单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16981	2024-08-05	Integrated single-cell and spatial transcriptomic profiling reveals higher intratumour heterogeneity and epithelial-fibroblast interactions in recurrent bladder cancer 2023-07, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1338 PMID:37488671	研究论文	本研究整合了单细胞RNA测序和空间转录组分析，探讨了六个膀胱癌组织的肿瘤微环境	首次在空间水平观察到膀胱复发肿瘤中癌相关成纤维细胞（CAFs）与恶性细胞之间的增强相互作用	本研究仅使用了六个膀胱癌组织样本，样本数量较少可能影响研究结果的普适性	研究复发性膀胱癌的肿瘤微环境及其异质性	六个膀胱癌组织样本，其中三个来自原发肿瘤，三个来自复发肿瘤	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序，空间转录组分析	NA	组织样本	六个膀胱癌组织样本
16982	2024-08-05	Single-cell sequencing analysis reveals development and differentiation trajectory of Schwann cells manipulated by M. leprae 2023-07, PLoS neglected tropical diseases IF:3.4Q1 DOI:10.1371/journal.pntd.0011477 PMID:37478057	研究论文	本研究揭示了麻风分枝杆菌对施旺细胞的感染及其发育和分化轨迹	首次系统性地进行施旺细胞在麻风分枝杆菌感染后进行单细胞分辨率的时间过程分析，揭示了细胞的异质性及其遗传特征和功能富集	研究可能对施旺细胞以外的细胞类型缺乏分析，未涵盖所有与麻风相关的生物过程	研究施旺细胞如何被麻风分枝杆菌感染并与宿主细胞相互作用	被麻风分枝杆菌感染的施旺细胞	数字病理学	麻风	单细胞测序	NA	细胞	NA
16983	2024-08-07	Metronomic Administration of Topotecan Alone and in Combination with Docetaxel Inhibits Epithelial-mesenchymal Transition in Aggressive Variant Prostate Cancers 2023-07, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-22-0427 PMID:37476073	研究论文	研究通过低剂量连续给药的拓扑替康（METRO-TOPO）单独使用及与多西他赛联合使用，抑制侵袭性变异前列腺癌中的上皮-间质转化（EMT）	首次展示了METRO-TOPO单独使用及与多西他赛联合使用能下调EMT标志物及CD44和CD44/CD133“干细胞样”细胞群，有效抑制前列腺癌的侵袭性扩散	NA	探索拓扑替康单独使用及与多西他赛联合使用对侵袭性变异前列腺癌的治疗效果	侵袭性变异前列腺癌（包括转移性去势抵抗性前列腺癌、神经内分泌变异和紫杉烷耐药亚型）	数字病理学	前列腺癌	RNA测序（RNA-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及欧洲裔美国人和非洲裔美国人的侵袭性变异前列腺癌亚型样本
16984	2024-08-07	A Th1-like CD4+ T-cell Cluster That Predicts Disease-free Survival in Early-stage Lung Cancer 2023-07, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0167 PMID:37476074	研究论文	本研究旨在识别早期肺癌患者中负责抗肿瘤免疫的T细胞簇	发现了一种新的Th1样CD4+ T细胞簇Th7R，该细胞簇在预测早期肺癌无病生存期方面具有鉴别能力	NA	识别早期肺癌患者中负责抗肿瘤免疫的T细胞簇	早期肺癌患者的T细胞簇	数字病理学	肺癌	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	血液样本，淋巴结和肿瘤浸润T细胞	50名早期肺癌患者
16985	2024-08-07	Lumican is a potential predictor on the efficacy of concurrent chemoradiotherapy in cervical squamous cell carcinoma 2023-Jul, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e18011 PMID:37483824	研究论文	本研究旨在通过分析基因表达数据和单细胞RNA测序数据，识别宫颈鳞状细胞癌中预测同步放化疗疗效的新型生物标志物	本研究首次发现Lumican（LUM）在宫颈鳞状细胞癌患者中高表达与同步放化疗疗效不佳相关，并可能通过PARs和IL1信号通路影响免疫微环境	NA	识别宫颈鳞状细胞癌中预测同步放化疗疗效的新型生物标志物	宫颈鳞状细胞癌患者及其同步放化疗疗效	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	15名宫颈鳞状细胞癌患者
