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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1681 | 2026-05-03 |
Pathogenic and Clinical Implications of the 2-Way Interplay Between Clonal Hematopoiesis of Indeterminate Potential and Multiple Myeloma
2026-Apr-08, Clinical lymphoma, myeloma & leukemia
DOI:10.1016/j.clml.2026.04.003
PMID:42067472
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review | 综述了不确定潜能的克隆造血与多发性骨髓瘤之间双向相互作用的致病和临床意义 | 强调了CHIP通过改变肿瘤微环境放大炎症,影响多发性骨髓瘤进展和治疗反应的双向相互作用机制 | 未提供具体局限性信息 | 总结CHIP在多发性骨髓瘤中转化和临床影响的现有证据 | 不确定潜能的克隆造血(CHIP)和多发性骨髓瘤(MM) | NA | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1682 | 2026-05-03 |
Dissecting antibody-mediated natural killer cell effects reveals a cytotoxic CX3CR1+KLRC2-CD16hi subset linked to hepatitis B virus outcomes
2026-Apr, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2025.0842
PMID:41414761
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研究论文 | 研究抗体介导的自然杀伤细胞效应,发现一个与乙型肝炎病毒结局相关的细胞毒性CX3CR1+KLRC2-CD16hi亚群 | 首次揭示CX3CR1+KLRC2-CD16hi NK细胞亚群在慢性HBV感染中的功能恢复潜力,并指出其作为治疗靶点的可能性 | 未明确提及研究局限性 | 评估慢性HBV感染及抗病毒治疗过程中抗体介导的NK细胞反应的动态变化及不同NK亚群的作用 | 慢性HBV感染患者队列中的自然杀伤细胞及其亚群 | 机器学习 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 表达数据 | 横断面和纵向队列中的慢性HBV感染患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序系统 |
| 1683 | 2026-05-03 |
Meningioma cell reprogramming and microenvironment interactions underlie brain invasion
2026-Apr-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf292
PMID:41476144
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研究论文 | 通过多组学分析揭示脑膜瘤脑侵袭过程中肿瘤细胞重编程与微环境相互作用的分子机制 | 首次综合运用多种RNA测序技术(bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组)从多维度解析脑膜瘤脑侵袭的分子特征,并发现TGM2、S100A11、ZYX和PDGFRA在脑-肿瘤界面的富集 | 未提及具体限制,但研究主要依赖生物信息学分析与体外共培养实验,缺乏体内验证 | 阐明脑膜瘤脑侵袭的分子和细胞机制 | 199例脑膜瘤样本(含33例脑侵袭肿瘤)、患者匹配的空间映射脑膜瘤单细胞样本、脑侵袭脑膜瘤空间转录组样本 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组测序, 多重免疫荧光, 共聚焦显微镜, 多电极阵列记录, 活细胞钙成像 | NA | RNA测序数据、单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 199例脑膜瘤样本(其中33例为脑侵袭肿瘤) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1684 | 2026-05-03 |
Pre-operative risk assessment of hepatocellular carcinoma recurrence in liver transplant recipients by non-invasive detection of pre-existing genetic lesions
2026-Apr, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2025.1069
PMID:41668289
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研究论文 | 通过液体活检无创检测术前遗传变异,建立肝细胞癌肝移植术后复发风险分层模型 | 首次整合血浆cfDNA拷贝数变异与单细胞转录组数据,追溯复发相关cfDNA来源至原发肿瘤内特定的恶性细胞亚群,并基于此开发了ZJU标准作为术前风险预测工具 | 研究为回顾性设计,样本量相对有限,且需在前瞻性队列中进一步验证 | 开发一种基于液体活检的术前风险分层模型,预测肝细胞癌肝移植术后复发 | 260例来自三个中心的肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 低覆盖全基因组测序、全外显子测序、单核RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因测序数据、转录组数据 | 260例肝细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、全基因组测序 | NA | NA |
