过单细胞分析揭示其细胞异质性和免疫细胞互作网络 | 生物标志物表达验证仅基于临床样本的RT-qPCR,尚缺乏更大样本量和功能研究的支持 | 识别糖尿病视网膜病变中与维生素D信号相关的生物标志物,并评估其诊断价值 | 糖尿病视网膜病变患者样本及公开数据库中的基因表达数据 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | 支持向量机递归特征消除(SVM-RFE) | 基因表达数据 | 包含公开数据集及临床样本,临床样本中DR组与对照组各若干例 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1704 | 2026-05-03 |
The Role of Chemokine-Related Genes in Diffuse Large B-Cell Lymphoma Prognosis and Tumor Microenvironment Characteristics
2026, Analytical cellular pathology (Amsterdam)
DOI:10.1155/ancp/6659091
PMID:42060374
|
研究论文 | 该研究探讨了趋化因子相关基因在弥漫大B细胞淋巴瘤预后及肿瘤微环境特征中的作用 | 首次基于趋化因子相关基因构建预后风险模型,并揭示其与肿瘤免疫微环境的关联 | NA | 研究趋化因子相关基因与弥漫大B细胞淋巴瘤预后及免疫微环境的潜在关联 | 弥漫大B细胞淋巴瘤患者 | 机器学习 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | Lasso-Cox回归分析 | Lasso-Cox | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1705 | 2026-05-03 |
Single-cell RNA sequencing of healthy and diseased rat temporomandibular joint condyle cartilage
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0348175
PMID:42060618
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析健康与骨关节炎大鼠颞下颌关节髁状突软骨的细胞组成和变化 | 首次在单细胞水平解析颞下颌关节软骨的细胞异质性,揭示纤维软骨细胞样群体来源的三种细胞命运及共享祖细胞来源的两种软骨细胞命运,发现多效蛋白在增殖区软骨细胞祖细胞中特异性表达 | 未明确提及具体局限性,但可推测大鼠模型与人类TMJOA的差异可能限制临床转化 | 阐明颞下颌关节骨关节炎的细胞病理变化机制,为疾病治疗提供潜在靶点 | 成年大鼠的健康与骨关节炎诱导的髁状突软骨 | 单细胞转录组学 | 颞下颌关节骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | 伪时间轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | 成年大鼠髁状突软骨样本(健康组与OA诱导组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1706 | 2026-05-03 |
CausalGRN: deciphering causal gene regulatory networks from single-cell CRISPR screens
2025-Dec-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.30.692369
PMID:41509211
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研究论文 | 提出CausalGRN算法框架,从单细胞CRISPR筛选数据中推断因果基因调控网络并预测未知扰动效应 | 通过自适应阈值校正消除稀疏单细胞RNA-seq数据中的虚假偏相关,结合扰动观测结果对无向图进行有向定向,实现因果关系推断 | 在多个实验数据集和模拟中验证,但未提及对大规模数据集的计算效率或罕见扰动类型的适用性限制 | 开发一种从单细胞CRISPR筛选数据推断因果基因调控网络的计算方法 | 单细胞CRISPR筛选数据中的基因调控网络 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR筛选 | 网络传播模型(自适应阈值校正及有向图定向) | 单细胞基因表达数据 | 在多种模拟和实验数据集上验证,具体样本数量未在摘要中提供 | 不适用 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 不适用 | 不适用 |
| 1707 | 2026-05-03 |
ABCA4-mutant human retinal organoids sequencing reveals organoids application in inherited retinal diseases
2025-Dec, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110677
PMID:41038369
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析ABCA4突变的人类视网膜类器官,验证其作为遗传性视网膜疾病模型的可行性 | 首次通过单细胞RNA测序在细胞和转录组水平验证人类视网膜类器官能够捕捉ABCA4突变导致的Stargardt病早期分子变异 | NA | 验证人类视网膜类器官作为ABCA4突变引起的Stargardt病疾病模型的能力 | 2名Stargardt病患者与健康对照的视网膜类器官 | 机器学习 | 遗传性视网膜疾病, 斯塔加特病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2个患者样本和健康对照的视网膜类器官 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1708 | 2026-05-03 |