16986	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals the clinical implications of myeloid-derived suppressor cells in head and neck squamous cell carcinoma 2023, Pathology oncology research : POR DOI:10.3389/pore.2023.1611210 PMID:37475874	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了骨髓来源抑制细胞（MDSCs）在头颈鳞状细胞癌（HNSC）中的临床意义	发现了MDSCs在HNSC中的丰富性和其作为不良预后标志物的潜力，并确定了一组与MDSC相关的预后基因	NA	探讨MDSCs在HNSC中的作用及其作为免疫治疗靶点的可能性	头颈鳞状细胞癌中的骨髓细胞和MDSCs	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	较大的患者群体
16987	2024-08-07	Development of Spondyloarthritis After COVID-19 in HLA-B27-Positive Monozygotic Twins: Case Reports With Single Cell Transcriptome Profiling 2023-Jan-01, Journal of rheumatic diseases IF:2.2Q3 DOI:10.4078/jrd.22.0027 PMID:37476527	病例报告	本文描述了两名23岁同卵双胞胎在COVID-19后被诊断为脊柱关节病的病例，并通过单细胞转录组分析探讨了其与典型放射性轴性脊柱关节病的差异。	首次通过单细胞转录组分析揭示了COVID-19后脊柱关节病患者外周血单个核细胞的转录组特征与典型放射性轴性脊柱关节病的差异。	病例数量有限，需要更多研究来验证这些发现。	探讨COVID-19与脊柱关节病之间的可能联系，并通过单细胞转录组分析揭示其分子机制。	两名23岁同卵双胞胎在COVID-19后被诊断为脊柱关节病的病例。	NA	脊柱关节病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	两名患者
16988	2024-08-07	Insight of a lipid metabolism prognostic model to identify immune landscape and potential target for retroperitoneal liposarcoma 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1209396 PMID:37483592	研究论文	本研究通过基于脂质代谢相关基因（LMAGs）的预测模型，探索了腹膜后脂肪肉瘤（RPLS）的潜在靶点和免疫景观	本研究首次基于脂质代谢相关基因构建了预测模型，并识别了与抗原呈递细胞负相关的潜在靶点ELOVL2	NA	旨在通过脂质代谢相关基因探索腹膜后脂肪肉瘤的潜在靶点和免疫景观	腹膜后脂肪肉瘤（RPLS）	数字病理学	腹膜后脂肪肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO算法	基因表达数据	234例样本，包括TCGA队列（58例）、GSE30929队列（92例）、FD队列（50例）、scRNA-seq队列（4例）和验证队列（30例）
16989	2024-08-07	Sox, Fox, and Lmx1b binding sites differentially regulate a Gdf5-Associated regulatory region during elbow development 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1215406 PMID:37492222	研究论文	本文研究了转录因子Sox、Fox和Lmx1b结合位点在肘关节发育过程中对Gdf5相关调控区域的差异化调控作用	首次揭示了Fox/Sox结合位点对Gdf5相关调控区域活性的正向调控作用，以及Sox-only位点的抑制作用	研究主要集中在鸡和小鼠模型上，可能不完全适用于其他物种	探究Gdf5相关调控区域在肘关节发育中的调控机制	Gdf5相关调控区域及其结合位点在肘关节发育中的作用	生物学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交（ISH）、定点突变	NA	基因表达数据	鸡和小鼠的肢体和膝盖样本
16990	2024-08-07	Identifying SARS-CoV-2 infected cells with scVDN 2023, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2023.1236653 PMID:37492254	研究论文	本研究提出了一种深度学习框架——单细胞病毒检测网络（scVDN），用于预测单细胞的感染状态，特别是在识别SARS-CoV-2感染细胞方面表现出色	scVDN在识别SARS-CoV-2感染细胞方面优于四种最先进的机器学习模型，即使在真实数据中标签极度不平衡的情况下也能达到完美的AUC评分	NA	开发一种有效的工具来识别单细胞水平的SARS-CoV-2感染细胞，以促进病毒研究和改善公共卫生	SARS-CoV-2感染细胞的识别	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习框架	单细胞RNA测序数据	多个鼻拭子样本来自多个贡献者，包含多种细胞类型