| 1685 | 2026-05-03 |
Association between craniosynostosis and phospholipid metabolism: Insights from single-cell and transcriptomic analysis
2026-Mar-27, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000048030
PMID:41894269
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研究论文 | 通过多组学方法研究颅缝早闭与磷脂代谢之间的关联,并探索他汀类药物的潜在治疗效果 | 首次从磷脂代谢角度探索颅缝早闭的发病机制,结合孟德尔随机化、转录组分析、单细胞RNA测序及药物靶点分析等多种方法 | 他汀类药物相关遗传证据为探索性发现,统计学显著性受限于样本量,需在更大队列和实验模型中进一步验证 | 揭示颅缝早闭与磷脂代谢的关联,并评估他汀类药物的潜在治疗作用 | 颅缝早闭患者和小鼠颅缝组织 | 数字病理学 | 小儿颅面畸形 | 孟德尔随机化、转录组测序、单细胞RNA测序、药物靶点分析、分子对接 | NA | 基因表达数据、脂质性状数据 | 临床样本(具体数量未提及)及小鼠颅缝组织 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 1686 | 2026-05-03 |
Pharmacologic targeting of the dopamine D2 receptor impacts the efficacy of immune checkpoint blockade in melanoma
2026-Mar-27, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014080
PMID:41895714
|
研究论文 | 通过调节多巴胺D2受体影响免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤的效果 | 首次发现通过FDA批准的药物靶向多巴胺D2受体可增强免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤的效果,并揭示了不依赖催乳素的直接免疫调节机制 | 研究仅在动物模型中进行,未在人类患者中验证效果 | 探讨调节多巴胺D2受体对免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤疗效的影响及其潜在机制 | 小鼠黑色素瘤模型(B16F0和MEL11443细胞系)及PRL-locus响应和未响应的小鼠 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、流式细胞术、免疫组化 | NA | 基因表达数据、测序数据 | 多种小鼠模型,包括C57BL/6小鼠、Collaborative Cross小鼠和F1杂交小鼠,具体数量未在摘要中说明 | Illumina | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序和批量RNA测序平台 |
| 1687 | 2026-05-03 |
SPTEdU-seq enables parallel optics-free newborn cell tracking and spatial total transcriptional dynamics in intact microenvironments
2026-Mar-26, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2026.03.001
PMID:41895283
|
研究论文 | 开发了SPTEdU-seq技术,整合空间全转录组与EdU标记,实现新生细胞追踪与空间总转录动态分析 | 首次实现无需光学成像的新生细胞追踪与空间全转录组联合分析,能同时检测编码和非编码RNA及剪接异构体 | NA | 建立同时捕获基因表达和增殖动态的空间转录组学方法 | 小鼠发育和成体大脑、小鼠缺血性中风模型、小鼠和人类肾肿瘤组织 | 数字病理学 | 缺血性中风、肾肿瘤 | 空间转录组学、EdU标记 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠和人类组织样本(具体数量未说明) | NA | 空间转录组学 | SPTEdU-seq | 整合总转录本捕获与EdU标记的空间转录组学平台 |
| 1688 | 2026-05-03 |
Targeting SPP1 +TAMs associated with liver metastasis reverses immunosuppression and synergizes with immunotherapy in colorectal cancer
2026-Mar-25, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-014128
PMID:41881501