Alterations in Resident Immune Cells in Prenatal Trisomy 21 Lungs
2025-Nov-26, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14231866
PMID:41369355
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了产前唐氏综合征(T21)胎儿肺部的免疫细胞变化,发现B细胞显著减少,可能解释了对呼吸道感染的易感性增加 | 首次在产前阶段利用单细胞RNA测序技术系统描绘唐氏综合征胎儿肺部免疫细胞图谱,并发现B细胞数量和成熟标志物的显著改变 | 样本量较小(T21组5例,对照组4例),且仅关注产前阶段,未探讨出生后免疫系统的变化 | 探究产前唐氏综合征胎儿肺部免疫细胞的变化,以解释其对呼吸道感染易感性增高的原因 | 产前唐氏综合征(T21)和非唐氏综合征(非T21)胎儿的肺部组织 | 数字病理学 | 唐氏综合征 | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, 免疫荧光染色, qRT-PCR | NA | 单细胞转录组数据, 组织切片图像 | 5例唐氏综合征胎肺和4例非唐氏综合征胎肺 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1709 | 2026-05-03 |
Mouse cortical cellular diversification through lineage progression of radial glia
2025-11-03, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.352826.125
PMID:40774817
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研究论文 | 通过时间序列单细胞RNA测序和单核ATAC测序,研究小鼠皮层放射状胶质细胞谱系进程驱动的细胞多样化 | 首次结合时间序列scRNA-seq和snATAC-seq,系统揭示了放射状胶质细胞从早期到晚期转变过程中,通过限制广泛表达的转录因子到特定阶段和细胞类型,驱动皮层细胞多样化的染色质可及性机制 | 未提及 | 研究小鼠皮层放射状胶质细胞内在程序如何驱动皮层细胞多样化 | 纯化的小鼠皮层祖细胞(放射状胶质细胞、中间神经元祖细胞、中间胶质祖细胞) | 单细胞组学 | NA | scRNA-seq, snATAC-seq | NA | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 多个胚胎和出生后阶段的小鼠皮层祖细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序 | NA | NA |
| 1710 | 2026-05-03 |
Highly accurate reference and method selection for universal cross-data set cell type annotation with CAMUS
2025-Nov-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280821.125
PMID:41034048
|
研究论文 | 提出了一种名为CAMUS的跨数据集细胞类型注释方法,通过通用参考数据和方法选择策略实现高准确率和高效率的注释 | 首次提出一种通用的参考数据和方法选择策略,用于跨数据集细胞类型注释,显著提升注释准确率 | 未明确提及局限性,但可能依赖于参考数据集的多样性和覆盖度 | 开发一种能够自动选择最佳参考数据和方法的高准确率细胞类型注释方法 | 跨物种单细胞RNA测序、单细胞空间转录组和单细胞ATAC测序数据集 | 机器学学习 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞空间转录组, 单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达矩阵 | 672对跨物种单细胞RNA测序数据集、80个单细胞空间转录组数据集和5个单细胞ATAC测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 1711 | 2026-05-03 |
Single-cell RNA profiling of blood CD4+ T cells identifies distinct helper and dysfunctional regulatory clusters in children with SLE
2025-Nov, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02297-2
PMID:41120754
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析儿童系统性红斑狼疮(SLE)患者血液中CD4+ T细胞的异质性,发现辅助性和功能失调的调节性T细胞亚群 | 首次在儿童SLE患者中通过单细胞RNA测序详细描绘CD4+ T细胞的复杂亚群,特别是发现功能失调的调节性T细胞亚群与狼疮肾炎相关,并揭示TLR5和FCRL3在SLE初始T细胞中的上调可能关联粘膜微生物失调 | 未提供具体局限性信息 | 阐明系统性红斑狼疮(SLE)中CD4+ T细胞的复杂性和亚群特征,以理解其对疾病活动性和免疫失调的影响 | 儿童SLE患者和健康供体的血液CD4+ T细胞 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自儿科患者和健康供体的血液CD4+ T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用分选后的血液CD4+ T细胞进行单细胞RNA测序 |