16991	2024-08-07	A risk score combining co-expression modules related to myeloid cells and alternative splicing associates with response to PD-1/PD-L1 blockade in non-small cell lung cancer 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1178193 PMID:37492578	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）探讨了非小细胞肺癌（NSCLC）中与PD-1/PD-L1免疫检查点阻断（ICB）反应相关的转录组特征，并构建了一个风险评分模型。	本研究首次结合髓系细胞相关的共表达模块和选择性剪接事件，开发了一个与ICB反应相关的风险评分，作为潜在的预测生物标志物。	NA	探讨非小细胞肺癌中与PD-1/PD-L1免疫检查点阻断反应相关的转录组特征，并开发预测生物标志物。	非小细胞肺癌患者接受ICB治疗的转录组数据。	数字病理学	肺癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	Lasso-COX回归	转录组数据	两个NSCLC数据集（GSE135222和GSE126044）中的患者样本
16992	2024-08-07	Rapamycin and Low-dose IL-2 Mediate an Immunosuppressive Microenvironment to Inhibit Benign Prostatic Hyperplasia 2023, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.85089 PMID:37497009	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析老年不同前列腺体积患者的过渡区组织，揭示了前列腺增生症（BPH）的免疫微环境特征，并验证了雷帕霉素和低剂量IL-2的免疫抑制治疗效果。	首次通过单细胞RNA测序揭示了BPH患者前列腺组织中Treg/CD4+ T细胞比例降低和免疫微环境激活的现象，并证实了免疫抑制药物对BPH进展的抑制作用。	研究主要基于老年患者和动物模型，可能不完全适用于所有年龄段的患者；单细胞RNA测序的样本量和多样性可能有限。	探讨前列腺增生症（BPH）的病因及其免疫微环境特征，并评估免疫抑制治疗的效果。	老年不同前列腺体积患者的前列腺过渡区组织及BPH的免疫微环境。	NA	前列腺增生	单细胞RNA测序	NA	组织	老年不同前列腺体积患者的过渡区组织
16993	2024-08-07	Integration analysis of senescence-related genes to predict prognosis and immunotherapy response in soft-tissue sarcoma: evidence based on machine learning and experiments 2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2023.1229233 PMID:37497116	研究论文	本研究通过机器学习和实验方法，分析了衰老相关基因（SRGs）在软组织肉瘤（STS）中的表达，并构建了预测预后和免疫治疗反应的模型	首次在STS中系统分析了SRGs的分子特征，并建立了基于SRGs的聚类和评分模型，用于指导临床管理	NA	研究衰老相关基因在软组织肉瘤中的表达及其对预后和免疫治疗反应的影响	软组织肉瘤中的衰老相关基因	机器学习	软组织肉瘤	单细胞RNA测序	PCA	基因表达数据	使用了TCGA和GEO数据库中的队列数据以及qPCR和自测序数据进行验证
16994	2024-08-07	PreCanCell: An ensemble learning algorithm for predicting cancer and non-cancer cells from single-cell transcriptomes 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.07.009 PMID:37501705	研究论文	本文提出了一种名为PreCanCell的新算法，用于从单细胞转录组数据中预测恶性与非恶性细胞	PreCanCell通过识别五种常见癌症类型中恶性与非恶性细胞的差异表达基因，并使用多数投票机制进行分类，显示出比其他七种算法更高的准确性和更简单的实现	NA	开发一种新的算法来预测单细胞转录组数据中的癌症与非癌症细胞	五种常见癌症类型的单细胞转录组数据	机器学习	NA	NA	集成学习算法	转录组数据	19个单细胞数据集