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示结直肠癌中SPP1+肿瘤相关巨噬细胞与肝转移相关的免疫抑制机制,并验证联合治疗策略 | 首次系统性描绘SPP1+ TAMs在结直肠癌原发灶与转移灶中的空间、发育及代谢异质性,发现其两种代谢亚型(糖酵解型ATP5F1E+和氧化磷酸化型MT-CO1+)及组织特异性分布 | 研究主要基于单细胞转录组数据,功能验证依赖小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞在原发灶与转移灶微环境中的空间和代谢异质性及其免疫抑制机制 | 结直肠癌患者原发肿瘤、癌旁正常组织、肝转移灶、淋巴结转移灶及外周血样本 | 机器学习, 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多重免疫组化 | UMAP聚类, 伪时间推断, RNA速率, CellChat | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 来自多中心队列共998204个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组分析 |
| 1689 | 2026-05-03 |
Targeted inhibition of Nrf2 potentiates antitumor immunity and enhances the efficacy of immunotherapy in hepatocellular carcinoma
2026-Mar-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-010841
PMID:41876134
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研究论文 | 通过靶向抑制Nrf2增强肝细胞癌抗肿瘤免疫并提高免疫治疗效果 | 首次揭示Nrf2抑制通过下调PD-L1表达和上调MHC-I表达双重机制增强抗肿瘤免疫,并证明其与PD-1抗体和CAR-T细胞联合治疗的协同效应 | 研究主要基于小鼠模型,未在人类患者中验证;分子机制尚未完全阐明 | 探究抑制Nrf2对肝细胞癌免疫治疗耐药性的影响及其分子机制 | 肝细胞癌小鼠模型及肿瘤细胞 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 转录组数据 | 同种异体移植肿瘤模型小鼠样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 1690 | 2026-05-03 |
Multiomic characterisation of the clinical efficacy of guselkumab induction therapy in ulcerative colitis
2026-Mar-23, BMJ open gastroenterology
IF:3.3Q2
DOI:10.1136/bmjgast-2025-002153
PMID:41871904
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研究论文 | 对guselkumab诱导治疗溃疡性结肠炎临床疗效的多组学特征分析 | 首次详细描述了IL-23p19亚基拮抗剂guselkumab治疗中度至重度活动性溃疡性结肠炎患者后与疗效相关的细胞和分子变化 | NA | 探究guselkumab治疗溃疡性结肠炎相关的细胞和分子变化机制 | 中度至重度活动性溃疡性结肠炎患者 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 流式细胞术, 血清蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 313名患者(结肠活检样本:257份bulk RNA-seq,52份单细胞RNA-seq,30份流式细胞术;血清蛋白质组学:302份) | NA | NA | NA | NA |
| 1691 | 2026-05-03 |
Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes
2026-Mar-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2026.117144
PMID:41875135
|
研究论文 | 利用空间转录组学技术研究人类1型糖尿病胰腺及局部引流淋巴结组织中的淋巴毒素-β信号特征 | 首次在人类1型糖尿病组织中结合多细胞分辨率与亚细胞分辨率空间转录组学,揭示胰腺淋巴结中淋巴毒素-β(LTB)的显著上调及其在胰岛炎病变中的表达模式 | 样本量有限且仅包含特定疾病阶段(无糖尿病、抗体阳性风险个体和T1D供体),可能无法全面反映疾病全程的动态变化 | 探索1型糖尿病自然病程中胰腺和胰腺淋巴结的炎症反应分子特征 | 人类胰腺及胰腺淋巴结组织样本 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 无糖尿病个体、自身抗体阳性风险个体和1型糖尿病供体(具体数量未明确说明) | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x Xenium | 多细胞分辨率空间转录组学(10x Visium)及亚细胞分辨率空间转录组学平台(可能为Xenium) |
| 1692 | 2026-05-03 |
Integrative machine learning analysis suggests novel molecular targets for liver cancer diagnosis and therapy
2026-Mar-22, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04889-2
PMID:41866435
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研究论文 | 通过整合机器学习分析,确定用于肝癌诊断和治疗的新型分子靶点,并构建了一种包含8个基因的诊断模型 | 结合机器学习算法与单细胞测序数据,开发了一种诊断性能优越(AUC=1.000)的8基因诊断特征,并揭示了免疫浸润在肝细胞癌中的独特特征 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量有限或外部验证数据集的代表性不足 | 通过识别关键分子靶点和通路,增强肝细胞癌的及时有效诊断和治疗 | 肝细胞癌患者与对照组的差异表达基因及相关免疫细胞浸润 | 机器学习 | 肝癌(肝细胞癌) | 微阵列基因表达谱、单细胞测序 | 机器学习算法(未具体说明,包括10折交叉验证) | 基因表达数据、单细胞测序数据 | NA(未在标题和摘要中明确说明) | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1693 | 2026-05-03 |
Neuronal and glial networks interact with traumatic brain injury to modulate cognition in ABCD study
2026-Mar-13, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00681-8
PMID:41826372
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研究论文 | 本研究整合基因与轻度创伤性脑损伤相互作用的全基因组关联分析和单细胞RNA测序基因调控网络,揭示了神经元和胶质细胞网络中调节神经认知结果的关键调控因子和分子机制 | 首次在青少年大脑认知发展队列中结合基因与mTBI相互作用的GWAS和单细胞RNA测序调控网络,解析了脑区和细胞类型特异性的mTBI病理调控网络 | 未说明具体局限性 | 阐明轻度创伤性脑损伤影响神经认知的细胞类型特异性分子机制和关键调控因子 | 青少年轻度创伤性脑损伤患者 | 机器学习 | 轻度创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1694 | 2026-05-03 |
Multicellular origins of murine ovarian inflammaging
2026-Mar-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09826-1
PMID:41826404
|
研究论文 | 通过整合单细胞和空间转录组学,揭示小鼠卵巢衰老中多细胞起源的炎症老化机制 | 首次结合单细胞和空间转录组学技术,鉴定了与年龄相关的巨噬细胞和T细胞亚群作为卵巢炎症老化的关键促炎信号来源,并预测了这些细胞与颗粒细胞之间的双向信号传导 | 未具体说明局限性 | 阐明卵巢炎症老化的多细胞机制,特别是免疫细胞在衰老过程中的功能及其对卵泡发育的影响 | 老年小鼠卵巢 | 自然语言处理 | 生殖衰老疾病 | 单细胞转录组测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 老年小鼠卵巢样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒、10x Visium空间转录组试剂盒 |
| 1695 | 2026-05-03 |
Reconstructing 3D transcriptional organization from spatial transcriptomics reveals consistent oncogenic translocations and developmental dynamics
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag177
PMID:42059481
|
研究论文 | 介绍Cytocraft,一个从二维空间转录组数据重建三维转录组织结构的计算框架,并验证其在肺癌和蝾螈脑发育中的生物学应用 | 首次实现从二维空间转录组数据推断共享的、细胞类型特异的三维转录中心构型,并揭示癌症中MALAT1的定向易位和发育中转录中心重组的保守动态 | 基于仿真验证,可能受限于空间转录组数据的分辨率和噪声,真实三维构型推断的准确性尚需更多实验验证 | 开发一种能从二维空间数据重建三维转录组织结构的计算方法,以探索转录在发育和疾病中的空间组织规律 | 人类非小细胞肺癌样本和发育中的蝾螈脑 | 计算机视觉 | 肺癌 | 空间转录组学 | 计算框架 | 亚细胞空间转录组图谱 | 8例肺癌患者样本和蝾螈脑发育阶段样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1696 | 2026-05-03 |
Integrating and mapping single-cell transcriptomics across the entire gene expression space
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag204
PMID:42059480
|
研究论文 | 提出scGES深度学习框架,通过利用所有基因信息在完整基因表达空间整合单细胞转录组数据,校正批次效应 | 首次利用高度和低度可变基因的全基因表达空间进行批次效应校正,超越仅依赖高度可变基因的现有方法 | 未明确提及局限性 | 开发有效校正批次效应并整合单细胞转录组数据集的方法 | 单细胞转录组数据集及查询数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | 深度学习框架 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1697 | 2026-05-03 |
CaHoT-GRN: context-aware high-order topology learning for robust single-cell gene regulatory network inference
2026-Mar-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag202
PMID:42059479
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研究论文 | 提出CaHoT-GRN框架,利用上下文感知的高阶拓扑学习实现稳健的单细胞基因调控网络推断 | 创新性地整合预训练生物大语言模型提取序列语义嵌入,并通过异质信息网络和相似性共注意力模块建模高阶基因相互作用与拓扑一致性 | 未在文中明确说明局限性,可能包括依赖预训练模型质量及计算复杂度较高 | 开发一种利用序列上下文信息和蛋白质相互作用知识的高阶拓扑学习框架,提升单细胞基因调控网络推断的准确性和鲁棒性 | 单细胞转录组数据集及相关的基因和蛋白质序列 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 预训练生物大语言模型、异质信息网络、相似性共注意力模块 | 序列数据、单细胞转录组数据 | 四种类型网络对应的单细胞转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1698 | 2026-05-03 |
A systems immunology approach reveals divergent immune profiles of RSV and SARS-CoV-2 infections in infants
2026-Feb-25, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aea7097
PMID:41739901
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研究论文 | 通过系统免疫学方法揭示婴儿RSV和SARS-CoV-2感染的不同免疫特征 | 首次在婴儿中系统比较RSV和SARS-CoV-2感染的免疫反应差异,结合单细胞转录组学和表观基因组学分析 | 样本量较小(RSV 19例,SARS-CoV-2 30例,对照17例),年龄中位数2.3个月,结果可能不适用于更大范围或不同年龄段的婴儿 | 揭示RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中导致不同临床表现的免疫机制 | 婴儿(中位年龄2.3个月),包括RSV感染者、SARS-CoV-2感染者和健康对照 | 机器学学习 | 呼吸道感染 | 单细胞转录组学,表观基因组学,细胞因子分析 | NA | 血液样本 | RSV感染19例,SARS-CoV-2感染30例,健康对照17例(共66例婴儿) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于单细胞转录组学分析 |
| 1699 | 2026-05-03 |
DeCAF defines clinical fibroblast subtypes and multidimensional tumor-stroma crosstalk shaping prognosis and immunotherapy response
2026-Feb-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102611
PMID:41707654
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序定义具有临床意义的癌症相关成纤维细胞(CAF)亚型,并揭示其与肿瘤亚型的相互作用及对免疫治疗反应的影响 | 首次定义具有临床预后和治疗反应预测价值的CAF亚型(抑制型和促进型),开发出单样本分类器DeCAF,可直接应用于临床决策 | 未提及具体研究限制 | 通过单细胞RNA测序定义具有临床意义的CAF亚型,并揭示其与肿瘤微环境的相互作用及对免疫治疗反应的影响 | 患者肿瘤样本中的癌症相关成纤维细胞(CAF)亚型 | 机器学习 | 多种肿瘤类型 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | DeCAF分类器 | 单细胞转录组数据 | 多个肿瘤类型患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1700 | 2026-05-03 |
Single-cell atlas of hepatic cellular plasticity and immune niche reprogramming in liver cirrhosis
2026-Feb-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-07858-z
PMID:41709311
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研究论文 | 利用单细胞测序数据绘制肝硬化的肝细胞可塑性和免疫微环境重编程图谱 | 整合多种生物信息学工具(Seurat、Monocle、CellChat等)进行综合分析,揭示了肝硬化中免疫细胞亚型变化、转录因子活性以及细胞间通讯网络的重编程,特别是发现了TNF-α/ETS2、IL-1α/β/THRA和MIF三条关键调控轴 | 仅基于公开的单细胞测序数据集,缺乏实验验证和临床样本验证 | 解析肝硬化中免疫细胞亚型的动态变化及其在疾病发生发展中的作用机制 | 肝硬化患者的肝脏免疫细胞(巨噬细胞、CD4+ T细胞、NK细胞等) | 机器学习和生物信息学 | 肝硬化(肝脏疾病) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 35017个细胞,来自多个肝硬化患者样本 | 多个公开数据集来源 | 单细胞RNA-seq | NA | NA |