| 1712 | 2026-05-03 |
Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes
2025-Sep-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113269
PMID:40894860
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据和HMO浓度测量,揭示哺乳期乳腺细胞中母乳低聚糖的生物合成程序 | 首次通过单细胞转录组学与HMO浓度测量相结合的方法,鉴定出上皮细胞亚群中HMO合成基因的差异表达模式,并发现多个候选基因和可能调控HMO生物合成的转录因子 | 未明确说明局限性 | 探究哺乳期乳腺中母乳低聚糖的复杂生物合成通路 | 人类乳腺细胞(lactocytes)中的上皮细胞亚群 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1713 | 2026-05-03 |
Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues
2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000961
PMID:40626838
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综述 | 本文综述了空间转录组学在组织中HIV研究中的应用,包括平台选择、质量控制和分析流程 | 提出了针对HIV感染组织空间转录组分析的工作流程,包括质量控制、合理性检查和生物信息学分析 | 未提及具体局限性,但指出靶向捕获中靶标数量增加会降低灵敏度 | 探讨空间转录组学在揭示组织中HIV持续存在机制中的潜力和方法 | HIV感染组织及微环境 | 数字病理学 | HIV/AIDS | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | NA | 基于poly-A的mRNA捕获和靶向RNA捕获 |
| 1714 | 2026-05-03 |
scSpatialSIM: a simulator of spatial single-cell molecular data
2025-Sep, SoftwareX
IF:2.4Q2
DOI:10.1016/j.softx.2025.102223
PMID:41908069
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研究论文 | 开发了scSpatialSIM软件包,用于模拟具有生物学真实性的空间单细胞分子数据,以支持空间统计方法的基准测试 | 无需参考数据集即可高效模拟单细胞空间模式,支持细胞聚类、共定位、组织分区和空洞等特征,并兼容分类与连续数据 | 仅模拟细胞聚类和共定位,无法模拟更广泛的组织水平子域 | 为空间单细胞分子数据分析提供灵活的模拟框架,推动空间统计方法的比较评估和新方法开发 | 空间单细胞分子数据 | 机器学习 | NA | 多重免疫荧光、空间转录组学 | NA | 图像、文本 | NA | 10x Genomics, Illumina | 空间转录组学 | 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Visium FFPE, Illumina NovaSeq 6000 |
| 1715 | 2026-05-03 |
Stromal heterogeneity in the adult lung delineated by single-cell genomics
2025-Jun-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00285.2025
PMID:40353369
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综述 | 通过单细胞基因组学描绘成年肺间质细胞的异质性 | 系统总结了单细胞RNA测序研究揭示的肺间质细胞异质性及其功能特征和空间位置 | 未提及具体局限性 | 综述肺间质细胞异质性的单细胞基因组学研究进展 | 肺间质细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1716 | 2026-05-03 |
IL-32-mediated caspase-43 induction: Shaping macrophage differentiation & immunomodulation in glioblastoma multiforme
2025-06, The Indian journal of medical research
DOI:10.25259/IJMR_382_2024
PMID:40878339
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研究论文 | 研究IL-32在胶质母细胞瘤(GBM)中通过诱导caspase-43表达来调控单核细胞分化、巨噬细胞极化的免疫调节作用 | 首次揭示IL-32通过caspase-43介导单核细胞分化为巨噬细胞,并通过激活NF-κB通路诱导M1向M2表型转换,以及发现IL-32与RNA修饰基因(METTL3、TET2)的表观遗传调控关联 | 未提及具体局限性 | 探究IL-32在GBM中的免疫调节功能,特别是对单核细胞分化和巨噬细胞极化的影响 | 胶质母细胞瘤(GBM)组织和细胞系,以及单核细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 转录组分析、qPCR、蛋白质印迹、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据(基因表达)、单细胞RNA测序数据 | TCGA-GBM和GEO-GSE156902数据集,具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | NA |
| 1717 | 2026-05-03 |
A STT3A-dependent PD-L1 glycosylation modification mediated by GMPS drives tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma
2025-May, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01432-0
PMID:39690246
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研究论文 | 通过蛋白质组学和单细胞RNA测序分析,发现GMPS介导的STT3A依赖性PD-L1糖基化修饰驱动肝细胞癌的免疫逃逸 | 首次揭示GMPS作为补充模块连接Sec61通道复合物和STT3A,增强PD-L1糖基化修饰,从而促进HCC免疫逃逸的新机制 | 主要基于体外细胞实验和小鼠模型,尚需更多临床样本验证;仅关注GMPS对PD-L1的作用,可能忽略其他免疫逃逸相关分子 | 探索肝细胞癌快速进展和免疫逃逸的分子机制 | 肝细胞癌组织及CD8+ T细胞 | 计算机视觉 | 肝细胞癌 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | 晚期HCC组织样本(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1718 | 2026-05-03 |
Impact of mechanotransduction on gene expression changes in periodontal ligament during orthodontic tooth movement
2025-May, Journal of bone and mineral metabolism
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s00774-025-01581-3
PMID:39893595
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术揭示机械力传导对大鼠牙周膜在正畸牙移动过程中基因表达变化的影响,并探讨Mkx转录因子的作用 | 首次通过单细胞RNA测序描绘了正畸牙移动过程中大鼠牙周膜的细胞图谱,明确了Mkx和Scx在不同细胞群中的表达模式,揭示了Mkx在机械刺激下的保护性作用 | 文章未明确提及研究局限性,例如样本量较小、仅使用了动物模型而未验证人体组织等 | 阐明机械力传导对牙周膜在正畸牙移动过程中基因表达变化的影响,以及Mkx转录因子在该过程中的功能 | 大鼠牙周膜细胞和人类牙周膜细胞 | 单细胞组学 | 口腔疾病(正畸相关) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),RT-qPCR | NA | 测序数据,基因表达数据 | 大鼠牙周膜样本(0天、1周、2周时间点) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1719 | 2026-05-03 |
Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants
2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2025.110460
PMID:39993695
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研究论文 | 通过数字空间分析技术研究肾移植中急性抗体介导排斥反应的肾小球中心空间转录组 | 首次在单患者系列活检中利用数字空间分析技术以空间分辨率定位肾小球内与抗体介导排斥反应相关的先天免疫细胞分子特征,并揭示足细胞损伤与持续肾小球炎的关系 | 基于单一患者的系列活检样本,样本量小,可能限制结果的普适性 | 揭示肾移植中急性抗体介导排斥反应期间肾小球的空间转录组变化 | 一名肾移植患者的连续四次活检组织(排斥反应前后及治疗期间) | 数字病理学 | 肾移植排斥反应 | 数字空间分析(DSP) | NA | 转录组数据 | 4份活检样本来自一名患者 | NA | 空间转录组学 | Digital Spatial Profiling | 数字空间分析(DSP)技术用于定位肾小球内转录本 |
| 1720 | 2026-05-03 |
Murine Aortic Valve Cell Heterogeneity at Birth
2025-May, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322280
PMID:40079140
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析新生小鼠主动脉瓣的细胞异质性,揭示新的内皮细胞亚群和间质细胞亚群及其在出生后成熟过程中的时空轨迹 | 首次在出生后第1天小鼠主动脉瓣中鉴定出一个新的瓣膜内皮细胞亚群和三个先前未描述的瓣膜间质细胞亚群(原始型、重塑型和生物活性型) | 机制方面对瓣膜结构-功能关系建立的理解仍不充分,结论主要基于小鼠模型 | 阐明瓣膜出生后成熟过程中细胞异质性与结构功能关系建立的机制 | 新生小鼠主动脉瓣结构 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 出生后第1天小鼠主动脉瓣样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3‘端测序平台 |