16995	2024-08-07	The interaction of macrophages and CD8 T cells in bronchoalveolar lavage fluid is associated with latent tuberculosis infection 2023-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2023.2239940 PMID:37470432	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞群体，特别是巨噬细胞和CD8 T细胞在潜伏性结核感染中的相互作用	发现巨噬细胞MM-CCL23在潜伏性结核感染中的保护性免疫作用，及其通过CCL20/CCR6招募CD8-CCR6 T细胞的机制	对从潜伏性结核感染进展到活动性结核的免疫机制仍定义不明确	探究潜伏性结核感染进展到活动性结核的免疫机制	支气管肺泡灌洗液中的免疫细胞群体，特别是巨噬细胞和CD8 T细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自潜伏性结核感染或活动性结核患者的支气管肺泡灌洗液样本
16996	2024-08-05	Construction of a hepatocytes-related and protein kinase-related gene signature in HCC based on ScRNA-Seq analysis and machine learning algorithm 2023-Nov, Journal of physiology and biochemistry IF:3.7Q1 DOI:10.1007/s13105-023-00973-1 PMID:37458958	研究论文	本研究基于单细胞测序和机器学习算法构建了一个与肝细胞相关的蛋白激酶相关基因特征	该研究通过机器学习算法建立了PKRG预测模型，并识别出潜在的HCC治疗靶点	该研究没有提及样本的多样性和外部验证的结果	分析HCC的单细胞数据并构建预测模型，以促进个性化医学	肝细胞癌患者的单细胞数据，重点研究蛋白激酶相关基因	机器学习	肝癌	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	来自多个数据集（如TCGA、ICGC和GEO）的大量HCC患者样本
16997	2024-08-05	Multi-omics analysis of expression profile and prognostic values of connexin family in LUAD 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05075-5 PMID:37458803	研究论文	本研究首次探讨了连接蛋白家族在肺腺癌（LUAD）中的表达差异和预后意义	开发了一个综合预后模型，揭示了GJB2-5在LUAD患者预后中的关键作用	NA	全面分析连接蛋白基因家族在LUAD中的表达谱和预后意义	连接蛋白基因家族及其在LUAD中的表达和功能	数字病理学	肺癌	单细胞测序	风险模型	NA	NA
16998	2024-08-05	Targeting histone deacetylase suppresses tumor growth through eliciting METTL14-modified m6 A RNA methylation in ocular melanoma 2023-11, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12471 PMID:37466203	研究论文	本研究探讨了组蛋白去乙酰化酶抑制剂如何通过调控METTL14修饰的m6 A RNA甲基化抑制眼黑色素瘤的肿瘤生长	揭示了HDAC/METTL14/FAT4表观遗传级联中的组蛋白和RNA之间的相互作用	研究主要集中在眼黑色素瘤细胞，对其他癌症类型的适用性尚待验证	探讨组蛋白乙酰化和m6 A修饰在眼黑色素瘤肿瘤发生调控中的作用	眼黑色素瘤细胞及其相关的分子机制	数字病理学	眼黑色素瘤	RNA测序, 免疫沉淀-qPCR, 单细胞测序等	细胞模型和正位异种移植模型	RNA数据	NA
16999	2024-08-07	Establishment of a prognostic model based on m6A regulatory factors and stemness of hepatocellular carcinoma using RNA-seq data and scRNA-seq data 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05045-x PMID:37466793	研究论文	本研究基于m6A调控因子和肝细胞癌的干细胞特性，利用RNA-seq和scRNA-seq数据建立了一个预测肝细胞癌预后的模型	研究首次综合分析了m6A调控因子与肝细胞癌干细胞之间的关系，并建立了一个临床工具来预测肝细胞癌的预后	NA	旨在建立一个预测肝细胞癌预后的临床工具	肝细胞癌的m6A调控因子和干细胞特性	数字病理学	肝癌	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	使用了ICGC和TCGA数据集
17000	2024-08-07	Corrigendum to "A single-cell RNA-seq analysis of early larval cell-types of the starfish, Patiria pectinifera: Insights into evolution of the chordate body plan" [Dev. Biol. 496 (2023) 52-62] 2023-Oct, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2023.06.014 PMID:37454579	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA