单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
17141	2024-08-05	Inferring regulators of cell identity in the human adult pancreas 2023-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad068 PMID:37435358	研究论文	本研究探讨了人类成人胰腺中细胞身份的转录因子及其基因调控网络	综合多个单细胞RNA测序数据集，重建了人类成人胰腺的基因调控网络，从而识别细胞身份的调节因子	尚未探索人类成人胰腺的全部转录因子和基因调控网络	研究人类成人胰腺细胞身份的转录因子和调控机制	7393个成人胰腺细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	7393个细胞
17142	2024-08-07	MTGDC: A Multi-Scale Tensor Graph Diffusion Clustering for Single-Cell RNA Sequencing Data 2023 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3293112 PMID:37418411	研究论文	本文提出了一种多尺度张量图扩散聚类（MTGDC）方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型检测	设计了一种多尺度亲和学习方法来构建细胞间的全连接图，并提出了一个有效的张量图扩散学习框架来学习多尺度亲和矩阵之间的高阶信息	NA	开发新的计算方法以匹配单细胞RNA测序技术，从而在不同细胞群中检测细胞类型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	张量图扩散聚类	RNA测序数据	NA
17143	2024-08-07	Cancer stem cells promote lymph nodes metastasis of breast cancer by reprogramming tumor microenvironment 2023-Sep, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2023.101733 PMID:37421907	研究论文	本研究探讨了乳腺癌干细胞（CSCs）如何通过重编程肿瘤免疫微环境（TIME）促进淋巴结转移（LNM）	揭示了具有高干细胞特性的RAC2和PTTG1双阳性CSCs在转移性淋巴结中的富集，并假设这些CSCs通过激活特定的转移相关转录因子和信号通路促进转移	NA	阐明乳腺癌干细胞如何重编程肿瘤免疫微环境以促进淋巴结转移	乳腺癌干细胞、肿瘤免疫微环境、淋巴结转移	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自本机构的患者原发性肿瘤和相应转移性淋巴结样本
17144	2024-08-07	Novel cell subtypes of SPP1 + S100P+, MS4A1-SPP1 + S100P+ were key subpopulations in intrahepatic cholangiocarcinoma 2023-09, Biochimica et biophysica acta. General subjects DOI:10.1016/j.bbagen.2023.130420 PMID:37433400	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据，探索了肝内胆管癌（iCCA）中的细胞异质性，并利用MSigDB和CIBERSORTx分析了主要细胞类型的通路及其相互关系，进一步探讨了细胞亚型与生存的相关性。	发现了iCCA中独特的免疫生态系统，并识别了新的细胞亚型SPP1+ S100P+和MS4A1-SPP1+ S100P+作为关键亚群。	NA	研究肝内胆管癌中的细胞异质性和细胞亚型与生存的相关性。	肝内胆管癌（iCCA）中的细胞亚型及其与生存的关系。	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	组织微阵列队列中的多个样本
17145	2024-08-07	Assessment of the Cardiac Noncoding Transcriptome by Single-Cell RNA Sequencing Identifies FIXER, a Conserved Profibrogenic Long Noncoding RNA 2023-08-29, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.122.062601 PMID:37427428	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序评估心脏非编码转录组，识别出一种保守的促纤维化长非编码RNA——FIXER	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，在心脏非心肌细胞中鉴定出富集于相关成纤维细胞亚群的长非编码RNA，并发现FIXER的沉默能限制纤维化并改善心脏功能	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术评估心脏非编码转录组，寻找心脏疾病治疗的新靶点	心脏非心肌细胞中的长非编码RNA	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
17146	2024-08-05	Single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq explore the prognostic value of exhausted T cells in hepatocellular carcinoma 2023-08, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12072 PMID:37431788	研究论文	该文章探讨了耗竭T细胞在肝细胞癌中的预后价值	提供了关于耗竭T细胞及其临床重要性的详尽特征分析，并构建了一个稳健的预后模型	研究可能受限于数据库的样本量和选择偏差	调查耗竭T细胞在肝细胞癌进展中的作用和预后价值	肝细胞癌患者的T细胞演变及其临床结果	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序和大规模RNA测序	NA	基因表达数据	使用了GSE146115和国际癌症基因组数据库中的患者信息
17147	2024-08-05	SCS: cell segmentation for high-resolution spatial transcriptomics 2023-08, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-01939-3 PMID:37429992	研究论文	本研究介绍了一种新的细胞分割方法SCS，以提高次细胞空间转录组学的精度	SCS结合了成像数据与测序数据，通过自适应学习的Transformer神经网络来改进细胞分割的准确性	未提及具体的局限性	该研究旨在提高高分辨率空间转录组学中细胞分割的准确性	研究对象为应用在新的次细胞空间转录组学技术上的细胞分割	数字病理学	NA	空间转录组学	Transformer神经网络	成像数据和测序数据	在两种新的次细胞空间转录组学技术上的测试
17148	2024-08-05	AXL+SIGLEC6+ dendritic cells in cerebrospinal fluid and brain tissues of patients with autoimmune inflammatory demyelinating disease of CNS 2023-08, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2023.109686 PMID:37414380	研究论文	本研究识别了自身免疫性炎症性脱髓鞘疾病患者中AXL+SIGLEC6+树突细胞的存在	首次在人体中识别了AXL+SIGLEC6树突细胞，并发现其在CNS自体免疫中的潜在作用	样本数量较小，仅涉及9名患者	研究AXL+SIGLEC6树突细胞在自身免疫性炎症性脱髓鞘疾病中的作用	来自自身免疫性炎症性脱髓鞘疾病患者及实验性自身免疫性脑脊髓炎模型的样本	数字病理学	神经系统疾病	单细胞转录组学	NA	血液和脑脊液样本	9名自身免疫性炎症性脱髓鞘疾病患者的配对样本
17149	2024-08-07	Integrated analyses reveal the prognostic, immunological features and mechanisms of cuproptosis critical mediator gene FDX1 in KIRC 2023-08, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-023-00211-0 PMID:37430022	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，探讨了铁氧还原蛋白1（FDX1）在肾透明细胞癌（KIRC）中的作用及其潜在分子机制	首次揭示了FDX1在KIRC中的预后和免疫学特征，并阐明了其通过LncRNA/RBP/FDX1网络的分子机制	NA	探索FDX1在肾透明细胞癌中的作用及其分子机制	FDX1基因在肾透明细胞癌中的表达及其对预后和免疫反应的影响	数字病理学	肾癌	RNA测序	NA	RNA	NA
17150	2024-08-07	Identification of angiogenesis-related genes signature for predicting survival and its regulatory network in glioblastoma 2023-08, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.6316 PMID:37434432	研究论文	本研究旨在识别与胶质母细胞瘤（GBM）预后相关的血管生成相关基因及其潜在调控机制	构建了基于9个预后相关血管生成相关基因的风险预测模型，并建立了以三个关键基因为中心的调控网络	NA	识别胶质母细胞瘤中的预后相关血管生成相关基因及其调控机制	胶质母细胞瘤患者	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序	NA	基因表达数据	173名胶质母细胞瘤患者
17151	2024-08-07	Rebalancing liver-infiltrating CCR3+ and CD206+ monocytes improves diet-induced NAFLD 2023-07-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112753 PMID:37421620	研究论文	研究探讨了褪黑素通过调节肝脏浸润的CCR3+和CD206+单核细胞改善非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的机制	首次揭示了褪黑素通过抑制促炎的CCR3单核细胞衍生巨噬细胞（MoMFs）和上调抗炎的CD206 MoMFs来改善NAFLD	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体临床试验验证	探索褪黑素改善非酒精性脂肪肝病的潜在机制，为NAFLD的治疗提供新策略	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）及其相关单核细胞衍生巨噬细胞	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用褪黑素干预的胆碱缺乏高脂饮食（CDHFD）和蛋氨酸/胆碱缺乏饮食（MCD）喂养的小鼠，以及体外培养的人类CCR3 MoMF和CD206 MoMF
17152	2024-08-07	Single-cell transcriptome atlas of Drosophila gastrula 2.0 2023-07-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112707 PMID:37433294	研究论文	本文报道了果蝇原肠胚的单细胞转录组图谱，分为77个转录组学上不同的集群	首次提供了包含准确空间和谱系信息的早期发育胚胎的单细胞转录组数据，并重建了所有基因在单细胞条纹水平上的空间表达模式	NA	旨在深入理解基因如何协同调控果蝇原肠胚形成机制	果蝇原肠胚的单细胞转录组	基因组学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	77个转录组学上不同的集群
17153	2024-08-05	SCING: Inference of robust, interpretable gene regulatory networks from single cell and spatial transcriptomics 2023-Jul-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107124 PMID:37434694	研究论文	该文章介绍了一种新方法SCING，用于从单细胞和空间转录组数据中推断基因调控网络。	SCING是一种基于梯度提升和互信息的方法，提高了基因调控网络的准确性和生物学解释性。	目前未提及具体的局限性。	研究基因调控网络推断在生理和疾病理解中的重要性。	使用小鼠和人类阿尔茨海默病的单细胞和空间转录组数据进行研究。	数字病理学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组技术	梯度提升	转录组数据	小鼠单细胞图谱和阿尔茨海默病样本
17154	2024-08-05	Population dynamics of EMT elucidates the timing and distribution of phenotypic intra-tumoral heterogeneity 2023-Jul-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106964 PMID:37426354	研究论文	该文章研究了上皮到间质转化（EMT）过程中肿瘤内表型异质性的时间和分布	提出了一种新的计算框架，可从单细胞RNA测序数据中可靠推断和预测EMT相关轨迹	当前的方法主要局限于大规模微阵列数据，单细胞解析仍面临挑战	深入理解EMT进程及其对癌症转移的影响	利用单细胞RNA测序数据分析EMT状态	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
17155	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis identifies novel biomarkers involved in major liver cancer subtypes 2023-Jul-13, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01156-3 PMID:37438675	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肝细胞癌和肝内胆管癌的转录组，以识别新的生物标志物	首次系统性地利用单细胞RNA测序数据集来表征肝癌亚型的肿瘤异质性，并通过细胞间通信分析揭示了不同细胞类型间的相互作用	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术系统地表征肝癌亚型的肿瘤异质性，并识别与肝细胞癌和肝内胆管癌相关的独特分子驱动因素	肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）的单细胞RNA测序数据集	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	51,927个单细胞
17156	2024-08-05	Multi-batch single-cell comparative atlas construction by deep learning disentanglement 2023-07-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39494-2 PMID:37433791	研究论文	通过深度学习解开技术与生物效应的因素，构建多批次单细胞比较图谱。	提出了一种基于变分自编码器的统计模型CODAL，能够清晰解开技术和生物效应相关的因素。	未提及具体的局限性	探讨如何在多批次单细胞实验中进行有效的比较分析。	应用于模拟数据集和基因敲除的胚胎发育图谱。	数字病理学	NA	RNA-seq和ATAC-seq	变分自编码器	单细胞数据	未提供具体样本数量
17157	2024-08-07	Correction: Single-cell sequencing resolves the landscape of immune cells and regulatory mechanisms in HIV-infected immune non-responders 2023-Jul-12, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-023-05940-8 PMID:37438335	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
17158	2024-08-07	A global database for modeling tumor-immune cell communication 2023-07-12, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02342-5 PMID:37438390	research paper	本文开发了一个名为TICCom的综合数据库，用于模拟肿瘤细胞与免疫细胞之间的通信	TICCom数据库整合了739个实验验证或人工筛选的交互作用，以及通过六种计算算法预测的4,537,709个交互作用，为系统性研究肿瘤免疫细胞通信提供了宝贵资源	NA	旨在建立一个全面的数据库，以系统性地表征和研究肿瘤免疫细胞通信	肿瘤细胞与14种免疫细胞之间的通信及其配体-受体交互作用	digital pathology	NA	scRNA-seq, bulk RNA-seq	computational algorithms	database	32个scRNA-seq数据集和大量RNA-seq数据，涵盖25种癌症类型
17159	2024-08-05	Spatial Transcriptomics-correlated Electron Microscopy maps transcriptional and ultrastructural responses to brain injury 2023-07-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39447-9 PMID:37433806	研究论文	本研究开发了一种方法，将单细胞的空间基因表达与超微结构相结合，以研究脑损伤后的细胞反应	创新点在于将多重误差鲁棒的原位杂交技术与大面积体积电子显微镜整合，从而链接细胞的转录和超微结构特征	限于只在小鼠模型中进行，更大样本规模和不同物种的验证尚待进行	研究细胞在去髓鞘脑损伤后的转录及超微结构反应	对小鼠的神经胶质细胞和浸润的T细胞进行研究	数字病理学	脑损伤	MERFISH和电子显微镜	NA	基因表达数据和超微结构数据	男鼠的胶质细胞和T细胞
17160	2024-08-05	Spatial cellular architecture predicts prognosis in glioblastoma 2023-07-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39933-0 PMID:37433817	研究论文	本文研究了空间细胞结构与神经胶质瘤预后的关系	提出了一种新的深度学习模型，通过组织学图像预测神经胶质瘤细胞的转录亚型	没有提到具体的研究局限性	探讨空间细胞组织如何影响神经胶质瘤的预后	410名神经胶质瘤患者的组织样本	数字病理学	神经胶质瘤	单细胞RNA-seq与空间转录组数据	深度学习模型	组织学图像	410名患者的4000万个组织点